Quantificació de l'error comès pels models de níxol ecològic al predir la distribució d'especies generalistes

Report for the scientific sojourn carried out at the University of California at Berkeley, from September to December 2007. Environmental niche modelling (ENM) techniques are powerful tools to predict species potential distributions. In the last ten years, a plethora of novel methodological approaches and modelling techniques have been developed. During three months, I stayed at the University of California, Berkeley, working under the supervision of Dr. David R. Vieites. The aim of our work was to quantify the error committed by these techniques, but also to test how an increase in the sample size affects the resultant predictions. Using MaxEnt software we generated distribution predictive maps, from different sample sizes, of the Eurasian quail (Coturnix coturnix) in the Iberian Peninsula. The quail is a generalist species from a climatic point of view, but an habitat specialist. The resultant distribution maps were compared with the real distribution of the species. This distribution was obtained from recent bird atlases from Spain and Portugal. Results show that ENM techniques can have important errors when predicting the species distribution of generalist species. Moreover, an increase of sample size is not necessary related with a better performance of the models. We conclude that a deep knowledge of the species’ biology and the variables affecting their distribution is crucial for an optimal modelling. The lack of this knowledge can induce to wrong conclusions.

Construcció i explotació d'un magatzem de dades de planificació hidrològica

El projecte que constitueix la base de aquest TFC, consisteix en la construcció d'un magatzem de dades, com a eina de treball, per als tècnics de la Confederació Hidrogràfica Nord-Est (CHNE), que és l'entitat encarregada de la gestió de l'aigua i infraestructures hidràuliques del nord-est de la península ibèrica. Aquest magatzem ha de permetre automatitzar la recollida de la informació provinent de fulls Excel i explotar aquesta informació amb eines de Business Intelligence adients.

Una peça notable procedent de Sant Julià de Ramis

Article que descriu i analitza un fragment d'una gran gerra ceràmica amb decoració grafitada al damunt de la paret externa procedent del poblat ibèric de Sant Julià de Ramis, situat en el límit nord-oriental del Pla de Girona

Influència del clima en la fenologia de la floració de Globularia alypum: anàlisi a partir de mostres d'herbari

Globularia alypum és un arbust termòfil típic de la regió oest del Mediterrani. Aquest nanofaneròfit té un patró de floració molt ampli. Les poblacions primerenques floreixen des del Juliol fins al Desembre i les poblacions tardanes des del Gener fins a l’Abril. L’objectiu del projecte és esbrinar quins factors climàtics determinen la fenologia de la floració de l’espècie a partir de mostres d’herbari i conèixer l’abast geogràfic d’ambdós patrons de floració a la península Ibèrica i França. També l’estudi d’altres característiques fenològiques en relació amb el clima: els braquiblasts i les espigues de capítols. Els plecs d’herbari han estat georeferenciats per ser utilitzats en un entorn SIG junt amb les dades del clima i s’ha realitzat una anàlisi estadística. El resultats mostren que les poblacions primerenques creixen majoritàriament en zones costaneres mentre que les tardanes ho fan en zones continentals. Les poblacions primerenques creixen en àrees on les temperatures (mitjana, mínima, màxima i mínima del mes més fred) són més altes que les tardanes per l’efecte temperador del mar. Al analitzar totes les poblacions, el nombre de mesos des de la transició floral es correlaciona negativament amb la temperatura mínima mensual i la temperatura mitjana mensual en tots els mesos, mentre que amb la temperatura màxima mensual entre Octubre i Abril. Al estudiar sols les poblacions tardanes les correlacions són similars, però no en les primerenques on no se’n troba cap. Les correlacions entre el nombre de mesos des de la transició floral i les variables climàtiques anuals són iguals, a més de trobar-se una correlació negativa amb la temperatura mínima del mes més fred i l’índex tèrmic, i positiva amb l’índex de continentalitat. No s’ha trobat cap diferència en presència de braquiblasts segons la població, però sí en les espigues de capítols, essent més freqüents en les poblacions primerenques. Es suggereix que la temperatura és un factor més determinant per a les poblacions tardanes, mentre que es desconeix si és la precipitació en les primerenques. Tampoc es té coneixement sobre si les diferències entre els dos patrons són genètiques o fenotípiques i quin mecanisme possibilita el desenvolupament de braquiblasts i espigues de capítols.

Proxies de temperatura i pluviositat per a la reconstrucció climàtica a la Península Ibèrica

Amb la finalitat d’avaluar els lípids alquilats com a proxies de precipitació i temperatura a la Península Ibèrica, s’han analitzat 23 mostres de sòls de diferents punts del territori espanyol. L’estudi d’aquests biomarcadors cuticulars s’ha fet a través de la identificació i quantificació del seu contingut a les mostres, el càlcul de diversos paràmetres com l’índex de preferència de carboni (CPI), la longitud mitjana de cadena (ACL) o la pèrdua de matèria orgànica per ignició (LOI), i la recerca de correlacions estadístiques entre les variables climàtiques dels punts de mostreig i els resultats obtinguts. Aquests conclouen amb el fet de que els lípids alquilats són útils com a biomarcadors cuticulars de plantes superiors i tenen un potencial significatiu com a proxies de precipitació a la Península Ibèrica.

Stochastic optimal bid to electricity markets with environmental risk constraints

There are many factors that influence the day-ahead market bidding strategies of a generation company (GenCo) in the current energy market framework. Environmental policy issues have become more and more important for fossil-fuelled power plants and they have to be considered in their management, giving rise to emission limitations. This work allows to investigate the influence of both the allowances and emission reduction plan, and the incorporation of the derivatives medium-term commitments in the optimal generation bidding strategy to the day-ahead electricity market. Two different technologies have been considered: the coal thermal units, high-emission technology, and the combined cycle gas turbine units, low-emission technology. The Iberian Electricity Market and the Spanish National Emissions and Allocation Plans are the framework to deal with the environmental issues in the day-ahead market bidding strategies. To address emission limitations, some of the standard risk management methodologies developed for financial markets, such as Value-at-Risk (VaR) and Conditional Value-at-Risk (CVaR), have been extended. This study offers to electricity generation utilities a mathematical model to determinate the individual optimal generation bid to the wholesale electricity market, for each one of their generation units that maximizes the long-run profits of the utility abiding by the Iberian Electricity Market rules, the environmental restrictions set by the EU Emission Trading Scheme, as well as the restrictions set by the Spanish National Emissions Reduction Plan. The economic implications for a GenCo of including the environmental restrictions of these National Plans are analyzed and the most remarkable results will be presented.

El efecto de los cambios climáticos y procesos geológicos en la génesis de la biodiversidad del mediterráneo occidental: el caso de los géneros de arañas Harpactocrates SIMON, 1914y Parachtes ALICATA, 1964

El objetivo principal de mi tesis doctoral es identificar y entender los procesos que determinan la enorme riqueza de seres vivos que existe en el Mediterráneo. Para conseguir los objetivos planteados he utilizado como modelo de estudio los géneros de arañas Parachtes y Harpactocrates endémicas del mediterráneo occidental. Los resultados obtenidos hasta el momento se basan en la información que nos proporcionan las datos moleculares a través de una aproximación filogenética, de inferencia de tiempos de divergencia y de genética de poblaciones. Algunas de las conclusiones a las que he llegado son: (1) la secuencia de formación de las especies que componen el género Parachtes y sus edades asociadas sigue la secuencia geocronológica de formación de la cuenca mediterránea occidental, (2) las especies del género Harpactocrates de los Alpes provienen de una colonización desde la Península Ibérica, (3) las edades de divergencia entre las especies de éste género preceden a las glaciaciones, lo que rechaza la hipótesis de especiación pleistocénica (4) el patrón filogeográfico obtenido para la especie pirenaica Harpactocrates ravastellus sugieren que los cambios climáticos pleistocénicos modelaron la estructura poblacional de la especie, identificándose refugios glaciares, (5) el patrón filogeográfico obtenido para las 3 especies del Sistema Central (H. gredensis, H. globifer y H. gurdus) muestra una marcada estructura poblacional, con tiempos de divergencia que datan alrededor de las épocas del Plio-Pleistoceno, sugiriendo la existencia de varios refugios dentro del Sistema Central.

Variació del nivell del mar a la Península Ibèrica durant l'últim segle

Segons l'IPCC en valor mitjà mundial del nivell del mar augmenta a raó de 3.1 ± 0.7 mm·a-1. Aquest estudi ha calculat que a la Península Ibèrica, en nivell mitjà del mar ha augmentat a raó de 3.01 ± 0.45 mm·a-1, per tant, a un ritme similar del valor mundial. No obstant, es mostra un comportament diferent entre el conjunt Atlàntic - Cantàbric i el Mediterrani, que podria ser explicat pel efecte baromètric invertit i l'expansió tèrmica. En l'últim període estudiat, 1997-2009, les tendències mostren un augment dels ritmes de pujada en totes les zones amb resultats estadísticament significatius. En un futur, es preveu que en el conjunt de la Península Ibèrica el nivell mitjà del mar augmenti per a l'any 2050, 104 ± 30 mm i per a l'any 2100, 174 ± 60 mm. Aquest fet podria tenir un impacte important sobre les costes ibèriques, i per tant, catalanes.

Litterfall and mineral return in two cork-oak forests in northeast spain

Seasonal trends in littertall and potential mineral return were studied in two cork-oak forest sites in the northeastern Iberian peninsula. The estimated average litter production was 3.9.M- gy.e1ahar for one site and 4.6 .M- gy.e1ahar for the other; these figures are similar to those reported for holm-oak (Quercus ilex) forests in the same area. Seasonal litterfall patterns were typical of Mediterranean forest ecosystems. Leaves accounted for 46 to 78% of the total dry matter. Their annual weighted-average mineral composition was low in macronutrients (N 8-9; K 4-5; Mg 0.8-1.3; Ca 9-10 and P 0.4-1 m-)g.1g and relatively high in micronutrients such as Mn (2-2.2 m-)g.1g or Fe (0.3-0.4 m)-g..1g Minimum N and P concentrations were found during the growth period. Estimates of potential mineral return for an annual cycle were N 38-52, P 2.1-5.2, K 20-28, Ca 44-53 and Mg 5.4-5.0 k-,g.1ha depending on the site biomass and fertility

Using a Parameterization of a Radiative Transfer Model to Build High-Resolution Maps of Typical Clear-Sky UV Index in Catalonia, Spain

To perform a climatic analysis of the annual UV index (UVI) variations in Catalonia, Spain (northeast of the Iberian Peninsula), a new simple parameterization scheme is presented based on a multilayer radiative transfer model. The parameterization performs fast UVI calculations for a wide range of cloudless and snow-free situations and can be applied anywhere. The following parameters are considered: solar zenith angle, total ozone column, altitude, aerosol optical depth, and single-scattering albedo. A sensitivity analysis is presented to justify this choice with special attention to aerosol information. Comparisons with the base model show good agreement, most of all for the most common cases, giving an absolute error within 0.2 in the UVI for a wide range of cases considered. Two tests are done to show the performance of the parameterization against UVI measurements. One uses data from a high-quality spectroradiometer from Lauder, New Zealand [45.04°S, 169.684°E, 370 m above mean sea level (MSL)], where there is a low presence of aerosols. The other uses data from a Robertson–Berger-type meter from Girona, Spain (41.97°N, 2.82°E, 100 m MSL), where there is more aerosol load and where it has been possible to study the effect of aerosol information on the model versus measurement comparison. The parameterization is applied to a climatic analysis of the annual UVI variation in Catalonia, showing the contributions of solar zenith angle, ozone, and aerosols. High-resolution seasonal maps of typical UV index values in Catalonia are presented

Gènere i identitats en la construcció d'una comunitat colonial a Empúries (segles VI-V a.C.)

El projecte de recerca ha analitzat la complexitat ètnica, social i de gènere de l’assentament colonial d’Empúries a partir d’un exhaustiu estudi contextual dels materials ceràmics d’ús quotidià provinents de diferents sectors excavats als anys vuitanta a la Neàpolis empuritana (N-7000, N-5000 i N-1000). Aquests sectors datats els segles V i IV a.C., corresponen a un moment en el qual s’està construint una identitat colonial diferenciada en l’espai emporità. La comparació dels aixovars domèstics usats quotidianament pels habitants d’aquest tres sectors situats en punts distants de la Neàpolis mostra que estem davant d’un assentament colonial molt heterogeni, on conflueixen materialitats, tradicions tecnològiques i pràctiques quotidianes iberes, gregues i híbrides. Els estudis de materials confirmen que no va existir una segregació espacial entre poblacions d’origen grec i iber en aquest assentament i suggereixen la cohabitació de gent –tant d’homes com de dones- d’origen grec i iber a les diferents àrees estudiades d’aquest assentament portuari. En el registre material ceràmic de totes les zones estudiades s’observa un predomini dels productes ceràmics de tradició grega (colonials o àtics) en els serveis de taula, però no així en els estris utilitzats a la cuina, que són majoritàriament de tradició ibera. També els materials ceràmics relacionats amb l’emmagatzematge domèstic i amb el transport i el comerç (àmfores) són predominantment ibers. Aquest patró suggereix que els ibers que van cohabitar amb els grecs al port emporità no van assumir en tots els casos posicions subalternes, sinó que tingueren un rol rellevant en la gestió econòmica i comercial d’aquest espai portuari.

Avaluació de l’estructuració genètica humana a la Península Ibèrica i a d’altres regions del sudoest europeu: implicacions poblacionals i epidemiològiques

Els avenços en tècniques de genotipat de polimorfismes genètics a gran escala estan liderant una revolució en el camp de l’epidemiologia genètica i la genètica de poblacions humanes. La informació aportada per aquestes tècniques ha evidenciat l’existència d’estructuracions poblacionals que poden augmentar l’error en els estudis d’associació a escala genòmica (GWAS, genome-wide association studies). Estudis recents han demostrat la presència d’aquestes estructuracions a nivell interregional i intrarregional a Europa. El present projecte ha avaluat el grau d’estructuració genètica en poblacions de la Península Ibèrica i altres regions del sudoest europeu (Itàlia i França) per quantificar l’impacte que aquesta potencial estructuració pot tenir en el disseny d’estudis d’associació GWAS i reconstruir la història demogràfica de les poblacions de la Mediterrània. Per aconseguir aquests objectius, s’han analitzat mostres de DNA de 770 individus de 26 poblacions de la Península Ibèrica, França, Itàlia i d’altres països de la Mediterrània. Aquestes mostres van ser genotipades per 240000 SNPs utilitzant l’array 250K StyI d’Affymetrix en el marc d’aquest projecte o mitjançant altres arrays d’Affymetrix en els projectes internacionals HapMap i POPRES. S’han realitzat anàlisis estadístiques incloent anàlisis de components principals, Fst, identitat per descendència, desequilibri de lligament, barreres genètiques, etc. Aquests resultats han permés construir un marc de referència de la variabilitat en aquesta regió, avaluar el seu impacte en estudis d’associació i proposar mesures per evitar l’increment de qualsevol tipus d’error (tipus I i II) en estudis nacionals i internacionals. A més, també han permés reconstruir la història de les poblacions humanes de la Mediterrània així com analitzar les seves relacions demogràfiques. Donada la duració limitada d’aquesta acció (24 mesos, d’octubre de 2010 a setembre de 2012), els resultats d’aquest projecte es troben actualment en fase de redacció i conduiran a diverses publicacions en revistes internacionals i a la preparació de comunicacions a congressos.

A bi-dimensional genome scan for prolificacy traits in pigs shows the existence of multiple epistatic QTL

Background: Prolificacy is the most important trait influencing the reproductive efficiency of pig production systems. The low heritability and sex-limited expression of prolificacy have hindered to some extent the improvement of this trait through artificial selection. Moreover, the relative contributions of additive, dominant and epistatic QTL to the genetic variance of pig prolificacy remain to be defined. In this work, we have undertaken this issue by performing one-dimensional and bi-dimensional genome scans for number of piglets born alive (NBA) and total number of piglets born (TNB) in a three generation Iberian by Meishan F2 intercross. Results: The one-dimensional genome scan for NBA and TNB revealed the existence of two genome-wide highly significant QTL located on SSC13 (P < 0.001) and SSC17 (P < 0.01) with effects on both traits. This relative paucity of significant results contrasted very strongly with the wide array of highly significant epistatic QTL that emerged in the bi-dimensional genome-wide scan analysis. As much as 18 epistatic QTL were found for NBA (four at P < 0.01 and five at P < 0.05) and TNB (three at P < 0.01 and six at P < 0.05), respectively. These epistatic QTL were distributed in multiple genomic regions, which covered 13 of the 18 pig autosomes, and they had small individual effects that ranged between 3 to 4% of the phenotypic variance. Different patterns of interactions (a × a, a × d, d × a and d × d) were found amongst the epistatic QTL pairs identified in the current work.Conclusions: The complex inheritance of prolificacy traits in pigs has been evidenced by identifying multiple additive (SSC13 and SSC17), dominant and epistatic QTL in an Iberian × Meishan F2 intercross. Our results demonstrate that a significant fraction of the phenotypic variance of swine prolificacy traits can be attributed to first-order gene-by-gene interactions emphasizing that the phenotypic effects of alleles might be strongly modulated by the genetic background where they segregate.

Societat de la vigilància 25 anys desprès de 1984 a Catalunya i UK

Desprès de un any de treball, el grup ha detectat que la relació entre protecció de dades i vídeo vigilància constitueix el nus central de la preocupació internacional en torn a la anomenada “Societat de la Vigilància”. Paral•lelament, ha constatat que a l’Estat Espanyol hi ha pocs grups que treballin aquesta cruïlla temàtica, raó per la qual la representació ibèrica en els grups de recerca europeus era minsa. Per aquestes raons, el grup ha dedicat els esforços a: 1) desenvolupar un marc teòric que faci possible entendre l’entramat legislatiu, sociològic i fenomènic de la video vigilància a Catalunya, a l’estat Espanyol, i a Europa. 2) dur a terme accions de recerca empírica qualitativa i quantitativa i relacionar-les amb aquest marc teòric. 3) crear vincles de col•laboració amb investigadors catalans, espanyols, anglesos i fins i tot europeus, començant una etapa d’integració a les xarxes de recerca en funcionament o en estat latent. En funció de les característiques de la convocatòria i del tema original que ens ocupava (la relació entre la mes coneguda obra de George Orwell -1984- i la situació actual del control social a Catalunya i al Regne Unit), s’ha posat especial èmfasi en l’establiment de vincles amb investigadors del Regne Unit; com a conseqüència, s’ha treballat amb dos de les persones “associades” al projecte (Phillip Carney i David Porteous) intercanviant dades, informació i dissenyant accions, en una col•laboració que té projecció en el futur immediat -amb la publicació d’un llibre conjunt- i mediat -mitjançant la integració de investigadors participants en aquest projecte en altres accions de recerca d’abast europeu-. Les accions realitzades en funció d’això explicat es descriuen en aquesta memòria, acompanyades d’un breu resum de les troballes mes significatives.

Fish ecology in Lake Banyoles (NE Spain): a tribute to Ramon Margalef

Lake Banyoles is the second largest lake in the Iberian Peninsula and due to this relative uniqueness, its peculiar geological origin, and its considerable age attracted the early attention of the late Professor Ramon Margalef. One of the first papers by Margalef was on the biota of Lake Banyoles and two of the first four Ph.D. theses that he supervised were about the limnology of this lake. Unfortunately, the uniqueness of this lake also implied that it was the first place of introduction into the Iberian Peninsula of several exotic fish species, early in the XXth Century and nowadays the lake fish assemblage is dominated by invasive species, and some native ones have been extirpated. Although the limnological studies in Lake Banyoles were pioneering within the Iberian Peninsula, studies on fish ecology of the lake did not start until 1989. Thereafter, four Ph.D. theses have been completed on different aspects of the fish assemblages of Lake Banyoles. The aim of this paper is to provide a short overview of this research, largely brought about by the considerable limnological information previously available for this lake, thanks to the insightful, pioneering work of Professor Margalef