Avaluació de la qualitat de vida dels pacients amb tumor vesical sotmesos a tractament amb BCG o Mitomicina endovesical

El tumor vesical superficial és la neoplàsia més comuna de l’aparell genitourinari. El tractament d’elecció és la RTU vesical, però moltes vegades precisa d’adjuvància posterior, com les instil•lacions de BCG o Mitomicina C endovesicals. Aquests tractaments no estan exempts d’efectes adversos, que poden afectar la qualitat de vida dels pacients als quals se’ls administra. La qualitat de vida relacionada amb la salut és una eina important per valorar l’impacte que tenen alguns procediments terapèutics. Mitjançant qüestionaris de salut es pretén avaluar-ho. S’ha intentat crear un qüestionari que pugui utilitzar-se en la pràctica diària pels pacients que reben tractament amb quimioteràpia o immunoteràpia endovesical.

Valoración del estudio vesical y del tracto urinario superior en pacientes con citología urinaria positiva y pruebas de imagen negativas

Introducció: La citologia urinària positiva en context de cistoscopia sense evidència de tumor macroscòpic obliga a continuar el seu estudi. En el nostre centre es realitzen biòpsies vesicals múltiples normatitzades (BMN) i citologia ureteral selectiva en aquest casos. Material i mètodes: Estudi retrospectiu de 70 pacients amb citologia urinària positiva en absència de tumor macroscòpic. Es van avaluar els resultats de totes les biòpsies vesicals múltiples i les citologies ureterals selectives realitzades. Resultats: Es va diagnosticar CIS vesical em 45 (64,3%) pacients. Es va detectar citologia ureteral positiva em 12: cinc (7,2%) en el costat esquerre i set (10%) en el dret. Es va observar CIS vesical concomitant em 2 de 5 pacients amb PAP ureteral positiu esquerra i em 5 de 7 amb PAP ureteral positiu dret. Conclusions: La biòpsia múltiple normatitzada (BMN) és útil per a aquest casos. Els pobres resultats obtinguts en citologia ureteral selectiva posen en dubte la rendibilitat de la seva utilització sistemàtica.

Capacidad pronóstica del eje SDF-1/CXCR4 en pacientes con carcinomas escamosos de cabeza y cuello

Introducció: El Stromal Derived Factor 1 (SDF-1) és una quimioquina que compta amb la capacitat de modular en la proliferació, supervivència, angiogènesi, quimiotaxi i metàstasi de les cèl•lules tumorals actuant a través del seu receptor: CXCR4. L'objectiu d'aquest estudi és valorar la relació en l'expressió dels gens de SDF-1 i CXCR4 comparant-los amb l'expressió en mucosa sana i determinar l'impacte en la supervivència en pacients amb Carcinoma escamós de cap i coll. Material i mètodes: Es va dur a terme una determinació de l'expressió de SDF-1 i CXCR4 en mostres de biòpsies prèvies al tractament i de mucosa sana en 76 pacients amb carcinoma escamós de cap i coll mitjançant una tècnica de PCR quantitativa. Es va determinar la supervivència ajustada mitjançant una tècnica d'arbres de classificació. Resultats: Van existir diferències significatives en la supervivència en funció dels nivells d'expressió de SDF-1 i CXCR4 (p = 0,004). Conclusions: L'expressió dels gens que codifiquen l'eix SDF-1 / CXCR4 té capacitat pronòstica significativa en pacients amb Carcinoma escatós de cap i coll.

Determinació de la regió del genoma o gens implicats en la síntesi del polièster extracel•lular present en la variant llisa de Mycobacterium vaccae mitjançant transformació

Estudi realitzat a partir d’una estada a la Universidad de Zaragoza, Espanya, entre novembre del 2007 i abril del 2008. Mycobacterium vaccae és un micobacteri ambiental de creixement ràpid molt estudiat pel seu interès com a possible ús immunoterapéutic en el tractament de la tuberculosis i altres malalties. M.vaccae a l’igual que altres micobacteris presenta dues morfologies colonials: llisa i rugosa. M.vaccae ATCC15483T té originàriament una morfologia llisa. Quant aquest es cultiva en medi sòlid a 30ºC apareixen espontàniament variants rugoses estables que no reverteixen a llises. El motiu pel qual aquest procés té lloc no es coneix, encara que s’ha descrit en Mycobacterium smegmatis i en Mycobacterium avium que els lípids de la paret cel•lular es troben involucrats en aquest canvi de morfologia colonial. L’anàlisi dels contingut en lípids i glicolípids de la paret cel•lular de les dos variants morfològiques de M.vaccae, ens ha indicat que les soques llises presenten un compost extracel•lular que no es troba en les rugoses i que mitjançant l’anàlisi estructural d’aquest compost ha sigut identificat com un polièster extracel•lular de cadena llarga. El present estudi s’ha centrat en determinar els gens implicats en la síntesis d’aquest compost. Per a realitzar aquest anàlisi genètic s’ha construit una llibreria de mutants per transposició de la soca llisa de M. vaccae mitjançant un plàsmid ts/sac i un transposó. S’han obtingut colònies de morfologia rugosa on el plàsmid s’ha insertat en la zona del genoma que codifica per aquest compost extracel•lular. Aquests nous mutants s’han analitzat mitjançant tècniques moleculars (PCR, Southern y seqüenciació). A mès, s’ha construit una llibreria genòmica amb DNA de la soca llisa en plàsmids replicatius de micobacteris derivats de pAL5000 i s’ha transformat la soca rugosa seleccionant per a un fenotip llis estudiant els gens que complementen.

Genomics of wine yeast: functional analysis of new and variable genes

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a l’Institut National de la Recherche Agronomique, França, entre 2007 i 2009. Saccharomyces cerevisiae ha estat el llevat utilitzat durant mil.lenis en l'elaboració de vins. Tot i així, es té poc coneixement sobre les pressions de selecció que han actuat en la modelització del genoma dels llevats vínics. S’ha seqüenciat el genoma d'una soca vínica comercial, EC1118, obtenint 31 supercontigs que cobreixen el 97% del genoma de la soca de referència, S288c. S’ha trobat que el genoma de la soca vínica es diferencia bàsicament en la possessió de 3 regions úniques que contenen 34 gens implicats en funcions claus per al procés fermentatiu. A banda, s’han dut a terme estudis de filogènia i synteny (ordre dels gens) que mostren que una d'aquestes tres regions és pròxima a una espècie relacionada amb el gènere Saccharomyces, mentre que les altres dos regions tenen un origen no-Saccharomyces. S’ha identificat mitjançant PCR i seqüenciació a Zygosaccharomyces bailii, una espècie contaminant de les fermentacions víniques, com a espècie donadora d'una de les dues regions. Les hibridacions naturals entre soques de diferents espècies dins del grup Saccharomyces sensu stricto ja han estat descrites. El treball és el primer que presenta hibridacions entre espècies Saccharomyces i no-Saccharomyces (Z. bailii, en aquest cas). També s’assenyala que les noves regions es troben freqüent i diferencialment presents entre els clades de S. cerevisiae, trobant-se de manera gairebé exclusiva en el grup de les soques víniques, suggerint que es tracta d'una adquisició recent de transferència gènica. En general, les dades demostren que el genoma de les soques víniques pateix una constant remodelació mitjançant l'adquisició de gens exògens. Els resultats suggereixen que aquests processos estan afavorits per la proximitat ecològica i estan implicats en l'adaptació molecular de les soques víniques a les condicions d'elevada concentració en sucres, poc nitrogen i elevades concentracions en etanol.

Valor pronóstico de la densidad microvascular y de la expresión del VEGF, EGFR y HIF-1 en pacientes con cáncer de cérvix localmente avanzado tratados con quimioradiación

Introducción: Colombia cuenta con poca información sobre el comportamiento del cáncer, no obstante, el carcinoma de cuello uterino representa la segunda causa de muerte por la enfermedad entre las mujeres de nuestro entorno. El patrón epidemiológico de la enfermedad es preocupante porque los estados localmente avanzados constituyen el estado más frecuente al momento del diagnóstico y la mortalidad siendo bastante alta a pesar de la presencia de un programa de cribado organizado. Objetivo: Describir el valor pronóstico de la densidad microvascular (DMV) y de la expresión proteica de varios genes relacionados con la supervivencia y proliferación del cáncer de cérvix localmente avanzado en un grupo de mujeres tratadas con quimioradiación y braquiterapia intracavitaria. Se estimaron la tasa de respuesta global (TRG), la supervivencia libre de progresión (SLP) y la supervivencia global (SG). Resultados: Se incluyeron 61 mujeres con una edad media de 52 ± 10 años; todas tenían diagnóstico de cáncer de cérvix localmente avanzado (IIA 2.3%/IIB 47.5%/IIIA 4.9%/IIIB 37.7%/IVA 3.3%/no definido 3.3%), con un volumen tumoral promedio de 6.4cm (DE ± 1.8cm) e infección por VPH en 46% de los casos; 58 sujetos (95%) tenían un patrón escamoso, dos fueron adenocarcinomas y &50% presentaba neoplasias moderada o pobremente diferenciadas. Todas fueron tratadas con quimioradiación (interrupción transitoria en teleterapia por toxicidad y otras causas en 19% y 21.4%, respectivamente/media de ciclos de platino concomitante 4.8 series ± 1.0) y braquiterapia (77% completaron el tratamiento intracavitario). La mediana para la SLP y global fue de 6.6 meses (r, 4.0-9.1) y 30 meses (r, 11-48), respectivamente. Ninguna de las variables tuvo un efecto positivo sobre la SLP, mientras el análisis multivariado demostró que los niveles de expresión del VEGF (P=0.026), EGFR (P=0.030), y el volumen tumoral menor de 6 cm (P=0.02) influyeron positivamente sobre éste desenlace. Conclusión: Existe una influencia positiva sobre el pronóstico, de la tipificación en el cáncer de cérvix localmente avanzado tratado con quimioradiación basada en platino.

Control de márgenes quirúrgicos del carcinoma basocelular según la especialidad del cirujano

Introducción: el principal tratamiento del carcinoma basocelular (CBC) es la extirpación quirúrgica. Objetivo: determinar la prevalencia de márgenes afectados por el tumor, globalmente y en función del especialista que lo interviene. Métodos: se realizó un estudio retrospectivo de de los informes histológicos de CBC (enero de 2009 - marzo de 2010), un análisis estadístico (Chi-cuadrado de Pearson, U de Mann-Whitney, test de Kruskal-Wallis) y multivariable mediante regresión

Aspectos metabólicos y multivitamínicos del maíz

La deficiencia de vitamina A causa 2.2 millones de muertes al año. Por tanto, investigadores intentan elevar el contenido de β-caroteno y otros carotenoides en cereales mediante la ingeniería genética. Mi trabajo consistió en analizar carotenoides en maíz y callos de arroz transgénico con el fin de indentificar y cuantificar estos pigmentos y además analizar la ruta metabólica de los mismos. Por tal motivo, desarrollaré una técnica analítica por HPLC y UHPLC que me permitió separar la mezcla de carotenoides. Estas moléculas se detectaton utilizando un detector de arreglo de diodos y masas. Con éste último se probaron distintas técnicas de ionización (ESI, APCI y APPI) para encontrar la mejor técnica que ionizara carotenos y xantófilas. Además se hallaron transiciones para identificar a cada uno de los carotenoides. Para mostrar la confiabilidad del método analítico, realicé la validación del mismo y determiné factores importantes que influyen en el análisis de carotenoides, como por ejemplo, su estabilidad química. Para analizar la ruta metabólica de los carotenoides, se realizaron distintos experimentos, entre ellos, introducir distintas combinaciones de genes en el maíz y arroz que permitieran entender cuáles eran las enzimas importantes que permitían la acumulación de carotenoides. También se analizó la biosíntesis de carotenoides a distintas etapas del desarrollo de la semilla de maíz, desde los 15 días después de la polinización (DAP) hasta los 60 DAP y su estabilidad química a lo largo de todo este período. Finalmente, se profundizó en la identificación de nuevos carotenoides encontrados en las muestras, como los oxo-carotenoides (utilizados en la industria como colorantes). Para llevar acabo su identificación, se realizaron pruebas químicas, se determinaron sus espectros visibles y sus fragmentos por masas.   

Comparación de datos de expresión génica del servidor local con datos de una base de datos remota

En la presente memoria se detalla con precisión las diversas fases del trabajo para construir una aplicación web en el servidor http://revolutionresearch.uab.es que permite enriquecer los clusters de la microarray del usuario con información biomédica de una base de datos remota. Los clusters de origen estadístico (o no) de la microarray del usuario se enriquecen a partir de cruzar sus genes marcadores con la base de datos de genes marcadores de microarrays (base de datos remota) con clusters basados en información biomédica. La base de datos de genes marcadores de microarrays ha sido obtenida a partir de la base de datos de GEO Profiles del NCBI.

The histone deactylase SIRT6 is a novel tumor suppressor that regulates cancer metabolism.

Report for the scientific sojourn carried out at the University of Aarhus, Denmark, from 2010 to 2012. Reprogramming of cellular metabolism is a key process during tumorigenesis. This metabolic adaptation is required in order to sustain the energetic and anabolic demands of highly proliferative cancer cells. Despite known for decades (Warburg effect), the precise molecular mechanisms regulating this switch remained unexplored. We have identify SIRT6 as a novel tumor suppressor that regulates aerobic glycolysis in cancer cells. Importantly, loss of this sirtuin in non-transformed cells leads to tumor formation without activation of known oncogenes, indicating that SIRT6 functions as a first-hit tumor suppressor. Furthermore, transformed SIRT6-deficient cells display increased glycolysis and tumor growth in vivo, suggesting that SIRT6 plays a role in both establishment and maintenance of cancer. We provide data demonstrating that the glycolytic switch towards aerobic glycolysis is the main driving force for tumorigenesis in SIRT6-deficient cells, since inhibition of glycolysis in these cells abrogates their tumorigenic potential. By using a conditional SIRT6-targeted allele, we show that deletion of SIRT6 in vivo increases the number, size and aggressiveness of tumors, thereby confirming a role of SIRT6 as a tumor suppressor in vivo. In addition, we describe a new role for SIRT6 as a regulator of ribosome biogenesis by co-repressing MYC transcriptional activity. Therefore, by repressing glycolysis and ribosomal gene expression, SIRT6 inhibits tumor establishment and progression. Further validating these data, SIRT6 is selectively downregulated in several human cancers, and expression levels of SIRT6 predict both prognosis and tumor-free survival rates, highlighting SIRT6 as a critical modulator of cancer metabolism. Our results provide a potential Achilles’ hill to tackle cancer metabolism.

Estudi de la regulació del procés de formació de la fusta per a l’obtenció de biomassa i biocombustibles: el paper clau de dos factors de transcripció MYB amb funcions antagòniques

Estudi realitzat a partir d’una estada al Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales - Université Toulouse III, entre 2010 i 2012. Durant l’estada s’han pogut complir els principals objectius del projecte de recerca sobre la regulació de la formació de les parets secundàries en un arbre d’importància econòmica, l’eucaliptus. S’ha caracteritzat dos factors de transcripció, EgMYB1 i 2, comparant el seu patró d’expressió espaciotemporal a nivell cel•lular i estudiant l’efecte fenotípic de la pèrdua de funció d’aquests gens. A més, s’ha construït una llibreria de xilema d’eucaliptus adaptada a la tècnica dels dos híbrids i s’ha descobert alguns del partners proteics d’EgMYB1 i 2, els quals estic actualment validant per mètodes alternatius. Augmentant els objectius inicials de la sol•licitud, he aprofitat la recent publicació del genoma de l’Eucalyptus grandis per identificar i caracteritzar el patró d’expressió de vàries famílies gèniques.

Bioinformática: interfaz web para mostrar las relaciones de expresión entre grupos de genes

El projecte que es presenta en aquesta memòria està composat per un preproces i una aplicació web. L’objectiu del treball realizat és mostrar les relacions d’expresió entre grups de gens. A més de dissenyar l’aplicació web en : http://revolutionresearch.uab.es que permetrà l’estudi dels resultats obtinguts.

Conserved chromosomal clustering of genes governed by chromatin regulators in Drosophila

BACKGROUND: The trithorax group (trxG) and Polycomb group (PcG) proteins are responsible for the maintenance of stable transcriptional patterns of many developmental regulators. They bind to specific regions of DNA and direct the post-translational modifications of histones, playing a role in the dynamics of chromatin structure. RESULTS: We have performed genome-wide expression studies of trx and ash2 mutants in Drosophila melanogaster. Using computational analysis of our microarray data, we have identified 25 clusters of genes potentially regulated by TRX. Most of these clusters consist of genes that encode structural proteins involved in cuticle formation. This organization appears to be a distinctive feature of the regulatory networks of TRX and other chromatin regulators, since we have observed the same arrangement in clusters after experiments performed with ASH2, as well as in experiments performed by others with NURF, dMyc, and ASH1. We have also found many of these clusters to be significantly conserved in D. simulans, D. yakuba, D. pseudoobscura and partially in Anopheles gambiae. CONCLUSION: The analysis of genes governed by chromatin regulators has led to the identification of clusters of functionally related genes conserved in other insect species, suggesting this chromosomal organization is biologically important. Moreover, our results indicate that TRX and other chromatin regulators may act globally on chromatin domains that contain transcriptionally co-regulated genes.

A targeted association study of immunity genes and networks suggests novel associations with placental malaria infection

A large proportion of the death toll associated with malaria is a consequence of malaria infection during pregnancy, causing up to 200,000 infant deaths annually. We previously published the first extensive genetic association study of placental malaria infection, and here we extend this analysis considerably, investigating genetic variation in over 9,000 SNPs in more than 1,000 genes involved in immunity and inflammation for their involvement in susceptibility to placental malaria infection. We applied a new approach incorporating results from both single gene analysis as well as gene-gene interactionson a protein-protein interaction network. We found suggestive associations of variants in the gene KLRK1 in the single geneanalysis, as well as evidence for associations of multiple members of the IL-7/IL-7R signalling cascade in the combined analysis. To our knowledge, this is the first large-scale genetic study on placental malaria infection to date, opening the door for follow-up studies trying to elucidate the genetic basis of this neglected form of malaria.

Genome-wide screen of genes required for caffeine tolerance in fission yeast

Background: An excess of caffeine is cytotoxic to all eukaryotic cell types. We aim to study how cells become tolerant to atoxic dose of this drug, and the relationship between caffeine and oxidative stress pathways.Methodology/Principal Findings: We searched for Schizosaccharomyces pombe mutants with inhibited growth on caffeinecontainingplates. We screened a collection of 2,700 haploid mutant cells, of which 98 were sensitive to caffeine. The genes mutated in these sensitive clones were involved in a number of cellular roles including the H2O2-induced Pap1 and Sty1 stress pathways, the integrity and calcineurin pathways, cell morphology and chromatin remodeling. We have investigated the role of the oxidative stress pathways in sensing and promoting survival to caffeine. The Pap1 and the Sty1 pathways are both required for normal tolerance to caffeine, but only the Sty1 pathway is activated by the drug. Cells lacking Pap1 aresensitive to caffeine due to the decreased expression of the efflux pump Hba2. Indeed, ?hba2 cells are sensitive to caffeine, and constitutive activation of the Pap1 pathway enhances resistance to caffeine in an Hba2-dependent manner. Conclusions/Significance: With our caffeine-sensitive, genome-wide screen of an S. pombe deletion collection, we havedemonstrated the importance of some oxidative stress pathway components on wild-type tolerance to the drug.