Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas.

Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles obtidos pelas principais técnicas para seleção de parâmetros na literatura.Termos para indexação classificação de enzimas,predição de função de proteínas, estruturas de proteínas, banco de dados de proteínas, seleção de parâmetros, métodos para classsificação de dados.

Um sistema especialista via web para diagnóstico e tratamento de doenças de milho baseado em um framework orientados a objetos.

2007

Uma abordagem nebulosa para solução de problemas de diagnóstico, investigação e tratamento de desordens.

Este trabalho tem por objetivo apresentar uma abordagem integrada para diagnóstico, investigação e tratamentos de desordens (doenças, falhas de computadores, etc.). Nesta nova abordagem, denominada Teoria das Coberturas Nebulosas (TCN), o conhecimento é basicamente modelado através de associações causais e a inferência é abdutiva. Conceitos de Parsimonious Covering Theory (PCT), lógica nebulosa e teoria de decisão são também integrados, de maneira a tratar os vários aspectos inerentes aos processos envolvidos em raciocínio clínico. Por exemplo, a possibilidade de diversas desordens estarem conjuntamente causando um conjunto de manifestações, a manipulação de informações temporais, a consideração de condições favoráveis ao desenvolvimento de uma desordem, a incapacidade do especialista em oferecer conhecimento generalizado desprovido de incerteza e/ou imprecisão, a manipulação de fatores cruciais na tomada de decisão nas tarefas de investigação e tratamento como o custo e o risco são alguns dos aspectos abordados neste trabalho. A validação do modelo teórico foi realizada em fitopatologia, abordando especificamente a diagnose, investigação e tratamento de doenças de milho. Entretanto, devido a sua generalidade, espera-se que os desenvolvimentos teóricos obtidos possam ser aplicados para resolver problemas de diagnóstico em outras áreas de conhecimento.

Sistema Diagnose Virtual: módulo produtor: manual do usuário

O sistema Diagnose Virtual é um ambiente virtual na WEB para diagnóstico de doenças de plantas e enfermidades de animais que se utiliza de mecanismos de inferência (investigação) aplicados sobre o conhecimento de especialistas previamente categorizado. Este documento tem por objetivo orientar o usuário do sistema Diagnose Virtual no procedimento para sua utilização visando obter resultados corretos com menor esforço. O sistema é também dotado de ajuda online, na qual cada funcionalidade do sistema é descrita de forma sucinta mostrada desde que o ponteiro do mouse fique parado por um instante em cima da funcionalidade. Outra forma de ajuda pode ser obtida a cada tela, clicando o símbolo de interrogação no canto inferior direito. O documento aborda o módulo do usuário/produtor, no qual são exploradas as características de um problema (um caso) de uma determinada cultura até obter-se o diagnóstico. Como resultados são fornecidas as possíveis desordens com seus respectivos graus de certeza.

Sistema Diagnose Virtual: módulo especialista: manual do usuário.

O sistema Diagnose Virtual é um ambiente virtual na WEB para diagnóstico de doenças de plantas e enfermidades de animais, que utiliza mecanismos de inferência baseados em conhecimentos de especialistas para simular o processo de diagnóstico. Este documento tem por objetivo orientar o usuário do sistema Diagnose Virtual no procedimento para sua utilização, visando obter resultados corretos com menor esforço.

Perspectiva dos médicos dentistas acerca da metodologia clínica aplicada nos tratamentos de branqueamento dentário

Monografia apresentada à Universidade Fernando Pessoa para obtenção do grau de Licenciada em Medicina Dentária

Sobrecargas posturais

Projeto de Pós-Graduação/Dissertação apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Medicina Dentária

Controlo do tratamento endodontico não-cirúrgico de dentes com diagnóstico de necrose pulpar associada ou não a lesão apical

Projeto de Pós-Graduação/Dissertação apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Medicina Dentária

Contributos para a análise estatística de séries de contagem

A análise das séries temporais de valores inteiros tornou-se, nos últimos anos, uma área de investigação importante, não só devido à sua aplicação a dados de contagem provenientes de diversos campos da ciência, mas também pelo facto de ser uma área pouco explorada, em contraste com a análise séries temporais de valores contínuos. Uma classe que tem obtido especial relevo é a dos modelos baseados no operador binomial thinning, da qual se destaca o modelo auto-regressivo de valores inteiros de ordem p. Esta classe é muito vasta, pelo que este trabalho tem como objectivo dar um contributo para a análise estatística de processos de contagem que lhe pertencem. Esta análise é realizada do ponto de vista da predição de acontecimentos, aos quais estão associados mecanismos de alarme, e também da introdução de novos modelos que se baseiam no referido operador. Em muitos fenómenos descritos por processos estocásticos a implementação de um sistema de alarmes pode ser fundamental para prever a ocorrência de um acontecimento futuro. Neste trabalho abordam-se, nas perspectivas clássica e bayesiana, os sistemas de alarme óptimos para processos de contagem, cujos parâmetros dependem de covariáveis de interesse e que variam no tempo, mais concretamente para o modelo auto-regressivo de valores inteiros não negativos com coeficientes estocásticos, DSINAR(1). A introdução de novos modelos que pertencem à classe dos modelos baseados no operador binomial thinning é feita quando se propõem os modelos PINAR(1)T e o modelo SETINAR(2;1). O modelo PINAR(1)T tem estrutura periódica, cujas inovações são uma sucessão periódica de variáveis aleatórias independentes com distribuição de Poisson, o qual foi estudado com detalhe ao nível das suas propriedades probabilísticas, métodos de estimação e previsão. O modelo SETINAR(2;1) é um processo auto-regressivo de valores inteiros, definido por limiares auto-induzidos e cujas inovações formam uma sucessão de variáveis independentes e identicamente distribuídas com distribuição de Poisson. Para este modelo estudam-se as suas propriedades probabilísticas e métodos para estimar os seus parâmetros. Para cada modelo introduzido, foram realizados estudos de simulação para comparar os métodos de estimação que foram usados.

Optimal alarms systems and its application to financial time series

This thesis focuses on the application of optimal alarm systems to non linear time series models. The most common classes of models in the analysis of real-valued and integer-valued time series are described. The construction of optimal alarm systems is covered and its applications explored. Considering models with conditional heteroscedasticity, particular attention is given to the Fractionally Integrated Asymmetric Power ARCH, FIAPARCH(p; d; q) model and an optimal alarm system is implemented, following both classical and Bayesian methodologies. Taking into consideration the particular characteristics of the APARCH(p; q) representation for financial time series, the introduction of a possible counterpart for modelling time series of counts is proposed: the INteger-valued Asymmetric Power ARCH, INAPARCH(p; q). The probabilistic properties of the INAPARCH(1; 1) model are comprehensively studied, the conditional maximum likelihood (ML) estimation method is applied and the asymptotic properties of the conditional ML estimator are obtained. The final part of the work consists on the implementation of an optimal alarm system to the INAPARCH(1; 1) model. An application is presented to real data series.

Algoritmos evolutivos multiobjectivo para afectação de recursos e sua aplicação à geração de horários em universidades

Esta dissertação tem por objectivo aplicar algoritmos evolutivos multiobjectivo a problemas de afectação de recursos, particulamente a problemas de geração de horários de exames e problemas de geração de horários de aulas em Universidades. Estes problemas são normalmente caracterizados pela existência de múltiplos objectivos conflituosos. Neste sentido, uma formalização multiobjectivo para estes problemas é apresentada, com base no conceito de metas e prioridades. Vários aspectos dos algoritmos evolutivos são propostos e analisados para esta classe de problemas, nomeadamente, métodos de selecção e tipo e parâmetros de operadores de mutação. A escolha da representação e dos operadores utilizados é feita tendo em conta a necessidade de não privilegiar demasiadamente certos objectivos em relação a outros ao nível dos mecanismos de exploração. São apresentados estudos comparativos entre os algoritmos propostos por meio de métodos de inferência estatística em problemas reais na Universidade do Algarve. O conceito de função de aproveitamento é utilizado para avaliação de algoritmos evolutivos multiobjectivo. Finalmente, a análise da evolução do custo das soluções encontradas ao longo do tempo de execução através de funções de aproveitamento é apresentada.

Controlo da amónia no transporte de peixe: utilização de AmQuel em ensaios laboratoriais

O controlo da amónia durante o transporte de peixe vivo, é uma das problemáticas mais exigentes ao nível de controladores químicos. Até então, o AmQuel® apresenta-se como uma alternativa e possível solução para esta problemática. Este produto foi testado em diversas situações, manipulando-se concentrações iniciais e taxas de excreção de amónia. Na primeira parte (I), através do acompanhamento de um transporte efectivo de corvinas (Argyrosomus regius Asso, 1801) e duas simulações de transporte, de corvinas e de cavalas (Argyrosomus regius e Scomber japonicus Houttuyn, 1782). Na parte laboratorial (II), foram testadas diversas simulações de taxas de excreção de amónia e o efeito quelante do AmQuel® sobre estas. Pelos resultados obtidos verificou-se uma relação linear entre AmQuel® e amónia e uma possível inferência na concentração de cortisol libertada para a água. Os resultados obtidos laboratorialmente demonstraram que pequenas diferenças nas concentrações de cada cocktail escolhido poderão ter resultados distintos no controlo de amónia. O Cocktail B (15/15/7.5 ppm) demonstrou ser eficaz no controlo de amónia, para taxas de excreção inferiores a 5mg/h, mesmo com concentração inicial (0.25mg/L) de amónia no tanque. Cocktails inferiores a 15/15/7.5 ppm revelaram-se ineficazes no controlo de amónia, para taxas de excreção superiores a 1mg/h. Estes resultados irão facilitar a escolha do cocktail de AmQuel® mais adequado, consoante o tempo e características de cada transporte.

A definição de mercados relevantes no direito europeu e português da concorrência : teoria e prática

Tese de doutoramento, Direito (Ciências Jurídico-Económicas), Universidade de Lisboa, Faculdade de Direito, 2014

Machine learning methods for quantitative structure-property relationship modeling

Tese de doutoramento, Informática (Bioinformática), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

New methodologies for directed functional connectivity applied to brain neuroimaging research

Tese de doutoramento, Engenharia Biomédica e Biofísica, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2015