SDAR: a package for plotting and analyzing stratigraphy data in R

Stratigraphic Columns (SC) are the most useful and common ways to represent the eld descriptions (e.g., grain size, thickness of rock packages, and fossil and lithological components) of rock sequences and well logs. In these representations the width of SC vary according to the grain size (i.e., the wider the strata, the coarser the rocks (Miall 1990; Tucker 2011)), and the thickness of each layer is represented at the vertical axis of the diagram. Typically these representations are drawn 'manually' using vector graphic editors (e.g., Adobe Illustrator®, CorelDRAW®, Inskape). Nowadays there are various software which automatically plot SCs, but there are not versatile open-source tools and it is very di cult to both store and analyse stratigraphic information. This document presents Stratigraphic Data Analysis in R (SDAR), an analytical package1 designed for both plotting and facilitate the analysis of Stratigraphic Data in R (R Core Team 2014). SDAR, uses simple stratigraphic data and takes advantage of the exible plotting tools available in R to produce detailed SCs. The main bene ts of SDAR are: (i) used to generate accurate and complete SC plot including multiple features (e.g., sedimentary structures, samples, fossil content, color, structural data, contacts between beds), (ii) developed in a free software environment for statistical computing and graphics, (iii) run on a wide variety of platforms (i.e., UNIX, Windows, and MacOS), (iv) both plotting and analysing functions can be executed directly on R's command-line interface (CLI), consequently this feature enables users to integrate SDAR's functions with several others add-on packages available for R from The Comprehensive R Archive Network (CRAN).

The transformation of work? A quantitative evaluation of changes in work in Portugal

This report is made for the Work Package 15 of WORKS project and tries to develop more information on the Portuguese situation in the work structures changes in the recent years. It starts with an analysis of socio- economical indicators (Macro economical indicators, Employment indicators, Consumption, Technology at the workplace, Productivity), and then approaches the situation in terms of work flexibility in its dimensions of time use and New forms of work organisation. It traces employment in business functions with a sectoral and occupational approach, and analyses the occupational change in South Europe with particular relevance to Portugal (skill utilisation and job satisfaction, occupational and industrial mobility, quantitative evaluation of the shape of employment in Europe. Finaly are analysed the globalisation indicators.

Playing Newtonian Games with Modellus

This article is a short introduction on how to use Modellus (a computer package that is freely available on the Internet and used in the IOP Advancing Physics course) to build physics games using Newton’s laws, expressed as differential equations. Solving systems of differential equations is beyond most secondary-school or first-year college students. However, with Modellus, the solution is simply the output of the usual physical reasoning: define the force law, compute its magnitude and components, use it to obtain the acceleration components, then the velocity components and, finally, use the velocity components to find the coordinates.

High-resolution correlation of coastal cliff sections in the Lagos- Portimao Formation (Lower - Middle Miocene, central Algarve, Portugal)

This paper describes a high-resolution stratigraphic correlation scheme for the early to middle Miocene Lagos-Portimão Formation of central Algarve, southern Portugal. The Lagos Portimão-Formation of central Algarve is a 60 m thick package of horizontally bedded siliciclastics and carbonates. The bryozoan and mollusc dominated biofacies is typical of a shallow marine, warm-temperate climatic environment. We define four stratigraphic marker beds based on biofacies, lithology, and gamma-ray signatures. Marker bed 1 is a reddish shell bed composed predominantly of bivalve shells in various stages of fragmentation. Marker bed 2 is a fossiliferous sandstone / sandy rudstone characterized by bryozoan masses. Marker bed 3 is also a fossiliferous sandstone with abundant larger foraminifers and foliate bryozoans. Marker bed 4 is composed of three distinct layers; two fossiliferous sandstones with an intercalated shell bed. The upper sandstone unit displays thickets of the bryozoan Celleporaria palmate associated with the coral Culizia parasitica. This stratigraphic framework allows to correlate isolated outcrops within the stratigraphic context of the Lagos-Portimão Formation and to establish high resolution chronostratigraphic Sr-isotopic dating.

Condutores seniores em Portugal

Resumo: No envelhecimento, a possibilidade de participação social e execução de tarefas de vida diária (AVD's) e instrumentais de vida diária (AIVD's) de forma independente, constitui um determinante da saúde pelo facto de conferir bem-estar e sentido de controlo sobre a própria vida. Neste âmbito, assume especial relevância a possibilidade do indíviduo poder deslocar-se no espaço geográfico, factor não despiciendo quando cerca de 50% da população mundial vive em cidades (Santana et al., 2010). São objectivos deste trabalho, i) Determinar o padrão de mobilidade e da condução dos condutores com 60 e + anos em Portugal; ii) Conhecer a auto-percepção das dificuldades na condução; iii) ercepcionar a influência das alterações produzidas pelo envelhecimento e de doenças geralmente associadas ao envelhecimento, na condução. O trabalho de campo desenvolveu-se pela aplicação de um questionário dirigido a condutores com 60 anos ou mais, colocado em universidades seniores, associações, centro sociais, postos de atendimento de um serviço regional do Instituto Terrestres, I.P. e a familiares, amigos e colegas, com residência em 4 (quatro) das 7 NUT's II (Unidades Territórios para fins estat´sticos). Os dados foram tratados com recurso ao SPSS (Statistical Package for the Social Sciences). A análise dos mesmos tem carácter descritivo.

Promoção da auto-eficácia na aprendizagem do Inglês no 1º ciclo

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciências da Educação

Pipelined analog-to-digital conversion using current-mode reference shifting

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Spatial analysis and investigation of fire events occurrences in the Valencian Community, Spain

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

IWP strategy: TechFrame

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Clustering medical tourism in Algarve: setting the first steps for the the health authority

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Quinta da Galharda Hotel & SPA business plan

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Speed control of induction machine based on direct torque control method

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Junk food packaging on healthy food: A matter of children’s perceptions

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Factores de prognóstico do resultado do tratamento de doentes com Síndrome de dependência do Álcool: estudo de coorte prospectivo de 6 meses

Factores de prognóstico do resultado do tratamento de doentes com Síndrome de Dependência do Álcool: estudo coorte prospectivo de 6 meses Introdução: Uma das questões fundamentais para as políticas de saúde relacionadas com o tratamento e reabilitação de doentes com dependência de álcool, é identificar factores de prognóstico num curto prazo de tratamento ambulatório, de modo a se poderem optimizar as decisões de tratamento dos doentes. Assim, este estudo teve como objectivo identificar factores de prognóstico na admissão ao tratamento e factores de prognóstico durante o período de tratamento ambulatório. Materiais e métodos: Estudo observacional coorte de doentes com dependência de álcool observados num período de 6 meses de tratamento ambulatório. O estudo consistiu numa amostra de 209 doentes incluídos no estudo de acordo com os critérios do Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders versão IV, tendo sido recolhida no Centro de Alcoologia do Sul (n=194) e no Hospital Nossa Senhora do Rosário (n=15). 8 médicos psiquiatras destes dois centros de tratamento foram responsáveis pelo tratamento dos doentes. O doente ter um co-responsável que acompanhasse a sua reabilitação e fizesse a supervisão da medicação para controlo do consumo de álcool era condição absolutamente necessária para inclusão do doente no estudo. Como factores de prognóstico foram medidos na admissão ao tratamento factores sócio demográficos, a história de uso de outras substâncias e indicadores de gravidade associados à história de consumo excessivo de álcool. Durante os 6 meses de tratamento foram medidos factores de prognóstico que respeitam os fármacos para controlo do consumo incluindo Dissulfiram e Acamprosato, os factores associados aos aspectos não farmacológicos do tratamento incluindo o número de consultas, os factores associados às características do médico e finalmente os fármacos para tratamento de depressão e ansiedade. As variáveis de resultado medidas no estudo envolveram o tempo até à primeira recaída pesada (variável de interesse primário para o estudo), a abstinência de consumo pesado, a abstinência de qualquer quantidade de álcool, o tempo cumulativo de abstinência acima da média dos doentes, o tempo máximo de recaída superior a 1 dia e o doente ter pelo menos um problema relacionado com o álcool aos 6 meses. Todas as variáveis resultado foram medidas através do calendário auto-reportado pelos doentes e seus co-responsáveis no que respeita os consumos diários Timeline Followback, à excepção da variável ter pelo menos 1 problema relacionado com o álcool aos 6 meses em que foi aplicado o instrumento Alcohol Related Problems Questionnaire. Foi estabelecido uma unidade padrão de consumo de álcool como uma garrafa de cerveja, um copo de vinho ou um cálice de bebida fortificada ou destilada que teriam aproximadamente 10 gramas de álcool, sendo considerado um consumo excessivo pesado de pelo menos 5 destas unidades padrão num dia típico de consumo, ou seja, pelo menos 50 gramas de álcool. Os dados recolhidos e validados foram analisados em Statistical Package for Social Sciences, tendo-se utilizado usuais métodos de estatística descritiva envolvendo tabulação de frequências e tabulação de medidas de tendência central e dispersão. Foram utilizados na análise bivariável entre os factores de prognóstico e as variáveis resultado o teste do Qui quadrado ou exacto de Fisher, o teste de Mann Whitney, o teste Kruskal Wallis, o coeficiente de correlação de Spearman e o coeficiente de concordância Kappa de Cohen. Foi ainda utilizado na análise bivariável a análise de sobrevivência de Kaplan Meier com teste log rank e a análise da área sob a curva ROC. Na análise multivariável foi utilizado a análise de regressão de Cox múltipla com razão de riscos medida pelo Hazard Ratio (HR) e a análise de regressão logística múltipla com razão de riscos medida pelo odds ratio (OR). O nível de significância foi estabelecido em 5%. Resultados: Dos doentes admitidos a tratamento, 84% eram homens, a idade mediana era 41 anos, o consumo mediano de álcool era 192 gramas/dia e a duração mediana de consumo excessivo pesado era 13 anos. Os anos completos de escolaridade em tendência situaram-se abaixo do 9º ano de escolaridade com uma mediana de 6 anos. 61% dos doentes pertenciam a classes sociais média/baixa e baixa. A taxa de Kaplan Meier de recaída em consumo pesado foi de 23% sendo a taxa de recaída em qualquer quantidade de álcool de 54%. O tempo médio cumulativo de abstinência foi 131 dias. Relativamente aos factores de prognóstico que se revelaram estatisticamente significativos após análise de regressão múltipla foram; na admissão ao tratamento, o sexo feminino associado a pior prognóstico de tempo máximo de recaída superior a 1 dia (OR=4,55; p<0,05), o nível sócio económico de graffar médio baixo e baixo associado a piores prognósticos relativamente à abstinência de consumo pesado (OR=0,32; p<0,05), abstinência de qualquer quantidade (OR=0,41; p<0,05) e tempo cumulativo de abstinência acima da média (OR=0,05; p<0,01), a situação profissional de emprego a tempo inteiro e vínculo associado a melhor prognóstico relativamente a menos problemas ligados ao álcool aos 6 meses (OR=0,37; p<0,05), a história de uso de cocaína associado a pior prognóstico relativamente à abstinência de consumo pesado (OR=0,11; 6 p<0,01) e abstinência de qualquer quantidade (OR=0,05; p<0,001), ter mais de 20 anos de consumo excessivo pesado associado a pior prognóstico relativamente à abstinência de qualquer quantidade (OR=0,20; p<0,05), tempo cumulativo de abstinência acima da média (OR=0,05; p<0,05), tempo máximo de recaída superior a 1 dia (OR=8,36; p<0,01) e ter pelo menos 1 problema ligado ao álcool aos 6 meses (OR=7,32; p<0,01), entrar em tratamento com menos tempo de abstinência, digamos até 7 dias sem beber, revelou-se associado a melhor prognóstico nomeadamente no tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=0,32; p<0,05), mais gravidade da história de consumo indicada pelo doente consumir álcool de manhã e/ou antes do almoço revelou-se associado a melhor prognóstico, nomeadamente na abstinência de qualquer quantidade de álcool (OR=3,01; p<0,05), os doentes com valor de avaliação hepática GGT aumentada face ao limite normal revelaram pior prognóstico ao nível do tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=2,48; p<0,05), os doentes com pelo menos 5 dos 11 problemas ligados ao álcool questionados no Alcohol Related Problems Questionnaire na admissão, revelaram pior prognóstico nomeadamente no tempo cumulativo de abstinência acima da média dos doentes (OR=0,04; p<0,01). Durante os 6 meses de tratamento, os factores de prognóstico que se revelaram estatisticamente significativos após análise de regressão múltipla foram; a toma de Dissulfiram por um período de pelo menos 120 dias, que se revelou associado a melhor prognóstico relativamente ao tempo cumulativo de abstinência acima da média dos doentes (OR=18,88; p<0,01) e o doente ter pelo menos 1 problema ligado ao álcool aos 6 meses (OR=0,16; p<0,001), o doente ter tomado Dissulfiram por um período inferior a 120 dias, que se revelou associado a pior prognóstico em todas as variáveis de resultado, ou sejam, o tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=15,00; p<0,001), a abstinência de consumo pesado (OR=0,062; p<0,001), a abstinência de qualquer quantidade (OR=0,05; p<0,001), o tempo cumulativo de abstinência acima da média dos doentes (OR=0,08; p<0,05), o tempo máximo de recaída superior a 1 dia (OR=15,60; p<0,01) e ter pelo menos 1 problema ligado ao álcool aos 6 meses (OR=5,25; p<0,05), os doentes com indicação para Acamprosato tiveram pior prognóstico ao nível do tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=2,60; p<0,05), os doentes que realizaram pelo menos 4 das 7 consultas previstas para os 6 meses tiveram melhor prognóstico relativamente à abstinência em consumo pesado (OR=9,10; p<0,001), abstinência de qualquer quantidade (OR=5,56; p<0,001), tempo cumulativo de abstinência acima da média (OR=177,50; p<0,001) e o doente ter pelo menos 1 problema ligado ao álcool aos 6 meses (OR=0,07; p<0,001), o doente ter pelo menos 2,5 de média nas fases da sua consulta (podendo variar as fases entre 1 e 4) têm melhor prognóstico ao nível do tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=0,28; p<0,01), abstinência de consumo pesado (OR= 2,80; p<0,05), abstinência de qualquer quantidade (OR=3,24; p<0,05) e tempo máximo de recaída superior a 1 dia (OR=0,21; p<0,01), os doentes com indicação para ansiolíticos sejam eles Benzodiazepinas ou Buspirona tiveram pior prognóstico no tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=2,12; p<0,05). Conclusões: em termos de políticas de saúde, este estudo permite concluir que durante o tratamento ambulatório devem ser valorizados o recurso farmacológico Dissulfiram com tempo de toma nunca inferior a 120 dias, a realização de um maior número de consultas previsto para o doente e a utilização de mais de duas fases nas consultas. Este estudo também revela que os prestadores de tratamento devem ter atenção aos doentes com indicação para a toma de ansiolíticos. Relativamente aos factores relevantes na admissão ao tratamento ambulatório, este estudo permite-nos concluir que deve haver maior preocupação dos prestadores de tratamento relativamente às mulheres alcoólicas, aos doentes com nível socioeconómico mais baixo e doentes sem emprego a tempo inteiro nem vínculo, pois são factores que se revelaram associados a pior prognóstico. Também, os prestadores de tratamento devem ter em especial atenção a história de consumo de outras substâncias, nomeadamente o consumo de cocaína, pois revelou-se associado a pior prognóstico. Em relação às variáveis da gravidade do consumo de álcool, os prestadores de tratamento devem tomar especial atenção que o prognóstico piora para os doentes que consomem álcool de modo excessivo pesado à mais de 20 anos, que tenham a avaliação laboratorial do GGT aumentada em relação ao normal e que revelem mais problemas ligados ao álcool no questionário Alcohol Related Problems Questionnaire. Este estudo também prova que se deve motivar o doente a iniciar o tratamento temporalmente o mais perto possível do início da abstinência. Mais concretamente, os doentes que iniciaram o tratamento até uma semana desde o início da abstinência tiveram melhor prognóstico. Curiosamente ainda uma informação útil para os prestadores de tratamento é que os doentes que consomem álcool pela manhã e/ou antes do almoço parecem estar mais motivados para recuperarem, tendo-se revelado um factor de bom prognóstico.

The influence of a fun packaging on children’s sensory evaluation of a healthy product

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics