Dietary preferences of weaned piglets offered diets containing organic acids

Selostus: Orgaanisten happojen vaikutus porsasrehun maittavuuteen

Learning Preferences with Kernel-Based Methods

Learning of preference relations has recently received significant attention in machine learning community. It is closely related to the classification and regression analysis and can be reduced to these tasks. However, preference learning involves prediction of ordering of the data points rather than prediction of a single numerical value as in case of regression or a class label as in case of classification. Therefore, studying preference relations within a separate framework facilitates not only better theoretical understanding of the problem, but also motivates development of the efficient algorithms for the task. Preference learning has many applications in domains such as information retrieval, bioinformatics, natural language processing, etc. For example, algorithms that learn to rank are frequently used in search engines for ordering documents retrieved by the query. Preference learning methods have been also applied to collaborative filtering problems for predicting individual customer choices from the vast amount of user generated feedback. In this thesis we propose several algorithms for learning preference relations. These algorithms stem from well founded and robust class of regularized least-squares methods and have many attractive computational properties. In order to improve the performance of our methods, we introduce several non-linear kernel functions. Thus, contribution of this thesis is twofold: kernel functions for structured data that are used to take advantage of various non-vectorial data representations and the preference learning algorithms that are suitable for different tasks, namely efficient learning of preference relations, learning with large amount of training data, and semi-supervised preference learning. Proposed kernel-based algorithms and kernels are applied to the parse ranking task in natural language processing, document ranking in information retrieval, and remote homology detection in bioinformatics domain. Training of kernel-based ranking algorithms can be infeasible when the size of the training set is large. This problem is addressed by proposing a preference learning algorithm whose computation complexity scales linearly with the number of training data points. We also introduce sparse approximation of the algorithm that can be efficiently trained with large amount of data. For situations when small amount of labeled data but a large amount of unlabeled data is available, we propose a co-regularized preference learning algorithm. To conclude, the methods presented in this thesis address not only the problem of the efficient training of the algorithms but also fast regularization parameter selection, multiple output prediction, and cross-validation. Furthermore, proposed algorithms lead to notably better performance in many preference learning tasks considered.

Probabilistic contact preferences in protein-ligand and protein-protein complexes

Modeller för intermolekulär växelvärkan utnyttjas brett inom biologin. Analys av kontakter mellan proteiner och läkemedelsforskning representerar typiska tillämpningsområden för dylika modeller. En modell som beskriver sådana molekylära växelverkningar kan utformas med hjälp av biofysisk teori, vilket tenderar att resultera i ytterst tung beräkningsbörda även för enkla tillämpningar. Ett alternativt sätt att formulera modeller är att utnyttja stora databaser som innehåller strukturmätningar gjorda med hjälp av till exempel röntgendiffraktion. Då man använder sig av empiriska mätdata direkt, möjliggör en statistisk modell att osäkerheten och inexaktheten i datat tas till hänsyn på ett adekvat sätt, samtidigt som beräkningsbördan håller sig på en rimligare nivå jämfört med kvantmekaniska metoder som i princip borde ge de optimala resultaten. I avhandlingen utvecklades en 3D modell för numerisk undersökning av intermolekulär växelverkan baserad på Bayesiansk statistik. Modellens syfte är att åstadkomma prognoser för det hurdana eller vilka molekylstrukturer prefereras i en given kontext, d.v.s. är mer sannolika inom ramen för interaktion. Modellen testades i essentiella molekyläromgivningar - en liten molekyl vid sin bindningsplats hos ett protein och en gränsyta mellan proteinerna i ett komplex. De erhållna numeriska resultaten motsvarar väl experimentella resultat som tidigare rapporterats i litteraturen, exempelvis kvalitativa bindningsaffiniteter och kemisk kännedom av vissa aminosyrors rumsliga förmågor att utgöra bindningar. I avhandlingen gjordes ytterligare preliminära tester av den statistiska ansatsen för modellering av den centrala molekylära strukturella anpassningsbarheten. I praktiken är den utvecklade modellen ämnad som ett led i en mer omfattande analysmetod, så som en s.k. farmakofor modell. Molekyylivuorovaikutusten mallintamista hyödynnetään laajasti biologisten kysymysten tarkastelussa. Tyypillisiä esimerkkejä sovelluskohteista ovat proteiinien väliset kontaktit ja lääkesuunnittelu. Vuorovaikutuksia kuvaavan mallin lähtökohta voi olla molekyyleihin liittyvä teoria, jolloin soveltamiseen liittyvä laskenta saattaa olla erityisen raskasta, tai suuri havaintojoukko joka on saatu aikaan esimerkiksi mittaamalla rakenteita röntgendiffraktio menetelmällä. Tilastollinen malli mahdollistaa havaintoaineistossa olevan epätarkkuuden ja epävarmuuden huomioimisen, samalla pitäen laskennallisen kuorman pienempänä verrattuna periaatteessa parhaan tuloksen antavaan kvanttimekaaniseen mallinnukseen. Väitöstyössä kehitettiin bayesiläiseen tilastotieteeseen perustuva 3D malli molekyylien välisten vuorovaikutusten laskennalliseen tarkasteluun. Mallin tehtävä on tuottaa ennusteita sen suhteen, minkä tai millaisten molekyylirakenteiden väliset kompleksit ovat etusijalla, toisin sanoen todennäköisempiä, vuorovaikutustilanteessa. Työssä kehitetyn menetelmän toimivuutta testattiin käyttötarkoituksen suhteen olennaisissa molekyyliympäristöissä - pieni molekyyli sitoutumiskohdassaan proteiinissa sekä rajapinta kahden proteiinin välilllä proteiinikompleksissa. Saadut laskennalliset tulokset vastasivat hyvin vertailuun käytettyjä kirjallisuudesta saatuja kokeellisia tuloksia, kuten laadullisia sitoutumisaffiniteetteja, sekä kemiallista tietoa esimerkiksi tiettyjen aminohappojen avaruudellisesta sidoksenmuodostuksesta. Väitöstyössä myös alustavasti testattiin tilastollista lähestymistapaa tärkeän molekyylien rakenteellisen mukautuvuuden mallintamiseen. Käytännössä malli on tarkoitettu osaksi jotakin laajempaa analyysimenetelmää, kuten farmakoforimallia.

Separating deviant and non-deviant sexual preferences with a dual-target rapid serial visual presentation task

Forskning visar att avvikande sexuell preferens (ASP) är en av de mest centrala prediktorerna för återfall i sexualbrott. Eftersom det är viktigt att det i juridiskt beslutsfattande och behandling av sexualförbrytare finns valida och standardiserade verktyg att tillgå för bedömning av ASP, har forskningen under de senaste åren fokuserats på uppmärksamhetsbaserade metoder. Syftet med avhandlingen var att förbättra uppmärksamhetsbaserade metoder genom utvecklingen av en s.k. Rapid Serial Visual Presentation (dtRSVP) metod för att identifiera ASP. Innan vi testade sampel med sexualbrottslingar så genomförde vi tre studier för att kalibrera förfarandena. I dessa studier undersökte vi möjligheten att differentiera mellan homosexuella och heterosexuella män och hur enkelt deltagarna kunde fuska. Dessutom skapade vi en ny uppsättning standardiserade stimuli för bedömningen av pedofilt sexuellt intresse (Virtual People Set, VPS). I skapandet av stimuli togs de etiska och juridiska problemen i beaktande så långt som möjligt. När vi använde dtRSVP som mätningsförfarande för att skilja åt sexuellläggning i ett sampel av homosexuella och heterosexuella män fann vi att sexuellt relevanta stimuli påverkade informationsbehandlingen på ett förutsägbart sätt. Förfarandet hade en god förmåga att skilja sexuella preferenser mellan grupperna och förfarandet var svårt att påverka genom att fuska. När vi använde dtRSVP som mätningsförfarande för att identifiera avvikande sexuell läggning bland dömda sexbrottslingar fann vi att de visade en annorlunda bearbetning av sexuella stimuli jämfört med andra deltagare och att dessa skillnader var i de förväntade riktningarna. Det var däremot svårt att dra några slutsatser angående denna mätmetods förmåga att skilja mellan grupperna pedofiler och icke-pedofiler. Slutligen fann vi att VPS verkar vara ett användbart stimuluspaket för experimentell forskning om pedofilt sexuellt intresse. ---------------------------------------------------- Tutkimuksien mukaan poikkeava seksuaalinen mieltymys (PSM) on yksi seksuaalirikoksen uusimisen keskeisimmistä ennustajista. Oikeudellisessa päätöksenteossa ja seksuaalirikollisten hoidossa on tärkeää, että on käytettävissä kelvollisia ja standardisoituja välineitä PSM:n arvioinnissa. Sen vuoksi on tutkimuksissa viime vuosina keskitytty huomaavaisuuteen perustuviin menetelmiin. Tämän tutkielman tarkoitus oli parantaa huomaavaisuuteen perustuvia menetelmiä kehittämällä nk. Rapid Serial Visual Presentation (dtRSVP) menetelmän. Kalibroidakseen menettelytapoja suoritettiin kolme tutkimusta ennen kuin tutkittiin koeryhmää, johon kuuluvat seksuaalirikollisia. Näissä tutkimuksissa tutkittiin mahdollisuutta erotella homoseksuaalisia ja heteroseksuaalisia miehiä ja tutkittiin missä määrin osallistujien oli helppo huiputtaa. Sen lisäksi, pedofiilisen seksuaalisen mieltymyksen arviointia varten kehitettiin uutta sarjaa standardisoituja virikkeitä (Virtual People Set, VPS). Kehitettäessä virikkeitä otettiin mahdollisimman pitkälti huomioon eettisiä ja oikeudellisia ongelmia. Käytettäessä dtRSVP mittausmenetelmää erotellakseen homo- ja heteroseksuaalista suuntautumista havaitsimme, että seksuaaliset virikkeet vaikuttivat tietojenkäsittelyyn ennustettavalla tavalla. Menettelytavan avulla pystyttiin erotella koeryhmässä olevia seksuaalisia mieltymyksiä ja menettelytapaan oli vaikeaa vaikuttaa huijaamalla. Käytettäessä dtRSVP mittausmenetelmää tunnistaakseen poikkeavaa seksuaalista mieltymystä tuomittujen seksuaalirikollisten keskenään havaitsimme, että he osoittivat erilaista käsittelyä seksuaalisista virikkeistä toisiin osallistujiin verrattuna ja tulokset olivat ennustettavia. Silti oli vaikeaa tehdä johtopäätöksiä mittausmenetelmän kyvystä erotella ryhmiä pedofiilisiä ja ei-pedofiilisiä miehiä. Lopuksi havaitsimme, että VPS näyttää olevan käyttökelpoinen stimulussarja pedofiilisen seksuaalisen mieltymyksen kokeellisissa tutkimuksissa.

Rohkeutta henkilöiden käsittelyyn : katsojatutkimus 45 minuuttia -ajankohtaisohjelman henkilökuvajutuista

The present thesis deals with the reception of the celebrity profiles of the MTV3 news current affairs program "45 minuuttia". The target group of the research consists of young adults between the ages from 25 to 34 living in the Helsinki metropolitan area. The research is qualitative and it studies the target group's opinions of the program profiles by the means of a survey and a group interview. In the group interview, the interviewees were also presented sample clips of the program. The results of the survey were analyzed mainly quantitatively. The purpose of the survey results was to map the viewing habits of the target group. In analyzing the results of the group, the interview methods of feedback research and cultural audience research were used. The current thesis was a commissioned research, the purpose of which was to study how interested the young adults are in the program. In addition, the aim was also to find out possible new trends and approaches for the producer of the program. In contrary to the expectations, the reason for the low interest in the profiles seemed to be due to the approach taken to the topics, e.g. the profiled person. By the approach I mean how the person is visually presented or how the person is verbally described. Many people presented in the profiles were regarded as interesting, but at the same time, the way the stories were told was hoped to be more versatile. In addition, a more contemporary visual approach was hoped for. The results also verified the claim that the young adults in general are not interested in the current affair programmes. In addition, these results suggested that in order to obtain more precise information of the viewing preferences of the audience, a more thorough study should be conducted.