Arrow Plot: a new graphical tool for selecting up and down regulated genes and genes differentially expressed on samples subgroups

Background: A common task in analyzing microarray data is to determine which genes are differentially expressed across two (or more) kind of tissue samples or samples submitted under experimental conditions. Several statistical methods have been proposed to accomplish this goal, generally based on measures of distance between classes. It is well known that biological samples are heterogeneous because of factors such as molecular subtypes or genetic background that are often unknown to the experimenter. For instance, in experiments which involve molecular classification of tumors it is important to identify significant subtypes of cancer. Bimodal or multimodal distributions often reflect the presence of subsamples mixtures. Consequently, there can be genes differentially expressed on sample subgroups which are missed if usual statistical approaches are used. In this paper we propose a new graphical tool which not only identifies genes with up and down regulations, but also genes with differential expression in different subclasses, that are usually missed if current statistical methods are used. This tool is based on two measures of distance between samples, namely the overlapping coefficient (OVL) between two densities and the area under the receiver operating characteristic (ROC) curve. The methodology proposed here was implemented in the open-source R software. Results: This method was applied to a publicly available dataset, as well as to a simulated dataset. We compared our results with the ones obtained using some of the standard methods for detecting differentially expressed genes, namely Welch t-statistic, fold change (FC), rank products (RP), average difference (AD), weighted average difference (WAD), moderated t-statistic (modT), intensity-based moderated t-statistic (ibmT), significance analysis of microarrays (samT) and area under the ROC curve (AUC). On both datasets all differentially expressed genes with bimodal or multimodal distributions were not selected by all standard selection procedures. We also compared our results with (i) area between ROC curve and rising area (ABCR) and (ii) the test for not proper ROC curves (TNRC). We found our methodology more comprehensive, because it detects both bimodal and multimodal distributions and different variances can be considered on both samples. Another advantage of our method is that we can analyze graphically the behavior of different kinds of differentially expressed genes. Conclusion: Our results indicate that the arrow plot represents a new flexible and useful tool for the analysis of gene expression profiles from microarrays.

Analysing the usefulness of motion correction software in myocardial perfusion imaging

Introduction Myocardial Perfusion Imaging (MPI) is a very important tool in the assessment of Coronary Artery Disease ( CAD ) patient s and worldwide data demonstrate an increasingly wider use and clinical acceptance. Nevertheless, it is a complex process and it is quite vulnerable concerning the amount and type of possible artefacts, some of them affecting seriously the overall quality and the clinical utility of the obtained data. One of the most in convenient artefacts , but relatively frequent ( 20% of the cases ) , is relate d with patient motion during image acquisition . Mostly, in those situations, specific data is evaluated and a decisi on is made between A) accept the results as they are , consider ing that t he “noise” so introduced does not affect too seriously the final clinical information, or B) to repeat the acquisition process . Another possib ility could be to use the “ Motion Correcti on Software” provided within the software package included in any actual gamma camera. The aim of this study is to compare the quality of the final images , obtained after the application of motion correction software and after the repetition of image acqui sition. Material and Methods Thirty cases of MPI affected by Motion Artefacts and repeated , were used. A group of three, independent (blinded for the differences of origin) expert Nuclear Medicine Clinicians had been invited to evaluate the 30 sets of thre e images - one set for each patient - being ( A) original image , motion uncorrected , (B) original image, motion corrected, and (C) second acquisition image, without motion . The results so obtained were statistically analysed . Results and Conclusion Results obtained demonstrate that the use of the Motion Correction Software is useful essentiall y if the amplitude of movement is not too important (with this specific quantification found hard to define precisely , due to discrepancies between clinicians and other factors , namely between one to another brand); when that is not the case and the amplitude of movement is too important , the n the percentage of agreement between clinicians is much higher and the repetition of the examination is unanimously considered ind ispensable.

Software de apoio à implementação de sistemas híbridos de produção de energia eléctrica baseados em energias renováveis

O aumento da população Mundial, particularmente em Países emergentes como é o caso da China e da Índia, tem-se relevado um problema adicional no que confere às dificuldades associadas ao consumo mundial de energia, pois esta situação limita inequivocamente o acesso destes milhões de pessoas à energia eléctrica para os bens básicos de sobrevivência. Uma das muitas formas de se extinguir esta necessidade, começa a ser desenvolvida recorrendo ao uso de recursos renováveis como fontes de energia. Independentemente do local do mundo onde nos encontremos, essas fontes de energia são abundantes, inesgotáveis e gratuitas. O problema reside na forma como esses recursos renováveis são geridos em função das solicitações de carga que as instalações necessitam. Sistemas híbridos podem ser usados para produzir energia em qualquer parte do mundo. Historicamente este tipo de sistemas eram aplicados em locais isolados, mas nos dias que correm podem ser usados directamente conectados à rede, permitindo que se realize a venda de energia. Foi neste contexto que esta tese foi desenvolvida, com o objectivo de disponibilizar uma ferramenta informática capaz de calcular a rentabilidade de um sistema híbrido ligado à rede ou isolado. Contudo, a complexidade deste problema é muito elevada, pois existe uma extensa panóplia de características e distintos equipamentos que se pode adoptar. Assim, a aplicação informática desenvolvida teve de ser limitada e restringida aos dados disponíveis de forma a poder tornar-se genérica, mas ao mesmo tempo permitir ter uma aplicabilidade prática. O objectivo da ferramenta informática desenvolvida é apresentar de forma imediata os custos da implementação que um sistema híbrido pode acarretar, dependendo apenas de três variáveis distintas. A primeira variável terá de ter em consideração o local de instalação do sistema. Em segundo lugar é o tipo de ligação (isolado ou ligado à rede) e, por fim, o custo dos equipamentos (eólico, solar e restantes componentes) que serão introduzidos. Após a inserção destes dados a aplicação informática apresenta valores estimados de Payback e VAL.

Vantagens e desvantagens no desenvolvimento de recursos educativos para dispositivos móveis. CV Learning Mobile - Software educativo sobre “Organização Administrativa de Cabo Verde”

Não é recente a contribuição das tecnologias de informação e comunicação em processos de ensino/aprendizagem, no sentido da proliferação de conhecimento, de forma fácil e rápida. Com a contínua evolução tecnológica, surgem novos conceitos relativamente a processos de ensino/aprendizagem assentes nessas tecnologias. A aprendizagem por meio de dispositivos móveis, o m-Learning, é um exemplo, sendo um campo de investigação educacional em franca evolução, que explora essencialmente a mobilidade e a interactividade. No âmbito desta dissertação, pretende-se analisar a tecnologia m-Learning, fazendo referência as principais vantagens e desvantagens desta tecnologia. Neste sentido, e por pretendermos dar o nosso contributo ao ensino cabo-verdiano, onde a utilização de tal tecnologia é ainda inexistente, desenvolveu-se a aplicação CV Learning Mobile, um software educativo sobre a “Organização Administrativa de Cabo Verde”, como resultado do estudo efectuado.

Correcção automática de respostas de texto livre para a aplicação UNI_NET-Classroom

Ao longo dos tempos foi possível constatar que uma grande parte do tempo dos professores é gasta na componente de avaliação. Por esse facto, há já algumas décadas que a correcção automática de texto livre é alvo de investigação. Sendo a correcção de exercícios efectuada pelo computador permite que o professor dedique o seu tempo em tarefas que melhorem a aprendizagem dos alunos. Para além disso, cada vez mais as novas tecnologias permitem o uso de ferramentas com bastante utilidade no ensino, pois para além de facilitarem a exposição do conhecimento também permitem uma maior retenção da informação. Logo, associar ferramentas de gestão de sala de aula à correcção automática de respostas de texto livre é um desafio bastante interessante. O objectivo desta dissertação foi a realização de um estudo relativamente à área de avaliação assistida por computador em que este trabalho se insere. Inicialmente, foram analisados alguns correctores ortográficos para seleccionar aquele que seria integrado no módulo proposto. De seguida, foram estudadas as técnicas mais relevantes e as ferramentas que mais se enquadram no âmbito deste trabalho. Neste contexto, a ideia foi partir da existência de uma ferramenta de gestão de sala de aula e desenvolver um módulo para a correcção de exercícios. A aplicação UNI_NET-Classroom, que foi a ferramenta para a qual o módulo foi desenvolvido, já continha um componente de gestão de exercícios que apenas efectuava a correcção para as respostas de escolha múltipla. Com este trabalho pretendeu-se acrescentar mais uma funcionalidade a esse componente, cujo intuito é dar apoio ao professor através da correcção de exercícios e sugestão da cotação a atribuir. Por último, foram realizadas várias experiências sobre o módulo desenvolvido, de forma a ser possível retirar algumas conclusões para o presente trabalho. A conclusão mais importante foi que as ferramentas de correcção automática são uma mais-valia para os professores e escolas.

Construção de interfaces em Flex para sistemas de experimentação remota

Os laboratórios de experimentação remota estão normalmente associados a tecnologias ou soluções proprietárias, as quais restringem a sua utilização a determinadas plataformas e obrigam ao uso de software específico no lado do cliente. O ISEP possui um laboratório de experimentação remota, baseado em instrumentação virtual, usado no apoio ao ensino da electrónica e construído sobre uma plataforma NIELVIS da National Instruments. O software de controlo da plataforma recorre à linguagem gráfica de programação LabVIEW. Esta é uma ferramenta desenvolvida pela National Instruments que facilita o desenvolvimento de aplicações de sistemas de experimentação remota, mas que possui várias limitações, nomeadamente a necessidade de instalação do lado do cliente de um plug-in, cuja disponibilidade se encontra limitada a determinadas versões de sistemas operativos e de Web Browsers. A experiência anterior demonstrou que estas questões limitam o número de clientes com possibilidade de acesso ao laboratório remoto, para além de, em alguns casos, se ter verificado não ser transparente a sua instalação e utilização. Neste contexto, o trabalho de investigação consistiu no desenvolvimento de uma solução que permite a geração de interfaces que possibilitam o controlo remoto do sistema implementado, e que, ao mesmo tempo, são independentes da plataforma usada pelo cliente.

Écriture, stéréotypes et créativité

Notre objectif consiste à interroger les effets de dispositifs d’enseignement apprentissage de l’écriture narrative, en prenant pour analyseur l’usage du stéréotype par des élèves de la fin de l’école élémentaire. Le stéréotype, considéré comme le lieu commun de l’expression (Dufays & Kervin, 2010) est potentiellement générateur de ressources (Marin & Crinon, 2014, à paraître) par les contraintes mêmes qu’il induit (Plane, 2006). En prise sur l’appréhension des critères de genre, la reconnaissance des stéréotypes renvoie à une forme particulièrement discriminante de capital symbolique (Tardy et Swales, 2008) dont il convient d’envisager les effets sur la régulation des inégalités entre élèves (Rochex & Crinon, 2011). Nous présentons en complémentarité deux recherches, dans lesquelles les élèves bénéficient de ressources de nature différente : l’aide apportée y assumant pour la première le statut d’outil technique (Crinon, Legros & Marin, 2002-2003), alors qu’elle relève pour la seconde d’un instrument psychologique (Marin, 2011). Les résultats de ces recherches montrent comment la focalisation sur les critères de genre constitue une ressource utile aux élèves, la seconde mettant en exergue le rôle des tuteurs dans la critique des textes de leurs pairs et son effet récursif sur la conscientisation des invariants génériques du texte de fiction.

Prática de ensino supervisionado no 1.º e 2.º ciclo do ensino básico: a ferramenta PowerPoint como estratégia de ensino no Estudo do Meio no 1.º Ciclo do Ensino Básico

Relatório de Estágio apresentado à Escola Superior de Educação de Lisboa para obtenção de grau de mestre em Ensino do 1.º e do 2.º Ciclo do Ensino Básico

Virtual laboratory for educational environments

In this paper a new simulation environment for a virtual laboratory to educational proposes is presented. The Logisim platform was adopted as the base digital simulation tool, since it has a modular implementation in Java. All the hardware devices used in the laboratory course was designed as components accessible by the simulation tool, and integrated as a library. Moreover, this new library allows the user to access an external interface. This work was motivated by the needed to achieve better learning times on co-design projects, based on hardware and software implementations, and to reduce the laboratory time, decreasing the operational costs of engineer teaching. Furthermore, the use of virtual laboratories in educational environments allows the students to perform functional tests, before they went to a real laboratory. Moreover, these functional tests allow to speed-up the learning when a problem based approach methodology is considered. © 2014 IEEE.

A tool to aid institutions recognize their employees competences acquired by informal learning

People do not learn only in formal educational institutions, but also throughout their lives, from their experiences, conversations, observations of others, exploration of the Internet, meetings and conferences, and chance encounters etc. However this informal and non-formal learning can easily remain largely invisible, making it hard for peers and employers to recognize or act upon it. The TRAILER project aims to make this learning visible so that it can benefit both the individual and the organization. The proposed demonstration will show a software solution that (i) helps the learners to capture, organize and classify a wide range of ’informal’ learning taking place in their lives, and (ii) assists the organization in recognizing this learning and use it to help managing human resources (benefiting both parts). This software tool has recently been used in two phases of pilot studies, which have run in four different European countries.

Learning with tangible interfaces

Trabalho apresentado no âmbito do Mestrado em Engenharia Informática, como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

Das conceções às práticas de avaliação formativa no 1.º ciclo do ensino básico

Relatório de estágio apresentado à Escola Superior de Educação de Lisboa para obtenção de grau de mestre em Ensino do 1.º e 2.º Ciclo do Ensino Básico

PETCHA: a Programming Exercises Teaching Assistant

This paper presents a tool called Petcha that acts as an automated Teaching Assistant in computer programming courses. The ultimate objective of Petcha is to increase the number of programming exercises effectively solved by students. Petcha meets this objective by helping both teachers to author programming exercises and students to solve them. It also coordinates a network of heterogeneous systems, integrating automatic program evaluators, learning management systems, learning object repositories and integrated programming environments. This paper presents the concept and the design of Petcha and sets this tool in a service oriented architecture for managing learning processes based on the automatic evaluation of programming exercises. The paper presents also a case study that validates the use of Petcha and of the proposed architecture.

Seqins: a sequencing tool for educational resources

The teaching-learning process is increasingly focused on the combination of the paradigms “learning by viewing” and “learning by doing.” In this context, educational resources, either expository or evaluative, play a pivotal role. Both types of resources are interdependent and their sequencing would create a richer educational experience to the end user. However, there is a lack of tools that support sequencing essentially due to the fact that existing specifications are complex. The Seqins is a sequencing tool of digital resources that has a fairly simple sequencing model. The tool communicates through the IMS LTI specification with a plethora of e-learning systems such as learning management systems, repositories, authoring and evaluation systems. In order to validate Seqins we integrate it in an e-learning Ensemble framework instance for the computer programming learning.

The potential benefits of using videos in higher education

The developments of digital technology have opened new outlooks for online education which offer students the flexibility to learn at any time and any place. With all this instructional changes instructors, in all levels of the educational chain have been compelled to adapt quickly to this reality. They have a wide diversity of tools available to grab student’s attention and motivate them to embrace the knowledge in their own learning process. One of these resources is the use of videos. Through them lecturers can deliver complex information and contents to students and, if used creatively, videos can become a powerful technological tool in education. In this article we will explore some of the potential benefits and challenges associated with the use of videos in the teaching and learning process at higher education levels. We will also discuss some thoughts and examples for the use of teaching materials to enhance student’s learning and try to change ideas about the potentialities and future of video’s annotation new software resources, as incoming open tools for group work involvement.