ABS: a database of Annotated regulatory Binding Sites from orthologous promoters

Information about the genomic coordinates and the sequence of experimentally identified transcription factor binding sites is found scattered under a variety of diverse formats. The availability of standard collections of such high-quality data is important to design, evaluate and improve novel computational approaches to identify binding motifs on promoter sequences from related genes. ABS (http://genome.imim.es/datasets/abs2005/index.html) is a public database of known binding sites identified in promoters of orthologous vertebrate genes that have been manually curated from bibliography. We have annotated 650 experimental binding sites from 68 transcription factors and 100 orthologous target genes in human, mouse, rat or chicken genome sequences. Computational predictions and promoter alignment information are also provided for each entry. A simple and easy-to-use web interface facilitates data retrieval allowing different views of the information. In addition, the release 1.0 of ABS includes a customizable generator of artificial datasets based on the known sites contained in the collection and an evaluation tool to aid during the training and the assessment of motif-finding programs.

Mutation patterns of amino acid tandem repeats in the human proteome

Background: Amino acid tandem repeats are found in nearly one-fifth of human proteins. Abnormal expansion of these regions is associated with several human disorders. To gain further insight into the mutational mechanisms that operate in this type of sequence, we have analyzed a large number of mutation variants derived from human expressed sequence tags (ESTs).Results: We identified 137 polymorphic variants in 115 different amino acid tandem repeats. Of these, 77 contained amino acid substitutions and 60 contained gaps (expansions or contractions of the repeat unit). The analysis showed that at least about 21% of the repeats might be polymorphic in humans. We compared the mutations found in different types of amino acid repeats and in adjacent regions. Overall, repeats showed a five-fold increase in the number of gap mutations compared to adjacent regions, reflecting the action of slippage within the repetitive structures. Gap and substitution mutations were very differently distributed between different amino acid repeat types. Among repeats containing gap variants we identified several disease and candidate disease genes.Conclusion: This is the first report at a genome-wide scale of the types of mutations occurring in the amino acid repeat component of the human proteome. We show that the mutational dynamics of different amino acid repeat types are very diverse. We provide a list of loci with highly variable repeat structures, some of which may be potentially involved in disease.

Dissecting the role of low-complexity regions in the evolution of vertebrate proteins

Low-complexity regions (LCRs) in proteins are tracts that are highly enriched in one or a few aminoacids. Given their high abundance, and their capacity to expand in relatively short periods of time through replication slippage, they can greatly contribute to increase protein sequence space and generate novel protein functions. However, little is known about the global impact of LCRs on protein evolution. We have traced back the evolutionary history of 2,802 LCRs from a large set of homologous protein families from H.sapiens, M.musculus, G.gallus, D.rerio and C.intestinalis. Transcriptional factors and other regulatory functions are overrepresented in proteins containing LCRs. We have found that the gain of novel LCRs is frequently associated with repeat expansion whereas the loss of LCRs is more often due to accumulation of amino acid substitutions as opposed to deletions. This dichotomy results in net protein sequence gain over time. We have detected a significant increase in the rate of accumulation of novel LCRs in the ancestral Amniota and mammalian branches, and a reduction in the chicken branch. Alanine and/or glycine-rich LCRs are overrepresented in recently emerged LCR sets from all branches, suggesting that their expansion is better tolerated than for other LCR types. LCRs enriched in positively charged amino acids show the contrary pattern, indicating an important effect of purifying selection in their maintenance. We have performed the first large-scale study on the evolutionary dynamics of LCRs in protein families. The study has shown that the composition of an LCR is an important determinant of its evolutionary pattern.

Creando redes, estableciendo sinergias: la contribución de la investigación a la educación. I Simposio internacional REUNI+D

[spa] Este texto recoge las contribuciones al I Seminario internacional REUNI+D. Creando redes, estableciendo sinergias: la contribución de la investigación a la educación, que tuvo lugar en Barcelona el 11 de octubre de 2013. La organización del seminario partió de la necesidad de contribuir a la difusión, el intercambio y la discusión de las aportaciones y resultados de la investigación educativa y sus implicaciones para la mejora de la educación. Sus finalidades fueron: (a) Ofrecer una visión de conjunto de los ámbitos y temas de investigación abordados en los últimos años por los miembros de REUNI+D y los grupos que participaron en el evento; y (b) Debatir la capacidad de los investigadores para intervenir en las decisiones sobre políticas de investigación y reivindicar su papel como interlocutores a la hora de establecerlas.

Nativos e inmigrantes digitales en la escuela

El artículo explora las actitudes, las destrezas y los hábitos en el uso y el consumo de las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TIC) que presentan diferentes generaciones de españoles, a partir de la famosa metáfora de Marc Prensky sobre los nativos y los inmigrantes digitales. Además de presentar, desarrollar y criticar esta metáfora, se aportan datos de otras investigaciones recientes de varias disciplinas (ciencias del lenguaje, educación, informática), para fundamentar la tesis de que se está produciendo un cambio cultural profundo en las formas de acceso, circulación y construcción de la información y del conocimiento, que afecta de modo directo a la actividad en las escuelas. La última parte del texto describe esta situación y aporta algunas ideas para avanzar en la búsqueda de una educación que integre las TIC de modo más decidido en las diversas materias curriculares y que trace puentes entre lo que los chicos hacen con las TIC fuera de la escuela y lo que tienen que aprenden dentro de la misma.

"Aunque lea poco, yo sé que soy listo”. Estudio de caso sobre un adolescente que no lee literatura

Exploramos con un estudio de caso la lectura como práctica social en la vida de un adolescente que acaba de abandonar los estudios en 1º de Bachillerato. Desde el prisma teórico de los Nuevos Estudios de Literacidad, analizamos su punto de vista y sus creencias sobre las prácticas lectoras dominantes y vernáculas en las que participa, dentro y fuera del Instituto. A pesar de su fuerte desinterés por la lectura académica, nuestro informante ha construido una vida lectora variada y activa al margen de la escuela.

Comunicación institucional y prensa local de Manlleu en el franquismo, 1940-1957

[spa] El artículo trata de la retórica del periodismo y la comunicación institucional en la localidad de Manlleu (Barcelona, Spain). El boletín municipal Manlleu (1940-1957) fue una cabecera local en el franquismo de posguerra que publicó los programas de fiesta mayor. El estudio muestra cómo creó la propaganda política una memoria histórica con el martirologio y los agravios de la República. Esta investigación forma parte de los estudios sobre fiesta y discurso Celebratio et oratio. Y contribuye a los repertorios históricos de comunicación local e institucional (ReCoLI). El repertorio combina los ámbitos del discurso, las instituciones locales y la ideología, bajo una perspectiva histórica. "Institutional communication and local press during the Franco regime in Manlleu (Spain, 1940-1957)".

Los estándares internacionales de sistemas de gestión : pasado, presente y futuro

En este artículo se analiza la fuerte incidencia que en los últimos años ha tenido a nivel internacional la difusión de diversos estándares internacionales de sistemas de gestión de empresas. Se analiza la génesis y difusión de las principales normas internacionales de gestión – la familia de normas ISO 9000- e ISO 14000-, subrayándose la especial repercusión de estos estándares en la Unión Europea (UE) y en España, para a continuación analizar cuáles son los nuevos ámbitos de la gestión empresarial sobre los que se han promulgado, o se ha planificado promulgar, este tipo de estándares. Asimismo, se analizan las fortalezas y debilidades de la extensión de este modelo de normalización, y se reflexiona, por último, acerca de evolución futura

Uso del casco en adolescentes usuarios de ciclomotores en la ciudad de Gerona, 2006

Las lesiones cerebrales por traumatismos craneocerebrales son la causa más frecuente de defunción en colisiones de tráfico con la implicación de vehículos de dos ruedas. A pesar de la probada eficacia del uso del casco como dispositivo de protección de la cabeza para atenuar las lesiones en caso de colisión, algunos adolescentes y jóvenes no lo utilizan. El objetivo de este trabajo es identificar las variables que mejor predicen el uso del casco entre adolescentes usuarios de ciclomotores

Emergence of novel domains in proteins

Proteins are composed of a combination of discrete, well-defined, sequence domains, associated with specific functions that have arisen at different times during evolutionary history. The emergence of novel domains is related to protein functional diversification and adaptation. But currently little is known about how novel domains arise and how they subsequently evolve. To gain insights into the impact of recently emerged domains in protein evolution we have identified all human young protein domains that have emerged in approximately the past 550 million years. We have classified them into vertebrate-specific and mammalian-specific groups, and compared them to older domains. We have found 426 different annotated young domains, totalling 995 domain occurrences, which represent about 12.3% of all human domains. We have observed that 61.3% of them arose in newly formed genes, while the remaining 38.7% are found combined with older domains, and have very likely emerged in the context of a previously existing protein. Young domains are preferentially located at the N-terminus of the protein, indicating that, at least in vertebrates, novel functional sequences often emerge there. Furthermore, young domains show significantly higher non-synonymous to synonymous substitution rates than older domains using human and mouse orthologous sequence comparisons. This is also true when we compare young and old domains located in the same protein, suggesting that recently arisen domains tend to evolve in a less constrained manner than older domains. We conclude that proteins tend to gain domains over time, becoming progressively longer. We show that many proteins are made of domains of different age, and that the fastest evolving parts correspond to the domains that have been acquired more recently.

El principio del Universal Design. Concepto y desarrollos en la enseñanza superior

Los principios, las prácticas y la investigación sobre diseño universal han sidoimplantados progresivamente en diferentes ámbitos, respecto al diseño y la preparación de entornos para la atención a las necesidades de las personas con discapacidad. En el contexto internacional, este desarrollo ha estado vinculado al avance en derechos sobre igualdad de oportunidades. En el contexto legislativo español, en la Ley 51/2003 se introducen definiciones sobre «accesibilidad universal» y «diseño para todos», con lo que se genera un marco que posibilita el análisis de fuentes conceptuales y de aplicación en nuestro contexto, de las aportaciones del diseño universal, así como su consideración para la fundamentación de prácticas de innovación e investigación en nuestros ámbitos universitarios. En este trabajo, a partir de una amplia revisión de fuentes y aportaciones de gran trayectoria en este campo, se presentan y analizan distintos enfoques, a través de los cuales se están desarrollando y aplicando prácticas de diseño universal en el ámbito de la enseñanza universitaria, y se plantean sus implicaciones educativas. Este análisis permite concluir que las aplicaciones del diseño universal parecen más prometedoras para el progreso hacia metas de inclusión en el entorno universitario que una perspectiva de «adaptación curricular»; aunque se pone de manifiesto la necesidad de que la investigación que se desarrolle en nuestros contextos aporte pruebas y elementos que favorezcan su implementa- ción. Aplicar prácticas docentes y de planificación en la enseñanza universitaria con bases en el diseño universal podría contribuir a superar, eliminar o evitar en un futuro barreras en el aprendizaje, no solo limitadoras del progreso de las personas con discapacidad, sino también del conjunto del alumnado. Asimismo, las conclusiones de este trabajo plantean aplicaciones y estimaciones de nuevas muestras empíricas como puntos de partida para futuras y posibles determinaciones de enfoques conceptuales.

L'aplicació de la normativa comptable europea en el sector sanitari públic: estudi comparat sobre l'aplicació del Sistema Europeu de Comptes SEC-95 als centres sanitaris del Regne Unit, França i Alemanya

Aquest informe té per objecte analitzar com s'interpreta i aplica la normativa comptable europea (el Sistema Europeu de Comptes SEC-95) en el sector sanitari públic, des d'una perspectiva de Dret comparat. Concretament, l'estudi es centra en l'aplicació del SEC-95 als centres sanitaris del Regne Unit, França i Alemanya, amb la finalitat de poder extreure conclusions que resultin d'utilitat en l'àmbit de les Empreses Públiques i Consorcis (EPIC) del Sistema Sanitari Català.

La aplicación de la normativa contable europea en el sector sanitario público: estudio comparado sobre la aplicación del Sistema Europeo de Cuentas SEC-95 en los centros sanitarios del Reino Unido, Francia y Alemania

El presente informe tiene por objeto analizar cómo se interpreta y aplica la normativa contable europea (el Sistema Europeo de Cuentas SEC-95) en el sector sanitario público desde la perspectiva del Derecho comparado. Concretamente, el estudio se centra en la aplicación del SEC-95 en los centros sanitarios del Reino Unido, Francia y Alemania, a fin de poder extraer conclusiones que resulten de utilidad en el ámbito de las Empresas Públicas y Consorcios (EPYC) del Sistema Sanitario Catalán.

EL Portafolio docente como estrategia formativa innovadora del profesorado novel universitario. Un estudio de casos

Este artículo sintetiza los resultados y las principales conclusiones de una investigación realizada en la Universidad de Barcelona sobre el tema del portafolio docente, un fenómeno bastante reciente en el campo de la formación del profesorado en general, y en la del docente universitario en particular. La introducción de esta herramienta en la Enseñanza universitaria se debe a la Asociación Canadiense de Profesores de Universidad (en la década de los ochenta), que la empleó para la habilitación y la evaluación de docentes. Sin embargo, en este trabajo se parte de la idea de que los portafolios docentes tienen también una vertiente formativa y resultan útiles en la mejora y el desarrollo profesional del profesorado universitario novel. Explorar este aspecto es el objetivo de nuestro estudio. Se ha elegido, como campo de aplicación, el profesorado novel de la Universidad de Barcelona, que ha elaborado un portafolio docente en los cursos de Iniciación en la Docencia Universitaria. El enfoque usado ha sido cualitativo y como estrategia metodológica hemos optado por el estudio de casos múltiple, dado que la muestra está constituida por 10 profesores universitarios noveles de diferentes áreas de conocimiento. Para recoger y registrar la información, los instrumentos empleados fueron la entrevista en profundidad y el análisis de documentos. Los resultados apuntan a que el verdadero valor del portafolio docente reside en su potencial formativo y para el desarrollo profesional del profesorado universitario novel. También revelan que el portafolio es una herramienta valiosa para un nuevo profesionalismo docente, que se orienta a la reflexión sobre la propia práctica docente y al desarrollo de una enseñanza más acorde con las exigencias de la nueva sociedad del conocimiento.

Derechos emergentes en regiones emergentes: el derecho al agua potable y al saneamiento en Asia Central

El derecho humano al agua potable y al saneamiento viene afirmándose de manera cada vez más rotunda en el plano internacional. Supone la capacidad de cada ser humano de acceder a agua limpia y segura de manera asequible, y la obligación correlativa de los Estados de garantizar y proteger este derecho. Los Estados de Asia Central disponen de agua suficiente para garantizar este derecho a todos sus ciudadanos, pero la mala gestión y el despilfarro hace que algunas zonas, sobre todo rurales, tengan importantes carestías. Las mejoras en tarificación, servicio y cooperación transfronteriza se apuntan como posibles vías de solución.