Comparative gene finding in chicken indicates that we are closing in on the set of multi-exonic widely-expressed human genes

The recent availability of the chicken genome sequence poses the question of whether there are human protein-coding genes conserved in chicken that are currently not included in the human gene catalog. Here, we show, using comparative gene finding followed by experimental verification of exon pairs by RT–PCR, that the addition to the multi-exonic subset of this catalog could be as little as 0.2%, suggesting that we may be closing in on the human gene set. Our protocol, however, has two shortcomings: (i) the bioinformatic screening of the predicted genes, applied to filter out false positives, cannot handle intronless genes; and (ii) the experimental verification could fail to identify expression at a specific developmental time. This highlights the importance of developing methods that could provide a reliable estimate of the number of these two types of genes.

Gene finding in the chicken genome

Background: Despite the continuous production of genome sequence for a number of organisms,reliable, comprehensive, and cost effective gene prediction remains problematic. This is particularlytrue for genomes for which there is not a large collection of known gene sequences, such as therecently published chicken genome. We used the chicken sequence to test comparative andhomology-based gene-finding methods followed by experimental validation as an effective genomeannotation method.Results: We performed experimental evaluation by RT-PCR of three different computational genefinders, Ensembl, SGP2 and TWINSCAN, applied to the chicken genome. A Venn diagram wascomputed and each component of it was evaluated. The results showed that de novo comparativemethods can identify up to about 700 chicken genes with no previous evidence of expression, andcan correctly extend about 40% of homology-based predictions at the 5' end.Conclusions: De novo comparative gene prediction followed by experimental verification iseffective at enhancing the annotation of the newly sequenced genomes provided by standardhomology-based methods.

Transcription factor map alignment of promoter regions

We address the problem of comparing and characterizing the promoter regions of genes with similar expression patterns. This remains a challenging problem in sequence analysis, because often the promoter regions of co-expressed genes do not show discernible sequence conservation. In our approach, thus, we have not directly compared the nucleotide sequence of promoters. Instead, we have obtained predictions of transcription factor binding sites, annotated the predicted sites with the labels of the corresponding binding factors, and aligned the resulting sequences of labels—to which we refer here as transcription factor maps (TF-maps). To obtain the global pairwise alignment of two TF-maps, we have adapted an algorithm initially developed to align restriction enzyme maps. We have optimized the parameters of the algorithm in a small, but well-curated, collection of human–mouse orthologous gene pairs. Results in this dataset, as well as in an independent much larger dataset from the CISRED database, indicate that TF-map alignments are able to uncover conserved regulatory elements, which cannot be detected by the typical sequence alignments.

Estudi pilot d'identificació de parlants amb finalitat forense

Aquest working paper és un estudi preliminar que té com a objectiu analitzar acústicament diverses variables fonètiques amb la finalitat forense d'identificació de parlants: les freqüències dels dos primers formants de la vocal [ə] quan s'utilitza com a falca, la duració dels segments [m] tenint en compte el context sil·làbic i, finalment, l'estudi dels pics de freqüències en les fricatives estridents sordes -[s]- utilitzant l'anàlisi LPC. Els resultats revelen diferències estadísticament significatives entre els parlants.

Los Vocabularios de definición en los diccionarios de aprendizaje

Aquest article intenta examinar la importància d'un tipus determinat d'obra lexicogràfica per a usuaris estrangers: els diccionaris d'aprenentatge, els quals s'han de caracteritzar bàsicament per una transmissió dels significats assequible. El material recollit pretén repassar el contingut d'aquestes publicacions a la tradició anglosaxona i il·lustrar l'estadi inicial de la pràctica castellana a partir dels mètodes lexicogràfics que existeixen actualment des d'aquest punt de vista. Els resultats d'aquests estudis permeten valorar la importància de la compilació dels vocabularis de definició per intentar potenciar la branca de la lexicografia com a ajuda a la pràctica didàctica de l'aprenentatge de l'espanyol com a segona llengua.

Voice Transformations for Extreme Vocal Effects

Extreme Vocal Effects (EVE) in music are so recent that few studies have been carried out about how they are physiologically produced and whether they are harmful or not for the human voice.Voice Transformations in real-time are possible nowadays thanks to new technologies and voice processing algorithms. This Master's Thesis pretends to define and classify these new singing techniques and to create a mapping between the physiological aspect of each EVE to its relative spectrumvariations.Voice Transformation Models based on these mappings are proposed and discussed for each one of these EVEs. We also discuss different transformation methods and strategies in order to obtain better results.A subjective evaluation of the results of the transformations is also presented and discussed along with further work, improvements, and working lines on this field.

Implantació d'una xarxa de telecomunicacions a Catalunya

Aquest projecte està centrat a analitzar els diferents escenaris i tecnologies per a proveir Internet i serveis de connectivitat entre ciutats internacionals (Barcelona, Tarragona, Lleida, Girona i Milà). Així es defineixen tres tipus de xarxes dissenyades per a satisfer els requisits dels nostres clients. Aquests clients són usuaris residencials i petites empreses, hospitals icompanyies d'assegurances internacionals. Tots ells requereixen de diferentample de banda, seguretat i tecnologies, per a cadascun d'ells, s'ha desenvolupat un anàlisi extens que detalla la xarxa lògica i física.Finalment, hem realitzat una simulació per ordinador utilitzant OPNET amb elpropòsit d'avaluar la xarxa física dissenyada prèviament. Els resultats obtinguts van ser presentats i analitzats.

Extracción de características para la clasificación de estados cognitivos a partir de imágenes FMRI

L’estudi de les funcions cerebrals humanes s’ha incrementat enormement durant els últims anys donada l’aparició de les imatges funcionals de ressonància magnètica (FMRI). Mentre que la tècnica s’ha emprat principalment en la localització de diferents funcions cerebrals, el problema de classificació d’estats cognitius ha estat poc explorat. L’estudi d’aquest problemaés important perquè pot servir com a eina per a detectar i seguir processoscognitius (seqüències d’estats cognitius) amb la finalitat de diagnosticarproblemes en el moment d’executar una tasca complexa.En aquest treball s’investiguen diferents aproximacions per a detectar l’estat cognitiu d’una persona prenent com a base la seva imatge de ressonància magnètica. En particular, s’han investigat varis mecanismes de sel·lecció de característiques així com mètodes d’aprenentatge automàtic pelproblema de la discriminació d’estats cognitius procedents d’estimuls auditius.Es presenten els resultats d’un estudi sobre estímuls musicals.

Classificació de sons percussius amb un model generatiu

El treball que presentem a continuació desenvolupa un marc teòric i pràctic per a l'avaluació i estudi d'un model generatiu aplicat a tasques discriminatives de senyals sonores sense component harmònica. El model generatiu està basat en la construcció de l'anomenada deep belief network, un tipus de xarxa neuronal generativa que permet realitzar tasques de classificació i regressió com també de reconstrucció dels seus estats interns.A partir de l'anàlisi realitzada hem pogut obtenir resultats en classificació aparellats amb els resultats de l'estat de l'art de classificadors de sons inharmònics. Tot i no establir una clara superioritat envers altres mètodes, el present treball ha permés desenvolupar una anàlisi per almodel avaluat amb moltes possibilitats de millora en un futur per altres treballs. Al llarg del treball es demostra la seva eficàcia en tasques discriminatives, com també la capacitat de reduir la dimensionalitat de les dades d'entrada al model i les possibilitats de reconstruir els seus estats interns per a obtenir unes sortides de dades de la xarxa similars a les entrades de descriptors.El desenvolupament centrat en la deep belief network ens ha permés construir un entorn unificat d'avaluació de diferents mètodes d'aprenentatge, construcció i adequació de diferents descriptors sonors i una posterior visualització d'estats interns del mateix, que han possibilitat una avaluaciócomparativa i unificada respecte altres mètodes classificadors de l'estat de l'art. També ens ha permés desenvolupar una implementació en un llenguatge d'alt nivell, que ha reportat més significància per a l'enteniment i anàlisi del model avaluat, amb una argumentació més sòlida.Els resultats i l'anàlisi que reportem són significatius i positius per al model avaluat, i degut a la poca literatura existent en el camp de classificació de sons inharmònics com els sons percussius,creiem que és una aportació interessant i significativa per al camp en el que s'engloba el treball.

Aplicacions educatives basades en interfícies tangibles

L’educació és una de les bases més importants del món actual. A través de l’educació formem a les persones amb coneixements i valors indispensables per formar part de la societat. I aquestasocietat avança i evoluciona cada vegada més depressa; la nova societat de la informació, les noves tecnologies, les noves comunicacions… És per això que un àmbit tant important com l’educació també ha d’evolucionar al mateix ritme.Les noves generacions han de ser educades en les noves tecnologies ja que es tornenindispensables. Però a més també es planteja la qüestió de si aquestes innovacionstecnològiques suposen nous mètodes, noves eines, per proporcionar una educació de mésqualitat, que facin desenvolupar encara més les noves capacitats i aptituds dels nens.Un dels objectius principals d’aquest projecte és aquest. Primer cal investigar i preguntar-se si aquests nous avenços tecnològics es troben a l’aula, a l’educació dels més petits i si s’exploten els seus recursos de forma convenient. Llavors podem plantejar que és el que manca, i que espot millorar amb les noves tecnologies.Tots aquests avenços però, poden resultar eines molt complicades i inaccessibles pels nens i es pot acabar optant per no fer-ne ús. Per això en aquest projecte s’estudiarà la viabilitat de fer servir una nova eina, la ReacTable, una interfície tangible, interactiva i que pot proporcionar unús més fàcil, menys agressiu i més intuïtiu que la resta de tecnologies.

NewsMap: un mashup de notícies i GoogleMaps

Vivim en la era de la informació, una època en la que gracies a l’avanç de la tecnologia, tothom té a l’abast tota la informació que desitja instantàneament. Les noves tecnologies han revolucionat els mètodes tradicionals d’informació com son la televisió, radio i diaris, passant a ser Internet uns del medis de comunicació més utilitzats per una gran majoria de la població.El projecte que es desenvoluparà es centrarà en un tipus d’informació molt concreta: les notícies locals a succeïdes a l’estat espanyol. Normalment, a l’hora de veure noticies al telediari o llegir els diaris, els medis de comunicació tendeixen a la centralització de la informació de la capitaldel país o alguna de les ciutats mes importants, ometent una gran quantitat de noticies succeïdes en la resta de pobles o capitals de províncies del país.La segona innovació que vol introduir aquest projecte es la representació d’aquest tipusd’informació. Normalment, quan es consulten les diferents webs de noticies, trobem menústextuals que depenent de la opció triada, mostrarà un llistat textual de noticies, es a dir una navegació molt lineal i basada en la lectura de textos.El complement que permetrà realitzar aquesta representació alternativa de la informació esGoogleMaps, una aplicació que proporciona un mapa interactiu que permet representar una gran quantitat d’informació i amb el qual, els usuaris poden interactuar de forma intuïtiva i obtenir la informació per regions.L’aplicació que es vol aconseguir al finalitzar aquest projecte, fusionarà els dos conceptes esmentats obtenint un mapa de notícies. Es a dir, una interfície basada en un mapa interactiu amb el que els usuaris podran navegar per obtenir les notícies succeïdes en una determinada regió del país.

QuesTInSitu mobile: aplicació per a rutes de preguntes geolocalitzades

En plena era de la informació, les noves tecnologies s’han posat també al servei del’ensenyament. Per tal de proveir a l’estudiant dels mètodes més útils i eficients per donar suport al seu aprenentatge, han sorgit eines cada cop més acurades amb la intenció de proveird’una manera robusta tot allò que fins fa poc només es podia fer a les aules. Així va néixer el concepte d’e-learning.QuesTInSitu és una eina concebuda dins d’aquesta àrea que permet crear preguntesgeolocalitzades sobre mapes de GoogleMaps i organitzar-les com a rutes (qüestionaris), sobre el mapa que es desitgi del món. Aquest projecte ofereix la possibilitat de poder realitzar físicament l’activitat creada per QuesTInSitu mitjançant terminals mòbils amb connexió 3G i GPS. Per això, s’ha dissenyat un portal web adaptat, QuesTInSitu mobile, que permet realitzar les gimcanes geolocalitzades dissenyades prèviament. Malgrat aquest projecte està contingut enl’àrea del e-learning, ofereix un llarg ventall de possibilitats d’ús; publicitat o turisme en són alguns exemples.

L'Ensenyament del llenguatge a infants autistes

En aquest treball, s’expliquen les característiques de l’autisme i les anomalies lingüístiques que comporta, les quals condicionen els mètodes d’aprenentatge del llenguatge. També s’esmenten els principals mètodes generals d’ensenyament i es comparen amb la realitat a través d’entrevistes a professionals que ensenyen el llenguatge a infants autistes.

Aprenentatge automàtic de classes sintàctiques verbals

Aquest treball descriu una metodologia per classificar els verbs en català segons el seu comportament sintàctic. L’objectiu és adquirir un nombre reduït de classes bàsiques amb una precisió alta fent servir pocs recursos. Obtenir informació sobre classe sintàctica és un procés llarg i costós, però útil per a moltes tasques de PLN. Presentem com obtenir aquesta informació fent servir només un corpus amb anotació de categoria morfològica. Hem explorat tant tècniques supervisades com no supervisades. Primer presentem els experiments que fan servir un mètode supervisat per distingir automàticament entre verbs transitius i intransitius. El nostre sistema té una taxa d’error del 4,65%. Pel que fa als mètodes no supervisats (clustering), presentem dos experiments. El primer pretén classificar els verbs en transitius, intransitius i verbs que alternen amb la partícula se. El segon experiment té per objectiu fer una subclassificació entre intransitius purs i preposicional. Els resultats són uns coeficients-F de 0.84 i 0.88, respectivament.

Paga o cobra : estudi de la morositat en el món empresarial

El tema del nostre treball és la morositat, centrant‐nos en el estudi d’un cas real en la relació entre dues empreses, un client i un proveïdor, en el què el client va presentar signes de morositat, encara que en cap moment va deixar de pagar cap factura al client. En primer lloc, volem analitzar dades sobre la morositat, per saber com és desenvolupa un cas real d’una empresa amb problemes de morositat i quines son les conseqüències de la morositat, centrant‐nos en dues possibles vies: la via judicial, amb una denúncia a l’Administració Concursal, i la que passa per acudir a certes empreses que, en el límit de la llei, fan servir mètodes persuasius, cal dir que Aquest és un dels objectius fonamentals del treball, és a dir, intentar trobar algunes de les possibles solucions a la morositat, així com intentar detectar aquesta i veure si es pot identificar un morós tipus, cosa que trobaríem d’extrema importància.D’altra banda, com es lògic, volem aplicar els coneixements adquirits en aquests últims anys pel que fa al àmbit de la economia, tant en l’anàlisi de les dades com en els altres apartats del treball.