Effects of ZnO interlayers on thick GaN/Si film prepared by RF magnetron sputtering

We have successfully prepared a high-quality 2 mu m-thick GaN film with three inserted 30 nm-thick ZnO interlayers on Si (111) substrate without cracks by magnetron sputtering. The effects of the thickness and number of ZnO interlayers on the crystal quality of the GaN films were studied. It was found that the GaN crystal quality initially improved with the increase of the thickness of ZnO interlayers, but deteriorated quickly when the thickness exceeded 30 nm. Multiple ZnO interlayers were used as an effective means to further improve the crystal quality of the GaN film. By increasing the number of interlayers up to three, the cracks can be constrained to a certain extent, and the crystal quality of the GaN film greatly improved. (c) 2006 Elsevier B.V. All rights reserved.

Observation of photogalvanic current for interband absorption in InN films at room temperature

The linear and circular photogalvanic effects have been observed in undoped InN films for the interband transition by irradiation of 1060 nm laser at room temperature. The spin polarized photocurrent depends on the degree of polarization, and changes its sip when the radiation helicity changes from left-handed to right-handed. This result indicates the sizeable spin-orbit interaction in the InN epitaxial layer and provides an effective method to generate spin polarized photocurrent and to detect spin-splitting effect in semiconductors with promising applications on spintronics.

DNA装配中的纠错

DNA装配问题是指把各个读出序列（reads）拼接成一条完整的DNA链，即确定原DNA链的核苷酸“A，T，C���G���的排列顺序。实验中，由于各种原因测出的读出片段序列与DNA链的实际结果会有误差，这些误差会影响到用于装配的算法的性能，因此需要对测出的读出序列进行纠错。现有的算法如： ECINDEL和SRCorr都能够对实验数据进行纠错。但是它们都是根据某个读出序列出现的次数来判断它的正确性。这类算法首先选择参数k和M，若读出序列所有长度为k的子串出现的次数均大于M次，则它为正确的读出序列，即确实为原DNA链的子串。同时，还可以利用这些长度为k的子串来对原来的读出序列片段进行纠错。 然而，在这些算法中，M的选择要么是一个固定值，要么是随机的，使得这些算法在纠错问题上的表现并不稳定。 本文我们计算长度为k的子串出现M次时，它的真阳性（确实为原DNA链的一部分）的概率以及假阳性和假阴性的概率。根据计算结果，我们可以选择一个最优的M值使得最后选取的子串的错误最少，即假阳性的子串与假阴性的子串的数量之和最少。我们在模拟数据和实际数据上进行了验证，与之前的纠错算法ECINDEL，SRCorr相比，我们的算法总的错误率降低了77.6％和65.1％。

可溶性甲壳素制取及其稀溶液性质的研究

从螃蟹壳中提取出甲壳素，并进一步进行脱乙酰基反应，制得了脱乙酰度（D.D）在49－100％范围的阳离子聚电解质可溶性甲壳素－壳聚糖。首次通过壳聚糖乙酸溶液的超声波降解快速制得了各个脱乙酰度系列，不同分子量的壳聚糖样品。将不同系列的各个样品在0.2M CH_3COOH + 0.1M CH_3COONa溶液中进行粘度和光散射（L.S）的研究，订定出了不同D.D壳聚糖的Mark-Houwink方程（30±0.05℃）如下：69％：[η]=0.1036*10~(-3) M_w~(1.12) (ml/g) 84%: [η]=1.424*10~(-3) M_w~(0.96) (ml/g) 91%: [η]=11.27*10~(-3)M_w~(0.84) (ml/g) 100%: [η]=16.80*10~(-3)M_w~(0.81) (ml/g)同时，对壳聚糖的其它某些稀溶液性质，如分子尺寸，第二维利系数，扩散因子等进行了求算，并对结果进行了讨论。将胶体滴定法应用到聚电解质壳聚糖的脱乙酰度（D.D）分析上，取得了满意的结果，建立了完整的测试方法，推导出了计算公式：D.D=(N_(PVSK)*ΔV*M_壳)/(5*C)*100%式中：N_(PVSK)-PVSK的当量浓度M_壳－完全脱乙酰基的壳聚糖链节分子量：161.15ΔV－消耗掉PVSK的体积差ΔV=V_1-V_2（升）C���壳聚糖溶液的浓度(g/ml)实验表明，不同D.D值的壳聚糖有着不同的折光指数增量dn/dc���由此创立了一个根据测dn/dc���求壳聚糖脱乙酰度的新方法。在0.2M CH_3COOH/0.1M CH_3COONa中，436nm，25±0.05℃时的计算公式如下：y=9.397*0.943式中：x-dn/dc (ml/g) y-D.D (%)。

哀牢山金山丫口夜间网捕鸟类多样性及其影响因素

2007 年9 月5 日至11 月5 日和2008 年9 月3 日至11 月7 日期间，主要利用灯光诱捕，对云南省新平县哀牢山金山丫口（23°57′N, 101°30′E）夜间迁徙鸟类多样性进行调查。同时记录网捕鸟类的时序和几种主要鸟类的迁徙时序。分析各种因子（地理、温度、湿度、雾天、风向、风力以及月相周期）对夜间网捕鸟类数量和种类的影响。 2 年期间共网捕鸟类7943 只，129 种，分别属于14 目23 科。雀形目鸟类占总网捕数量的58.9%。网捕数量超过1%的科共10 个科。网捕数量占总网捕数量1%以上的共14 种。其中红尾伯劳Lanius cristatus、小杜鹃Cuculus poliocephalus、红喉歌鸲Luscinia calliope 三者的数量超过网捕鸟类总数的5%。所有网捕鸟类中，东洋型鸟类占最多共54 种，占41.85%。 2 年期间网捕鸟类多样性指数H′为2.60989，均匀度指数J 为0.29063，优势度指数C 为 0.22503，G-F 指数为0.71366。2007 年的优势指数C 和G-F 指数较2008 年高，但2008 年的 Shannon-Wiener 指数和Pielou 指数较2007 年高。红尾伯劳是造成两年多样性测度指数差异的主要原因。云南省不同“打雀山”夜间捕获鸟类的种类和数量存在差异。地理和气候可能是造成这些差异的主要因素。 2 年工作期间将观察时间平均分为早期（9 月3 日至9 月24 日）、中期（9 月25 日至10 月16 日）、晚期（10 月17 日至11 月8 日）三个时期。早期网捕鸟类数量最多5263 只，多样性指数最低，优势度指数最高；中期记录的种类最多86 种，多样性指数和均匀度指数中期最高。造成这种差异的主要原因是早期红尾伯劳的数量尤其突出。单独分析2007 年和2008 年各时期，除了2007 年晚期种类最多67 种以外，其余变化都与2 年总体一致。每个时期都有部分鸟类数量达到高峰，而也有部分鸟类数量处在低谷期。飞经哀牢山金山丫口的秋季夜间迁徙鸟类开始迁徙的时间大致在8 月中旬，结束在11 月下旬。每种鸟类的迁徙持续时间不一致，其中迁徙持续时间超过30 天的鸟有36 种。同种鸟类不同年份迁徙时间不一致。夜间每个时段捕获数量和种类有差异，在夜间20:00-22:00 和凌晨04:00-06:00 捕获数量和种类较多。24:00-02:00 网捕鸟类数量和种类最少。调查结果显示不是所有鸟类都是整夜迁徙，夜间开始迁徙较早的鸟类清晨也停止迁徙较早，夜间开始迁徙较晚的鸟类清晨停止迁徙较晚。除红喉歌鸲以外的4 种鸟，它们的迁徙时间是从9 月前至11 月后。红尾伯劳、小杜鹃以及大杜鹃的迁徙高峰期是9 月上旬至9 月中旬。厚嘴苇莺Acrocephalus aedon 的迁徙高峰期为 9 月中旬至10 月下旬。红喉歌鸲的迁徙时间是9 月下旬至11 月上旬后，迁徙高峰期为整个 10 月。5 个优势种都是整夜迁徙，不过每种鸟的迁徙高峰时段和低谷时段不一致。红尾伯劳、小杜鹃、大杜鹃在20:00-22:00 捕获数量最多；红喉歌鸲、厚嘴苇莺在凌晨04:00-06:00 捕获数量最多。红尾伯劳、红喉歌鸲、大杜鹃在24:00-02:00 捕获数量最少；厚嘴苇莺在22:00-24:00 捕获数量最少；小杜鹃在凌晨02:00-04:00 捕获数量最少。对5 个优势种在各迁徙时期的体重进行分析，采用双样本T 检验（Independent-Samples T Test）表明：红喉歌鸲和小杜鹃早中晚期的体重差异极为显著（P<0.01）。运用单因素方差分析（One-Way ANONA）表明：小杜鹃早中晚期的体重变化极其显著（P<0.01）。进一步采用双样本T 检验（Independent-Samples T Test）：小杜鹃晚期体重与早期和中期体重差异都极其著（P<0.01），早期与中期的体量没有显著差异（P>0.01）。其余3 个优势种各时期体量差异不显著（P>0.01）。影响夜间网捕鸟类种类和数量的因素较多。地理特点是影响夜间网捕鸟类种类的主要因素。气候条件是影响夜间网捕鸟类种类和数量的重要因素。风向和风力对夜间网捕数量和种类都有极其显著的影响（P<0.01），其中风向对其影响比风力大，西南风时夜间网捕鸟类数量和种类较多。雾天对夜间网捕数量和种类影响极其显著（P<0.01），大雾天气夜间网捕鸟类数量和种类较多。月相周期对夜间网捕数量及其种类的影响极其显著 (P<0.01)，新月和残月期间夜间网捕鸟类数量和种类较多。温湿度对夜间网捕鸟类数量和种类影响不显著(P>0.05)。除此之外，光也是捕获夜间鸟类的必要条件。

The two- to three-dimensional growth transition of InAs/GaAs epitaxy layer studied by reflectance difference spectroscopy

In this work, we have adopted reflectance difference spectroscopy to study the evolution of InAs layer grown at different temperatures in GaAs matrix. Associated with the two- to three-dimensional growth transition of InAs layer, the transition energies and the in-plane optical anisotropy of InAs wetting layer exhibit abrupt changes. This provides a new way to decide the critical thickness h(c) for the growth transition. The obtained h(c)s are compared with those determined by atomic force microscope measurement, and discrepancy is found at high temperatures. The origin of the difference is clarified and the variations in hc with temperature are further discussed. (C) 2010 American Institute of Physics. [doi:10.1063/1.3494043]

阔叶红松林碳循环及细根与凋落物生产、分解研究

森林凋落物、细根及红松阔叶林碳循环 摘要: 由于全球变化进程的加快使生态系统碳循环在科学研究中的重要性日益突出。森林生态系统作为陆地生态系统的一个重要组成部分，其碳循环过程和源、汇功能一直是人们研究的热点。本文以森林生态系统物质循环的两个关键过程－凋落物和细根的生产和分解过程为主要研究目标，探讨了两者的时空动态格局和主驱动因子；同时采用传统的森林调查与通量观测相结合的方法，系统的刻画了红松阔叶林生态系统的碳循环过程。 主要结论如下：（1）区域平均温度是决定东北地区不同气候区域森林凋落量发生变化的主要因素，优势树种生物学特性不同导致同一气候区域内森林类型之间凋落量呈现显著差异。（2）红松阔叶林不同凋落组分凋落量对气候因子的年际波动和林分生长的反应不同，红松生长使其落叶量和在凋落总量中所占的比重显著增加，这将导致林地的凋落物组成和物理化学性质发生根本改变。（3）6个不同气候区域内地带性树种凋落物分解率和养分元素释放率随纬度增加而降低，并且与区域年平均温度和降水量呈显著正相关关系，随着分解的进行凋落物分解率与温度和降水的相关性降低。凋落物初始化学指标与其分解率呈显著相关关系。回归模型的预测结果显示温度和降水的增加均可促进凋落物分解，并且其对分解的影响强度大于CO2浓度升高对凋落物分解间接影响。（4）3种原始群落——红松阔叶林，云冷杉林和岳桦林的细根生产量、周转率和养分元素归还量随着海拔的升高而降低，对于同一海拔带上的3种林型而言，红松阔叶林生长量最高而周转率和养分元素释放率最低，白桦纯林细根周转率和养分元素释放率最高，山杨林细根生长量最小，细根周转率和养分元素释放率介于前两者之间。（5）红松阔叶林生态系统碳储量为25962.17±2002.1 C g m-2，其中植物（乔、灌木和草本）、土壤和林地（凋落物和倒木）内的碳储量占总体的79%, 15% 和6%。生态系统碳的净交换(NEE)为366.8±110.6 C g m-2year-1, 林地和土壤的碳输入量为504.9±28.9 C g m-2year-1，输出量为405.9±28.7 C g m-2year-1。植物净固碳量为287±34.5 C g m-2year-1，乔木和灌木净固碳量分别占植物净固碳总量的98.6％和1.4％。 关键词：森林凋落物，凋落物分解，细根，碳储量，碳循环

生姜化感作用机理及其栽培模式研究

近年来，随着对作物重茬（连年种植）障碍原因的深入研究，植物的化感作用越来越受到国内外众多学者的重视。而作为重要调料和药用植物的生姜，其连作障碍也备受关注，系统地研究生姜化感作用将有助于理解和最终解决生姜连作障碍问题。本文通过研究生姜不同部位、不同浓度的水浸液对与其间作的两个物种（大豆和四季葱）种子的萌发及幼苗生长的影响，从而证明生姜化感作用的存在；并通过温室盆栽实验研究了生姜的自毒作用（即研究生姜不同部位、不同浓度的水浸液对其幼苗的形态、生理生化、光合作用、土壤酶、土壤微生物多样性及土壤养分的影响），从而揭示生姜退化和衰老的机制，并为生姜筛选出合适的间作物种提供科学依据，对生姜连作障碍提出科学的解决方法。主要研究结果如下： 1. 与对照相比，生姜所有部位（根茎、茎、叶）、所有浓度（10、20、40、 80 g l-1）的水浸液均抑制了大豆种子和葱籽的萌发率、幼苗生长、水分吸收和脂肪酶活性，并且其抑制程度随着水浸液浓度的增加而增强，其生姜各部位水浸液抑制效应的强弱顺序为茎＞叶＞根茎。这一结果表明生姜根茎、茎、叶含有能够抑制大豆种子和葱籽种子萌发和幼苗生长的水溶性化感物质。根茎是生姜的主要收获部位，而生姜的残株（主要是茎和叶）应该从大田中处理掉以减轻其抑制效应。生姜水浸液中主要化感成分包括：根茎水浸液中主要是丁香酸和伞花内脂；茎水浸液中主要是阿魏酸，且其含量最高为73.4 ug/g���叶水浸液中除了阿魏酸，其他六种物质均检测出来，但含量较高的主要有丁香酸、伞花内脂和香豆酸。 2. 生姜茎和叶不同浓度的水浸液均显著抑制了生姜幼苗的株高、每株叶片数和叶面积，其抑制程度随着水浸液浓度的增加而有所增强，而生姜幼苗每株分枝数差异不显著；同时生姜水浸液也极大程度地影响了生姜幼苗的生物量（包括地下生物量、地上生物量和总生物量，均为鲜重）。在同一浓度下，茎水浸液对生姜幼苗形态指标及生物量指标均显示出最强的抑制作用，叶水浸液次之，根茎水浸液最弱。与对照相比，低浓度的生姜根茎水浸液提高了生姜幼苗叶片内四种抗氧化酶（SOD、POD、CAT、APX）活性，高浓度的根茎水浸液抑制了四种抗氧化酶活性，而茎和叶水浸液均随着浓度的增加而抑制了四种抗氧化酶活性，三种水浸液均随着浓度的增加降低了生姜幼苗叶片内叶绿素的含量，而增加了生姜幼苗叶片的相对电导率和丙二醛含量。同时，三种水浸液均随着浓度的增加降低了生姜幼苗的光合参数（包括胞间CO2浓度、气孔导度、蒸腾速率及净光合速率）。 3. 三种生姜水浸液对所测六种土壤酶活性均产生了不同程度的影响，其中影响最大的是酸性磷酸酶和蔗糖酶，在10 g l-1 时就达到了显著水平，并且所有酶均有随着水浸液浓度增加而增大的趋势；相同部位的水浸液随着浓度的增加，细菌和真菌的数量呈增加趋势，而放线菌的数量呈减少趋势；三种生姜水浸液均随着浓度的增加降低了土壤中有机质的含量，加剧了土壤中硝态氮含量的积累，根茎水浸液对土壤有效磷、速效钾和铵态氮均显示出低浓度提高其含量而高浓度降低其含量的趋势，而茎和叶水浸液则随着浓度的增加均降低了其含量。 4. 与生姜单作相比，所有间作系统均在旺盛生长期和收获期不同程度地提高了土壤酶活性，同时也增加了土壤细菌数量及土壤微生物总数但不显著；所有间作系统在旺盛生长期和收获期均不同程度地影响了土壤真菌及放线菌数量（增加或减少），所有间作系统间的多样性指数差异不显著，除了旺盛生长期四种作物（生姜-大豆-四季葱-大蒜）的间作模式显著降低了多样性指数，其值仅为生姜单作的33.18%；生姜与大豆间作不仅提高了19.6%的生姜产量而且获得了较好的经济效益，并且，所有间作系统均显著抑制了生姜姜瘟病的发生。 5. 不同栽培模式不同程度地影响了收获期生姜的株高、分枝数、根茎产量及内在品质。其中处理2显著地促进了生姜的分枝（10.5%），同时处理2、3和4也促进了生姜的生长（株高分别增加了15.0%、11.4%和14.0%），并且这三个处理提高了生姜的产量；处理2和3能有效提高生姜块茎中维生素C���分别较单作生姜显著提高了3.29%和4.05%）、处理3显著提高了可溶性糖（8.2%）、姜辣素（4.6%）和蛋白质等有益物质的含量，降低硝酸盐有害物质的含量（处理2显著降低了14.0%），改善了姜块的外观和内在品质。并且，生姜与大豆间作具有最高的纯收入和产投比，分别较生姜单作提高了24.80%和8.8%。Recently, allelopathy has been more and more paid attentions by national and foreign scholars with profound research on reasons of crop replanted (continuous planted) obstacle. Ginger rhizome is valuable all over the world either as a spice or herbal medicine and ginger replanted obstacle is also paid attentions. Systematic research on ginger allelopathy will contribute to understanding and ultimate solving problem of ginger replanted obstacle. The effects of ginger aqueous extracts with different parts and concentrations on seed germination and early seedling growth of soybean and chive were studied in this article to testify that ginger existed allelopathy. Furthermore, ginger autotoxicity was also studied by pot experiment in greenhouse (namely research on effects of ginger aqueous extracts with different parts and concentrations on morphological indexes, physiological and biochemical indexes, photosynthesis, soil enzymes, soil microbial diversity and soil nutrients) to reveal mechanism of ginger degeneration and senescence, provide scientific basis for selecting appropriate intercropping species and put forward scientific resolvent for ginger replanted obstacle. The main results were as follows: 1. All aqueous extracts at all concentrations inhibited seed germination, seedling growth, water uptake and lipase activity of soybean and chive compared with the control, and the degree of inhibition increased with the incremental extracts concentration. The degree of toxicity of different ginger plant parts can be classified in order of decreasing inhibition as stem＞leaf＞rhizome. The results of this study suggested that rhizome, stem and leaf of ginger contained water soluble allelochemicals which could inhibit seed germination and seedling growth of soybean and chive. The rhizome is the main harvested part of ginger. The residue (mainly stems and leaves) of the ginger plant should be removed from the field so as to diminish its inhibitory effect. The main allelopathic components of three kind of aqueous extracts were as follows: Rhizome extract chiefly contained syringic acid and vmbelliferone and stem extract mainly contained frulic acid whose content was the highest (73.4 ug/g). The other six substances were detected except of frulic acid, but only contents of syringic acid, vmbelliferone and p-coumaric acid were higher. 2. Stem and leaf aqueous extracts of ginger with different concentrations significantly inhibited plant height, leaf numbers per plant and leaf area, and the degree of inhibition increased with the incremental extracts concentration. However, tiller number per plant of ginger seedling showed no significant difference. At the same time, ginger aqueous extracts also influenced biomass including under-ground biomass, above-ground biomass and total biomass (fresh weight) to a large extent. Under the same concentration, stem aqueous extract showed the mostly inhibitory effect on morphological indexes and biomass indexes of ginger seedling. Rhizome aqueous extract showed the leastly inhibitory effect and leaf aqueous extract was intervenient. Enhanced concentration of ginger aqueous extracts significantly reduced total chlorophyll content, accompanying with increases in memberane permeability (REL) and lipid peroxidation (MDA). Compared with the control, rhizome ginger aqueous extract of lower concentration (10 g l-1) increased the activities of major antioxidant enzymes (superoxide dismutase, SOD; peroxidase, POD; catalase, CAT; ascorbate peroxidase, APX) of ginger leaf tissue and higher concentration inhibited the activities of four antioxidant enzymes. However, stem and leaf aqueous extract inhibited the activities of four antioxidant enzymes with increase in concentration. Meanwhile, enhanced concentration of ginger aqueous extracts significantly reduced photo-parameters of ginger seedling (including CO2 concentration, stoma conductivity, net photosynthesis rate and transpiration rate). 3. Rhizome, stem and leaf ginger aqueous extract showed different effect on six soil enzyme activities, and acid phosphatase and invertase showed significant effect when aqueous extract concentration got 10 g l-1. Furthermore, six soil enzyme activities increased with increase in aqueous extract concentration. Bcterial and fungi number tended to increase while antinomyces tented to decrease with the increase in aqueous extract concentration of identical part. Ginger aqueous extracts reduced soil organic matter content with increased concentration, accompanying with NO3-—N accumulation in soil. Rhizome aqueous extract showed the same tendency for available P, available K and NH4+—N, namely lower concentration increased their contents in soil and higher concentration reduced their contents. While stem and leaf aqueous extracts reduced their contents with the increamental concentration. 4. All intercropping systems increased soil enzyme activities to different extent both at VGS and at HS compared to solo ginger. All intercropping systems increased the colony numbers of soil bacteria and total of soil microbe but not significantly either at VGS or at HS. All intercropping systems increased the colony numbers of soil fungi and actinomytes to a different extent (increase or decrease) both at VGS and at HS. For DI, difference between all cultivation patterns and S-G was not significant either at VGS or at HS except that G-S-C-G whose value was only 33.18% of S-G at VGS significantly decreased. G-S not only increased ginger yield by 19.6% but also obtained better economic benefit. Furthermore, all intercropping systems significantly inhibited occurrence of bacterial wilt of ginger. 5. Different cultivated pattern influenced plant height, tiller numbers, rhizome yields and intrinsic quality of ginger. Treatment 2 significantly facilitated tiller occurring (10.5%). Treatment 2, 3 and 4 promoted ginger growth (plant height respectively increased 15.0%、11.4% and 14.0%) and enhanced rhizome yields. Treatment 2 and 3 effectively increased vitamin C content (significantly increased 3.29% and 4.05% compared to solo ginger). Treatment 3 significantly increased contents of beneficial substances such as soluble sugar (8.2%), gingerols (4.6%) and protein. Treatment 2 significantly decreased contents of deleterious substance namely nitrate (14.0%) and improved appearance and intrinsic quality of ginger rhizome. Furthermore, treatment 2 (ginger/soybean intercropping) could obtain better economic benefit and showed the highest net income and ratio of benefit and cost whose values respectively increased by 24.80% and 8.8% compared to solo ginger.

Late Cenozoic climate changes in China's western interior: a review of research on Lake Qinghai and comparison with other records

IEECAS SKLLQG

Identifying paleoflood deposits archived in Zhongba Site, the Three Gorges reservoir region of the Yangtze River, China

IEECAS SKLLQG

A novel invariant and sequence comparison for DNA

We consider numerical characterization of DNA primary sequence based on the positions of bases (a, t, c, g) and the pairs of bases X, Y in DNA (X, Y=a, t, c, g). This leads to a representation of DNA by a numerical sequence. Then, we extract a novel invariant (molecular connectivity index) from the derived numerical sequences. The suitable invariant can offer a characterization of DNA primary sequence. Finally, we provide an illustration of its utility by making a comparison between ten DNA sequences belonging to beta-globin gene in different species. The evolutionary relationships of ten species we have revealed in this contribution accord with phylogenetic tree properly.

牡蛎染色体的分子生物学分析

本研究应用显带技术和荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization，FISH)技术，鉴定了牡蛎的染色体；应用FISH方法定位了一系列的重复序列和大分子的P1克隆DNA；制备了染色体特异性探针。应用FISH特异性探针成功地鉴定了长牡蛎的三体10。结果如下：1．分析了G���和C���在美洲牡蛎染色体上的分布。G���在每一条染色体上的带型不同，某些染色体间(如第1对和第4对染色体，第7对和第9对染色体)的带型差别不是很明显。G���型容易受染色体收缩程度的影响。C���型重复性较好，染色体带型较清楚，分布在染色体的端粒区域和着丝粒区域。G���和C���带型能够用来鉴定牡蛎的染色体，但是重复性低和带型差异不显著，并不适合常规的染色体鉴定。2．早期胚胎和担轮幼虫制备的染色体适合于FISH分析。染色体制备方法重复性好，可适用于其它贝类的染色体制备。3．研究了重复序列基因--rDNA的定位：1)18S-5.8S rDNA在研究的五种巨蛎属Crassostrea牡蛎均只有一个位 点。太平洋种(C.gigas，C. ariakensis和C. plicatula)中，杂交信号位于最短的染色体一第10对染色体长臂的端粒区域，在大西洋种(C. virginica和C. rhizophorae)中，同一序列定位在第2对染色体短臂的端粒区域。2)18S-28S rDNA在两种蛤中有两个位点。rDNA探针定位在侏儒蛤(Mulinis Lateralis)的第15对和第19对染色体的端粒区域，同一序列定位在硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)的第10对染色体的长臂和第12对染色体短臂的端粒区域。信号强度在两对染色体之间有差异。 3)5s rDNA位于美洲牡蛎的第5对染色体的短臂上靠近着丝粒区域和第6 对染色体的短臂的中间区域。信号强度在两对染色体之间没有显著差异。5S rDNA探针可以作为鉴定和识别第5对和第6对染色体的特异性探针。4．研究了一些重复序列的定位1)两个短的重复序列1G8，1P2均产生很强的荧光信号分布在美洲牡蛎所有的染色体上。在低严谨条件下，这些序列均产生很强的信号散布在所有的染色体上。在高严谨条件下，信号强度大大减弱，但是信号仍散布在所有的染色体上。这些重复序列散布在美洲牡蛎的整个基因组中。2)高度重复序列Cgl70产生的信号分布在长牡蛎的7对染色体的着丝粒区域，没有发现间区信号。在第1对，第2对，第4对和第7对染色体上的荧光信号强且稳定。在第5对，第8对和第10对染色体上的信号相对弱且不稳定。在剩余的染色体上(第3对，第6对和第9对染色体)没有检测到荧光信号。结果表明此卫星序列是一个着丝粒卫星序列。在美洲牡蛎的染色体上没有检测到荧光信号，表明了这个着丝粒卫星序列在这两种牡蛎中的分布存在着显著的差异。3)脊椎动物端粒序列(TTAGGG)n的FISH信号局限在四种双壳贝类(美洲牡蛎，the mangrove oyster，硬壳蛤，侏儒蛤)所有染色体的端粒区域，没有发现间区信号的存在。研究结果与已报道的研究结果表明脊椎动物端粒序列或许存在于所有双壳贝类的染色体末端。双壳贝类是目前研究过的唯一含有脊椎动物端粒序列DNA的无脊椎动物。4)研究了RAPD探针在美洲牡蛎染色体上的定位。大多数RAPD探针产生了多个信号散布在间期细胞核和所有的染色体上。引物OPX-03，OPX-04，OPX—06，OPG-02，OPM—04，OPM-11，0PS-02制备的探针在适宜的条件下产生特异性荧光 信号，分布在牡蛎的特定的染色体上。PCR特异性带产生的探针OPX—06—310和0PG-02—300产生了特异性的荧光信号：OPX—06—310产生的信号位于第5对染色体的短臂的近端粒区域，0PG���02—300探针定位到第3对染色体的短臂上。这两个探针是鉴定美洲牡蛎单条染色体的特异性探针。5．研究了大分子Pl克隆DNA(插入片断为80～100 kb)在美洲牡蛎染色体上的定位。Pl克隆DNA通过切口平移方法标记digoxigenin—11-dUTP用作FISH的探针。Cot-1 DNA作为竞争剂有效地抑制了Pl克隆序列中的重复序列产生的信号。杂交信号用fluorescein标记的anti—digoxigenin抗体来检测，用两层抗体rabbit-anti-sheep抗体和FITC anti—rabbit抗体来扩增信号。9个P1探针成功地定位在特定的染色体上。46—1探针杂交到第1对染色体的长臂靠近着丝粒区域；47-10探针定位到第2对染色体的长臂近端粒区域；Cvpl和48-13两探针定位到第3对染色体上：Cvpl位于短臂的端粒区域，48-13探针位于长臂的近着丝粒区域；48—10探针杂交到第4对染色体的长臂上；48-1探针杂交到第5对染色体长臂的近着丝粒区域；49-11探针位于第7对染色体长臂上；探针49-10和44-11位于第8对染色体长臂上。同时我们成功地将2个P1探针杂交到同一染色体分裂相中，进一步确定了Pl探针在美洲牡蛎染色体 上的定位。6．应用18S-28S rDNA探针成功地鉴定出长牡蛎非整倍体中的三体10。经鉴定AF-35，AF-39和AF-3三体家系属于三体10家系。rDNA探针分布在三条染色体上，即多出的一条染色体为染色体10。相应地在间期细胞核上有三个信号出现。AF-34和AF-36家系不属于三体10家系。rDNA探针分布在两条染色体上，相应地在间期细胞核上有两个信号出现。FISH和染色体特异性探针为非整倍体的鉴定提供了一个快速准确可靠的方法和途径。

皱纹盘鲍基因组单核苷酸多态标记开发与应用

本研究利用皱纹盘鲍的EST序列进行单核苷酸多态（SNP）标记开发；对等位基因特异性PCR（AS-PCR）方法进行了优化，使之适合SNP基因型分析；对一个作图家系开发基因相关SNP标记，并对标记在子代个体中的分离情况进行了分析，探讨了借助SNP在遗传连锁图谱上定位功能基因的方法。 对大约5800条EST序列进行拼接，共获得含有4条以上序列的contig 150个，在86个含有单碱基突变位点的contigs中发现SNP 302个，碱基置换类型A/G���C/T）、A/C���G/T）、A/T、C/G���位点数目分别为147、90、21、16个。50个contigs在BLASTx分析后具有匹配（E值小于1E-5），其中的220个SNPs全部为同义cSNPs，位于遗传密码子的第三简并位。粗略估算，皱纹盘鲍核基因组中SNP的平均分布密度不低于1%。 通过扩增DNA pool后产物直接测序共验证了28个SNP。PCR直接测序法操作简单，结果可靠，一次测序可能验证多个位点，有时还可以发现新的突变位点。通过重点研究引物3’端不同错配对PCR扩增的影响，对AS-PCR的引物设计原则及反应条件进行了探讨及优化，发现在AS引物的3’端倒数第二位引入额外的强错配后，AS-PCR检测SNP的特异性会得到很大的提高，从而使AS-PCR可以满足小规模的SNP基因型分析。 根据EST-contig���者单一的EST序列设计PCR引物74组，其中43组可以特异扩增皱纹盘鲍基因组DNA。用这些引物扩增一个作图家系的父母本，并对PCR产物纯化后分别进行双向直接测序，在18个基因片段中发现了86个SNP，其中82个是新SNP，并且绝大多数SNP位于内含子序列中。这些SNP在父母本中的基因型，在多数情形下，是一方为纯合（AA），而另一方为杂合（AB）；父母本均为杂合和均为纯合的形式则较少。在父母本中杂合形式的SNP位点，理论上可以在子代中发生分离。 在每个基因的内含子中选择父母本基因型为AA×AB或者AB×AA的SNP位点，设计AS-PCR分型引物并检测123个子代个体的基因型。在对9个基因中的11个SNP位点（包括5个母本标记和6个父本标记）进行子代基因型分析后发现，2个位点不符合孟德尔1：1分离（P < 0.05），符合预期分离比率的9个位点存在较大可能定位于遗传连锁图谱。通过分析两组父母本标记（F142和M142，F459和M459）发现，在根据父母本序列设计SNP分型引物时，可以设计指向同一基因的成对的父母本标记，从而使两个单亲标记可作为一个共同标记使用。