Comparison of central macular thickness (CMT) measurement between time domain and spectral domain (SD) optical coherence tomography (OCT) and reproducibility of SD OCT in active neovascular AMD

Purpose: To evaluate the reproducibility of Cirrus-SD OCT measurements and to compare central macular thickness (CMT) measurements between TD-Stratus and SD-Cirrus OCT in patients with active exudative AMD. Methods: Consecutive case series of patients with active exudative AMD seen in the Medical Retina Department. Patients underwent 1 scan with Stratus (macular thickness map protocol) and 5 scans with Cirrus (Macular Cube protocol) at the same visit by the same experienced examiner. To be included, patients best-corrected visual acuity (BCVA) had to be >20/200 while all scans had to be of sufficient quality, well-centered and at least one Cirrus scan with CMT >300 microns. The repeatability of the SD Cirrus was estimated by using all 5 CMT measurements and the mean of the Cirrus measurements was compared with the CMT obtained by TD Stratus. Results: Cirrus OCT demonstrated high intraobserver repeatability at the central foveal region (ICC 96%). The mean of the CMT measurements was 321microns for Stratus and 387 microns for Cirrus. The average difference was 65m (SD=30). The coefficient of concordance between Stratus and Cirrus CMT measurements was rho=0,749 with a high precision and a moderate accuracy. The equation of the line of regression between Stratus and meanCirrus is given by the following: M_stratus = 0,848 x m_cirrus - 4,496 (1).Conclusions: The Cirrus macular cube protocol allows reproducible CMT measurements in patients with active exudative AMD. In cases of upgrading from TD to SD use and vice versa, there is the possibility to predict the measurements by using the equation (1). These real life data and conclusions can help in improving our clinical management of patients with neovascular AMD.

Highlight Removal in Spectral Images

Monissasovelluksissa on hyvin tärkeää vähentää valolähteen vaikutusta kohteen oikean värin havainnoimiseksi. Tämä on tarpeen mm. virtuaalisissa museoissa, telelääketieteessä, verkkokaupassa ja verkkorahassa. Tässä tutkielmassa on kehitetty tekniikkaa kirkkaiden heijastusten poistoon spektrikuvista. Työ sisältää katsauksen yleisen värillisen kuvan ymmärtämiseen, mihin perustuen analysoitiin erilaisia kirkkaiden heijastusten poistO'tekniikoita. Työssä kehitettiin uusi kirkkaiden heijastusten poistO'menetelmä, joka perustuu dikromaattiseen heijastus-malliin, joka kuvaa spektrisen datan objektin omaan väriin ja valaisevan valon väriin perustuen. Ehdotettu kirkkaiden heijastusten poistO'menetelmä hyödyntää erilaisia olemassaolevia menetelmiä, kuten pääkomponenttimenetelmää ja tiedon luokittelu-menetelmää. Yritys kehittää nopeasti toimiva algoritmi, joka myös suoriutuu tehtävästä hyvin, on onnistunut. Kokeet toteutettiin ehdotetun menetelmän mukaisesti ja toimivalla algoritmilla saatiin halutut lopputulokset. Edelleentyö sisältää ehdotuksia esitetyn algoritmin parantamiseksi.

A case of acute retinal pigment epithelitis: spectral domain optical coherence tomography time course and physiopathologic hypothesis.

PURPOSE: To report the time course of retinal morphologic changes in a patient with acute retinal pigment epithelitis (ARPE) using spectral domain optical coherence tomography (SD-OCT). METHODS: A 30-year old man was referred for blurred vision of his right eye after five days that appeared suddenly 15 days after recovery from a flu-like syndrome. SD-OCT was performed immediately, followed by fluorescein and infracyanine angiography at eight days and then at three weeks. RESULTS: At presentation, a bubble of sub-macular deposit was observed on the right macula with central golden micronodules in a honeycomb pattern. SD-OCT showed an "anterior dislocation" of all the retinal layers up to the inner/outer segment (IS/OS) line and irregular deposits at the OS level together with thickening of the retinal pigment epithelial (RPE) layer. As visual acuity increased, eight days later, the OCT showed reduction of the sub-retinal deposits and an abnormal hyperflectivity of the sub-retinal and RPE layers was observed. The patient showed a positive serology for picornavirus. DISCUSSION: The acute SD-OCT sections of this patient with ARPE were compared with histological sections of a 35 day old Royal College of Surgeons rat. Similar findings could be observed, with preservation of the IS/OS line and accumulation of debris at the OS level, suggesting that ARPE symptoms could result from a transient phagocytic dysfunction of the RPE at the fovea, inducing reversible accumulation of undigested OS. Picornaviruses comprising enterovirus and coxsachievirus described as being associated with acute chorioretinitis. In this case, it was responsible for ARPE. CONCLUSION: We hypothesize that ARPE syndrome results from a transient dysfunction of RPE, which can occur as a post viral reaction.

Tuning the design procedures for laser processed microwave mechanics

This research has been focused at the development of a tuned systematic design methodology, which gives the best performance in a computer aided environment and utilises a cross-technological approach, specially tested with and for laser processed microwave mechanics. A tuned design process scheme is also presented. Because of the currently large production volumes of microwave and radio frequency mechanics even slight improvements of design methodologies or manufacturing technologies would give reasonable possibilities for cost reduction. The typical number of required iteration cycles could be reduced to one fifth of normal. The research area dealing with the methodologies is divided firstly into a function-oriented, a performance-oriented or a manufacturability-oriented product design. Alternatively various approaches can be developed for a customer-oriented, a quality-oriented, a cost-oriented or an organisation-oriented design. However, the real need for improvements is between these two extremes. This means that the effective methodology for the designers should not be too limited (like in the performance-oriented design) or too general (like in the organisation-oriented design), but it should, include the context of the design environment. This is the area where the current research is focused. To test the developed tuned design methodology for laser processing (TDMLP) and the tuned optimising algorithm for laser processing (TOLP), seven different industrial product applications for microwave mechanics have been designed, CAD-modelled and manufactured by using laser in small production series. To verify that the performance of these products meets the required level and to ensure the objectiveness ofthe results extensive laboratory tests were used for all designed prototypes. As an example a Ku-band horn antenna can be laser processed from steel in 2 minutes at the same time obtaining a comparable electrical performance of classical aluminium units or the residual resistance of a laser joint in steel could be limited to 72 milliohmia.

An infrared spectral signature of human lymphocyte subpopulations from peripheral blood.

Metastatic melanomas are frequently refractory to most adjuvant therapies such as chemotherapies and radiotherapies. Recently, immunotherapies have shown good results in the treatment of some metastatic melanomas. Immune cell infiltration in the tumor has been associated with successful immunotherapy. More generally, tumor infiltrating lymphocytes (TILs) in the primary tumor and in metastases of melanoma patients have been demonstrated to correlate positively with favorable clinical outcomes. Altogether, these findings suggest the importance of being able to identify, quantify and characterize immune infiltration at the tumor site for a better diagnostic and treatment choice. In this paper, we used Fourier Transform Infrared (FTIR) imaging to identify and quantify different subpopulations of T cells: the cytotoxic T cells (CD8+), the helper T cells (CD4+) and the regulatory T cells (T reg). As a proof of concept, we investigated pure populations isolated from human peripheral blood from 6 healthy donors. These subpopulations were isolated from blood samples by magnetic labeling and purities were assessed by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS). The results presented here show that Fourier Transform Infrared (FTIR) imaging followed by supervised Partial Least Square Discriminant Analysis (PLS-DA) allows an accurate identification of CD4+ T cells and CD8+ T cells (>86%). We then developed a PLS regression allowing the quantification of T reg in a different mix of immune cells (e.g. Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs)). Altogether, these results demonstrate the sensitivity of infrared imaging to detect the low biological variability observed in T cell subpopulations.

Power spectral changes of the superimposed M wave during isometric voluntary contractions of increasing strength.

INTRODUCTION: We examined the power spectral changes of the compound muscle action potential (M wave) evoked during isometric contractions of increasing strength. METHODS: Surface electromyography (sEMG) of the vastus lateralis and medialis was recorded from 20 volunteers who performed 4-s step-wise isometric contractions of different intensities. A maximal M wave was elicited by a single stimulus to the femoral nerve and superimposed on the voluntary contractions. The spectral characteristics (Fmean and Fmedian) of sEMG and M-wave signals were calculated. RESULTS: M-wave spectral indicators increased systematically with contraction intensity up to 60% MVC and then leveled off at higher forces. Over the 10-60% MVC range, the increase in spectral indicators was 3 times higher for M waves (36%) than for sEMG (12%). CONCLUSIONS: The consistent increase in M-wave spectral characteristics with force is due to the fact that the number of motor units recruited by the superimposed supramaximal stimulus is approximately stable.

Spectral analysis of the angular distribution function of back reflectors for thin film silicon solar cells

Nowadays, one of the most important challenges to enhance the efficiency of thin film silicon solar cells is to increase the short circuit intensity by means of optical confinement methods, such as textured back-reflector structures. In this work, two possible textured structures to be used as back reflectors for n-i-p solar cells have been optically analyzed and compared to a smooth one by using a system which is able to measure the angular distribution function (ADF) of the scattered light in a wide spectral range (350-1000 nm). The accurate analysis of the ADF data corresponding to the reflector structures and to the μc-Si:H films deposited onto them allows the optical losses due to the reflector absorption and its effectiveness in increasing light absorption in the μc-Si:H layer, mainly at long wavelengths, to be quantified.

Spectral energy distribution of the gamma-ray microquasar LS 5039

The microquasar LS 5039 has recently been detected as a source of very high energy (VHE) $\gamma$-rays. This detection, that confirms the previously proposed association of LS 5039 with the EGRET source 3EG~J1824$-$1514, makes of LS 5039 a special system with observational data covering nearly all the electromagnetic spectrum. In order to reproduce the observed spectrum of LS 5039, from radio to VHE $\gamma$-rays, we have applied a cold matter dominated jet model that takes into account accretion variability, the jet magnetic field, particle acceleration, adiabatic and radiative losses, microscopic energy conservation in the jet, and pair creation and absorption due to the external photon fields, as well as the emission from the first generation of secondaries. The radiative processes taken into account are synchrotron, relativistic Bremsstrahlung and inverse Compton (IC). The model is based on a scenario that has been characterized with recent observational results, concerning the orbital parameters, the orbital variability at X-rays and the nature of the compact object. The computed spectral energy distribution (SED) shows a good agreement with the available observational data.

Wavelet Filter Parameterization for Compression of Spectral Images

Vaatimus kuvatiedon tiivistämisestä on tullut entistä ilmeisemmäksi viimeisen kymmenen vuoden aikana kuvatietoon perustuvien sovellutusten myötä. Nykyisin kiinnitetään erityistä huomiota spektrikuviin, joiden tallettaminen ja siirto vaativat runsaasti levytilaa ja kaistaa. Aallokemuunnos on osoittautunut hyväksi ratkaisuksi häviöllisessä tiedontiivistämisessä. Sen toteutus alikaistakoodauksessa perustuu aallokesuodattimiin ja ongelmana on sopivan aallokesuodattimen valinta erilaisille tiivistettäville kuville. Tässä työssä esitetään katsaus tiivistysmenetelmiin, jotka perustuvat aallokemuunnokseen. Ortogonaalisten suodattimien määritys parametrisoimalla on työn painopisteenä. Työssä todetaan myös kahden erilaisen lähestymistavan samanlaisuus algebrallisten yhtälöiden avulla. Kokeellinen osa sisältää joukon testejä, joilla perustellaan parametrisoinnin tarvetta. Erilaisille kuville tarvitaan erilaisia suodattimia sekä erilaiset tiivistyskertoimet saavutetaan eri suodattimilla. Lopuksi toteutetaan spektrikuvien tiivistys aallokemuunnoksen avulla.

Spectral Analysis of Buffers in Communication Systems

Muokatun matriisi-geometrian tekniikan kehitys yleimmäksi jonoksi on esitelty tässä työssä. Jonotus systeemi koostuu useista jonoista joilla on rajatut kapasiteetit. Tässä työssä on myös tutkittu PH-tyypin jakautumista kun ne jaetaan. Rakenne joka vastaa lopullista Markovin ketjua jossa on itsenäisiä matriiseja joilla on QBD rakenne. Myös eräitä rajallisia olotiloja on käsitelty tässä työssä. Sen esitteleminen matriisi-geometrisessä muodossa, muokkaamalla matriisi-geometristä ratkaisua on tämän opinnäytetyön tulos.

Tuning Performance of Multi-threaded programs

Diplomityö tarkastelee säikeistettyä ohjelmointia rinnakkaisohjelmoinnin ylemmällä hierarkiatasolla tarkastellen erityisesti hypersäikeistysteknologiaa. Työssä tarkastellaan hypersäikeistyksen hyviä ja huonoja puolia sekä sen vaikutuksia rinnakkaisalgoritmeihin. Työn tavoitteena oli ymmärtää Intel Pentium 4 prosessorin hypersäikeistyksen toteutus ja mahdollistaa sen hyödyntäminen, missä se tuo suorituskyvyllistä etua. Työssä kerättiin ja analysoitiin suorituskykytietoa ajamalla suuri joukko suorituskykytestejä eri olosuhteissa (muistin käsittely, kääntäjän asetukset, ympäristömuuttujat...). Työssä tarkasteltiin kahdentyyppisiä algoritmeja: matriisioperaatioita ja lajittelua. Näissä sovelluksissa on säännöllinen muistinkäyttökuvio, mikä on kaksiteräinen miekka. Se on etu aritmeettis-loogisissa prosessoinnissa, mutta toisaalta huonontaa muistin suorituskykyä. Syynä siihen on nykyaikaisten prosessorien erittäin hyvä raaka suorituskyky säännöllistä dataa käsiteltäessä, mutta muistiarkkitehtuuria rajoittaa välimuistien koko ja useat puskurit. Kun ongelman koko ylittää tietyn rajan, todellinen suorituskyky voi pudota murto-osaan huippusuorituskyvystä.

Performance Tuning of Fenix Logistic Systems

Työn tavoitteena oli selvittää Stora Enso Oyj:llä käytössä olevan Fenix myynnin- ja logistiikanhallintajärjestelmän logistiikkapalveluiden suorituskyky, tuottaa asiakasohjelmisto suorituskykymittauksista muodostuneen tiedon hallintaan sekä tuottaa toteuttamissuunnitelma suorituskyvyn parantamiseksi. Suorituskyky mitattiin käyttämällä TUXEDOn tarjoamia ominaisuuksia. Suorituskykymittausten tuloksien arviointia varten rakennettiin asiakasohjelmisto, jolla pystyttiin tuottamaan tarvittavat yhteenvetotiedot palveluiden kestoista ja rakenteista. Valmiita ratkaisuja ei ollut tarjolla, joten kaikki tarvittavat ohjelmistot on rakennettu osana tätä työtä. Kaikki komponenttiliittymät toteutettiin siten, että myös muitakin kuin logistiikkaan liittyviä palveluita voidaan tarvittaessa mitata. Mittausten tuloksena saatuja keskimääräisiä suoritusaikoja käytettiin hyväksi toteuttamissuunnitelmaa tehdessä. Toteutussuunnitelma sisältää useiden logistiikka-alueiden kehittämisideoita, joilla Fenixin logistiikkapalveluiden suorituskykyä voidaan tehostaa., ja nykyinen järjestelmän toimintanopeus pystytään säilyttämään tulevaisuudessa. Toteuttamissuunnitelmassa esitettyjä toimenpiteitä tullaan toteuttamaan TietoEnator Oyj:ssä vuoden 2003 aikana.

Nanocharacterization of Soft Biological Samples in Shear Mode with Quartz Tuning Fork Probes

Quartz tuning forks are extremely good resonators and their use is growing in scanning probe microscopy. Nevertheless, only a few studies on soft biological samples have been reported using these probes. In this work, we present the methodology to develop and use these nanosensors to properly work with biological samples. The working principles, fabrication and experimental setup are presented. The results in the nanocharacterization of different samples in different ambients are presented by using different working modes: amplitude modulation with and without the use of a Phase-Locked Loop (PLL) and frequency modulation. Pseudomonas aeruginosa bacteria are imaged in nitrogen using amplitude modulation. Microcontact printed antibodies are imaged in buffer using amplitude modulation with a PLL. Finally, metastatic cells are imaged in air using frequency modulation.

Identification of neuronal network properties from the spectral analysis of calcium imaging signals in neuronal cultures

Neuronal networks in vitro are prominent systems to study the development of connections in living neuronal networks and the interplay between connectivity, activity and function. These cultured networks show a rich spontaneous activity that evolves concurrently with the connectivity of the underlying network. In this work we monitor the development of neuronal cultures, and record their activity using calcium fluorescence imaging. We use spectral analysis to characterize global dynamical and structural traits of the neuronal cultures. We first observe that the power spectrum can be used as a signature of the state of the network, for instance when inhibition is active or silent, as well as a measure of the network's connectivity strength. Second, the power spectrum identifies prominent developmental changes in the network such as GABAA switch. And third, the analysis of the spatial distribution of the spectral density, in experiments with a controlled disintegration of the network through CNQX, an AMPA-glutamate receptor antagonist in excitatory neurons, reveals the existence of communities of strongly connected, highly active neurons that display synchronous oscillations. Our work illustrates the interest of spectral analysis for the study of in vitro networks, and its potential use as a network-state indicator, for instance to compare healthy and diseased neuronal networks.

Statistical Analysis of Spectral Images

Tämä diplomityö liittyy Spektrikuvien tutkimiseen tilastollisen kuvamallin näkökulmasta. Diplomityön ensimmäisessä osassa tarkastellaan tilastollisten parametrien jakaumien vaikutusta väreihin ja korostumiin erilaisissa valaistusolosuhteissa. Havaittiin, että tilastollisten parametrien väliset suhteet eivät riipu valaistusolosuhteista, mutta riippuvat kuvan häiriöttömyydestä. Ilmeni myös, että korkea huipukkuus saattaa aiheutua värikylläisyydestä. Lisäksi työssä kehitettiin tilastolliseen spektrimalliin perustuvaa tekstuurinyhdistämisalgoritmia. Sillä saavutettiin hyviä tuloksia, kun tilastollisten parametrien väliset riippuvuussuhteet olivat voimassa. Työn toisessa osassa erilaisia spektrikuvia tutkittiin käyttäen itsenäistä komponenttien analyysia (ICA). Seuraavia itsenäiseen komponenttien analyysiin tarkoitettuja algoritmia tarkasteltiin: JADE, kiinteän pisteen ICA ja momenttikeskeinen ICA. Tutkimuksissa painotettiin erottelun laatua. Paras erottelu saavutettiin JADE- algoritmilla, joskin erot muiden algoritmien välillä eivät olleet merkittäviä. Algoritmi jakoi kuvan kahteen itsenäiseen, joko korostuneeseen ja korostumattomaan tai kromaattiseen ja akromaattiseen, komponenttiin. Lopuksi pohditaan huipukkuuden suhdetta kuvan ominaisuuksiin, kuten korostuneisuuteen ja värikylläisyyteen. Työn viimeisessä osassa ehdotetaan mahdollisia jatkotutkimuskohteita.