Energy transduction by respiratory complex I

Dissertation presented to obtain a PhD degree in Biochemistry at the Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

Application de connaissances terminologiques dans le cadre de l'enseignement du Français langue etrangère I et II

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Terminologia

Interpretação tectónica de um conjunto de lineamentos WNW-ESE observados em imagens landsat da margem oeste ibérica

The existence of satellite images ofthe West Iberian Margin allowed comparative study of images as a tool applied to structural geology. Interpretation of LANDSAT images of the Lusitanian Basin domain showed the existence of a not previously described WNW-ESE trending set oflineaments. These lineaments are persistent and only observable on small scale images (e.g. approx. 11200000 and 11500 000) with various radiometric characteristics. They are approximately 20 km long, trend l200±15° and cross cut any other families oflineaments. The fact that these lineaments are perpendicular to the Quaternary thrusts of the Lower Tagus Valley and also because they show no off-set across them, suggests that they resulted from intersection oflarge tensile fractures on the earth's surface. It is proposed in this work that these lineaments formed on a crustal flexure of tens ofkm long, associated with the Quaternary WNW-ESE oriented maximum compressive stress on the West Iberian Margin. The maximum compressive stress rotated anticlockwise from a NW -SE orientation to approximately WNW-ESE, from Late Miocene to Quaternary times (RIBEIRO et aI., 1996). Field inspection of the lineaments revealed zones of norm~1.J. faulting and cataclasis, which are coincident with the lineaments and affect sediments of upper Miocene up to Quaternary age. These deformation structures show localized extension perpendicular to the lineaments, i.e. perpendicular to the maximum compressive direction, after recent stress data along the West Portuguese Margin (CABRAL & RIBEIRO, 1989; RIBEIRO et at., 1996). Also, on a first approach, the geographical distribution of these lineaments correlates well with earthquake epicenters and areas of largest Quaternary Vertical Movements within the inverted Lusitanian Basin (CABRAL, 1995).

As Reformas Militares do Século XX Português – Da I República ao fim do Estado Novo

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em História Contemporânea

Políticas da memória da I Guerra Mundial em Portugal 1918-1933. Entre a experiência e o mito

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Doutor em História

Vir sapiens dominabitur astris: astrological knowledge and practices in the Portuguese medieval court (king João I to king Afonso V)

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em História Medieval

I primi umanisti italiani nello scontro tra papa Giovanni XXII e Ludovico il bavaro

pp. 63-71

Geomorphic dam-break flows. Part I: conceptual model

Proceedings of the Institution of Civil Engineers - Water Management 163 Issue WM6

D(i)vagar se vai ao longe – Viver bem no Ritmo certo: exemplos de Tondela

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Antropologia – Culturas em Cena e Turismo

Violência anticlerical na I República (1910-1917): perspectivas antropológicas e historiográficas

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Antropologia – Cultura Material e Consumos,

A colecção sonora da CGTP-I (1974-2010): proposta de descrição e preservação

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciências da Informação e da Documentação

E.D.I.: electronic data interchange

O presente trabalho tem como tema a Troca Electrónica de Dados (Electronic Data Interchange – EDI) transferência de dados estruturados, respeitando mensagens normalizadas estabelecidas, computador a computador, por meios electrónicos. Trocas entre computadores refere-se a trocas entre aplicações informáticas: por exemplo o sistema de encomendas envia ordens ao sistema central de controlo da produção, o qual então fará o envio da respectiva factura. O EDI aberto faz a troca electrónica de dados entre parceiros autónomos que se associaram para fazerem trocas de dados estruturados que são destinados a serem processados por programas de aplicações.

Implementação de um sistema para simulação por Monte Carlo da passagem de fotões através do olho humano mediante a utilização da plataforma GEANT4 - I

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Biological predictors of survival in limphoma and mechanisms underlying follicular lymphoma transformaion into diffuse large B cell lymphoma (vol I e II)

RESUMO: Os biomarcadores tumorais permitem identificar os doentes com maior risco de recorrência da doença, predizer a resposta tumoral à terapêutica e, finalmente, definir candidatos a novos alvos terapêuticos. Novos biomarcadores são especialmente necessários na abordagem clínica dos linfomas. Actualmente, esses tumores são diagnosticados através de uma combinação de características morfológicas, fenotípicas e moleculares, mas o prognóstico e o planeamento terapêutico estão quase exclusivamente dependentes de características clínicas. Estes factores clínicos são, na maioria dos linfomas, insuficientes numa proporção significativa dos doentes, em particular, aqueles com pior prognóstico. O linfoma folicular (LF) é, globalmente, o segundo subtipo mais comum de linfoma. É tipicamente uma doença indolente com uma sobrevida média entre os 8 e 12 anos, mas é geralmente fatal quando se transforma num linfoma agressivo de alto grau, habitualmente o linfoma difuso de grandes células B (LDGCB). Morfologicamente e funcionalmente, as células do LF recapitulam as células normais do centro germinativo na sua dependência de sobrevivência do microambiente não-tumoral, especialmente das células do sistema imunológico. Biomarcadores preditivos de transformação não existem pelo que um melhor conhecimento da biologia intrínseca de progressão do LF poderá revelar novos candidatos. Nesta tese descrevo duas abordagens distintas para a descoberta de novos biomarcadores. A primeira, o estudo da expressão global de genes ('genomics') obtidos por técnicas de alto rendimento que analisam todo o genoma humano sequenciado, permitindo identificar novas anomalias genéticas que possam representar mecanismos biológicos importantes de transformação. São descritos novos genes e alterações genómicas associados à transformação do LF, sendo especialmente relevantes as relacionadas com os eventos iniciais de transformação em LDGCB. A segunda, baseou-se em várias hipóteses centradas no microambiente do LF, rico em vários tipos de células nãomalignas. Os estudos imunoarquitectural de macrófagos, células T regulatórias e densidade de microvasos efectuado em biopsias de diagnóstico de doentes com LF tratados uniformemente correlacionaram-se significativamente, e independentemente dos critérios clínicos, com a evolução clínica e, mais importante, com o risco de transformação em LDGCB. Nesta tese, foram preferencialmente utilizadas (e optimizadas) técnicas que permitam o uso de amostras fixadas em parafina e formalina (FFPET). Estas são facilmente acessíveis a partir das biopsias de diagnóstico de rotina presentes nos arquivos de todos os departamentos de patologia, facilitando uma transição rápida dos novos marcadores para a prática clínica. Embora o FL fosse o tema principal da tese, os novos achados permitiram estender facilmente hipóteses semelhantes a outros subtipos de linfoma. Assim, são propostos e validados vários biomarcadores promissores e relacionados com o microambiente não tumoral, sobretudo dependentes das células do sistema imunológico, como contribuintes importantes para a biologia dos linfomas. Estes sugerem novas opções para a abordagem clínica destas doenças e, eventualmente, novos alvos terapêuticos.------------- ABSTRACT: Cancer biomarkers provide an opportunity to identify those patients most at risk for disease recurrence, predict which tumours will respond to different therapeutic approaches and ultimately define candidate biomarkers that may serve as targets for personalized therapy. New biomarkers are especially needed in the management of lymphoid cancers. At present, these tumours are diagnosed using a combination of morphologic, phenotypic and molecular features but prognosis and overall survival are mostly dependent on clinical characteristics. In most lymphoma types, these imprecisely assess a significant proportion of patients, in particular, those with very poor outcomes. Follicular lymphoma (FL) is the second most common lymphoma subtype worldwide. It is typically an indolent disease with current median survivals in the range of 8-12 years, but is usually fatal when it transforms into an aggressive high-grade lymphoma, characteristically Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL). Morphologically and functionally it recapitulates the normal cells of the germinal center with its survival dependency on non-malignant immune and immunerelated cells. Informative markers of transformation related to the intrinsic biology of FL progression are needed. Within this thesis two separate approaches to biomarker discovery were employed. The first was to study the global expression of genes (‘genomics’) obtained using high-throughput, wholegenome-wide approaches that offered the possibility for discovery of new genetic abnormalities that might represent the important biological mechanisms of transformation. Gene signatures associated with early events of transformation were found. Another approach relied on hypothesis-driven concepts focusing upon the microenvironment, rich in several non-malignant cell types. The immunoarchitectural studies of macrophages, regulatory T cells and microvessel density on diagnostic biopsies of uniformly treated FL patients significantly predicted clinical outcome and, importantly, also informed on the risk of transformation. Techniques that enabled the use of routine formalin fixed paraffin embedded diagnostic specimens from the pathology department archives were preferentially used in this thesis with the goal of fulfilling a rapid bench-to-beside” translation for these new findings. Although FL was the main subject of the thesis the new findings and hypotheses allowed easy transition into other lymphoma types. Several promising biomarkers were proposed and validated including the implication of several non-neoplastic immune cells as important contributors to lymphoma biology, opening new options for better treatment planning and eventually new therapeutic targets and candidate therapeutics.