Local alignment refinement using structural assessment.

Homology modeling is the most commonly used technique to build a three-dimensional model for a protein sequence. It heavily relies on the quality of the sequence alignment between the protein to model and related proteins with a known three dimensional structure. Alignment quality can be assessed according to the physico-chemical properties of the three dimensional models it produces.In this work, we introduce fifteen predictors designed to evaluate the properties of the models obtained for various alignments. They consist of an energy value obtained from different force fields (CHARMM, ProsaII or ANOLEA) computed on residue selected around misaligned regions. These predictors were evaluated on ten challenging test cases. For each target, all possible ungapped alignments are generated and their corresponding models are computed and evaluated.The best predictor, retrieving the structural alignment for 9 out of 10 test cases, is based on the ANOLEA atomistic mean force potential and takes into account residues around misaligned secondary structure elements. The performance of the other predictors is significantly lower. This work shows that substantial improvement in local alignments can be obtained by careful assessment of the local structure of the resulting models.

Modelling the Knowledge Interface between Sales and Production Functions of a Company. Case: New Service Development Process.

Yrityksen sisäisten rajapintojen tunteminen mahdollistaa tiedonvaihdon hallinnan läpi organisaation. Idean muokkaaminen kannattavaksi innovaatioksi edellyttää organisaation eri osien läpi kulkevaa saumatonta prosessiketjua sekä tietovirtaa. Tutkielman tavoitteena oli mallintaa organisaation kahden toiminnallisesti erilaisen osan välinen tiedon vaihto. Tiedon vaihto kuvattiin rajapintana, tietoliittymänä. Kolmiulotteinen organisaatiomalli muodosti tutkimuksen pääteorian. Se kytkettiin yrityksen tuotanto- ja myyntiosiin, kuten myös BestServ-projektin kehittämään uuteen palvelujen kehittämisen prosessiin. Uutta palvelujen kehittämisen prosessia laajennettiin ISO/IEC 15288 standardin kuvaamalla prosessimallilla. Yritysarkkitehtuurikehikoita käytettiin mallintamisen perustana. Tietoliittymä nimenä kuvastaa näkemystä siitä, että tieto [tietämys] on olemukseltaan yksilöiden tai ryhmien välistä. Mallinnusmenetelmät eivät kuitenkaan vielä mahdollista tietoon [tietämykseen] liittyvien kaikkien ominaisuuksien mallintamista. Tietoliittymän malli koostuu kolmesta osasta, joista kaksi esitetään graafisessa muodossa ja yksi taulukkona. Mallia voidaan käyttää itsenäisesti tai osana yritysarkkitehtuuria. Teollisessa palveluliiketoiminnassa sekä tietoliittymän mallinnusmenetelmä että sillä luotu malli voivat auttaa konepajateollisuuden yritystä ymmärtämään yrityksen kehittämistarpeet ja -kohteet, kun se haluaa palvelujen tuottamisella suuremman roolin asiakasyrityksen liiketoiminnassa. Tietoliittymän mallia voidaan käyttää apuna organisaation tietovarannon ja tietämyksen mallintamisessa sekä hallinnassa ja näin pyrkiä yhdistämään ne yrityksen strategiaa palvelevaksi kokonaisuudeksi. Tietoliittymän mallinnus tarjoaa tietojohtamisen kauppatieteelliselle tutkimukselle menetelmällisyyden tutkia innovaatioiden hallintaa sekä organisaation uudistumiskykyä. Kumpikin tutkimusalue tarvitsevat tarkempaa tietoa ja mahdollisuuksia hallita tietovirtoja, tiedon vaihtoa sekä organisaation tietovarannon käyttöä.

Workplace adjustment of an expatriate manager: identifying key components from a social capital perspective

Perustaen tutkimuksen kansainvälisen sopeutumisen teoreettiselle rungolle täydentäen sitä sosiaalisen pääoman teorialla, tämä tutkielma tutkii kuinka johtoasemassa oleva ulkosuomalainen luo hyvin toimivan sosiaalisen verkoston hong kongilaisella työpaikallansa. Tutkielma lähestyy aihetta Nahapietin ja Ghoshalin (1998) kehittämän sosiaalisen pääoman kolmen ulottuvuuden mallin avulla. Tutkielmassa kirjallisuudesta haettua teoriaa käytetään tutkimustavarten tehtyjen haastattelujen analysointiapuna. Tutkimalla sosiaalista pääomaa, kansainvälisen sopeutumisen kirjallisuutta, ekspatriootin perinteisiä menestystekijöitä ja guanxia (kiinalaisten henkilökohtaisia siteitä) tämän tutkimuksen teoriaosuus implikoi, että sosiaalisella pääomalla tulisi olla täydentävä rooli kansainvälisen sopeutumisen kirjallisuudessa. Sosiaalisen pääoman kolmen ulottuvuuden mallia käytetään pohjana empiirisen datan analysointiin. Tutkielman empiiriset tulokset osoittavat, että työpaikan sosiaaliseen verkostoon sopeutuminen liittyy exspatriootin kykyyn käsitellä estäviä ja mahdollistajia sosiaalisen pääoman luontiin vaikuttavia tekijöitä. Lisäksi sopeutuminen vaatii exspatriootin tunnistavan kohdemaalle tyypillisiä exspatriootin menestystekijöitä ja ekspatriootinomia tärkeitä henkilökohtaisia ominaisuuksia.

Osuuskaupan asiakasomistajien asiakaskäyttäytymiseen vaikuttavat asenteelliset ja psykologiset tekijät

Tämän tutkielman tarkoituksena on selittää asiakasomistajien asiakaskäyttäy-tymiseen vaikuttavia asenteellisia ja psykologisia tekijöitä taloudellisten kan-nustimien läsnä ollessa. Asiakaskäyttäytyminen jaetaan tutkielmassa kolmeen eri muotoon, word-of-mouth - käyttäytymiseen, ostojen suhteelliseen keskittämiseen sekä vaihtohalukkuuteen. Asiakaskäyttäytymisen eri aspekteja selitetään organisationaalisen identifioitumisen, sitoutumisen kolmen komponentin, organisaation imagon sekä psykologisen omistajuuden käsitteiden avulla. Samalla tarkastellaan käsitteiden muodostumismekanismeja asiakaskontekstissa. Tutkielma on luonteeltaan kvantitatiivinen tutkimus, jossa kerättyä survey -aineistoa analysoidaan käsitteiden välisten suhteiden ja vaikutusten löytämiseksi polkuanalyysiä käyttäen. Tuloksina havaittiin useiden asiakasomistajien kokemien psykologisten tilojen vaikuttavan asiakaskäyttäytymisen elementteihin taloudellisten kannustimien lisäksi. Tutkielmassa havaittiin myös psykologisen omistajuuden sekä organisationaalisen identifioitumisen olevan relevantteja käsitteitä osuustoiminnallisen yrityksen jäsenien asiakaskäyttäytymistä tutkittaessa, vaikkei niitä aiemmin ole juurikaan tutkittu tämäntyyppisissä konteksteissa. Tutkielman käsitteiden muodostumismekanismien havaittiin noudattavan pääosin kirjallisuudessa esitettyjä näkemyksiä.

Wavelet Analysis in Turbulence

The objective of this thesis is to study wavelets and their role in turbulence applications. Under scrutiny in the thesis is the intermittency in turbulence models. Wavelets are used as a mathematical tool to study the intermittent activities that turbulence models produce. The first section generally introduces wavelets and wavelet transforms as a mathematical tool. Moreover, the basic properties of turbulence are discussed and classical methods for modeling turbulent flows are explained. Wavelets are implemented to model the turbulence as well as to analyze turbulent signals. The model studied here is the GOY (Gledzer 1973, Ohkitani & Yamada 1989) shell model of turbulence, which is a popular model for explaining intermittency based on the cascade of kinetic energy. The goal is to introduce better quantification method for intermittency obtained in a shell model. Wavelets are localized in both space (time) and scale, therefore, they are suitable candidates for the study of singular bursts, that interrupt the calm periods of an energy flow through various scales. The study concerns two questions, namely the frequency of the occurrence as well as the intensity of the singular bursts at various Reynolds numbers. The results gave an insight that singularities become more local as Reynolds number increases. The singularities become more local also when the shell number is increased at certain Reynolds number. The study revealed that the singular bursts are more frequent at Re ~ 107 than other cases with lower Re. The intermittency of bursts for the cases with Re ~ 106 and Re ~ 105 was similar, but for the case with Re ~ 104 bursts occured after long waiting time in a different fashion so that it could not be scaled with higher Re.

Tietämyksen kasvattamisen keinot Case: Handwise Oy:n tietämyksen kasvattaminen yksilön ja organisaation oppimisen keinoin

Työn tavoitteena oli selvittää yksilön ja organisaation tietämystä sekä niiden kasvattamista. Tarkoituksena oli löytää yksilön ja organisaation tietämyksen yhdistäviä tekijöitä. Tutkimusmetodologia oli empiirinen deskriptiivinen tutkimus ja tutkimusmenetelmä oli kvalitatiivinen perustuen kymmeneen teemahaastatteluun. Tutkimuksen tuloksena oli, että tietotyöntekijät kasvattavat omaa ja organisaation tietämystä samankaltaisin keinoin, eikä niiden välillä mielletty olevan suurtakaan eroa. Työssä kokeminen yrityksen ja erehdyksen kautta kerrottiin tärkeimmäksi menetelmäksi kasvattaa omaa tietämystä. Kirjoja arvostettiin erityisen paljon tietämyksen kasvattamisessa ja se ohitti tiedon lähteenä jopa internetin. Työkollegat olivat kolmas tärkeä tietämyksen lähde. Kaksi tärkeintä edellytystä tietämyksen kasvattamisessa olivat opiskelun aikana saatu tietopohja sekä oma kiinnostus ja motivaatio. Organisaation tietämyksen kasvattamisessa tärkeimmäksi tekijäksi nousivat dokumentointi, virheistä oppiminen, sisäinen kommunikointi, tietojärjestelmät ja avoin organisaatiokulttuuri. Tutkimuksen perusteella syntyi kolmivaiheinen malli tietämyksen kasvattamisen kehästä, jonka elementit ovat edellytykset, lähteet ja menetelmät. Kehän keskellä on työssä oppiminen, joka on tärkein tekijä tietämyksen kasvattamisessa. Case-yrityksen toiminta oppivana organisaationa osoitti, että yrityksessä tulisi panostaa erityisesti oppimisen tukemiseen ja johtamiseen. Myös tiedon dokumentointi ja muuttaminen avoimeen muotoon sekä yrityksen prosessit tarvitsevat selkiyttämistä. Organisaation avoimuus ja ilmapiiri osoittautuivat hyviksi, mikä auttaa osaltaan tietämyksen kasvattamista.

The Measurement Invariance of Schizotypy in Europe

The short version of the Oxford-Liverpool Inventory of Feelings and Experiences (sO-LIFE) is a widely used measure assessing schizotypy. There is limited information, however, on how sO-LIFE scores compare across different countries. The main goal of the present study is to test the measurement invariance of the sO-LIFE scores in a large sample of non-clinical adolescents and young adults from four European countries (UK, Switzerland, Italy, and Spain). The scores were obtained from validated versions of the sO-LIFE in their respective languages. The sample comprised 4190 participants (M = 20.87 years; SD = 3.71 years). The study of the internal structure, using confirmatory factor analysis, revealed that both three (i.e., positive schizotypy, cognitive disorganisation, and introvertive anhedonia) and four-factor (i.e., positive schizotypy, cognitive disorganisation, introvertive anhedonia, and impulsive nonconformity) models fitted the data moderately well. Multi-group confirmatory factor analysis showed that the three-factor model had partial strong measurement invariance across countries. Eight items were non-invariant across samples. Significant statistical differences in the mean scores of the s-OLIFE were found by country. Reliability scores, estimated with Ordinal alpha ranged from 0.75 to 0.87. Using the Item Response Theory framework, the sO-LIFE provides more accuracy information at the medium and high end of the latent trait. The current results show further evidence in support of the psychometric proprieties of the sO-LIFE, provide new information about the cross-cultural equivalence of schizotypy and support the use of this measure to screen for psychotic-like features and liability to psychosis in general population samples from different European countries.

Validation of French and German versions of a Perceived Neighborhood Social Cohesion questionnaire among young Swiss males, and its relationship with substance use

This study main purpose was the validation of both French and German versions of a Perceived Neighborhood Social Cohesion Questionnaire. The sample group comprised 5065 Swiss men from the "Cohort Study on Substance Use Risk Factors." Multigroup Confirmatory factor analysis showed that a three-factor model fits the data well, which substantiates the generalizability of Perceived Neighborhood Social Cohesion Questionnaire factor structure, regardless of the language. The Perceived Neighborhood Social Cohesion Questionnaire demonstrated excellent homogeneity (α = 95) and split-half reliability (r = .96). The Perceived Neighborhood Social Cohesion Questionnaire was sensitive to community size and participants' financial situation, confirming that it also measures real social conditions. Finally, weak but frequent correlations between Perceived Neighborhood Social Cohesion Questionnaire and alcohol, cigarette, and cannabis dependence were measured.

La evaluación de la actividad reflexiva a partir del portafolio del estudiante

Reflective competence is considered one of the key competencies of students‟ education in all teaching levels and in the daily practice of professionals. A lack of conceptual clarity can lead to critical difficulties for teachers when designing activities that promote reflective skills and also to confusion on the part of the students who have to put them into practice. A short introduction to the scientific study of reflective activity which tries to set the stage of the investigation as well as an innovative experience within the framework of the first year of the Degree in Psychology Studies are presented here. This study presents the work on the reflective skills through a reflective portfolio. Five hierarchical levels of reflection are specified as a guide for the making of the portfolio for the students, and as a support for the mentoring and assessment tasks of teachers. As a conclusion, a three-step model for the training of „reflective beginners‟ is outlined

Kvantitatiivisen osakepisteytysmallin testaaminen Euroopan markkinoilla

Tutkielman tavoitteena on testata kvantitatiivisen osakepisteytysmallin tehokkuutta Euroopan osakemarkkinoilla. Osakepisteytysmalli järjestää osakkeet paremmuusjärjestykseen yrityskohtaisten tunnuslukujen avulla. Pisteytysmallin suositusten mukaan luodaan testisalkku ajanjaksolta 2002 2007. Testisalkun tuottoa mitataan pääomahyödykkeiden hinnoittelumallin sekä Faman ja Frenchin kolmen faktorin mallin avulla. Testisalkkua testataan markkina arvopainoisena sekä tasapainoisena. Tasapainoisessa salkussa jokaista osaketta painotetaan yhtäläisesti. Testisalkun rinnalle luodaan lisäksi vertailusalkku satunnaisista osakkeista. Tasapainotettu testisalkku tuotti tarkasteluajanjaksolla tilastollisesti merkitsevää markkinariskikorjattua ylituottoa 0,7 prosenttia kuukaudessa. Kolmen faktorin mallin avulla laskettu ylituotto ei ollut merkitsevä. Yrityskokofaktori sekä markkinatuotto näyttivät selittävän vahvasti testisalkun tuottoja. Yrityskoon vaikutus näkyi myös markkina arvopainotetussa salkussa, jonka tuotto ei päihittänyt markkinatuottoa. Vertailusalkku ei tuottanut tilastollisesti merkitsevää ylituottoa.

Distribution Patterns of Soil Properties in a Rural Mediterranean Area in Northeastern Spain

Soil properties on the Cap de Creus Peninsula, NE Spain depend primarily on scarce agricultural practices and early abandonment. In the study area, 90% of which is mainly covered by Cistus shrubs, 8 environments representing variations in land use/land cover and soil properties at different depths were identified. In each environment variously vegetated areas were selected and sampled. The soils, collected at different depths, were classified as Lithic Xerorthents according to the United States Department of Agriculture system of soil classification (USDA-NRCS 1975). Differences in soil properties were largely found according to the evolution of the plant canopy and the land use history. To identify underlying patterns in soil properties related to environmental evolution, factor analysis was performed and factor scores were used to determine how the factor patterns varied between soil variables, soil depths and selected environments. The three-factor model always accounted for 80% of the total variation in the data at the different soil depths. Organic matter was the more relevant soil property at 0–2 cm depth, whereas active minerals (silt and clay) were found to be the most relevant soil parameters controlling soil dynamics at the other depths investigated. Results showed that vineyards and olive tree soils are poorly developed and present worse conditions for mineral and organic compounds. Analysis of factor scores allowed independent assessment of soils, depth and plant cover and demonstrated that soils present the best physico-chemical characteristics under Erica arborea and meadows. In contrast, soils under Cistus monspeliensis were less nutrient rich and less well structured

Marketing of Lappeenranta University of Technology energy auditing services

The objective of this study was to find out how LUT Energy should start marketing its energy audit services, what would be the optimal pricing policy for its services and how LUT Energy could manage customer expectations towards quality of its auditing services. In order to answer these questions, a quantitative survey questionnaire was sent by e-mail to 56 companies from the regions of South Karelia and Kymenlaakso. The empirical data of the study was the answers and opinions of the companies, previous researches about energy efficiency and articles and presentations about the current situation in the energy efficiency market. The results of the study were that there is a great potential for energy audit services and also the legislation requires companies to improve their energy efficiency. To start marketing its services, LUT Energy should first clarify its service concept and divide its service offering into two offers. It should also clarify the marketing message it wants to send its customers and then do the marketing with the help of three-way-model. The best pricing policy for the service would be that the price is proportioned to the future savings. In order to ensure the quality of its services, LUT Energy has to make sure that both dimensions of the quality are managed properly and to fade out customer expectations towards the quality the auditing work has to be monitored.

Gestió d'un portal web d'intercanvi de coneixement

En aquest món on ens ha tocat viure i patir canvis tan durs amb la crisi econòmica que patim, que ens ha fet passar de lligar els gossos amb llonganisses a vigilar en les despeses del dia a dia per poder arribar just a final de mes, és el moment de reinventar-se. És per aquest motiu que presento aquesta idea, on el seu objectiu és desenvolupar una pàgina web que esdevingui un punt de trobada entre usuaris que volen transmetre o ampliar el seu coneixement i oferir-los la possibilitat que entre ells puguin compartir les seves habilitats i destreses. El web consistirà en un panell d’activitats on els usuaris un cop s’hagin registrat puguin crear les activitats que vulguin aprendre o bé ensenyar, tot demanant, si ho desitgen, quelcom a canvi. Aleshores la resta d’usuaris si els interessa l’activitat, poden acceptar la demanda o bé fer una proposta pròpia. A partir d’aquí els usuaris s’han de posar d’acord a l’hora de dur a terme l’activitat. El web disposarà d’una part pels usuaris amb permisos d’administrador perquè puguin gestionar el portal. Aquest projecte s’ha desenvolupat amb el framework de PHP Codeigniter, el qual utilitza la programació per capes MVC, la qual separa la programació en tres parts: el Model, la Vista i el Controlador. També s’han utilitzat els llenguatges HTML5 i CSS3, i jQuery, que és una llibreria de JavaScript. Com a sistema gestor de base de dades s’ha utilitzat el MySQL.

Modelagem e simulação da desidratação osmótica em pedaços de abacaxi utilizando o método de elementos finitos

Water loss and sugar gain were modelling during the osmotic dehydration process of pieces of pineaplle. The transfer of solute to the fruit and the water to the solution was based on Fick's 2nd law. The three dimensional model was solved by the finite element method with the usage of the software COMSOL Multiphysics 3.2. The main and cross diffusion coefficients and the Biot number were determined on the simulation and the deviation between the experimental and the simulated data were 4,28% to sucrose and 1,66 to the water.

Modelling of calciner in post-combustion carbon capture process

Climate change has given an impetus to research and developed new technologies to reduce significantly carbon dioxide emissions in energy production in the developed countries. The major pollution source, fossil fuels, will be used as an energy source for many decades, which provides the demand for carbon capture and storage technologies. Over recent years many new technologies has been developed and one of the most promising is calcium-looping in post-combustion carbon capture process, which use carbonation-calcination cycle to capture carbon dioxide from the flue gas of a combustion process. First pilot plant for calcium-looping process has been built in Oviedo, Spain. In this study, a three-dimensional model has been created for the calciner, which is one of the two fluidized bed reactors needed for the process. The calciner is a regenerator where the captured carbon dioxide is removed from the calcium material and then collected after the reactor. Thesis concentrates in creating the calciner 3D-model frame with CFB3D-program and testing the model with two different example cases. Used input parameters and calciner geometry are Oviedo pilot plant design parameters. The calculation results give information about the process and show that pilot plant calciner should perform as planned. This Master’s Thesis is done in participation to EU FP7 project CaOling.