Preservation and Management of Added Value in Networked R&D environment

Tämä tutkielma käsittelee lisäarvon syntymistä, ylläpitämistä ja hallintaa verkostoi-tuneessa tuotekehitysympäristössä. Teemahaastattelu-menetelmää käyttäen, tavoitteena on tunnistaa ja kuvata ne prosessit, käytännöt ja toimintatavat, joissa kohdeyritys on onnistunut ja joissa lisäarvoa on syntynyt. Toinen keskeinen tavoite on löytää ongelmalliset alueet lisäarvon tuottamisessa ja analysoida, miksi nämä alueet ovat ongelmallisia. Käsitteiden arvo, arvoketju ja arvoverkosto, sekä viitekirjallisuuden esimerkkien perusteella muodostetaan teoreettinen viitekehys ja kuvataan niitä hyödyllisiä toimintatapoja ja käytäntöjä, joihin panostamalla lisäarvoa syntyy. Erityisesti informaatioteknologian alalla verkostoituminen ja arvoverkosto ovat yhä merkittävämpiä tuotekehityksen toimintatapoja, mihin horisontaalisen yhteistyön kehittyminen, globalisoituminen ja informaatioteknologian nopea kehitys on johtanut. Keskeisiä tuloksia ovat tarve yhtenäisempään, prosessinomaisempaan toimintatapaan ja liiketoimintaprosessien muokkaamiseen verkostoituneen T&K ympäristön vaatimusten mukaisesti. Myös tarve paremman näkyvyyden luomiseen sekä aktiviteettien hallintaan uudentyyppisen arvoverkoston vaatimusten mukaisesti korostui tuloksissa.

Imaging techniques applied for detection of secretion, transgene delivery and G proteincoupled receptors in reproductive and endocrine cells in vivo and in vitro

Post-testicular sperm maturation occurs in the epididymis. The ion concentration and proteins secreted into the epididymal lumen, together with testicular factors, are believed to be responsible for the maturation of spermatozoa. Disruption of the maturation of spermatozoa in the epididymis provides a promising strategy for generating a male contraceptive. However, little is known about the proteins involved. For drug development, it is also essential to have tools to study the function of these proteins in vitro. One approach for screening novel targets is to study the secretory products of the epididymis or the G protein-coupled receptors (GPCRs) that are involved in the maturation process of the spermatozoa. The modified Ca2+ imaging technique to monitor release from PC12 pheochromocytoma cells can also be applied to monitor secretory products involved in the maturational processes of spermatozoa. PC12 pheochromocytoma cells were chosen for evaluation of this technique as they release catecholamines from their cell body, thus behaving like endocrine secretory cells. The results of the study demonstrate that depolarisation of nerve growth factor -differentiated PC12 cells releases factors which activate nearby randomly distributed HEL erythroleukemia cells. Thus, during the release process, the ligands reach concentrations high enough to activate receptors even in cells some distance from the release site. This suggests that communication between randomly dispersed cells is possible even if the actual quantities of transmitter released are extremely small. The development of a novel method to analyse GPCR-dependent Ca2+ signalling in living slices of mouse caput epididymis is an additional tool for screening for drug targets. By this technique it was possible to analyse functional GPCRs in the epithelial cells of the ductus epididymis. The results revealed that, both P2X- and P2Y-type purinergic receptors are responsible for the rapid and transient Ca2+ signal detected in the epithelial cells of caput epididymides. Immunohistochemical and reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RTPCR) analyses showed the expression of at least P2X1, P2X2, P2X4 and P2X7, and P2Y1 and P2Y2 receptors in the epididymis. Searching for epididymis-specific promoters for transgene delivery into the epididymis is of key importance for the development of specific models for drug development. We used EGFP as the reporter gene to identify proper promoters to deliver transgenes into the epithelial cells of the mouse epididymis in vivo. Our results revealed that the 5.0 kb murine Glutathione peroxidase 5 (GPX5) promoter can be used to target transgene expression into the epididymis while the 3.8 kb Cysteine-rich secretory protein-1 (CRISP-1) promoter can be used to target transgene expression into the testis. Although the visualisation of EGFP in living cells in culture usually poses few problems, the detection of EGFP in tissue sections can be more difficult because soluble EGFP molecules can be lost if the cell membrane is damaged by freezing, sectioning, or permeabilisation. Furthermore, the fluorescence of EGFP is dependent on its conformation. Therefore, fixation protocols that immobilise EGFP may also destroy its usefulness as a fluorescent reporter. We therefore developed a novel tissue preparation and preservation techniques for EGFP. In addition, fluorescence spectrophotometry with epididymal epithelial cells in suspension revealed the expression of functional purinergic, adrenergic, cholinergic and bradykinin receptors in these cell lines (mE-Cap27 and mE-Cap28). In conclusion, we developed new tools for studying the role of the epididymis in sperm maturation. We developed a new technique to analyse GPCR dependent Ca2+ signalling in living slices of mouse caput epididymis. In addition, we improved the method of detecting reporter gene expression. Furthermore, we characterised two epididymis-specific gene promoters, analysed the expression of GPCRs in epididymal epithelial cells and developed a novel technique for measurement of secretion from cells.

Molecular genetics of the immotile short tail sperm defect

Hedelmättömyyttä aiheuttavan siittiöiden puolihäntävian molekyyligenetiikka Suomalaisissa Yorkshire karjuissa yleistyi 1990-luvun lopulla autosomaalisesti ja resessiivisesti periytyvä hedelmättömyyttä aiheuttava siittiöiden puolihäntävika (ISTS, immotile short tail sperm). Sairaus aiheuttaa normaalia lyhyemmän ja täysin liikkumattoman siittiön hännän muodostuksen. Muita oireita sairailla karjuilla ei ole havaittu ja emakot ovat oireettomia. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli kartoittaa siittiöiden puolihäntävian aiheuttava geenivirhe ja kehittää DNA-testi markkeri- ja geeniavusteiseen valintaan. Koko genomin kartoituksessa vian aiheuttava alue paikannettiin sian kromosomiin 16. Paikannuksen perusteella kahden geenimerkin haplotyyppi kehitettiin käytettäväksi markkeri-avusteisessa valinnassa. Sairauteen kytkeytyneen alueen hienokartoitusta jatkettiin geenitestin kehittämiseksi kantajadiagnostiikkaan. Vertailevalla kartoituksella oireeseen kytkeytynyt alue paikannettiin 2 cM:n alueelle ihmisen kromosomiin viisi (5p13.2). Tällä alueella sijaitsevia geenejä vastaavista sian sekvensseistä löydetyn muuntelun perusteella voitiin tarkentaa sairauteen kytkeytyneitä haplotyyppejä. Haplotyyppien perusteella puolihäntäoireeseen kytkeytynyt alue rajattiin kahdeksan geenin alueelle ihmisen geenikartalla. Alueelle paikannetun kandidaattigeenin (KPL2) sekvensointi paljasti introniin liittyneen liikkuvan DNA-sekvenssin, Line-1 retroposonin. Tämä retroposoni muuttaa geenin silmikointia siten, että sitä edeltävä eksoni jätetään pois tai myös osa introni- ja inserttisekvenssiä liitetään geenin mRNA tuotteeseen. Molemmissa tapauksissa tuloksena on lyhentynyt KPL2 proteiini. Tähän retroposoni-inserttiin perustuva geenitesti on ollut sianjalostajien käytössä vuodesta 2006. KPL2 geenin ilmenemisen tarkastelu sialla ja hiirellä paljasti useita kudosspesifisiä silmikointimuotoja. KPL2 geenin pitkä muoto ilmenee pääasiassa vain kiveksessä, mikä selittää geenivirheen aiheuttamat erityisesti siittiön kehitykseen liittyvät oireet. KPL2 proteiinin ilmeneminen hiiren siittiön hännän kehityksen aikana ja mahdollinen yhteistoiminta IFT20 proteiinin kanssa viittaavat tehtävään proteiinien kuljetuksessa siittiön häntään. Mahdollisen kuljetustehtävän lisäksi KPL2 saattaa toimia myös siittiön hännän rakenneosana, koska se paikannettiin valmiin siittiön hännän keskiosaan. Lisäksi KPL2 proteiini saattaa myös toimia Golgin laitteessa sekä Sertolin solujen ja spermatidien liitoksissa, mutta nämä havainnot kuitenkin vaativat lisätutkimuksia. Tämän tutkimuksen tulokset osoittavat, että KPL2 geeni on tärkeä siittiön hännän kehitykselle ja sen rakennemuutos aiheuttaa siittiöiden puolihäntäoireen suomalaisilla Yorkshire karjuilla. KPL2 proteiinin ilmeneminen ja paikannus siittiön kehityksen aikana antaa viitteitä proteiinin toiminnasta. Koska KPL2 geenisekvenssi on erittäin konservoitunut, nämä tulokset tuovat uutta tietoa kaikkien nisäkkäiden siittiöiden kehitykseen ja urosten hedelmättömyyteen syihin.

Costs and Benefits of a Shared Digital Long-Term Preservation System

Paper presented at the 40th Annual Conference of LIBER (Ligue des Bibliothèques Européennes de Recherche - Association of European Research Libraries) on July 1st, 2011; with the slides used at the presentation.

Costs and Benefits of a Shared Digital Long-Term Preservation System

This paper describes the cost-benefit analysis of digital long-term preservation (LTP) that was carried out in the context of the Finnish National Digital Library Project (NDL) in 2010. The analysis was based on the assumption that as many as 200 archives, libraries, and museums will share an LTP system. The term ‘system’ shall be understood as encompassing not only information technology, but also human resources, organizational structures, policies and funding mechanisms. The cost analysis shows that an LTP system will incur, over the first 12 years, cumulative costs of €42 million, i.e. an average of €3.5 million per annum. Human resources and investments in information technology are the major cost factors. After the initial stages, the analysis predicts annual costs of circa €4 million. The analysis compared scenarios with and without a shared LTP system. The results indicate that a shared system will have remarkable benefits. At the development and implementation stages, a shared system shows an advantage of €30 million against the alternative scenario consisting of five independent LTP solutions. During the later stages, the advantage is estimated at €10 million per annum. The cumulative cost benefit over the first 12 years would amount to circa €100 million.

Practical Experiences with Ingesting Materials for Long-Term Preservation

The National Library of Finland is responsible for the collection, preservation and accessibility of Finland’s published national heritage, and for its other unique collections. This presentation will give a general overview of the several processes employed in the digitization and handling of electronic legal deposit. METS format has been chosen as the container format for digitized materials, and considerable amount of effort has been put into creating adequate METS profiles. As METS will be heavily relied as a container format, the practicalities are discussed in some depth. Regarding electronic legal deposit, the National Library has concentrated on large-scale web harvesting. Depositing of e-books is being tested with publishers. The future plans concerning digital preservation will be presented, especially the National Digital Library initiative.

Usable Privacy Preservation in Mobile Electronic Personality

Personalised ubiquitous services have rapidly proliferated due technological advancements in sensing, ubiquitous and mobile computing. Evolving societal trends, business and the economic potential of Personal Information (PI) have overlapped the service niches. At the same time, the societal thirst for more personalised services has increased and are met by soliciting deeper and more privacy invasive PI from customers. Consequentially, reinforcing traditional privacy challenges and unearthed new risks that render classical safeguards ine ective. The absence of solutions to criticise personalised ubiquitous services from privacy perspectives, aggravates the situation. This thesis presents a solution permitting users' PI, stored in their mobile terminals to be disclosed to services in privacy preserving manner for personalisation needs. The approach termed, Mobile Electronic Personality Version 2 (ME2.0), is compared to alternative mechanisms. Within ME2.0, PI handling vulnerabilities of ubiquitous services are identi ed and sensitised on their practices and privacy implications. Vulnerability where PI may leak through covert solicits, excessive acquisitions and legitimate data re-purposing to erode users privacy are also considered. In this thesis, the design, components, internal structures, architectures, scenarios and evaluations of ME2.0 are detailed. The design addresses implications and challenges leveraged by mobile terminals. ME2.0 components and internal structures discusses the functions related to how PI pieces are stored and handled by terminals and services. The architecture focusses on di erent components and their exchanges with services. Scenarios where ME2.0 is used are presented from di erent environment views, before evaluating for performance, privacy and usability.

Comprehensive digital preservation repositories: gaps, and what do we mean by “repository” anyway?

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Open Preservation: Community Approaches to Ensuring Long-Term Access to Digital Collections

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Audio and Video Repositories at Scale: Indiana University’s Media Digitization and Preservation Initiative

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Ingest into the Digital Preservation Network: Standard Pipelines

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Recommendations for Preservation Data Policies

Poster at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014