Transcription factor map alignment of promoter regions

We address the problem of comparing and characterizing the promoter regions of genes with similar expression patterns. This remains a challenging problem in sequence analysis, because often the promoter regions of co-expressed genes do not show discernible sequence conservation. In our approach, thus, we have not directly compared the nucleotide sequence of promoters. Instead, we have obtained predictions of transcription factor binding sites, annotated the predicted sites with the labels of the corresponding binding factors, and aligned the resulting sequences of labels—to which we refer here as transcription factor maps (TF-maps). To obtain the global pairwise alignment of two TF-maps, we have adapted an algorithm initially developed to align restriction enzyme maps. We have optimized the parameters of the algorithm in a small, but well-curated, collection of human–mouse orthologous gene pairs. Results in this dataset, as well as in an independent much larger dataset from the CISRED database, indicate that TF-map alignments are able to uncover conserved regulatory elements, which cannot be detected by the typical sequence alignments.

Estudi pilot d'identificació de parlants amb finalitat forense

Aquest working paper és un estudi preliminar que té com a objectiu analitzar acústicament diverses variables fonètiques amb la finalitat forense d'identificació de parlants: les freqüències dels dos primers formants de la vocal [ə] quan s'utilitza com a falca, la duració dels segments [m] tenint en compte el context sil·làbic i, finalment, l'estudi dels pics de freqüències en les fricatives estridents sordes -[s]- utilitzant l'anàlisi LPC. Els resultats revelen diferències estadísticament significatives entre els parlants.

Los Vocabularios de definición en los diccionarios de aprendizaje

Aquest article intenta examinar la importància d'un tipus determinat d'obra lexicogràfica per a usuaris estrangers: els diccionaris d'aprenentatge, els quals s'han de caracteritzar bàsicament per una transmissió dels significats assequible. El material recollit pretén repassar el contingut d'aquestes publicacions a la tradició anglosaxona i il·lustrar l'estadi inicial de la pràctica castellana a partir dels mètodes lexicogràfics que existeixen actualment des d'aquest punt de vista. Els resultats d'aquests estudis permeten valorar la importància de la compilació dels vocabularis de definició per intentar potenciar la branca de la lexicografia com a ajuda a la pràctica didàctica de l'aprenentatge de l'espanyol com a segona llengua.

Voice Transformations for Extreme Vocal Effects

Extreme Vocal Effects (EVE) in music are so recent that few studies have been carried out about how they are physiologically produced and whether they are harmful or not for the human voice.Voice Transformations in real-time are possible nowadays thanks to new technologies and voice processing algorithms. This Master's Thesis pretends to define and classify these new singing techniques and to create a mapping between the physiological aspect of each EVE to its relative spectrumvariations.Voice Transformation Models based on these mappings are proposed and discussed for each one of these EVEs. We also discuss different transformation methods and strategies in order to obtain better results.A subjective evaluation of the results of the transformations is also presented and discussed along with further work, improvements, and working lines on this field.

Cine estructural de found footage: 133, de Eugènia Balcells y Eugeni Bonet

Esta investigación analiza la obra fílmica 133 (1978-79) de Eugènia Balcells y Eugeni Bonet, una de las piezas más relevantes del cine de found footage de raíz estructural. Considerando el contexto del cine experimental y el arte conceptual realizado en España durante la década de los años ’70, se estudia el insólito punto de vista de dos cineastas conocedores de las prácticasinternacionales. El texto indaga sobre el sentido de una pieza filmográfica que transgrede los códigos del lenguaje cinematográfico con humor, planteando, irónicamente, cuestiones relevantes acerca de las convenciones que rigen el audiovisual. La película queda vinculada alas manifestaciones artísticas de raíz conceptual de la artista plástica Eugènia Balcells, y al desarrollo teórico y práctico del cine experimental, divulgado y configurado por el escritor y realizador Eugeni Bonet. 133 se presenta como una creación cinematográfica que se sirve de latécnica del montaje de metraje encontrado para desvelar un carácter autorreflexivo, sutilmente lúdico, que remite a su propio soporte matérico en particular, y al arte del cine en general

Extracción de características para la clasificación de estados cognitivos a partir de imágenes FMRI

L’estudi de les funcions cerebrals humanes s’ha incrementat enormement durant els últims anys donada l’aparició de les imatges funcionals de ressonància magnètica (FMRI). Mentre que la tècnica s’ha emprat principalment en la localització de diferents funcions cerebrals, el problema de classificació d’estats cognitius ha estat poc explorat. L’estudi d’aquest problemaés important perquè pot servir com a eina per a detectar i seguir processoscognitius (seqüències d’estats cognitius) amb la finalitat de diagnosticarproblemes en el moment d’executar una tasca complexa.En aquest treball s’investiguen diferents aproximacions per a detectar l’estat cognitiu d’una persona prenent com a base la seva imatge de ressonància magnètica. En particular, s’han investigat varis mecanismes de sel·lecció de característiques així com mètodes d’aprenentatge automàtic pelproblema de la discriminació d’estats cognitius procedents d’estimuls auditius.Es presenten els resultats d’un estudi sobre estímuls musicals.

Classificació de sons percussius amb un model generatiu

El treball que presentem a continuació desenvolupa un marc teòric i pràctic per a l'avaluació i estudi d'un model generatiu aplicat a tasques discriminatives de senyals sonores sense component harmònica. El model generatiu està basat en la construcció de l'anomenada deep belief network, un tipus de xarxa neuronal generativa que permet realitzar tasques de classificació i regressió com també de reconstrucció dels seus estats interns.A partir de l'anàlisi realitzada hem pogut obtenir resultats en classificació aparellats amb els resultats de l'estat de l'art de classificadors de sons inharmònics. Tot i no establir una clara superioritat envers altres mètodes, el present treball ha permés desenvolupar una anàlisi per almodel avaluat amb moltes possibilitats de millora en un futur per altres treballs. Al llarg del treball es demostra la seva eficàcia en tasques discriminatives, com també la capacitat de reduir la dimensionalitat de les dades d'entrada al model i les possibilitats de reconstruir els seus estats interns per a obtenir unes sortides de dades de la xarxa similars a les entrades de descriptors.El desenvolupament centrat en la deep belief network ens ha permés construir un entorn unificat d'avaluació de diferents mètodes d'aprenentatge, construcció i adequació de diferents descriptors sonors i una posterior visualització d'estats interns del mateix, que han possibilitat una avaluaciócomparativa i unificada respecte altres mètodes classificadors de l'estat de l'art. També ens ha permés desenvolupar una implementació en un llenguatge d'alt nivell, que ha reportat més significància per a l'enteniment i anàlisi del model avaluat, amb una argumentació més sòlida.Els resultats i l'anàlisi que reportem són significatius i positius per al model avaluat, i degut a la poca literatura existent en el camp de classificació de sons inharmònics com els sons percussius,creiem que és una aportació interessant i significativa per al camp en el que s'engloba el treball.

Aplicacions educatives basades en interfícies tangibles

L’educació és una de les bases més importants del món actual. A través de l’educació formem a les persones amb coneixements i valors indispensables per formar part de la societat. I aquestasocietat avança i evoluciona cada vegada més depressa; la nova societat de la informació, les noves tecnologies, les noves comunicacions… És per això que un àmbit tant important com l’educació també ha d’evolucionar al mateix ritme.Les noves generacions han de ser educades en les noves tecnologies ja que es tornenindispensables. Però a més també es planteja la qüestió de si aquestes innovacionstecnològiques suposen nous mètodes, noves eines, per proporcionar una educació de mésqualitat, que facin desenvolupar encara més les noves capacitats i aptituds dels nens.Un dels objectius principals d’aquest projecte és aquest. Primer cal investigar i preguntar-se si aquests nous avenços tecnològics es troben a l’aula, a l’educació dels més petits i si s’exploten els seus recursos de forma convenient. Llavors podem plantejar que és el que manca, i que espot millorar amb les noves tecnologies.Tots aquests avenços però, poden resultar eines molt complicades i inaccessibles pels nens i es pot acabar optant per no fer-ne ús. Per això en aquest projecte s’estudiarà la viabilitat de fer servir una nova eina, la ReacTable, una interfície tangible, interactiva i que pot proporcionar unús més fàcil, menys agressiu i més intuïtiu que la resta de tecnologies.

Diseño, implementación y evaluación de un juego pervasivo basado en puzles dentro del edificio Tànger (UPF)

Las nuevas generaciones de estudiantes se caracterizan en que han crecido inmersas en la tecnología digital, hecho que ha cambiado sus costumbres y preferencias en la forma de estudiar. Así que es necesario ingeniar nuevas técnicas de aprendizaje y buscar un complemento al poco atractivo y desmotivador material físico tradicional. Una de las alternativas que se plantean es utilizar juegos educativos como herramienta de aprendizaje, aportándonos innovación, motivación y un aprendizaje activo que no nos aportan técnicas más tradicionales.Esta metodología basada en el uso de juegos educativos puede afectar positivamente en un campo de educación perjudicado como es el área de las ingenierías del área de Tecnologías de la Información y la Comunicación (TIC), donde cada vez son más los jóvenes que deciden no estudiar carreras técnicas. Ante esta situación, aplicar juegos educativos puede ser una buena solución. Este proyecto consistirá en diseñar e implementar un juego educativo enfocado a aprender sobre algunos conceptos que se tratan en los grados de ingeniería informática, telemática y sistemas audiovisuales de la Universidad Pompeu Fabra (UPF). En concreto, el juego que se ha diseñado e implementado se caracteriza por seguir un modelo conceptual que define qué elementos han de contener un tipo concreto de juegos basados en puzles. Además, aprovechando las ventajas que aportan los estándares educativos, utilizaremos la especificación de IMS Learning Design, como parte de la implementación del juego. Por otro lado, nuestro juego será diseñado para dispositivos móviles y, por consiguiente, consistirá en un juego pervasivo en el que los estudiantes se tendrán que mover por el edificio Tànger de la UPF para poder resolver los diferentes problemas planteados. Finalmente, el juego será evaluado con diferentes estudiantes y serán analizados sus resultados para extraer las conclusiones oportunas.

Diseño, implementación y evaluación de un juego basado en puzzles para el aprendizaje de redes de ordenadores

El aprendizaje basado en juegos proporciona a los alumnos una forma de aprender más motivadora y gratificante al estudiante. Los juegos educativos permiten a los estudiantes centrarse completamente en un contenido concreto, resultándoles beneficioso a la hora de profundizar su conocimiento en esa materia. Esta forma de educar puede ayudar a revertir la situación actual de desinterés de los alumnos por las asignaturas del área de las ingenierías de las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TIC). En este sentido, estudios realizados y estadísticas demuestran que las matriculaciones en este sector han disminuido en los últimos años. Teniendo en cuenta estos factores, en este PFC se ha diseñado un juego educativo, basado en puzzles, para aprender conceptos relacionados con las redes de ordenadores, una de las temáticas principales en el campo de las ingenierías TIC. El diseño del juego está fundamentado en un modelo conceptual que define los elementos necesarios para crear juegos basados en puzzles. Por otra parte, en este PFC se hace uso de estándares educativos (en concreto, de la especificación de IMS Learning Design), para la implementación del juego. De este modo, el juego se beneficia de las ventajas derivadas del uso de estándares educativos: definición, compartición y reutilización de objetos de aprendizaje para el diseño, intercambio y la reutilización de estrategias pedagógicas, facilitando la interoperabilidad de los diseños pedagógicos complejos. Además, el juego se ha implementado con tecnología para Android,pudiendo de esta manera ser utilizado en dispositivos móviles que utilicen esta tecnología. Por último, nuestro juego ha sido evaluado por estudiantes de un centro escolar con el fin de analizar los resultados obtenidos a partir de sus opiniones y valoraciones.

Herramienta de autoría para la creación de juegos basados en puzles

L'aprenentatge basat en jocs facilita el millor enteniment de conceptes, aportant entorns estimulants on poder aprendre d'una manera diferent a l'actual. Alguns dels avantatges més destacables són, per exemple, que els jocs fomenten la capacitat dels jugadors per comunicar-se i interactuar entre si. D'altra banda també poden ajudar a pensar de manera critica quan tenenque establir vincles entre la vida virtual i la real, estimulant-los a intentar trobar la solució diferents maneres. Malgrat això, hi ha una escassetat d'eines que permetin als professors poder crear els seus propis jocs educatius.Per donar solució a aquest problema s'ha dissenyat un model conceptual que defineix els elements necessaris perquè professors puguin dissenyar els seus propis jocs educatius basats en puzles. En aquest PFC ens centrarem en el disseny i implementació d'una eina d'autoria que generi els documents d'acord amb aquest model conceptual. En concret, aquesta eina d'autorias'encarregarà de demanar la informació necessària per poder realitzar la creació del joc, de manera que qualsevol persona que tingui o no habilitats de programació, tingui una petita eina que li guiï pas a pas i li generi els arxius necessaris per a la creació d'aquests jocs. D'altra banda, donada els avantatges de l'ús d'estàndards educatius en sistemes d'e-learning, destacar queaquesta eina d'autoria és conforme a l'especificació d'IMS Learning Design (IMS LD). És per això que, com a resultat, l'eina s'encarrega d'emmagatzemar la informació necessària per després processar-la i generar els arxius corresponents a IMS LD per definir el flux d'activitats dels jocs, i els arxius corresponents al model conceptual que defineix els mecanismes de comportamentdels puzles associats a les activitats.

NewsMap: un mashup de notícies i GoogleMaps

Vivim en la era de la informació, una època en la que gracies a l’avanç de la tecnologia, tothom té a l’abast tota la informació que desitja instantàneament. Les noves tecnologies han revolucionat els mètodes tradicionals d’informació com son la televisió, radio i diaris, passant a ser Internet uns del medis de comunicació més utilitzats per una gran majoria de la població.El projecte que es desenvoluparà es centrarà en un tipus d’informació molt concreta: les notícies locals a succeïdes a l’estat espanyol. Normalment, a l’hora de veure noticies al telediari o llegir els diaris, els medis de comunicació tendeixen a la centralització de la informació de la capitaldel país o alguna de les ciutats mes importants, ometent una gran quantitat de noticies succeïdes en la resta de pobles o capitals de províncies del país.La segona innovació que vol introduir aquest projecte es la representació d’aquest tipusd’informació. Normalment, quan es consulten les diferents webs de noticies, trobem menústextuals que depenent de la opció triada, mostrarà un llistat textual de noticies, es a dir una navegació molt lineal i basada en la lectura de textos.El complement que permetrà realitzar aquesta representació alternativa de la informació esGoogleMaps, una aplicació que proporciona un mapa interactiu que permet representar una gran quantitat d’informació i amb el qual, els usuaris poden interactuar de forma intuïtiva i obtenir la informació per regions.L’aplicació que es vol aconseguir al finalitzar aquest projecte, fusionarà els dos conceptes esmentats obtenint un mapa de notícies. Es a dir, una interfície basada en un mapa interactiu amb el que els usuaris podran navegar per obtenir les notícies succeïdes en una determinada regió del país.

QuesTInSitu mobile: aplicació per a rutes de preguntes geolocalitzades

En plena era de la informació, les noves tecnologies s’han posat també al servei del’ensenyament. Per tal de proveir a l’estudiant dels mètodes més útils i eficients per donar suport al seu aprenentatge, han sorgit eines cada cop més acurades amb la intenció de proveird’una manera robusta tot allò que fins fa poc només es podia fer a les aules. Així va néixer el concepte d’e-learning.QuesTInSitu és una eina concebuda dins d’aquesta àrea que permet crear preguntesgeolocalitzades sobre mapes de GoogleMaps i organitzar-les com a rutes (qüestionaris), sobre el mapa que es desitgi del món. Aquest projecte ofereix la possibilitat de poder realitzar físicament l’activitat creada per QuesTInSitu mitjançant terminals mòbils amb connexió 3G i GPS. Per això, s’ha dissenyat un portal web adaptat, QuesTInSitu mobile, que permet realitzar les gimcanes geolocalitzades dissenyades prèviament. Malgrat aquest projecte està contingut enl’àrea del e-learning, ofereix un llarg ventall de possibilitats d’ús; publicitat o turisme en són alguns exemples.

L'Ensenyament del llenguatge a infants autistes

En aquest treball, s’expliquen les característiques de l’autisme i les anomalies lingüístiques que comporta, les quals condicionen els mètodes d’aprenentatge del llenguatge. També s’esmenten els principals mètodes generals d’ensenyament i es comparen amb la realitat a través d’entrevistes a professionals que ensenyen el llenguatge a infants autistes.

Aprenentatge automàtic de classes sintàctiques verbals

Aquest treball descriu una metodologia per classificar els verbs en català segons el seu comportament sintàctic. L’objectiu és adquirir un nombre reduït de classes bàsiques amb una precisió alta fent servir pocs recursos. Obtenir informació sobre classe sintàctica és un procés llarg i costós, però útil per a moltes tasques de PLN. Presentem com obtenir aquesta informació fent servir només un corpus amb anotació de categoria morfològica. Hem explorat tant tècniques supervisades com no supervisades. Primer presentem els experiments que fan servir un mètode supervisat per distingir automàticament entre verbs transitius i intransitius. El nostre sistema té una taxa d’error del 4,65%. Pel que fa als mètodes no supervisats (clustering), presentem dos experiments. El primer pretén classificar els verbs en transitius, intransitius i verbs que alternen amb la partícula se. El segon experiment té per objectiu fer una subclassificació entre intransitius purs i preposicional. Els resultats són uns coeficients-F de 0.84 i 0.88, respectivament.