Caracterização de estirpes Mycobacterium Tuberculosis da família Lisboa: análise de regiões de diferença e single nucleotide polymorphisms

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Portugal é um dos países europeus com maior incidência de tuberculose (TB), encontrando-se entre os cinco países com taxa de notificação superior a 20/100 000 habitantes, apresentando também a mais elevada percentagem (14,6%) de individuos seropositivos para o vírus da Imunodeficiência Adquirida (HIV) entre casos de TB. Uma das maiores ameaças ao tratamento e controlo de TB é o surgimento de casos de infecção com características de multirresistência (TBMR) e resistência extensiva (XDR-TB) aos antibacilares. A maioria das estirpes de TB-MR que circulam na região de saúde de Lisboa pertence a uma família particular de estirpes geneticamente relacionadas, a família Lisboa, detectada nos anos 90. A prevalência desta família de estirpes tem vindo a aumentar ao longo dos anos, mostrando os estudos mais recentes que mais de 85% dos casos de TB-MR são família Lisboa. Estirpes de TB-MR derivaram recentemente para estirpes XDR-TB, representando cerca de 50% das estirpes TB-MR, e sendo todas da família Lisboa. A família Lisboa constitui uma ameaça ao controlo da TB no país e a sua prevalência nos últimos anos sugere que estas estirpes poderão ter vantagens selectivas relativamente a outras. Com o objectivo de definir a origem evolutiva, bem como a identificação de factores que favoreçam a permanência e disseminação das estirpes Lisboa em Portugal, procedeu-se ao estudo de delecções genómicas e polimorfismos de um único nucleótido em dois isolados da família Lisboa, e um isolado não-Lisboa. Os isolados foram analisados quanto à presença ou ausência de 14 regiões de diferença (RD) e a região pks15/1 e, para uma análise mais detalhada do percurso evolutivo das estirpes portuguesas, foi estudada a filogenia baseada em polimorfismos de um único nucleótido (SNP). A filogenia baseada em SNPs não-sinónimos, que ocorrem nos codões katG463 e gyrA95, permitiu a classificação das referidas estirpes no grupo genético principal 2 (PGG2) e, a análise conjunta de nove SNPs sinónimos permitiu a observação de um padrão correspondente ao SCG-5. O estudo dos loci RD revelou a ausência de quatro regiões nas estirpes Lisboa e não-Lisboa, designadamente TbD1, as regiões pks15/1, RD174 e a recém caraterizada RDrio. Os dados obtidos neste estudo são coerentes com as classificações filogenéticas propostas para a evolução dos membros do complexo Mycobacterium tuberculosis (MTC), apresentadas por vários investigadores. Entre os genes ausentes destacam-se os que codificam proteínas extracelulares (PPE55 e PPE56) que são expressas nas fases mais recentes da infecção por Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), podendo dificultar a resposta imunológica do hospedeiro, e genes que codificam proteínas que participam na regulação do estado de dormência, sugerindo alguns autores uma maior propensão para o desenvolvimento de TB activa. A ausência destas regiões em estirpes da família Lisboa pode assumir alguma influência na sua patogenicidade e virulência.