6 resultados para |Nested-PCR
em Doria (National Library of Finland DSpace Services) - National Library of Finland, Finland
Resumo:
Ihmisen papilloomaviruksen taudinkuva suomalaisperheiden seurantatutkimuksen mieskohortissa Tieto ihmisen papilloomaviruksen (HPV) yhteydest eri anatomisten alueiden sairauksien syntyyn on lisnnyt mielenkiintoa miehen papilloomavirustulehduksen taudinkulun selvittmiseksi. Tm vitskirjaty on osa suomalaista seurantatutkimusta, jossa tutkitaan HPVinfektioiden tartuntareittej 329 perheess. Vitstyss keskitytn tutkimukseen osallistuneiden 131 miehen aineistoon. Suun limakalvonytteet otettiin seitsemss aikapisteess. Lisksi otettiin sukuelinalueen nytteet kahdella seurantakynnill. Riskitekijit kartoittava kyselytutkimus teetettiin tutkimuksen alkutilanteessa sek viimeisell seurantakynnill. Oireettomat HPV infektiot olivat alkutilanteessa yleisi molemmilla sukupuolilla (miesten suu 18,3 % ja sukuelinalue 35,9 %, naisten suu 17,2 % ja kohdunsuu 18,8 %), mutta HPV:n genotyyppien vastaavuus partnerien vlill oli vhinen. Naisen, mutta ei miehen, seksuaalinen riskikyttytyminen oli yhteydess pariskunnan HPV tyyppien vastaavuuteen. Partnerin ja siviilisdyn vaihtaminen lissivt miehen riski saada uusia HPV infektioita. Miehen suun limakalvonytteist lytyi kaikkiaan 17 eri HPV tyyppi. Suun HPV-tulehduksen esiintyvyys vaihteli eri aikapisteiss 15 %:sta 31 %:iin. Uusien HPV tulehdusten ilmaantumisaika vaihteli 3,9 ja 25,7 kuukauden vlill. Suun HPV infektio parani valtaosalla miehist. Suun krooninen HPV-infektio todettiin 14 %:lla miehist. Niden infektioiden keskimrinen kesto vaihteli 6.0:sta 30.7:n kuukauteen. Tupakointi lissi korkean riskin HPV tyyppien aiheuttamien suun kroonisten infektioiden riski, kun taas aikaisemmin sairastetut sukuelinten kondyloomat suojasivat silt. Tuloksemme osoittavat, ett miehen oireeton HPV tulehdus on yleinen suussa ja sukuelinten alueella. Vakaa parisuhde suojaa uusilta HPV tulehduksilta. Tupakoinnilla on keskeinen merkitys suun HPV-infektion kroonistumisessa.
Resumo:
Keskushermosto- ja neonataali-infektiot ovat herpes simplex -virusten aiheuttamista taudeista vakavimpia. Niihin on olemassa lkitys, joka on tehokkain, kun se aloitetaan aivan sairauden alkuvaiheessa. Niden infektioiden diagnostiikassa PCR-menetelm on herkin. Tm menetelm on kuitenkin tyls ja aikaa viev, joten uudet nopeammat menetelmt ovat tervetulleita. Opinnytety tehtiin HUSLABin virologian osastolle. Tyss testattiin QIAGENIN artusHSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkausta, joka on tehty kytettvksi Roche diagnosticsin reaaliaikaisella PCR-laitteella LightCyclerill. Lisksi tyss testattiin automaattista bioMerieuxin NucliSens easyMAG- nukleiinihappoeristyslaitetta. Referenssin kytettiin HUSLABin virologian osastolla testaushetkell kytss olevia menetelmi. Reaaliaikaisen PCR-menetelmn herkkyytt testattiin positiivisilla HSV-1 ja HSV-2 kontrollilaimennussarjoilla. Menetelmn oikeellisuutta testattiin mrittmll laaduntarkkailu- ja potilasnytteit, jotka olivat likvoria. Tuloksia verrattiin QCMD:n antamiin ja perinteisell in house- PCR-menetelmll saatuihin referenssituloksiin. Spesifisyytt testattiin muiden ihmisten herpesvirusten positiivisilla kontrolleilla. Automaattisen nukleiinihappoeristysmenetelmn toimivuutta testattiin HSV-positiivisilla ja -negatiivisilla likvornytteill, jotka oli aikaisemmin eristetty fenoli-kloroformiuutolla. Tulokset QIAGENIN artusHSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkauksesta olivat hyvi. Kont-rollilaimennussarjan mrityksess reaaliaikainen PCR-menetelm osoittautui perinteist in house- PCR-menetelm herkemmksi. Potilasnytteiden mrityksess tulokset olivat yhtenevt. EasyMAG- nukleiinihappoeristysmenetelmll eristettyjen potilasnytteiden mrityksist saadut tulokset olivat mys hyvi. Kun tuloksia verrattiin fenoli-kloroformiuutolla saatuihin tuloksiin, olivat tulokset yht nytett lukuun ottamatta yhtenevt. Molemmat testattavat menetelmt ovat nopeita ja virhelhteiden mahdollisuus on vhisempi kuin perinteisess in house-PCR menetelmss ja fenoli-kloroformiuutolla nukleiinihappoa eristettess. Tutkimusten tulokset osoittivat molempien menetelmien soveltuvan hyvin HSV:n eristykseen ja mritykseen likvornytteist.
Resumo:
Summary: Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) and its detection with a PCR method
Resumo:
Kvantitatiivinen reaaliaikainen polymeraasiketjureaktio (engl. polymerase chain reaction, PCR) on osoittautunut kyttjystvllisimmksi menetelmksi nukleiinihapposekvenssien kvantitoimisessa. Tt menetelm voidaan herkist pienempien DNA-pitoisuuksien havaitsemiseen kyttmll hyvksi aikaerotteista fluorometriaa (engl. time-resolved fluorometry, TRF) ja luminoivia lantanidileimoja, joiden fluoresenssin pitkn elinin ansiosta emission mittaus voidaan suorittaa vasta hetki virittvn valopulssin jlkeen, jolloin lyhytikinen taustasteily ehtii sammua. Tuloksena saadaan korkea signaali-taustasuhde. Tmn diplomityn tarkoituksena oli rakentaa TRF:n pystyv reaaliaikainen PCR-laite, sill tllaista laitetta ei ole markkinoilla tarjolla. Laite rakennettiin kehittmll lmpkierrtin ja yhdistmll se valmiiseen TRF:n kykenevn mittaphn. Mittapn ja lmpkierrttimen hallitsemiseksi kehitettiin mys tietokoneohjelma. Valon tuottamiseksi ja mittaamiseksi haluttiin kytt edullisia komponentteja, joten tyss kytettiin valmiin mittapn optiikkaa, jossa viritys tapahtuu hohtodiodilla (engl. light-emitting diode, LED) ja lantanidileiman emission mittaus fotodiodilla (engl. photodiode, PD) tai valomonistinputkella (engl. photomultiplier tube, PMT). Mys mittapn suorituskyky tutkittiin. Tyt varten kehitettiin lmpkierrtin, joka koostui Peltier-elementill lmmitettvst PCR-putkitelineest ja lmpkannesta. Mittalaitteen suorituskyvyn tutkimiseen kytettiin kelaattikomplementaatioon perustuvaa PCR-tuotteen havaitsemismenetelm. Kelaattikomplementaatio perustuu kahteen erilliseen oligonukleotidimolekyyliin, joista toiseen on sidottu lantanidi-ioni ja toiseen valoa absorboiva ligandirakenne, jotka yhdess muodostavat fluoresoivan kokonaisuuden. Kehitetyn lmpkierrttimen todettiin olevan tarpeeksi tarkka sek tehokas ja sen lmmitys- ja jhdytysnopeuden maksimeiksi saatiin 2,6 C/sekunti. Detektorina kytetyn PD:n ei todettu olevan tarpeeksi herkk emission havainnoimiseksi ja se korvattiin laitteessa PMT:ll. Kytetyll PCR-mrityksell kynnyssykleiksi (engl. threshold cycle, Ct) sek kehitetylle ett referenssilaitteelle saatiin 28,4 kyttmll samaa 100 000 kopion DNA:n aloitusmr. Tyss osoitettiin, ett on mahdollista kehitt edullisia komponentteja kyttv, TRF:n pystyv, reaaliaikainen PCR-laite, joka kykenee vastaavaan Ct-arvoon kuin vertailulaite. PD:n herkkyys ei kuitenkaan riittnyt. Tulokset olivat lupaavia, sill LED- ja PD-teknologiat kehittyvt ja markkinoille on tullut mys muita komponentteja, joiden avulla on tulevaisuudessa mahdollista kehitt viel herkempi laite.
