Integration of copy number and transcriptomics provides risk stratification in prostate cancer: A discovery and validation cohort study

BACKGROUND: Understanding the heterogeneous genotypes and phenotypes of prostate cancer is fundamental to improving the way we treat this disease. As yet, there are no validated descriptions of prostate cancer subgroups derived from integrated genomics linked with clinical outcome.

METHODS: In a study of 482 tumour, benign and germline samples from 259 men with primary prostate cancer, we used integrative analysis of copy number alterations (CNA) and array transcriptomics to identify genomic loci that affect expression levels of mRNA in an expression quantitative trait loci (eQTL) approach, to stratify patients into subgroups that we then associated with future clinical behaviour, and compared with either CNA or transcriptomics alone.

FINDINGS: We identified five separate patient subgroups with distinct genomic alterations and expression profiles based on 100 discriminating genes in our separate discovery and validation sets of 125 and 103 men. These subgroups were able to consistently predict biochemical relapse (p = 0.0017 and p = 0.016 respectively) and were further validated in a third cohort with long-term follow-up (p = 0.027). We show the relative contributions of gene expression and copy number data on phenotype, and demonstrate the improved power gained from integrative analyses. We confirm alterations in six genes previously associated with prostate cancer (MAP3K7, MELK, RCBTB2, ELAC2, TPD52, ZBTB4), and also identify 94 genes not previously linked to prostate cancer progression that would not have been detected using either transcript or copy number data alone. We confirm a number of previously published molecular changes associated with high risk disease, including MYC amplification, and NKX3-1, RB1 and PTEN deletions, as well as over-expression of PCA3 and AMACR, and loss of MSMB in tumour tissue. A subset of the 100 genes outperforms established clinical predictors of poor prognosis (PSA, Gleason score), as well as previously published gene signatures (p = 0.0001). We further show how our molecular profiles can be used for the early detection of aggressive cases in a clinical setting, and inform treatment decisions.

INTERPRETATION: For the first time in prostate cancer this study demonstrates the importance of integrated genomic analyses incorporating both benign and tumour tissue data in identifying molecular alterations leading to the generation of robust gene sets that are predictive of clinical outcome in independent patient cohorts.

The Early Effects of Rapid Androgen Deprivation on Human Prostate Cancer

The androgen receptor (AR) is the dominant growth factor in prostate cancer (PCa). Therefore, understanding how ARs regulate the human transcriptome is of paramount importance. The early effects of castration on human PCa have not previously been studied 27 patients medically castrated with degarelix 7 d before radical prostatectomy. We used mass spectrometry, immunohistochemistry, and gene expression array (validated by reverse transcription-polymerase chain reaction) to compare resected tumour with matched, controlled, untreated PCa tissue. All patients had levels of serum androgen, with reduced levels of intraprostatic androgen at prostatectomy. We observed differential expression of known androgen-regulated genes (TMPRSS2, KLK3, CAMKK2, FKBP5). We identified 749 genes downregulated and 908 genes upregulated following castration. AR regulation of α-methylacyl-CoA racemase expression and three other genes (FAM129A, RAB27A, and KIAA0101) was confirmed. Upregulation of oestrogen receptor 1 (ESR1) expression was observed in malignant epithelia and was associated with differential expression of ESR1-regulated genes and correlated with proliferation (Ki-67 expression).

PATIENT SUMMARY: This first-in-man study defines the rapid gene expression changes taking place in prostate cancer (PCa) following castration. Expression levels of the genes that the androgen receptor regulates are predictive of treatment outcome. Upregulation of oestrogen receptor 1 is a mechanism by which PCa cells may survive despite castration.

Choline Kinase Alpha as an Androgen Receptor Chaperone and Prostate Cancer Therapeutic Target

BACKGROUND: The androgen receptor (AR) is a major drug target in prostate cancer (PCa). We profiled the AR-regulated kinome to identify clinically relevant and druggable effectors of AR signaling.

METHODS: Using genome-wide approaches, we interrogated all AR regulated kinases. Among these, choline kinase alpha (CHKA) expression was evaluated in benign (n = 195), prostatic intraepithelial neoplasia (PIN) (n = 153) and prostate cancer (PCa) lesions (n = 359). We interrogated how CHKA regulates AR signaling using biochemical assays and investigated androgen regulation of CHKA expression in men with PCa, both untreated (n = 20) and treated with an androgen biosynthesis inhibitor degarelix (n = 27). We studied the effect of CHKA inhibition on the PCa transcriptome using RNA sequencing and tested the effect of CHKA inhibition on cell growth, clonogenic survival and invasion. Tumor xenografts (n = 6 per group) were generated in mice using genetically engineered prostate cancer cells with inducible CHKA knockdown. Data were analyzed with χ(2) tests, Cox regression analysis, and Kaplan-Meier methods. All statistical tests were two-sided.

RESULTS: CHKA expression was shown to be androgen regulated in cell lines, xenografts, and human tissue (log fold change from 6.75 to 6.59, P = .002) and was positively associated with tumor stage. CHKA binds directly to the ligand-binding domain (LBD) of AR, enhancing its stability. As such, CHKA is the first kinase identified as an AR chaperone. Inhibition of CHKA repressed the AR transcriptional program including pathways enriched for regulation of protein folding, decreased AR protein levels, and inhibited the growth of PCa cell lines, human PCa explants, and tumor xenografts.

CONCLUSIONS: CHKA can act as an AR chaperone, providing, to our knowledge, the first evidence for kinases as molecular chaperones, making CHKA both a marker of tumor progression and a potential therapeutic target for PCa.

Behavioural reactivity of ewes and lambs during partial and total social isolation

This work investigated the differences in the reactivity of Sarda (primiparous n= 18, multiparous n= 17) and Dorset (multiparous n= 8) breeds of sheep and their singleton lambs to two challenging test situations involving a mother-lamb partial separation test and an isolation test. Non-parametric analysis used single behavioural variables and fear scores to evaluate the effect of parity, sex of lambs, and the association between mother-lamb behaviour. Amongst ewes, Dorset were characterised by a more calm temperament while Sarda (especially primiparous ewes) were more active in their response to challenge (i.e. more attempts to escape). As with their dams, lambs reflected to a certain extent this divergence and overall during isolation lamb fear score was on average significantly higher than dams. Correlations between measures of behavioural reactivity across tests were carried out to search for predictive measures of fear. A very strong correlation emerged linking vocalisation to locomotor activity. Vocalisation could be a good candidate as predictor factor of an active reaction of sheep to a fearful situation.

Gene regulatory mechanisms underpinning prostate cancer susceptibility

Molecular characterization of genome-wide association study (GWAS) loci can uncover key genes and biological mechanisms underpinning complex traits and diseases. Here we present deep, high-throughput characterization of gene regulatory mechanisms underlying prostate cancer risk loci. Our methodology integrates data from 295 prostate cancer chromatin immunoprecipitation and sequencing experiments with genotype and gene expression data from 602 prostate tumor samples. The analysis identifies new gene regulatory mechanisms affected by risk locus SNPs, including widespread disruption of ternary androgen receptor (AR)-FOXA1 and AR-HOXB13 complexes and competitive binding mechanisms. We identify 57 expression quantitative trait loci at 35 risk loci, which we validate through analysis of allele-specific expression. We further validate predicted regulatory SNPs and target genes in prostate cancer cell line models. Finally, our integrated analysis can be accessed through an interactive visualization tool. This analysis elucidates how genome sequence variation affects disease predisposition via gene regulatory mechanisms and identifies relevant genes for downstream biomarker and drug development.

Effet ajouté et participation des pères à un programme d'entraînement aux habiletés parentales

Selon l'American Psychiatric Association (APA, 2004), les troubles du comportement perturbateur (TCP) se divisent en trois diagnostics : le trouble d'attention avec ou sans hyperactivité (TDA/H), le trouble d'opposition avec ou sans provocation (TOP) et le trouble des conduites (TC). Les programmes d'entraînement aux habiletés parentales (PEHP) sont reconnus comme étant des pratiques probantes dans le traitement de ces troubles (Hartman, Stage et Webster-Stratton, 2003; Kazdin, 2001; Nock & Kazdin, 2001; Webster-Stratton, 2007; Weersing & Weisz, 2000). Toutefois, les pères s'impliquent généralement moins que les mères dans ce type d'intervention alors que leur implication dans la vie de l'enfant est associée à de nombreux bénéfices (Coplin & Houts, 1991; Lamb, 2004). Les objectifs de cette étude sont de vérifier si la participation des pères au programme est similaire à celle des mères et de vérifier quel est l'effet ajouté de leur participation à l'efficacité d'un PEHP sur l'enfant, les parents et la famille. Au total, 33 familles ont participé au programme et leur présence est justifiée par le TDA/H de leur enfant. Le groupe "sans père" (SP) est formé de 9 mères qui sont venues seules aux rencontres et le groupe "avec pères" (AP) est formé de 24 pères et mères venus ensemble. Ils ont participé au programme Ces années incroyables qui inclut 16 rencontres de groupe de deux heures chacune. L'évaluation est faite avant le programme (pré-test, Tl), à la fin (post-test, T2) et 6 mois plus tard (suivi, T3) et inclut des mesures du comportement de l'enfant, des pratiques éducatives parentales, du stress parental, du sentiment d'autoefficacité parental et du fonctionnement familial. Les résultats démontrent que les pères accompagnés sont moins assidus que les mères accompagnées, mais ne se distinguent pas des mères qui sont venues seules. Leur engagement dans les rencontres est toutefois similaire à celui des mères. Les analyses de variance à mesures répétées démontrent une amélioration plus immédiate des comportements extériorisés chez l'enfant dont le père était présent au programme. Suite au programme (post-test), sa présence n'a pas d'effet sur le stress parental, mais six mois après la fin de ce dernier (suivi), les mères qui y étaient seules se sentent plus stressée [i.e. stressées] que celles qui étaient accompagnées du père. Toutefois, très peu d'effets ont été décelés sur les pratiques éducatives parentales et le fonctionnement familial. La discussion analyse ces résultats et y fait suivre des retombées cliniques.

Club Roma MVP Trophy

Professor McNeil presents Ken Lamb with The Club Roma Trophy in 1978.

Letter - Andrew Cowan to William Cowan

A letter from Andrew Cowan to his son William Cowan 29 Septemer 1841. The letter reads "Dear William, I have taken my pen the third time since I have received any word from you, my first letter was about the beginning of the year, and the second in the month of April with John Armstrong of Northhouse, he sailed from Liverpool the fifteen of that month with his sisters Jane and Jenny and their two children. I received a letter from him dated Cleavland in the State of Ohio the 6 of June. He did not intend stopping in that place. The leaves us all well for any thing that I know, but I have not heard from Andrew since March altho I have writen to him three months since your Mother and I are both sore faild altho we have tolerable good health for which we desire to be thankfull to the giver of all our mercies, which are new every day, that we may be found in Christs and clothed in his imputed righteousness at the last, for in him is only found true happyness. We have had another cold wet Summer and the crops is far back ------ not light, the price of -----is high and trade bad, but sheep and cattle are high. Cattle have not been higher since the French war, but the cattle trade is very bad at present and the opperatives out of imployment and consequently verrry badly of. If none of my former letters have reached you this will inform you that James is at Lanshawburn, and gets imployment all the year, he keeps a cow and five or six sheep, they have three children, Mary, Hannah, and Andrew; I was there after clipping time seeing them, they seem to be verry happy. James Lamb is well he was here the other night, he has got two letters from his son Adam this Summer; they are still in the same place and will finish their job this fall, and seem to be doing well, your Uncle Adam Scott and family are well. John was there lately there is little prospect of his getting to America as the money that was left him is not got yet and will not for some time, If ever this reach you, you must let us know how all the Scotch people that are near you, that went from this place of the Country are doing, as their freinds are anxious to hear from them, perticularly if you know what is becomed of Alexander Hoggs widow and family of ------hill, as I was desired to write to you about them - I got a letter from John Miller dated Gatt but I understand it is a long way from your place he was a gentleman and had the charge of a farm and seems verry ----- Now William if this ever reach you, you must excuse me for not filling this letter up, but if I receive an answer I promise to fill the next better, We all join in our love and respect to you and family. From your loving Father Andrew Cowan

Drawing, St. Catharines House on February 26, 1849

A drawing done on paper 50cm x 45cm and mounted in a frame under glass. This is a drawing of a meeting held at the St. Catharines House on February 26, 1849. The drawing was done from memory by W. Osborn who has signed the picture on one of the pillars on the right hand side of the picture. The caption under the picture reads "Act 1st Scene 1st". There is some dialogue, "Woodruff - 'He says gentlemen, my son holds an office under Government, of 400 pounds per year - he forgot to tell you, he sold his constituents at Cornwall' - Macdonald 'You're a liar'". The artist portrays a fight breaking out and lists the characters as Boyd , Rykert, Hobdon, Foley, The Sheriff, Woodruff, J.W.O. Clarke, McDonald, Lamb, Hamilton and Hathaway. There are some very slight wrinkles and tears in the drawing. They do not affect the drawing. [Rolland MacDonald (1810-1881) represented Cornwall in the Legislative Assembly of the Province of Canada from 1844-1846. He was called to the bar in 1832 and set up practice in St. Catharines. The quote on the drawing concerns the constituents at Cornwall. This meeting was covered in reports in the St. Catharines Journal on: March 1, March 8, march 15 and march 22, 1849. There is also an excerpt in William Hamilton Merritt's diary noting the riot and the sketch by Osborn].

Building Blocks : Children's Literature and the Formation of a Nation, 1750-1825

«Building Blocks: Children’s Literature and the Formation of a Nation, 1750-1825» examine la façon dont la littérature pour enfants imprègne les jeunes lecteurs avec un sens de nationalisme et d'identité nationale à travers la compréhension des espaces et des relations spatiales. La thèse étudie les œuvres d’enfants par Thomas Day, Sarah Fielding, Mary Wollstonecraft, Richard Lovell et Maria Edgeworth, Charles et Mary Lamb, Sarah Trimmer, Lucy Peacock, Priscilla Wakefield, John Aikin, et Anna Laetitia Barbauld. Les différents sujets thématiques reflètent la façon dont les frontières entre les dimensions extérieures et intérieures, entre le monde physique et le domaine psychologique, sont floues. En s'appuyant sur les travaux de penseurs éducatifs, John Locke et Jean-Jacques Rousseau, les écritures pour les enfants soulignent l'importance des expériences sensorielles qui informent l’évolution interne des individus. En retour, la projection de l'imagination et l'investissement des sentiments aident à former la manière dont les gens interagissent avec le monde matériel et les uns envers les autres afin de former une nation. En utilisant une approche Foucaldienne, cette thèse montre comment la discipline est inculquée chez les enfants et les transforme en sujets réglementés. Grâce à des confessions et des discours, les enfants souscrivent à la notion de surveillance et de transparence tandis que l'appréciation de l'opinion publique encourage la pratique de la maîtrise de soi. Les enfants deviennent non seulement des ébauches, sensibles à des impressions, mais des corps d'écriture lisibles. Les valeurs et les normes de la société sont internalisées pendant que les enfants deviennent une partie intégrale du système qu'ils adoptent. L'importance de la visibilité est également soulignée dans la popularité du système de Linné qui met l'accent sur l'observation et la catégorisation. L'histoire naturelle dans la littérature enfantine renforce la structure hiérarchique de la société, ce qui souligne la nécessité de respecter les limites de classes et de jouer des rôles individuels pour le bien-être de la collectivité. Les connotations religieuses dans l'histoire naturelle peuvent sembler justifier l'inégalité des classes, mais elles diffusent aussi des messages de charité, de bienveillance et d'empathie, offrant une alternative ou une forme d’identité nationale «féminine» qui est en contraste avec le militarisme et le nationalisme patricien. La seconde moitié de la thèse examine comment la théorie des « communautés imaginées » de Benedict Anderson devient une possibilité à travers le développement du goût national et une compréhension de l'interconnexion entre les individus. Le personnage du barde pointe à la centralité de l'esprit communautaire dans l'identité nationale. Parallèlement à la commercialisation croissante de produits culturels et nationaux durant cette période, on retrouve l’augmentation de l’attachement affectif envers les objets et la nécessité de découvrir l'authentique dans la pratique de la réflexion critique. La propriété est redéfinie à travers la question des «vrais» droits de propriété et devient partagée dans l'imaginaire commun. Des cartes disséquées enseignent aux enfants comment visualiser des espaces et des frontières et conceptualisent la place de l’individu dans la société. Les enfants apprennent que des actions disparates effectuées dans la sphère domestique ont des répercussions plus importantes dans le domaine public de la nation.

Développement de nouvelles formulations d’antifongiques et évaluation de l’activité sur Candida spp. et Aspergillus spp.

Les travaux effectués dans le cadre de cette thèse de doctorat avaient pour but de mettre au point des nouvelles formulations d’antifongiques sous forme de nanoparticules polymériques (NP) en vue d’améliorer l’efficacité et la spécificité des traitements antifongiques sur des souches sensibles ou résistantes de Candida spp, d’Aspergillus spp et des souches de Candida albicans formant du biofilm. Dans la première partie de ce travail, nous avons synthétisé et caractérisé un polymère à base de polyester-co-polyéther branché avec du poly(éthylène glycol) (PEG-g-PLA). En plus d’être original et innovant, ce co-polymère a l’avantage d’être non-toxique et de posséder des caractéristiques de libération prolongée. Trois antifongiques couramment utilisés en clinique et présentant une biodisponibilité non optimale ont été choisis, soient deux azolés, le voriconazole (VRZ) et l’itraconazole (ITZ) et un polyène, l’amphotéricine B (AMB). Ces principes actifs (PA), en plus des problèmes d’administration, présentent aussi d’importants problèmes de toxicité. Des NP polymériques encapsulant ces PA ont été préparées par une technique d’émulsion huile-dans-l’eau (H/E) suivie d’évaporation de solvant. Une fois fabriquées, les NP ont été caractérisées et des particules de d’environ 200 nm de diamètre ont été obtenues. Les NP ont été conçues pour avoir une structure coeur/couronne avec un coeur constitué de polymère hydrophobe (PLA) et une couronne hydrophile de PEG. Une faible efficacité de chargement (1,3% m/m) a été obtenue pour la formulation VRZ encapsulé dans des NP (NP/VRZ). Toutefois, la formulation AMB encapsulée dans des NP (NP/AMB) a montré des taux de chargement satisfaisants (25,3% m/m). En effet, le caractère hydrophobe du PLA a assuré une bonne affinité avec les PA hydrophobes, particulièrement l’AMB qui est le plus hydrophobe des agents sélectionnés. Les études de libération contrôlée ont montré un relargage des PA sur plusieurs jours. La formulation NP/AMB a été testée sur un impacteur en cascade, un modèle in vitro de poumon et a permis de démontrer le potentiel de cette formulation à être administrée efficacement par voie pulmonaire. En effet, les résultats sur l’impacteur en cascade ont montré que la majorité de la formulation s’est retrouvée à l’étage de collecte correspondant au niveau bronchique, endroit où se situent majoritairement les infections fongiques pulmonaires. Dans la deuxième partie de ces travaux, nous avons testé les nouvelles formulations d’antifongiques sur des souches planctoniques de Candida spp., d’Aspergillus spp. et des souches de Candida albicans formant du biofilm selon les procédures standardisées du National Committee for Clinical Laboratory Standards (NCCLS). Les souches choisies ont démontré des résistances aux azolés et aux polyènes. Les études d’efficacité in vitro ont permis de prouver hors de tout doute que les nouvelles formulations offrent une efficacité nettement améliorée comparée à l’agent antifongique libre. Pour mettre en lumière si l’amélioration de l’efficacité antifongique était due à une internalisation des NP, nous avons évalué le comportement des NP avec les cellules de champignons. Nous avons procédé à des études qualitatives de microscopie de fluorescence sur des NP marquées avec de la rhodamine (Rh). Tel qu’attendu, les NP ont montré une localisation intracellulaire. Pour exclure la possibilité d’une simple adhésion des NP à la surface des levures, nous avons aussi confirmé leur internalisation en microscopie confocale de fluorescence. Il est important de noter que peu d’études à ce jour ont mis l’accent sur l’élaboration de nouvelles formulations d’antifongiques à base de polymères non toxiques destinées aux traitements des mycoses, donnant ainsi une grande valeur et originalité aux travaux effectués dans cette thèse. Les résultats probants obtenus ouvrent la voie vers une nouvelle approche pour contourner les problèmes de résistances fongiques, un problème de plus en plus important dans le domaine de l’infectiologie.

From Dante to the Romantics : The Reception History of Leigh Hunt's "The Story of Rimini"

1816 was arguably the most significant year in Leigh Hunt's career as a Romantic poet. After a two-year imprisonment, he had spent much of 1815 going back to the theatre and seeing Edmund Kean, the actor whom Hazlitt had praised so highly in the pages of The Examiner. [...]

Étude des liens entre l’orientation mentale paternelle et le développement des manifestations morales à l’âge préscolaire

Essai présenté à la Faculté des arts et des sciences en vue de l’obtention du doctorat en psychologie (D.Psy.)

Factors influencing the success of animal husbandry cooperatives: A case study in Southwest Iran

This survey study aimed at identifying the factors influencing the success of animal husbandry cooperatives in Southwest Iran. Using a questionnaire, the data were collected from 95 managing directors of the cooperatives who were chosen through a multi-stage stratified random sampling method. This study showed an essential need for a systemic framework to analyze the cooperatives’ success. The results showed that the “Honey Bee”, “Cattle (dairy)”, and “Lamb” cooperatives were the most successful among different kinds of the cooperatives. Also, among individual attributes, “interest”, “technical knowledge”, and “understanding the concept of cooperative”; among economic variables, “income” and “current investment”; and among external factors, “market access” have significant correlation with the success while structural variables have no significant relation. Furthermore, among all the factors, four variables (“interest”, “understanding the concept of cooperative”, “market access”, and “other incomes”) can explain the variations of the success.

Plan de Mercadeo: Caso SCAD Colombia Ltda.

SCAD Colombia es una empresa que provee soluciones para la automatización documental a nivel latinoamericano, actualmente distribuye una solución desarrollada por la empresa Readsoft de Suecia llamada Process Director, la solución hoy en día no tiene los niveles de reconocimiento ni de ventas esperados, sin embargo, tiene un mercado interesante e inexplorado en su mayoría. Para el año 2012 SCAD Colombia pretende buscar la manera que le permita obtener los objetivos establecidos para dicha solución en el mercado. El presente documento “Plan de mercadeo: Caso SCAD Colombia” propone una serie de análisis y estrategias que la empresa puede seguir con el fin de conseguir los resultados esperados.