The Microbe browser for comparative genomics.

The Microbe browser is a web server providing comparative microbial genomics data. It offers comprehensive, integrated data from GenBank, RefSeq, UniProt, InterPro, Gene Ontology and the Orthologs Matrix Project (OMA) database, displayed along with gene predictions from five software packages. The Microbe browser is daily updated from the source databases and includes all completely sequenced bacterial and archaeal genomes. The data are displayed in an easy-to-use, interactive website based on Ensembl software. The Microbe browser is available at http://microbe.vital-it.ch/. Programmatic access is available through the OMA application programming interface (API) at http://microbe.vital-it.ch/api.

Infective Endocarditis in a Finnish Teaching Hospital. 25 Years of Experience of Adult Patients

Infektiivinen endokardiitti yliopistollisessa keskussairaalassa vuosina 1980-2004 hoidetuilla aikuispotilailla Tausta: Infektiivinen endokardiitti on edelleen vakava sairaus. Huolimatta siitä, että taudin diagnostiikka ja hoito ovat kehittyneet, siihen liittyy edelleen merkittävää sairastuvuutta ja kuolleisuutta. Endokardiitin taudinkuvassa on viime vuosina tapahtunut muutoksia monissa maissa. Tavoitteet: Tutkia endokardiitin kliinista kuvaa ja ennustetta suomalaisessa yliopistosairaalassa vuosina 1980-2004 endokardiitin vuoksi hoidetuilla aikuispotilailla. Aineisto: Osatyössä I endokardiitin todennäköisyyttä analysoitiin 222:lla vuosina 1980-1995 endokardiittiepäilyn vuoksi hoidetulla potilaalla käyttäen apuna sekä Duken että von Reyn diagnostisia kriteereitä. Osatyössä II tutkittiin endokardiittiin liittyviä neurologisia komplikaatioita 218 varmassa tai mahdollisessa endokardiittiepisodissa. Osatyössä III tutkittiin seerumin C-reaktiivisen proteiinin (CRP) käyttökelpoisuutta hoitovasteen arvioinnissa 134:ssä varmaksi luokitellussa endokardiittiepisodissa. Osatyössä IV tutkittiin yleisbakteeri-PCRmenetelmän käyttökelpoisuutta etiologisessa diagnostiikassa 56:lla endokardiittiepäilyn vuoksi leikatulla potilaalla. Osatöissä V ja VI analysoitiin kaikki vuosina 1980-2004 hoidetut 303 endokardiittipotilasta lyhytaikais- ja 1-vuotisennusteen suhteen sekä tutkittiin endokardiitin taudinkuvassa tapahtuneita muutoksia sairaalassamme. Tulokset: Duken kriteerit osoittautuivat von Reyn kriteereitä herkemmiksi endokardiitin diagnostiikassa: 243 tutkitusta episodista 114 luokiteltiin varmoiksi endokardiiteiksi Duken kriteereillä, kun vastaavasti ainoastaan 64 luoteltiin varmoiksi von Reyn kriteereillä (p<0.001). Lisäksi peräti 115 episodissa endokardiitin diagnoosi hylättiin von Reyn kriteereillä, kun diagnoosi hylättiin Duken kriteereillä ainoastaan 37 episodissa (p<0.001). Neurologinen komplikaatio ilmeni ennen mikrobilääkehoidon aloittamista 76 %:ssa episodeja ollen ensimmäinen oire 47 %:ssa. Kuolema oli merkitsevästi yhteydessä neurologisiin komplikaatioihin. Hoitovastetta seurattaessa seerumin CRP:n lasku oli merkitsevästi nopeampaa komplikaatioitta toipuvilla potilailla kuin niillä, joille kehittyi komplikaatioita tai jotka menehtyivät tautiinsa. PCR-tutkimus poistetusta läpästä antoi ainoana menetelmänä etiologisen diagnoosin neljässä tapauksessa (2 stafylokokkilajia, 1 Streptococcus bovis,1 Bartonella quintana), joissa kaikissa mikrobilääkehoito oli ollut käytössä ennen näytteiden ottamista. Koko aineistossa kahden läpän infektio tai neurologisten komplikaatioiden, perifeeristen embolioiden tai sydämen vajaatoiminnan kehittyminen ennustivat sekä sairaalakuolleisuutta että 1-vuotiskuolleisuutta, kun taas ≥65 vuoden ikä ja sydämen ultraäänitutkimuksessa todettu vegetaatio tai Duken luokittelun mukainen pääkriteeri ennustivat kuolemaa vuoden sisällä. Korkea CRP-taso sairaalaan tullessa ennusti sekä sairaalakuolleisuutta että 1-vuotiskuolleisuutta. Huumeiden käyttäjien endokardiitit lisääntyivät tutkimusaikana merkitsevästi (p<0.001). Päätelmät: Tässä työssä vahvistetaan Duken kriteerien käyttökelpoisuus endokardiitin diagnostiikassa. Lisäksi vahvistui käsitys, että nopea diagnoosi ja mikrobilääkehoidon aloittaminen ovat parhaat keinot ehkäistä neurologisia komplikaatioita ja parantaa endokardiittipotilaiden ennustetta. CRP:n normalisoituminen on endokardiittipotilailla hyvän ennusteen merkki. Suoraan läppäkudoksesta tehty PCR-tutkimus on hyödyllinen, kun taudin aiheuttaja on kasvuominaisuuksiltaan vaativa tai potilas on saanut mikrobilääkehoitoa ennen viljelynäytteiden ottamista. Muutamat aiemmissa tutkimuksissa todetut huonon ennusteen merkit ennustavat huonoa ennustetta myös tämän tutkimuksen potilailla. Uutena löydöksenä ilmeni, että korkea CRP-arvo sairaalaan tullessa merkitsee sekä huonoa lyhyt- että pitkäaikaisennustetta. Huumeiden käyttäjien endokardiittien ilmaantuminen on tärkein epidemiologinen muutos 25 vuoden tutkimusaikana.

Taide on aina poliittista : ajatuksia taiteesta ja politiikasta Sergei Belbelin näytelmän Kuolemia valossa

Tämä opinnäytetyöni käsittelee provokatiivista väittämää: taide on aina poliittista. Kerron työssä omasta taidekäsityksestäni, sekä omasta maailmankatsomuksestani. Kaikessa kirjoittamassani rinnalla kulkee koko työn läpi oma taiteellinen työni, eli tulkintani Sergi Belbelin näytelmästä Kuolemia, jonka ohjasin Helsingin Kellariteatteriin keväällä 2006. Opinnäytetyöni on filosofista pohdintaa siitä, mitä taide on. Se ei näin ollen esitä minkäänlaista kiistämätöntä faktatietoa, vaan lähinnä omia ajatuksiani ja mielipiteitäni. Tämä työ ei käsittele poliittista taidetta, vaan taiteen tekemistä sinänsä poliittisena toimintana. Työni tarkoitus on hahmottaa omaa taidekäsitystäni kokemusteni, sekä lähdekirjallisuuden pohjalta. Taiteellisen työn tekemisen lisäksi ajatteluuni on vaikuttanut Teemu Mäen esseekokoelma Näkyvä Pimeys (2005). Toivon, että tämä työ provosoi ajattelemaan ja keskustelemaan.

Naiset suomalaisessa historiantutkimuksessa

Kirja-arvio

Sadut ja sadutus lasten hoitotyössä

Opinnäytetyö on osa hanketta draama ja musiikki lasten pelon ja kivun lievittäjänä, joka toteutettiin yhteistyössä Helsingin ammattikorkeakoulu Stadian, Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin Lasten- ja nuorten sairaalan sekä Turun yliopiston Hoitotieteen laitoksen kanssa. Hanke onviisivuotinen ja opinnäytetyö on viimeisiä, jotka siihen kuuluvat. Opinnäytetyö tehtiin järjestelmällisen kirjallisuuskatsauksen menetelmää soveltaen. Aineisto hankittiin sosiaali- ja terveysalojen tietokannoista löytyneistä tieteellisistä lehdistä julkaistuista artikkeleista, jotka vastasivat asetettuja kriteereitä. Sairaalassa olleessaan lapsi jäsentää sairaalassaolonsa aikaisia kokemuksia. Lapsen vilkas mielikuvitus vaikuttaa todellisuuden jäsentämiseen ja kokemusten syntymiseen. Hoitosuhteessa lapsen mielikuvitusmaailmaa tulisi hyödyntää lapsen voimavarana. Läheisessä hoitosuhteessa lapsen mielikuvitusmaailmaan sisällepääsy ja pelon ilmaisujen tunnistaminen mahdollistuu. Lapsille luontaista leikkiä ja satuja ei aina käytetä hyväksi hoitotyössä ja toimenpiteisiin valmistamisessa. Satuja ja kerrontaa voi käyttää eri tavoin lasten kanssa työskennellessä. Sadutus on Monika Riihelän kehittämä tapa saada lapsen ääni kuuluviin. Sadutuksesta on kasvatustieteissä saatu paljon positiivisia tuloksia. Satuja ja kerrontaa on käytetty lasten hoitotyössä auttamaan lasta pääsemään traumaattisen kokemuksen yli, lapsen haastattelemisessa, apuna lapsen kivun määrittelemisessä ja pitkäaikaissairaan lapsen eheyttämisessä. Opinäytetyön keskeinen tulos oli, että hoitotyössä tulisi saada lapsen oma ääni kuuluville. Tarinat ja sadut ovat yksi keino päästä tähän päämäärään. Osallistava hoitokulttuuri antaa myös sairaanhoitajalle tilaisuuden tutkia omia työtapojaan ja ammatillisuuttaan.

Building Environmental Management System for Laboratory Products Manufacturing Company according ISO 14001-standard

Tutkielman tavoitteena on rakentaa toimiva ympäristöjärjestelmä Thermo Fisher Scientific Oy:lle. Tutkimuksen tarkoituksena on myös löytää kahdelle täysin erilaiselle toiminnalle yhtenäinen ympäristöjärjestelmä, jonka avulla pystytään ottamaan huomioon molempien toimipaikkojen hieman erilaiset vaatimukset. Lisäksi tavoitteena on muodostaa ympäristöjärjestelmälle oma organisaatio, jonka avulla ympäristöjärjestelmän integrointi yrityksen prosesseihin voidaan suorittaa sujuvasti. Aluksi tutkimusongelmaa lähestytään teoreettisesta näkökulmasta,jossa tarkastellaan ympäristöjärjestelmän historiaa, rakennetta, etuja sekä ISO 14001–standardin rakennetta ja sen etenemistä ympäristöjärjestelmän rakentamisen yhteydessä aina kolmannen osapuolen sertifiointiin asti. Empiria osa alkaa alustavalla ympäristökatselmuksella, jossa selvitetään ympäristöasioiden hoidon nykytaso ja luodaan pohja koko ympäristöjärjestelmän luomiselle, jonka vankimpana perustana on ympäristöpolitiikka. Johdon hyväksymä ympäristöpolitiikka varmistaa johdon sitoutumisen järjestelmään. Ympäristöjärjestelmän toimintarakenteen muodostaminen kahdelle erilaiselle toiminnalle onnistui tutkimuksessa kiitettävästi. Se miten ympäristöjärjestelmä toimii todellisuudessa, tullaan näkemään käytännön kokemuksien yhteydessä.

Outsourcing and Subcontracting Strategy Creation in a Global Manufacturing Company

Työn tavoitteena oli tutkia lähestymistapoja ostaa-valmistaa - päätöksentekotilanteessa. Näillä päätöksillä voi olla lopputulemana joko oma valmistus tai ulkopuolisen toimittajan käyttäminen, jolloin puhutaanjoko ulkoistetusta tai alihankitusta valmistuksesta. Päätökseen vaikuttavista tekijöistä merkittävimmät on koottu viitekehykseen, joka opastaa huomioimaan eri tekijät, jotka toistuvat olosuhteista riippumatta. . Toimittajakentän mahdollisuuksilla on vaikutusta päätöksentekotilanteessa. Olennainen osa ulkoistamis- ja alihankintastrategiaa liittyy toimittajavalintaan, sekä valittavaan yhteistyömalliin.

Sähköasemaprojektoinnin kehittäminen Helsingin Energiassa

Työssä käsitellään Helsingin Energian sähköasemaprojektoinnin kehittämistä. Helsingin kaupunkiolosuhteissa valmiiden ratkaisujen hyödyntäminen ei ole usein mahdollista, vaan asemat on suunniteltava itsenäisinä, erilaisina projekteina. Rakennettavat sähköasemat ovat suuria ja eri osien kilpailuttamisella saavutetaan taloudellista hyötyä. HelenEngineeringillä on mahdollisuus toimia haastavissa projekteissa konsulttimaisena projektinhoitajana. Kun sähköasemaprojektien tarve on jatkuva, Helsingin Energialla on syytä säilyttää oma sähköasemaprojektointiosaaminen. Työtä varten tehtiin haastattelututkimus sähköasemaprojekteja toteuttaville yrityksille ja perehdyttiin kahteen viimeisimpään Helsingin Energialla toteutettuun sähköasemaprojektiin, jotka olivat Viikinmäen 20 kV ja Suvilahden110 kV sähköasemien uusimiset. Näiden perusteella muodostettiin malli toteuttaasähköasemaprojekteja Helsingin Energialla. Malli sisältää muun muassa rungon projektivaiheistukselle, ositukselle, organisaatiokaaviolle, aikataululle ja näkökulmia sopimusten laadintaan. Mallin täysimittainen soveltaminen vaatii kuitenkinjatkuvaa, suunniteltua kehitystyötä. Myös mallia on kehitettävä jatkuvasti.

Ympäristötietämyksen hallintasovelluksen kehittäminen

Uudistunut ympäristölainsäädäntö vaatii energiantuotantolaitoksilta yhä enemmän järjestelmällistä ympäristötiedon hallintaa. LCP- ja jätteenpolttoasetuksen velvoitteet ovat asettaneet uusia vaatimuksia päästöjen valvontaan ja siihen käytettävien mittausjärjestelmien laadunvarmennukseen sekä päästötietojen raportointiin. Uudistukset ovat lisänneet huomattavasti laitoksilla ympäristötiedon käsittelyyn kuluvaa aikaa. Laitosten toimintaehdot määritellään ympäristöviranomaisen myöntämässä ympäristöluvassa, joka on tärkein yksittäinen laitoksen toimintaa ohjaava tekijä. Tämän lisäksi monet toimijat haluavat parantaa ympäristöasioiden tasoaan vapaaehtoisilla ympäristöjärjestelmillä. Tässä diplomityössä kuvataan energiantuotantolaitosten ympäristöasioiden tallentamiseen ja hallintaan kehitetty selainpohjainen Metso Automationin DNAecoDiary'sovellus. Työ on rajattu koskemaan Suomessa toimivia LCP- ja/tai jätteenpolttoasetuksen alaisia laitoksia. Sovelluksen avulla voidaan varmistaa energiantuotantolaitosten poikkeamien, häiriöilmoitusten, päästömittalaitteisiin liittyvien tapahtumien ja muun ympäristöasioiden valvontaan liittyvän informaation tehokas hallinta. Sovellukseen tallennetaan ympäristötapahtumiin liittyvät perustiedot sekä etenkin käyttäjien tapahtumiin liittyvä kokemustietämys. Valvontakirjaukseen voidaan liittää tapahtuman perustietojen lisäksi myös tiedostoja ja kuvia. Sovellusta ja sillä kerättyä tietoa voidaan hyödyntää laitoksella käsilläolevien ongelmien ratkaisuun, ympäristötapahtumien todentamiseen sekä ympäristöraporttien laadintaan. Kehitystyön tueksi järjestettiin asiakastarvekartoitus, jonka perusteella ideoitiin sovelluksen ominaisuuksia. Tässä työssä on esitetty ympäristötiedon hallinan perusteet, selvitetty DNAecoDiaryn toimintaperiaatteet ja annettu esimerkkejä sen hyödyntämisestä. Sovelluksen lopullinen sisältö määritellään kunkin asiakkaan ympäristöluvan ja oma-valvonnan tarpeiden mukaisesti. Sovellus toimii itsenäisesti tai osana laajempaa Metso Automationin päästöjenhallinta- ja raportointisovelluskokonaisuutta.