Soft Computing Approach for Optimization of siRNA Efficiency Prediction for Post-transcriptional Gene Silencing

Post-transcriptional gene silencing by RNA interference is mediated by small interfering RNA called siRNA. This gene silencing mechanism can be exploited therapeutically to a wide variety of disease-associated targets, especially in AIDS, neurodegenerative diseases, cholesterol and cancer on mice with the hope of extending these approaches to treat humans. Over the recent past, a significant amount of work has been undertaken to understand the gene silencing mediated by exogenous siRNA. The design of efficient exogenous siRNA sequences is challenging because of many issues related to siRNA. While designing efficient siRNA, target mRNAs must be selected such that their corresponding siRNAs are likely to be efficient against that target and unlikely to accidentally silence other transcripts due to sequence similarity. So before doing gene silencing by siRNAs, it is essential to analyze their off-target effects in addition to their inhibition efficiency against a particular target. Hence designing exogenous siRNA with good knock-down efficiency and target specificity is an area of concern to be addressed. Some methods have been developed already by considering both inhibition efficiency and off-target possibility of siRNA against agene. Out of these methods, only a few have achieved good inhibition efficiency, specificity and sensitivity. The main focus of this thesis is to develop computational methods to optimize the efficiency of siRNA in terms of “inhibition capacity and off-target possibility” against target mRNAs with improved efficacy, which may be useful in the area of gene silencing and drug design for tumor development. This study aims to investigate the currently available siRNA prediction approaches and to devise a better computational approach to tackle the problem of siRNA efficacy by inhibition capacity and off-target possibility. The strength and limitations of the available approaches are investigated and taken into consideration for making improved solution. Thus the approaches proposed in this study extend some of the good scoring previous state of the art techniques by incorporating machine learning and statistical approaches and thermodynamic features like whole stacking energy to improve the prediction accuracy, inhibition efficiency, sensitivity and specificity. Here, we propose one Support Vector Machine (SVM) model, and two Artificial Neural Network (ANN) models for siRNA efficiency prediction. In SVM model, the classification property is used to classify whether the siRNA is efficient or inefficient in silencing a target gene. The first ANNmodel, named siRNA Designer, is used for optimizing the inhibition efficiency of siRNA against target genes. The second ANN model, named Optimized siRNA Designer, OpsiD, produces efficient siRNAs with high inhibition efficiency to degrade target genes with improved sensitivity-specificity, and identifies the off-target knockdown possibility of siRNA against non-target genes. The models are trained and tested against a large data set of siRNA sequences. The validations are conducted using Pearson Correlation Coefficient, Mathews Correlation Coefficient, Receiver Operating Characteristic analysis, Accuracy of prediction, Sensitivity and Specificity. It is found that the approach, OpsiD, is capable of predicting the inhibition capacity of siRNA against a target mRNA with improved results over the state of the art techniques. Also we are able to understand the influence of whole stacking energy on efficiency of siRNA. The model is further improved by including the ability to identify the “off-target possibility” of predicted siRNA on non-target genes. Thus the proposed model, OpsiD, can predict optimized siRNA by considering both “inhibition efficiency on target genes and off-target possibility on non-target genes”, with improved inhibition efficiency, specificity and sensitivity. Since we have taken efforts to optimize the siRNA efficacy in terms of “inhibition efficiency and offtarget possibility”, we hope that the risk of “off-target effect” while doing gene silencing in various bioinformatics fields can be overcome to a great extent. These findings may provide new insights into cancer diagnosis, prognosis and therapy by gene silencing. The approach may be found useful for designing exogenous siRNA for therapeutic applications and gene silencing techniques in different areas of bioinformatics.

Política exterior de China en África subsahariana a la luz del concepto de soft-power. Un análisis de Angola, Nigeria y Sudán en el período 2002-2009.

La monografía analiza la política exterior de China en África subsahariana a la luz de las políticas blandas implementadas por China en la región y su relación con los intereses nacionales chinos; específicamente en Angola, Nigeria y Sudán en el período 2002 – 2009.

El Soft Power para la construccion y el posicionamiento hegemonico de Venezuela a traves de la Alianza Bolivariana de las Americas (ALBA), 2005-2008

Este documento muestra la posibilidad del resurgimiento de la teoria del Soft Power en el siglo XXI en Latinoamerica, especificamente en Venezuela. Se desarrolla la idea de la construccion y el posicionamiento hegemonico de Venezuela a traves de la Naturaleza cambiante del poder y sus recursos intangibles. Todo esto aplicado a traves del ALBA en el periodo de 2005 a 2008.

Análisis del Soft Power como estrategia de política exterior para el mantenimiento de la condición hegemónica de Estados Unidos en el Sistema Internacional. (periodo 2000- primer semestre de 2011)

Estados Unidos ha tenido un papel protagónico y determinante en el Sistema Internacional en especial durante el periodo de la Guerra Fría, en el cual logró su status hegemónico. Es por esto, que su influencia en el mundo se ha ido configurando y el Soft Power como elemento de poder ha permitido plantear los objetivos y metas en torno a su política interna y su Política exterior, lo cual ha beneficiado su condición como superpotencia.

Soft Sytems Modelling

This presentation introduces Soft Systems Modelling as a technique to support investigating the behaviour of dynamic systems in the real world. It combines techniques from General Systems Theory, Soft Systems Methodolgy and Critical Systems Heuristics. Personas and Scenarios are used as a technique for exploring the motivations of stakeholders in the systems.

La proyección de imagen a partir de Soft Power, mediante Nation Branding y Diplomacia Pública en el caso de Japón, durante el periodo 2002 – 2010

En el actual contexto de globalización y con el comienzo de la era de la información, cada vez más Estados han buscado proyectar una imagen favorable con el objetivo de atraer atención y crear una reputación que permitan cumplir objetivos de política exterior y fomentar el desarrollo económico, logrando de esta manera un posicionamiento en el sistema internacional mediante estrategias novedosas, que incluyen elementos tanto diplomáticos, políticos, económicos, como comerciales y culturales. Para Japón, Nation Branding y la diplomacia pública han sido dos de las principales herramientas para lograr este reposicionamiento internacional, resaltando atractivos como las tradiciones culturales, el turismo, los incentivos para negocios, y trabajando en conjunto entre el gobierno nacional, el sector privado y la sociedad civil para crear relaciones entre el país y gobiernos y sociedades a nivel internacional.

Introduction to Soft Systems Modelling

Two lectures that introduce the idea of modelling in the large, and contrasts hard system and soft system modelling. The second lecture goes into detail on a number of specific methods for analysing a system (CATWOE and CSH) and on modelling a system (Systems Diagrams and Personas).

Análisis de los elementos de Soft Power presentes en la política exterior alemana de cooperación para el desarrollo (2002-2009)R ALEMANA DE COOPERACIÓN PARA EL DESARROLLO (2002-2009)

A lo largo de la historia el Sistema Internacional se ha configurado a partir de los diferentes polos de poder y de diversas formas de interacción entre actores. Una de estas formas es la cooperación internacional, la cual abre el espacio a nuevos asuntos dentro de la agenda internacional y permite profundizar la colaboración en determinados temas de interés de los actores. Esta forma de relacionamiento puede ser entendida como una herramienta de Soft Power definiéndose éste como un elemento que permite a los Estados influenciar dentro del sistema internacional por medio de acciones no bélicas y que facilita el acercamiento de los países desarrollados con los países en vías de desarrollo para moldear el sistema internacional. Siguiendo esta idea, el Estado Alemán ha implementado el uso del Soft Power dentro de su política exterior buscando generar beneficios tanto a Alemania como para los Estados receptores de cooperación. Alemania ha redefinido sus prioridades: ajustar y reorganizar sus estrategias de cooperación para optimizar recursos, teniendo en cuenta la historia alemana y los cambios estructurales que las dos guerras mundiales generaron en la perspectiva de su política exterior. La fuerte y firme estructura política, económica y social ha permitido que este sea el único país de la Unión Europea que no ha sufrido directamente la crisis económica y por lo tanto ha logrado seguir aportando parte de su PIB a la cooperación internacional. Esto ha generado un diálogo político entre diferentes países, el cual permite el acercamiento con los gobiernos de turno en cada Estado para la creación de políticas encaminadas al desarrollo y al mejoramiento de la calidad de vida de los ciudadanos.

Desarticulando el soft power ruso en Ucrania durante el período 2004 y 2013

La Revolución Naranja de 2004 puede ser considerada un punto de inflexión en el manejo de la política exterior del gobierno de Vladímir Putin. Pues, le demostró que para recuperar el prestigio ruso en el espacio que consideraba propio (postsoviético) se debía abandonar la tendencia de definir la política exterior en términos de hard power e incluir elementos del soft power. De ahí que, el propósito de esta monografía es analizar los factores que afectan la aplicación del soft power como un instrumento de la política exterior rusa enfocada al establecimiento de la hegemonía del Kremlin en Ucrania entre el período 2004 y 2013. Para ello, a partir de la propuesta constructivista de Theodore Hopf se identifican tres elementos interconectados: la figura de Vladímir Putin, la sociedad ucraniana, y, específicamente, la identidad compartida entre Rusia y la población conformada por rusos étnicos y personas afines con la cultura rusa.

Soft budget constraints in a dynamic general equilibrium model

This paper considers an overlapping generations model in which capital investment is financed in a credit market with adverse selection. Lenders’ inability to commit ex-ante not to bailout ex-post, together with a wealthy position of entrepreneurs gives rise to the soft budget constraint syndrome, i.e. the absence of liquidation of poor performing firms on a regular basis. This problem arises endogenously as a result of the interaction between the economic behavior of agents, without relying on political economy explanations. We found the problem more binding along the business cycle, providing an explanation to creditors leniency during booms in some LatinAmerican countries in the late seventies and early nineties.

La política exterior turca en el marco del Complejo de Seguridad Regional de Medio Oriente. Del soft power al smart power. (2002 - 2013)

Dada la confluencia de Turquía en Asia, Medio Oriente, los Balcanes y Europa, el gobierno está en la necesidad de responder a los desafíos de ser un Estado pivote. Es en este punto donde su política exterior se convierte en la mayor herramienta para sobresalir y sobrevivir en un ambiente heterogéneo. El objetivo de esta monografía de grado es analizar la política exterior turca en el marco del Complejo de Seguridad Regional de Medio Oriente a partir de los aportes de la Escuela de Copenhague y su Teoría de los Complejos de Seguridad Regional, para comprender sus estrategias de soft y hard power en su política exterior a fin de analizar si se consolidó un smart power que permita posicionar a Turquía en una potencia regional.

Alcances y limitaciones de Al Jazeera como herramienta de Soft Power. Qatar 2005- 2013

El interés de este estudio de caso es mostrar cómo Al Jazeera es utilizada como herramienta de Soft Power por parte de Qatar en su política exterior en Medio Oriente y con Estados Unidos. Se analiza y explica el concepto de Soft Power de Joseph Nye y se aplica a la política exterior qatarí y su relación con la labor informativa de Al Jazeera. Se explican diversos ejemplos en los que la cobertura de Al Jazeera tuvo consecuencias en la política exterior de Qatar y cómo Qatar adecuó su agenda para garantizar su poder sin sacrificar su seguridad. Así mismo la relación entre e Soft Power y el Hard Power y el equilibrio necesario actualmente para lograr los objetivos en política exterior de Qatar.

Estudo das competências pessoais e interpessoais de acordo com as soft skills e hard skills nos empresários das PMEs

Neste percurso sinuoso de longas privações e acontecimentos, esta investigação só foi possível graças à colaboração franca e estreita de várias pessoas, algumas delas ausentes, mas que em muito contribuíram para o sucesso deste estudo, o nosso profundo reconhecimento e sincero agradecimento. Ao Professor Doutor Manuel Jacinto de Ascensão Jardim, que foi uma pessoa sempre disponível e cuja orientação suprema de conhecimento neste estudo, que por vezes se tornou penoso, mas que através da sua sabedoria e experiência, levou-nos a bom porto, por mares claros, lúcidos e objectivos, o nosso muito obrigado. Aos empresários, gestores e aos docentes convidados, que contribuíram decisivamente para a investigação, colaborando na entrevista do estudo, que foram pessoas que pelas suas vivências deram o carácter construtivo e enriquecedor, sem eles, isto não seria o mesmo, a todos eles, o nosso agradecimento muito profundo. Ao ISLA.GAIA e a todos os Docentes que de uma forma directa ou indirecta foram incansáveis na procura de opiniões, sugestões e soluções, que pudessem de alguma forma contribuir para o bom encaminhamento do nosso propósito de estudo, não esquecendo os colaboradores não docentes desta instituição que sempre tiveram uma palavra de encorajamento, o nosso muito obrigado a todos. A Todos os colegas e aos colegas que se tornaram amigos, pela empatia, comunhão, temperança se tornaram pessoas importantes, não só este ano, neste caminho solitário, mas incluindo todos aqueles que pela perseverança e sem dúvida, muita partilha, fazem parte desta meta alcançada, o nosso sincero e sentido obrigado. Aos nossos amigos que nos deram o alento e a força para que nunca perdêssemos o norte, estando sempre atentos aos nossos passos, o nosso muito obrigado a todos. Aos nossos familiares um agradecimento muito especial pelo incansável apoio, disponibilidade e compreensão quando privados da nossa presença, muito particularmente à nossa família nuclear, que sempre nos incentivou e viveu mais de perto todas as nossas dúvidas e angustias estando sempre do nosso lado, o nosso muito particular obrigado.