60 resultados para cell location
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Dissertao para obteno do Grau de Mestre em Gentica Molecular e Biomedicina
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A animao de superfcies deformveis, nomeadamente a modelao de tecidos, atravessa hoje uma poca de grande relevncia na indstria do cinema e no mundo dos jogos. A grande dedicao a este tema, em termos de investigao e a evoluo das capacidades das arquitecturas de computadores no que toca a poder de processamento, tornou hoje possvel efectuar este tipo de simulaes usando um vasto leque de tcnicas com diferentes objectivos. Entre estas tcnicas encontra-se a simulao atravs de modelos discretos. Geralmente, neste tipo de modelao, as caractersticas do tecido so discretizadas num sistema de partculas organizadas entre si segundo um esquema de foras ou energias internas. Assim, a simulao pode ser efectuada integrando o sistema de forma a calcular as novas posies das partculas ao longo do tempo. Este tipo de computao normalmente caracterizado como sendo bastante intensivo. A acelerao da animao de superfcies deformveis recorrendo ao poder de processamento para alm do CPU convencional foi realizada em vrios trabalhos. No entanto, apenas uma pequena parte desses artigos est relacionada com a arquitectura Cell/B.E. O Cell/B.E. foi desenvolvido por uma equipa de investigadores vindos da Toshiba, Sony e IBM. Esta equipa tinha como objectivo a criao de uma arquitectura que suportasse um elevado leque de aplicaes, incluindo o suporte de uma consola de jogos, de forma eficaz e com baixo consumo de energia. Assim, o processador Cell/B.E. convencional pode ser descrito por um chip multicore heterogneo composto por um processador PowerPC e oito processadores vectoriais (SIMD) de 128 bits, permitindo assim ao programador uma maior flexibilidade na forma de paralelizao de um determinado processamento. O principal objectivo deste trabalho passou pelo estudo desta arquitectura e da forma de a explorar e avaliar as suas capacidades, aplicando-as na acelerao de um simulador de superfcies deformveis com
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Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology
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Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biochemistry, Neuroscience
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Sialic acids are key structural determinants and contribute to the functionality of a number of immune cell receptors. Previously, we demonstrated that differentiation of human dendritic cells (DCs) is accompanied by an increased expression of sialylated cell surface structures, putatively through the activity of the ST3Gal.I and ST6Gal.I sialyltransferases. Furthermore, DC endocytosis was reduced upon removal of the cell surface sialic acid residues by neuraminidase. In the present work, we evaluate the contribution of the sialic acid modifications in DC maturation. We demonstrate that neuraminidase-treated human DCs have increased expression of major histocompatibility complex (MHC) and costimulatory molecules, increased gene expression of specific cytokines and induce a higher proliferative response of T lymphocytes. Together, the data suggest that clearance of cell surface sialic acids contributes to the development of a T helper type 1 proinflammatory response. This postulate is supported by mouse models, where elevated MHC class II and increased maturation of specific DC subsets were observed in DCs harvested from ST3Gal.I(-/-) and ST6Gal.I(-/-) mice. Moreover, important qualitative differences, particularly in the extent of reduced endocytosis and in the peripheral distribution of DC subsets, existed between the ST3Gal.I(-/-) and ST6Gal.I(-/-) strains. Together, the data strongly suggest not only a role of cell surface sialic acid modifications in maturation and functionality of DCs, but also that the sialic acid linkages created by different sialyltransferases are functionally distinct. Consequently, with particular relevance to DC-based therapies, cell surface sialylation, mediated by individual sialyltransferases, can influence the immunogenicity of DCs upon antigen loading.
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RESUMO: Os biomarcadores tumorais permitem identificar os doentes com maior risco de recorrncia da doena, predizer a resposta tumoral teraputica e, finalmente, definir candidatos a novos alvos teraputicos. Novos biomarcadores so especialmente necessrios na abordagem clnica dos linfomas. Actualmente, esses tumores so diagnosticados atravs de uma combinao de caractersticas morfolgicas, fenotpicas e moleculares, mas o prognstico e o planeamento teraputico esto quase exclusivamente dependentes de caractersticas clnicas. Estes factores clnicos so, na maioria dos linfomas, insuficientes numa proporo significativa dos doentes, em particular, aqueles com pior prognstico. O linfoma folicular (LF) , globalmente, o segundo subtipo mais comum de linfoma. tipicamente uma doena indolente com uma sobrevida mdia entre os 8 e 12 anos, mas geralmente fatal quando se transforma num linfoma agressivo de alto grau, habitualmente o linfoma difuso de grandes clulas B (LDGCB). Morfologicamente e funcionalmente, as clulas do LF recapitulam as clulas normais do centro germinativo na sua dependncia de sobrevivncia do microambiente no-tumoral, especialmente das clulas do sistema imunolgico. Biomarcadores preditivos de transformao no existem pelo que um melhor conhecimento da biologia intrnseca de progresso do LF poder revelar novos candidatos. Nesta tese descrevo duas abordagens distintas para a descoberta de novos biomarcadores. A primeira, o estudo da expresso global de genes ('genomics') obtidos por tcnicas de alto rendimento que analisam todo o genoma humano sequenciado, permitindo identificar novas anomalias genticas que possam representar mecanismos biolgicos importantes de transformao. So descritos novos genes e alteraes genmicas associados transformao do LF, sendo especialmente relevantes as relacionadas com os eventos iniciais de transformao em LDGCB. A segunda, baseou-se em vrias hipteses centradas no microambiente do LF, rico em vrios tipos de clulas nomalignas. Os estudos imunoarquitectural de macrfagos, clulas T regulatrias e densidade de microvasos efectuado em biopsias de diagnstico de doentes com LF tratados uniformemente correlacionaram-se significativamente, e independentemente dos critrios clnicos, com a evoluo clnica e, mais importante, com o risco de transformao em LDGCB. Nesta tese, foram preferencialmente utilizadas (e optimizadas) tcnicas que permitam o uso de amostras fixadas em parafina e formalina (FFPET). Estas so facilmente acessveis a partir das biopsias de diagnstico de rotina presentes nos arquivos de todos os departamentos de patologia, facilitando uma transio rpida dos novos marcadores para a prtica clnica. Embora o FL fosse o tema principal da tese, os novos achados permitiram estender facilmente hipteses semelhantes a outros subtipos de linfoma. Assim, so propostos e validados vrios biomarcadores promissores e relacionados com o microambiente no tumoral, sobretudo dependentes das clulas do sistema imunolgico, como contribuintes importantes para a biologia dos linfomas. Estes sugerem novas opes para a abordagem clnica destas doenas e, eventualmente, novos alvos teraputicos.------------- ABSTRACT: Cancer biomarkers provide an opportunity to identify those patients most at risk for disease recurrence, predict which tumours will respond to different therapeutic approaches and ultimately define candidate biomarkers that may serve as targets for personalized therapy. New biomarkers are especially needed in the management of lymphoid cancers. At present, these tumours are diagnosed using a combination of morphologic, phenotypic and molecular features but prognosis and overall survival are mostly dependent on clinical characteristics. In most lymphoma types, these imprecisely assess a significant proportion of patients, in particular, those with very poor outcomes. Follicular lymphoma (FL) is the second most common lymphoma subtype worldwide. It is typically an indolent disease with current median survivals in the range of 8-12 years, but is usually fatal when it transforms into an aggressive high-grade lymphoma, characteristically Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL). Morphologically and functionally it recapitulates the normal cells of the germinal center with its survival dependency on non-malignant immune and immunerelated cells. Informative markers of transformation related to the intrinsic biology of FL progression are needed. Within this thesis two separate approaches to biomarker discovery were employed. The first was to study the global expression of genes (genomics) obtained using high-throughput, wholegenome-wide approaches that offered the possibility for discovery of new genetic abnormalities that might represent the important biological mechanisms of transformation. Gene signatures associated with early events of transformation were found. Another approach relied on hypothesis-driven concepts focusing upon the microenvironment, rich in several non-malignant cell types. The immunoarchitectural studies of macrophages, regulatory T cells and microvessel density on diagnostic biopsies of uniformly treated FL patients significantly predicted clinical outcome and, importantly, also informed on the risk of transformation. Techniques that enabled the use of routine formalin fixed paraffin embedded diagnostic specimens from the pathology department archives were preferentially used in this thesis with the goal of fulfilling a rapid bench-to-beside translation for these new findings. Although FL was the main subject of the thesis the new findings and hypotheses allowed easy transition into other lymphoma types. Several promising biomarkers were proposed and validated including the implication of several non-neoplastic immune cells as important contributors to lymphoma biology, opening new options for better treatment planning and eventually new therapeutic targets and candidate therapeutics.
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This dissertation is presented to obtain a Master degree in Structural and Functional Biochemistry
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Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.
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Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.
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RESUMO: O Cell Fusing Agent Vrus (CFAV), considerado como o primeiro flavivrus especficos de insectos (ISF), parece estar exclusivamente adaptado aos seus hospedeiros, no replicando em clulas de vertebrados. Apesar de ter sido identificado h mais de trs dcadas (1975), a verdade que muito pouco se conhece sobre a sua biologia. Dado o seu parentesco filogentico com alguns outros flavivrus encontrados naturalmente em mosquitos de diferentes gneros colhidos em diferentes regies do globo, este vrus poder ser usado como modelo para o estudo de ISF. No entanto, necessitam do desenvolvimento de ferramentas bsicas, tais como clones moleculares ou baterias de soros contendo anticorpos que reconheam uma ou mais protenas codificadas pelo genoma viral, produzidas, por exemplo, a partir de antignios virais produzidos de forma recombinante. Com este trabalho pretendeu-se a optimizao de protocolos que permitiram a expresso e purificao parcial de quatro protenas [duas protenas estruturais (C e E) e duas no estruturais (NS3hel e NS5B)] do CFAV em E. coli, todas elas produzidas como protenas de fuso com caudas (tags) de hexahistidina nos seus extremos carboxilo. Para a expanso do CFAV foram utilizadas clulas Aedes albopictus (C6/36). Aps a realizao da extraco do RNA viral e a obteno de cDNA, procedeu-se amplificao, por RT-PCR, das regies codificantes das protenas C, E, NS3hel e NS5B, utilizando primers especficos. Os quatro fragmentos de DNA foram independentemente inseridos no vector pJTE1.2/blunt usando E. coli NovaBlue como hospedeira de clonagem e, posteriormente, inseridos em vectores de expresso pET-28b e pET-29b usando E. coli BL21(DE3)pLysS e Rosetta(DE3)pLysS como hospedeiras de expresso. Aps da induo, expresso e purificao das protenas recombinantes C, E, NS3hel e NS5B, foi confirmada a autenticidade destas protenas produzidas atravs do mtodo Western Blot com um anticorpo anti-histidina. --------- ABSTRACT: The Cell Fusing Agent virus (CFAV) considered as the first "insect- specific flavivirus" (ISF) and seems to be uniquely adapted to their hosts, not replicating in vertebrate cells. Although it has been known for more than three decades (1975), the truth is very little is known about its biology. Given its close phylogenetic relationship with other flavivirus naturally circulating in various genera of mosquitoes collected from different regions of the globe, this virus could be used as a model for the study of ISF. However, such studies require the development of experimental basic tools, such as molecular clones or serum batteries containing antibodies that recognize one or more proteins encoded by the viral genome, produced, for example, from viral antigens recombinant produced. In this work, we carried out the optimization of protocols that allowed the expression and partial purification of four proteins [two structural proteins (C and E) and two nonstructural proteins (NS3hel and NS5B)] CFAV in E. coli as fusion protein for c-terminal hexahistidine tags. For the expansion of the CFAV we used Aedes albopictus (C6/36) cells. After completion of the viral RNA extraction and cDNA obtained, amplification of the coding regions of the C, E, NS5B and NS3hel proteins was carried out by RT-PCR using specific primers. The four DNA fragments were independently inserted into the vector pJTE1.2/blunt using E. coli NovaBlue as cloning host and then inserted into expression vectors pET-28b and pET-29b using E. coli BL21(DE3)pLysS and Rosetta(DE3)pLysS as expression host. After induction, expression and purification of recombinant C, E, NS3hel and NS5B proteins Western Blot analyses with an anti-histidine antibody confirmed the authenticity of these proteins produced.
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Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Molecular Medicine
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Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology
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Dissertao para a obteno do grau de doutor em Biologia pelo Instituto de Tecnologia Qumica e Biolgica. Universidade Nova de Lisboa
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Dissertation presented to Faculdade de Cincias e Tecnologia, Universidade Nova de Lisboa for obtaining the master degree in Membrane Engineering
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Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology, Cell Biology
