Papel da proteína de reparo XPC na regulação das proteínas de reparo APE1, OGG1 e PARP-1 em células humanas e de camundongos

studies using UV as a source of DNA damage. However, even though unrepaired UV-induced DNA damages are related to mutagenesis, cell death and tumorigenesis, they do not explain phenotypes such as neurodegeneration and internal tumors observed in patients with syndromes like Xeroderma Pigmentosum (XP) and Cockayne Syndrome (CS) that are associated with NER deficiency. Recent evidences point to a role of NER in the repair of 8-oxodG, a typical substrate of Base Excision Repair (BER). Since deficiencies in BER result in genomic instability, neurodegenerative diseases and cancer, it was investigated in this research the impact of XPC deficiency on BER functions in human cells. It was analyzed both the expression and the cellular localization of APE1, OGG1 e PARP-1, the mainly BER enzymes, in different NER-deficient human fibroblasts. The endogenous levels of these enzymes are reduced in XPC deficient cells. Surprisingly, XP-C fibroblasts were more resistant to oxidative agents than the other NER deficient fibroblasts, despite presenting the highest of 8-oxodG. Furthermore, subtle changes in the nuclear and mitochondrial localization of APE1 were detected in XP-C fibroblasts. To confirm the impact of XPC deficiency in the regulation of APE1 and OGG1 expression and activity, we constructed a XPC-complemented cell line. Although the XPC complementation was only partial, we found that XPC-complemented cells presented increased levels of OGG1 than XPC-deficient cells. The extracts from XPC-complemented cells also presented an elevated OGG1 enzimatic activity. However, it was not observed changes in APE1 expression and activity in the XPCcomplemented cells. In addition, we found that full-length APE1 (37 kDa) and OGG1- α are in the mitochondria of XPC-deficient fibroblasts and XPC-complemented fibroblasts before and after induction of oxidative stress. On the other hand, the expression of APE1 and PARP-1 are not altered in brain and liver of XPC knockout mice. However, XPC deficiency changed the APE1 localization in hypoccampus and hypothalamus. We also observed a physical interaction between XPC and APE1 proteins in human cells. In conclusion, the data suggest that XPC protein has a role in the regulation of OGG1 expression and activity in human cells and is involved mainly in the regulation of APE1 localization in mice. Aditionally, the response of NER deficient cells under oxidative stress may not be only associated to the NER deficiency per se, but it may include the new functions of NER enzymes in regulation of expression and cell localization of BER proteins

Functional XPB/RAD25 redundancy in Arabidopsis genome: characterization of AtXPB2 and expression analysis

The xeroderma pigmentosum complementation group B (XPB) protein is involved in both DNA repair and transcription in human cells. It is a component of the transcription factor IIH (TFIIH) and is responsible for DNA helicase activity during nucleotide (nt) excision repair (NER). Its high evolutionary conservation has allowed identification of homologous proteins in different organisms, including plants. In contrast to other organisms, Arabidopsis thaliana harbors a duplication of the XPB orthologue (AtXPB1 and AtXPB2), and the proteins encoded by the duplicated genes are very similar (95% amino acid identity). Complementation assays in yeast rad25 mutant strains suggest the involvement of AtXPB2 in DNA repair, as already shown for AtXPB1, indicating that these proteins may be functionally redundant in the removal of DNA lesions in A. thaliana. Although both genes are expressed in a constitutive manner during the plant life cycle, Northern blot analyses suggest that light modulates the expression level of both XPB copies, and transcript levels increase during early stages of development. Considering the high similarity between AtXPB1 and AtXPB2 and that both of predicted proteins may act in DNA repair, it is possible that this duplication may confer more flexibility and resistance to DNA damaging agents in thale cress. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.

Análise da expressão de APE1 após estresse oxidativo induzido em células proficientes e deficientes na via de reparo por excisão de nucleotídeos.

Riboflavin is a vitamin very important in aerobic organisms, as a precursor of many coenzymes involved in the electron transporter chain. However, after photosensitization of riboflavin with UV or visible light, it generates reactive oxygen species (ROS), which can oxidize the DNA. The repair of oxidative lesions on DNA occurs through the base excision repair pathway (BER), where APE1 endonuclease plays a central role. On the other hand, the nucleotide excision repair pathway (NER) repairs helix-distorting lesions. Recently, it was described the participation of NERproteins in the repair of oxidative damage and in stimulation of repair function fromAPE1. The aim of this research was to evaluate the cytotoxic effects of photosensitized riboflavin (RF*) in cells proficient and deficient in NER, correlating with APE1 expression. For this propose, the cells were treated with RF* and it was performed the cell viability assay, extraction of whole proteins, cells fractionation, immunoblotting, indirect immunofluorescence and analysis of polymorphisms of BER gens. The results evidenced that cells deficient in XPA and CSB proteins were more sensitive to RF*. However, XPC-deficient cells presented similar resistance to MRC5- SV cells, which is proficient in NER. These results indicate that XPA and CSB proteins have an important role on repair of oxidative lesions induced by RF*. Additionally, it was evidenced that single nucleotide polymorphisms (SNPs) in BER enzymes may influence in sensitivity of NER-deficient cell lines. Concerning the APE1 expression, the results showed that expression of this protein after treatment with RF* only changed in XPC-deficient cells. Though, it was observed that APE1 is recruited and is bound to chromatin in MRC5-SV and XPA cells after treatment with RF*. The results also showed the induction of DNA damage after treatment with RF*, through the analysis of-H2AX, since the treatment promoted an increase of endogenous levels of this phosphorylated protein, which acts signaling double strand-break on DNA. On the other hand, in XPC-deficient cells, regardless of resistance of RF*, the endogenous levels of APE1 are extremely reduced when compared with other cell lines and APE1 is not bound to chromatin after treatment with RF*. These results conclude that RF* was able to induce cell death in NERdeficient cells, where XPA and CSB cells were more sensitive when compared with MRC5-SV and XPC-deficient cells. This last result is potentially very interesting, since XPC-deficient cell line presents low levels of APE1. Additionally, the results evidenced that APE1 protein can be involved in the repair of oxidative damage induced by RF*, because APE1 is recruited and bound strongly to chromatin after treatment.

Bäst att skriva medan vädret är kallt : En kritisk diskursanalys av svensk klimatjournalistik

Klimatkrisen är vår tids största utmaning sett till dess roll för fortsatt överlevnad på den här planeten. Det är en politisk fråga som sträcker sig från att vara en internationell angelägenhet ända ner till individnivå. Men det är också en ideologisk fråga. På grund av detta går det inte att tillräckligt understryka den roll media och klimatjournalistiken har i förmedlingen av dessa frågor. Klimatjournalistiken har genom tiderna varierat i medial uppmärksamhet och ersätts främst av ekonomiska nyheter och rapportering kring internationella konflikter. Den senaste toppen för miljönyheter var kring FN:s klimatkonferens i Köpenhamn 2009, i samband med den globala finanskrisen. Köpenhamns misslyckande av ett enat avtal ledde fram till klimatmötet i Paris 2015, samma höst som flyktingkrisen var högt upp på medias dagordning. Denna uppsats avser att kritiskt analysera de klimatjournalistiska diskurserna tiden innan de båda konferenserna med målet att dokumentera utvecklingen över tid. Uppsatsen fokuserar på den diskursiva gestaltningen av aktörer, ansvar och underliggande strukturer och värderingar.   För det första fann analysen att både COP15 och COP21 innehöll starkt närvarande finansiella aspekter i sina politiska resonemang. Detta utmanar forskning som tidigare har behandlat klimat och ekonomi som vitt skilda ämnen och argumenterar för ett nytt förhållningssätt. För det andra fann analysen att gestaltningen av klimatkrisen varierade mellan de båda konferenserna. I diskursen 2009 sågs den som ett hot medan diskursen 2015 såg klimatkrisen som just en kris. Båda fallen ansåg att klimatkrisen var ett problem för andra aktörer än Sverige, för “dem”. 

En jämförande studie av crossplattform- och hybridutveckling

Syfte – Syftet med studien var att jämföra och utvärdera två utvecklingsmetoder för hybrid- och crossplattformutveckling. Detta syfte bröts ner till två frågeställningar: Hur väl kan de båda utvecklingsmetoderna återskapa animationer för att förbättra användarupplevelsen i en applikation?- Vilka av de 3 utvalda animationerna som visas i meaningful transitions och point of origin går att återskapa i de båda utvecklingssätten? Hur påverkas prestandan vid användandet av de utvalda hårdvarufunktioner som implementerats med de båda utvecklingsmetoderna? – Kameran och minnet. Metod – Denna rapport är en fallstudie då den är gjord i samarbete med Knowit Jönköping AB efter deras önskemål. Utvecklingsmetoderna som valdes var PhoneGap och Appcelerator Studio, alltså en för hybridutveckling och en för cross-plattform. En applikation för varje utvecklingsmetod byggdes med identiska funktioner som skulle kunna testas för att besvara frågeställningarna. Två kvantitativa insamlingar gjordes i form av enkätundersökning av testpersoners uppfattning av animationerna och en insamling av prestandamätningar vid hårdvaruanvändning. Resultat – Resultatet från studien visar att minnesåtgången vid hårdvaruanvändning är både låg och nästan identisk för de båda utvecklingsmetoderna. Empirin visar även att animationerna på båda metoderna kan leva upp till Googles riktlinjer enligt testpersonerna och upplevs som positiva. En notering är dock att Appcelerator tycks ha en liten fördel vad det gäller animationerna. Denna fördel är relativt liten och gör egentligen ingen större skillnad för vilken metod som kan anses som den bästa. Implikationer – Studien bidrar till att underlätta valet för mjukvaruutvecklare och företag som funderar på att använda sig utav någon av utvecklingsmetoderna. Detta genom att visa att prestandan vid hårdvaruanvändning inte är något att lägga stor vikt på. För användargränssnitt och användarupplevelse finns en mindre skillnad då Appcelerator använder sig utav native SDK och får en liten fördel när det kommer till användarupplevelsen. Detta kan dock justeras för PhoneGap då det med lite extra jobb går att styla applikationen till att se mer native ut. Utvecklare kan därför tänka på vilka kunskaper de har sedan innan vad gäller XML/HTML och styling då de ska välja utvecklingsmetod. Begränsningar – Utvecklingen är gjord av förstagångsanvändare av PhoneGap och Appcelerator Studio vilket kan ha påverkat kvalitén på animationerna och användargränssnittet. En tredjepartsapplikation användes vid mätning av prestandan då PhoneGap saknade plugin för det. Detta kan ha haft en påverkan på resultatet.

El papel de la reparación de roturas de doble cadena de ADN en Escherichia coli en la sensibilidad a quinolonas: implicaciones terapéuticas

Las quinolonas son uno de los tipos de antibióticos cuyas tasas de resistencia se han visto incrementadas en los últimos años. A nivel molecular, bloquean a las topoisomerasas tipo II generando cortes de doble cadena (double strand breaks, DSBs) en el ADN. Se ha propuesto que estos DSBs podrían tener un doble papel, como mediadores de su efecto bactericida y también como responsables de desencadenar los mecanismos de resistencia y tolerancia a las quinolonas. En el presente trabajo hemos estudiado la implicación de los mecanismos de reparación de DSBs en la sensibilidad a las quinolonas: reanudación de horquillas de replicación paradas dependiente de recombinación (RFR), inducción de la respuesta SOS, reparación por síntesis translesional (TLS) y escisión de nucleótidos (NER). Para ello, en los laboratorios de la Universidad Europea de Madrid, se han analizado las concentraciones mínimas inhibitorias (CMIs) de tres quinolonas diferentes en mutantes procedentes de varias colecciones de cultivos tipo de Escherichia coli. Mutantes en recA, recBC, priA y lexA mostraron una disminución significativa de la CMI a todas las quinolonas. No se observaron cambios significativos en estirpes mutantes en los mecanismos de reparación por TLS y NER. Estos datos indican que, en presencia de quinolonas, los mecanismos de RFR y la inducción de la respuesta SOS estarían implicados en la aparición de mecanismos de sensibilidad a quinolonas.