16 resultados para nested scalar convolutions
Resumo:
Biomphalaria glabrata, molusco de gua doce, desempenha um importante papel em Parasitologia Mdica, por ser o hospedeiro intermedirio de Schistosoma mansoni, tremtode digentico responsvel pela schistosomose intestinal. A deteco de moluscos infectados pelo Schistosoma mansoni tem uma grande importncia em Sade pblica, porque identifica focos de transmisso da schistosomose. As limitaes dos mtodos clssicos para o diagnstico de infeces pr patentes fazem com que os mtodos de biologia moleculares sejam vistos como possveis alternativas atravs da deteco de ADN do S. mansoni em moluscos hospedeiros. A deteco de sequncias especficas de ADN por reaco de polimerase em cadeia (PCR) tem-se verificado ser de extrema importncia para a anlise gentica e diagnstico de vrias doenas infecciosas. Neste estudo foi aplicada a tcnica de Nested-PCR, com o objectivo de identificar, no perodo pr-patente, S. mansoni em moluscos expostos a 1, 5 e 10 miracdios em diferentes perodos de tempo. Foram utilizados moluscos das estirpes albina e selvagem de B. glabrata. Para a realizao das tcnicas de PCR e de NestedPCR (NPCR) foram utilizados dois pares de oligonucletidos desenhados especificamente para detectar o ADN de S. mansoni . Verificou-se amplificao do fragmento de ADN do parasita em 80% das amostras analisadas, independentemente da dose de miracdios e do perodo de exposio. O mtodo utilizado altamente sensvel, mostrando ser uma ferramenta til na deteco de hospedeiros intermedirios de S. mansoni, consequentemente na identificao de focos de schistosomose intestinal. Palavras-chave: Schistosoma mansoni, Biomphalaria glabrata, perodo pr-patente e Reaco em Cadeia de Polimerase.
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This paper suggests that a convenient score test against non-nested alternatives can be constructed from the linear combination of the likelihood functions of the competing models. It is shown that this procedure is essentially a test for the correct specification of the conditional distribution of the variable of interest.
Resumo:
Dissertao apresentada para obteno do Grau de Doutor em Matemtica, Estatstica, pela Universidade Nova de Lisboa, faculdade de Cincias e Tecnologia
Resumo:
Dissertao apresentada na Faculdade de Cincias e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obteno do grau de Mestre em Biotecnologia
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Resumo O vrus citomeglico humano (CMV) o principal agente de infeco congnita, atingindo cerca de 0.2 a 2.2% de todos os recm-nascidos. As crianas que nascem infectadas por este vrus tm cerca de 11% a 12.7% de probabilidades de apresentarem sintomas e sinais de doena citomeglica ao nascimento, podendo cerca de 40 a 58% destas virem a apresentar sequelas neurolgicas permanentes. Das crianas infectadas que tero infeco assintomtica no perodo neo-natal, 5 a 15% podero vir igualmente a sofrer de sequelas tardias, sobretudo a surdez ou o atraso mental. Em Portugal, desconhece-se a dimenso deste problema. O primeiro objectivo desta dissertao foi, desta forma, a determinao da prevalncia atravs do recurso aos cartes do diagnstico precoce (Guthrie cards), utilizando uma tcnica de nested-PCR dirigida para o vrus. Foram estudados 3600 cartes, seleccionados de todo o territrio nacional (continente e ilhas), de uma forma proporcional ao nmero de nascimentos em cada distrito, dos quais 38 foram positivos, o que d uma prevalncia de 1.05% (intervalo de confiana para 95%: 0.748-1.446). A reviso sobre a experincia acumulada nos ltimos 15 anos, na rea do diagnstico pr-natal, juntamente com um estudo adicional sobre a tcnica da avidez, permitiu retirar algumas ilaes, nomeadamente que este diagnstico constitui uma arma diagnostica fivel para a avaliao pr-natal desta infeco congnita e que a seleco dos casos para amniocentese dever obedecer a indicaes serolgicas precisas, como a seroconverso para IgG ou a IgM confirmada (devendo o mtodo de confirmao ser a avidez das IgG com um ndice <0,6) e as alteraes ecogrficas de etiologia no esclarecida. A possibilidade de utilizar pools de urinas para detectar a infeco congnita por CMV foi abordada na terceira parte do trabalho experimental. A metodologia a descrita teve correlao total com o mtodo de referncia, permitindo uma reduo bastante significativa nos tempos de execuo e nos custos em consumveis, pelo que abre a possibilidade da sua utilizao para o rastreio da infeco congnita por CMV nos recm-nascidos.
Resumo:
A infeco urogenital causada por Chlamydia trachomatis a doena bacteriana sexualmente transmissvel mais comum na Europa, tanto em homens como em mulheres. Constitui um grave problema de sade pblica devido elevada percentagem de portadores assintomticos, s complicaes clnicas que da podem resultar e possibilidade de transmisso vertical. O presente trabalho teve como principais objectivos: i) avaliar a prevalncia da infeco por C. trachomatis e por Neisseria gonorrhoeae num grupo de grvidas de 36 semanas atendidas na consulta externa de Obstetrcia do Hospital Amadora Sintra e nos recm-nascidos de mes infectadas, ii) identificar os serovares responsveis pelas infeces por C. trachomatis, iii) verificar a distribuio da prevalncia da infeco por C. trachomatis em funo da idade e iv) avaliar a utilidade de uma tcnica de PCR multiplex e de PCR multiplex em tempo real no diagnstico desta infeco. Foram testadas 1201 amostras de urina do primeiro jacto de grvidas e 18 exsudados oculares provenientes de recm-nascidos cujas mes estavam infectadas com C. trachomatis. Cada amostra foi testada pelas tcnicas de PCR multiplex e de PCR multiplex em tempo real, tendo como alvos de amplificao um fragmento do plasmdio crptico e outro do gene omp1. Todos os resultados positivos foram confirmados com uma tcnica de nested PCR e posteriormente enviados para sequenciao para identificao dos serovares envolvidos. Em todas as amostras foi ainda pesquisada a presena de ADN de N. gonorrhoeae atravs de tcnicas de PCR e de PCR em tempo real sendo que, na primeira, o alvo a amplificar foi um fragmento do gene ccpB do plasmdio pJDI e na segunda o pseudogene porA. Os resultados positivos foram confirmados por RFLP. A prevalncia da infeco por C. trachomatis e por N. gonorrhoeae foi de 3,7% (45/1201) e de 0,08% (1/1201), respectivamente. Nos recm-nascidos, a prevalncia foi de 0% para ambas as infeces, embora o nmero de recm-nascidos estudados (18/45) dificilmente seja representativo. O serovar mais prevalente foi o E (31,1%), seguido do G (15,6%), do D/Da (13,3%), do F, I/Ia e do J (11,1%). O serovar K foi identificado em 4,4% das amostras infectadas e o H em apenas 2,2%. A tcnica de PCR multiplex em tempo real parece ser mais adequada para o diagnstico da infeco por C. trachomatis do que a tcnica de PCR multiplex, tendo a primeira detectado 100% dos casos de infeco por este microrganismo (45/45), enquanto que a segunda detectou apenas 71% (32/45) dos mesmos.
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RESUMO: Nas ltimas quatro dcadas, desenvolveram-se vrios estudos, dispersos por todo o mundo, visando analisar a importncia da transmisso perinatal do CMV pelo leite materno, nos recm-nascidos prematuros e de baixo peso nascena. Comparando estes estudos, as taxas de incidncia de infeco e doena so extremamente variveis, no havendo consenso entre os autores. Surgiu, assim, a necessidade de realizar a presente dissertao, pioneira ao nvel nacional, com o objectivo de determinar a incidncia da infeco perinatal citomeglica, transmitida atravs do aleitamento materno a recmnascidos prematuros, e identificar as suas consequncias clnicas. Para a elaborao deste trabalho foram seleccionados todos os recm-nascidos com idade gestacional inferior a 35 semanas e respectivas mes seropositivas para CMV, internados na Unidade de Cuidados Intensivos de Neonatalogia do Hospital de So Francisco Xavier, entre o perodo de 1 de Outubro de 2010 e 31 Julho de 2011. Foram analisadas as urinas dos recm-nascidos e o leite materno das mes na primeira, sexta e dcima segunda semana ps-parto, utilizando a tcnica de Nested-PCR e, posteriormente, a PCR em Tempo Real, para determinar a carga viral do leite materno. Constatou-se que a aquisio da infeco perinatal de CMV no recm-nascido prematuro ocorre com alguma frequncia (40,5%), sendo muito provvel que a via de transmisso em 38,1% destes casos seja o leite materno infectado, no devendo esta ser desvalorizada. Relativamente s consequncias clnicas, no foram observadas alteraes clnico-laboratoriais associadas infeco citomeglica. Analisando os factores que condicionam a transmisso da infeco citomeglica perinatal, estabeleceu-se uma correlao entre a carga viral do leite materno e a transmisso do vrus, permitindo deduzir que quanto maior a carga viral, maior o risco de transmisso. Finalmente, os resultados obtidos sugerem que o risco de transmisso da infeco e suas consequncias clnicas no justificam a contra-indicao da amamentao, pois esta comporta, tambm, elevados benefcios. ----------------ABSTRACT: In the last four decades, several studies were developed all over the world to analyze the importance of CMV perinatal transmission through mothers milk in the preterm and low birthweight newborns. Comparing these studies, the infection and disease incidence rates are extremely variable, without agreement between the authors. The aim of this study, the first of the kind made in Portugal, is to define the rate of perinatal cytomegalovirus infection in preterm newborns via breastfeeding and its clinical consequences. All the newborns with gestational age below 35 weeks and their CMV seropositive mothers, admitted between the October 1, 2010 and July 31, 2011 in the Neonatology Intensive Care Unit of the So Francisco Xavier Hospital, were included in this study. Human breast milk and urine specimens were collected from mothers and their preterms infants around the 1st, 6th and 12th week after delivery and analyzed by Nested-PCR. The PCR in Real Time was used to determine the breast milk viral load. It was found that the CMV perinatal infection in preterm infants occurs in 40,5% of the cases and most likely 38,1% of these were infected via breastmilk and therefore this should not be overlooked. Considering the clinical consequences, no clinical and laboratory changes associated with cytomegalovirus infection were observed. Analyzing the factors that determine the perinatal transmission of the cytomegalovirus, it was established a correlation between breast milk viral load and viral transmission, allowing to conclude that the higher the viral load the greater the risk of transmission. Finally, the obtained results suggest that the risk of CMV infection and its clinical consequences dont justify the breastfeeding contraindication because it also provides high benefits.
Resumo:
A malria considerada como a doena parasitria mais sria em humanos, infectando cerca de 5 a 10% da populao mundial, estimando-se entre 300 a 600 milhes de casos e mais de dois milhes de mortes, anualmente. Apesar da severidade da doena, a compreenso da variabilidade da resposta do hospedeiro infeco (traduzida desde a infeco silenciosa at formas crnicas da doena, passando por quadros clnicos potencialmente fatais), continua a ser um dos grandes desafios da investigao mdica. Vrios factores genticos parasitrios ou do hospedeiro, estado imune e nveis de exposio, contribuem para esta variabilidade, mas a sua importncia relativa para a carga total da doena tem sido pouco estudada. Entre outros, possvel salientar como fontes importantes de variabilidade na susceptibilidade malria e gravidade da doena, factores intrnsecos ao hospedeiro tais como polimorfismos genticos relacionados com as clulas sanguneas e factores parasitrios como a composio da(s) populao(es) parasitria(s) presentes na infeco. Factores do hospedeiro humano relacionados com as clulas sanguneas (drepanocitose e deficincia na glucose-6-fosfato desidrogenase - G6PD) tm sido tradicionalmente estudados e relacionados com a gravidade da malria causada por Plasmodium falciparum. Relativamente s populaes parasitrias, das cinco espcies que infectam humanos, P. falciparum continua a ser responsvel pela malria grave, apesar de muito recentemente alguma gravidade ser atribuda a Plasmodium vivax. Sabe-se que nas mesmas reas outras espcies coexistem em muito maior prevalncia, contrariando o que se pensava h algum tempo. Apesar de poucos estudos terem focado o tema das infeces mistas, existem alguns relatos de que eventuais interaces entre as diferentes espcies presentes simultaneamente no mesmo hospedeiro poderem afectar a susceptibilidade doena. Com o objectivo geral de avaliar o efeito e a contribuio destes factores na susceptibilidade e gravidade da malria, analisando e comparando trs grupos (estudo de caso-controlo) doentes com malria grave (MG), doentes com malria no-complicada (Mnc) e indivduos infectados assintomticos (IA), realizmos em Angola de 2007 a 2010, um estudo em sete das 18 provncias com distintos nveis de endemicidade. Foram obtidas 1.416 amostras de sangue perifrico de 1.198 indivduos assintomticos e 218 doentes. O DNA obtido a partir destes isolados foi utilizado para deteco da presena de variantes genticos relacionados com os eritrcitos (drepanocitose anlise do gene HBB, deficincia G6PD anlise do gene G6PD, antignio Duffy-anlise do gene DARC) e identificao das espcies de Plasmodium presentes, atravs de nested-PCR mediante a amplificao dos genes que codificam a subunidade menor do RNA ribossomal. Os resultados demonstraram prevalncias superiores s anteriormente descritas em relao s seguintes espcies parasitrias: P. falciparum 98,2% vs 92,0% e Plasmodium malariae 10,7% vs 1,0% e inferior em relao a P. vivax 2,5% vs 7,0%. Foi reconfirmada a presena de Plasmodium ovale (descrita anteriormente), mas no publicada em documentos oficiais e relatada pela primeira vez em Angola a presena de infeces mistas (duplas e triplas) (15,7%) e de infeco por P. vivax em indivduos Duffy-negativos (dados publicados). Relativamente aos polimorfismos relacionados com os genes HBB e G6PD e provvel associao com a proteco malria, os nossos resultados confirmam a associao do trao falciforme (heterozigotia HbS), com a proteco doena (OR = 0,30; IC 95% 0,18-0,49; p<0,001). Contudo, no foi encontrada, quer nos indivduos hemizigticos, quer nos heterozigticos para o alelo G6PD (A-) nenhuma evidncia para a proteco a malria (MG e Mnc) (OR = 1,69; IC 95% 0,91-3,13; p=0,096). Os resultados desta investigao requerem um estudo mais aprofundado, com uma dimenso amostral maior, necessrio confirmao da nossa observao.
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RESUMO: O maraviroc (MVC) o nico anti-retroviral antagonista do co-receptor CCR5 licenciado e interage com as ansas transmembranares de CCR5, induzindo uma alterao da sua conformao e impedindo a interaco com gp120. O MVC activo apenas contra estirpes R5 de HIV-1, sendo utilizado em terapia de recurso. Neste trabalho, foi estudada a diversidade gentica da regio C2V3C3 do gene env de estirpes de HIV-1 de oxicodependentes por via endovenosa da Grande Lisboa, pesquisando-se tambm a presena de polimorfismos genticos naturais. Foram utilizadas 52 amostras de plasma e para 35 destas foi amplificado por RT-nested PCR um produto de 565 pb. A anlise filogentica revelou a seguinte distribuio de gentipos: 23 B (incluindo, provavelmente, 2 CRF14_BG), 8 A, 3 G e 1 F1. Aps traduo, e por comparao com a sequncia consenso B, verificou-se uma elevada frequncia de polimorfismos genticos, sendo encontradas algumas assinaturas de aminocidos relativas aos subtipos no-B. Realizou-se ainda uma pesquisa de locais de N-glicosilao e a previso da utilizao de co-receptores (abordagem genotpica), com recurso s regras 11/25 e da carga lquida da ansa V3 e aos programas PSSM e geno2pheno[coreceptor]. Observou-se uma conservao genrica do nmero de locais de N-glicosilao e foram identificadas 5 sequncias com tropismo X4 ou duplo. Por fim, com base na literatura, realizou-se uma pesquisa de polimorfismos genticos associados a resistncia ao MVC presentes na ansa V3. Foi observado um nmero elevado destas mutaes. A presena dos padres 11S+26V e 20F+25D+26V, num total de 3 sequncias, relevante, visto estes estarem inequivocamente associados resistncia in vivo ao MVC. Apesar de no estar ainda definido um perfil de resistncia para o MVC, a presena das mutaes encontradas, em indivduos sem contacto prvio com o frmaco, trar implicaes relevantes na sua gesto clnica, considerando a introduo do MVC na terapia de recurso.---------- ABSTRACT: Maraviroc (MVC) is the only CCR5 inhibitor licensed today. This drug interacts with the transmembrane helices of CCR5 co-receptor, inducing a conformation change of its extracellular loops and preventing the interaction with gp120. MVC is only active against R5 strains of HIV-1 and is currently used in salvage therapy. The genetic diversity of the env C2V3C3 region of HIV-1 strains from injecting drug users in the Greater Lisbon was studied, along with the presence of natural genetic polymorphisms. 52 plasma samples were used and the amplification by RT-nested PCR of a 565 bp-product was possible in 35 of them. The phylogenetic analysis revealed 23 sequences classified as subtype B (probably including 2 CRF14_BG), 8 A, 3 G and 1 F1. After translation, the presence of natural genetic polymorphisms was studied by comparison to a subtype B consensus. A high frequency of genetic polymorphisms was observed and significant amino acid signatures were found in association with non-B subtypes. A full characterization of the N-glycosylation sites was also performed and a coreceptor prediction (genotypic approach) was accomplished using the 11/25 and the V3 net charge rules and the programs PSSM and geno2pheno[coreceptor]. The number of N-glycosylation sites was generically preserved. Five sequences were defined as X4 or dual-tropic. Based on published data, a search for genetic polymorphisms, present in V3loop, associated to MVC resistance was finally undertaken. Several of such mutations were observed, being particularly interesting the presence of the patterns 11S+26V and 20F+25D+26V, in a total of 3 sequences, since these patterns have unequivocally been associated with MVC resistance in vivo. Although a resistance profile for MVC is not yet defined, the presence of these mutations in MVC-nave populations may have significant impact in their clinical management in the future, especially considering the introduction of this drug in salvage therapy.
Resumo:
Dissertao para obteno do Grau de Mestre em Engenharia Informtica
Resumo:
Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biochemistry
Resumo:
Tese apresentada como requisito parcial para obteno do grau de Doutor em Estatstica e Gesto de Informao pelo Instituto Superior de Estatstica e Gesto de Informao da Universidade Nova de Lisboa
Resumo:
Nas ltimas duas dcadas tem-se verificado um aumento da incidncia de aspergilose pulmonar invasiva, que se reflecte em taxas de mortalidade e morbilidade extremamente elevadas. Esta realidade resulta da elevada utilizao de quimioterapia e de agentes imunossupressores, usados sobretudo em doentes imunocomprometidos, principalmente, em doentes hemato-oncolgicos e receptores de transplante de medula ssea. Estas infeces fngicas so provocadas por algumas espcies do gnero Aspergillus em que Aspergillus fumigatus a espcie mais frequentemente isolada a partir de infeces humanas. Contudo, outras espcies como A. flavus, A. niger, A. glaucus, A. nidulans, A. terreus ou A. versicolor tambm podem ser responsveis por infeces fngicas no Homem. Um factor determinante para o aumento da incidncia de aspergilose invasiva consiste na incapacidade de se estabelecer um diagnstico precoce definitivo para que, em tempo til, possa ser instituda teraputica antifngica que v seguramente melhorar o prognstico desses doentes. Actualmente, as tcnicas convencionais (microbiolgicas e histolgicas) tm servido como linhas de orientao para o diagnstico definitivo de micoses. No entanto, como se tratam tcnicas morosas, o diagnstico imunolgico e molecular tem todas as potencialidades para oferecer uma abordagem promissora no diagnstico de infeces fngicas. Neste trabalho foram estudadas 37 amostras clnicas, das quais 45,9% pertenciam a indivduos do sexo feminino, 54,1% do sexo masculino, maioritariamente com o diagnstico clnico de leucemia mielide aguda (75,7%). O principal objectivo deste trabalho consistiu na comparao dos resultados obtidos por uma tcnica imunolgica utilizada no diagnstico de aspergilose pulmonar invasiva (pesquisa do antignio GM) com uma nova tcnica molecular de diagnstico (nested-PCR), com o intuito de avaliar a sensibilidade e especificidade dos resultados obtidos. Dos 37 doentes do estudo, 35,1% revelaram presena do antignio galactomanano e em 32,4% das amostras foi possvel detectar DNA fngico utilizando primers especficos numa reaco de nested-PCR. No final deste trabalho pode-se constatar que, em virtude do mtodo molecular utilizando uma reaco de nested-PCR no se ter revelado mais sensvel que a pesquisa do antignio galactomanano, julgamos ser no entanto muito promissor no diagnstico da aspergilose pulmonar invasiva, bastando apenas aperfeioar a sua optimizao.
Resumo:
Dissertao para obteno do grau de Mestre em Microbiologia Mdica
Resumo:
As helmintoses em ovinos e bovinos so provocadas principalmente por parasitas dos filos Platyhelminthes e Nematoda. Atualmente esto espalhadas um pouco por todo o mundo, inclusivamente Portugal, desde o Continente Americano (norte e sul) ao continente Asitico, passando pela Europa e algumas regies do continente Africano, estando a sua incidncia relacionada com locais onde existe uma enorme criao de gado. Apesar de a sua prevalncia ser muitas vezes subestimada, esto associados a morbilidade e mortalidade animal, levando a perdas econmicas em exploraes pecurias, e podem tambm constituir um problema de sade pblica para humanos, que geralmente so infetados de forma acidental. Este estudo aborda as trs espcies principais de helmintas parasitas hepticos em bovinos e ovinos em Portugal: E. granulosus, a F. hepatica e o D. dendriticum. O principal objetivo deste estudo estimar a prevalncia destas helmintoses, e a sua distribuio, em animais abatidos em matadouros de Portugal, particularmente em ovinos e bovinos, e perceber se a inspeo visual feita em matadouros suficientemente eficaz para deteo daqueles parasitas, com possveis consequncias para a sade pblica e para estimao de prevalncia. As amostras estudadas foram fgado e pulmo, obtidas em dois matadouros da Regio Centro de Portugal (Leiria e Pedrogo Grande), a partir de ovinos e bovinos aquando do sacrifcio do animal. Foi efetuada a extrao de DNA e posteriormente a amplificao por PCR do gene mitocondrial COI e das regies ITS1 e ITS2 com primers descritos na literatura (LCO1490/HCO2198, JB2/JB4.5, BD1/4S e Dd58SF1/Dd28SR1). Para aumentar a sensibilidade de deteo de DNA dos 3 parasitas estudados e permitir assim efetuar um diagnstico diferencial foram desenhados e testados novos primers, internos aos existentes na literatura, desenvolvendo assim uma tcnica de Nested-PCR. Posteriormente foram purificados e sequenciados alguns produtos de amplificao das reaes de PCR com os primers descritos na literatura e analisados do ponto de vista filogentico. Os resultados obtidos indicaram que os primers descritos na literatura tm a capacidade de amplificar a regio alvo dos parasitas estudados, mesmo na presena de DNA do hospedeiro, e que em nenhuma amostra de ovino e bovino ocorreu a deteo de DNA de quaisquer dos 3 helmintas. A anlise filogentica de produtos de PCR obtidos de amostras portuguesas revelou que as sequncias obtidas eram muito semelhantes a amostras Europeias e foi encontrado um novo hapltipo para a regio ITS1 e ITS2 de F. hepatica na amostra Fasc3 e Fasc4, respetivamente. Os dados obtidos indicam que a prevalncia de D. dendriticum e E. granulosus foi estimada entre 0 e 2% (intervalo de confiana de 0.95). Quanto a F. hepatica, detetou-se uma prevalncia de 1% com uma margem de 0 a 5% (intervalo de confiana de 0.95).
