La demi-vie des jugements

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de maîtrise en droit option Droit des technologies de l'information"

Estimation des longueurs de branche et artefact sur la datation moléculaire

La phylogénie moléculaire fournit un outil complémentaire aux études paléontologiques et géologiques en permettant la construction des relations phylogénétiques entre espèces ainsi que l’estimation du temps de leur divergence. Cependant lorsqu’un arbre phylogénétique est inféré, les chercheurs se focalisent surtout sur la topologie, c'est-à-dire l’ordre de branchement relatif des différents nœuds. Les longueurs des branches de cette phylogénie sont souvent considérées comme des sous-produits, des paramètres de nuisances apportant peu d’information. Elles constituent cependant l’information primaire pour réaliser des datations moléculaires. Or la saturation, la présence de substitutions multiples à une même position, est un artefact qui conduit à une sous-estimation systématique des longueurs de branche. Nous avons décidé d’estimer l‘influence de la saturation et son impact sur l’estimation de l’âge de divergence. Nous avons choisi d’étudier le génome mitochondrial des mammifères qui est supposé avoir un niveau élevé de saturation et qui est disponible pour de nombreuses espèces. De plus, les relations phylogénétiques des mammifères sont connues, ce qui nous a permis de fixer la topologie, contrôlant ainsi un des paramètres influant la longueur des branches. Nous avons utilisé principalement deux méthodes pour améliorer la détection des substitutions multiples : (i) l’augmentation du nombre d’espèces afin de briser les plus longues branches de l’arbre et (ii) des modèles d’évolution des séquences plus ou moins réalistes. Les résultats montrèrent que la sous-estimation des longueurs de branche était très importante (jusqu'à un facteur de 3) et que l’utilisation d'un grand nombre d’espèces est un facteur qui influence beaucoup plus la détection de substitutions multiples que l’amélioration des modèles d’évolutions de séquences. Cela suggère que même les modèles d’évolution les plus complexes disponibles actuellement, (exemple: modèle CAT+Covarion, qui prend en compte l’hétérogénéité des processus de substitution entre positions et des vitesses d’évolution au cours du temps) sont encore loin de capter toute la complexité des processus biologiques. Malgré l’importance de la sous-estimation des longueurs de branche, l’impact sur les datations est apparu être relativement faible, car la sous-estimation est plus ou moins homothétique. Cela est particulièrement vrai pour les modèles d’évolution. Cependant, comme les substitutions multiples sont le plus efficacement détectées en brisant les branches en fragments les plus courts possibles via l’ajout d’espèces, se pose le problème du biais dans l’échantillonnage taxonomique, biais dû à l‘extinction pendant l’histoire de la vie sur terre. Comme ce biais entraine une sous-estimation non-homothétique, nous considérons qu’il est indispensable d’améliorer les modèles d’évolution des séquences et proposons que le protocole élaboré dans ce travail permettra d’évaluer leur efficacité vis-à-vis de la saturation.

La qualification des contrats

La qualification est centrale à l'activité du juriste. Les règles de droit positif ne reçoivent application qu'au moment où les faits reçoivent une certaine qualification. Cette réalité prend une dimension particulière face au contrat, lequel est l'objet de multiples dispositions législatives. Le législateur a cru bon au fil du temps, de réglementer diverses formes contractuelles, les contrats nommés. On oppose à ceux-ci les contrats innommés, pure création extra-législative. La détermination de la nature du contrat passe par un processus de qualification indépendant de notions connexes et qui doit s'éloigner d'une méthode intuitive. La qualification du contrat passera principalement par l’analyse des obligations en vue d'identifier l'obligation fondamentale ou la prestation caractéristique du contrat. Il s'agit d'une analyse qu'on veut objective. Les parties auront peu d'influence sur la qualification qui sera ultérieurement donnée à leur contrat, celle-ci étant une question de droit en principe réservée au juge. Le juriste tentera d'abord de lier le contrat aux modèles nommés connus et prévus par le législateur, soit en lui donnant un seul nom ou en reconnaissant la nature mixte de la convention. Dans l'éventualité où ces tentatives ne sont pas concluantes, une qualification innommée devra être choisie. La distinction entre les différentes qualifications possible sera réalisée en fonction de la hiérarchie des obligations au contrat et par l'écart de celle-ci avec les modèles connus.