Computationally Guided Monomerization of Red Fluorescent Proteins of the Class Anthozoa

Red fluorescent proteins (RFPs) have attracted significant engineering focus because of the promise of near infrared fluorescent proteins, whose light penetrates biological tissue, and which would allow imaging inside of vertebrate animals. The RFP landscape, which numbers ~200 members, is mostly populated by engineered variants of four native RFPs, leaving the vast majority of native RFP biodiversity untouched. This is largely due to the fact that native RFPs are obligate tetramers, limiting their usefulness as fusion proteins. Monomerization has imposed critical costs on these evolved tetramers, however, as it has invariably led to loss of brightness, and often to many other adverse effects on the fluorescent properties of the derived monomeric variants. Here we have attempted to understand why monomerization has taken such a large toll on Anthozoa class RFPs, and to outline a clear strategy for their monomerization. We begin with a structural study of the far-red fluorescence of AQ143, one of the furthest red emitting RFPs. We then try to separate the problem of stable and bright fluorescence from the design of a soluble monomeric β-barrel surface by engineering a hybrid protein (DsRmCh) with an oligomeric parent that had been previously monomerized, DsRed, and a pre-stabilized monomeric core from mCherry. This allows us to use computational design to successfully design a stable, soluble, fluorescent monomer. Next we took HcRed, which is a previously unmonomerized RFP that has far-red fluorescence (λemission = 633 nm) and attempted to monomerize it making use of lessons learned from DsRmCh. We engineered two monomeric proteins by pre-stabilizing HcRed’s core, then monomerizing in stages, making use of computational design and directed evolution techniques such as error-prone mutagenesis and DNA shuffling. We call these proteins mGinger0.1 (λem = 637 nm / Φ = 0.02) and mGinger0.2 (λem = 631 nm Φ = 0.04). They are the furthest red first generation monomeric RFPs ever developed, are significantly thermostabilized, and add diversity to a small field of far-red monomeric FPs. We anticipate that the techniques we describe will be facilitate future RFP monomerization, and that further core optimization of the mGingers may allow significant improvements in brightness.

Mechanism of red colouration in Tovel-See (”Conclusions” only) [Translation from: Archiv fur Hydrobiologie 38 299-302, 1941]

Cases of red colouration in small lake basins, due to the abundant appearance of microorganisms have long been known. Usually it is caused by a fast, sudden, intensive propagation (so called ”bloom”) of Cyanophycae and bacteria. (e.g. Oscillatoracae, thiobacteria etc.). An exception to this is the red colouration of Tovel-See, an alpine lake basin in the Dolomites of the Brenta group (Trentino), lying at a height of 1178 m and hidden in the woodland of a valley. Here the red bloom has a double rhythm: a daily and a yearly rhythm. The colouration of one part of the lake takes place in the warmest months of the year (i.e. July, August, September) and in the middle hours of the day. The immediate origin of the bloom has been known for a long time: it is caused by the Peridinacae Glenodinium sanguineum. This paper describes the phenomenon of red colouration of the lake and discusses its conditions.

Diseño de un detector para una red de vigilancia radiológica ambiental

[ES]El objetivo de este trabajo es analizar el montaje de un contador proporcional de radiación para su uso en una red de vigilancia radiológica ambiental desde su diseño básico hasta su puesta en marcha. Se realizará un análisis de las razones que nos han llevado a elegir este tipo de contadores de ionización gaseosa (frente a otros tipos), para llegar a la conclusión de que son los más adecuados para la vigilancia radiológica ambiental. Este análisis describirá la solución a la que se ha llegado para construir un contador con los medios al alcance y el porqué de su diseño concreto, así como la metodología de trabajo que se ha seguido para la obtención del mismo. Basándonos en suposiciones teóricas derivadas del análisis geométrico de la instrumentación para la obtención de resultados previsibles, se realizará una verificación mediante ensayos técnicos en el laboratorio. Se presupuestará el material utilizado y las horas requeridas, para llevar una cuenta de lo que le ha costado al departamento y lo que le habría costado en caso de no poseer la instrumentación utilizada. Después de realizar diversos test relacionados con la instrumentación electrónica, se procederá a obtener unas conclusiones derivadas de los ensayos en el laboratorio para su posterior comparación con las estimaciones teóricas. En el anexo I se encuentran los planos de diseño que se han realizado y en el anexo II los resultados finales obtenidos de los ensayos.

Diseño y desarrollo de una interfaz de configuración de un generador de tráfico de red

[ES]Se trata de un software de gobierno para un inyector de tráfico de altas prestaciones capaz de adaptar el tráfico de red a distintos parámetros. Además, se deberán integrar el conjunto en la arquitectura de pruebas del laboratorio.

Diseño electrónico de una red de comunicaciones para monitorización de estructuras

[ES]El Trabajo Fin de Grado “Diseño electrónico de una red de comunicaciones para monitorización de estructuras” consiste en el desarrollo de un sistema de comunicación orientado al despliegue y gestión de una red con un alto número de sensores para monitorización de estructuras a bordo de una aeronave. El objetivo principal es hacer viable la utilización de dicha red, partiendo de la premisa de crear una alternativa con mayor eficiencia energética que los sistemas actualmente disponibles para tal fin.

Reposición de la Red Básica Municipal de Donostia/San Sebastián

En el presente Trabajo Fin de Grado, se trabajará sobre la Red Básica Municipal de Donostia/San Sebastián, donde el autor ha sido partícipe en la campaña de reposición de la Red. Nos remontaremos a los orígenes de la Red, explicando cómo nació la Red Básica Municipal de Donostia/San Sebastián y la metodología que se usó para los trabajos previos a su implantación. A lo largo del trabajo, se explicará la metodología de observación y cálculo que se ha empleado en la actual reposición de la Red, el cual ha sido desarrollado por la empresa Geograma S.L. para el Ayuntamiento de San Sebastián entre enero y mayo de 2014. Finalmente, se estudiará como metodología alternativa las observaciones RTK en Red (NRTK), con el fin de validar el método para trabajos de observación de Redes Urbanas de Referencias Topográficas.

Red laser-induced domain inversion in MgO-doped lithium niobate crystals

A laser beam at wavelength 647 nm is focused on a sample of 5 mol% MgO-doped lithium niobate crystal for domain inversion by a conventional external electric field. In this case, a reduction of 36% in the electric field required for domain nucleation (nucleation field) is observed. To the best of our knowledge, it is the longest wavelength reported for laser-induced domain inversion. This extends the spectrum of laser inducing, and the experimental results are helpful to understand the nucleation dynamics under laser illumination. The dependence of nucleation fields on intensities of laser beams is analysed in experiments.

Herramienta de monitorización de servidores y equipos de red

Definición,desarrollo y configuración de una herramienta que realice la monitorización de la red de i2Basque y la gestión de incidencias que puedan surgir en la misma.

Neutral red uptake (NRU) entseguaren optimizazioa lur-zizareen sistema immuneko zelulen kultibo primarioetan

Azken urteotan eman diren kutsatzaile desberdinen gehiegizko isurpen edo erabilpena dela eta, lurzoruetan metal astunak metatu dira eta horrek , kate trofikoaren oinarrian dauden organismoen gainean k altea k sorrarazi d itu. Eisenia fetida zizarea espezie zent inela gisa erabili da lur entsegu ekotoxikologi koet an . Esperimentu honetan Eisenia fetida - ren jariakin zelomikoan dauden eta babes funtzioa duten zelomozitoak pH desberdinetara edo Kadmio bezalako metalera esposatzeak Neutral Red (NR) edo gorri neutro tindatzaile kationikoaren harreran eta fagoz itosi ahalmenean , eragina duen aztertu nahi izan da. Esperimentua in vitro egin zen 3R filosofia jarraituz. Alde batetik, pH desberdinen eragin ari dagokio nez gorri neutroaren harrera ( NRU ) entsegua n erantzun bimodal bat behatu zen eta beste alde bate tik, f agozitatzeko ahalmenari dagokiola zelomozitoak Eagle medioan kultibatzean ez zen aldaketa esangarria ikusi kadmioa ren, kontr olaren eta kontrol positi boaren artean. Bai ordea L - 1 5 medioarekin, non kontrol posit iboa k beste biak baino absorbantzia handiagoa erakutsi zuen. Emaitza hauek erakusten dute zelomozitoe n mintza gradualki kaltetzen doala pH neutrotik aldentzen doan heinean eta puntu batetik aurrera NRU emendatzen da zelomozito batzuen (amebozitoen) fagozitosia aktibatzen d el a ko .

Analysis on fluorescence intensity reverse photonic phenomenon between red and green fluorescence of oxyfluoride nanophase vitroceramics

An interesting fluorescence intensity reverse photonic phenomenon between red and green fluorescence is investigated. The dynamic range. of intensity reverse between red and green fluorescence of Er( 0.5) Yb( 3): FOV oxyfluoride nanophase vitroceramics, when excited by 378.5nm and 522.5nm light respectively, is about 4.32 x 10(2). It is calculated that the phonon- assistant energy transfer rate of the electric multi- dipole interaction of {(4)G(11/2)( Er3+) -> F-4(9/2)( Er3+), F-2(7/2)( Yb3+). F-2(5/2)( Yb3+)} energy transfer of Er( 0.5) Yb( 3): FOV is around 1.380 x 10(8) s(-1), which is much larger than the relative multiphonon nonradiative relaxation rates 3.20 x 10(5) s(-1). That energy transfer rate for general material with same rare earth ion's concentration is about 1.194 x 10(5) s(-1). These are the reason to emerge the unusual intensity reverse phenomenon in Er( 0.5) Yb( 3): FOV. (C) 2007 Optical Society of America.

Diseño hidráulico para la red de abastecimiento de agua en el cantón de Conacaste, municipio de Comasagua, El Salvador.

[ES]El presente trabajo tiene como objetivo el diseño hidráulico de un sistema de abastecimiento de agua potable para las comunidades de La Violeta-Arcoiris, La Ceiba, San Rafael, La Finquita y La Dalia en el municipio de Comasagua, El Salvador. Para ello, se utilizaran los datos recogidos en el Plan Director para el abastecimiento y saneamiento de agua en zonas rurales del sur de La Libertad y las mediciones llevadas a cabo en terreno. Atendiendo tanto a las especificaciones técnicas y los criterios de diseño de ACUA como a los cálculos hidráulicos realizados, se ha seleccionado la mejor alternativa a desarrollar.

Diseño estructural para la red de abastecimiento de agua en el Cantón de Conacaste, Municipio de Comasagua, El Salvador.

[ES]El presente trabajo tiene como objetivo el diseño de las estructuras necesarias en el sistema de abastecimiento de agua potable para las comunidades de La Violeta-Arcoiris, La Ceiba, San Rafael, La Finquita y La Dalia en el municipio de Comasagua, El Salvador. Este trabajo será una parte de la carpeta técnica necesaria para la financiación y ejecución del sistema y se realizará en el marco del Plan director para el abastecimiento y saneamiento de agua en zonas rurales del sur de La Libertad.

Influencia del vehículo eléctrico en la red eléctrica, en función del comportamiento social.

[ES]En la actualidad, el modelo de transporte apenas ha avanzado en el intento de frenar el Cambio Climático o en el cuidado del medio ambiente. Además, el gran negocio que existe detrás del petróleo hace que este tipo de transporte sea poco sostenible. Es por eso que se está desarrollando, a nivel nacional e internacional, una solución a dicho problema que es el uso del vehiculó eléctrico (VE). La introducción masiva del VE permitirá el uso extensivo de fuentes de energía no contaminantes e intermitentes, como son las energías renovables. Sin embargo, los VEs están lejos de ser una tecnología probada. Existen aún muchos problemas en torno a él que deben ser resueltos, entre ellos se encuentra el desarrollo de las baterías, su modelo de negocio y coste o la influencia de la conexión del VE sobre la red eléctrica. Este último problema, estará muy influenciado por el comportamiento social del futuro conductor, lo cual es el eje central del proyecto.

Green and red upconversion luminescence in ytterbium-sensitized erbrium-doped novel lead-free germanium bismuth lanthanum glass

Structural and infrared-to-visible upconversion fluorescence properties in ytterbium-sensitized erbrium-doped novel lead-free germanium bismuth-lanthanum glass have been studied. The structure of lead-free germanium-bismuth-lanthanum glass was investigated by peak-deconvolution of Raman spectrum, and the structural information was obtained from the peak wavenumbers. Intense green and red emissions centered at 525, 546, and 657 nm, corresponding to the transitions 2H(11/2) -> I-4(15/2), S-4(3/2) -> I-4(15/2), and F-4(9/2) -> I-4(15/2), respectively, were observed at room temperature. The quadratic dependence of the 525, 546, and 657 nm emissions on excitation power indicates that a two-photon absorption process occurs under 975 nm excitation. This novel lead-free germanium-bismuth-lanthanum glass with low maximum phonon energy (similar to 751 cm(-1)) can be used as potential host material for upconversion lasers. (c) 2005 Published by Elsevier B.V.

Virtualización de red basada en L2PNV para OpenStack

[ES]Este proyecto consiste en obtener un mayor control por parte del usuario a nivel de red en entornos con máquinas virtuales creadas a partir de la plataforma OpenStack. Cada vez que se arranca o inicia una máquina virtual en OpenStack, los parámetros de red se asignan por defecto, haciendo muy difícil su gestión y control tanto para investigación como para mantenimiento. Si estos parámetros siguieran un mismo patrón para cada proyecto o usuario sería mucho más sencillo tener controlado cada interfaz de red, pudiendo así gestionarlos de una manera más eficiente. Para realizar esta tarea será necesario introducir unos cambios en el código fuente de OpenStack, adaptándolo para que cumpla con nuestros requerimientos.