eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

Balanced Scorecardin implementointi digimediahankkeessa

Tutkimuksessa perehdytään mediaosakeyhtiö Frantic Median hankkeisiin sekä niiden kannattavuuteen asiakkaalle. Tarkoituksena on luoda lähtökohdat, joiden perusteella asiakas lähtee sivustohankkeeseen ja osoittaa tälle hankkeen kannattavuus, sekä välillisesti että välittömästi. Hankkeen tuottavuutta tutkittiin Frantic Median asiakkaan A-lehtien avulla kautta. Tutkimuksessa kartoitettiin sivustohankkeen tuottoa sekä mallinnettiin tuottavuuden kasvua heidän tapauksessaan. Mallintamismenetelmänä ja työkaluna tutkimuksessa käytettiin Balanced Scorecard -mittaristoa. Mittariston avulla saatiin otettua mukaan taloudellisen näkökulman lisäksi myös yrityksen kolme muuta tärkeää näkökulmaa. Työssä rakennettiin BSC:n pohjalta kullekin osa-alueelle strategiakartat, jotka näin osaltaan osoittivat sijoitetun pääoman tuoton kasvun hankkeen eri osa-alueissa.

Premenopausal serum androgens and breast cancer risk: a nested case-control study.

ABSTRACT: INTRODUCTION: Prospective epidemiologic studies have consistently shown that levels of circulating androgens in postmenopausal women are positively associated with breast cancer risk. However, data in premenopausal women are limited. METHODS: A case-control study nested within the New York University Women's Health Study was conducted. A total of 356 cases (276 invasive and 80 in situ) and 683 individually-matched controls were included. Matching variables included age and date, phase, and day of menstrual cycle at blood donation. Testosterone, androstenedione, dehydroandrosterone sulfate (DHEAS) and sex hormone-binding globulin (SHBG) were measured using direct immunoassays. Free testosterone was calculated. RESULTS: Premenopausal serum testosterone and free testosterone concentrations were positively associated with breast cancer risk. In models adjusted for known risk factors of breast cancer, the odds ratios for increasing quintiles of testosterone were 1.0 (reference), 1.5 (95% confidence interval (CI), 0.9 to 2.3), 1.2 (95% CI, 0.7 to 1.9), 1.4 (95% CI, 0.9 to 2.3) and 1.8 (95% CI, 1.1 to 2.9; Ptrend = 0.04), and for free testosterone were 1.0 (reference), 1.2 (95% CI, 0.7 to 1.8), 1.5 (95% CI, 0.9 to 2.3), 1.5 (95% CI, 0.9 to 2.3), and 1.8 (95% CI, 1.1 to 2.8, Ptrend = 0.01). A marginally significant positive association was observed with androstenedione (P = 0.07), but no association with DHEAS or SHBG. Results were consistent in analyses stratified by tumor type (invasive, in situ), estrogen receptor status, age at blood donation, and menopausal status at diagnosis. Intra-class correlation coefficients for samples collected from 0.8 to 5.3 years apart (median 2 years) in 138 cases and 268 controls were greater than 0.7 for all biomarkers except for androstenedione (0.57 in controls). CONCLUSIONS: Premenopausal concentrations of testosterone and free testosterone are associated with breast cancer risk. Testosterone and free testosterone measurements are also highly reliable (that is, a single measurement is reflective of a woman's average level over time). Results from other prospective studies are consistent with our results. The impact of including testosterone or free testosterone in breast cancer risk prediction models for women between the ages of 40 and 50 years should be assessed. Improving risk prediction models for this age group could help decision making regarding both screening and chemoprevention of breast cancer.

Using the balanced scorecard as a tool for procurement strategy implementation

Tavoitteena diplomityössä oli tutkia, miten hankintastrategiaa saataisiin paremmin toteutettua jokapäiväisessä työssä. Strategian implementointiin käytettiin strategiakarttaa sekä balanced scorecard -mittareita. Tutkimus toteutettiin hankintaosastolla Vaasan & Vaasan Oy:ssä, joka toimii leipomotoimialalla viidessä maassa Itämeren alueella. Hankinnan strategiakartta ja balanced scorecard -mittarit laadittiin olemassa olevan hankintastrategian pohjalta. Perinteisiä balanced scorecard -näkökulmia muokattiin paremmin hankintatoimeen sopiviksi. Malliin lisättiin toimittajanäkökulma ja hankinnan rooli pääprosessien tukifunktiona otettiin huomioon muuttamalla balanced scorecardin asiakasnäkökulma sisäisen asiakkaan näkökulmaksi. Strategiakartta myös laadittiin niin, että hankinnan sisäisten asiakkaiden odotukset ovat kartassa tasavertaisina taloudellistentavoitteiden kanssa. Balanced scorecard -mittareiden määrä pidettiin pienenä, jotta niiden toimintaa ohjaava vaikutus olisi mahdollisimman suuri. Mittareita voidaan vaihtaa strategian muuttuessa. Työssä todettiin, että strategiakartta ja balanced scorecard ovat hyviä välineitä strategian muuttamiseen konkreettisiksi toimenpiteiksi myös tukifunktiossa, kun esimerkiksi mallin näkökulmia muokataan tapauskohtaisesti. Strategiakartat ja balanced scorecard tulisi kytkeä osaksi koko yrityksen strategista suunnittelua. Strategiakartan ja balanced scorecardin käytöstä on hankinnalle monia hyötyjä. Työntekijät hahmottavat paremmin oman panoksensa yrityksen tavoitteiden saavuttamisessa. Käytetyt työkalut voivat tukea myös konsernin yksiköiden hankintojen keskittämiskehitystä.

Balanced scorecardin rakentaminen caseyritykselle

Tutkielman teoriaosuuden tavoitteena on selvittää kuinka Balanced scorecard -malli rakentuu ja toimii. Caseosuuden tavoitteena on määritellä esimerkkiyritykselle sopiva tasapainotettu mittaristo ottaen huomioon yrityksen toimiala ja toimintaympäristön sekä toimintaympäristön muutostrendit. Lisäksi tutkimuksen tavoitteena on antaa esimerkkiyritykselle toimintaohjeet heidän Balanced scorecard -projektin loppuunviemiseksi. Toiminnanohjausmalleista syvällisimmin käsitellään Kaplanin jaNortonin Balanced scorecard -mallia, josta käytetään myös nimitystä tasapainotettu mit-taristo. Tutkimus perustuu laajaan kirjallisuuskatsaukseen aihepiiristä sekä esimerkkiyrityksen avainhenkilöiden haastatteluihin ja caseyrityksen kirjallisiin dokumentteihin. Kaplanin ja Nortonin julkaisut ovat toimineet teoriaosuuden runkoaineistona varsinkin Balanced scorecardia käsittelevien osioiden osalta. Myös Olven ym. sekä Toivasen tutkimukset Balanced scorecardin käyttöönotossa ovat merkittävässä osassa teoriaosuudessa. En työskentele yrityksessä, vaanteen tutkimukseni ulkopuolisena tutkijana.

Suorituskyvyn mittaaminen ja Balanced Scorecard Case Teemuaho Yhtiöt Oy

Tutkielman päätavoitteena on luoda kokonaisvaltainen mittausjärjestelmä osaksi organisaation strategista ohjausta Teemuaho -konsernille. Mallissa painotetaan johdon strategista ohjausta ja tarkoituksena on löytää strategian toteuttamisen kannalta kriittiset menestystekijät, joiden suorituskykyä mitataan. Kokonaisvaltainen mittausjärjestelmä osana organisaation strategista ohjausta on hyvä apuväline organisaation johdolle talouden ohjaukseen. Yritysten johtajat tarvitsevat selkeän ja helppokäyttöisen työkalun tukemaan omaa toimintaansa ja näyttämään suuntaa, sekä samalla mittausjärjestelmän, joka kertoo miten tavoitteiden saavuttamisessa on onnistuttu. Strategisen ohjauksen avulla yritysten johtajat voivat suunnitella erilaisia tulevaisuudenstrategioita ja arvioida, miten tämän hetkisessä strategiassa on onnistuttu. Strategisten ohjausjärjestelmien avulla yritysten johtajien on mahdollista ohjata toimintaa tehokkaasti strategian osoittamaan suuntaan.

Yrityksen strategisen ohjauksen tehostaminen. Case: Balanced scorecard implementointi

Tutkielman päätavoitteena on tutkia mitä lisäarvoa yritys saa ottaessaan Balanced scorecardin käyttöönsä ja miten käyttöönottoprosessi tulee suorittaa, jotta määritellyt lisäarvot realisoituvat. Teoreettisena lähtökohtana on Toivasen käyttöönottoprojektimalli. Tutkielmassa tullaan keskittymään mittariston käyttöönottoprosessiin ja käyttöönoton vaikutuksiin. Tutkielman päätutkimusmenetelmä on toiminta-analyyttinen case-tutkimus. Empiirinen aineisto kerätään puolistrukturoitujen teemahaastattelujen ja osallistuvan havainnoinnin avulla. Tutkimustulosten mukaan merkittävimmät Balanced scorecardin mukanaan tuomat lisäarvot yritykselle ovat kokonaisvaltaisempi ja johdonmukaisempi yrityksen ohjaus, parantunut suorituskyvyn mittaus ja seuranta, sekä strategian jalkautuksen tehostuminen. Käyttöönoton onnistumisen kannalta kriittisimmät tekijät ovat johdon sitoutuneisuus, vision ja strategian selkeys, selkeä päätös projektin aloittamiseksi, sekä mittareiden valinta ja tavoitetasojen asettaminen niille.

Balanced Scorecardin implementointi ja käytön nykytila Suomessa

Lisääntynyt Balanced Scorecardin käyttö herätti kiinnostuksen tutkia, mistä BSC:ssä oli oikein kysymys. Epäonnistumiset BSC-projekteissa vaikuttivat siihen, että haluttiin tutkia, mikä nykyisissä projektimalleissa oli vikana. Kirjallisuudessa on esitetty useita BSC:n käyttöönoton projektimalleja, joista tunnetuin on Kaplanin ja Nortonin kehittämä malli. Alun perin kyseessä oli varsin operatiivinen suoritusmittaristo, jonka tavoitteena oli nostaa ei-taloudelliset mittarit taloudellisten mittareiden rinnalle. Sittemmin lähestymistapa onlaajentunut strategiapohjaiseksi johtamisen järjestelmäksi, mutta mallin rakentamisessa on vielä puutteita. Havaitut puutteet BSC-projektimalleissa loivat tarpeen uuden mallin kehittämiselle. Tutkimuksen tavoitteena oli kehittää suomalaisten yritysjohtajien ja alan asiantuntijoiden avulla BSC-projektimalli, jota käyttämällä yritykset voisivat menestyksekkäämmin toteuttaa BSC-projektinsa. Lisäksi tavoitteena oli selvittää BSC:n käytön nykytila Suomen 500 suurimmassa yrityksessä. Tutkimuksessa haluttiin myös hankkia tietoa siitä, miksi yritykset olivat lähteneet BSC-projektiin, mitkä tekijät vaikuttivat BSC-projektin onnistumiseen jamitä muutoksia yritykset olivat tehneet BSC:n käytännön kokemuksen pohjalta. Tutkimuksen teoriaosassa tarkasteltiin yrityksen strategista suunnittelua ja johtamista, yrityksen johtamisessa käytettyjä ohjausjärjestelmiä, toiminnan kehittämistä ja BSC-projektien toteuttamista. Tutkimuksen empiriisessä osassa kehitettiinkymmenvaiheinen BSC-projektin toteuttamismalli. Se tehtiin tutustumalla 15 konsultointiyrityksen tapaan toteuttaa BSC-projekti ja paneutumalla 50 yrityksen BSC-projektista saamiin kokemuksiin. Kehitettyä mallia testattiin Tulikivi-casessa,ja sitä arvioitiin kyselytutkimuksessa ja työistunnossa. Kyselytutkimuksen mukaan ensimmäiset suomalaiset yritykset aloittivat BSC:n käytön vuonna 1995. Vuonna1996 käyttö yleistyi jonkin verran, ja vuosia 1997 ja 1998 voidaan Suomessa kutsua BSC:n läpimurtovuosiksi. Vastanneista yrityksistä 23,2 % ilmoitti käyttävänsä BSC:tä. Yrityksistä 14,8 % oli ottamassa sitä käyttöön, ja 19,2 % harkitsi käyttöönottamista. Yritykset olivat lähteneet BSC-projektiin mm. paremman ohjausjärjestelmän, toiminnan tehostamisen ja muutoksen aikaansaamisen toivossa. BSC-projektin onnistumisen tärkeimpinä tekijöinä pidettiin johdon sitoutumista hankkeeseen, mittariston kytkeytymistä strategiaan ja mittareiden selkeyttä. BSC:n nähtiin vaikuttaneen yrityksissä eniten liiketoiminnan kokonaisuuden ymmärtämiseen, strategian toteutumiseen ja ei-taloudellisten asioiden seurantaan. Yrityksissä olimuutettu toimintaa mm. niin, että se suuntautuisi enemmän asiakkaisiin ja tulevaisuuteen. Tulevaisuudessa BSC:llä uskottiin olevan suurimmat vaikutukset kokonaisvaltaiseen ja strategiseen johtamiseen sekä strategian toteutumisen seurantaan. Kyselytutkimuksen perusteella voitiin osoittaa, että suuret yritykset käyttävät BSC:tä enemmän kuin pienet yritykset. Myös alueellisia eroja on: pääkaupunkiseudulla BSC:tä käytetään enemmän kuin muualla maassa. Mitä kannattavammaksi kyselyyn vastaaja arvioi yrityksensä, sitä parempana se piti tässä tutkimuksessa kehitettyä BSC-projektimallia verrattuna Kaplanin ja Nortonin kehittämään BSC-projektimalliin. BSC-projekti on niin kokonaisvaltainen, että sen onnistuminen edellyttää koko henkilöstön osallistuvan siihen. Ylimmän johdon aito sitoutuminen on välttämätöntä, jotta BSC-projekti saa riittävästi resursseja. Projektissa visio jastrategiat puretaan käytännön toimiksi, joten ilman ylimmän johdon mukanaoloa projektilla ei ole asiakasta. Keskijohto ja henkilöstö toteuttavat laaditut strategiat, jolloin heidän panoksensa on erittäin merkittävä projektin onnistumiseksi. Henkilöstö pitää saada osallistumaan mittaristotyöhön, jotta he sitoutuisivat asetettuihin tavoitteisiin. Ellei henkilöstöä saada mukaan, mittaristo jää helposti ylimmän johdon työkaluksi. Tällöin strategian toteuttaminen koko organisaatiossa on hyvin työlästä, jopa mahdotonta. Mittariston pitää olla strategialähtöinen, eikä se saa olla liian monimutkainen. Mitä alemmalle tasolle organisaatiossamennään, sitä yksinkertaisempi mittariston pitää olla. Ylimmillä tasoilla mittareita voi olla kahdeksasta kahteentoista, mutta alemmilla tasoilla niitä on oltava hieman vähemmän. Projektin nopea läpivienti yrityksessä ei saa olla itsetarkoitus, mutta nopeasti saadut konkreettiset tulokset auttavat, että projekti saa resursseja ja mahdollistavat palautteen saamisen ja oppimisen. Kerralla ei BSC:täsaada täydellisesti toimivaksi, vaan se on oppimisprosessi, joka mahdollistaa syvällisemmän strategian toteuttamiseen. Tässä tutkimuksessa kehitetty BSC-projektin toteuttamismalli perustuu kymmenien asiantuntijoiden kokemuksiin ja näkemyksiin BSC-projektin toteuttamisesta. Kyselytutkimuksesta, työistunnosta ja Tulikivi-casesta saadut tulokset osoittavat, että kehitetyn mallin avulla yrityksillä on entistä paremmat mahdollisuudet saada BSC-projekti onnistumaan. Näin tutkimuksen päätavoite saavutettiin. Muut tavoitteet saavutettiin kyselytutkimuksen tulosten avulla.

Personality and job stress: a comparison of direct effects on parenting

The impact of personality and job characteristics on parental rearing styles was compared in 353 employees. Hypotheses concerning the relationships between personality and job variables were formulated in accordance with findings in past research and the Belsky’s model (1984). Structural equation nested models showed that Aggression-hostility, Sociability and job Demand were predictive of Rejection and Emotional Warmth parenting styles, providing support for some of the hypothesized relationships. The findings suggest a well-balanced association of personality variables with both parenting styles: Aggression-Hostility was positively related to Rejection and negatively to Emotional Warmth, whereas Sociability was positively related to Emotional Warmth and negatively related to Rejection. Personality dimensions explained a higher amount of variance in observed parenting styles. However, a model that considered both, personality and job dimensions as antecedent variables of parenting was the best representation of observed data, as both systems play a role in the prediction of parenting behavior.

Primary root protophloem differentiation requires balanced phosphatidylinositol-4,5-biphosphate levels and systemically affects root branching.

Protophloem is a specialized vascular tissue in growing plant organs, such as root meristems. In Arabidopsis mutants with impaired primary root protophloem differentiation, brevis radix (brx) and octopus (ops), meristematic activity and consequently overall root growth are strongly reduced. Second site mutation in the protophloem-specific presumed phosphoinositide 5-phosphatase COTYLEDON VASCULAR PATTERN 2 (CVP2), but not in its homolog CVP2-LIKE 1 (CVL1), partially rescues brx defects. Consistent with this finding, CVP2 hyperactivity in a wild-type background recreates a brx phenotype. Paradoxically, however, while cvp2 or cvl1 single mutants display no apparent root defects, the root phenotype of cvp2 cvl1 double mutants is similar to brx or ops, although, as expected, cvp2 cvl1 seedlings contain more phosphatidylinositol-4,5-biphosphate. Thus, tightly balanced phosphatidylinositol-4,5-biphosphate levels appear essential for proper protophloem differentiation. Genetically, OPS acts downstream of phosphatidylinositol-4,5-biphosphate levels, as cvp2 mutation cannot rescue ops defects, whereas increased OPS dose rescues cvp2 cvl1 defects. Finally, all three mutants display higher density and accelerated emergence of lateral roots, which correlates with increased auxin response in the root differentiation zone. This phenotype is also created by application of peptides that suppress protophloem differentiation, CLAVATA3/EMBRYO SURROUNDING REGION 26 (CLE26) and CLE45. Thus, local changes in the primary root protophloem systemically shape overall root system architecture.

Nonenhanced arterial spin labeled carotid MR angiography using three-dimensional radial balanced steady-state free precession imaging.

PURPOSE: To optimize and preliminarily evaluate a three-dimensional (3D) radial balanced steady-state free precession (bSSFP) arterial spin labeled (ASL) sequence for nonenhanced MR angiography (MRA) of the extracranial carotid arteries. MATERIALS AND METHODS: The carotid arteries of 13 healthy subjects and 2 patients were imaged on a 1.5 Tesla MRI system using an undersampled 3D radial bSSFP sequence providing a scan time of ∼4 min and 1 mm(3) isotropic resolution. A hybridized scheme that combined pseudocontinuous and pulsed ASL was used to maximize arterial coverage. The impact of a post label delay period, the sequence repetition time, and radiofrequency (RF) energy configuration of pseudocontinuous labeling on the display of the carotid arteries was assessed with contrast-to-noise ratio (CNR) measurements. Faster, higher undersampled 2 and 1 min scans were tested. RESULTS: Using hybridized ASL MRA and a 3D radial bSSFP trajectory, arterial CNR was maximized with a post label delay of 0.2 s, repetition times ≥ 2.5 s (P < 0.05), and by eliminating RF energy during the pseudocontinuous control phase (P < 0.001). With higher levels of undersampling, the carotid arteries were displayed in ≤ 2 min. CONCLUSION: Nonenhanced MRA using hybridized ASL with a 3D radial bSSFP trajectory can display long lengths of the carotid arteries with 1 mm(3) isotropic resolution. J. Magn. Reson. Imaging 2015;41:1150-1156. © 2014 Wiley Periodicals, Inc.

On balanced CSPs with high treewidth

Tractable cases of the binary CSP are mainly divided in two classes: constraint language restrictions and constraint graph restrictions. To better understand and identify the hardest binary CSPs, in this work we propose methods to increase their hardness by increasing the balance of both the constraint language and the constraint graph. The balance of a constraint is increased by maximizing the number of domain elements with the same number of occurrences. The balance of the graph is defined using the classical definition from graph the- ory. In this sense we present two graph models; a first graph model that increases the balance of a graph maximizing the number of vertices with the same degree, and a second one that additionally increases the girth of the graph, because a high girth implies a high treewidth, an important parameter for binary CSPs hardness. Our results show that our more balanced graph models and constraints result in harder instances when compared to typical random binary CSP instances, by several orders of magnitude. Also we detect, at least for sparse constraint graphs, a higher treewidth for our graph models.

Clinical trial designs for rare diseases: studies developed and discussed by the International Rare Cancers Initiative.

BACKGROUND: The past three decades have seen rapid improvements in the diagnosis and treatment of most cancers and the most important contributor has been research. Progress in rare cancers has been slower, not least because of the challenges of undertaking research. SETTINGS: The International Rare Cancers Initiative (IRCI) is a partnership which aims to stimulate and facilitate the development of international clinical trials for patients with rare cancers. It is focused on interventional--usually randomized--clinical trials with the clear goal of improving outcomes for patients. The key challenges are organisational and methodological. A multi-disciplinary workshop to review the methods used in ICRI portfolio trials was held in Amsterdam in September 2013. Other as-yet unrealised methods were also discussed. RESULTS: The IRCI trials are each presented to exemplify possible approaches to designing credible trials in rare cancers. Researchers may consider these for use in future trials and understand the choices made for each design. INTERPRETATION: Trials can be designed using a wide array of possibilities. There is no 'one size fits all' solution. In order to make progress in the rare diseases, decisions to change practice will have to be based on less direct evidence from clinical trials than in more common diseases.

Statistical Reviewers Improve Reporting in Biomedical Articles: a Randomized Trial.

Background. Although peer review is widely considered to be the most credible way of selecting manuscripts and improving the quality of accepted papers in scientific journals, there is little evidence to support its use. Our aim was to estimate the effects on manuscript quality of either adding a statistical peer reviewer or suggesting the use of checklists such as CONSORT or STARD to clinical reviewers or both. Methodology and Principal Findings. Interventions were defined as 1) the addition of a statistical reviewer to the clinical peer review process, and 2) suggesting reporting guidelines to reviewers; with"no statistical expert" and"no checklist" as controls. The two interventions were crossed in a 262 balanced factorial design including original research articles consecutively selected, between May 2004 and March 2005, by the Medicina Clinica (Barc) editorial committee. We randomized manuscripts to minimize differences in terms of baseline quality and type of study (intervention, longitudinal, cross-sectional, others). Sample-size calculations indicated that 100 papers provide an 80% power to test a 55% standardized difference. We specified the main outcome as the increment in quality of papers as measured on the Goodman Scale. Two blinded evaluators rated the quality of manuscripts at initial submission and final post peer review version. Of the 327 manuscripts submitted to the journal, 131 were accepted for further review, and 129 were randomized. Of those, 14 that were lost to follow-up showed no differences in initial quality to the followed-up papers. Hence, 115 were included in the main analysis, with 16 rejected for publication after peer review. 21 (18.3%) of the 115 included papers were interventions, 46 (40.0%) were longitudinal designs, 28 (24.3%) cross-sectional and 20 (17.4%) others. The 16 (13.9%) rejected papers had a significantly lower initial score on the overall Goodman scale than accepted papers (difference 15.0, 95% CI: 4.6- 24.4). The effect of suggesting a guideline to the reviewers had no effect on change in overall quality as measured by the Goodman scale (0.9, 95% CI: 20.3+2.1). The estimated effect of adding a statistical reviewer was 5.5 (95% CI: 4.3-6.7), showing a significant improvement in quality. Conclusions and Significance. This prospective randomized study shows the positive effect of adding a statistical reviewer to the field-expert peers in improving manuscript quality. We did not find a statistically significant positive effect by suggesting reviewers use reporting guidelines.

Data-division-specific robustness and power of randomization tests for ABAB designs

This study deals with the statistical properties of a randomization test applied to an ABAB design in cases where the desirable random assignment of the points of change in phase is not possible. In order to obtain information about each possible data division we carried out a conditional Monte Carlo simulation with 100,000 samples for each systematically chosen triplet. Robustness and power are studied under several experimental conditions: different autocorrelation levels and different effect sizes, as well as different phase lengths determined by the points of change. Type I error rates were distorted by the presence of autocorrelation for the majority of data divisions. Satisfactory Type II error rates were obtained only for large treatment effects. The relationship between the lengths of the four phases appeared to be an important factor for the robustness and the power of the randomization test.