58 resultados para structure based alignments
em Doria (National Library of Finland DSpace Services) - National Library of Finland, Finland
Resumo:
Tämä työ luo katsauksen ajallisiin ja stokastisiin ohjelmien luotettavuus malleihin sekä tutkii muutamia malleja käytännössä. Työn teoriaosuus sisältää ohjelmien luotettavuuden kuvauksessa ja arvioinnissa käytetyt keskeiset määritelmät ja metriikan sekä varsinaiset mallien kuvaukset. Työssä esitellään kaksi ohjelmien luotettavuusryhmää. Ensimmäinen ryhmä ovat riskiin perustuvat mallit. Toinen ryhmä käsittää virheiden ”kylvöön” ja merkitsevyyteen perustuvat mallit. Työn empiirinen osa sisältää kokeiden kuvaukset ja tulokset. Kokeet suoritettiin käyttämällä kolmea ensimmäiseen ryhmään kuuluvaa mallia: Jelinski-Moranda mallia, ensimmäistä geometrista mallia sekä yksinkertaista eksponenttimallia. Kokeiden tarkoituksena oli tutkia, kuinka syötetyn datan distribuutio vaikuttaa mallien toimivuuteen sekä kuinka herkkiä mallit ovat syötetyn datan määrän muutoksille. Jelinski-Moranda malli osoittautui herkimmäksi distribuutiolle konvergaatio-ongelmien vuoksi, ensimmäinen geometrinen malli herkimmäksi datan määrän muutoksille.
Resumo:
Työssä tutkittiin kestomagneettigeneraattorin staattoriytimen aksiaalisen puristamisen ja lämpötilan vaikutuksia staattorin jännityksiin ja muodonmuutoksiin. Lisäksi tutkittiin aksiaalisen puristusjännityksen vaikutusta staattorin aksiaalisuuntaisen ominaismuodon taajuuteen. Rakenteesta tehtiin elementtimalli, jonka avulla laskettiin rakenteen siirtymät, jännitykset ja ominaistaajuudet. Rakenteen jännityksiä ja siirtymiä tutkittiin myös yksinkertaisella jousikuvauksella, jonka tuloksia verrattiin elementtimallilla saatuihin tuloksiin. Työn tavoitteena oli kehittää uusi staattorirakenne. Elementtimenetelmän tulosten perusteella staattorirakennetta voidaan yksinkertaistaa poistamalla nyt käytetty puristusrengas, jolloin rakenteesta tulee yksinkertaisempi ja kustannustehokkaampi.
Resumo:
Työssä tutkittiin jätteen murskauksesta murskaimeen aiheutuvia kuormituksia vastusvenymäliuskamittauksilla. Eri jätetyyppien aiheuttamia kuormituksia tutkittiin erillisinä tapauksina ja näistä tyyppikuormituksista johdettiin rakenteen normaalia käyttöä vastaava kuormitushistoria käyttäen painokertoimia eri tyyppikuormien kesken. Murskaimen runkorakennetta tutkittiin FE-analyysillä käyttäen kuormituksena kenttämittauksilla saatua todellista kuormitusta. FE-menetelmällä tutkittiin väsymisen kannalta kriittisiä kohtia rakenteesta. Tulosten perusteella kriittisiin yksityiskohtiin laadittiin parannusehdotuksia, joiden perusteella yhteistyössä työn teettäjän kanssa laadittiin uudet rakenneratkaisut. Rakenteen kestoikä määritettiin väsymisvaurion kannalta kriittisimmän yksityiskohdan mukaan. Kestoiän määrittämiseen käytettiin Palmgren-Miner menetelmää ja Palmgren-Miner menetelmästä johdettua ekvivalentin jännitysvaihtelun menetelmää. Muutosten jälkeen rakenne täyttää sille asetetun suunnittelukestoiän käytettyjen menetelmien perusteella.
Resumo:
Polyketides are a diverse group of natural products produced in many bacteria, fungi and plants. These metabolites have diverse biological activities and several members of this group are in clinical use as antibiotics, anticancer agents, antifungals and immunosuppressants. The different polyketides are produced by polyketide synthases, which catalyze the condensation of extender units into various polyketide scaffolds. After the biosynthesis of the polyketide backbone, more versatility is created to the molecule by tailoring enzymes catalyzing for instance hydroxylations, methylations and glycosylations. Flavoprotein monooxygenases (FPMO) and short-chain alcohol dehydrogenases/reductases (SDR) are two enzyme families that catalyze unusual tailoring reactions in the biosynthesis of natural products. In the experimental section, functions of homologous FPMO and SDR tailoring enzymes from five different angucycline pathways were studied in vitro. The results revealed how different angucyclinones are produced from a common intermediate and that FPMO JadH and SDR LanV are responsible for the divergence of jadomycins and landomycins, respectively, from other angucyclines. Structural studies of these tailoring enzymes revealed differences between homologous enzymes and enabled the use of structure-based protein engineering. Mutagenesis experiments gave important information about the enzymes behind the evolution of distinct angucycline metabolites. These experiments revealed a correlation between the substrate inhibition and bi-functionality in JadH homologue PgaE. In the case of LanV, analysis of mutagenesis results revealed that the difference between the stereospecificities of LanV and its homologues CabV and UrdMred is unexpectedly related to the conformation of the substrate rather than to the structure of the enzyme. Altogether, the results presented here have improved our knowledge about different steps of angucycline biosynthesis and the reaction mechanisms used by the tailoring enzymes behind these steps. This information can hopefully be used to modify these enzymes to produce novel metabolites, which have new biological targets or possess novel modes-of-action. The understanding of these unusual enzyme mechanisms is also interesting to enzymologists outside the field of natural product research.
Resumo:
Avidins (Avds) are homotetrameric or homodimeric glycoproteins with typically less than 130 amino acid residues per monomer. They form a highly stable, non-covalent complex with biotin (vitamin H) with Kd = 10-15 M (for chicken Avd). The best-studied Avds are the chicken Avd from Gallus gallus and streptavidin from Streptomyces avidinii, although other Avd studies have also included Avds from various origins, e.g., from frogs, fishes, mushrooms and from many different bacteria. Several engineered Avds have been reported as well, e.g., dual-chain Avds (dcAvds) and single-chain Avds (scAvds), circular permutants with up to four simultaneously modifiable ligand-binding sites. These engineered Avds along with the many native Avds have potential to be used in various nanobiotechnological applications. In this study, we made a structure-based alignment representing all currently available sequences of Avds and studied the evolutionary relationship of Avds using phylogenetic analysis. First, we created an initial multiple sequence alignment of Avds using 42 closely related sequences, guided by the known Avd crystal structures. Next, we searched for non-redundant Avd sequences from various online databases, including National Centre for Biotechnology Information and the Universal Protein Resource; the identified sequences were added to the initial alignment to expand it to a final alignment of 242 Avd sequences. The MEGA software package was used to create distance matrices and a phylogenetic tree. Bootstrap reproducibility of the tree was poor at multiple nodes and may reflect on several possible issues with the data: the sequence length compared is relatively short and, whereas some positions are highly conserved and functional, others can vary without impinging on the structure or the function, so there are few informative sites; it may be that periods of rapid duplication have led to paralogs and that the differences among them are within the error limit of the data; and there may be other yet unknown reasons. Principle component analysis applied to alternative distance data did segregate the major groups, and success is likely due to the multivariate consideration of all the information. Furthermore, based on our extensive alignment and phylogenetic analysis, we expressed two novel Avds, lacavidin from Lactrodectus Hesperus, a western black widow spider, and hoefavidin from Hoeflea phototrophica, an aerobic marine bacterium, the ultimate aim being to determine their X-ray structures. These Avds were selected because of their unique sequences: lacavidin has an N-terminal Avd-like domain but a long C-terminal overhang, whereas hoefavidin was thought to be a dimeric Avd. Both these Avds could be used as novel scaffolds in biotechnological applications.
Resumo:
Abstract
Resumo:
The superconducting gap is a basic character of a superconductor. While the cuprates and conventional phonon-mediated superconductors are characterized by distinct d- and s-wave pairing symmetries with nodal and nodeless gap distributions respectively, the superconducting gap distributions in iron-based superconductors are rather diversified. While nodeless gap distributions have been directly observed in Ba1–xKxFe2As2, BaFe2–xCoxAs2, LiFeAs, KxFe2–ySe2, and FeTe1–xSex, the signatures of a nodal superconducting gap have been reported in LaOFeP, LiFeP, FeSe, KFe2As2, BaFe2–xRuxAs2, and BaFe2(As1–xPx)2. Due to the multiplicity of the Fermi surface in these compounds s± and d pairing states can be both nodeless and nodal. A nontrivial orbital structure of the order parameter, in particular the presence of the gap nodes, leads to effects in which the disorder is much richer in dx2–y2-wave superconductors than in conventional materials. In contrast to the s-wave case, the Anderson theorem does not work, and nonmagnetic impurities exhibit a strong pair-breaking influence. In addition, a finite concentration of disorder produces a nonzero density of quasiparticle states at zero energy, which results in a considerable modification of the thermodynamic and transport properties at low temperatures. The influence of order parameter symmetry on the vortex core structure in iron-based pnictide and chalcogenide superconductors has been investigated in the framework of quasiclassical Eilenberger equations. The main results of the thesis are as follows. The vortex core characteristics, such as, cutoff parameter, ξh, and core size, ξ2, determined as the distance at which density of the vortex supercurrent reaches its maximum, are calculated in wide temperature, impurity scattering rate, and magnetic field ranges. The cutoff parameter, ξh(B; T; Г), determines the form factor of the flux-line lattice, which can be obtained in _SR, NMR, and SANS experiments. A comparison among the applied pairing symmetries is done. In contrast to s-wave systems, in dx2–y2-wave superconductors, ξh/ξc2 always increases with the scattering rate Г. Field dependence of the cutoff parameter affects strongly on the second moment of the magnetic field distributions, resulting in a significant difference with nonlocal London theory. It is found that normalized ξ2/ξc2(B/Bc2) dependence is increasing with pair-breaking impurity scattering (interband scattering for s±-wave and intraband impurity scattering for d-wave superconductors). Here, ξc2 is the Ginzburg-Landau coherence length determined from the upper critical field Bc2 = Φ0/2πξ2 c2, where Φ0 is a flux quantum. Two types of ξ2/ξc2 magnetic field dependences are obtained for s± superconductors. It has a minimum at low temperatures and small impurity scattering transforming in monotonously decreasing function at strong scattering and high temperatures. The second kind of this dependence has been also found for d-wave superconductors at intermediate and high temperatures. In contrast, impurity scattering results in decreasing of ξ2/ξc2(B/Bc2) dependence in s++ superconductors. A reasonable agreement between calculated ξh/ξc2 values and those obtained experimentally in nonstoichiometric BaFe2–xCoxAs2 (μSR) and stoichiometric LiFeAs (SANS) was found. The values of ξh/ξc2 are much less than one in case of the first compound and much more than one for the other compound. This is explained by different influence of two factors: the value of impurity scattering rate and pairing symmetry.
Resumo:
In the present work are reported investigations of structural, magnetic and electronic properties of GaAs/Ga1-xInxAs/GaAs quantum wells (QW) having a 0.5 - 1.8 monolayer thick Mn layer, separated from the quantum well by a 3 nm thick spacer. The structure of the samples is analyzed in details by photoluminescence and high-resolution X-ray difractometry and reflectometry, confirming that Mn atoms are practically absent from the QW. Transport properties and crystal structure are analyzed for the first time for this type of QW structures with so high mobility. Observedconductivity and the Hall effect in quantizing magnetic fields in wide temperature range, defined by transport of holes in the quantum well, demonstrate properties inherent to ferromagnetic systems with spin polarization of charge carriersin the QW. Investigation of the Shubnikov ¿ de Haas and the Hall effects gave the possibility to estimate the energy band parameters such as cyclotron mass andFermi level and calculate concentrations and mobilities of holes and show the high-quality of structures. Magnetic ordering is confirmed by the existence of the anomalous Hall effect.
Resumo:
Tutkimuksen tavoitteena on identifioida yleisimmät toimintolaskennan implementointiin liittyvät ongelmat ja muutosprojektin onnistumiseen vaikuttavat tekijät. Tavoitteena on myös saada kokonaisvaltainen kuva siitä, miksi laskentatoimen muutokset ovat vaikeita implementoida ja miten ihmisten käyttäytyminen vaikuttaa muutosprosessin onnistumiseen. Sekä laskentatoimen että muutosjohtamisen teorioita tarkastellaan laaja-alaisen kuvan saamiseksi siitä, miten ihmisiin ja heidän käyttäytymiseensä liittyvät tekijät vaikuttavat muutosprojektin onnistumiseen tai epäonnistumiseen. Tutkielma käyttää empiirisiä tutkimustuloksia pohjana aiheen tarkastelulle. Tutkielma tarjoaa ehdotuksia tulevaisuuden tutkimukselle liittyen laskentatoimen muutoksen kriittisiin tekijöihin. Kiinnostavimpia alueita tulevaisuuden tutkimukselle on pohtia tarkemmin, miten työntekijöiden oletukset johtajien motiiveista muutoksen takana vaikuttavat muutosvastarintaan sekä miten organisaation rakenne ja muutosvastarintavaikuttavat muutoksen institutionaalistamiseen.
Resumo:
Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tutkia sellu- ja paperiteollisuuden toimintojen luonnetta sekä miten yrityksen rajapinnat ovat muodostuneet ko. teollisuudenalalla. Tutkimus on eksploratiivinen ja luonteeltaan kvalitatiivinen. Tutkimuksen aineisto kerättiin yrityksissä tehdyillä teemahaastatteluilla. Sellu- ja paperitehtaan toimintojen analysoinnissa käytetään resurssiperusteista näkemystä ja transaktiokustannusteoriaa. Tutkimuksen yritysten rakennetta voidaan pitää varsin konservatiivisena. Teoreettinen kehys pystyi selittämään varsinaisen tuotannon järjestämistä varsin hyvin. Tukitoiminnoissa löytyi ristiriitoja teorian ja todellisuuden välillä. Tuotantotoiminnot kannattaa pitää yrityksen sisällä, koska ne täyttävät VRIN-attribuutit ja niihin liittyy korkeita transaktiokustannuksia. Suurin osa tukitoiminnoista voidaan luokitella triviaaleiksi. Joitain tukitoimintoja voidaan kuitenkin luokitella strategisesti tärkeiksi, ja voidaan päätellä, että ne pitäisi pitää yrityksen sisällä. Tässä suhteessa tulokset olivat kuitenkin ristiriitaisia, ja lisätutkimuksia tarvittaisiin lopullisten johtopäätösten tekemiseen.
Resumo:
The aim of this study is to present an Activity-Based Costing spreadsheet tool for analyzing the logistics costs. The tool can be used both by customer-companies and logistics service providers. The study discusses the influence of different activity models on costs. Additionally this paper discusses about the logistical performance across the total supply chain This study is carried out using ananalytical research approach and literature material has been used for supplementing the concerned research approach. Cost structure analysis was based on the theory of activity-based management. This study was outlined to spare part logistics in machine-shop industry. The outlines of logistics services and logisticalperformance discussed in this report are based on the new logistics business concept (LMS-concept), which has been presented earlier in the Valssi-project. Oneof the aims of this study is to increase awareness of different activity modelson logistics costs. The report paints an overall picture about the business environment and requirements for the new logistics concept.
Resumo:
Tehoelektoniikkalaitteella tarkoitetaan ohjaus- ja säätöjärjestelmää, jolla sähköä muokataan saatavilla olevasta muodosta haluttuun uuteen muotoon ja samalla hallitaan sähköisen tehon virtausta lähteestä käyttökohteeseen. Tämä siis eroaa signaalielektroniikasta, jossa sähköllä tyypillisesti siirretään tietoa hyödyntäen eri tiloja. Tehoelektroniikkalaitteita vertailtaessa katsotaan yleensä niiden luotettavuutta, kokoa, tehokkuutta, säätötarkkuutta ja tietysti hintaa. Tyypillisiä tehoelektroniikkalaitteita ovat taajuudenmuuttajat, UPS (Uninterruptible Power Supply) -laitteet, hitsauskoneet, induktiokuumentimet sekä erilaiset teholähteet. Perinteisesti näiden laitteiden ohjaus toteutetaan käyttäen mikroprosessoreja, ASIC- (Application Specific Integrated Circuit) tai IC (Intergrated Circuit) -piirejä sekä analogisia säätimiä. Tässä tutkimuksessa on analysoitu FPGA (Field Programmable Gate Array) -piirien soveltuvuutta tehoelektroniikan ohjaukseen. FPGA-piirien rakenne muodostuu erilaisista loogisista elementeistä ja niiden välisistä yhdysjohdoista.Loogiset elementit ovat porttipiirejä ja kiikkuja. Yhdysjohdot ja loogiset elementit ovat piirissä kiinteitä eikä koostumusta tai lukumäärää voi jälkikäteen muuttaa. Ohjelmoitavuus syntyy elementtien välisistä liitännöistä. Piirissä on lukuisia, jopa miljoonia kytkimiä, joiden asento voidaan asettaa. Siten piirin peruselementeistä voidaan muodostaa lukematon määrä erilaisia toiminnallisia kokonaisuuksia. FPGA-piirejä on pitkään käytetty kommunikointialan tuotteissa ja siksi niiden kehitys on viime vuosina ollut nopeaa. Samalla hinnat ovat pudonneet. Tästä johtuen FPGA-piiristä on tullut kiinnostava vaihtoehto myös tehoelektroniikkalaitteiden ohjaukseen. Väitöstyössä FPGA-piirien käytön soveltuvuutta on tutkittu käyttäen kahta vaativaa ja erilaista käytännön tehoelektroniikkalaitetta: taajuudenmuuttajaa ja hitsauskonetta. Molempiin testikohteisiin rakennettiin alan suomalaisten teollisuusyritysten kanssa soveltuvat prototyypit,joiden ohjauselektroniikka muutettiin FPGA-pohjaiseksi. Lisäksi kehitettiin tätä uutta tekniikkaa hyödyntävät uudentyyppiset ohjausmenetelmät. Prototyyppien toimivuutta verrattiin vastaaviin perinteisillä menetelmillä ohjattuihin kaupallisiin tuotteisiin ja havaittiin FPGA-piirien mahdollistaman rinnakkaisen laskennantuomat edut molempien tehoelektroniikkalaitteiden toimivuudessa. Työssä on myösesitetty uusia menetelmiä ja työkaluja FPGA-pohjaisen säätöjärjestelmän kehitykseen ja testaukseen. Esitetyillä menetelmillä tuotteiden kehitys saadaan mahdollisimman nopeaksi ja tehokkaaksi. Lisäksi työssä on kehitetty FPGA:n sisäinen ohjaus- ja kommunikointiväylärakenne, joka palvelee tehoelektroniikkalaitteiden ohjaussovelluksia. Uusi kommunikointirakenne edistää lisäksi jo tehtyjen osajärjestelmien uudelleen käytettävyyttä tulevissa sovelluksissa ja tuotesukupolvissa.
Resumo:
Finland has large forest fuel resources. However, the use of forest fuels for energy production has been low, except for small-scale use in heating. According to national action plans and programs related to wood energy promotion, the utilization of such resources will be multiplied over the next few years. The most significant part of this growth will be based on the utilization of forest fuels, produced from logging residues of regeneration fellings, in industrial and municipal power and heating plants. Availability of logging residues was analyzed by means of resource and demand approaches in order to identify the most suitable regions with focus on increasing the forest fuel usage. The analysis included availability and supply cost comparisons between power plant sites and resource allocation in a least cost manner, and between a predefined power plant structure under demand and supply constraints. Spatial analysis of worksite factors and regional geographies were carried out using the GIS-model environment via geoprocessing and cartographic modeling tools. According to the results of analyses, the cost competitiveness of forest fuel supply should be improved in order to achieve the designed objectives in the near future. Availability and supply costs of forest fuels varied spatially and were very sensitive to worksite factors and transport distances. According to the site-specific analysis the supply potential between differentlocations can be multifold. However, due to technical and economical reasons ofthe fuel supply and dense power plant infrastructure, the supply potential is limited at plant level. Therefore, the potential and supply cost calculations aredepending on site-specific matters, where regional characteristics of resourcesand infrastructure should be taken into consideration, for example by using a GIS-modeling approach constructed in this study.
Resumo:
Luokittelujärjestelmää suunniteltaessa tarkoituksena on rakentaa systeemi, joka pystyy ratkaisemaan mahdollisimman tarkasti tutkittavan ongelma-alueen. Hahmontunnistuksessa tunnistusjärjestelmän ydin on luokitin. Luokittelun sovellusaluekenttä on varsin laaja. Luokitinta tarvitaan mm. hahmontunnistusjärjestelmissä, joista kuvankäsittely toimii hyvänä esimerkkinä. Myös lääketieteen parissa tarkkaa luokittelua tarvitaan paljon. Esimerkiksi potilaan oireiden diagnosointiin tarvitaan luokitin, joka pystyy mittaustuloksista päättelemään mahdollisimman tarkasti, onko potilaalla kyseinen oire vai ei. Väitöskirjassa on tehty similaarisuusmittoihin perustuva luokitin ja sen toimintaa on tarkasteltu mm. lääketieteen paristatulevilla data-aineistoilla, joissa luokittelutehtävänä on tunnistaa potilaan oireen laatu. Väitöskirjassa esitetyn luokittimen etuna on sen yksinkertainen rakenne, josta johtuen se on helppo tehdä sekä ymmärtää. Toinen etu on luokittimentarkkuus. Luokitin saadaan luokittelemaan useita eri ongelmia hyvin tarkasti. Tämä on tärkeää varsinkin lääketieteen parissa, missä jo pieni tarkkuuden parannus luokittelutuloksessa on erittäin tärkeää. Väitöskirjassa ontutkittu useita eri mittoja, joilla voidaan mitata samankaltaisuutta. Mitoille löytyy myös useita parametreja, joille voidaan etsiä juuri kyseiseen luokitteluongelmaan sopivat arvot. Tämä parametrien optimointi ongelma-alueeseen sopivaksi voidaan suorittaa mm. evoluutionääri- algoritmeja käyttäen. Kyseisessä työssä tähän on käytetty geneettistä algoritmia ja differentiaali-evoluutioalgoritmia. Luokittimen etuna on sen joustavuus. Ongelma-alueelle on helppo vaihtaa similaarisuusmitta, jos kyseinen mitta ei ole sopiva tutkittavaan ongelma-alueeseen. Myös eri mittojen parametrien optimointi voi parantaa tuloksia huomattavasti. Kun käytetään eri esikäsittelymenetelmiä ennen luokittelua, tuloksia pystytään parantamaan.
Resumo:
Työssä tutkittiin tehokasta tietojohtamista globaalin metsäteollisuusyrityksen tutkimus ja kehitys verkostossa. Työn tavoitteena oli rakentaa kuvaus tutkimus ja kehitys sisällön hallintaan kohdeyrityksen käyttämän tietojohtamisohjelmiston avulla. Ensin selvitettiin käsitteitä tietämys ja tietojohtaminen kirjallisuuden avulla. Selvityksen perusteella esitettiin prosessimalli, jolla tietämystä voidaan tehokkaasti hallita yrityksessä. Seuraavaksi analysoitiin tietojohtamisen asettamia vaatimuksia informaatioteknologialle ja informaatioteknologian roolia prosessimallissa. Verkoston vaatimukset tietojohtamista kohtaan selvitettiin haastattelemalla yrityksen avainhenkilöitä. Haastatteluiden perusteella järjestelmän tuli tehokkaasti tukea virtuaalisten projektiryhmien työskentelyä, mahdollistaa tehtaiden välinen tietämyksen jakaminen ja tukea järjestelmään syötetyn sisällön hallintaa. Ensiksi järjestelmän käyttöliittymän rakenne ja salaukset muokattiin vastaamaan verkoston tarpeita. Rakenne tarjoaa työalueen työryhmille ja alueet tehtaiden väliseen tietämyksen jakamiseen. Sisällönhallintaa varten järjestelmään kehitettiin kategoria, profiloitu portaali ja valmiiksi määriteltyjä hakuja. Kehitetty malli tehostaa projektiryhmien työskentelyä, mahdollistaa olemassa olevan tietämyksen hyväksikäytön tehdastasolla sekä helpottaa tutkimus ja kehitys aktiviteettien seurantaa. Toimenpide-ehdotuksina esitetään järjestelmän integrointia tehtaiden operatiivisiin ohjausjärjestelmiin ja ohjelmiston käyttöönottoa tehdastason projektinhallinta työkaluksi.Ehdotusten tavoitteena on varmistaa sekä tehokas tietämyksen jakaminen tehtaiden välillä että tehokas tietojohtaminen tehdastasolla.