Quantitative proteomics in the characterization of T helper lymphocyte differentiation

The term proteome is used to define the complete set of proteins expressed in cells or tissues of an organism at a certain timepoint. Respectively, proteomics is used to describe the methods, which are used to study such proteomes. These methods include chromatographic and electrophoretic techniques for protein or peptide fractionation, mass spectrometry for their identification, and use of computational methods to assist the complicated data analysis. A primary aim in this Ph.D. thesis was to set-up, optimize, and develop proteomics methods for analysing proteins extracted from T-helper (Th) lymphocytes. First, high-throughput LC-MS/MS and ICAT labeling methods were set-up and optimized for analysing the microsomal fraction proteins extracted from Th lymphocytes. Later, iTRAQ method was optimized to study cytokine regulated protein expression in the nuclei of Th lymphocytes. High-throughput LC-MS/MS analyses, like ICAT and iTRAQ, produce large quantities of data and robust software and data analysis pipelines are needed. Therefore, different software programs used for analysing such data were evaluated. Moreover, a pre-filtering algorithm was developed to classify good-quality and bad-quality spectra prior to the database searches. Th-lymphocytes can differentiate into Th1 or Th2 cells based on surrounding antigens, co-stimulatory molecules, and cytokines. Both subsets have individual cytokine secretion profiles and specific functions. Th1 cells participate in the cellular immunity against intracellular pathogens, while Th2 cells have important role in the humoral immunity against extracellular parasites. An abnormal response of Th1 and Th2 cells and imbalance between the subsets are charasteristic of several diseases. Th1 specific reactions and cytokines have been detected in autoimmune diseases, while Th2 specific response and cytokine profile is common in allergy and asthma. In this Ph. D. thesis mass spectrometry-based proteomics was used to study the effects of Th1 and Th2 promoting cytokines IL-12 and IL-4 on the proteome of Th lymphocytes. Characterization of microsomal fraction proteome extracted from IL-12 treated lymphobasts and IL-4 stimulated cord blood CD4+ cells resulted in finding of cytokine regulated proteins. Galectin-1 and CD7 were down-regulated in IL-12 treated cells, while IL-4 stimulation decreased the expression of STAT1, MXA, GIMAP1, and GIMAP4. Interestingly, the transcription of both GIMAP genes was up-regulated in Th1 polarized cells and down-regulated in Th2 promoting conditions.

Quantitative elemental analysis of dry-ashed bark and wood samples of birch, spruce and pine from south-western Finland using PIXE

A total of over 200 different samples of bark and wood of Silver birch, Norway spruce and Scots pine were analysed. Samples were taken from several areas in western Finland, some with known sources of atmospheric heavy metal emission (Harjavalta, Ykspihlaja). Also analytical data for pine needles from some sites are reported. The chemical analyses were performed by thick-target particle-induced X-ray emission (PIXE) spectrometry after preconcentration by dry ashing of samples at 550oC. The following elements were quantified in most of the samples: P, S, K, Ca, Mn, Fe, Ni, Cu, Zn, Rb, Sr, Cd, Ba and Pb. The ash percentage and the chemical composition of ashes of different wood materials were also obtained, as dry ashing was used in the analytical procedure. The variations in elemental concentrations in wood and bark of an individual tree, expressed as RSDs, were mostly in the range 10 – 20 %. For several trees of the same species sampled from small areas (< 1 ha), the variations in elemental concentrations were surprisingly high (RSDs 20 – 50 %). In the vicinity of metal plants, effects of strong atmospheric heavy metal pollution (pollution factor above 100) were observed in pine bark. The increase of heavy metal content in wood samples from the same sites was quite small. Elemental concentrations in ashes of bark and wood, from areas with no local source of atmospheric pollution, were relatively uniform. Based on this observation an alternative way of demonstrating atmospheric pollution of tree bark is discussed.

Quantitative market and sales forecast accuracy analysis

The main objective of this master’s thesis was to quantitatively study the reliability of market and sales forecasts of a certain company by measuring bias, precision and accuracy of these forecasts by comparing forecasts against actual values. Secondly, the differences of bias, precision and accuracy between markets were explained by various macroeconomic variables and market characteristics. Accuracy and precision of the forecasts seems to vary significantly depending on the market that is being forecasted, the variable that is being forecasted, the estimation period, the length of the estimated period, the forecast horizon and the granularity of the data. High inflation, low income level and high year-on-year market volatility seems to be related with higher annual market forecast uncertainty and high year-on-year sales volatility with higher sales forecast uncertainty. When quarterly market size is forecasted, correlation between macroeconomic variables and forecast errors reduces. Uncertainty of the sales forecasts cannot be explained with macroeconomic variables. Longer forecasts are more uncertain, shorter estimated period leads to higher uncertainty, and usually more recent market forecasts are less uncertain. Sales forecasts seem to be more uncertain than market forecasts, because they incorporate both market size and market share risks. When lead time is more than one year, forecast risk seems to grow as a function of root forecast horizon. When lead time is less than year, sequential error terms are typically correlated, and therefore forecast errors are trending or mean-reverting. The bias of forecasts seems to change in cycles, and therefore the future forecasts cannot be systematically adjusted with it. The MASE cannot be used to measure whether the forecast can anticipate year-on-year volatility. Instead, we constructed a new relative accuracy measure to cope with this particular situation.

Delivery Reliability: Timely and Quantitative Accuracy in a Forest Industry Company

The primary objective of this thesis was to research delivery reliability of mill business unit of a forest industry company, especially timely and quantitative accuracy of sales orders. Delivery reliability is an important factor of customer satisfaction, which has a great influence for success of a company. The secondary objective was to find out reasons for possible problems of delivery reliability and give propositions for improvable performances. The empirical part of the thesis based on reporting database of the forest industry company’s ERP-software and detailed information of the mill system. The delivery reliability results of the mill business unit were compared to delivery reliability of similar mill business unit inside the forest industry company. The research results expressed problems in the supply chain. The delivery reliability reporting should be also developed further. This would advance delivery reliability monitoring. The improvement propositions of the thesis were logistic operation mode estimation, particular benchmarking of the compared mill business unit and more detailed survey on production delivery reliability.

Cultural and textual properties in the translation and interpretation of allusions. An analysis of allusions in Dorothy L. Sayers’ detective novels translated into Finnish in the 1940s and the 1980s

Kulttuuriset ja tekstuaaliset tekijät alluusioiden kääntämisessä ja tulkinnassa. Alluusiot Dorothy L. Sayersin 1940- ja 1980-luvuilla suomennetuissa salapoliisiromaaneissa Väitöskirja käsittelee alluusioiden kääntämistä ja tulkintaa. Alluusio on intertekstuaalinen viittaus, jonka tulkitsemiseen tarvitaan implisiittistä tietoa tutuksi oletetusta viittauskohteesta. Käännösongelma alluusiosta tulee, mikäli kohdekulttuurin lukijat eivät tunne viittauskohdetta eivätkä voi päätellä alluusion merkitystä. Tutkimus pyrkii kuitenkin uuden analyysimenetelmän avulla osoittamaan, että vieraat alluusiot eivät välttämättä johda tulkintaongelmiin. Väitöskirja jakautuu kahteen osaan: analyysimenetelmän kehittämiseen (luvut 1-5) sekä tapaustutkimukseen (luvut 6-7). Kehitetyn menetelmän avulla pystytään analysoimaan aikaisempaa tarkemmin, millaisia tulkintamahdollisuuksia alluusiot tarjoavat eri lukijakunnille ja miten lähdetekstin alluusioiden kulttuuriset ja tekstuaaliset piirteet korreloivat käännösstrategioiden kanssa. Tapaustutkimus selvittää, millaisia tulkintamahdollisuuksia Dorothy L. Sayersin 1940- ja 1980-luvuilla suomennettujen salapoliisiromaanien alluusiot tarjosivat aikansa suomalaisille lukijoille. Tavoitteena on myös hahmottaa, miten suomentajien käännösratkaisut ja alluusioiden tulkintamahdollisuudet liittyvät toisaalta lähdetekstin alluusioiden piirteisiin ja toisaalta kohdekulttuurin kontekstiin. Tapaustutkimus tarjoaa näin uutta tietoa suomennoskirjallisuuden ja salapoliisiromaanien historiasta. Analyysimenetelmä määrittelee aikaisempaa alluusioita ja intertekstuaalisuutta käsitelleen tutkimuksen pohjalta ne kulttuuriset ja tekstuaaliset piirteet, jotka vaikuttavat alluusioiden kääntämiseen ja tulkintaan. Kulttuurisessa mielessä alluusio voi olla tietylle lukijakunnalle tuttu tai tuntematon. Tekstuaalisia tekijöitä ovat alluusion muodon ja tyylin tunnusmerkillisyys sekä alluusion pintamerkityksen koherenttius uudessa tekstikontekstissa, ilman tietoa viittauskohteesta. Alluusioiden tulkinnassa on perinteisesti erotettu toisaalta allusiivinen tulkintamahdollisuus, jossa alluusio on lukijoille tuttu ja yhdistettävissä viittauskohteeseensa, toisaalta kulttuuritöyssy, jonka muodostaa lukijoille tuntematon ja pintamerkitykseltään inkoherentti alluusio. Tutkimuksessa määritellään kulttuuristen ja tekstuaalisten tekijöiden perusteella lisäksi kaksi muuta mahdollisuutta. Pseudo-allusiivisessa tulkinnassa tuntematon alluusio erottuu ympäröivästä tekstikontekstista tyyliltään ja on koherentti ainakin kuvaannollisessa mielessä ilman viittauskohdettaan. Ei-allusiivisessa tulkinnassa taas vieras alluusio sulautuu kontekstiin sekä muodoltaan että merkitykseltään niin, ettei lukija edes huomaa mahdollista alluusiota. Tulkintamahdollisuuksien jakauma antaa yleiskuvan siitä, miten tietty lukijakunta pystyi tulkitsemaan tekstin alluusioita. Lisäksi analyysi tarkastelee lähdetekstin ja käännöksen välillä tulkintamahdollisuuksissa tapahtuneita muutoksia sekä niiden vaikutusta tulkinnan vaatimaan vaivannäköön (effort) ja alluusion funktioihin. Tapaustutkimus perehtyy Sayers-suomennosten kulttuurikonteksteihin tarkastelemalla salapoliisiromaanien asemaa suomalaisessa kirjallisuusjärjestelmässä, suomennoksilta odotettuja piirteitä sekä suomentajien ammattikuvaa, taustoja ja työoloja. Tulosten perusteella alluusioiden kääntäminen oli vaativa tehtävä sekä 1940- että 1980-luvun suomentajille. Lähdetekstien alluusioista 60–70 prosenttia oli todennäköisesti kohdelukijoille vieraita. Molempina aikakausina suomennoksilta odotettiin silti sekä kielellistä sujuvuutta että lähdetekstin merkitysten välittämistä. 1940-luvun suomentajien tehtävää vaikeutti lisäksi mm. se, että suomentaminen oli enimmäkseen sivutoimista ja englanti oli harvoin parhaiten hallittu vieras kieli. Nämä olosuhteet lienevät vaikuttaneet etenkin vähäarvoisena pidetyn salapoliisikirjallisuuden suomennoksiin. 1980-luvulla suomentajien aikataulut olivat realistisempia, englannin taidot parempia ja päätoiminen suomentaminen mahdollista. Myös salapoliisiromaanien arvostus oli lisääntynyt. Sekä 1940- että 1980-luvun suomennoksissa kohdelukijoille vieraitakin alluusioita oli usein säilytetty, mikäli ne olivat koherentteja ilman viittauskohdettaan. Sen sijaan vieraita ja pintamerkitykseltään epäselviä alluusioita oli muokattu tai poistettu. Kuitenkin 1980-luvun suomentajat säilyttivät lähdetekstin alluusioita useammin ja tarkemmin kuin 1940-luvun suomentajat. Varsinkin poisjättämistä esiintyi 1940-luvun suomennoksissa enemmän. Alluusioiden tulkintamahdollisuudet olivat kaikissa käännöksissä muuttuneet sikäli, että melko harvat suomennetut alluusiot olivat enää kohdelukijoiden tunnistettavissa. Toisaalta myös kulttuuritöyssyt olivat harvinaisia. Erot 1940- ja 1980-luvun suomennosten välillä näkyivätkin pseudo-allusiivisissa ja ei-allusiivisissa tulkintamahdollisuuksissa. 1980-luvun suomennoksissa vieraat alluusiot oli johdonmukaisesti säilytetty niin, että käännetyt alluusiot voitiin tulkita pseudo-alluusioiksi. Sen sijaan 1940-luvun suomennoksissa vieraita alluusioita oli usein muokattu tai jätetty pois tavalla, joka johti ei-allusiiviseen tulkintaan. Kohdelukijoiden kannalta 1980-luvun suomennettujen alluusioiden tulkitseminen lienee vaatinut jonkin verran enemmän vaivaa. Toisaalta pseudo-allusiivisten käännösten pohjalta oli useimmiten mahdollista rakentaa koherentti tulkinta, ja monesti ne jopa välittivät samankaltaisia funktioita kuin lähdetekstin alluusiot. 1940-luvun suomennosten muokkaukset ja poistot periaatteessa helpottivat tulkintaa, mutta mahdollisia kulttuuritöyssyjä esiintyi edelleen, jopa kääntäjän tekemien muutosten seurauksena. 1940-luvun suomennoksissa myös käännettyjen alluusioiden funktiot olivat muuttuneet enemmän lähdetekstin alluusioihin nähden. Kaiken kaikkiaan 1980-luvun suomennokset olivat lähempänä oman aikansa hyvän käännöksen piirteitä. Toisaalta alluusioiden muokkaaminen sai 1940-luvun suomennokset muistuttamaan enemmän perinteistä arvoituksen ratkaisuun keskittyvää salapoliisiromaania, joten tältä osin ne lienevät vastanneet kohdelukijoiden odotuksia. Kulttuurikontekstin vaikutus siis näkyi sekä käännösstrategioissa että käännettyjen alluusioiden tulkintamahdollisuuksissa. Tutkimustuloksissa korostui kuitenkin myös se, että lähdetekstin alluusion pintamerkitys saattaa vaikuttaa käännösratkaisuihin. Lisäksi käännetyt pseudo-alluusiot saattavat välittää samankaltaisia funktioita kuin lähdetekstin alluusiot. Toisin kuin yleensä on esitetty, kohdelukijoille vieraiden alluusioiden säilyttäminen saattaakin siis olla toimiva ratkaisu.

Quantitative Sustainability Disclosure –An international comparison and its impact on investor valuation

This research focuses on the link between quantitative sustainability disclosure and information asymmetry. It builds upon previous research which links information asymmetry with voluntary disclosure. Stakeholders from the financial services sector claim that sustainability disclosure needs to be more numerical and comparable between companies. This research covers 111 firms from Denmark, Finland, the Netherlands and Sweden from non-service industries and studies how quantitative their sustainability disclosure is, and whether or not there is a negative relation with information asymmetry. The results support the hypotheses, where two out of three information asymmetry proxies have a significant negative relation with quantitative disclosure. Size is supported as a moderating factor. Quantitativity also proves to have a significant link with third party sustainability ratings. The direct link between quantitativity and cost of capital is not however supported.

A quantitative view on fuzzy numbers

Since its introduction, fuzzy set theory has become a useful tool in the mathematical modelling of problems in Operations Research and many other fields. The number of applications is growing continuously. In this thesis we investigate a special type of fuzzy set, namely fuzzy numbers. Fuzzy numbers (which will be considered in the thesis as possibility distributions) have been widely used in quantitative analysis in recent decades. In this work two measures of interactivity are defined for fuzzy numbers, the possibilistic correlation and correlation ratio. We focus on both the theoretical and practical applications of these new indices. The approach is based on the level-sets of the fuzzy numbers and on the concept of the joint distribution of marginal possibility distributions. The measures possess similar properties to the corresponding probabilistic correlation and correlation ratio. The connections to real life decision making problems are emphasized focusing on the financial applications. We extend the definitions of possibilistic mean value, variance, covariance and correlation to quasi fuzzy numbers and prove necessary and sufficient conditions for the finiteness of possibilistic mean value and variance. The connection between the concepts of probabilistic and possibilistic correlation is investigated using an exponential distribution. The use of fuzzy numbers in practical applications is demonstrated by the Fuzzy Pay-Off method. This model for real option valuation is based on findings from earlier real option valuation models. We illustrate the use of number of different types of fuzzy numbers and mean value concepts with the method and provide a real life application.