Mining protein structure data

The principal topic of this work is the application of data mining techniques, in particular of machine learning, to the discovery of knowledge in a protein database. In the first chapter a general background is presented. Namely, in section 1.1 we overview the methodology of a Data Mining project and its main algorithms. In section 1.2 an introduction to the proteins and its supporting file formats is outlined. This chapter is concluded with section 1.3 which defines that main problem we pretend to address with this work: determine if an amino acid is exposed or buried in a protein, in a discrete way (i.e.: not continuous), for five exposition levels: 2%, 10%, 20%, 25% and 30%. In the second chapter, following closely the CRISP-DM methodology, whole the process of construction the database that supported this work is presented. Namely, it is described the process of loading data from the Protein Data Bank, DSSP and SCOP. Then an initial data exploration is performed and a simple prediction model (baseline) of the relative solvent accessibility of an amino acid is introduced. It is also introduced the Data Mining Table Creator, a program developed to produce the data mining tables required for this problem. In the third chapter the results obtained are analyzed with statistical significance tests. Initially the several used classifiers (Neural Networks, C5.0, CART and Chaid) are compared and it is concluded that C5.0 is the most suitable for the problem at stake. It is also compared the influence of parameters like the amino acid information level, the amino acid window size and the SCOP class type in the accuracy of the predictive models. The fourth chapter starts with a brief revision of the literature about amino acid relative solvent accessibility. Then, we overview the main results achieved and finally discuss about possible future work. The fifth and last chapter consists of appendices. Appendix A has the schema of the database that supported this thesis. Appendix B has a set of tables with additional information. Appendix C describes the software provided in the DVD accompanying this thesis that allows the reconstruction of the present work.

Estudo comparativo da estrutura de betão armado de um edifício dimensionada segunda a actual regulamentação nacional e os eurocódigos estruturais

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil - Ramo de Estruturas

Projeto de fundações e estrutura de ampliação de escola no Açores utilizando os eurocódigos estruturais

Trabalho de Projeto para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil na Área de Especialização de Estruturas

Verificação da segurança à ação sísmica da estrutura de um colégio em Ponta Delgada utilizando o Eurocódigo 8 - parte 3

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil na Área de Especialização em Estruturas

Projeto de estrutura variante de um edifício de habitação na zona de Lisboa

Trabalho de Projeto para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil na Área de Especialização de Estruturas

Optimização da estrutura de um semi-reboque com vista à flexibilidade na sua adequação funcional

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

Aplicação do Failure Mode and Effect Analysis (FMEA) na demolição, movimento de terras e execução da estrutura em edifícios

Mestrado em Engenharia Civil - Ramo Tecnologia e gestão das Construções

Acção do vento em coberturas metálicas modelação de uma estrutura do tipo “sombreador”

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Civil – Estruturas e Geotecnia pela Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa

Uma infra-estrutura computacional para aumentar objectos reais com informação adicional

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

PIPE: uma infra-estrutura genérica para ambientes de computação ubíqua

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Prealbumina, precalicreína e protrombina na forma hepatesplênica da esquistossomose: catabolismo aumentado de proteínas da coagulação?

No plasma de 20 doentes portadores da forma hepatesplênica da esquistossomose mansônica, assim como no de 18 indivíduos normais, foram avaliados pré-albumina, precalicreína (atividade amidolítica) e protrombina-antígeno. Os valores da concentração plasmática de pré-albumina obtidos no grupo controle permitiram que se estabelecesse um intervalo de referência (0,5 — 99,5%) de 97 — 389 mg/I. Valores anormalmente diminuídos de pré-albumina encontrados em 2 dos doentes indicaram nestes uma disfunção hepatocítica de síntese protêica. Nos 18 doentes restantes a média da pré-albumina (232 ± 13 mg/l) não diferiu (p > 0,05) da do grupo controle (243 ± 11 mg/l) enquanto as médias da atividade de pró-calicreina (34 ± 1 μKat/l) e protrombina (81 ± 3,0 mg/l) estavam significativamente diminuídos no grupo de esquistossomóticos (p < 0,01). Estes dados não excluem a possibilidade da pré-calicreina ou da protrombina-antígeno serem marcadores de síntese protêica pelo hepatócito mais sensíveis que a pré-albumina; se entretanto a concentração plasmática normal desta proteína indicar preservação desta função, a diminuição de fatores de coagulação poderá ser secundária a um "turnover" aumentado dos fatores de coagulação na forma hepatesplênica da esquistossomose.

Concepção e projecto de um edifício de habitação com estrutura em betão pré-fabricado

Dissertação para a obtenção do grau de Mestre emEngenharia Civil – Ramo de Estruturas e Geotecnia

Estudo de novos centros contendo ferro: isolamento e caracterização de proteínas de desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Metodologia para a Taxonomia e estrutura dos procedimentos de análise de riscos ocupacionais

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia e Gestão Industrial