5 resultados para DNA sequencing analysis
em Universidad del Rosario, Colombia
Resumo:
Experimental and epidemiological studies demonstrate that fetal growth restriction and low birth weight enhance the risk of chronic diseases in adulthood. Derangements in tissue-specific epigenetic programming of fetal and placental tissues are a suggested mechanism of which DNA methylation is best understood. DNA methylation profiles in human tissue are mostly performed in DNA from white blood cells. The objective of this study was to assess DNA methylation profiles of IGF2 DMR and H19 in DNA derived from four tissues of the newborn. We obtained from 6 newborns DNA from fetal placental tissue (n = 5), umbilical cord CD34+ hematopoietic stem cells (HSC) and CD34- mononuclear cells (MNC) (n = 6), and umbilical cord Wharton jelly (n = 5). HCS were isolated using magnetic-activated cell separation. DNA methylation of the imprinted fetal growth genes IGF2 DMR and H19 was measured in all tissues using quantitative mass spectrometry. ANOVA testing showed tissue-specific differences in DNA methylation of IGF2 DMR (p value 0.002) and H19 (p value 0.001) mainly due to a higher methylation of IGF2 DMR in Wharton jelly (mean 0.65, sd 0.14) and a lower methylation of H19 in placental tissue (mean 0.25, sd 0.02) compared to other tissues. This study demonstrates the feasibility of the assessment of differential tissue specific DNA methylation. Although the results have to be confirmed in larger sample sizes, our approach gives opportunities to investigate epigenetic profiles as underlying mechanism of associations between pregnancy exposures and outcome, and disease risks in later life.
Resumo:
La butirilcolinesterasa humana (BChE; EC 3.1.1.8) es una enzima polimrfica sintetizada en el hgado y en el tejido adiposo, ampliamente distribuida en el organismo y encargada de hidrolizar algunos steres de colina como la procana, steres alifticos como el cido acetilsaliclico, frmacos como la metilprednisolona, el mivacurium y la succinilcolina y drogas de uso y/o abuso como la herona y la cocana. Es codificada por el gen BCHE (OMIM 177400), habindose identificado ms de 100 variantes, algunas no estudiadas plenamente, adems de la forma ms frecuente, llamada usual o silvestre. Diferentes polimorfismos del gen BCHE se han relacionado con la sntesis de enzimas con niveles variados de actividad cataltica. Las bases moleculares de algunas de esas variantes genticas han sido reportadas, entre las que se encuentra las variantes Atpica (A), fluoruro-resistente del tipo 1 y 2 (F-1 y F-2), silente (S), Kalow (K), James (J) y Hammersmith (H). En este estudio, en un grupo de pacientes se aplic el instrumento validado Lifetime Severity Index for Cocaine Use Disorder (LSI-C) para evaluar la gravedad del consumo de cocana a lo largo de la vida. Adems, se determinaron Polimorfismos de Nucletido Simple (SNPs) en el gen BCHE conocidos como responsables de reacciones adversas en pacientes consumidores de cocana mediante secuenciacin del gen y se predijo el efecto delos SNPs sobre la funcin y la estructura de la protena, mediante el uso de herramientas bio-informticas. El instrumento LSI-C ofreci resultados en cuatro dimensiones: consumo a lo largo de la vida, consumo reciente, dependencia psicolgica e intento de abandono del consumo. Los estudios de anlisis molecular permitieron observar dos SNPs codificantes (cSNPs) no sinnimos en el 27.3% de la muestra, c.293A>G (p.Asp98Gly) y c.1699G>A (p.Ala567Thr), localizados en los exones 2 y 4, que corresponden, desde el punto de vista funcional, a la variante Atpica (A) [dbSNP: rs1799807] y a la variante Kalow (K) [dbSNP: rs1803274] de la enzima BChE, respectivamente. Los estudios de prediccin In silico establecieron para el SNP p.Asp98Gly un carcter patognico, mientras que para el SNP p.Ala567Thr, mostraron un comportamiento neutro. El anlisis de los resultados permite proponer la existencia de una relacin entre polimorfismos o variantes genticas responsables de una baja actividad cataltica y/o baja concentracin plasmtica de la enzima BChE y algunas de las reacciones adversas ocurridas en pacientes consumidores de cocana.
Resumo:
ANTECEDENTES:El aislamiento de clulas fetales libres o ADN fetal en sangre materna abre una ventana de posibilidades diagnsticas no invasivas para patologas monognicas y cromosmicas, adems de permitir la identificacin del sexo y del RH fetal. Actualmente existen mltiples estudios que evalan la eficacia de estos mtodos, mostrando resultados costo-efectivos y de menor riesgo que el estndar de oro. Este trabajo describe la evidencia encontrada acerca del diagnstico prenatal no invasivo luego de realizar una revisinsistemtica de la literatura. OBJETIVOS:El objetivo de este estudio fuereunir la evidencia quecumplacon los criterios de bsqueda, en el tema del diagnstico fetal no invasivo por clulas fetales libres en sangre materna para determinar su utilidad diagnstica. MTODOS:Se realiz una revisinsistemtica de la literatura con el fin de determinar siel diagnstico prenatal no invasivo por clulas fetales libres en sangre materna es efectivo como mtodo de diagnstico. RESULTADOS:Se encontraron 5,893 artculos que cumplan con los criterios de bsqueda;67 cumplieron los criterios de inclusin: 49.3% (33/67) correspondieron a estudios de corte transversal, 38,8% (26/67) a estudios de cohortes y el 11.9% (8/67) a estudios casos y controles.Se obtuvieron resultados de sensibilidad, especificidad y tipo de prueba. CONCLUSIN:En la presente revisin sistemtica, se evidencia como el diagnstico prenatal no invasivo es una tcnica feasible, reproducible y sensible para el diagnstico fetal, evitando el riesgo de un diagnstico invasivo.
Resumo:
La Fibrosis Qustica es la enfermedad autosmica recesiva mas frecuente en caucsicos. En Colombia no se conoce la incidencia de la enfermedad, pero investigaciones del grupo de la Universidad del Rosario indican que podra ser relativamente alta. Objetivo: Determinar la incidencia de afectados por Fibrosis Qustica en una muestra de recin nacidos de la ciudad de Bogot. Metodologa: Se analizan 8.297 muestras de sangre de cordn umbilical y se comparan tres protocolos de tamizaje neonatal: TIR/TIR, TIR/DNA y TIR/DNA/TIR. Resultados: El presente trabajo muestra una incidencia de 1 en 8.297 afectados en la muestra analizada. Conclusiones: Dada la relativamente alta incidencia demostrada en Bogot, se justifica la implementacin de Tamizaje Neonatal para Fibrosis Qustica en Colombia.
Resumo:
El Antgeno Leucocitario Humano (HLA en ingls) ha sido descrito en muchos casos como factor de pronstico para cncer. La caracterstica principal de los genes de HLA, localizados en el cromosoma 6 (6p21.3), son sus numerosos polimorfismos. Los anlisis de secuencia de nucletidos muestran que la variacin est restringida predominantemente a los exones que codifican los dominios de unin a pptidos de la protena. Por lo tanto, el polimorfismo del HLA define el repertorio de pptidos que se unen a los alotipos de HLA y este hecho define la habilidad de un individuo para responder a la exposicin a muchos agentes infecciosos durante su vida. La tipificacin de HLA se ha convertido en un anlisis importante en clnica. Muestras de tejido embebidas en parafina y fijadas con formalina (FFPE en ingls) son recolectadas rutinariamente en oncologa. Este procedimiento podra ser utilizado como una buena fuente de ADN, dado que en estudios en el pasado los ensayos de recoleccin de ADN no eran normalmente llevados a cabo de casi ningn tejido o muestra en procedimientos clnicos regulares. Teniendo en cuenta que el problema ms importante con el ADN de muestras FFPE es la fragmentacin, nosotros propusimos un nuevo mtodo para la tipificacin del alelo HLA-A desde muestras FFPE basado en las secuencias del exn 2, 3 y 4. Nosotros diseamos un juego de 12 cebadores: cuatro para el exn 2 de HLA-A, tres para el exn 3 de HLA-A y cinco para el exn 4 de HLA-A, cada uno de acuerdo las secuencias flanqueantes de su respectivo exn y la variacin en la secuencia entre diferentes alelos. 17 muestran FFPE colectadas en el Hospital Universitario de Karolinska en Estocolmo Suecia fueron sometidas a PCR y los productos fueron secuenciados. Finalmente todas las secuencias obtenidas fueron analizadas y comparadas con la base de datos del IMGT-HLA. Las muestras FFPE haban sido previamente tipificadas para HLA y los resultados fueron comparados con los de este mtodo. De acuerdo con nuestros resultados, las muestras pudieron ser correctamente secuenciadas. Con este procedimiento, podemos concluir que nuestro estudio es el primer mtodo de tipificacin basado en secuencia que permite analizar muestras viejas de ADN de las cuales no se tiene otra fuente. Este estudio abre la posibilidad de desarrollar anlisis para establecer nuevas relaciones entre HLA y diferentes enfermedades como el cncer tambin.
