Modelos log-lineares em tabelas de contingência

Os modelos log-lineares permitem enriquecer bastante a análise e interpretação das tabelas de contingência. Embora a nível teórico a sua importância já tenha sido reconhecida há bastante tempo, a nível da sua aplicação prática só há relativamente pouco tempo é que foi reconhecida, devido, sobretudo, às dificuldades de cálculo que lhe são inerentes e que só se resolveram completamente com o desenvolvimento dos computadores e do software adequado. Neste trabalho apresentam-se os métodos básicos da análise log-linear de tabelas de contingência bidimensionais e tridimensionais.

Stratigraphic interpretation of Well-Log data of the Athabasca Oil Sands of Alberta Canada through Pattern recognition and Artificial Intelligence

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Famílias estruturadas de modelos com modelo base ortogonal: Teoria e aplicações

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Matemática com especialização em Estatística pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia.

Modelo com regimes para os preços e a liquidez de acções em bolsa

Dissertação apresentada à Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de mestre em Matemática e Aplicações - Ramo Actuariado, Estatística e Investigação Operacional

An implementation of dynamic fully compressed suffix trees

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

Sondagem de Belverde (Cenozóico, Península de Setúbal, Portugal). Diagrafias

In the aim of the project "Recognition of the Miocene of the distal region of the Lower Tagus Basin through a borehole with continuous sampling", Temperature, Natural Gamma Ray, Neutron (almost in all the borehole), Sonic, SP and SPR (in two small sections in upper and lower parts of the Miocene Series) geophysical logs were carried on. Interpretation of those logs and comparison with chronological, lithostratigraphical, micropaleontological and clay mineraIs data; helped in the definition of depositional sequences and to obtain paleoenvironmental reconstructions that could lead to a better understanding of the evolution of the Setúbal Península and Lisboa regions Miocene gulf. Log data agree with the lithologic succession observed in the Belverde borehole, essentially silty sandstones/sandy siltstones (with variable clay content) to clays, often with marly intercalations. Sonic logs (and Neutron logs, in general) reflect the sediments porosity. The higher acoustic velocities are often related to compact/massive layers as claystones and/or limestones and rather fossiliferous marly layers. Lower values are obtained for porous, silty sandstones (fossiliferous and with scarce clay content) and bio-calcareous sandstones. As indicative, we obtained the mean values of 2500-3000m/s for the higher velocities and 1300-1600m/s for the lowest ones. ln Natural Gamma Ray log, the radiation peaks can be correlated to often fossiliferous marly micaceous layers. Radioactive micas are present. It seems that the gamma peaks and the depositional sequences previously defined for the Lower Tagus Basin (see Antunes et al., 1999, 2000; Pais et al., 2002) can be correlated, taking also into account the whole available micropaleontological, palynological and isotopic evidence.

Prognostic modelling of breast cancer patients: a benchmark of predictive models with external validation

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Engenharia Electrotécnica e de Computadores – Sistemas Digitais e Percepcionais pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Implementação do método de suspensão quantitativa para avaliar a actividade bactericida de desinfectantes químicos, de acordo com a Norma Europeia EN 1040

As bactérias patogénicas presentes nos sistemas de processamento de alimentos podem ser potencialmente causadoras de doenças alimentares graves, quando sobrevivem à acção bactericida de desinfectantes. Esta acção depende da eficácia das substâncias activas que fazem parte da formulação do desinfectante e das condições ambientais onde se processa a interacção desinfectante – bactéria, sendo ainda específica para cada estirpe bacteriana. Este trabalho teve, como propósito, a implementação de um método que permita avaliar, in vitro, a eficácia bactericida de desinfectantes comerciais contra estirpes bacterianas que são potencialmente causadores de doenças de origem alimentar. A eficácia do desinfectante foi avaliada seguindo a Norma EN1040 e aplicando o método de diluição-neutralização. Para além das estirpes recomendadas naquele documento normativo, nomeadamente, Pseudomonas aeruginosa e Staphylococcus aureus, foram também utilizadas Escherichia coli, Enterococcus faecalis, Salmonella Typhimurium e Listeria monocytogenes. Os desinfectantes foram seleccionados com base nas suas formulações, tendo sido escolhidos desinfectantes cujos princípios activos são, respectivamente: tensioactivos aniónicos; alcalis inorgânicos; hidrocloreto de biguanida polimérica; álcool etoxilado ou cloreto benzalcónio. Foram seleccionados como neutralizantes: tampão fosfato, tiosulfato de sódio, gema de ovo fresca e polisorbato 80 com histidina. Após cada ensaio, o número de bactérias sobreviventes foi obtido pelo cálculo da redução logarítmica decimal, a partir do número de unidades formadoras de colónia presentes em cada placa. A eficácia do desinfectante, na inactivação de cada estirpe alvo, foi classificada numa escala de redução logarítmica à qual 5 log corresponde a redução mínima aceitável do número de colónias quando o tempo de contacto é de 5 minutos, e a temperatura do ensaio é 20ºC. Conclui-se que o método de diluição-neutralização é sensível para todas as estirpes testadas. A gema de ovo fresca revelou ser o melhor neutralizante para desinfectantes contendo tensioactivos aniónicos, enquanto o tampão fosfato é mais adequado para neutralizar desinfectantes contendo alcalis inorgânicos. Porém, nenhum dos neutralizantes testados mostrou ser adequado para os desinfectantes contendo cloreto de benzalcónio ou hidrocloreto biguanida polimérica ou álcool etoxilado. Conclui-se também que as condições laboratoriais implementadas são as adequadas para testar a acção bactericida de desinfectantes utilizados em sistemas de processamento de alimentos.

Análise de robustez de estruturas sujeitas a eventos sísmicos consecutivos

Dissertação para obtencão do Grau de Mestre em Engenharia Civil - Perfil Estruturas

Development and validation of a risk model for prediction of hazardous alcohol consumption in general practice attendees : the PredictAL study

Background: Little is known about the risk of progression to hazardous alcohol use in people currently drinking at safe limits. We aimed to develop a prediction model (predictAL) for the development of hazardous drinking in safe drinkers. Methods: A prospective cohort study of adult general practice attendees in six European countries and Chile followed up over 6 months. We recruited 10,045 attendees between April 2003 to February 2005. 6193 European and 2462 Chilean attendees recorded AUDIT scores below 8 in men and 5 in women at recruitment and were used in modelling risk. 38 risk factors were measured to construct a risk model for the development of hazardous drinking using stepwise logistic regression. The model was corrected for over fitting and tested in an external population. The main outcome was hazardous drinking defined by an AUDIT score >= 8 in men and >= 5 in women. Results: 69.0% of attendees were recruited, of whom 89.5% participated again after six months. The risk factors in the final predictAL model were sex, age, country, baseline AUDIT score, panic syndrome and lifetime alcohol problem. The predictAL model's average c-index across all six European countries was 0.839 (95% CI 0.805, 0.873). The Hedge's g effect size for the difference in log odds of predicted probability between safe drinkers in Europe who subsequently developed hazardous alcohol use and those who did not was 1.38 (95% CI 1.25, 1.51). External validation of the algorithm in Chilean safe drinkers resulted in a c-index of 0.781 (95% CI 0.717, 0.846) and Hedge's g of 0.68 (95% CI 0.57, 0.78). Conclusions: The predictAL risk model for development of hazardous consumption in safe drinkers compares favourably with risk algorithms for disorders in other medical settings and can be a useful first step in prevention of alcohol misuse.

Safety function analysis in an industrial production process

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia e Gestão Industrial

Terapia da fala no Serviço Nacional de Saúde : avaliação das necessidades de recursos humanos

RESUMO - O planeamento dos recursos humanos em saúde é um assunto relevante na formulação de políticas, face às importantes alterações nos cuidados e necessidades, características demográficas e socioeconómicas. Este planeamento consiste na estimativa do número de profissionais necessários para se atingir determinados objetivos, existindo diferentes métodos para a sua realização. Segundo a Direção Geral de Saúde considera-se adequado um Terapeuta da Fala para 60.000 habitantes – valores calculados através de estudos de prevalência de doença. Porém, o número de recursos humanos encontra-se intimamente ligado à produtividade, determinada através de unidades de medida como os procedimentos. Nesta área, fatores como a complexidade dos doentes e trabalho indireto, podem influenciar o produto final. Neste estudo pretende-se averiguar a necessidade de recursos humanos em Terapia da Fala, analisando a atividade destes serviços nos hospitais da região de Lisboa e Vale do Tejo e aplicando a fórmula de preconização proposta pelo Ministério da Saúde, baseada num modelo de oferta. Participaram no estudo 23 Terapeutas da Fala de 9 instituições hospitalares. Foi construída uma folha de registo do trabalho diário, preenchida durante cinco dias não consecutivos, averiguando-se assim o tempo gasto nas diferentes atividades. Verificou-se que 63,21% do horário laboral é utilizado na concretização de atos diretos e 36,76% gasto em atos indiretos, relacionados com os utentes, não contabilizados na fórmula proposta. Incluindo as diferentes componentes (atos diretos e indiretos), constata-se que o número de profissionais existentes na região de Lisboa e Vale do Tejo é adequado, embora numa análise por instituição o resultado seja contraditório.

Modelling and Forecasting Mortality Patterns

Thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Doctor of Statistics and Information Management

Continuidade de cuidados numa Unidade de Saúde Familiar : o efeito nos custos

RESUMO - Caracterização do problema: O sistema de saúde português atingiu um patamar de ineficiência tal que urge ser reestruturado de forma a torná-lo sustentável. De forma a atingir este nível de sustentabilidade, uma série de soluções podem ser consideradas das quais destacamos a integração de cuidados. Este conceito exige que os diferentes níveis de saúde sigam um único caminho, trabalhando de forma coordenada e contínua. A integração de cuidados pode ser implementada através de várias tipologias entre as quais se destaca a integração clínica que por sua vez é composta pela continuidade de cuidados. Assim, ao medir a continuidade de cuidados, quantifica-se de certa forma a integração de cuidados. Objetivos: Avaliar o impacto da continuidade de cuidados nos custos. Metodologia: Os dados foram analisados através de estatísticas descritivas para verificar o seu grau de normalidade. Posteriormente foram aplicados testes t-student para analisar a existência de diferenças estatisticamente significativas entre as médias das diferentes variáveis. Foi então estudado o grau de associação entre variáveis através da correlação de spearman. Por fim, foi utilizado o modelo de regressão log-linear para verificar a existência de uma relação entre as várias naturezas de custos e os índices de continuidade. Com base neste modelo foram simulados dois cenários para estimar o impacto da maximização da continuidade de cuidados nas várias naturezas de custos. Conclusões: No geral, verifica-se uma relação muito ligeira entre a continuidade de cuidados e os custos. Mais especificamente, uma relação mais duradoura entre o médico e o doente resulta numa poupança de custos, independentemente da tipologia. Analisando a densidade da relação, observa-se uma relação positiva entre a mesma e os custos totais e o custo com Meios Complementares de Diagnóstico e Terapêutica (MCDT). Contudo verifica-se uma relação médico-doente negativa entre a densidade e os custos com medicamentos e com pessoal. Ao analisar o impacto da continuidade de cuidados nos custos, conclui-se que apenas a duração da relação médico-doente tem um impacto negativo em todas as categorias de custos, exceto o custo com medicamentos. A densidade de cuidados tem um impacto negativo apenas no custo com pessoal, influenciando positivamente as outras categorias de custos. Extrapolando para o nível nacional se o nível de densidade de uma relação fosse maximizado, existiria uma poupança de 0,18 euros, por ano, em custos com pessoal.

Factores de prognóstico do resultado do tratamento de doentes com Síndrome de dependência do Álcool: estudo de coorte prospectivo de 6 meses

Factores de prognóstico do resultado do tratamento de doentes com Síndrome de Dependência do Álcool: estudo coorte prospectivo de 6 meses Introdução: Uma das questões fundamentais para as políticas de saúde relacionadas com o tratamento e reabilitação de doentes com dependência de álcool, é identificar factores de prognóstico num curto prazo de tratamento ambulatório, de modo a se poderem optimizar as decisões de tratamento dos doentes. Assim, este estudo teve como objectivo identificar factores de prognóstico na admissão ao tratamento e factores de prognóstico durante o período de tratamento ambulatório. Materiais e métodos: Estudo observacional coorte de doentes com dependência de álcool observados num período de 6 meses de tratamento ambulatório. O estudo consistiu numa amostra de 209 doentes incluídos no estudo de acordo com os critérios do Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders versão IV, tendo sido recolhida no Centro de Alcoologia do Sul (n=194) e no Hospital Nossa Senhora do Rosário (n=15). 8 médicos psiquiatras destes dois centros de tratamento foram responsáveis pelo tratamento dos doentes. O doente ter um co-responsável que acompanhasse a sua reabilitação e fizesse a supervisão da medicação para controlo do consumo de álcool era condição absolutamente necessária para inclusão do doente no estudo. Como factores de prognóstico foram medidos na admissão ao tratamento factores sócio demográficos, a história de uso de outras substâncias e indicadores de gravidade associados à história de consumo excessivo de álcool. Durante os 6 meses de tratamento foram medidos factores de prognóstico que respeitam os fármacos para controlo do consumo incluindo Dissulfiram e Acamprosato, os factores associados aos aspectos não farmacológicos do tratamento incluindo o número de consultas, os factores associados às características do médico e finalmente os fármacos para tratamento de depressão e ansiedade. As variáveis de resultado medidas no estudo envolveram o tempo até à primeira recaída pesada (variável de interesse primário para o estudo), a abstinência de consumo pesado, a abstinência de qualquer quantidade de álcool, o tempo cumulativo de abstinência acima da média dos doentes, o tempo máximo de recaída superior a 1 dia e o doente ter pelo menos um problema relacionado com o álcool aos 6 meses. Todas as variáveis resultado foram medidas através do calendário auto-reportado pelos doentes e seus co-responsáveis no que respeita os consumos diários Timeline Followback, à excepção da variável ter pelo menos 1 problema relacionado com o álcool aos 6 meses em que foi aplicado o instrumento Alcohol Related Problems Questionnaire. Foi estabelecido uma unidade padrão de consumo de álcool como uma garrafa de cerveja, um copo de vinho ou um cálice de bebida fortificada ou destilada que teriam aproximadamente 10 gramas de álcool, sendo considerado um consumo excessivo pesado de pelo menos 5 destas unidades padrão num dia típico de consumo, ou seja, pelo menos 50 gramas de álcool. Os dados recolhidos e validados foram analisados em Statistical Package for Social Sciences, tendo-se utilizado usuais métodos de estatística descritiva envolvendo tabulação de frequências e tabulação de medidas de tendência central e dispersão. Foram utilizados na análise bivariável entre os factores de prognóstico e as variáveis resultado o teste do Qui quadrado ou exacto de Fisher, o teste de Mann Whitney, o teste Kruskal Wallis, o coeficiente de correlação de Spearman e o coeficiente de concordância Kappa de Cohen. Foi ainda utilizado na análise bivariável a análise de sobrevivência de Kaplan Meier com teste log rank e a análise da área sob a curva ROC. Na análise multivariável foi utilizado a análise de regressão de Cox múltipla com razão de riscos medida pelo Hazard Ratio (HR) e a análise de regressão logística múltipla com razão de riscos medida pelo odds ratio (OR). O nível de significância foi estabelecido em 5%. Resultados: Dos doentes admitidos a tratamento, 84% eram homens, a idade mediana era 41 anos, o consumo mediano de álcool era 192 gramas/dia e a duração mediana de consumo excessivo pesado era 13 anos. Os anos completos de escolaridade em tendência situaram-se abaixo do 9º ano de escolaridade com uma mediana de 6 anos. 61% dos doentes pertenciam a classes sociais média/baixa e baixa. A taxa de Kaplan Meier de recaída em consumo pesado foi de 23% sendo a taxa de recaída em qualquer quantidade de álcool de 54%. O tempo médio cumulativo de abstinência foi 131 dias. Relativamente aos factores de prognóstico que se revelaram estatisticamente significativos após análise de regressão múltipla foram; na admissão ao tratamento, o sexo feminino associado a pior prognóstico de tempo máximo de recaída superior a 1 dia (OR=4,55; p<0,05), o nível sócio económico de graffar médio baixo e baixo associado a piores prognósticos relativamente à abstinência de consumo pesado (OR=0,32; p<0,05), abstinência de qualquer quantidade (OR=0,41; p<0,05) e tempo cumulativo de abstinência acima da média (OR=0,05; p<0,01), a situação profissional de emprego a tempo inteiro e vínculo associado a melhor prognóstico relativamente a menos problemas ligados ao álcool aos 6 meses (OR=0,37; p<0,05), a história de uso de cocaína associado a pior prognóstico relativamente à abstinência de consumo pesado (OR=0,11; 6 p<0,01) e abstinência de qualquer quantidade (OR=0,05; p<0,001), ter mais de 20 anos de consumo excessivo pesado associado a pior prognóstico relativamente à abstinência de qualquer quantidade (OR=0,20; p<0,05), tempo cumulativo de abstinência acima da média (OR=0,05; p<0,05), tempo máximo de recaída superior a 1 dia (OR=8,36; p<0,01) e ter pelo menos 1 problema ligado ao álcool aos 6 meses (OR=7,32; p<0,01), entrar em tratamento com menos tempo de abstinência, digamos até 7 dias sem beber, revelou-se associado a melhor prognóstico nomeadamente no tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=0,32; p<0,05), mais gravidade da história de consumo indicada pelo doente consumir álcool de manhã e/ou antes do almoço revelou-se associado a melhor prognóstico, nomeadamente na abstinência de qualquer quantidade de álcool (OR=3,01; p<0,05), os doentes com valor de avaliação hepática GGT aumentada face ao limite normal revelaram pior prognóstico ao nível do tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=2,48; p<0,05), os doentes com pelo menos 5 dos 11 problemas ligados ao álcool questionados no Alcohol Related Problems Questionnaire na admissão, revelaram pior prognóstico nomeadamente no tempo cumulativo de abstinência acima da média dos doentes (OR=0,04; p<0,01). Durante os 6 meses de tratamento, os factores de prognóstico que se revelaram estatisticamente significativos após análise de regressão múltipla foram; a toma de Dissulfiram por um período de pelo menos 120 dias, que se revelou associado a melhor prognóstico relativamente ao tempo cumulativo de abstinência acima da média dos doentes (OR=18,88; p<0,01) e o doente ter pelo menos 1 problema ligado ao álcool aos 6 meses (OR=0,16; p<0,001), o doente ter tomado Dissulfiram por um período inferior a 120 dias, que se revelou associado a pior prognóstico em todas as variáveis de resultado, ou sejam, o tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=15,00; p<0,001), a abstinência de consumo pesado (OR=0,062; p<0,001), a abstinência de qualquer quantidade (OR=0,05; p<0,001), o tempo cumulativo de abstinência acima da média dos doentes (OR=0,08; p<0,05), o tempo máximo de recaída superior a 1 dia (OR=15,60; p<0,01) e ter pelo menos 1 problema ligado ao álcool aos 6 meses (OR=5,25; p<0,05), os doentes com indicação para Acamprosato tiveram pior prognóstico ao nível do tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=2,60; p<0,05), os doentes que realizaram pelo menos 4 das 7 consultas previstas para os 6 meses tiveram melhor prognóstico relativamente à abstinência em consumo pesado (OR=9,10; p<0,001), abstinência de qualquer quantidade (OR=5,56; p<0,001), tempo cumulativo de abstinência acima da média (OR=177,50; p<0,001) e o doente ter pelo menos 1 problema ligado ao álcool aos 6 meses (OR=0,07; p<0,001), o doente ter pelo menos 2,5 de média nas fases da sua consulta (podendo variar as fases entre 1 e 4) têm melhor prognóstico ao nível do tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=0,28; p<0,01), abstinência de consumo pesado (OR= 2,80; p<0,05), abstinência de qualquer quantidade (OR=3,24; p<0,05) e tempo máximo de recaída superior a 1 dia (OR=0,21; p<0,01), os doentes com indicação para ansiolíticos sejam eles Benzodiazepinas ou Buspirona tiveram pior prognóstico no tempo até à primeira recaída em consumo pesado (HR=2,12; p<0,05). Conclusões: em termos de políticas de saúde, este estudo permite concluir que durante o tratamento ambulatório devem ser valorizados o recurso farmacológico Dissulfiram com tempo de toma nunca inferior a 120 dias, a realização de um maior número de consultas previsto para o doente e a utilização de mais de duas fases nas consultas. Este estudo também revela que os prestadores de tratamento devem ter atenção aos doentes com indicação para a toma de ansiolíticos. Relativamente aos factores relevantes na admissão ao tratamento ambulatório, este estudo permite-nos concluir que deve haver maior preocupação dos prestadores de tratamento relativamente às mulheres alcoólicas, aos doentes com nível socioeconómico mais baixo e doentes sem emprego a tempo inteiro nem vínculo, pois são factores que se revelaram associados a pior prognóstico. Também, os prestadores de tratamento devem ter em especial atenção a história de consumo de outras substâncias, nomeadamente o consumo de cocaína, pois revelou-se associado a pior prognóstico. Em relação às variáveis da gravidade do consumo de álcool, os prestadores de tratamento devem tomar especial atenção que o prognóstico piora para os doentes que consomem álcool de modo excessivo pesado à mais de 20 anos, que tenham a avaliação laboratorial do GGT aumentada em relação ao normal e que revelem mais problemas ligados ao álcool no questionário Alcohol Related Problems Questionnaire. Este estudo também prova que se deve motivar o doente a iniciar o tratamento temporalmente o mais perto possível do início da abstinência. Mais concretamente, os doentes que iniciaram o tratamento até uma semana desde o início da abstinência tiveram melhor prognóstico. Curiosamente ainda uma informação útil para os prestadores de tratamento é que os doentes que consomem álcool pela manhã e/ou antes do almoço parecem estar mais motivados para recuperarem, tendo-se revelado um factor de bom prognóstico.