Entre cohésions et divisions : les relations entre femmes auteures en France et en Italie (1770-1840)

Cette thèse documente, répertorie et analyse les relations entre les femmes auteures en France, en Italie, et entre Françaises et Italiennes, de 1770 à 1840, à partir de l’étude des correspondances et des ouvrages publiés de douze écrivaines (Anne-Marie de Beaufort d’Hautpoul, Sophie Gay, Félicité de Genlis, Marie-Émilie de Montanclos, Constance Pipelet Salm, Germaine de Staël, Teresa Bandettini, Elisabetta Caminer, Carolina Lattanzi, Diodata Saluzzo, Fortunata Sulgher Fantastici et Isabella Teotochi Albrizzi). Au cours d’une période caractérisée par le développement de l’imprimé, par l’importante participation féminine à la querelle des femmes, par le bouleversement politique international issu de la Révolution française et de l’époque napoléonienne, ainsi que par la présence affirmée des auteures, ces dernières font face à une réactivation des attaques contre l’autorat féminin. Dans ce contexte, les relations entre écrivaines illustrent le défi de « l’action commune » conçue dans une optique de défense d’une cause (celle des auteures) avant l’émergence du mouvement féministe. Les écrivaines étant souvent présentées soit comme « sœurs, » soit comme « rivales », notre étude démontre que la nature des relations féminines est infiniment plus complexe dans les faits. D’un côté, les relations entre femmes auteures témoignent d’une certaine cohésion au sein de la communauté : les contacts sont nombreux, celles-ci s’épaulent en temps de crise, construisent des généalogies littéraires féminines, et déconstruisent les discours portant sur la soi-disant « exceptionnalité » et la « rivalité » des femmes de lettres. De l’autre côté, d’importantes divisions traversent leurs réseaux, notamment liées à l’appartenance nationale, aux opinions politiques et au positionnement de chacune dans le milieu littéraire. Outre les divisions sociales et politiques, cette thèse illustre la difficulté éprouvée par les auteures à arrimer leurs intérêts individuels (promotion de leur propre carrière, identités multiples interférant avec l’appartenance de sexe/genre) aux intérêts collectifs (légitimer l’autorat féminin). Ainsi, les écrivaines reconnaissent l’importance de la communauté des femmes auteures, tout en étant confrontées au défi d’en maintenir la cohésion, à une époque où non seulement l’activité littéraire, mais également le contexte culturel et politique, sont en pleine transformation.

Who influence the music tastes of adolescents? A study on interpersonal influence in social networks

Research on music information behavior demonstrates that people rely primarily on others to discover new music. This paper reports on a qualitative study aiming at exploring more in-depth how music information circulates within the social networks of late adolescents and the role the different people involved in the process play. In-depth interviews were conducted with 19 adolescents (15-17 years old). The analysis revealed that music opinion leaders showed eagerness to share music information, tended to seek music information on an ongoing basis, and were perceived as being more knowledgeable than others in music. It was found that the ties that connected participants to opinion leaders were predominantly strong ties, which suggests that trustworthiness is an important component of credibility. These findings could potentially help identify new avenues for the improvement of music recommender systems.

Citoyenneté, identité et mobilisation communautaire autour du VIH dans une organisation de travailleuses du sexe au Karnataka, en Inde

Ce mémoire interroge les possibilités présentes et futures d’actions concertées pour remettre en question les structures sociales d’exclusion qui affectent des groupes désignés à risque, entre autres en les rendant plus vulnérables à l’infection au VIH. En Inde, l’attention grandissante portée aux travailleuse(r)s du sexe (TS) par la santé publique dans les interventions contre le VIH contribue à façonner l’identité des groupes ciblés en les associant à l’épidémie du VIH et à sa prévention. L’acceptation et la réorganisation de cette catégorie servent de base d’organisation d’efforts collectifs pour un groupe de TS de Mysore, dans l’état du Karnataka. Les membres de ce collectif, nommé Ashodaya, déploient des actions concertées pour remettre en question les limites de catégories qui leur sont assignées (avec des tentatives pour désamorcer certaines dynamiques d’exclusion sociale -en limitant la stigmatisation), et s’imposer comme un groupe de citoyennes à part entière en s’incluant dans des sphères civiles comme citoyens, comme représentants d’une occupation et non comme individus marginalisés ou « représentants » d’une maladie. L’inclusion d’Ashodaya dans les efforts de prévention du VIH offre un accès à des ressources humaines et matérielles qui lui seraient autrement inaccessibles, mais limitent les possibilités d’actions du groupe en restreignant sa participation à la prévention. Le contexte particulier de l’engagement et du programme d’Avahan, branche indienne de la Bill and Melinda Gates souligne la fragilité des acquis de groupes comme Ashodaya.

Uranium à Sept-Îles : ethnographie d'un refus. Essai de résistance populaire.

Ce mémoire de maîtrise traite d’un phénomène social critique qui a gagné en importance au Québec : la montée des groupes de résistance populaire contre des projets d’exploitation des ressources naturelles. À partir d’une étude de cas, l’auteur tâche ici d’approfondir les questions relatives à ces luttes collectives tout en mettant en lumière les diverses modalités d’engagement qui, par leurs registres et leurs compositions en « systèmes-experts », se répercutent dans l’espace public tout en transformant, d’une certaine manière, l’arène politique. Ces dynamiques des mouvements de résistance tendent également à s’infléchir en amont des projets de développement, pour se matérialiser en aval, soit dès les premières phases d’appropriation territoriale, c’est-à-dire les premiers travaux exploratoires comme tels. Cette enquête de terrain se focalise sur ces enjeux. En prenant comme observatoire le projet de Terra Ventures à Sept-Îles, en région nord-côtière, concernant un projet d’exploration uranifère, l’auteur insiste sur les multiples références collectives qui sont autant de perspectives pour comprendre ce phénomène. À travers l’étude de cette résistance populaire qui s’est profilée contre ce projet d’exploration, c’est l’industrie minière au Québec, son histoire, ses mythes, et sa mémoire qui est, enfin, en trame de fond.

Des relations entre les structures musicales et les contextes sociaux dans un répertoire de "sessions" instrumentales irlandaises

La version intégrale de ce mémoire [ou de cette thèse] est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU)

Éticas indígenas en discursos coloniales de los Andes y de Quebec : análisis, interpretación y perspectivas

Cette thèse est une étude analytique et comparative des conceptions éthiques autochtones, à travers des discours coloniaux de deux régions de l'Amérique : le Pérou et le Québec. Le but ultime de cette étude est permettre de découvrir les principes de ces éthiques des communautés autochtones et de les faire participer au débat et à la création d'éthiques interculturelles et écologiques pertinentes pour le monde contemporain. À cette fin, ce travail se consacre à l'étude des traditions orales autochtones, et plus particulièrement à la littérature de source orale coloniale. Plus précisément, nous étudions deux chroniques coloniales autochtones des Andes : le Manuscrit de Huarochirí et la Relation de Joan Santa Cruz Pachacuti, ainsi que les relations de deux missionnaires jésuites en Nouvelle-France : Paul Lejeune et Jean de Brébeuf. Étant donné que ces textes ne peuvent être considérés comme des transcriptions littérales des traditions orales autochtones, nous optons pour une méthodologie qui prend en compte à la fois les locus de l'énonciation, les traditions discursives et les processus de textualisation de la mémoire, ainsi que les relations contextuelles (référentielles, intertextuelles et interpersonnelles) et les instances d’une analyse « éthicologique ». Du côté des textes des Andes, des dynamiques éthiques synthétisées comme une « éthique de la réciprocité » sont dégagées. Cette dernière se veut hautement écologique, prend en considération la cohabitation avec toutes les entités de l’environnement (humaines et non humaines) et, par conséquent, peut être considérée comme un effort pour répondre aux défis imposés par le contexte dans lequel elles vivent. En ce qui concerne les textes québécois, leurs principes éthiques se résument en une « éthique du respect », celle-ci pouvant également être considérée comme une éthique écologique. De fait, on y observe l’absence d’une réelle séparation entre l’être humain et les autres entités de son milieu, remplacée par une continuité fluide de relations entre celles-ci, formant un « cercle sacré » de relations. À partir de ces résultats, un bilan comparatif est dressé et montre que les différences sont pour la plupart de nature formelle. En effet, les éthiques sont ancrées dans des réalités sociohistoriques différentes puisqu’elles se réfèrent à différents environnements et aux coutumes qui y sont reliés. En termes de similitudes, celles-ci se résument au concept de « cosmoéthique du cercle » qui révèle une conception de l'éthique comme un processus dynamique mettant en jeu non seulement les humains, mais aussi l'environnement et ce qui échappe à l’appréhension palpable du monde. Enfin, une tentative est faite, celle de donner une perspective à certains principes dégagés lors des analyses, montrant qu’elles peuvent impliquer une complexité parfois niée ou écartée par certains philosophes occidentaux contemporains. Ainsi, ce travail montre que l’étude de discours proprement autochtones est une porte d’accès à leurs manières de concevoir l’éthique et peut donc contribuer au travail interculturel de la philosophie et, plus précisément de l’éthique.

La collaboration des parents de minorités visibles avec les services de la protection de la jeunesse : le rôle du soutien informel parental et des compétences de l’intervenant.

En réponse à la disproportion des familles de minorités visibles dans le système montréalais de la protection de la jeunesse, cette recherche explore, du point de vue de l'intervenant, le rôle de ses compétences culturelles et du soutien informel parental dans l’élaboration d'une relation de collaboration. L’analyse porte sur 24 entrevues individuelles, où 48 interventions sont racontées par des intervenants. Les résultats proposent une typologie, élaborée à partir de la collaboration des parents et de l’engagement de leur réseau informel dans l’intervention. Ils présentent ensuite une description des compétences culturelles et de leur utilisation auprès des dynamiques familiales comprises dans la typologie. La discussion aborde la résilience sociale, les stratégies d’intervention et le constructionnisme social. Trois principales idées sont évoquées : une conception de la collaboration qui inclut le réseau informel, une réflexion sur la notion de « compétences culturelles » et le développement d’une pratique réflexive.

Analyse des figures féminines juives dans le roman québécois moderne et contemporain : L’avalée des avalés, La Québécoite et Hadassa

Ce mémoire est consacré à la construction des personnages féminins juifs dans trois romans modernes et contemporains de la littérature québécoise de langue française. Il se penche sur les romans L’avalée des avalés (1967) de Réjean Ducharme, La Québécoite (1983) de Régine Robin et Hadassa (2006) de Myriam Beaudoin. Les fonctions, les valeurs et les discours entourant la présence des figures féminines juives sont analysés par le biais des dialogues entre les lieux et l’espace de manière à cerner les marqueurs identitaires, culturels, sociaux, linguistiques et religieux. Nous avons cherché à inscrire ce mémoire dans le prolongement du chapitre portant sur la figure féminine juive de l’ouvrage pionnier Mythes et images du Juif au Québec (1977) de Victor Teboul. Teboul considère la figure féminine juive comme un personnage principalement secondaire et sexuel. Cette analyse, très ancrée dans les discours sociaux de la période de publication, mérite d’être revisitée avec un corpus plus élargi et plus contemporain. Pour ce faire, nous avons cerné les principaux vecteurs identitaires féminins juifs en analysant les discours entourant leur présence, les dialogues entre identité, culture, Histoire et société et les dynamiques entre espaces et lieux. Nous avons constaté que, en plus de sortir des stéréotypes, l’identité des figures féminines juives des trois romans est modelée en fonction de son rapport aux lieux et à l’espace. D’une judéité littéraire foncièrement iconoclaste, en passant par une judéité culturelle et mémorielle jusqu’à une judéité qui se veut le plus réaliste, les trois romans du corpus diffèrent largement par leur rapport à la judéité.

La mise en œuvre de services cliniques intégrés sous l’angle du sensemaking organisationnel : le cas des services intégrés en santé mentale et en dépendance

Cette thèse a comme objectif général d’enrichir la compréhension du phénomène de mise en œuvre des services cliniques intégrés en contexte organisationnel. Elle s’inscrit dans la perspective théorique du sensemaking organisationnel (Weick, 1995). Dans un premier temps, nous avons étudié comment des acteurs ont construit le sens du projet d’intégration qu’ils devaient mettre en œuvre, et les répercussions de cette construction de sens sur des enjeux cliniques et organisationnels. Le contexte étudié est une nouvelle organisation de santé créée afin d’offrir des services surspécialisés à des personnes aux prises avec un trouble concomitant de santé mentale et de dépendance. Une stratégie de recherche de type qualitatif a été utilisée. L’analyse a reposé sur des données longitudinales (8 ans) provenant de trois sources : des entrevues semi-dirigées, des observations et de l’analyse de documents. Deux articles en découlent. Alors que l’article 1 met l’accent sur la transformation des pratiques professionnelles, l’article 2 aborde le phénomène sous l’angle de l’identité organisationnelle. Dans un deuxième temps, nous avons réalisé une analyse critique des écrits. Celle-ci a porté sur les tendances actuelles dans la façon d’étudier la mise en œuvre des services intégrés pour les troubles concomitants. Les résultats obtenus sont présentés dans l’article 3. Quatre grands constats se dégagent de l’ensemble de ce travail. Le premier est que la mise en œuvre de services cliniques intégrés est un phénomène dynamique, mais sous contrainte. Autrement dit, il s’agit d’un phénomène évolutif qui se définit et se redéfinit au gré des événements, mais avec une tendance lourde à maintenir la direction dans laquelle il s’est déployé initialement. L’énaction et l’engagement des professionnels sont apparus des mécanismes explicatifs centraux à cet égard. Le second constat est que la mise en œuvre s’actualise à travers des niveaux d’intégration interdépendants, ce qui signifie que le contexte et l’objet qui est mis en œuvre coévoluent et se transforment mutuellement. Nos résultats ont montré que la notion de "pratiques de couplage" était utile pour capter cette dynamique. Notre troisième constat est que la mise en œuvre demeure profondément ancrée dans le sens que les membres organisationnels construisent collectivement du projet d’intégration à travers leurs actions et interactions quotidiennes. Cette construction de sens permet de comprendre comment le contenu et la forme du projet d’intégration se façonnent au gré des circonstances, tant dans ses aspects cliniques qu’organisationnels. Enfin, le quatrième constat est que ces dynamiques demeurent relativement peu explorées à ce jour dans les écrits sur l’implantation des services intégrés pour les troubles concomitants. Nous faisons l’hypothèse que ce manque de reconnaissance pourrait expliquer une partie des difficultés de mise en œuvre actuelles. Globalement, ces constats permettent d’enrichir considérablement la compréhension du phénomène en révélant les dynamiques qui le constituent et les enjeux qu’il soulève. Aussi, leur prise en compte par les décideurs et les chercheurs a-t-elle le potentiel de faire progresser les pratiques vers une intégration accrue.

L'interaction entre les savoirs écologiques traditionnels et les changements climatiques : les Cris de la Baie-James, la bernache du Canada et le caribou des bois

Cette étude vise à identifier les effets des changements climatiques sur les activités de subsistance traditionnelles des chasseurs cris de la Baie-James. De nombreuses études se penchent sur les changements climatiques, mais relativement peu d’entre elles traitent de leurs effets socio-économiques et socioculturels sur les populations dans le Subarctique du Québec. Cette thèse explore les mécanismes d’intégration des connaissances scientifiques au savoir écologique traditionnel (SET) ; une intégration prônée par de nombreux chercheurs comme l’évolution souhaitable dans la recherche sur le SET et sur ses applications. L’étude de cette intégration se fait ici à l’aide d’une analyse des perceptions des chasseurs de l’Association des Trappeurs Cris concernant les effets des changements climatiques, avec l’accent sur les activités de subsistance traditionnelles en lien avec la bernache du Canada et le caribou des bois, deux espèces importantes culturellement. Une approche combinant l’aspect théorique de l’ethnoécologie et l’aspect pratique de l’étude de cas a été utilisée. Diverses sources de données ont été employées : l’analyse documentaire et cartographique, les questionnaires et les entrevues ouvertes et semi-dirigées. Cette recherche met en évidence des variations dans l’observation des changements climatiques et dans la perception de leurs effets par les chasseurs cris selon la localisation de leur communauté. Certains effets sont ressentis de la même façon par tous. Ainsi, les participants de toutes les communautés s’inquiètent des dangers liés à une fragilité accrue de la glace sur les lacs et les rivières. Cependant, ce sont surtout les membres des communautés côtières qui s’alarment du déplacement des bernaches vers l’intérieur du territoire. Ils sont aussi les seuls à ne pas percevoir de baisse du nombre de caribous des bois sur leurs lignes de trappe. Les effets des changements climatiques paraissent avoir un impact sur le mode de vie traditionnel cri en lien avec la bernache du Canada et le caribou des bois et affecter la transmission du savoir traditionnel vers les nouvelles générations quant au caribou des bois. Les résultats montrent aussi que la combinaison du SET et des données scientifiques permet de compléter le portrait de l’évolution du climat et des espèces (par ex. : variation du climat entre la côte et l’intérieur du territoire, apparition du cerf de Virginie et du coyote sur le territoire) et d’élaborer de nouvelles pistes de recherches et des hypothèses qui n’auraient pas été autrement identifiées (par ex. : causes d’un changement dans la structure de la gla ce, évolution des aires de répartition des sous-espèces de bernaches, impact des insectes suceurs-piqueurs sur la santé des caribous). Elle facilite également l’identification et la compréhension des enjeux et des processus d’adaptation qui ont lieu dans les communautés cries de la Baie-James (par ex. : diminution de la consommation du caribou, maintien de la consommation de la bernache, dangers accrus dans les déplacements liés à la fragilité de la glace ou à la difficulté à prévoir les schèmes climatiques). L’utilisation combinée du SET et du savoir scientifique permet de mieux appréhender les effets des changements climatiques et les dynamiques socioculturelles et environnementales complexes du territoire de la Baie-James.

Les besoins des proches, des intervenants et des personnes ayant un traumatisme craniocérébral: comparaison du Québec et de la France.

Ce projet a été réalisé au Québec et en France et vise à évaluer empiriquement la complémentarité des services de soins en lien avec les besoins exprimés par les personnes ayant un TCC, leurs proches et le point de vue des professionnels de la santé. Il vise spécifiquement à identifier   les   éléments   de   convergence   et   de   divergence   entre   l’offre   de   services   québécoise   et   française   et   la   perception   des   acteurs   de   ces   réseaux   quant   à   l’adéquation   entre   les   besoins   des   personnes ayant un TCC et de leurs proches et les services offerts. Pour ce faire, des personnes ayant un TCC ainsi que des proches ont été invités à identifier leurs besoins au moment du traumatisme crânien et tout au long du processus de réadaptation et d’intégration   sociale.     Les   intervenants   devaient   partager   leur   perception   des   besoins ressentis par les personnes et les proches. Dans cette étude, les résultats obtenus en France et au Québec seront comparés afin d’identifier  les  éléments  de  convergence  et  de  divergence  entre  l’offre  de  services  québécoise  et   française   et   la   perception   des   acteurs   de   ces   réseaux   quant   à   l’adéquation   entre   les   besoins   des   usagers et les services offerts.

Algorithmes d'apprentissage pour la recommandation

L'ère numérique dans laquelle nous sommes entrés apporte une quantité importante de nouveaux défis à relever dans une multitude de domaines. Le traitement automatique de l'abondante information à notre disposition est l'un de ces défis, et nous allons ici nous pencher sur des méthodes et techniques adaptées au filtrage et à la recommandation à l'utilisateur d'articles adaptés à ses goûts, dans le contexte particulier et sans précédent notable du jeu vidéo multi-joueurs en ligne. Notre objectif est de prédire l'appréciation des niveaux par les joueurs. Au moyen d'algorithmes d'apprentissage machine modernes tels que les réseaux de neurones profonds avec pré-entrainement non-supervisé, que nous décrivons après une introduction aux concepts nécessaires à leur bonne compréhension, nous proposons deux architectures aux caractéristiques différentes bien que basées sur ce même concept d'apprentissage profond. La première est un réseau de neurones multi-couches pour lequel nous tentons d'expliquer les performances variables que nous rapportons sur les expériences menées pour diverses variations de profondeur, d'heuristique d'entraînement, et des méthodes de pré-entraînement non-supervisé simple, débruitant et contractant. Pour la seconde architecture, nous nous inspirons des modèles à énergie et proposons de même une explication des résultats obtenus, variables eux aussi. Enfin, nous décrivons une première tentative fructueuse d'amélioration de cette seconde architecture au moyen d'un fine-tuning supervisé succédant le pré-entrainement, puis une seconde tentative où ce fine-tuning est fait au moyen d'un critère d'entraînement semi-supervisé multi-tâches. Nos expériences montrent des performances prometteuses, notament avec l'architecture inspirée des modèles à énergie, justifiant du moins l'utilisation d'algorithmes d'apprentissage profonds pour résoudre le problème de la recommandation.

Le rôle des nouvelles technologies dans le travail et la construction identitaire des journalistes politiques de la presse écrite

Les nouvelles technologies mobiles, Internet et les plateformes d’échanges réseautiques ont-ils un effet tangible sur les habitudes de travail des journalistes politiques de la presse écrite? Comment ces nouveaux outils participent-ils à la construction identitaire de ces journalistes? Dans le but de mieux comprendre leur contexte de travail et de (re)construction identitaire, nous avons choisi d’analyser le rôle qu’occupent les nouvelles technologies dans leur quotidien, tant du point de vue de leurs pratiques actuelles que du point de vue de leurs perceptions d’eux-mêmes et du métier. Dans cette étude qualitative, sept journalistes politiques francophones de médias traditionnels écrits ont été interviewés dans le but de nous aider à mieux cerner les libertés mais aussi les contraintes qui accompagnent l’adoption de nouveaux outils technologiques ainsi que les nouvelles pratiques qui y sont rattachées. Les nouvelles technologies et les plateformes réseautiques ne sont pas que de simples outils de travail, ils redéfinissent le rôle même du journaliste dans la société. Hormis les adaptations quotidiennes qu’elles supposent dans les changements de méthodes de travail, elles contribuent souvent à déstabiliser le journaliste dans ses valeurs traditionnelles les plus solidement ancrées. Ces nouveaux outils deviennent le lieu d’échanges accrus où le journaliste se retrouve, bien malgré lui, à devoir défendre un rôle qui lui était autrefois acquis. Vecteurs d’autovalorisation pour le public, ils sont plus souvent le lieu de résistance pour les journalistes.

Mercure, arsenic et sélénium au Burkina Faso : bioaccumulation, transfert trophique dans les systèmes aquatiques et évaluation de bioaccessibilité chez les humains

L’extraction aurifère est l’une des activités humaines qui a fortement accru l’émission de contaminants métalliques dans l’environnement. Le mercure (Hg), l’arsenic (As) et le sélénium (Se) sont 3 polluants métalliques de grande toxicité environnementale. En milieu aquatique, ils peuvent subir des transformations menant à des composés capables de bioaccumulation et de bioamplification. Il peut en résulter des concentrations 106 fois celle mesurée dans l’eau chez les poissons et les organismes situés en haut des chaînes alimentaires posant de ce fait de graves menaces pour la santé de ces organismes ainsi que leurs consommateurs y compris les humains. Cette étude a évalué les teneurs en Hg, As et Se dans les milieux aquatiques au Burkina Faso, une région d’Afrique sub-saharienne soumise à une exploitation minière intensive. Le risque potentiel pour les organismes aquatiques et les humains a été évalué en considérant les effets des interactions antagonistes Se/Hg et As/Se. La bioaccumulation et le transfert du Hg et du Se dans les réseaux trophiques sont également décrits. L’exposition au Hg de poissons par les humains a été également évalué au laboratoire par mesure de la bioaccessibilité comme équivalent de la biodisponibilité par simulation de la digestion humaine. En général, les milieux aquatiques étudiés étaient peu affectés par ces 3 métal(loïd)s bien que certaines espèces de poisson issus des réservoirs les plus profonds indiquent des teneurs de Hg au dessus de 500 ngHg/g (poids frais) recommandé par l’OMS. Ces niveaux sont susceptibles de présenter des risques toxicologiques pour les poissons et pour leurs consommateurs. En considérant l’antagonisme Se/Hg, 99 % des échantillons de poisson seraient moins exposés à la toxicité du Hg dû à la présence simultanée du sélénium dans le milieu et pourraient être consommés sans risque. Cependant, les effets potentiels de l’antagonisme As/Se pourraient réduire les effets bénéfiques du Se et ramener cette proportion à 83 %. L’application des mesures de signatures en isotopes stables d’azote (δ15N) et de carbone (δ13C) des organismes aquatiques a permis le traçage des voies de transfert du Hg et du Se dans les réseaux trophiques. On y observe des chaînes trophiques très courtes (3 - 4 niveaux trophiques) et des poissons majoritairement benthiques. L’approche isotopique n’a cependant pas permis de détecter les variations saisonnières des niveaux de contamination en Hg des poissons. L’exploration des contenus stomacaux des poissons a permis de mieux expliquer la baisse des concentrations en Hg et Se observées chez certains poissons au cours de la saison sèche en lien avec la variation de la composition des proies que l’analyse isotopique n’a pas cerné. L’étude suggère que l’analyse de contenus stomacaux ainsi que l’étude de la dynamique des communautés d’invertébrés couplées à celle des métaux pourraient améliorer la compréhension du fonctionnement des écosystèmes étudiés. Enfin, l’évaluation expérimentale de l’exposition au Hg indique que les modes de traitement avant consommation ainsi que l’usage de composés alimentaires tels le thé, le café lors de repas de poisson par certaines communautés humaines ont un impact sur la bioaccessibilité du Hg de poisson. Ces résultats, sous réserve de validation par des modèles animaux, suggèrent la prise en compte des habitudes alimentaires des communautés dans l’élaboration adéquat des avis de consommation de poisson.

Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle

Dans un premier temps, nous avons modélisé la structure d’une famille d’ARN avec une grammaire de graphes afin d’identifier les séquences qui en font partie. Plusieurs autres méthodes de modélisation ont été développées, telles que des grammaires stochastiques hors-contexte, des modèles de covariance, des profils de structures secondaires et des réseaux de contraintes. Ces méthodes de modélisation se basent sur la structure secondaire classique comparativement à nos grammaires de graphes qui se basent sur les motifs cycliques de nucléotides. Pour exemplifier notre modèle, nous avons utilisé la boucle E du ribosome qui contient le motif Sarcin-Ricin qui a été largement étudié depuis sa découverte par cristallographie aux rayons X au début des années 90. Nous avons construit une grammaire de graphes pour la structure du motif Sarcin-Ricin et avons dérivé toutes les séquences qui peuvent s’y replier. La pertinence biologique de ces séquences a été confirmée par une comparaison des séquences d’un alignement de plus de 800 séquences ribosomiques bactériennes. Cette comparaison a soulevée des alignements alternatifs pour quelques unes des séquences que nous avons supportés par des prédictions de structures secondaires et tertiaires. Les motifs cycliques de nucléotides ont été observés par les membres de notre laboratoire dans l'ARN dont la structure tertiaire a été résolue expérimentalement. Une étude des séquences et des structures tertiaires de chaque cycle composant la structure du Sarcin-Ricin a révélé que l'espace des séquences dépend grandement des interactions entre tous les nucléotides à proximité dans l’espace tridimensionnel, c’est-à-dire pas uniquement entre deux paires de bases adjacentes. Le nombre de séquences générées par la grammaire de graphes est plus petit que ceux des méthodes basées sur la structure secondaire classique. Cela suggère l’importance du contexte pour la relation entre la séquence et la structure, d’où l’utilisation d’une grammaire de graphes contextuelle plus expressive que les grammaires hors-contexte. Les grammaires de graphes que nous avons développées ne tiennent compte que de la structure tertiaire et négligent les interactions de groupes chimiques spécifiques avec des éléments extra-moléculaires, comme d’autres macromolécules ou ligands. Dans un deuxième temps et pour tenir compte de ces interactions, nous avons développé un modèle qui tient compte de la position des groupes chimiques à la surface des structures tertiaires. L’hypothèse étant que les groupes chimiques à des positions conservées dans des séquences prédéterminées actives, qui sont déplacés dans des séquences inactives pour une fonction précise, ont de plus grandes chances d’être impliqués dans des interactions avec des facteurs. En poursuivant avec l’exemple de la boucle E, nous avons cherché les groupes de cette boucle qui pourraient être impliqués dans des interactions avec des facteurs d'élongation. Une fois les groupes identifiés, on peut prédire par modélisation tridimensionnelle les séquences qui positionnent correctement ces groupes dans leurs structures tertiaires. Il existe quelques modèles pour adresser ce problème, telles que des descripteurs de molécules, des matrices d’adjacences de nucléotides et ceux basé sur la thermodynamique. Cependant, tous ces modèles utilisent une représentation trop simplifiée de la structure d’ARN, ce qui limite leur applicabilité. Nous avons appliqué notre modèle sur les structures tertiaires d’un ensemble de variants d’une séquence d’une instance du Sarcin-Ricin d’un ribosome bactérien. L’équipe de Wool à l’université de Chicago a déjà étudié cette instance expérimentalement en testant la viabilité de 12 variants. Ils ont déterminé 4 variants viables et 8 létaux. Nous avons utilisé cet ensemble de 12 séquences pour l’entraînement de notre modèle et nous avons déterminé un ensemble de propriétés essentielles à leur fonction biologique. Pour chaque variant de l’ensemble d’entraînement nous avons construit des modèles de structures tertiaires. Nous avons ensuite mesuré les charges partielles des atomes exposés sur la surface et encodé cette information dans des vecteurs. Nous avons utilisé l’analyse des composantes principales pour transformer les vecteurs en un ensemble de variables non corrélées, qu’on appelle les composantes principales. En utilisant la distance Euclidienne pondérée et l’algorithme du plus proche voisin, nous avons appliqué la technique du « Leave-One-Out Cross-Validation » pour choisir les meilleurs paramètres pour prédire l’activité d’une nouvelle séquence en la faisant correspondre à ces composantes principales. Finalement, nous avons confirmé le pouvoir prédictif du modèle à l’aide d’un nouvel ensemble de 8 variants dont la viabilité à été vérifiée expérimentalement dans notre laboratoire. En conclusion, les grammaires de graphes permettent de modéliser la relation entre la séquence et la structure d’un élément structural d’ARN, comme la boucle E contenant le motif Sarcin-Ricin du ribosome. Les applications vont de la correction à l’aide à l'alignement de séquences jusqu’au design de séquences ayant une structure prédéterminée. Nous avons également développé un modèle pour tenir compte des interactions spécifiques liées à une fonction biologique donnée, soit avec des facteurs environnants. Notre modèle est basé sur la conservation de l'exposition des groupes chimiques qui sont impliqués dans ces interactions. Ce modèle nous a permis de prédire l’activité biologique d’un ensemble de variants de la boucle E du ribosome qui se lie à des facteurs d'élongation.