A transposição de investigação resultante das teses de mestrado e doutoramento para os programas curriculares do ensino secundário: o caso das novas tecnologias

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Ciência e Sistemas de Informação Geográfica

As teses do defensor Pacis, II, XIII

pp. 205-227

Gastric adenocarcinoma: contribute of computed tomography in preoperative T nad N staging

RESUMO:Os recentes progressos na imagiologia médica possibilitaram um papel de destaque para a Tomografia Axial Computorizada Multicorte no estadiamento do carcinoma do estômago (GA). Foi objetivo deste estudo avaliar a acuidade desta técnica no estadiamento T (invasão mural) e N (ganglionar) e avaliar fatores de prognóstico como fatores de representação/substituição para melhorar a referida acuidade. Sessenta e nove pacientes operados a carcinoma gástrico (GA) entre Janeiro de 2010 e Julho de 2012 e avaliados por Tomografia Computorizada, a maioria recorrendo a técnica de multicorte com distensão gástrica, foram estadiados retrospetivamente por três imagiologistas. Utilizaram-se critérios de avaliação referidos na literatura especializada e fatores de substituição/representação nos estadios menos eficazes. O estadiamento T revelou acuidade de 66,7% e sensibilidade de 92% e a acuidade, sensibilidade e especificidade obtidas para o estadiamento N foram respetivamente 49%, 40,9% e 64%. Usando um fator de substituição de estadiamento diagnóstico T4/N2 para mudar o estadiamento N2 obtido por MDCT para estadiamento N3A aumentaria a acuidade do estadiamento N para 59% e a sensibilidade para 58,1% e baixaria a especificidade para 61,5%, embora essa mudança não fosse estatisticamente significativa (Teste exato de Fisher 0,159). Em conclusão a acuidade de uma técnica simples de MDCT com distensão gástrica no estadiamento T e N do GA está dentro dos valores citados na literatura e fatores de substituição/representação como o estadiamento T4 e o tipo Difuso da classificação de Lauren podem melhorar a acuidade do estadiamento N.-------------- ABSTRACT: Recent innovations in medical sectional imaging have allowed a major role of multi-detector computed tomography (MDCT) in staging of gastric adenocarcinoma (GA). The purpose of this study was to evaluate the accuracy of this technique in depth of mural invasion (T) and nodal (N) staging of GA and to evaluate prognostic factors as surrogate factors to improve such accuracy. Sixty nine patients operated to GA between January 2010 and July 2012 that underwent Computed Tomography, the majority through Multidetector Computed Tomography (MDCT) with gastric distention, were staged retrospectively by three imagiologists with state-of-the-art criteria and surrogate prognostic factors were analyzed for less accurate stages. MDCT T-staging was 66,7 % accurate with a sensibility of 92 % and there was a 49 % accuracy, 40,9 % sensibility and 64 % specificity for N Staging. Using a surrogate factor of T4/N2 diagnostic staging to change diagnostic MDCT N2 disease to N3A disease would increase accuracy of N staging to 59% and sensibility to 58,1% and would decrease specificity to 61,5 %, although that change was not statistically significant (Fisher´s Exact Test 0,159)In conclusion the accuracy of a simple hydro-MDCT technique in T and N staging of GA is in the range of values cited in the literature and surrogate factors as diagnostic T4 disease and diffuse type of Lauren´s Classification may improve the accuracy of N staging.

Analysis of outcome and cancer stem cells status in patients with resectable pancreatic adenocarcinoma

RESUMO: Actualmente, a única possibilidade de cura para doentes com adenocarcinoma do pâncreas (PDAC) é a ressecção cirúrgica, no início deste estudo, perguntamo-nos se os predictores clínico-patológicos clássicos de prognostico poderiam ser validados em uma grande cohort de doentes com cancro do pâncreas ressecável e se outros predictores clínicos poderiam ter um papel na decisão de que doentes beneficiariam de ressecção cirúrgica. No capítulo 2, observamos que até 30% dos doentes morrem no primeiro ano após a ressecção cirúrgica, pelo que o nosso objectivo foi determinar factores pré-operatórios que se correlacionam com mortalidade precoce após ressecação cirúrgica com recurso a um instrumento estatisticamente validado, o Charlson-Age Comorbidity Index (CACI), determinamos que um CACI score superior a 4 foi preditivo de internamentos prolongados (p <0,001), complicações pós-operatórias (p = 0,042), e mortalidade em 1 ano pós- ressecção cirúrgica (p <0,001). Um CACI superior a 6 triplicou a mortalidade no primeiro ano pós-cirurgia e estes doentes têm menos de 50% de probabilidade de estarem vivos um ano após a cirurgia. No capítulo 3, o nosso objectivo foi identificar uma proteína de superfície que se correlacionasse estatisticamente com o prognostico de doentes com adenocarcinoma do pâncreas e permitisse a distinção de subgrupos de doentes de acordo com as suas diferenças moleculares, perguntamo-nos ainda se essa proteína poderia ser um marcador de células-estaminais. No nosso trabalho anterior observamos que as células tumorais na circulação sanguínea apresentavam genes com características bifenotípica epitelial e mesenquimal, enriquecimento para genes de células estaminais (ALDH1A1 / ALDH1A2 e KLF4), e uma super-expressão de genes da matriz extracelular (colagénios, SPARC, e DCN) normalmente identificados no estroma de PDAC. Após a avaliação dos tumores primários com RNA-ISH, muitos dos genes identificados, foram encontrados co-localizando em uma sub-população de células na região basal dos ductos pancreáticos malignos. Além disso, observamos que estas células expressam o marcador SV2A neuroendócrino, e o marcador de células estaminais ALDH1A1/2. Em comparação com tumores negativos para SV2, os doentes com tumores SV2 positivos apresentaram níveis mais baixos de CA 19-9 (69% vs. 52%, p = 0,012), tumores maiores (> 4 cm, 23% vs. 10%, p = 0,0430), menor invasão de gânglios linfáticos (69% vs. 86%, p = 0,005) e tumores mais diferenciados (69% vs. 57%, p = 0,047). A presença de SV2A foi associada com uma sobrevida livre de doença mais longa (HR: 0,49 p = 0,009) bem como melhor sobrevida global (HR: 0,54 p = 0,018). Em conjunto, esta informação aponta para dois subtipos diferentes de adenocarcinoma do pâncreas, e estes subtipos co-relacionam estatisticamente com o prognostico de doentes, sendo este subgrupo definido pela presença do clone celular SV2A / ALDH1A1/2 positivo com características neuroendócrinas. No Capítulo 4, a expressão de SV2A no cancro do pâncreas foi validado em linhas celulares primárias. Demonstramos a heterogeneidade do adenocarcinoma do pâncreas de acordo com características clonais neuroendócrinas. Ao comparar as linhas celulares expressando SV2 com linhas celulares negativas, verificamos que as linhas celulares SV2+ eram mais diferenciadas, diferindo de linhas celulares SV2 negativas no que respeita a mutação KRAS, proliferação e a resposta à quimioterapia. No capítulo 5, perguntamo-nos se o clone celular SV2 positivo poderia explicar a resistência a quimioterapia observada em doentes. Observamos um aumento absoluto de clones celulares expressando SV2A, em múltiplas linhas de evidência - doentes, linhas de células primárias e xenotransplantes. Embora, tenhamos sido capazes de demonstrar que o adenocarcinoma do pâncreas é uma doença heterogénea, consideramos que a caracterização genética destes clones celulares expressando SV2A é de elevada importância. Pretendemos colmatar esta limitação com as seguintes estratégias: Após o tratamento com quimioterapia neoadjuvante na nossa coorte, realizamos microdissecação a laser das amostras primarias em parafina, de forma a analisar mutações genéticas observadas no adenocarcinoma pancreático; em segundo lugar, pretendemos determinar consequências de knockdown da expressão de SV2A em nossas linhas celulares seguindo-se o tratamento com gemicitabina para determinação do papel funcional de SV2A; finalmente, uma vez que os nossos esforços anteriores com um promotor - repórter e SmartFlare ™ falharam, o próximo passo será realizar RNA-ISH PrimeFlow™ seguido de FACS e RNA-seq para caracterização deste clone celular. Em conjunto, conseguimos provar com várias linhas de evidência, que o adenocarcinoma pancreático é uma doença heterogénea, definido por um clone de células que expressam SV2A, com características neuroendócrinas. A presença deste clone no tecido de doentes correlaciona-se estatisticamente com o prognostico da doença, incluindo sobrevida livre de doença e sobrevida global. Juntamente com padrões de proliferação e co-expressão de ALDH1A1/2, este clone parece apresentar um comportamento de células estaminais e está associado a resistência a quimioterapia, uma vez que a sua expressão aumenta após agressão química, quer em doentes, quer em linhas de células primárias.----------------------------- ABSTRACT: Currently, the only chance of cure for patients with pancreatic adenocarcinoma is surgical resection, at the beginning of my thesis studies, we asked if the classical clinicopathologic predictors of outcome could be validated in a large cohort of patients with early stage pancreatic cancer and if other clinical predictors could have a role on deciding which patients would benefit from surgery. In chapter 2, we found that up to 30% of patients die within the first year after curative intent surgery for pancreatic adenocarcinoma. We aimed at determining pre-operative factors that would correlate with early mortality following resection for pancreatic cancer using a statistically validated tool, the Charlson-Age Comorbidity Index (CACI). We found that a CACI score greater than 4 was predictive of increased length of stay (p<0.001), post-operative complications (p=0.042), and mortality within 1-year of pancreatic resection (p<0.001). A CACI score of 6 or greater increased 3-fold the odds of death within the first year. Patients with a high CACI score have less than 50% likelihood of being alive 1 year after surgery. In chapter 3 we aimed at identifying a surface protein that correlates with patient’s outcome and distinguishes sub-groups of patients according to their molecular differences and if this protein could be a cancer stem cell marker. The most abundant class of circulating tumor cells identified in our previous work was found to have biphenotypic features of epithelial to mesenchymal transition, enrichment for stem-cell associated genes (ALDH1A1/ALDH1A2 and KLF4), and an overexpression of extracellular matrix genes (Collagens, SPARC, and DCN) normally found in the stromal microenvironment of PDAC primary tumors. Upon evaluation of matched primary tumors with RNA-ISH, many of the genes identified were found to co-localize in a sub-population of cells at the basal region of malignant pancreatic ducts. In addition, these cells expressed the neuroendocrine marker SV2A, and the stem cell marker ALDH1A1/2. Compared to SV2 negative tumors, patients with SV2 positive tumors were more likely to present with lower CA 19-9 (69% vs. 52%, p = 0.012), bigger tumors (size > 4 cm, 23% vs. 10%, p= 0.0430), less nodal involvement (69% vs. 86%, p = 0.005) and lower histologic grade (69% vs. 57%, p = 0.047). The presence of SV2A expressing cells was associated with an improved disease free survival (HR: 0.49 p=0.009) and overall survival (HR: 0.54 p=0.018) and correlated linearly with ALDH1A2. Together, this information points to two different sub-types of pancreatic adenocarcinoma, and these sub-types correlated with patients’ outcome and were defined by the presence of a SV2A/ ALDH1A1/2 expressing clone with neuroendocrine features. In Chapter 4, SV2A expression in cancer was validated in primary cell lines. We were able to demonstrate pancreatic adenocarcinoma heterogeneity according to neuroendocrine clonal features. When comparing SV2 expressing cell lines with SV2 negative cell lines, we found that SV2+ cell lines were more differentiated and differ from SV2 negative cell lines regarding KRAS mutation, proliferation and response to chemotherapy. In Chapter 5 we aimed at determining if this SV2 positive clone could explain chemoresistance observed in patients. We found an absolute increase in SV2A expressing cells, with multiple lines of evidence, in patients, primary cell lines and xenografts. Although, we have been able to show evidence that pancreatic adenocarcinoma is a heterogeneous disease, our findings warrant further investigation. To further characterize SV2A expressing clones after treatment with neoadjuvant chemotherapy in our cohort, we have performed laser capture microdissection of the paraffin embedded tissue in this study and will analyze the tissue for known genetic mutations in pancreatic adenocarcinoma; secondly, we want to know what will happen after knocking down SV2A expression in our cell lines followed by treatment with gemcitabine to determine if SV2A is functionally important; finally, since our previous efforts with a promoter – reporter and SmartFlare™ have failed, we will utilize a novel PrimeFlow™ RNA-ISH assay followed by FACS and RNA sequencing to further characterize this cellular clone. Overall our data proves, with multiple lines of evidence, that pancreatic adenocarcinoma is a heterogeneous disease, defined by a clone of SV2A expressing cells, with neuroendocrine features. The presence of this clone in patients’ tissue correlates with patient’s disease free survival and overall survival. Together with patterns of proliferation and ALDH1A1/2 co-expression, this clone seems to present a stem-cell-like behavior and is associated with chemoresistance, since it increases after chemotherapy, both in patients and primary cell lines.

(5) ANAIS - Educação e Desenvolvimento

Publica-se agora o quinto volume dos Anais da Unidade de Investigação de Educação e Desenvolvimento (UIED) contendo as principais publicações dos diversos programas e linhas de investigação referentes à actividade do ano de 2004. Através desta publicação pode o leitor observar as valências fundamentais que integram este Centro de Investigação em educação, centradas não só na área da Educação e Sociedade, problematizando o conceito de desenvolvimento no mundo actual - com as suas vertentes no âmbito das políticas educativas, da formação ao longo da vida, da relação entre a educação e o desenvolvimento pessoal - mas também na educação em ciência, e na relação da educação e as novas tecnologias. Uma informação complementar actualizada sobre a organização da UIED, bem como dos trabalhos de Teses de Doutoramento e de Mestrado realizados no Departamento de Ciências Sociais Aplicadas da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa com o apoio de projectos de investigação desenvolvidos na Unidade, é inserida neste volume, tal como ocorreu em volumes anteriores. O Coordenador Científico: Prof. Doutor José Manuel Matos

(4) ANAIS - Educação e Desenvolvimento

Este é o quarto volume dos Anais da Unidade de Investigação Educação e Desenvolvimento (UIED) e nele se apresentam as principais publicações dos diversos programas e linhas de investigação referentes à actividade do ano de 2003. Uma visão do índice dá alguma medida do âmbito dos trabalhos desenvolvidos nesta unidade e que abrangem novas tendências do pensamento educativo; políticas educativas; educação em ciência; educação e mundo do trabalho; educação e novas tecnologias; educação, desenvolvimento pessoal e sucesso académico e educação e enfermagem. Uma informação complementar sobre a organização da UIED, bem como dos trabalhos de Teses de Doutoramento e de Mestrado realizados no Departamento de Ciências Sociais Aplicadas da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa com o apoio de projectos de investigação desenvolvidos na Unidade, é também inserida neste volume, tal como ocorreu em volumes anteriores. O Coordenador Científico: Prof. Doutor José Manuel Matos

(3) ANAIS - Educação e Desenvolvimento

Com a publicação do volume III do Anais da Unidade de Investigação de Educação e Desenvolvimento procurou-se apresentar os principais resultados dos diversos programas e linhas de investigação referentes à actividade do ano de 2002. Deste modo, dá-se continuidade à difusão, entre investigadores e Centros de Investigação, da produção científica levada a cabo nesta Unidade e permitir um conhecimento mais sistemático da evolução da análise científica e do pensamento educativo nas áreas em torno das quais se agrupam as equipas de investigação. Uma informação complementar sobre a organização da UIED, bem como dos trabalhos de Teses de Doutoramento e de Mestrado realizados na Secção de Ciências e Tecnologias da Educação e Formação com o apoio dos trabalhos investigativos da Unidade, é também inserida neste volume, tal como ocorreu em volumes anteriores. A todos os Investigadores - Membros da UIED - , Bolseiros e Investigadores Júniores e colaboradores técnicos e administrativos, bem como aos demais Serviços da FCT/UNL que nos apoiam os meus agradecimentos. Coordenadora Científica da UIED: Teresa Ambrósio.

Feyerabend

É objectivo desta dissertação sobre Teoria e Incomensurabilidade em Feyerabend, aprofundar o conhecimento da problemática, da interpretação de teorias científicas e o contexto da sua emergência e configuração, tal como é dada a ler nos primeiros ensaios. Consideraram-se para o efeito, relevantes, sobretudo, as fontes primárias, em que tal temática é avaliada. O primeiro capítulo estrutura-se a partir de Realism and Historicity of Knowledge, escrito a pensar em Bohr, porque este ensaio, embora posterior, sintetiza os problemas que se levantam às tradições abstractas quando procuram acomodar o progresso científico, esquecendo a história. Assinalámos assim o fundo de tensão de que emerge o problema da avaliação do potencial heurístico das teorias científicas. Mobilizámos Knowledge without Foundations, por parecer incontornável a matriz popperiana da recusa fundacionalista que nesse período projectava, e Wittgenstein's Philosophical Investigations por levantar os problemas da pragmática do saber científico a partir da discussão dos jogos de linguagem e dos seus lances, porque os considerámos estruturantes. No segundo capítulo procurámos desenvolver o tema da incomensurabilidade entre teorias não instanciais sucessivas mobilizando para o efeito os ensaios onde nos pareceu ser dominante a análise e a perspectivação histórica do debate dialéctico (positivismo/realismo) acerca dos problemas decorrentes das interacções entre teoria e experiência, teoria e observação, teoria e linguagem corrente e teoria e prática científica como é o caso em Attempt at a Realistic Interpretation of Experience, em que avança a Tese I e expõe o irrealismo da tese da estabilidade e a irrelevância das mudanças no emprego de termos científicos na linguagem corrente, por força de mutações ocorridas na supra estrutura teórica. Desenvolvemos também a partir de Explanation, Reduction and Empiricism, os problemas e as dificuldades da interpretação de teorias científicas decorrentes da pretensão ortodoxa de justificação formal de redução e explicação de teorias gerais, desenvolvida quer na teoria da redução de Nagel, quer na teoria da explicação de Hempel e Oppenheim . Encerramos o capítulo com o problemas da testabilidade de teorias científicas e a solução que a adopção, quer do princípio da proliferação, quer de alternativas fortes, introduziria. O terceiro capítulo enfatiza, para lá dos consensos partilhados e das diferenças assumidas, a importância das contribuições de Feyerabend, Kuhn e Lakatos para a problematização das teses do neopositivismo, do racionalismo crítico e do falsificacionismo na história e filosofia da ciência.

(7) ANAIS - Educação e Desenvolvimento

Publica-se agora o sétimo volume dos Anais da Unidade de Investigação de Educação e Desenvolvimenro (UIED) contendo as principais publicações dos diversos programas e linhas de investigação referentes à actividade do ano de 2006. Através desta publicação pode o leitor observar as valências fundamentais que integram este Centro de Investigação em educação -Educação e Ciência; Educação, Formação e Desenvolvimento; e Educação e Tecnologias -, centradas não só na área da Educação e Sociedade, problematizando o conceito de desenvolvimenro no mundo actual -com as suas vertentes no âmbito das políticas educarivas, da formação ao longo da vida, da relação entre a educação e o desenvolvimento pessoal -mas também na educação em ciência, e na relação da educação e as novas tecnologias. Uma informação complementar actualizada sobre a organização da UIED, bem como dos trabalhos de Teses de Doutoramento e de Mestrado realizados no Departamento de Ciências Sociais Aplicadas da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa com o apoio de projectos de investigação desenvolvidos na Unidade, é inserida neste volume, tal como ocorreu em volumes anreriores.

José Ferreira Borges — Política e Economia

Cultura Moderna e Contemporânea, n.2

(8) ANAIS - Educação e Desenvolvimento

Este oitavo volume dos Anais contem as principais publicações dos diversos programas e linhas de investigação da Unidade de Investigação de Educação e Desenvolvimento (UIED) referentes ao ano de 2007. Inicia-se com um conjunto de textos resultantes da mesa-redonda de homenagem à Prof. Doutora Teresa Arnbrósio, fundadora do nosso Centro de Investigação. Esta sessão em Lisboa encerrou o 2I..rvIColóquio da AFIRSE em 17 de Fevereiro de 2007 e foi coordenada pela Prof. Doutora Idália Sá-Chaves. Interligando sisternicamente a vida e a ciência - parafraseando a feliz expressão do Prof. Doutor Hermínio Duarte-Ramos -, os textos escritos por colegas e estudantes que com ela conviveram de perto testemunham a sua profunda influência nas formas de entender a Educação e nos respectivos percursos de vida. A publicação, espelha-se o trabalho das três linhas de investigação da Unidade de Investigação centradas não só na área da Educação e Sociedade, problematizando o conceito de desenvolvimento no mundo actual -com as suas vertentes no âmbito das politicas educativas, da formação ao longo da vida, da relação entre a educação e o desenvolvimento pessoal - mas também na educação em ciência, e na relação da educação e as novas tecnologias. Uma informação complementar actualizada sobre a organização da UIED, bem como dos trabalhos de Teses de Doutoramento e de Mestrado realizados no Departamento de Ciências SociaisAplicadas da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa com o apoio de projectos de investigação desenvolvidos na Unidade, é inserida neste volume, tal como ocorreu em volumes anteriores.

Etnografias portuguesas (1870-1970). Cultura popular e identidade nacional

274 pág.

Hepatic parasympathetic nerve dysfunction involved in the deregulation of postprandial whole-body insulin sensitivity:a road to diabetes and associated pathologies

FCM: UC Fisiologia - Teses de Doutoramento