Genetic diversity and epidemiology of antimicrobial resistant Streptococcus pneumoniae isolates

Dissertation presented to obtain a Ph.D. degree in Biology, speciality in Microbiology, by Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Natural populations of saccharomyces kudriavzevii in Portugal are associated with oak bark and are sympatric with s. cerevisiae and s. paradoxus

Applied Environmental Microbiology, Vol. 74, nº7

Hepatic parasympathetic nerve dysfunction involved in the deregulation of postprandial whole-body insulin sensitivity:a road to diabetes and associated pathologies

FCM: UC Fisiologia - Teses de Doutoramento

Terapêuticas antigénio-especificas no tratamento das doenças desmielinizantes: estudos sobre a vacinação com ADN e a descoberta de um novo alvo antigénico

RESUMO A Esclerose Múltipla (EM) é uma doença desmielinizante crónica do Sistema Nervoso Central (SNC), provocada, em grande parte, por um ataque imuno-mediado contra diversos elementos da bainha de mielina. Dentro dos alvos antigénicos desta resposta autoimune, vários componentes proteicos e lipídicos da mielina têm vindo a ser identificados ao longo dos anos, entre os quais se destacam a proteína básica de mielina(MBP), glicoproteína ligodendrocitária da mielina (MOG), proteína proteolipídica (PLP) e glicoproteína associada à mielina (MAG). Com o desenvolvimento do modelo animal de Encefalomielite Autoimune Experimental (EAE), diversas terapias antigénio-específicas foram desenhadas, baseadas na modificação benéfica da resposta autoimune contra a mielina, tais como a administração de mielina ou seus componentes, os copolímeros terapêuticos, os ligandos peptídeos alterados e, recentemente, a vacinação com ácido desoxirribonucleico (ADN) codificador de proteínas de mielina, integrado em plasmídeos e purificado para administração parentérica. Neste trabalho, apresentamos os resultados de um extenso conjunto de experiências, subordinadas a dois temas fundamentais: 1) avaliação do potencial terapêutico, e dos mecanismos de acção, da vacinação tolerizadora com ADN codificador de proteínas de mielina (MBP, MOG, PLP, MAG) na EAE, e da associação desta vacinação com a administração de ADN de citocinas Th2, ou de oligonucleótidos imunomoduladores; 2) identificação e caracterização da resposta imune contra um novo componente da mielina com potencial antigénico, a proteína inibidora do recrescimento axonal, Nogo-A. No que respeita à vacinação com ADN, os nossos resultados comprovam a eficácia desta terapêutica antigénio-específica na prevenção e tratamento da EAE. Os seus mecanismos de acção incluem, entre outros, a supressão anérgica da proliferação antigénioespecífica dos linfócitos T anti-mielina (no modo de prevenção da doença), o enviesamento Th2 da resposta imune (quando co-administrada com a vacina de ADN codificadora da citocina IL-4, funcionando como terapia génica local), e a redução da diversificação de epítopos da resposta humoral anti-mielina, avaliada através de myelin spotted arrays. A associação das vacinas de ADN com oligonucleótidos imunomoduladores GpG, desenvolvidos para contrariar as sequências CpG imunoestimuladoras presentes no vector de vacinação, levou à melhoria da sua eficácia terapêutica, devida, provavelmente, ao efeito estimulador preferencial dos oligonucleótidos GpG sobre linfócitos Th2 e sobre células reguladoras NK-T. Com base nestes resultados a vacinação com ADN foi desenvolvida para o tratamento da EM em humanos, com ensaios clínicos a decorrerem neste momento. Em relação à proteína Nogo-A, estudos de estrutura primária e de previsão de antigenicidade identificaram a região Nogo-66 como alvo antigénico potencial para a EAE. Nas estirpes de ratinho SJL/J e C57BL/6, fomos capazes de induzir sinais clínicos e histológicos de EAE após imunização com os epítopos encefalitogénicos Nogo1-22, Nogo23- 44 e Nogo45-66, utilizando protocolos de quebra de tolerância imune. Ao mesmo tempo, identificámos e caracterizámos uma resposta linfocitária T específica contra os antigénios contidos na região Nogo-66, e uma resposta linfocitária B com diversificação intra e intermolecular a vários determinantes presentes noutras proteínas da mielina. A transferência adoptiva de linhas celulares Th2 anti-Nogo45-66, levou à melhoria clínica e histológica da EAE em animais recipientes induzidos com outros antigénios de mielina, após migração destas células para o SNC. Estes dados comprovam a importância da Nogo-66 como antigénio na EAE, e a eficácia de terapias antigénio-específicas nela baseadas. No seu conjunto, os nossos resultados confirmam o potencial terapêutico das vacinas de ADN codificadoras de proteínas de mielina, bem como a importância dos encefalitogénios contidos na proteína Nogo-A para a fisiopatologia da EAE e da EM, com eventual relevância para o desenvolvimento de novas terapias antigénio-específicas. O aperfeiçoamento futuro destas terapias poderá levar, eventualmente, a uma capacidade de manipulação da resposta imune que permita o tratamento eficaz das doenças inflamatórias desmielinizantes, como a Esclerose Múltipla. ABSTRACT Multiple Sclerosis (MS) is a chronic demyelinating disease of the Central Nervous System (CNS), caused, mainly, by an immune-mediated attack against several elements of the myelin sheath. Among the antigenic targets for this autoimmune response, several proteic and lipidic myelin components have been identified throughout the years, of which myelin basic protein (MBP), myelin oligodendrocyte glycoprotein (MOG), proteolipidic protein (PLP), and myelin associated glycoprotein (MAG) are the best characterized. With the development of the animal model for MS, Experimental Autoimmune Encephalomyelitis (EAE), several antigen-specific therapies have been designed, based on beneficial modifications of the autoimmune response against myelin. These have included myelin and myelin component administration, therapeutic copolymers, altered peptide ligands and, more recently, vaccination with myelin-protein encoding deoxyribonucleic acid (DNA), integrated into plasmids and purified for parenteral administration. In this work we present the results of an extensive series of experiments, subordinate to two fundamental areas: 1) evaluating the therapeutic potential, and mechanisms of action, of tolerizing myelin protein (MBP, MOG, PLP, MAG) DNA vaccination in EAE, alone and in association with Th2 cytokine DNA administration, or immunomodulatory oligonucleotides; 2) identifying and characterizing the immuneresponse against a new myelin component with antigenic potential, the axonal regrowth inhibitor Nogo-A. Regarding DNA vaccination, our results prove the efficacy of this antigen-specific therapy for the prevention and treatment of EAE. Its mechanisms of action include, among others, anergic suppression of antigen-specific T-cell proliferation against myelin (in prevention mode), Th2 biasing of the immune response (when co-administered with the IL- 4 codifying DNA vaccine, acting as local gene therapy), and reduction of epitope spreading of the anti-myelin antibody response, assessed by myelin spotted arrays. The combination of myelin DNA vaccination with the administration of GpG immunomodulatory oligonucleotides, designed to counteract immunostimulatory CpG motifs present in the vaccination vector, led to an improvement in therapeutic efficacy, probably due to the preferential stimulatory effect of GpG oligonucleotides on Th2 lymphocytes and on regulatory NK-T cells. Based on these results, tolerizing DNA vaccination is being developed for human use, with ongoing clinical trials. As concerns the Nogo-A protein, based on studies of primary structure and prediction of antigenicity, we identified the Nogo-66 region (responsible for the most of the inhibitory capacity of this protein) as a potential antigenic target for EAE. In the SJL/Jand C57BL/6 mouse strains, we were able to induce clinical and histological signs of EAE,after immunization with the encefalitogenic epitopes Nogo1-22, Nogo23-44 and Nogo45-66,using a tolerance breakdown protocol. Concomitantly, we identified and characterized a specific T cell response against these antigens, together with a B cell response which showed extensive intra and intermolecular epitope spread to several determinants present in other myelin proteins. Adoptive transfer of nti-Nogo45-66 Th2 cell lines resulted in clinical and histological improvement of EAE in recipient animals induced with other myelin antigens, after intraparenchymal CNS migration of anti-Nogo cells. These data confirm the relevance of Nogo-66 as an antigen in EAE, as well as the efficacy of antigenspecific therapies based on the response against this protein.In conclusion, our results substantiate the therapeutic potential of myelin-encoding DNA vaccination, as well as the importance of encefalitogenic epitopes present in the Nogo-A protein for the pathophysiology of EAE and MS, with potential relevance for the creation of new antigen specific-therapies. The future development of these therapies may eventually lead to a degree of manipulation of the immune response that allows the effective treatment of autoimmune, inflammatory, demyelinating diseases, such as Multiple Sclerosis.

Massive shift in the pneumococcal nasopharyngeal flora after the 7-valent conjugate vaccine: epidemiological studies and testing pathogenic potential in animal models

Dissertation presented to obtain the PhD degree in Biology/Molecular Biology by Universidade Nova de Lisboa, Instituto de Tecnologia Química e Biológica

Assessment of metadata associated with geotag pictures

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Evaluation of a new vaccine based on pDNA and recombinant protein against Helicobacter pylori

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

HPV : devem os rapazes ser vacinados?

RESUMO - A infecção por Vírus do Papiloma Humano (Human Papillomavirus - HPV) é uma das doenças de transmissão sexual mais frequentes em todo o mundo. A descoberta de que esta infecção é responsável pelo carcinoma do colo do útero impulsionou o desenvolvimento de vacinas contra o HPV. Em Portugal, a vacina tetravalente contra o HPV faz parte do Plano Nacional de Vacinação, sendo administrada apenas a raparigas aos 13 anos de idade como medida profiláctica do carcinoma do colo do útero. Nos Estados Unidos da América, em Dezembro de 2010, a Food and Drugs Administration (FDA) aprovou o uso da vacina tetravalente na prevenção de lesões pré-cancerígenas e cancerígenas do ânus, tanto em rapazes como em raparigas, dos 9 aos 26 anos. A 25 de Outubro de 2011, o Advisory Committee on Immunization Practices (ACIP) recomendou que todos os rapazes de 11 e 12 anos sejam vacinados contra o HPV com a vacina tetravalente. Partindo desta realidade, o que se pretende com o presente trabalho é compilar evidência científica suficiente que permita ponderar mais aprofundadamente acerca das implicações, a partir de dados epidemiológicos e económicos, de se vacinar ou não os rapazes contra o HPV em Portugal. Em primeiro lugar recolheu-se evidência científica acerca da relação entre a infecção por HPV e o desenvolvimento de carcinomas de diversas regiões anatómicas. Em segundo lugar compilaram-se dados epidemiológicos sobre a incidência e sobrevivência associada aos diferentes tipos de tumores potencialmente associados à infecção por HPV, dando especial ênfase à realidade portuguesa. Em terceiro lugar enquadrou-se sucintamente a história da vacinação contra o HPV em Portugal e as vacinas existentes para prevenir esta infecção. Em quarto lugar foram revistos estudos de avaliação económica da vacinação contra o HPV quer em mulheres quer em homens, após uma introdução ao conceito de avaliação económica do medicamento. Em quinto lugar, foi feita uma estimativa dos custos com a vacinação dos rapazes contra o HPV durante os próximos 20 anos. Por último, procurou-se reflectir acerca das implicações de se alargar ou não a vacinação contra o HPV aos rapazes em Portugal.

Gold nanoprobes for the detection of mutations associated with antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis complex

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Equity in the fiscal benefits associated with private health expenditures in Portugal: 2000 - 2010

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Economics from the NOVA – School of Business and Economics

Molecular characterization of a de novo t (11;18) translocation associated with Peter´s anomaly

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

DNA-Protein interaction: a response regulatory protein associated with Mo homeostasis in Desulfovibrio alaskensis G20.

Dissertation for a degree in Doctor in Sustainable Chemistry

Community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) in Portugal:

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), a human pathogen confined to hospitals (HAMRSA) for over 30 years have been emerging worldwide in the last two decades as a leading cause of severe infections in healthy individuals in the community (CA-MRSA). Despite its clinical significance, in the beginning of our studies no information existed on the prevalence, and population structure of CA-MRSA in Portugal. Moreover, it remained to be clarified how CA-MRSA emerged in our country. In particular, it was not known if CA-MRSA emerged locally by acquisition of the staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) by established methicillin-susceptible S. aureus (MSSA) in the community, if they were imported from abroad or have escaped from the hospital.(...)

Unraveling maternal and fetal genetic factors protecting from Pregnancy Associated Malaria in the mouse

Malaria is one of the most devastating diseases in the world. In Plasmodium endemic regions, pregnant women are among the most vulnerable groups. Pregnancy Associated Malaria (PAM) threatens both maternal and foetal lives. Despite differences between human and mouse placentas PAM mouse models recapitulate key pathological features of human PAM. Here we describe new PAM models of mid gestation infection in the C57BL/6 mouse.(...)

Estratégia de vacinação para eliminar o sarampo : um estudo sero-epidemiológico em diferentes populações vacinais

RESUMO - Introdução: As alterações epidemiológicas do sarampo em Portugal, assim como a existência de surtos de doença na Europa e noutras regiões do mundo, associadas ao facto de a informação sero epidemiológica atualizada ser escassa e pontual, e nem sempre estar relacionada com o estado vacinal, dificultam a tomada de decisões fundamentadas na área da vacinação, nomeadamente no que respeita às idades ótimas para a administração de VASPR I e VASPR II. Este estudo pretende avaliar a adequação da estratégia vacinal contra o sarampo vigente em Portugal, no que diz respeito às idades para realização da VASPR I e da VASPR II, no sentido de dar continuidade ao cumprimento do objetivo de eliminar a doença em território nacional. Material e métodos: Foi realizado um estudo com 206 recém-nascidos filhos de mães com diferentes estados vacinais contra o sarampo (0 doses, 1 dose e 2 doses). Também foram estudados 186 adolescentes/jovens que realizaram a VASPR II em diferentes idades. Os dados obtidos provêm de 3 fontes de informação: história vacinal documentada; questionários aplicados por entrevista e informação serológica. A informação serológica foi obtida através do doseamento do título de anticorpos específicos antissarampo (ATS IgG) em soros, recorrendo ao método imunoenzimático ELISA do kit Enzygnost® Anti-measles Virus/IgG, do fabricante Siemens. Resultados: A taxa de cobertura vacinal da vacina contra o sarampo aumentou de valores de pouco mais de 30% na geração nascida antes de 1977, com uma única dose de vacina, para valores superiores a 95 % na geração nascida depois de 1993, com duas doses de vacina. A concentração geométrica de ATS IgG no sangue do cordão umbilical aumentou com o aumento da idade da mãe (r2 = 0,092; p = 0,001). Os recém-nascidos filhos de mães vacinadas, apresentam menor quantidade de ATS IgG do que os filhos de mães não vacinadas (p < 0,0001), independentemente do número de doses que as suas mães tenham recebido (p = 0,222). A concentração geométrica média (CGM) de ATS IgG nos jovens e adolescentes diminui com o tempo decorrido desde a toma de VASPR II (r2 = 0,244; p = 0,001). Não foram encontradas diferenças estatisticamente significativas entre a média de ATS IgG dos indivíduos que se vacinaram com VASPR II aos 5-6 anos de idade e os que se vacinaram entre os 10-13 anos de idade (p = 0,301). Após 9 anos de VASPR II mais de 5 % dos indivíduos já não estão seropositivos contra o sarampo.Discussão: A CGM de ATS IgG aumentou com a idade da mãe, provavelmente porque as mães pertencentes às gerações mais novas contactaram menos com o vírus selvagem do sarampo, devido aos efeitos das elevadas taxas de cobertura vacinal. Os recém-nascidos filhos das mães mais novas, apesar de apresentarem menor CGM de ATS IgG, ao final de 12 meses de idade poderão ainda apresentar um teor de ATS IgG que pode interferir com a resposta vacinal à VASPR I. Vacinar com VASPR II aos 5-6 anos de idade ou vacinar entre os 10-13 anos parece ser indiferente o que parece relevante é o tempo que passa desde a última vacinação VASPR II. Nove anos depois de VASPR II a percentagem de seronegativos já ultrapassa os 5% recomendados pela OMS. Conclusão: As idades da toma de VASPR I e VASPR II poderão ter de ser alteradas por forma a adequarem-se às mudanças epidemiológicas ocorridas nos últimos anos em Portugal e contribuírem para a eliminação do sarampo no país.