Study of ligand-based virtual screening tools in computer-aided drug design

Virtual screening is a central technique in drug discovery today. Millions of molecules can be tested in silico with the aim to only select the most promising and test them experimentally. The topic of this thesis is ligand-based virtual screening tools which take existing active molecules as starting point for finding new drug candidates. One goal of this thesis was to build a model that gives the probability that two molecules are biologically similar as function of one or more chemical similarity scores. Another important goal was to evaluate how well different ligand-based virtual screening tools are able to distinguish active molecules from inactives. One more criterion set for the virtual screening tools was their applicability in scaffold-hopping, i.e. finding new active chemotypes. In the first part of the work, a link was defined between the abstract chemical similarity score given by a screening tool and the probability that the two molecules are biologically similar. These results help to decide objectively which virtual screening hits to test experimentally. The work also resulted in a new type of data fusion method when using two or more tools. In the second part, five ligand-based virtual screening tools were evaluated and their performance was found to be generally poor. Three reasons for this were proposed: false negatives in the benchmark sets, active molecules that do not share the binding mode, and activity cliffs. In the third part of the study, a novel visualization and quantification method is presented for evaluation of the scaffold-hopping ability of virtual screening tools.

The relationship between a virtual leader’s communication practices and a virtual team’s performance

A lot of research has been carried out into virtual teams and virtual leadership, yet there is hardly any research available on the communication behaviour of virtual leaders within a real business context. This research assessed the communication practices of virtual leaders and analysed the relationship between these practices and the performance of virtual teams. The objective of this research was to examine the distinctions of virtual teams, to study the leader’s role in a virtual team and its performance, and to examine the leader’s communication practices within virtual teams. The research involves a case study in which interviews have been carried out within an international technology company headquartered in Finland. Qualitative research methods were applied in the research. Based on the results of the study it can be said that there is a strong relationship between a virtual leader’s communication practices and a virtual team member’s job satisfaction. Through their communication practices, activities and message contents, leaders can affect the job satisfaction of virtual team members. In virtual leadership the focus is not in virtual but in leadership. It does not matter if the context is virtual or face-to-face; similar communication practices are good in both cases. As the global economic crisis strongly affected the sales results of the between a leader’s communication practices and a virtual team’s objective performance cannot be made.

Rasitusten älykäs seuranta

Tässä diplomityössä käsitellään monikappalesysteeminä mallinnetun toimilaitteen tai mekaanisen systeemin kappaleissa vaikuttavien rasitusten, siirtymien ja jännitysten laskentamenetelmiä. Työhön sisällytettyjen menetelmien valinta on toteutettu 2000-luvulla virtuaalisuunnittelua käsittelevissä tiedelehdissä julkaistujen artikkelien pohjalta. Työn tarkoituksena on muodostaa kirjallisuuskatsaus uusien laskentamenetelmien ominaisuuksista ja metodiikasta, mitä voidaan tarvittaessa soveltaa virtuaalisuunnittelun tarpeisiin. Kaksi esiteltävistä menetelmistä on optimointimenetelmiä (RBDO ja ESL). Muissa menetelmissä käsitellään muun muassa venymien rekonstruointia ja hankauskitkasta komponentteihin kohdistuvia jännityksiä. Moving frame-menetelmässä sovelletaan kelluvan koordinaatiston periaatetta, yksi menetelmistä perustuu selkeästi osarakennetekniikkaan ja yhdessä kappaleiden joustokäyttäytymistä mallinnetaan muotofunktioiden avulla. Lisäksi on kolme soveltavaa esimerkkiä rasitusten seurannasta teollisuuskoneissa. Laskentamenetelmät ovat luonteeltaan ja sovelluskelpoisuudeltaan erilaisia. Optimointimenetelmät ovat parhaimmillaan rakenteiden jatkokehitystyössä, siinä missä muut menetelmät soveltuvat joko olemassa olevien rakenteiden mallintamiseen tai kokonaan uusien systeemien suunnittelutyökaluiksi. Tätä eroavuutta voidaan pitää hyvänä asiana, jotta voidaan valita parhaiten omiin tarkoituksiin soveltuva menetelmä.

Virtual Professional Network as a Value Creator in the Dental Business

The research of virtual professional networks has been enormous but the lack of research in the dental field was obvious. This study focuses on those uses and gratifications, and motives of participants that a virtual pro-fessional network should fulfil. The aim of this study is to understand the factors behind the successful virtual professional network, and motives of participants that support a particular business network’s building up for contributing its further success. In this study the focus is on particular mo-tives, needs and benefits of participants that are significant for the net-work’s further development. The study will explore relevant scientific research and theory that is char-acteristic in networking, and theories of user’s needs and motives. Empiri-cal data was collected from dental professionals by net based question-naire that was sent by e-mail. Data analysis was done by quantitative fac-tor analysis. The findings of this study were obvious that virtual knowledge of implantology is inadequate and knowledge is rather difficult to find in the Internet. Sharing of virtual knowledge, net-learning and communication were seen to improve the quality of impolantological professionalism and also the development of these areas was experienced essential. On the grounds of this study a host of a virtual professional network can focus on those aspects that serve the users at best, can develop professionalism in implantology and can profit in its own business operations.

Virtual Battlespace 2 Panssarikoulun opetuksessa : tapaustutkimus sotilaspedagogiikan näkökulmasta

Tutkielmani tavoitteena oli tutkia tapauksena Bohemia Interactive Simulationsin valmistaman Virtual Battlespace 2 (VBS2) -tietokonepelisimulaattorin käyttöönottoa Panssariprikaatin Panssarikoulun varusmieskoulutuksessa. Tutkimuskysymysten avulla oli tarkoituksena selvittää, mitkä tekijät ja tapahtumat vaikuttivat siihen, että VBS2 otettiin käyttöön, minkälaisin perustein koulutus suunniteltiin ja järjestelmän käyttö varusmieskoulutuksessa käynnistettiin. Lisäksi ajatuksena oli aineiston mahdollistamissa puitteissa tutkia VBS2:n käytöstä tähän mennessä kertyneitä kokemuksia kouluttajien näkökulmasta, tavoitteena tuottaa myös perustietoa tulevaisuuden VBS2-koulutuksen suunnittelua ja toteuttamista varten. Tutkimusmenetelmänä oli tapaustutkimus, jonka aineisto kerättiin toteuttamalla teemahaastatteluita. Tutkimusta varten haastateltiin kahta VBS2-järjestelmää ensimmäisenä varusmieskoulutuksessa käyttänyttä kouluttajaa. Haastatteluaineisto käsiteltiin aineistolähtöisen sisällönanalyysin menetelmin. Tuloksia tarkasteltiin sotilaspedagogiikan näkökulmasta ja suhteessa oppimisympäristöjen sekä oppimisprosessin suunnittelun teorioihin. Tutkielma rakentuu johdannosta, menetelmäluvusta, yhdistetystä teoria- ja tulosluvusta sekä johtopäätös- ja pohdintaluvusta. Tutkimuksen tuloksina ilmeni, että Virtual Battlespace 2:n käyttöönotto Panssarikoulussa oli aktiivisten ja innovatiivisten henkilöiden aikaansaannosta, jossa spontaanin, ennakkoluulottoman ja opetuksen laadun kehittämiseen tähtäävän kokeilun myötä otettiin käyttöön uudenlainen koulutusväline. Samalla saatiin aikaan myönteisiä oppimistuloksia ja kiinnostavia muutoksia yhden joukkoyksikön koulutuskulttuuriin ja totunnaisiin koulutuksen käytäntöihin. VBS2:n käyttöön liittyviä keskeisiä teemoja ovat oppimisprosessin kokonaisvaltainen hallinta, eli VBS2-koulutuksen huolellinen suunnittelu ja integrointi osaksi muuta koulutusta, koulutustapahtumien valmistelujen ja kouluttajien ammattitaidon merkitys, koulutustapahtumien johtamisen paikoin muusta sotilaskoulutuksesta poikkeavat käytännöt sekä VBS2:n aikaansaaman oppimisen ymmärtäminen. Kouluttajien kokemusten perusteella VBS2 on avoin oppimisympäristö, joka ei korvaa mitään olemassa olevista koulutusmuodoista, mutta täydentää niitä tehokkaasti tarjoten uudenlaisia ulottuvuuksia sotilaskoulutukseen. Sen avulla voidaan tehokkaasti kehittää erityisesti sotilaan henkistä ja sosiaalista toimintakykyä sekä siirtää koulutuksen painopistettä soveltaviin maastoharjoituksiin. Tutkielma avaa näkökulmia VBS2:n ja muiden virtuaalisten oppimisympäristöjen pedagogiselle pohtimiselle ja tuleville aiheeseen syventyville tutkimuksille. Lisäksi se herättää keskustelua varusmieskoulutuksemme parhaista käytänteistä ja kehitystrendeistä.

Value co-creation through virtual community participation

Consumers create a great deal of content in the Internet. As they do not get a monetary compensation for doing so, it seems apparent that other types of reward are derived from giving up one's time and other resources. The purpose of this study is to describe value creation and user participation in a virtual community. It can be broken down into three research questions. 1. What is the value creation logic of a virtual community? 2. What value is perceived by virtual community users? 3. What is the association between value perceived by virtual community users and their participation in a community? The study employs the discussion on value co-creation as well as perspectives on the notion of value for consumers to create a theoretical framework for value creation. To understand value creation in the context of virtual communities and to create a theoretical framework for user participation, existing literature and research on virtual communities is discussed. The empirical part of the study employs quantitative methodology to analyze data collected by sending a survey questionnaire to the users of a Finnish wellbeing-based virtual community. The results indicate that virtual community users perceive self-development, enjoyment, reputation-building and community commitment value when using the service and that value perceptions are associated with community participation. Moreover, it was found that different types of value are associated with different forms of participation. Based on the findings, it is suggested that the four types of value make up a considerable share of value for virtual community users. Moreover, as the results indicate that different value types are associated with different forms of participation, it suggested that virtual community organizers consider what forms of participation they want to promote and design their virtual communities to support creation of the different types of value accordingly.

A new climatic periodisation of the Gold and Guinea Coasts in West Africa, 1750-1798 : a reconstruction of the climate during the slave trade era, including an analysis of the climatically facilitated Trans-Atlantic slave trade

Avsikten med studien är att producera den första rekonstruktionen av det västafrikanska klimatet mellan 1750 och 1798. Kunskapen om det västafrikanska klimatet före 1800-talet är till dags dato bristfällig, vilket gör det svårare att förstå framtida klimatvariationer. Det är bristen på instrumentell meteorologisk data (temperatur, regnmängd, och lufttryck), vilket i princip bara täcker det senaste århundradet, som är orsaken till att tidigare klimat är bristfälligt kartlagda. Klimatet och miljön är även sådana att proxydata från ’naturens arkiv’ (såsom t.ex. trädringar) har begränsad användning. Således är historiska dokument, främst från gästande kulturer/nationer/intressenter, innehållande deskriptiv information om vädret och klimatet, klimatforskarens viktigaste källa. Genom att använda tidigare, för det här syftet, oanvända källor påvisade den här undersökningen att klimatet i västra Afrika och Guldkusten (Ghana) har ändrats sedan 1700-talet. Monsunregnen var svagare och kortvarigare, speciellt den sekundära regnperioden under hösten var betydligt svagare än idag. Det förekom kraftiga årliga variationer i monsunregnen, men sett ur längre tidsperspektiv utmärktes torrare och blötare perioder. Studien kunde också visa en viss korrelation mellan det globala väderfenomenet El Niño och regnperiodens intensitet längs med kusten. Flera torrperioder sammanföll med tidigare registrerade El Niño sekvenser. Speciellt slutet av 1760-talet påverkades kraftigt av El Niño och även det globala klimatet verkar ha genomgått graftiga förändringar just dessa år. På basis av den nya klimatrekonstruktionen genomfördes också en jämförelse av klimatets inverkan på den transatlantiska slavhandeln från 1750 till 1798, en fråga som historikerna gjort anspelningar på i över 30 år. Utförseln av slavar från västra Afrika var som kraftigast under 1700-talets andra hälft. Analysen visade att slavhandeln delvis tilltog i samband med klimatanomalierna.

Virtual technology and haptic interface solutions for design and control of mobile working machines

Commercially available haptic interfaces are usable for many purposes. However, as generic devices they are not the most suitable for the control of heavy duty mobile working machines like mining machines, container handling equipment and excavators. Alternative mechanical constructions for a haptic controller are presented and analysed. A virtual reality environment (VRE) was built to test the proposed haptic controller mechanisms. Verification of an electric motor emulating a hydraulic pump in the electro-hydraulic system of a mobile working machine is carried out. A real-time simulator using multi-body-dynamics based software with hardware-in-loop (HIL) setup was used for the tests. Recommendations for further development of a haptic controller and emulator electric motor are given.

Value Co-Creation Through Virtual Community environment, Case: Oma Olivia

The purpose of this thesis is to examine what elements of value co-creation create value for participants of Oma Olivia magazine through Olivia magazine’s virtual community environment. Furthermore the aim is to discover why readers take part in creating Oma Olivia in order to discover is Oma Olivia worth publishing in the future. The data is collected from secondary and primary sources by scanning the existing academic literature and by conducting interviews and surveys. The empirical results state that the hypothesis model created from the academic literature is statistically significant and the elements of value co- creation process create value for readers. Magazine publishing organization may want to consider publishing Oma Olivia also in the future due to its nature of creating value for customers.

Taisteluteknisen osaamisen kehittyminen Virtual Battlespace 2-koulutuksessa

Diplomityöni tavoitteena oli tutkia Panssariprikaatin Panssarijääkärikomppaniassa vuonna 2012 toteutetun Virtual Battlespace 2 – simulaattorijärjestelmän hyötypilotoinnin yhteyttä yksikössä palvelleiden varusmiesten taisteluteknisen osaamisen kehittymiseen. Tutkimuksella on liityntäpintoja Puolustusvoimien maapuolustuksen kehittämisohjelmaan ja se tukee jalkaväen taistelukoulutuksen kehittämistä. Kyseessä on laadullinen tutkimus, jossa tutkittava ilmiö on VBS2-järjestelmän koulutuskäytön yhteys ja mahdollinen vaikutus koulutettavien oppimiseen. Ilmiötä tarkastellaan koulutettavien henkilökohtaisten kokemusten ja oppimisen reflektion näkökulmasta. Tutkimuksen viitekehys on muodostettu toimintakyvyn kehittämistä, taisteluteknisen osaamisen rakentumista sekä virtuaalisia oppimisympäristöjä käsittelevistä teorioista. Tutkimusmenetelmänä sovellettiin tapaustutkimusta, jonka empiirinen aineisto kerättiin Panssarijääkärikomppanian varusmiesten ja henkilökunnan teemahaastatteluin. Aineisto käsiteltiin aineistolähtöisen analyysin periaattein. Tutkimuksen tuloksina ilmeni, että VBS2:n käytöllä ja Panssarijääkärikomppanian varusmiesten oppimisella oli heidän kokemuksensa perusteella havaittavissa yhteys. Keskeisenä havaintona VBS2-koulutus auttoi koulutettavia luomaan itselleen mielikuvan tavoitellusta toiminnasta, joka toimi sisäisenä vertailukohtana maastossa toteutettavassa taistelukoulutuksessa. Varusmiesten näkemykset VBS2-koulutuksen vaikutuksista oman taisteluteknisen osaamisensa kehittymiseen vaihtelevat hieman koulutustason ja tehtävän mukaan. Upseerikokelailla ja ryhmänjohtajilla oppimisessa korostuivat taistelukentän tapahtumien sekä oman joukon toiminnan kokonaisuuden hahmottamisen merkitys, jota tuki virtuaalisen oppimisympäristön avulla aikaan saatu poikkeuksellinen havainnollisuus. Miehistön jäsenet kiinnittivät johtajia enemmän huomiota järjestelmän tekniseen toimivuuteen liittyviin seikkoihin sekä eri toiminnallisuuksien realistisuuteen. Henkilökunta koki VBS2-koulutuksen vähentävän erityisesti teoriaoppituntien tarvetta ja nopeuttavan varusmiesten taisteluteknisten aiheiden oppimisprosessia siten, että maastossa toteutettaville soveltaville taisteluharjoituksille on käytettävissä aiempaa enemmän aikaa. VBS2-koulutus tukee käytännön kokemusten perusteella pitkävaikutteisesti maastossa tapahtuvaa taistelukoulutusta. Käytännön taisteluharjoitusten laadun koettiin lisäksi parantuneen varusmiesten ollessa totuttua aiemmin valmiita soveltamaan oppimaansa, sillä tyypillisimmät virheet oli saatu karsittua jo hyvin lyhytkestoisen VBS2-koulutuksen avulla. Yleisesti haastatellut varusmiehet pitivät VBS2:ta mielekkäänä ja motivoivana välineenä nykyaikaisen taistelukentän olosuhteiden ja oman sekä vihollisen toiminnan havainnollistamiseen ja opettamiseen. Myönteisten koulutustulosten aikaan saaminen edellyttää kouluttajilta korkeaa ammattitaitoa sekä VBS2:n käytön monipuolista hallintaa. Järjestelmäalustan tekniseen laatuun, toimivuuteen ja luotettavuuteen on panostettava, sillä erilaisista laitteisto-ongelmista johtuneet häiriötilanteet koettiin yhtenä eniten oppimista haittaavana ja motivaatiota laskevana tekijänä.