Application of RNAi to silence tartrate-resistant acid phosphatase: unexpected effects on the monocyte-macrophage lineage

Tartraatti-resistentin happaman fosfataasin hiljentäminen RNAi menetelmällä: odottamaton vaikutus monosyytti-makrofagi linjan soluissa RNA interferenssi (RNAi) eli RNA:n hiljentyminen löydettiin ensimmäisenä kasveissa, ja 2000-luvulla RNAi menetelmä on otettu käyttöön myös nisäkässoluissa. RNAi on mekanismi, jossa lyhyet kaksi juosteiset RNA molekyylit eli siRNA:t sitoutuvat proteiinikompleksiin ja sitoutuvat komplementaarisesti proteiinia koodaavaan lähetti RNA:han katalysoiden lähetti RNA:n hajoamisen. Tällöin RNA:n koodaamaa proteiinia ei solussa tuoteta. Tässä työssä on RNA interferenssi menetelmän avuksi kehitetty uusi siRNA molekyylien suunnittelualgoritmi siRNA_profile, joka etsii lähetti RNA:sta geenin hiljentämiseen sopivia kohdealueita. Optimaalisesti suunnitellulla siRNA molekyylillä voi olla mahdollista saavuttaa pitkäaikainen geenin hiljeneminen ja spesifinen kohdeproteiinin määrän aleneminen solussa. Erilaiset kemialliset modifikaatiot, mm. 2´-Fluoro-modifikaatio, siRNA molekyylin riboosirenkaassa lisäsivät siRNA molekyylin stabiilisuutta veren plasmassa sekä siRNA molekyylin tehokkuutta. Nämä ovat tärkeitä siRNA molekyylien ominaisuuksia kun RNAi menetelmää sovelletaan lääketieteellisiin tarkoituksiin. Tartraatti-resistentti hapan fosfataasi (TRACP) on entsyymi, joka esiintyy luunsyöjäsoluissa eli osteoklasteissa, antigeenejä esittelevissä dendiriittisissä soluissa sekä eri kudosten makrofageissa, jotka ovat syöjäsoluja. TRACP entsyymin biologista tehtävää ei ole saatu selville, mutta oletetaan että TRACP entsyymin kyvyllä tuottaa reaktiivisia happiradikaaleja on tehtävä sekä luuta hajoittavissa osteoklasteissa sekä antigeenia esittelevissä dendriittisissä soluissa. Makrofageilla, jotka yliekpressoivat TRACP entsyymiä, on myös solunsisäinen reaktiivisten happiradikaalien tuotanto sekä bakteerin tappokyky lisääntynyt. TRACP-geenin hiljentämiseen tarkoitetut spesifiset DNA ja siRNA molekyylit aiheuttivat monosyytti-makrofagilinjan soluviljelymallissa TRACP entsyymin tuoton lisääntymistä odotusten vastaisesti. DNA ja RNA molekyylien vaikutusta TRACP entsyymin tuoton lisääntymiseen tutkittiin myös Tolllike reseptori 9 (TLR9) poistogeenisestä hiirestä eristetyissä monosyyttimakrofaagisoluissa. TRACP entsyymin tuoton lisääntyminen todettiin sekvenssistä ja TLR9:stä riippumattomaksi vasteeksi solun ulkopuolisia DNA ja RNA molekyylejä vastaan. Havainto TRACP entsyymin tuoton lisääntymisestä viittaa siihen, että TRACP entsyymillä on tehtävä solun immuunipuolustusjärjestelmässä.

Protective effect and economic impact of insecticide application methods on barley

The objective of this work was to evaluate the protective effect of different forms of insecticide application on the transmission of yellow dwarf disease in barley cultivars, as well as to determine the production costs and the net profit of these managements. The experiments were carried out during 2011 and 2012 growing seasons, using the following managements at main plots: T1, seed treatment with insecticide (ST) + insecticide on shoots at 15-day interval; T2, just ST; T3, insecticide applied on shoots, when aphid control level (CL) was reached; T4, without insecticide; and T5, ST + insecticide on shoots when CL was reached. Different barley cultivars - BRS Cauê, BRS Brau and MN 6021 - were arranged in the subplots. Insecticides lambda cyhalothrin (pyrethroid) and thiamethoxam (neonicotinoid) were used. There were differences on yellow dwarf disease index in both seasons for the different treatments, while damage to grain yield was influenced by year and aphid population. Production costs and net profit were different among treatments. Seed treatment with insecticide is sufficient to reduce the transmission of yellow dwarf disease in years with low aphid population pressure, while in years with larger populations, the application of insecticide on shoots is also required.

Wireless Application Test Bed and Simulations for Broadband Mobile Communications Systems

Langattoman laajakaistaisen tietoliikennetekniikan kehittyminen on herättänyt kiinnostuksen sen ammattimaiseen hyödyntämiseen yleisen turvallisuuden ja kriisinhallinnan tarpeisiin. Hätätilanteissa usein olemassa olevat kiinteät tietoliikennejärjestelmät eivät ole ollenkaan käytettävissä tai niiden tarjoama kapasiteetti ei ole riittävä. Tästä syystä on noussut esiin tarve nopeasti toimintakuntoon saatettaville ja itsenäisille langattomille laajakaistaisille järjestelmille. Tässä diplomityössä on tarkoitus tutkia langattomia ad hoc monihyppy -verkkoja yleisen turvallisuuden tarpeiden pohjalta ja toteuttaa testialusta, jolla voidaan demonstroida sekä tutkia tällaisen järjestelmän toimintaa käytännössä. Työssä tutkitaan pisteestä pisteeseen sekä erityisesti pisteestä moneen pisteeseen suoritettavaa tietoliikennettä. Mittausten kohteena on testialustan tiedonsiirtonopeus, lähetysteho ja vastaanottimen herkkyys. Näitä tuloksia käytetään simulaattorin parametreina, jotta simulaattorin tulokset olisivat mahdollisimman aidot ja yhdenmukaiset testialustan kanssa. Sen jälkeen valitaan valikoima yleisen turvallisuuden vaatimusten mukaisia ohjelmia ja sovellusmalleja, joiden suorituskyky mitataan erilaisten reititysmenetelmien alaisena sekä testialustalla että simulaattorilla. Tuloksia arvioidaan ja vertaillaan. Multicast monihyppy -video päätettiin sovelluksista valita tutkimusten pääkohteeksi ja sitä sekä sen ominaisuuksia on tarkoitus myös oikeissa kenttäkokeissa.

Highly Available Enterprise-level Application Server Architecture

Korkeasaatavuus on olennainen osa nykyaikaisissa, integroiduissa yritysjärjestelmissä. Yritysten kansainvälistyessä tiedon on oltava saatavissa ympärivuorokautisesti, mikä asettaa yhä kovempia vaatimuksia järjestelmän yksittäisten osien saatavuudelle. Kasvava tietojärjestelmäintegraatio puolestaan tekee järjestelmän solmukohdista kriittisiä liiketoiminnan kannalta. Tässä työssä perehdytään hajautettujen järjestelmien ominaisuuksiin ja niiden asettamiin haasteisiin. Esiteltyjä teknologioita ovat muun muassa väliohjelmistot, klusterit ja kuormantasaus. Yrityssovellusten pohjana käytetty Java 2 Enterprise Edition (J2EE) -teknologia käsitellään olennaisilta osiltaan. Työssä käytetään sovelluspalvelinalustana BEA WebLogic Server -ohjelmistoa, jonka ominaisuudet käydään läpi hajautuksen kannalta. Työn käytännön osuudessa toteutetaan kahdelle erilaiselle olemassa olevalle yrityssovellukselle korkean saatavuuden sovelluspalvelinympäristö, joissa sovellusten asettamat rajoitukset on otettu huomioon.

Covariance Matrix Estimation and Mean-Variance Optimization in application to International Diversification

Tutkimus keskittyy kansainväliseen hajauttamiseen suomalaisen sijoittajan näkökulmasta. Tutkimuksen toinen tavoite on selvittää tehostavatko uudet kovarianssimatriisiestimaattorit minimivarianssiportfolion optimointiprosessia. Tavallisen otoskovarianssimatriisin lisäksi optimoinnissa käytetään kahta kutistusestimaattoria ja joustavaa monimuuttuja-GARCH(1,1)-mallia. Tutkimusaineisto koostuu Dow Jonesin toimialaindekseistä ja OMX-H:n portfolioindeksistä. Kansainvälinen hajautusstrategia on toteutettu käyttäen toimialalähestymistapaa ja portfoliota optimoidaan käyttäen kahtatoista komponenttia. Tutkimusaieisto kattaa vuodet 1996-2005 eli 120 kuukausittaista havaintoa. Muodostettujen portfolioiden suorituskykyä mitataan Sharpen indeksillä. Tutkimustulosten mukaan kansainvälisesti hajautettujen investointien ja kotimaisen portfolion riskikorjattujen tuottojen välillä ei ole tilastollisesti merkitsevää eroa. Myöskään uusien kovarianssimatriisiestimaattoreiden käytöstä ei synnytilastollisesti merkitsevää lisäarvoa verrattuna otoskovarianssimatrisiin perustuvaan portfolion optimointiin.

Analyzing dynamic intellectual capital: System-based theory and application

This research report presents an application of systems theory to evaluating intellectual capital (IC) as organization's ability for self-renewal. As renewal ability is a dynamic capability of an organization as a whole, rather than a static asset or an atomistic competence of separate individuals within the organization, it needs to be understood systemically. Consequently, renewal ability has to be measured with systemic methods that are based on a thorough conceptual analysis of systemic characteristics of organizations. The aim of this report is to demonstrate the theory and analysis methodology for grasping companies' systemic efficiency and renewal ability. The volume is divided into three parts. The first deals with the theory of organizations as self-renewing systems. In the second part, the principles of quantitative analysis of organizations are laid down. Finally, the detailed mathematics of the renewal indices are presented. We also assert that the indices produced by the analysis are an effective tool for the management and valuation of knowledge-intensive companies.

Measuring service quality in sport management: an application of the SERVQUAL scale

The aim of this study is to provide an instrument for measuring service quality in sports enterprises from the point of view of the customers. For this purpose we intend to elaborate an enquiry starting out from a more general scale called SERVIQUAL. We have limited our research project to sports enterprises where the customer participates actively, i.e., we have excluded sports clubs and other organizations which offer sport as entertainment. Our choice is mainly due to the fact that few studies have been carried out in this area and that sports has been earning an increasing amount of adepts during the last decades in Spain. The DELPHI method has been applied with the collaboration of a panel of experts in order to evaluate the viability and adequacy of the modified SERVQUAL scale.

Tilastotietojen graafinen esittäminen WWW-sivulla

World Wide Webin suosiolla on ollut merkittävä vaikutus yhteiskuntaan. WWW-sivut ovat helposti saatavilla ja sisällön tekeminen WWW:hen on helppoa. WWW-ympäristölle myös kehitetään paljon sovelluksia. WWW-sovellusten kehittämiselle ominaista on valinnanvapaus ja nopeuden tavoittelu. WWW-sovellusten ohjelmoinnin mahdollistavat useat toisilleen vaihtoehtoiset tekniikat. Ne eroavat toisistaan suoritusnopeudessa, ominaisuuksien määrässä ja joustavuudessa. Ohjelmoinnissa käytetään apuna useita erilaisia menetelmiä. Apumenetelmiä ovat muun muassa työkalut ja valmiiden komponenttien hyödyntäminen. Valmiit komponentit voivat olla joko ilmaisia, avointa lähdekoodia tai maksullisia. Tämän kandidaatintyön aikana valmistui sovellus, joka piirtää tilastotiedoista kaaviokuvia ja näyttää niitä dynaamisella WWW-sivulla. Sovellus pyrittiin toteuttamaan älykkäästi apumenetelmiä sopivasti hyödyntäen. Sovelluksen kehittämisessä käytettiin apuna sekä ohjelmointityökaluja että valmiita komponentteja. Kaaviokuvien tyypin ja ulkoasun haluttiin olevan käyttäjien muokattavissa. Toisaalta sovelluksen haluttiin olevan helposti laajennettavissa. Vaatimuksiin vastattiin tekemällä kaaviokuvien piirrosta osittain tietokannalla ohjelmoitava.

Messaging Application Engine for Symbian Platform

Tämä diplomityö kuvaa viestintä sovelluksen ytimen kehitystyön Symbian-alustalle. Koko sovelluksen vaatimuksena oli vastaamattomiin puheluihin vastaaminen ennalta määritellyillä tekstiviesteillä käyttäjän määrittelemien sääntöjen mukaisesti. Ei-toiminnallisia vaatimuksia olivat resurssien käytön vähentäminen ja uudelleenkäytön mahdollistaminen. Täten tämän työn tavoitteena oli kehittää ydin, joka kapseloi sovelluksen sellaisen toiminnallisuuden, joka on käyttöliittymästä riippumatonta ja uudelleenkäytettävää. Kehitystyössä ohjasi Unified Process, joka on iteroiva, käyttötapauksien ohjaama ja arkkitehtuurikeskeinen ohjelmistoprosessi. Se kannusti käyttämään myös muita teollisuudenalan vakiintuneita menetelmiä, kuten suunnittelumalleja ja visuaalista mallintamista käyttäen Unified Modelling Languagea. Suunnittelumalleja käytettiin kehitystyön aikana ja ohjelmisto mallinnettiin visuaalisesti suunnittelun edistämiseksi ja selkiyttämiseksi. Alustan palveluita käytettiin hyväksi kehitysajan ja resurssien käytön minimoimiseksi. Ytimen päätehtäviksi määrättiin viestien lähettäminen sekä sääntöjen talletus ja tarkistaminen. Sovelluksen eri alueet, eli sovelluspalvelin ja käyttöliittymää, pystyivät käyttämään ydintä ja sillä ei ollut riippuvuuksia käyttöliittymätasolle. Täten resurssien käyttö väheni ja uudelleenkäytettävyys lisääntyi. Viestien lähettäminen toteutettiin Symbian-alustan menetelmin. Sääntöjen tallettamiseen tehtiin tallennuskehys, joka eristää sääntöjen sisäisen ja ulkoisen muodon. Tässä tapauksessa ulkoiseksi tallennustavaksi valittiin relaatiotietokanta. Sääntöjen tarkastaminen toteutettiin tavanomaisella olioiden yhteistoiminnalla. Päätavoite saavutettiin. tämä ja muut hyviksi arvioidut lopputulokset, kuten uudelleenkäytettävyys ja vähentynyt resurssien käyttö, arveltiin juontuvan suunnittelumallien ja Unified Processin käytöstä. Kyseiset menetelmät osoittivat mukautuvansa pieniinkin projekteihin. Menetelmien todettiin myös tukevan ja kannustavan kehitystyön aikaista oppimista, mikä oli välttämätöntä tässä tapauksessa.

Mobile Application Environment and Piloting

Diplomityön tavoitteina oli antaa yleiskuva eri mobiiliteknologioistaja niihin liittyvistä käsitteistä, antaa käsitys mobiilisovellusten toimintaympäristöstä ja kuvata ja arvioda määrätyt mobiilit pilottisovellukset. Ensin työssä kerätään tietoa mobiilista ympäristöstä, laitteista, käyttöympäristöstä ja sovelluksista. Sitten työssä esitetään yleisesti mobiiliteknologiat, laitteiden eroavuudet ja erinäisiä tekijöitä, joita tulee ottaa huomioon mobiilien sovellusten kehittämisessä. Seuraavaksi työn aihepiiriin kuuluvat mobiilisovellukset on kuvattu ja pilotoitu. Lopuksi on muodostettu johtopäätökset ja suositukset sovellusten kehittämiseksi. Sovellusten pilotoinnista selvisi, että sovellusten toiminnallisuuteen eri virhetapauksissa ei ole kiinnitetty riittävästi huomiota. Lisäksi työssä pohditaan, josko kaikkien sovellusten pitäisi pohjautua Internet-teknologiaan.

APPLICATION INTEGRATION IN GLOBAL ENTERPRISE

Diplomityö tehtiin Partek Oyj Abp:lle antamaan IT-järjestelmistä vastuussa oleville ja niihin tukeutuville johtohenkilöille yleisnäkemys IT-sovellusintegroinnista sekä luomaan ohjeet integrointi projekteihin. Diplomityön alkuosassa esitellään liiketoiminnan prosessien pulmakohtia ja sovellusintegrointien liiketoiminnalle tuomia etuja yleisellä tasolla perustuen kirjallisuuteen. Yleisen tason etuja saadaan mm. nopeampien prosessien, paremman tiedon saatavuuden ja ihmisille tulevien uusien toimintatapojen kautta tulevista eduista. Työn seuraavassa osiossa esitellään mitä sovellusintegraatio tarkoittaa käytännössä, mitä erilaisia vaihtoehtoja integroinneille on ja mitä etuja ja haittoja erilaisista integrointitavoista on. Integrointitavoista viesti-pohjainen integrointitapa on noussut suosituimmaksi sen yksinkertaisuuden, luotettavuuden ja helpon liitettävyyden takia. Integrointisovelluksilla on mahdollista siirtää, muokata, prosessoida ja varastoida viestejä. Näiden ominaisuuksien avulla on mahdollista luoda reaaliaikaisia yhteistyöverkostoja. Tämä osio perustuu kirjallisuuteen , artikkeleihin ja haastatteluihin. Kolmas osio keskittyy integrointi projektin ominaispiirteisiin luoden toimintakartan integrointiprojektin kululle. Osiossa esitellään huomioitavat tekniset asiat, kustannukset ja edut sekä mallipohjia integroinnin dokumentointiin. Osio perustuu omiin kokemuksiin, haastatteluihin sekä kirjallisuuteen. Neljännessä osiossa esitellään Partekissa tehty integrointiprojekti. Integrointityö tehtiin ostajille tarkoitetun toimittajarekisterin (PPM) ja ERP-järjestelmän (Baan) välillä. Integrointiin käytettiin yhtä suosituinta integrointityökalua nimeltään IBM WebSphere MQ.Osio perustuu projektin dokumentointiin, omiin kokemuksiin ja kirjallisuuteen. Diplomityön päättää yhteenveto. Kolme pääetua voidaan saavuttaa integroinneilla ja toimintakartalla; tiedon luotettavuus paranee, toimintakartalla saadaan integroinneille malli ja luodaan riippumattomuutta tiettyihin avain henkilöihin tarkalla dokumentoinnilla ja toimintatapojen standardoinnilla.

Object-oriented development of client / server application: case study of service control software

Tässä työssä on esitetty sen ohjelmiston kehittämisen prosessi, joka on tarkoitettu annettavien palveluiden valvottavaksi käyttäen prototyyppimallia. Raportti sisältää vaatimusten, kohteisiin suunnatun analyysin ja suunnittelun, realisointiprosessien kuvauksen ja prototyypin testauksen. Ohjelmiston käyttöala – antavien palveluiden valvonta. Vaatimukset sovellukselle analysoitiin ohjelmistomarkkinoiden perusteella sekä ohjelmiston engineeringin periaatteiden mukaisesti. Ohjelmiston prototyyppi on realisoitu käyttäen asiakas-/palvelinhybridimallia sekä ralaatiokantaa. Kehitetty ohjelmisto on tarkoitettu venäläisille tietokonekerhoille, jotka erikoistuvat pelipalvelinten antamiseen.

Portable Application User Interface Development in Symbian OS

Symbian OS on käyttöjärjestelmä edistyneille matkapuhelimille. Symbiania käyttävistä laitteista on monia muunnoksia. Joitakin käytetään näppäimistön avulla ja toisia kynällä. Näytön mittasuhteet ja muut ominaisuudet vaihtelevat huomattavasti älypuhelimista kommunikaattoreihin. Tämän seurauksena Symbianin eri laiteperheiden viitemallien käyttöliittymäosat ovat sovelluskehittäjän kannalta melko erilaisia. Esimerkiksi kaikki käyttöliittymäkomponentit eivät ole saatavilla kaikissa laiteperheissä. Perinteisesti sovellusten käyttöliittymät on kirjoitettu erikseen kullekin laiteperheelle, mikä pidentää kehitysaikaa. Tämä työ esittelee Symbianin käyttöliittymäarkkitehtuurin, siirrettävyyden käsitteen ja tekniikoita sovellusten suunnitteluun ja toteutukseen, joilla saavutetaan parempi siirrettävyys Symbian-ympäristössä. Työssä suunnitellaan ja toteutetaan AppTest-nimisen testaustyökalun käyttöliittymä siten, että sovellus on helposti siirrettävissä eri laiteperheisiin.

Application Size Optimisation in Mobile Environment

Työssä tutkitaan menetelmiä, käytäntöjä ja oliosuunnittelumalleja jotka johtavat ohjelmistojen koon pienentymiseen. Työssä tutkitaan konkreettisia keinoja ohjelmistojen koon optimointiin Symbian-alustalla. Työ keskityy C++ ohjelmistoihin jotka on suunniteltu toimimaan matkapuhelimissa ja muissa langattomissa laitteissa. Työssä esitellään, analysoidaan ja optimoidaan todellinen, loppukäyttäjille suunnattu, langaton sovellus. Käytetyt optimointimenetelmät sekä saadut tulokset esitellään ja analysoidaan. Esimerkkisovelluksen toteuttamisesta kertyvien kokemusten perusteella esitetään suosituksia langattomaan sovelluskehitykseen. Hyvän teknisen arkkitehtuurisuunnitelman todettiin olevan merkittävässä roolissa. C++ -kielen luokkaperinnän huomattiin yllättäen olevan suurin ohjelmatiedostojen kokoon vaikuttava tekijä Symbian-käyttöjärjestelmässä. Pienten ohjelmien tuottamisessa vaaditaan taitoa ja kurinalaisuutta. Ohjelmistokehittäjien asenteet ovat yleensä suurin este sille. Monet ihmiset eivät vain välitä kirjoittaminen ohjelmiensa koosta.

Fruit size and quality of pineapples cv. Vitória in response to micronutrient doses and way of application and to soil covers

The objective of this study was to evaluate the effects of foundation and leaf fertilization with micronutrients on fruit size and quality of pineapple cv. Vitória under the environmental conditions of the Baixo Acaraú irrigated perimeter in Northern Ceará State, Brazil, under two covers (bagana and black plastic) of the sandy soil of low fertility. The experimental design was a randomized split blocks one with four levels of soil dressing and four levels of foliar fertilization, with five replications. Micronutrient soil dressing was studied as FTE-12 at doses of 0, 60, 120 and 180 kg ha-1. The four levels of foliar fertilization were: LF0 (without fertilizer), LF 1 (15 leaf fertilization, using the amount of 1158.75 g Fe ha-1, 844.65 g Mn ha-1, 391.5 g ha-1 Zn, 322.65 g ha-1 Cu and 216 g ha-1 B), LF2 (15 leaf fertilization, using twice the quantities of level LF1) and LF3 (15 leaf fertilization, using three times the amount of level LF1). At 13 months after planting the micropropagated plantlets was carried out the floral induction treatment and five months later the fruit harvest determining the following variables: fruit weight and median diameter, soluble solids content (SS) and titratable acidity (TA). Both fruit weight and diameter increased with increasing doses of micronutrients applied to the soil and to the leaves, of plants grown both on bagana soil cover and plastic mulch. On the other hand fruit pulp quality was little affected by the treatments studied. There were a small increase of SS contents for plants grown on bagana soil cover and a small decrease of titratable acidity for those grown on plastic mulch, in both cases just in response to micronutrient foliar application.