Incertitudes des méthodes d’évaluation « eaux littorales » : utilisation de modèles linéaires dynamiques pour l’évaluation des incertitudes (chlorophylle a, phytoplancton)

L’incertitude associée à une mesure a pour origine d’une part la variabilité environnementale et d’autre part l’ensemble du processus d’acquisition depuis le prélèvement jusqu’à la saisie de la donnée dans une base. L’estimation de l'ensemble de cette variabilité est un exercice complexe à réaliser dans le cadre d’un plan d’expérience. En revanche, les séries temporelles présentent la caractéristique d’intégrer toutes les variabilités et ainsi l’analyse de ces séries en terme de signal et bruit doit permettre de quantifier l’amplitude des incertitudes. Toutefois, les séries temporelles d’observation présentent un ensemble de caractéristiques les rendant difficiles à analyser. Les modèles linaires dynamiques constituent une approche adaptée à ces données particulières en faisant l’hypothèse de paramètres variables dans le temps. Ainsi, l’objet du présent travail consiste à estimer les variances liées au processus d’observation à l’aide de modèles linéaires dynamiques. Plus particulièrement, les mesures considérées sont la chlorophylle a et l’abondance phytoplanctonique aux lieux de surveillance REPHY « Arcachon-Bouée- 7 » et « Teychan bis ». Les résultats montrent que pour la chlorophylle a, la variabilité d’observation est responsable de l’ordre de 80 % de la variabilité totale. Pour l’abondance phytoplanctonique, elle est également de 80 % à « Arcachon-Bouée 7 » mais de l’ordre de 70 % à « Teychan bis ». Ainsi la part de « bruit » est liée au lieu et au paramètre considéré. Exprimée en pourcentage de la médiane de la chlorophylle a, la variance d’observation place les bornes de l’intervalle de confiance à 95 % des observations à des valeurs de l’ordre de -40 % et +120 % de la médiane, l’intervalle étant sous estimé car ne prenant pas en compte la variabilité structurelle. Pour l’abondance phytoplanctonique en log10 cell./L, les ordres de grandeur correspondant en pourcentage de la moyenne sont de ± 13.5 %. Pour les deux paramètres, ces valeurs sont compatibles avec l’expérience des experts. Ainsi, l’approche mise en oeuvre s’est avérée riche d’enseignements en matière d’incertitude de mesure et les nombreuses améliorations méthodologiques envisagées ouvrent des perspectives fécondes à tout point de vue.

Xanten-Vetera - Analyse et caractérisation du processus de colonisation et de romanisation d’une région frontalière en Germanie inférieure

Ce mémoire analyse le processus de romanisation et de colonisation de Xanten-Vetera, une région frontalière de l’Empire romain située en basse Rhénanie dans la province romaine de Germania inferior. À l’intérieur d’un cadre temporel inclus entre les conquêtes de Jules César et le milieu du second siècle apr. J.-C., l’étude cherche à comprendre et à restituer la présence militaire ainsi que le développement des peuplades civiles sur place, du fait des transferts de population et de l’immigration gallo-romaine. Le processus de romanisation est analysé en tenant compte des réalités ethnographiques, sociales et culturelles et selon les théories les plus actuelles de la recherche moderne sur ce sujet. Comme il s’agit d’une agglomération située sur une voie fluviale en périphérie de l’Empire, le concept de « frontière » y est évalué afin d’estimer si Xanten-Vetera constituait une zone de convergence ou de divergence par rapport à l’espace rhénan. Dans un deuxième temps, cette recherche analyse le contexte militaire et social durant lequel l’empereur Trajan prit la décision d’octroyer le statut de colonie à ce territoire qui devint la Colonia Ulpia Traiana. Cette démarche qui se veut régionale souligne la nature particulière de l’histoire de Xanten-Vetera sous le Haut Empire ; les migrations et les tragédies à l’intérieur de cet espace géographique ont façonné un endroit au destin unique en Germanie et dans l’Empire romain. Enfin, ce travail fournit un exemple pertinent de l’évolution des motivations qui ont guidé les politiques coloniales sous les Julio-Claudiens, les Flaviens et les Antonins et suggère l’essor des groupes de pression non militaires dans ce contexte.

Forma ecclesiae : Per un cattolicesimo di popolo oggi: “per tutti” anche se non “di tutti”

La radicalité du changement culturel provoque une crise de la forma ecclesiae et introduit la question relative à quelle est la forme de l’Église la plus appropriée à l’annonce de l’évangile. L’Église italienne, que le présent travail a l’intention d’assumer en qualité de point de référence particulier, en est également intéressée: contrairement au passé, même le plus récent, la foi chrétienne n’est plus un patrimoine «de tous». La question se pose puisque, au nom de l’évangile, l’action de l’Église ne peut pas disperser, pourtant, le caractère universel de la foi en soi même (son être «pour tous»). Dans un tel scénario, s’enclenche le but que cette thèse se pose de poursuivre sur le plan de la pensée théologique-pastorale: elle veut accompagner l’Église en son être à l’intérieur de cette tension entre l’instance théologique d’une foi qui est «pour tous» et le donné sociologique dont il émerge qu’elle n’est plus «de tous». Beaucoup de projets contemporaines de réforme pastorale ont l’intention de faire face aux transformations de la culture afin d’empêcher tout injustifiée domestication. Cependant, comme cette thèse essaie à le prouver, ils risquent souvent de suggérer une rupture avec le passé récent du corps ecclésial. Pour eux la référence polémique est représentée par cette figure de «catholicisme populaire» avec qui, dans le contexte de la «civilisation paroissiale», l’expérience chrétienne est réussie à s’enraciner dans le tissu social. Dans ces projets, il est – en effet – assimilé d’une manière restrictive à une sorte de «catholicisme de masse», basé seulement sur des processus religieux de socialisation et d’uniformisation de l’expérience. Au contraire, le but de ce travail consiste en un essai de compréhension renouvelée de cette figure de vie chrétienne. Elle n’est retenue seulement selon la particulière forme historique qu’elle a adoptée dans le demain passé, marqué par une situation d’homogénéité culturelle, d’une Église de peuple, mais aussi comme principe opératoire qui désigne la capacité du christianisme de se réaliser en tant qu’élévation et transfiguration des formes anthropologiques de base. Cette perspective dynamique permet de trouver dans le «catholicisme populaire» un principe écclesio-génétique qui exalte l’interaction entre l’initiative ecclésiale et la sensibilité des croyants, et qui, tout en défendant la qualité théologale de l’expérience chrétienne, ne méprise pas la valeur pédagogique de son enracinement religieux. La dynamique qui préside au «catholicisme populaire», grâce à la confrontation avec une étude sur le terrain, conduit à l’individuation de certaines provocations à propos de la structure du corps ecclésial, en ce qui concerne les représentations, les actions, les sujets et les limites qui le caractérisent. Elles sont transposées de manière à envisager une réforme de l’Église qui s’avère applicable pour le présent et qui cherche à garder le caractère universel-non formel de la foi, c’est à dire son «pour tous».

Exploration des processus de choix des consommateurs intermittents d’aliments biologiques

La consommation d’aliments biologiques croît depuis plusieurs années. Malgré cette croissance, la majorité des consommateurs d’aliments biologiques sont des consommateurs intermittents : leur consommation alimentaire n’est pas uniquement composée d’aliments biologiques, mais en comprend une part variable. Bien que majoritaires, ces consommateurs ont été l’objet de très peu de recherches, et demeurent mal connus. Cette étude exploratoire s’intéresse aux raisons qui conduisent ces consommateurs à opter ou non pour la version biologique d’un aliment. À partir de 24 entretiens individuels semi-dirigés, une restitution du processus de choix des répondants est proposée. Les résultats montrent que la décision d’opter pour le biologique est directement liée à un problème identifié avec l’offre non biologique, problème qui change selon le type d’aliment considéré et entre en contradiction avec les valeurs du répondant. L’option biologique est évaluée en fonction de la gravité du problème perçue par le répondant et de la capacité de l’option biologique à y répondre. Pour un même répondant, le caractère biologique d’un aliment est ainsi d’une importance variable pour différents aliments. Les stratégies mises en place en cas d’indisponibilité de l’option biologique sont également variables, allant de l’abstention complète de l’aliment à la consommation de la version non biologique, sous certaines conditions. Cette étude montre la grande diversité des raisons qui mènent les consommateurs à opter pour le biologique. Elle souligne également la nécessité de prendre en compte l’offre non biologique pour comprendre les consommateurs intermittents d’aliments biologiques.

Adhésion à un programme d’exercices à domicile pour la lombalgie non-aiguë : une étude observationnelle.

Introduction : Les données probantes reconnaissent que les exercices constituent une modalité curative pour traiter la lombalgie non-aiguë. Or, les effets sont modestes, ce qui amène la communauté scientifique à se questionner, entre autre, sur le niveau d’adhésion des patients à leur programme d’exercices à domicile. Cette étude poursuit deux objectifs : (1) explorer l’association entre l’adhésion à un programme d’exercices à domicile et les variables de résultats (primaires : douleur, incapacité ; secondaires : les changements globaux, le sentiment d’efficacité personnelle, la détresse psychologique), (2) explorer l’association entre l’adhésion à ce programme et les principales variables biopsychosociales sur lesquelles le thérapeute peut agir, en utilisant un cadre théorique explicatif incluant : le modèle de peur-évitement, le modèle du sens commun et le concept de l’alliance de travail. Méthode : Une cohorte longitudinale de volontaires de 48 adultes ayant une lombalgie (> 4 semaines) a été recrutée. L’adhésion au programme d’exercices à domicile et les autres facteurs biopsychosociaux ont été mesurés par des questionnaires auto-administrés au début, après quatre semaines, à la fin des huit semaines de traitement et six mois plus tard. Des analyses univariées et multivariées ont été menées. Résultats : Pour le premier objectif, les modèles linéaires mixtes démontrent que l’adhésion est seulement associée aux variables de résultats secondaires. Pour le second objectif, 50 % de la variance de l’adhésion (ICC = 50,00, p < 0,001) a été expliquée par sept variables, les changements globaux ayant la plus forte association avec l’adhésion. Les changements globaux, à leur tour, ont été expliqués par cinq variables (ICC = 22,3, p = 0,028), les représentations ayant la plus forte association. Les représentations ont été expliquées par cinq variables pouvant être incluses dans le modèle peur-évitement (ICC = 49,2, p < 0,001). L’alliance de travail n’était pas associée à l’adhésion. Conclusion : Les variables de résultats secondaires devraient s’ajouter aux variables de résultats primaires dans les études portant sur l’adhésion aux exercices. Le modèle du sens commun a été utile pour expliquer les variables associées à l’adhésion. Le modèle de peur-évitement a été davantage utile pour expliquer les variables associées aux représentations qui sont au cœur du modèle du sens commun.

Régulation du transcriptome codant et non-codant chez Schizosaccharomyces pombe: facteurs et mécanismes impliqués dans la maturation 3’ des ARNs et la terminaison de la transcription

La synthèse d’un ARNm eucaryotique dépend d’une suite d’étapes qui inclut notamment l’ajout d’une queue poly(A) à son extrémité 3’. Au noyau, la queue poly(A) des ARNms est liée par PABPN1 (poly(A)-binding protein nuclear 1). PABPN1 fut notamment caractérisée, d’après des études in vitro, pour stimuler la réaction de polyadénylation en plus de contrôler la taille ultime des queues poly(A). Cela dit, la ou les fonction(s) biologique(s) de PABPN1 est/sont cependant largement méconnue(s). Chez Schizosaccharomyces pombe (S. pombe), Pab2 est l’orthologue présumé de PABPN1. Or, mes travaux indiquent que Pab2 est fonctionnellement différente de PABPN1 à l’égard de son rôle sur le processus général de polyadénylation. Ainsi, in vivo, l’absence de Pab2 entraîne l’expression et l’accumulation d’un groupe limité d’ARNs hyperadénylés parmi lesquels se trouvent de nombreux petits ARNs nucléolaires non-codants (snoRNAs) lesquels constituent normalement un groupe abondant d’ARN poly(A)-. Mes résultats supportent ainsi un mécanisme par lequel des snoRNAs immatures poly(A)+, sont convertis en une forme mature poly(A)- par le biais de Pab2 et de l’activité 3’-->5’ exoribonucléase de l’exosome à ARN. Ces observations sont inusitées dans la mesure où elles associent une fonction pour une PABP dans la maturation d'ARNs non-codants, contrairement à la notion que les PABPs travaillent exclusivement au niveau des ARNms, en plus de procurer une nouvelle perspective face au mécanisme de recrutement de l'exosome à ARN à des substrats poly(A)+. La formation de l’extrémité 3’ d’un ARN est un processus étroitement lié à la terminaison de sa transcription. Pour les gènes codants, la terminaison transcriptionnelle est initiée par le clivage endonucléolytique du pré-ARNm. Ce clivage génère une extrémité d’ARN 5’ libre laquelle sera ciblée par une exoribonucléase 5'-->3’ afin de mener à bien l’éviction de l’ARNPII de la matrice d’ADN (terminaison transcriptionnelle de type torpedo). Au contraire, chez Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae), la majorité des gènes non-codants, incluant les snoRNAs, dépendent plutôt du complexe NNS (Nrd1/Nab3/Sen1) pour la terminaison de leur transcription. Cela dit, il est incertain si le complexe NNS est conservé chez d’autres espèces. À cet égard, mes travaux indiquent que S. pombe est dépourvu d’un mécanisme de terminaison de la transcription de type NNS. Seb1, l’orthologue présumé de Nrd1 chez S. pombe, s’associe plutôt à la machinerie de clivage et de polyadénylation et influence la sélection de site de polyadénylation à l’échelle du génome. Mes résultats supportent ainsi l’utilisation de la machinerie de maturation 3’ des ARNms comme principal vecteur de terminaison transcriptionnelle chez S. pombe et identifient Seb1 comme un facteur clé de ce processus. L’évènement transcriptionnel étant hautement complexe, des erreurs peuvent arriver de manière stochastique menant à l’accumulation d’ARNs aberrants potentiellement néfastes pour la cellule. Or, mes travaux ont mis en lumière un mécanisme de surveillance co-transcriptionnel des ARNs impliquant l’exosome à ARN et lié à la terminaison de la transcription. Pour ce faire, l’exosome à ARN promeut la terminaison transcriptionnelle via la dégradation d’une extrémité 3’ libre d’ARN devenue émergente suite au recul de l’ARNPII le long de la matrice d’ADN (phénomène de backtracking). Mes résultats supportent ainsi une terminaison de la transcription de type torpedo inversé (3'-->5’) réévaluant par la même occasion le concept voulant que la terminaison de la transcription s’effectue uniquement selon une orientation 5’-->3’. Somme toute, mes travaux de doctorat auront permis d’identifier et de caractériser plus en détail les facteurs et mécanismes impliqués dans la maturation 3’ et la terminaison de la transcription des gènes codants et non-codants chez l’organisme modèle S. pombe.

Correcting for bias when estimating the cost of hospital-acquired infection : an analysis of lower respiratory tract infections in non-surgical patients

Hospital acquired infections (HAI) are costly but many are avoidable. Evaluating prevention programmes requires data on their costs and benefits. Estimating the actual costs of HAI (a measure of the cost savings due to prevention) is difficult as HAI changes cost by extending patient length of stay, yet, length of stay is a major risk factor for HAI. This endogeneity bias can confound attempts to measure accurately the cost of HAI. We propose a two-stage instrumental variables estimation strategy that explicitly controls for the endogeneity between risk of HAI and length of stay. We find that a 10% reduction in ex ante risk of HAI results in an expected savings of £693 ($US 984).

A Petrov-Galerkin method for a singularly perturbed ordinary differential equation with non-smooth data

In this paper, a singularly perturbed ordinary differential equation with non-smooth data is considered. The numerical method is generated by means of a Petrov-Galerkin finite element method with the piecewise-exponential test function and the piecewise-linear trial function. At the discontinuous point of the coefficient, a special technique is used. The method is shown to be first-order accurate and singular perturbation parameter uniform convergence. Finally, numerical results are presented, which are in agreement with theoretical results.