Gene Ontology Function prediction in Mollicutes using Protein-Protein Association Networks

Abstract Background: Many complex systems can be represented and analysed as networks. The recent availability of large-scale datasets, has made it possible to elucidate some of the organisational principles and rules that govern their function, robustness and evolution. However, one of the main limitations in using protein-protein interactions for function prediction is the availability of interaction data, especially for Mollicutes. If we could harness predicted interactions, such as those from a Protein-Protein Association Networks (PPAN), combining several protein-protein network function-inference methods with semantic similarity calculations, the use of protein-protein interactions for functional inference in this species would become more potentially useful. Results: In this work we show that using PPAN data combined with other approximations, such as functional module detection, orthology exploitation methods and Gene Ontology (GO)-based information measures helps to predict protein function in Mycoplasma genitalium. Conclusions: To our knowledge, the proposed method is the first that combines functional module detection among species, exploiting an orthology procedure and using information theory-based GO semantic similarity in PPAN of the Mycoplasma species. The results of an evaluation show a higher recall than previously reported methods that focused on only one organism network.

Respeto o vampirización. El arte como"almacén" inagotable de ideas creativas al alcance de la publicidad

Since the begínning ofAdvertising, art has been a source ofinexhaustible inspiration for the advertising creative, who have used or misused it with any limits. With more or less direct references to artists, pieces or art movements, to references to the act ofart creation itself and certain aesthetic categories. Taking into account the various semantic versions that art offers, with multiple connotative lectures, this use has not been much profitable in many occasions, not as much as it could have been. However, in other circumstances, thís use has been vampirizing, only preoccupied for the audience impact ofa well knowll reference, but despising it and reducing it to a mere reclaim. In the case ofGiocconda by Leonardo da Vinci or the Birth ofVenus by Bottícelli are significant examples ofthis use, maybe popular, ofthe art productíon. That is to say that the depository was used as a source ofreferences to enrich the lectures ofthe advertising pieces (for instance, the excellent Citroen Xsara Picasso advertisement with the fordism mass production chain) or ¡ust to allow a higher t1Otoriety (like the Chupa-Chups advertisement where the Mona Lisa heartily sucks one ofthe mythical sweets with a stick). Thanks to a selected advertising pieces, graphical and audiovisual, we will be able to go through this kind ofadvertising creation logistics, from the moment that this one decided to call out these art references that were sleeping dreamingly Oll the fair in a depository until this strictly cultural moment came.

Fiesta peninsular y holiday estadounidense: dos visiones

Este artículo parte de la hipótesis de que la palabra fiesta posee un peso semántico mayor que su correspondiente holiday norteamericana y que esta desigualdad se puede corroborar en el ámbito de la antropología, la literatura, la lexicografía y la semántica lingüística. La falta de equivalencia semántica de ambos vocablos puede ocasionar dificultades en encuentros interculturales, ya que la traducción literal no consigue transmitir las diversas connotaciones semánticas de la fiesta. Convendría, pues, evitar tanto que el estudiante hispanohablante vuelque en el sustantivo estadounidense sus nociones culturales festivas, como que el estudiante norteamericano de español reduzca el término lingüístico al colorismo de una celebración lúdica o incluso taurina.

Ontologia de Twitter : El primer pas per inferir informació dels tweets

La web semàntica ens pot facilitar i agilitzar l'aprenentatge o recerca d'informació a través de les relacions de conceptes que ens aporta gràcies a la utilització de les ontologies. Per a la creació de la nostra ontologia hem utilitzat el programa Protégé. Per al disseny de l'ontologia ens hem basat en les funcionalitats bàsiques del Twitter.

Creació d'una aplicació col·laborativa orientada a web semàntica

L'objectiu d'aquest projecte es la creació d'una plataforma que ofereix un nou format per a presentar aquest tipus d'informació, i que a mes permet la integració d'ontologies per a poder classificar les diferents noticies que s'afegeixin al sistema.

XML y web semántica diseño y populación semiautomático de ontologías

El objetivo de este proyecto es familiarizarse con las tecnologías de Semántica, entender que es una ontología y aprender a modelar una en un dominio elegido por nosotros. Realizar un parser que conectándose a la la Wikipedia y/o DBpedia rellene dicha ontología permitiendo al usuario navegar por sus conceptos y estudiar sus relaciones.

XML y Web Semántica. Diseño y populación semiautomática de ontologías

En el curso y ejecución de este trabajo, ahondaré en el concepto de web semántica, unarealidad cada vez más tangible, que bajo el acrónimo de web 3.0 supondrá el relevo del actual modelo web.Al tratarse de un campo de aplicación muy extenso, centraremos la temática en el diseño y populación semiautomática de ontologías, siendo estas ultimas una pieza clave en el desarrollo y el éxito potencial de las tecnologías semánticas.

Trabajo final de carrera web semántica

Software de lectura y población de ontología con información de DBpedia y Wikipedia.

Herramientas de wikis semánticos

Este trabajo pretende hacer un análisis sobre la web semántica, centrándose en los wikis semánticos, definiendo qué son, cómo trabajan, estableciendo las situaciones en las que son necesarios..., y concluyendo con un estado del arte de las herramientas que se nos ofrecen y analizando una de ellas.

Wikis semánticas

Introducción a las wikis semánticas: ¿Qué son? ¿Cómo son? ¿Cómo trabajan? ¿Cuándo hacen falta?

Web semántica y servicios web semanticos

Des d'aquest TFC volem estudiar l'evolució de la Web actual cap a la Web Semàntica.

XML y web semántica : estudio del impacto de las aplicaciones comerciales basadas en tecnologías de web semántica

Much has been written about the Semantic Web, on the theory, its possible applications, how to implement it, how to make it effective and commercially attractive ... However, this work aims to be more specific. It is attempted to address a detailed analysis of the technologies that use concepts and tools of the Semantic Web, verifying their actual usefulness, quantifying as far as possible the impact and trying to extrapolate data about its future.It will be an analysis of what the Semantic Web is, how it is defined, which languages are the most appropriate for their development, the commercial applications that can be developed with Semantic Web technology, the applications that are currently running with this technology what kind of deployment of the Semantic Web currently exists, the real use of the Semantic Web technology...

Análisis de dos traducciones de la obra The Importance of Being Earnest, de Oscar Wilde

El siguiente trabajo consiste en el análisis de dos traducciones, una al catalán y otra al castellano, de la comedia The Importance of Being Earnest de Oscar Wilde. El análisis se centra en los aspectos más problemáticos de la traducción de esta obra

The Case for Linking World Law Data

The present paper advocates for the creation of a federated, hybrid database in the cloud, integrating law data from all available public sources in one single open access system - adding, in the process, relevant meta-data to the indexed documents, including the identification of social and semantic entities and the relationships between them, using linked open data techniques and standards such as RDF. Examples of potential benefits and applications of this approach are also provided, including, among others, experiences from of our previous research, in which data integration, graph databases and social and semantic networks analysis were used to identify power relations, litigation dynamics and cross-references patterns both intra and inter-institutionally, covering most of the World international economic courts.

SenSem: sentidos verbales, semántica oracional y anotación de corpus

En este artículo presentamos el desarrollo del proyecto SenSem (BFF2003-06456), que tiene como objetivo describir y representar el comportamiento léxico, sintáctico y semántico de los verbos del español. En el desarrollo de este proyecto se están construyendo dos recursos: un corpus de oraciones asociadas a su interpretación sintáctico-semántica y un léxico donde cada sentido verbal se asocia a un conjunto de ejemplos anotados del corpus.