Arbitrarily primed PCR fingerprinting of RNA and DNA in Entamoeba histolytica

Differences were detected in the gene expression of strains of E. histolytica using RNA (RAP-PCR) and DNA fingerprinting (RAPD). Analysis of the electrophoretic profiles of the gels revealed some polymorphic markers that could be used in the individual characterization of the strains. The 260 bands generated by using five different primers for RAP-PCR, as well as RAPD, were employed in the construction of dendograms. The dendogram obtained based on the RAPD products permitted the distinction of symptomatic and asymptomatic isolates, as well the correlation between the polymorphism exhibited and the virulence of the strains. The dendogram obtained for the RAP-PCR products did not show a correlation with the virulence of the strains but revealed a high degree of intraspecific transcriptional variability that could be related to other biological features, whether or not these are involved in the pathogenesis of amebiasis.

Desenvolvimento de ferramentas BIM no âmbito do cálculo estrutural em situação de incêndio

Este trabalho insere-se no âmbito de um estágio curricular realizado no gabinete de projetos SE2P, durante o qual foram desenvolvidas ferramentas de cálculo estrutural em situação de incêndio, integradas numa metodologia de trabalho que segue os princípios inerentes à tecnologia BIM (Building Information Modeling). Em particular foi implementado um procedimento de análise ao fogo segundo os modelos simplificados prescritos pelos Eurocódigos. Estes modelos garantem a segurança estrutural, permitindo, de forma rápida e eficiente, a determinação das necessidades de proteção passiva para diferentes cenários, tendo em vista a obtenção da solução mais económica. Esta dissertação, para além da apresentação do trabalho desenvolvido em regime de estágio curricular, objetivou dotar o leitor de um documento que introduza os principais conceitos relativos ao cálculo estrutural em situação de incêndio, indicando as várias opções de análise e respetivas vantagens e desvantagens, ajudando a definir a sua adequabilidade ao projeto em estudo. Neste contexto é efetuada uma introdução geral ao fenómeno do fogo e às medidas mais correntes de proteção, indicando-se os documentos normativos aplicáveis tanto ao cálculo estrutural como aos materiais de proteção. É também abordada a interação entre as várias normas que devem ser consultadas quando é efetuada uma análise ao fogo, e quais se aplicam a cada fase da análise. Efetua-se uma clara distinção entre a análise do comportamento térmico e mecânico, indicando-se as principais propriedades dos materiais em função do tipo de análise e a forma como são afetadas pela temperatura. No campo da análise do comportamento térmico faz-se essencialmente referência aos modelos de cálculo simplificados do desenvolvimento da temperatura em elementos metálicos e vigas mistas, com e sem proteção passiva. No que concerne ao campo da análise do comportamento mecânico são descritos os modelos de cálculo simplificados para a verificação da segurança estrutural atendendo às ações e combinações em situação de incêndio e à perda de resistência a temperaturas elevadas. Relativamente ao trabalho desenvolvido na SE2P, relativo ao desenvolvimento de ferramentas de cálculo e a sua implementação na análise ao fogo, realiza-se uma descrição detalhada de todo o processo, e da forma como se integra no conceito BIM, utilizando informações provenientes da modelação das estruturas e introduzindo novos dados ao modelo. Realizou-se também a aplicação de todo o procedimento de análise e das ferramentas desenvolvidas, a um caso de estudo baseado num edifício de habitação. Este caso de estudo serviu também para criar cenários de otimização utilizando-se referências de preços de mercado para o aço, sua transformação em fábrica e sistemas de proteção passiva, demonstrando-se a dificuldade em encontrar caminhos rápidos e diretos de decisão no processo de otimização.

Revestimento de fachadas e coberturas com chapas de zinco e cobre

O presente trabalho tem como objetivo o estudo da utilização do zinco e do cobre como revestimento de coberturas e de fachadas em edifícios. O trabalho inicia-se com uma introdução sobre as características do zinco e cobre e a sua aplicação desde os primeiros tempos até à atualidade. Incluiu-se uma breve explanação sobre a sua produção, extração, disponibilidade de recursos, reciclagem e compatibilidade com outros materiais. O trabalho inclui também um capítulo destinado a compreender os princípios que justificam o seu uso em revestimentos, onde se aborda a sua importância na ventilação, sistemas de drenagem e noutras temáticas associadas ao processo construtivo. Em seguida desenvolve-se um capítulo orientado para os sistemas de revestimento mais comuns, onde se faz a separação entre sistemas com e sem ventilação e as diferentes técnicas e formas de instalação. Apresenta-se finalmente um caso prático de estudo de um sistema de revestimento de uma cobertura, onde se completa com um subcapítulo destinado à quantificação da ação do vento, da chuva e dos seus efeitos, mas também, onde se realça a importância da análise do comportamento e desempenho dos respetivos órgãos de drenagem.

Intraepidermal Epidermotropic Metastatic Melanoma: a Clinical and Histopathological Mimicker of Melanoma in Situ Occurring in Multiplicity

The distinction between primary melanoma and melanoma metastatic to the skin has major prognostic implications. We report a case of a 67-year-old male with a diagnosis of a superficial spreading melanoma (stage IB) rendered 6 years earlier who presented clinically with an atypical nevus on his left thigh. Histopathological examination showed an intraepidermal melanocytic proliferation that was interpreted as melanoma in situ. Subsequently, 45 additional pigmented macules appeared in crops over a 9-month period. Clinically and dermoscopically, these lesions were extremely polymorphic. Histopathological findings were compatible with melanoma in situ, as each lesion consisted of a wholly intraepidermal proliferation of markedly atypical melanocytes arranged singly and in nests. A complete gastrointestinal study showed multiple pigmented metastatic lesions throughout the stomach and small bowel, which supported a diagnosis of metastatic melanoma with gastrointestinal and epidermotropic skin involvement. Monosomy of chromosome 9 and a BRAF V600E mutation were detected in the primary tumor sample and in macro-dissected secondary lesions. No CDKN2A or CDK4 germline mutations were found. Intraepidermal epidermotropic metastases of melanoma have been rarely described in literature. In this case, histopathology alone was insufficient to distinguish metastatic melanoma from multiple in situ melanomas. The recognition of epidermotropic metastases should be based on the correlation between clinical, dermoscopic, histopathological and molecular findings.

Matrix fractional systems

This paper addresses the matrix representation of dynamical systems in the perspective of fractional calculus. Fractional elements and fractional systems are interpreted under the light of the classical Cole–Cole, Davidson–Cole, and Havriliak–Negami heuristic models. Numerical simulations for an electrical circuit enlighten the results for matrix based models and high fractional orders. The conclusions clarify the distinction between fractional elements and fractional systems.

Oral cavity eumycetoma

Mycetoma is a pathological process in which eumycotic (fungal) or actinomycotic causative agents from exogenous source produce grains. It is a localized chronic and deforming infectious disease of subcutaneous tissue, skin and bones. We report the first case of eumycetoma of the oral cavity in world literature. CASE REPORT: A 43-year-old male patient, complaining of swelling and fistula in the hard palate. On examination, swelling of the anterior and middle hard palate, with fistula draining a dark liquid was observed. The panoramic radiograph showed extensive radiolucent area involving the region of teeth 21-26 and the computerized tomography showed communication with the nasal cavity, suggesting the diagnosis of periapical cyst. Surgery was performed to remove the lesion. Histopathological examination revealed purulent material with characteristic grain. Gram staining for bacteria was negative and Grocott-Gomori staining for the detection of fungi was positive, concluding the diagnosis of eumycetoma. The patient was treated with ketoconazole for nine months, and was considered cured at the end of treatment. CONCLUSION: Histopathological examination, using histochemical staining, and direct microscopic grains examination can provide the distinction between eumycetoma and actinomycetoma accurately.

Clinical Dilemma in the Treatment of a Patient with Microangiopathic Haemolytic Anaemia, Thrombocytopaenia and Severe Hypertension

While haemolytic uraemic syndrome in children is predominantly associated with Shiga toxin -producing Escherichia coli (typically 0157:H7), some cases occur without associated diarrhoea, or as the manifestation of an underlying disorder other than infection. Haemolytic uraemic syndrome is characterised by microangiopathic anaemia, thrombocytopaenia and renal failure, on occasion accompanied by severe hypertension. Malignant hypertension is a syndrome that sometimes exhibits the same laboratory abnormalities as haemolytic uraemic syndrome as it may share the same pathological findings: thrombotic microangiopathy. As clinical features of both entities overlap, the distinction between them can be very difficult. However, differentiation is essential for the treatment decision, since early plasma exchange dramatically reduces mortality in haemolytic uraemic syndrome not associated with diarrhoea. An increasing number of genetic causes of this pathology have been described and may be very useful in differentiating it from thrombotic microangiopathy due to other aetiologies. Despite advances in the understanding of the pathophysiology of haemolytic uraemic syndrome not associated with diarrhoea, the management often remains empirical. We describe a patient with simultaneous microangiopathic haemolytic anaemia, thrombocytopaenia and severe hypertension managed in the acute period of illness with plasma exchange.

High-Content Analysis of Breast Cancer Using Single-Cell Deep Transfer Learning

High-content analysis has revolutionized cancer drug discovery by identifying substances that alter the phenotype of a cell, which prevents tumor growth and metastasis. The high-resolution biofluorescence images from assays allow precise quantitative measures enabling the distinction of small molecules of a host cell from a tumor. In this work, we are particularly interested in the application of deep neural networks (DNNs), a cutting-edge machine learning method, to the classification of compounds in chemical mechanisms of action (MOAs). Compound classification has been performed using image-based profiling methods sometimes combined with feature reduction methods such as principal component analysis or factor analysis. In this article, we map the input features of each cell to a particular MOA class without using any treatment-level profiles or feature reduction methods. To the best of our knowledge, this is the first application of DNN in this domain, leveraging single-cell information. Furthermore, we use deep transfer learning (DTL) to alleviate the intensive and computational demanding effort of searching the huge parameter's space of a DNN. Results show that using this approach, we obtain a 30% speedup and a 2% accuracy improvement.

Onychoscopy

Dermatoscopy can be used to evaluate the nail apparatus (ie, onychoscopy), and it is helpful for the diagnosis of numerous nail diseases and tumors. This article reviews the information that can be obtained in cases of nail dyschromia and especially in cases of melanonychia, in which the distinction between benign melanocytic activation or proliferation and malignancy is crucial. Dermatoscopic changes that accompany specific nail diseases are also reviewed, such as those observed with subungual hemorrhage, bacterial and fungal nail infections, psoriasis of the nail, lichen planus of the nail, and vascular abnormalities of the nail fold.

Cessão de créditos - uma opção de financiamento

Dissertação de Mestrado em Solicitaria

Relatório de estágio

O presente relatório tem como intuito refletir sobre o desenvolvimento pessoal e profissional da mestranda, a sua experiência e os conhecimentos adquiridos em resultado da prática pedagógica supervisionada desenvolvida ao nível da Educação Pré-Escolar e do 1.º Ciclo do Ensino Básico ao longo deste mestrado. Ao longo da prática, a ação da mestranda foi orientada pela metodologia de investigação-ação, constituída por várias etapas cíclicas e articuladas (observação, planificação, ação, reflexão e avaliação) numa perspetiva socio construtivista. Esta estratégia possibilitou a planificação de atividades adequadas às caraterísticas específicas de cada grupo. Para isso foi indispensável adotar uma atitude profissional indagadora, de caráter investigativo e crítico-reflexivo, que permitiu agir intencionalmente em cada situação, procurando atender às necessidades e interesses de cada criança. A mestranda desenvolveu a sua forma pessoal de pensar e agir no decorrer da sua prática baseando-se em quadros teóricos e concetuais, visando uma diferenciação educativa e uma colaboração profissional e reflexiva. Em suma, os estágios desenvolvidos nos dois níveis educativos promoveram a edificação de uma postura profissional reflexiva e investigativa que favoreceu a tomada de decisões em contexto de prática. Neste contexto, foram reafirmadas competências profissionais e pessoais e abriu-se caminho para uma formação ao longo da vida, essencial para um docente generalista.

Oil, foreign aid and FDI flows: The missing link?

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Economics from the NOVA – School of Business and Economics

Os secretários de estado da democracia portuguesa: perfis sociopolíticos e carreiras governativas

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciência Política e Relações Internacionais

Hierarchical Reinforcement Learning in Behavior and the Brain

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology, Neuroscience

Ultrassonografia torácica : impacto no diagnóstico e estadiamento do cancro do pulmão

RESUMO:RESUMO: Nos últimos anos a ultrassonografia emergiu como um instrumento importante no diagnóstico da patologia torácica. O progresso tecnológico possibilitou a conceção de novos equipamentos como a ecoendoscopia brônquica radial e linear. Verificou-se, igualmente, o aparecimento de indicações para a realização de ecografia transtorácica. Uma das principais doenças impulsionadoras da técnica ultrassonográfica no tórax foi o cancro do pulmão, primeira causa de morte oncológica a nível mundial. A aplicabilidade e conhecimento do papel dos ultrassons no âmbito do diagnóstico e estadiamento do cancro do pulmão não se encontram esgotados, persistindo focos de controvérsia e dúvida científica que se pretendem esclarecer. A presente tese foi organizada em cinco capítulos: o primeiro abordou de forma geral e introdutória o estado da arte referente à ultrassonografia torácica, cancro do pulmão e a sua conjugação; o segundo destacou os principais objetivos; o terceiro sumarizou a metodologia utilizada; o quarto englobou os cinco estudos publicados, descritos subsequentemente, e o quinto incluiu uma discussão concisa, as principais conclusões e perspetivas futuras. O primeiro estudo avaliou a rentabilidade diagnóstica, segurança e curva de aprendizagem num coorte de 179 doentes submetidos a ecoendoscopia brônquica linear. De acordo com as indicações para este procedimento os doentes foram subdivididos em três grupos: (1) diagnóstico, (2) diagnóstico e estadiamento e (3) estadiamento. Para o primeiro, segundo e terceiro grupos a sensibilidade da ecoendoscopia foi 86.1%, 86.7% e 95% respetivamente e a precisão técnica foi 87.5%, 93.1% e 97.7% respetivamente. O treino originou um aumento progressivo do número de locais puncionados por doente, com menor duração e sem complicações, comprovando a eficácia e segurança do método quando realizado na população Portuguesa por broncologistas com experiência. O segundo estudo foi conduzido para averiguar a eficácia e custo da ecoendoscopia brônquica linear realizada através da via aérea e/ou esófago no diagnóstico de lesões sugestivas de neoplasia do pulmão, após ineficácia das técnicas convencionais. Nos doentes incluídos prospetivamente alcançou-se um diagnóstico definitivo em 106 casos (87.6%). A sensibilidade global para o diagnóstico de cancro do pulmão foi 89.8%, a especificidade foi 100%, o valor preditivo positivo foi 100%, o valor preditivo negativo foi 20% e a precisão foi 90.1%. Esta estratégia ultrassonográfica abrangente evitou intervenções cirúrgicas diagnósticas em doentes anteriormente submetidos a broncoscopia flexível ou punção aspirativa transtorácica guiada por tomografia computorizada, proporcionando uma redução significativa dos custos. No terceiro estudo investigou-se a viabilidade e papel da conjugação da ecoendoscopia brônquica linear com técnicas moleculares na avaliação de antigénios tumorais e padrões de metastização ganglionar em doentes com cancro do pulmão de não-pequenas células (CPNPC). Os marcadores citoqueratina 19 (CK-19), antigénio carcinoembrionário (CEA), molécula de adesão celular epitelial (EPCAM), sialyl-Lewis X e CD44 foram determinados nos aspirados ganglionares de 33 doentes com neoplasia e 17 controlos 10 Ultrassonografia através de citometria de fluxo (CF) e reação em cadeia da polimerase em tempo real (RTPCR). Os doentes com CPNPC possuíam um compartimento celular epitelial significativamente aumentado e com marcação superior de CK-19 comparativamente ao grupo de controlo. O compartimento imune foi também analisado nestas amostras e revelou-se alterado no CPNPC com aumento da população de monócitos e diminuição das subpopulações linfocitárias. Os transcriptos de CK-19, CEA e EPCAM estavam elevados nos doentes com cancro do pulmão, identificando-se uma correlação positiva entre estes marcadores e o tamanho da lesão primária. Concluiu-se que a identificação de CK-19, CEA e EPCAM nas amostras obtidas por ecoendoscopia e avaliadas por CF e RTPCR foi viável, podendo auxiliar na deteção de metástases ganglionares no CPNPC. O quarto estudo envolveu a combinação da ecoendoscopia brônquica radial com uma criosonda para o diagnóstico de lesões pulmonares sólidas periféricas. Foi determinada a viabilidade, rentabilidade diagnóstica, tamanho das amostras e segurança do método. Lesões inferiores a 40mm foram localizadas por ultrassonografia sendo os doentes randomizados para a realização de biópsias transbrônquicas com pinça seguidas por criosonda ou vice-versa. Nos 39 casos incluídos a lesão foi visualizada pela minisonda em 31 doentes (79.5%), com 80.6% de prevalência de cancro do pulmão na amostra. A rentabilidade diagnóstica da pinça de biópsia foi 61.3% e da criosonda foi 74.2%. O tamanho do tecido adquirido pelas criobiópsias foi significativamente maior do que o alcançado por pinça (11.17mm2 vs. 4.69mm2, p<0.001). Ocorreu um único caso de hemorragia moderada, controlada através de medidas conservadoras. As biópsias transbrônquicas com criosonda sob orientação de ecoendoscopia radial foram seguras e eficazes na obtenção de amostras histológicas. O quinto estudo determinou o valor diagnóstico da ecografia transtorácica na identificação de malignidade em doentes com derrame pleural de natureza indeterminada. Foram examinados de forma prospetiva 154 doentes. Os resultados clínicos e radiológicos de cada caso foram ocultados ao executante do exame que gerou imagens estáticas e vídeos ultrassonográficos relevantes. Estes foram posteriormente visualizados, sendo as suas características classificadas por revisores independentes e comparadas com o diagnóstico definitivo. Em 66 casos o diagnóstico foi de derrame pleural maligno (68.2% com cancro do pulmão) e em 67 de derrame benigno. A ecografia torácica obteve 80.3% de sensibilidade, 83.6% de especificidade, 81.2% de valor preditivo negativo e 82.8% de valor preditivo positivo na deteção de malignidade. A nodularidade pleural ou diafragmática, espessamento pleural superior a 10mm e sinal de swirling foram significativamente diferentes (p<0.001) sendo sugestivos de derrame maligno. A existência de nodularidade pleural e ausência de broncograma aéreo ecográfico aumentaram a probabilidade de malignidade (OR 29.0 e OR 10.4, respetivamente). A ecografia transtorácica permitiu diferenciar derrame pleural maligno do benigno. A existência de nódulos pleurais constituiu o fator discriminador mais relevante. Em conclusão, os resultados desta tese possibilitam uma melhor compreensão do papel da ecoendoscopia brônquica (linear e radial) e ecografia transtorácica no diagnóstico e estadiamento do cancro do pulmão, com implicações e aplicabilidade na prática clínica.------------- ABSTRACT: In recent years ultrasonography has emerged as an important instrument in the diagnosis of thoracic diseases. Technological progress has enabled the design of new equipment such as radial and linear endobronchial ultrasound. In addition, indications for transthoracic echography were established. One of the main diseases responsible for the progression of chest sonography was lung cancer, the leading cause of cancer mortality worldwide. The applicability and knowledge of the role of ultrasonography in diagnosing and staging lung cancer is not depleted, persisting foci of controversy and scientific doubt that we intend to elucidate. The present thesis was organized into five chapters: the first included a general introduction regarding chest ultrasound, lung cancer and their combination; the second emphasized the main objectives; the third summarized the methodology used; the fourth encompassed the five published studies, subsequently described, and the fifth included a concise discussion, the main findings and future perspectives. The first study evaluated the diagnostic yield, safety and learning curve in a cohort of 179 patients submitted to linear endobronchial ultrasound. According to procedure indications, the patients were divided into three groups: (1) diagnosis, (2) diagnosis and staging, and (3) staging. For the first, second and third groups, endobronchial ultrasound sensitivity was 86.1%, 86.7% and 95% respectively and accuracy was 87.5%, 93.1% and 97.7% respectively. Practise led to an increase number of punctured sites per patient, in a shorter period of time and without complications, proving the safety and efficacy of the method when performed in the Portuguese population by expert echoscopists. The second study was conducted to determine the efficacy and cost of linear endobronchial ultrasound performed through the airway and/or oesophagus for diagnosis of lesions suggestive of lung cancer, after failure of conventional techniques. Of the patients prospectively enrolled a definitive diagnosis was reached in 106 cases (87.6%). The overall sensitivity for the diagnosis of lung cancer was 89.8%, specificity was 100%, positive predictive value was 100%, negative predictive value was 20% and accuracy was 90.1%. In conclusion, this global ultrasonographic strategy avoided diagnostic surgical procedures in patients that had undergone flexible bronchoscopy or computed tomography-guided transthoracic needle aspiration, providing a significant cost reduction. In the third study, the feasibility and role of linear endobronchial ultrasound combined with molecular techniques in the evaluation of tumour antigens and patterns of lymph node metastasis in patients with non-small cell lung cancer (NSCLC) was investigated. Cytokeratin 19 (CK-19), carcinoembryonic antigen (CEA), epithelial cell adhesion molecule (EPCAM), sialyl Lewis-X and CD44 were determined in lymph node aspirates of 33 lung cancer patients and 17 controls, using flow cytometry (FC) and reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). In patients with NSCLC the epithelial cell compartment was significantly increased nd showed brighter CK-19 staining, compared to the control group. In NSCLC patients the immune compartment revealed an increased monocyte population and decreased lymphocyte subsets. The transcripts of CK- 19, CEA and EPCAM were higher in lung cancer patients and a positive correlation between these markers and the size of the primary lesion was also found. We concluded that the identification of CK-19, CEA and EPCAM in endobronchial ultrasound samples, using RT-PCR and FC was feasible and might aid in the detection of NSCLC lymph node metastases. The fourth study involved the combination of the radial endobronchial ultrasound with the cryoprobe for diagnosing solid peripheral lung lesions. We determined the feasibility, diagnostic yield, sample size and safety of the method. Lesions less than 40mm were located by ultrasound and forceps or cryobiopsies were performed in a randomized order. Of the 39 cases included, the lesion could be visualized by the miniprobe in 31 patients (79.5%), and lung cancer prevalence was 80.6%. The diagnostic yield of the biopsy forceps was 61.3% and for the cryobiopsy was 74.2 %. Cryobiopsies were significantly larger than forceps biopsies (11.17mm2 vs. 4.69mm2, p<0.001). There was only one case of moderate bleeding that was controlled by conservative measures. Transbronchial cryobiopsies under radial endobronchial ultrasound guidance were safe and effective in obtaining histological samples. The fifth study determined the diagnostic value of transthoracic sonography in predicting malignancy in patients with an undiagnosed pleural effusion. One hundred and fifty four patients were prospectively scanned. Relevant ultrasound images and videos were generated by an operator blinded to clinical and radiological results. These were subsequently visualized, its characteristics classified by independent reviewers and compared to the final diagnosis. A malignant pleural effusion was diagnosed in 66 cases (68.2 % with lung cancer) and a benign effusion in 67 cases. Thoracic ultrasound had a sensitivity of 80.3 %, specificity of 83.6%, negative predictive value of 81.2 % and positive predictive value of 82.8% to detect malignancy. The presence of pleural or diaphragmatic nodularity, pleural thickening greater than 10mm and swirling signal were significantly different (p<0.001 ), being suggestive of malignant effusion. The existence of pleural nodularity and absence of lung air bronchogram were more likely to indicate malignancy (OR 29.0 and OR 10.4, respectively). Transthoracic ultrasonography permits the distinction between malignant and benign pleural effusions. Pleural nodules were the most relevant feature. In conclusion, the results of this thesis provide a better understanding of the role of endobronchial ultrasound (linear and radial) and transthoracic sonography in lung cancer diagnosis and staging, with direct implications and applicability in clinical practice.