Phylogeny and phenotypic characterization of pathogenic cryptococcus species and closely related saprobic taxa in the tremellales

Eukaryotic Cell, Vol.8, Nº3

Identification of mating type genes in the bipolar basidiomycetous yeast rhodosporidium toruloides: first insight into the MAT Locus structure of the sporidiobolales

Eukaryotic Cell, Vol.7, Nº6

Coastal sedimentary environments and sea-level changes

A detailed knowledge of the 3-D arrangement and lateral facies relationships of the stacking patterns in coastal deposits is essential to approach many geological problems such as precise tracing of sea level changes, particularly during small scale fluctuations. These are useful data regarding the geodynamic evolution of basin margins and yield profit in oil exploration. Sediment supply, wave-and tidal processes, coastal morphology, and accommodation space generated by eustasy and tectonics govern the highly variable architecture of sedimentary bodies deposited in coastal settings. But these parameters change with time, and erosional surfaces may play a prominent role in areas located towards land. Besides, lateral shift of erosional or even depositional loci very often results in destruction of large parts of the sediment record. Several case studies illustrate some commonly found arrangements of facies and their distinguishing features. The final aim is to get the best results from the sedimentological analysis of coastal units.

Studies on the genetics of artemisinin resistance in malaria

A existência de estirpes de Plasmodium falciparum resistentes a multiplos fármacos é um dos problemas mais graves no controlo da malária. Novos fármacos, como a artemisinina (ART) e seus derivados são cada vez mais utilizados no tratamento da malaria e muito embora até ao momento não haja registos de fármaco-resistência estável à ART o seu surgimento seria desastroso devido á falta de alternativas. A investigação apresentada nesta tese descreve a selecção de resistência estável à ART e ao artesunato (ATN) utilizando um modelo roedor de malária, o parasita Plasmodium chabaudi chabaudi (Plasmodium chabaudi). Dois clones de Plasmodium chabaudi diferentes, AS-15CQ e AS-30CQ, foram inoculados em murganhos que por sua vez foram tratados na presença de concentrações sucessivamente crescentes de ATN e ART, sendo que no final do processo de seleção de resistência, os parasitas obtidos apresentavam uma resistência de 6 e 15 vezes superior ao ATN e à ART, respectivamente, em relação aos parasitas iniciais. Os clones obtidos foram nomeados respectivamente AS-ATN (obtido a partir de AS-15CQ por seleção com pressão de ATN) e AS-ART (obtido a partir de AS-30CQ por seleção com pressão de ART). A resistência obtida durante o processo de seleção é estável após clonagem, congelamento/descongelamento, passagem sanguínea na ausência de pressão de fármaco e transmissão natural através do mosquito vector. A sequência nucleotídica e o número de cópias dos genes previamente descritos na literatura como moduladores putativos de resistência à ART e seus derivados: mdr1, cg10, tctp e atp6; foi comparada entre parasitas resistentes e sensíveis, não tendo sido encontradas nenhumas alterações, quer na sequência quer no número de cópias destes genes. Posteriormente, numa tentativa de identificar os genes envolvidos na resistância à ART e ao ATN a técnica de Linkage Group Selection (LGS) foi utilizada. Para tal dois cruzamentos genéticos foram realizados. Estes cruzamentos foram realizados entre os clones fármaco-resistentes; AS-ART e AS-ATN e um clone geneticamente distinto dos anteriores e sensível aos fármacos em estudos, AJ. Após realização do LGS quatro loci genéticos; nos cromossomas de P. chabaudi 1, 2, 6 e 8 foram encontrados associados à resistência. Atendendo a que, a selecção no cromossoma 2 era a mais forte, este locus foi submetido a subsequentes análises genéticas, tendo sido encontradas duas mutações diferentes (V739F e V770F) num gene que codifica para um enzima de desubiquitinação (gene ubp-1).

Studies on the genetics of artemisinin resistance in malaria

A existência de estirpes de Plasmodium falciparum resistentes a multiplos fármacos é um dos problemas mais graves no controlo da malária. Novos fármacos, como a artemisinina (ART) e seus derivados são cada vez mais utilizados no tratamento da malaria e muito embora até ao momento não haja registos de fármaco-resistência estável à ART o seu surgimento seria desastroso devido á falta de alternativas. A investigação apresentada nesta tese descreve a selecção de resistência estável à ART e ao artesunato (ATN) utilizando um modelo roedor de malária, o parasita Plasmodium chabaudi chabaudi (Plasmodium chabaudi). Dois clones de Plasmodium chabaudi diferentes, AS-15CQ e AS-30CQ, foram inoculados em murganhos que por sua vez foram tratados na presença de concentrações sucessivamente crescentes de ATN e ART, sendo que no final do processo de seleção de resistência, os parasitas obtidos apresentavam uma resistência de 6 e 15 vezes superior ao ATN e à ART, respectivamente, em relação aos parasitas iniciais. Os clones obtidos foram nomeados respectivamente AS-ATN (obtido a partir de AS-15CQ por seleção com pressão de ATN) e AS-ART (obtido a partir de AS-30CQ por seleção com pressão de ART). A resistência obtida durante o processo de seleção é estável após clonagem, congelamento/descongelamento, passagem sanguínea na ausência de pressão de fármaco e transmissão natural através do mosquito vector. A sequência nucleotídica e o número de cópias dos genes previamente descritos na literatura como moduladores putativos de resistência à ART e seus derivados: mdr1, cg10, tctp e atp6; foi comparada entre parasitas resistentes e sensíveis, não tendo sido encontradas nenhumas alterações, quer na sequência quer no número de cópias destes genes. Posteriormente, numa tentativa de identificar os genes envolvidos na resistância à ART e ao ATN a técnica de Linkage Group Selection (LGS) foi utilizada. Para tal dois cruzamentos genéticos foram realizados. Estes cruzamentos foram realizados entre os clones fármaco-resistentes; AS-ART e AS-ATN e um clone geneticamente distinto dos anteriores e sensível aos fármacos em estudos, AJ. Após realização do LGS quatro loci genéticos; nos cromossomas de P. chabaudi 1, 2, 6 e 8 foram encontrados associados à resistência. Atendendo a que, a selecção no cromossoma 2 era a mais forte, este locus foi submetido a subsequentes análises genéticas, tendo sido encontradas duas mutações diferentes (V739F e V770F) num gene que codifica para um enzima de desubiquitinação (gene ubp-1).

Epidemiologia da malária em Cabo Verde - Factores genéticos humanos e estrutura populacional do mosquito vector

A malária, doença parasitária complexa que resulta da interacção entre parasita, hospedeiros humano e vector, constitui um dos principais problemas de saúde a nível mundial. À semelhança de outras doenças parasitárias e infecciosas a malária tem um papel importante na evolução, tendo já sido demonstrado o papel da variação genética humana na resistência à infecção. Após quase meio século de controlo, a malária persiste na ilha de Santiago onde, apesar da baixa endemicidade, os indivíduos apresentam geralmente manifestações moderadas, são diagnosticadas infecções abaixo do nível detectável pela microscopia e o vector se encontra muito próximo da população supostamente susceptível, desconhecendo-se a frequência dos principais polimorfismos genéticos humanos mais relacionados com a doença e a estrutura populacional do mosquito vector. Os objectivos gerais de trabalho desta tese assentam 1) no estudo dos dois clássicos factores genéticos do hospedeiro humano relacionados com a malária, nomeadamente os afectos à anemia das células falciformes, à deficiência em G6PD e a análise dum provável envolvimento da PK e 2) na análise genética das populações do mosquito vector, tentando contribuir para a compreensão da epidemiologia da doença na Ilha, e para a escolha de medidas de controlo apropriadas. Os trabalhos incidiram na detecção do alelo responsável pela hemoglobina S, de polimorfismos no gene da G6PD e da PK em indivíduos não aparentados (Infectados e não Infectados) com análise da sua provável associação com a infecção e, ainda, na genotipagem de loci microssatélites de Anopheles arabiensis com recurso a técnicas baseadas na PCR. Relativamente à anemia falciforme, a frequência dos portadores do traço (indivíduos HbAS) e do alelo HbS foi 6% e 5%, respectivamente, e para as variantes da G6PD, 0,8% para G6PDA- e 0,0% para a G6PDMed, não tendo sido encontrado associação entre os genótipos desses dois factores e a presença de infecção. No que concerne ao gene PKLR não foi encontrada uma associação clara entre os polimorfismos analisados e o estado de infecção, mas foi detectado um acentuado desequilíbrio de linkage entre os loci, apenas nos Não Infectados, o que pode significar que essa região do gene, aparentemente conservada, tenha sido seleccionada por fornecer protecção contra a infecção e/ou doença. A diversidade genética das populações de A. arabiensis em onze loci microssatélites foi moderada com valores médio de He, variando de 0,481 a 0,522 e a Rs de 4 a 5. O valor da diferenciação genética baseado em 7 loci polimórficos foi baixo (FST=0,012; p<0,001) mas significativo, variando entre 0,001 e 0,023 entre os pares de populações. Não foram detectados os alelos de resistência associados ao gene Kdr. A baixa frequência dos alelos associados à G6PD (A- e Med) tem implicações importantes nas estratégias de controlo definidas pelo Programa Nacional de Luta contra o Paludismo (PNLP), uma vez que a primaquina pode continuar a ser administrada como complemento aos regimes terapêuticos, em caso de necessidade. A população de A. arabiensis em Santiago revelou-se relativamente homogénea e com uma estrutura reduzida o que pode, por um lado, representar uma desvantagem por permitir uma provável dispersão dos genes de resistência. Por outro lado, essa relativa homogeneidade poderá representar uma vantagem para a introdução de um programa de controlo baseado na libertação de mosquitos transgénicos.

A Mudança Organizativa como Projecto Crítico para a Eficiência do Sistema Público de Saúde: Análise Teórica e Estudo do Caso das Agências de Contratualização em Portugal

Este estudo aborda a relevância da mudança organizativa como suporte para reformas do sistema público de Saúde português. Tanto a reforma como a mudança organizativa sectorial são enquadradas no contexto da modernização da Administração Pública, em Portugal e no conjunto da OCDE. O trabalho tem duas componentes: por um lado, procuram-se as ligações conceituais entre diferentes disciplinas para compreender a complexidade dos motivos e mecanismos da reforma da Administração Pública e da intervenção estatal em Saúde; por outro, faz-se o estudo do caso das Agências de Contratualização de Serviços de Saúde em Portugal, nos anos 1996 – 1999 (estendendo-se, às experiências de fragmentação institucional introduzidas pelo Executivo Governamental 2002 – 2004). Utilizam-se os paradigmas das diferentes disciplinas e a avaliação das experiências de outros países com mudanças organizativas sectoriais anteriores para analisar a experiência portuguesa. A experiência portuguesa com as Agências de Contratualização de Serviços de Saúde demonstra que já se tinha identificado a necessidade de mudança organizativa para apoiar reformas sectoriais: a separação entre financiador e prestador resultou de diferentes diagnósticos sobre os limites do modelo integrado de “comando – e – controle” para a intervenção pública em Saúde. Aliás, a sucessão de propostas das equipes dirigentes do Ministério da Saúde, em 1996 – 1999 e 2002 – 2004 incluem instrumentos semelhantes (autonomização das instituições prestadoras, contratação, estruturas ad-hoc) embora em apoio a estratégias de reforma com objectivos diferentes. Este estudo procura trazer três contribuições para o debate da reforma das instituições envolvidas na materialização dos objectivos do Sistema Nacional de Saúde, em Portugal. Por um lado, faz-se uma análise do comportamento dos diferentes tipos de instituições que compõem o SNS e a sua administração de apoio, o que permite identificar algumas das contradições entre as mesmas, bem como alguns dos potenciais motivos da sua tradicional lentidão de resposta às pressões dos utentes e sociedade. Por outro lado, é abordada a influência da profissão médica como determinante das organizações, que cria um caso particular de alianças entre interesses profissionais e a procura da legitimação dos modernos Estados de Bem – Estar. O terceiro aporte é a análise das limitações da aplicação das técnicas do managerialismo ao campo da Saúde, em particular os mecanismos contratuais. A análise das instituições do SNS revela um conjunto “virado para dentro”, lento na reacção às mudanças ambientais. Tal como noutras grandes organizações, a defesa da estabilidade reage à mudança, e a satisfação dos interesses internos pode sobrepor-se às responsabilidades sociais da rede institucional. As diferentes organizações componentes do SNS apresentam também conflitos e contradições entre si: por um lado, a normatização característica das grandes redes choca-se com a discrição procurada pelos profissionais médicos; por outro, a gestão centralizada não permite incorporar a diversidade e complexidade da produção de serviços realizada nos diversos pontos da rede. A experiência das Agências de Contratualização teve curta duração e limitou a possibilidade de avaliar o seu desempenho face aos objectivos inicialmente propostos. O tempo foi suficiente, no entanto, para demonstrar a resistência à mudança organizativa das estruturas regionais habituadas ao “comando – e - controle”. Identificaram-se também dificuldades que poderiam advir da descentralização de poder sobre financiamento e controle de despesa, dados os escassos recursos humanos das Agências de Contratualização. As mudanças organizativas introduzidas pela equipe dirigente do Ministério da Saúde entre 2002 – 2004 deslocam o foco do nível regional para o central, em consonância com os diferentes objectivos estratégicos. O estudo identifica limites e obstáculos à aplicação de técnicas managerialistas na gestão de um sistema público prestador de cuidados de saúde. Por um lado, na Administração Pública em geral, as mudanças organizativas podem coincidir com momentos de limitação orçamental (prolongado sub – financiamento no caso dos hospitais públicos portugueses): para evitar a derrapagem de despesas, a descentralização recomendada para responder à fragmentação das necessidades da sociedade pós – fordista tem que ser contida por controlo centralizado através de designados políticos. Num sistema público de Saúde, os benefícios potenciais da aplicação de contratos são limitados por características sectoriais específicas. Oligopólio e oligopsónio juntam-se para permitir a “captura” do mercado por médicos e gestores, desviando as instituições dos seus objectivos sociais. A cooperação entre profissionais situados tanto nas instituições prestadoras como nos loci de planeamento suplanta a competição e limita o papel disciplinador dos contratos. E a intenção de obter resultados de melhoria de estado de saúde é operacionalmente mais complexa que a simples resposta à procura de cuidados médicos: tanto o conteúdo dos contratos a negociar como a sua monitorização são mais complexos do que no domínio empresarial. A constatação das limitações não deve, no entanto, ser motivo de resignação pessimista. As pressões pela mudança organizativa vão continuar a manifestar-se, mantendo-se o conflito entre contracção fiscal e fragmentação das necessidades da sociedade pós – fordista, e poderão ter consequências ainda mais agudas na Administração Pública portuguesa, que teve crescimento recente para responder à montagem tardia do Estado de Bem – Estar. As instituições autonomizadas do sector Saúde poderão, paralelamente a re – engenharias suscitadas pela gestão da qualidade, mostrar diversas manifestações de alianças entre médicos e gestores, defendendo a sua sobrevivência financeira através de desnatação da procura. A Administração Pública e os órgãos de estratégia devem evitar que os objectivos sociais do sistema sejam prejudicados por esta continuada captura do mercado pelas instituições. Por um lado, com melhor inteligência para negociar contratos baseados em necessidades. Por outro lado, incentivando a competição entre instituições e profissionais em diferentes níveis da rede prestadora e, por último, fomentando os mecanismos de prestação de contas. São feitas diversas sugestões para adequação da AP sectorial aos novos desafios. Discute-se a adequação do nível regional para sede da gestão de contratos, baseada nas exigências de tratamento de informação que respeite a complexidade técnica da produção e a adequação à variedade das necessidades locais. A discussão da adequação do nível regional prolonga-se com a necessidade de incentivar a inteligência das Administrações Regionais de Saúde, em paralelo ao reforço do poder e organização das instituições do nível primário como contratadores de serviços dos hospitais, considerado um dos poucos meios de restringir o comportamento oligopólico destes últimos. Considera-se ainda que é necessário continuar a experimentar gerir as inovações com estruturas ad – hoc, paralelas à administração tradicional de organização hierarquizada. As vantagens destas estruturas estarão na sua independência das alianças políticas locais, indutoras de ineficiências, e na facilidade em estabelecer ligações de trabalho informais, mas funcionais, entre diferentes departamentos.

The genetic basis of morphological change in convergent evolution of natural populations: identifying candidate genes behind convergent evolution in blind cavefish astyanax mexicanus

Dissertation presented to obtain the Ph.D. degree in Biology at the Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa.

Diversidade genética da população parasitária de leishmania em Portugal

RESUMO O presente estudo teve como principal objectivo avaliar a diversidade genética de uma população parasitária de Leishmania em isolados portugueses de hospedeiros humanos, caninos, vulpinos e do vector, aplicando dois marcadores moleculares: kDNA e microssatélites. No Capítulo 1 fez-se uma revisão bibliográfica sobre as leishmanioses incluindo a epidemiologia da infecção nos países da bacia mediterrânica nomeadamente Portugal. Deu-se especial relevo à epidemiologia molecular que nos últimos anos tem vindo a ser desenvolvida. No Capítulo 2 efectuou-se um inquérito de leishmaniose canina que abrangeu 374 cães provenientes da Região Metropolitana de Lisboa. Foi encontrada uma prevalência total de 19,2%, com a prevalência de 18,4% nos cães com dono e 21,6% nos cães sem dono ou vadios. Os resultados obtidos evidenciaram a importância dos cães vadios na transmissão do parasita e disseminação da doença. A partir dos 72 cães infectados, foram isolados 49 estirpes de Leishmania, tendo estas sido tipadas como L. infantum zimodeme MON-1. Estas estirpes, em conjunto com outras amostras isoladas a partir de humanos, vector e outros canídeos, foram utilizadas para avaliar a diversidade genética. No Capítulo 3 foram desenvolvidas sequências iniciadoras cinetoplastideais, MC1 e MC2, tendo-se estas revelado específicas e sensíveis para a identificação do complexo L. donovani isolados em cultura ou directamente a partir de amostras clínicas. Aplicou-se a metodologia de kDNA-PCR-RFLP na análise de 161 amostras de DNA, das quais 134 eram provenientes de isolados portugueses de L. infantum. Foram identificados 16 genótipos na totalidade das amostras, tendo 13 sido identificados nas amostras portuguesas. Observou-se a predominância do genótipo A, observado exclusivamente na população parasitária portuguesa. Em termos geográficos esta metodologia mostrou estar de acordo com a tipagem isoenzimática, e outros marcadores moleculares, individualizando as amostras provenientes de África num único genótipo. No entanto não se observou individualização ao nível das regiões de Portugal estudadas, sugerindo a existência de fluxo genético entre as diferentes áreas geográficas. No Capítulo 4 aplicou-se a análise de 13 loci de microssatélites, polimórficos para L. infantum, em 154 amostras, das quais 128 eram provenientes de diferentes regiões geográficas de Portugal e de diferentes hospedeiros e vector. Obteve-se um maior grau de polimorfismo com estes marcadores do que com o kDNA, identificando-se 85 genótipos. Observou-se uma maior diversidade molecular nas amostras provenientes do Algarve e Alto Douro e, relativamente ao hospedeiro, estes alvos moleculares mostraram ser muito mais polimórficos no hospedeiro humano que o canino, indo ao encontro dos resultados de tipagem isoenzimática que se conhecem até à actualidade. Foi individualizado um agrupamento de amostras não MON-1 e dentro deste, um sub-agrupamento das amostras de África Oriental (Etiópia e Sudão), como anteriormente sugerido por outros autores. No Capítulo 5 discutiram-se os resultados obtidos permitindo verificar que a variabilidade dos parasitas Leishmania no nosso país é maior do que tem sido considerada até ao presente. Possibilitaram também o conhecimento de que há genótipos predominantes em Portugal e que a variabilidade genética no hospedeiro humano e no vector é superior à do reservatório doméstico e silvático.

Estrutura Genética de Populações de Glossina palpalis gambiensis (Diptera: Glossinidae) na República da Guiné-Bissau

Glossina palpalis gambiensis é o principal vector de Tripanossomose Humana Africana (THA) na África Ocidental e a mosca tsé-tsé mais comum na Guiné-Bissau. Apesar da sua ampla distribuição, nenhum caso de THA tem sido reportado no país desde finais dos anos 70 do século XX. Populações naturais do Grupo palpalis demonstraram diferentes níveis de variação intraespecífica que podem influenciar a sua capacidade vectorial. Portanto, o conhecimento exacto acerca da identidade das espécies e estrutura populacional é essencial para prever o possível restabelecimento e propagação da transmissão de THA na Guiné-Bissau. A variação genética foi analisada em amostras de Glossina palpalis gambiensis de cinco regiões da Guiné-Bissau, com recurso a microssatélites. Três das regiões pertencem à parte continental e duas representam a parte insular do país. No total, 261 moscas tsé-tsé do sexo feminino foram genotipadas para 11 loci microssatélites. Baixos níveis de diferenciação genética foram observados entre as populações de G. p. gambiensis da Guiné-Bissau (FST = 0,006, P = 0,002). Este resultado está de acordo com a análise de agrupamentos, que revelou a presença de um único cluster agrupando todas as amostras, independentemente da origem geográfica. De um modo geral, estes resultados sugerem uma baixa subestruturação populacional em G. p. gambiensis nesta região. Análises de equilíbrio mutação-deriva sugerem ainda a ocorrência de expansão populacional recente. As evidências genéticas sugerem consideráveis níveis de fluxo genético entre as populações continentais e entre as populações insulares e continentais da Guiné-Bissau. No caso do restabelecimento de focos de transmissão de THA, a possibilidade de disseminação do protozoário Trypanosoma, através da dispersão activa das moscas tsé-tsé, deve ser tida em conta no planeamento de estratégias de controlo vectorial na Guiné-Bissau. PALAVRAS-CHAVE: Glossina, Tripanossomose Humana Africana, microssatélites, diferenciação genética.

Unveiling the mating system and genetic variability in the yeast Kwoniella mangroviensis using molecular approaches

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

O regime dialógico na obra de João César Monteiro: matérias e conteúdos de uma prática subversiva

Tese apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Doutor em Ciências da Comunicação - Comunicação e Linguagem

Estudo do gene FOXE1 e identificação de novos genes de susceptibilidade para o cancro da tiróide familiar

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Caracterização de estirpes Mycobacterium Tuberculosis da família Lisboa: análise de regiões de diferença e single nucleotide polymorphisms

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Gold nanoprobes for the detection of mutations associated with antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis complex

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina