Eye Fundus Image Analysis for Automatic Detection of Diabetic Retinopathy

Diabetes is a rapidly increasing worldwide problem which is characterised by defective metabolism of glucose that causes long-term dysfunction and failure of various organs. The most common complication of diabetes is diabetic retinopathy (DR), which is one of the primary causes of blindness and visual impairment in adults. The rapid increase of diabetes pushes the limits of the current DR screening capabilities for which the digital imaging of the eye fundus (retinal imaging), and automatic or semi-automatic image analysis algorithms provide a potential solution. In this work, the use of colour in the detection of diabetic retinopathy is statistically studied using a supervised algorithm based on one-class classification and Gaussian mixture model estimation. The presented algorithm distinguishes a certain diabetic lesion type from all other possible objects in eye fundus images by only estimating the probability density function of that certain lesion type. For the training and ground truth estimation, the algorithm combines manual annotations of several experts for which the best practices were experimentally selected. By assessing the algorithm’s performance while conducting experiments with the colour space selection, both illuminance and colour correction, and background class information, the use of colour in the detection of diabetic retinopathy was quantitatively evaluated. Another contribution of this work is the benchmarking framework for eye fundus image analysis algorithms needed for the development of the automatic DR detection algorithms. The benchmarking framework provides guidelines on how to construct a benchmarking database that comprises true patient images, ground truth, and an evaluation protocol. The evaluation is based on the standard receiver operating characteristics analysis and it follows the medical practice in the decision making providing protocols for image- and pixel-based evaluations. During the work, two public medical image databases with ground truth were published: DIARETDB0 and DIARETDB1. The framework, DR databases and the final algorithm, are made public in the web to set the baseline results for automatic detection of diabetic retinopathy. Although deviating from the general context of the thesis, a simple and effective optic disc localisation method is presented. The optic disc localisation is discussed, since normal eye fundus structures are fundamental in the characterisation of DR.

Incidence of deep vein thrombosis and quality of venous thromboembolism prophylaxis

OBJECTIVE: to determine the incidence of deep vein thrombosis and prophylaxis quality in hospitalized patients undergoing vascular and orthopedic surgical procedures. METHODS: we evaluated 296 patients, whose incidence of deep venous thrombosis was studied by vascular ultrasonography. Risk factors for venous thrombosis were stratified according the Caprini model. To assess the quality of prophylaxis we compared the adopted measures with the prophylaxis guidelines of the American College of Chest Physicians. RESULTS: the overall incidence of deep venous thrombosis was 7.5%. As for the risk groups, 10.8% were considered low risk, 14.9%moderate risk, 24.3% high risk and 50.5% very high risk. Prophylaxis of deep venous thrombosis was correct in 57.7%. In groups of high and very high risk, adequate prophylaxis rates were 72.2% and 71.6%, respectively. Excessive use of chemoprophylaxis was seen in 68.7% and 61.4% in the low and moderate-risk groups, respectively. CONCLUSION: although most patients are deemed to be at high and very high risk for deep vein thrombosis, deficiency in the application of prophylaxis persists in medical practice.

John Miller letter, December 1, 1812.

John Miller (1774-1862) was a physician and politician who served in the United States Congress as a representative from New York from 1825-1827. He began his medical practice in Washington County, N.Y. in 1798. In 1801 he moved to Fabius, Onondaga County, N.Y. (now Truxton, Cortland County). He served as postmaster at Truxton from 1805-1825, a justice of the peace from 1812-1821 and in the State Assembly in 1817, 1820 and 1845. Archibald McIntire [McIntyre] (1772-1858) was a businessman and politician. He immigrated to the United States with his family and settled in New York City around 1773. He was a member of the New York State Assembly from 1798-1821 (intermittently), in the New York State Senate form 1822-1826 and was New York State Comptroller from 1806-1821.

Contract between John Cronyn and Nelson Forsyth, December 16, 1854.

John Cronyn (1827-1898) emigrated to Canada from Ireland in 1837. He studied medicine at the University of Toronto, but was not granted his degree upon completion of the requirements. He refused to take the test oaths meant to exclude Catholics from the profession and was not granted his degree until several years later, when the discriminatory laws were rescinded. In 1850, he married Elizabeth Willoughby of Toronto. They settled in Fort Erie and he established a successful medical practice there. He was active in the community, serving as Superintendent of schools and one term as Reeve. In 1859 he relocated to Buffalo and continued to practice medicine there. Cronyn was instrumental in the establishment of a medical department at Niagara University, where he was a professor and president of faculty. Nelson Forsyth was the son of William Forsyth (1771-1841), a prominent businessman in Niagara who owned and operated the Pavilion Hotel (later known as Forsyth’s Inn). Nelson was also a businessman and lived in Fort Erie with his wife Archange Warren.

Encadrement normatif du dépistage par analyse de sérum maternel, une technique de dépistage prénatal

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de maîtrise en droit (LL.M.) option Droit, biotechnologies et société"

Déterminants de l’observance aux corticostéroïdes inhalés chez les enfants asthmatiques suite à une visite médicale d’urgence

L’utilisation continue de corticostéroïdes inhalés est reconnue pour réduire le nombre d’hospitalisations, la morbidité ainsi que les décès liés à l’asthme. Cependant, l’observance à cette médication chez les enfants asthmatiques demeure sous-optimale. Objectif : L’objectif général de ce mémoire de maîtrise est d’identifier les déterminants de l’observance aux corticostéroïdes inhalés durant les 28 jours suivant une visite médicale d’urgence en raison d’une une exacerbation d’asthme. Méthodologie : Il s’agit d’une analyse de données secondaires provenant d’un essai randomisé conduit auprès de patients se présentant dans un département d’urgence pour une exacerbation d’asthme. L’utilisation de corticostéroïdes inhalés au cours des 28 jours suivant la visite à l’urgence a été mesurée à l’aide de compteurs de doses électroniques. Résultats : Deux cent onze enfants ont été inclus dans les analyses et 76,8% étaient âgés de moins de 7 ans. L’observance moyenne au cours des 28 jours suivant la visite à l’urgence était de 62% (±29%). Les déterminants associés à une meilleure observance étaient une durée de traitement prescrite plus courte, une scolarité maternelle universitaire, une plus grande consommation de médication de soulagement rapide, une crise d’asthme plus sévère, un plus jeune âge de l’enfant et être Caucasien. Conclusion : Cette étude se distingue par le fait qu’elle inclut une large proportion d’enfants d’âge préscolaire, une population d’asthmatiques sous-représentée dans la littérature médicale malgré sa morbidité élevée. Une prescription de corticostéroïdes inhalés de courte durée s’est avérée être le meilleur prédicteur d’une bonne observance et témoigne d’une pratique en milieu hospitalier qui va à l’encontre des lignes directrices en matière de gestion de l’asthme.

Évaluation pharmacoéconomique d'un test de prédisposition génétique aux effets secondaires musculaires reliés aux statines

Introduction : Les statines ont prouvé leur efficacité dans le traitement des dyslipidémies. Cependant, ces molécules sont associées à des effets secondaires d’ordre musculaire. Puisque ces effets peuvent avoir des conséquences graves sur la vie des patients en plus d’être possiblement à l’origine de la non-observance d’une proportion importante des patients recevant une statine, un outil pharmacogénomique qui permettrait d’identifier a priori les patients susceptibles de développer des effets secondaires musculaires induits par une statine (ESMIS) serait très utile. L’objectif de la présente étude était donc de déterminer la valeur monétaire d’un tel type d’outil étant donné que cet aspect représenterait une composante importante pour sa commercialisation et son implantation dans la pratique médicale courante. Méthode : Une première simulation fut effectuée à l’aide de la méthode de Markov, mais celle-ci ne permettait pas de tenir compte de tous les éléments désirés. C’est pourquoi la méthode de simulation d'évènements discrets fut utilisée pour étudier une population de 100 000 patients hypothétiques nouvellement initiés sur une statine. Cette population virtuelle a été dupliquée pour obtenir deux cohortes de patients identiques. Une cohorte recevait le test et un traitement approprié alors que l'autre cohorte recevait le traitement standard actuel—i.e., une statine. Le modèle de simulation a permis de faire évoluer les deux cohortes sur une période de 15 ans en tenant compte du risque de maladies cardio-vasculaires (MCV) fatal ou non-fatal, d'ESMIS et de mortalité provenant d’une autre cause que d’une MCV. Les conséquences encourues (MCV, ESMIS, mortalité) par ces deux populations et les coûts associés furent ensuite comparés. Finalement, l’expérience fut répétée à 25 reprises pour évaluer la stabilité des résultats et diverses analyses de sensibilité ont été effectuées. Résultats : La différence moyenne des coûts en traitement des MCV et des ESMIS, en perte de capital humain et en médicament était de 28,89 $ entre les deux cohortes pour la durée totale de l’expérimentation (15 ans). Les coûts étant plus élevés chez celle qui n’était pas soumise au test. Toutefois, l’écart-type à la moyenne était considérable (416,22 $) remettant en question la validité de l’estimation monétaire du test pharmacogénomique. De plus, cette valeur était fortement influencée par la proportion de patients prédisposés aux ESMIS, par l’efficacité et le coût des agents hypolipidémiants alternatifs ainsi que par les coûts des traitements des ESMIS et de la valeur attribuée à un mois de vie supplémentaire. Conclusion : Ces résultats suggèrent qu’un test de prédisposition génétique aux ESMIS aurait une valeur d’environ 30 $ chez des patients s’apprêtant à commencer un traitement à base de statine. Toutefois, l’incertitude entourant la valeur obtenue est très importante et plusieurs variables dont les données réelles ne sont pas disponibles dans la littérature ont une influence importante sur la valeur. La valeur réelle de cet outil génétique ne pourra donc être déterminée seulement lorsque le modèle sera mis à jour avec des données plus précises sur la prévalence des ESMIS et leur impact sur l’observance au traitement puis analysé avec un plus grand nombre de patients.

La responsabilité civile des conseillers en génétique au Québec et les conséquences juridiques de la non-reconnaissance : vers un encadrement juridique?

Depuis maintenant quelques décennies, les conseillers en génétique jouent un rôle de plus en plus important dans le domaine de la génétique médicale. Leur apport ainsi que l’importance de leur rôle sont aujourd’hui incontestables. Leur statut juridique, cependant, demeure incertain et requiert une analyse approfondie. En effet, n’étant pas reconnue par le Code des professions du Québec, la pratique du conseil génétique se trouve conséquemment privée de la protection octroyée par ce Code aux autres professionnels, notamment celle ayant trait au titre et à l’exclusivité des actes. Devant ce statu quo et dans l’optique de la protection du public, l’étude de la responsabilité civile du conseiller en génétique s’avère nécessaire. Trois obligations principales ressortent de cette analyse, soit les obligations de compétence, de renseignement et de confidentialité. En ce qui a trait aux conséquences juridiques de la non-reconnaissance, elles ne sont pas négligeables. En vérité, l’inertie du législateur québécois floue la relation qu’a le conseiller en génétique avec les autres membres de son équipe multidisciplinaire, et ce, surtout en ce qui a trait à la délimitation des actes qu’il peut prodiguer. En effet, ce dernier risque d’empiéter sur certains aspects de la pratique médicale et infirmière, engendrant ainsi sa responsabilité pénale. Finalement, il s’est avéré important de chercher des pistes de solutions étrangères pouvant se transposer au Québec. Le cas de la France se trouve à être un exemple pertinent, puisque le législateur français a reconnu législativement le conseiller en génétique en tant que professionnel et a protégé tant le titre que l’exclusivité des actes de ce dernier.

L’identification et la remédiation des difficultés de raisonnement clinique en médecine (État des pratiques, recherche d’outils et processus pour soutenir les cliniciens enseignants)

INTRODUCTION : Le raisonnement clinique est au coeur de l’exercice professionnel. Cependant, nous manquons d'instruments pour identifier et objectiver les difficultés de raisonnement clinique, et il existe relativement peu de descriptions de méthodes de remédiation définies. Un important travail reste donc à faire, pour mieux comprendre comment les difficultés se manifestent dans le raisonnement clinique des étudiants en formation, mais également pour rendre ces concepts plus accessibles aux enseignants; ceci permettra alors d’améliorer la qualité de la démarche d’identification des difficultés, et d’envisager des remédiations ciblées et efficaces. OBJECTIFS : Cette recherche s’articule d’une part, autour de l’objectivation et la compréhension des pratiques actuelles des cliniciens enseignants en médecine, d’autre part, autour de la construction et l’implantation d’outils et de processus susceptibles de faciliter la démarche de diagnostic et de remédiation des difficultés de raisonnement clinique. MÉTHODOLOGIE : Une recherche de type qualitative, utilisant les méthodes de la recherche action participative s’est révélée pertinente pour atteindre nos objectifs. La recherche est composée de quatre étapes : 1. Une étude exploratoire. 2. La construction et de l’implantation d’un premier outil dans trois milieux cliniques en médecine familiale. 3. L’élaboration d’une taxonomie des difficultés de raisonnement clinique ainsi que la construction d’un nouvel outil. 4. Le développement d’une approche globale pour soutenir et former les cliniciens enseignants. RÉSULTATS : Les enseignants ont une perception rapide, mais qui demeure globale et intuitive, des potentielles difficultés de raisonnement clinique des résidents. Cette perception ne se traduit pas forcément en termes pédagogiques. Nous avons pu observer l’absence de processus pédagogiques organisés et structurés pour la gestion de ces difficultés. Ceci semble projeter les cliniciens enseignants dans une zone d’inconfort, en les confrontant à un manque de maîtrise et à l’incertitude au sujet de leurs actions pédagogiques. La catégorisation des difficultés de raisonnement clinique que nous avons construite permet d’identifier les difficultés telles qu’elles se manifestent dans le quotidien des supervisions cliniques. Cet outil a cependant besoin d’être intégré dans un processus plus global. CONCLUSION : Une approche globale qui comprenne le développement de processus implantés par le Département, l’implantation d’outils, la vulgarisation de la théorie, et la formation des enseignants est déterminante.

Les représentations sociales de la pharmacogénomique au Québec : éléments de prospective

Cette thèse porte sur les représentations sociales de la pharmacogénomique (PGx) chez deux groupes d’acteurs centraux du développement et des applications en PGx au Québec. L’objectif est de comprendre comment les chercheurs en PGx et les étudiants en médecine se positionnent à l’égard des découvertes en PGx et de leurs éventuelles applications en pratique médicale. Cette étude a aussi pour objectifs de mieux comprendre comment il est possible d’anticiper l’arrivée de la PGx dans la pratique médicale par le contraste des représentations des chercheurs et des étudiants et de concevoir comment les informations circulent entre les deux groupes. Pour atteindre ces objectifs, l’utilisation du cadre théorique des représentations sociales, et plus particulièrement des représentations sociales dites professionnelles, est retenue. Une démarche multiméthodologique est déterminée pour cerner les représentations des deux groupes. En effet, une approche qualitative par entretiens semi-dirigés est réalisée dans un premier temps auprès des chercheurs et, ensuite, une enquête par questionnaire est effectuée auprès des étudiants en médecine. Les positionnements des deux groupes sont contrastés au sujet de trois concepts clés : les médicaments, la génomique et la PGx. Les principes organisateurs des représentations sociales des étudiants en médecine et des chercheurs, eu égard à ces trois concepts, permet de positionner le niveau des représentations sociales des étudiants en médecine vers leur professionnalisation dans un schéma proposé par Bataille (2000). Ainsi, les étudiants en médecine fournissent des représentations des médicaments assez près de celles des chercheurs. Leurs représentations des avancées en génomique sont beaucoup moins professionnalisées, tandis que l’on remarque une organisation restreinte pour ce qui est de leur représentation de la PGx. Le contexte de formation médicale est interrogé dans cette thèse puisqu’il laisse peu de place aux découvertes et aux recherches de pointe. Les chercheurs autant que les étudiants affirment que la solution pour améliorer leurs connaissances dans le domaine de la PGx est d’ajouter ces connaissances dans leur cadre de leur formation médicale.

Measuring and evaluating quality of care in referral maternities in Mali and Senegal in the context of overlapping interventions

Dans cette thèse, nous décrivons les résultats d’un projet de recherche visant à mesurer et évaluer la qualité des soins obstétricaux des hôpitaux de référence au Mali et au Sénégal. Dans ces pays, la mortalité maternelle hospitalière est élevée et est liée en partie à la pratique médicale inadéquate. Cette recherche a été réalisée dans le cadre de l’étude QUARITE, un essai randomisé en grappe évaluant l’efficacité du programme GESTA International visant à réduire la mortalité maternelle hospitalière. GESTA a été mis en œuvre entre 2008 et 2010 et consistait en la formation des professionnels de santé et en la revue des cas de décès maternels. En parallèle de QUARITE, les programmes de prévention de la transmission du VIH de la mère à l’enfant (PTME) ont été mis à l’échelle à travers les pays. Ces derniers ayant également la capacité d’augmenter la qualité des soins obstétricaux, nous avons donc évalué les effets des deux programmes (GESTA et PTME) sur la qualité des soins. Dans un premier temps, à l’aide d’une recension des écrits nous avons évalué la capacité d’un audit clinique basé sur des critères à mesurer la qualité des soins obstétricaux. Cet audit vérifiait si l’offre des soins avait respecté les critères cliniques définissant la meilleure prise en charge selon l’évidence scientifique et l’avis des experts. Nous avons démontré que cet outil est largement utilisé dans les pays à faibles et moyens revenus, malgré le peu d’évidence sur sa validité (article 1). Dans un deuxième temps, nous avons développé un audit clinique basé sur des critères qui s’applique au contexte ouest-africain et qui a été approuvé par des experts-obstétriciens nationaux et internationaux. À partir des dossiers obstétricaux, les actes médicaux posés pendant le travail et l’accouchement ont été évalués à l‘aide de cet instrument. La qualité des soins a été estimée sous forme de pourcentage de critères atteints. Appliqué dans différents contextes et par différents auditeurs, nous avons démontré que notre instrument est fiable et valide (article 3). Néanmoins, l’expérience de l’audit nous a amenés à nous questionner sur le mauvais remplissage des dossiers médicaux et ses conséquences sur la qualité des soins (article 2). Dans un troisième temps, l’outil a été appliqué à large échelle pour évaluer les effets de l’intervention GESTA (article 4). Nous avons mené une révision de plus de 800 dossiers obstétricaux dans 32 hôpitaux de référence (16 bénéficiaires de l’intervention et 16 non-bénéficiaires). Grâce à cet audit clinique, nous avons démontré que le programme GESTA contribue à l’amélioration de la qualité des soins, spécifiquement l’examen clinique lors de l’admission et le suivi après l’accouchement. Dernièrement, nous avons utilisé cet instrument afin d’évaluer les effets des programmes de PTME sur la qualité des soins obstétricaux (article 5). Notre travail a documenté que seulement certaines composantes du programme de PTME améliorent la qualité des soins telles que la formation des professionnels et les services complémentaires en nutrition. En conclusion, cette recherche a identifié plusieurs pistes d’intervention pour améliorer la qualité des soins obstétricaux en Afrique de l’Ouest.

Un regard incontournable sur les conflits d’intérêts dans la pratique médicale

Compte-rendu / Review

La nanosanté : perspective et enjeux sociologiques de l'application des nanotechnologies à la médecine.

Considérée comme le futur de la pratique médicale, la nanomédecine est l’application des nanotechnologies aux soins de santé. Plus qu’un nouveau domaine d’application technologique, la nanomédecine est porteuse d’un nouveau paradigme biomédical qui promeut une conception technoscientifique de la santé. Ce nouveau paradigme regroupe sous le préfixe nano l’ensemble des grandes tendances actuelles de la recherche en santé : la médecine prédictive, la médecine personnalisée et la médecine régénératrice. Centré sur le développement d’innovations visant au contrôle technique des éléments et des processus biologiques fondamentaux, ce nouveau paradigme se développe largement grâce au soutien des gouvernements et aux promesses économiques qu’il soulève. Il se construit à la croisée du scientifique, du politique et de l’économique. Interroger la nanomédecine revient alors à examiner plus largement la forme et les conditions du sens des innovations biomédicales et à soulever les implications de la « technoscientifisation » des soins de santé. L’objectif de cette thèse est de rendre compte de la spécificité et des enjeux sociaux, culturels et politico-économiques caractéristiques du modèle biomédical technoscientifique porté par la nanomédecine à partir de sa conceptualisation sous la forme d’un idéaltype : la nanosanté. Si la nanomédecine renvoie de manière générale aux applications techniques de la nanotechnologie au domaine biomédical, la nanosanté renvoie aux diverses dimensions sociologiques constitutives de ces technologies et à leurs effets sur la santé et la société. Notre modèle de la nanosanté s’organise autour de trois dimensions : la transversalité, l’amélioration et la globalisation. Compte tenu de sa nature synthétique, ce modèle tridimensionnel permet iii d’aborder de front plusieurs questionnements cruciaux soulevés par le développement de la nanomédecine. Il permet d’éclairer le rapport contemporain à la santé et ses implications sur l’identité ; de mettre en lumière la centralité des technosciences dans la conception du progrès médical et social ; de mieux saisir les nouvelles formes globales de pouvoir sur la vie et les nouvelles formes d’inégalité et d’exploitation caractéristiques d’une société qui accorde une valeur grandissante à l’adaptabilité technique de l’humain et à l’économisation de la santé et du corps ; mais aussi de mieux comprendre le sens et les répercussions de l’engagement scientifique, politique et économique dans les innovations moléculaires et cellulaires.

Fabrication and Characterization of Dye Sensitized Polymer Films for Holographic Applications

Holographic technology is at the dawn of quick evolution in various new areas including holographic data storage, holographic optical elements, artificial intelligence, optical interconnects, optical correlators, commerce, medical practice, holographic weapon sight, night vision goggles and games etc. One of the major obstacles for the success of holographic technology to a large extent is the lack of suitable recording medium. Compared with other holographic materials such as dichromated gelatin and silver halide emulsions, photopolymers have the great advantage of recording and reading holograms in real time and the spectral sensitivity could be easily shifted to the type of recording laser used by simply changing the sensitizing dye. Also these materials possess characteristics such as good light sensitivity, real time image development, large dynamic range, good optical properties, format flexibility, and low cost. This thesis describes the attempts made to fabricate highly economic photopolymer films for various holographic applications. In the present work, Poly (vinyl alcohol) (PVA) and poly (vinyl chloride) (PVC) are selected as the host polymer matrices and methylene blue (MB) is used as the photosensitizing dye. The films were fabricated using gravity settling method. No chemical treatment or pre/post exposures were applied to the films. As the outcome of the work, photopolymer films with more than 70% efficiency, a permanent recording material which required no fixing process, a reusable recording material etc. were fabricated.

Epidemiologia y resultados terapéuticos en Acinetobacter Baumannii resistente a Carbapenemicos en una institución de 4to nivel de la ciudad de Bogotá. Enero 2005 – Diciembre 2009

La resistencia antimicrobiana es un problema frecuente en la práctica médica y de considerable impacto negativo en la mortalidad del paciente. Para los pacientes con microorganismos multiresistentes involucrados en infecciones generalmente severas, las opciones terapéuticas efectivas para su manejo se hacen escasas y en muchos de ellos cuando son resistentes a carbapenemicos solamente el empleo de combinaciones antibióticos se presentan como única alternativa. Se realizo un análisis retrospectivo de una serie de casos de infecciones por Acinetobacter Baumannii resistentes a carbapenemicos durante un periodo de 5 años en una Institución de 4to nivel de Atención,observando el éxito terapéutico obtenido con los diferentes tratamientos antibióticos instaurados y las características de los pacientes comprometidos en estos procesos infecciosos. El éxito terapéutico definido como “Cura”, se observo en el 53 % de los casos. Se considero tratamiento con resultado “Indeterminado” en el 20% de los casos y “Falla” en el 26% de los casos. Presento mejores resultados la combinación de Tigeciclina con Sulbactam y Amikacina que en monoterapia o frente a otras combinaciones que no incluían esta. El 83% de los pacientes tienen el antecedente de haber estado en UCI. El órgano mas frecuentemente involucrado es el Pulmonar (24%)y en el 30 % de los pacientes son bacteremicos, pero en quienes no se pudo determinar el origen de esta. La Tigeciclina en combinación con Sulbactam y Amikacina, parecen ser la mejor terapia antibiótica en el tratamiento de A. baumannii resistente a carbapenemicos.