INbreast: Toward a Full-field Digital Mammographic Database

Rationale and Objectives Computer-aided detection and diagnosis (CAD) systems have been developed in the past two decades to assist radiologists in the detection and diagnosis of lesions seen on breast imaging exams, thus providing a second opinion. Mammographic databases play an important role in the development of algorithms aiming at the detection and diagnosis of mammary lesions. However, available databases often do not take into consideration all the requirements needed for research and study purposes. This article aims to present and detail a new mammographic database. Materials and Methods Images were acquired at a breast center located in a university hospital (Centro Hospitalar de S. João [CHSJ], Breast Centre, Porto) with the permission of the Portuguese National Committee of Data Protection and Hospital's Ethics Committee. MammoNovation Siemens full-field digital mammography, with a solid-state detector of amorphous selenium was used. Results The new database—INbreast—has a total of 115 cases (410 images) from which 90 cases are from women with both breasts affected (four images per case) and 25 cases are from mastectomy patients (two images per case). Several types of lesions (masses, calcifications, asymmetries, and distortions) were included. Accurate contours made by specialists are also provided in XML format. Conclusion The strengths of the actually presented database—INbreast—relies on the fact that it was built with full-field digital mammograms (in opposition to digitized mammograms), it presents a wide variability of cases, and is made publicly available together with precise annotations. We believe that this database can be a reference for future works centered or related to breast cancer imaging.

Implementação da filosofia Lean na gestão dos serviços de saúde: o caso português

Dissertação apresentada ao Instituto Politécnico do Porto para obtenção do Grau de Mestre em Gestão das Organizações, Ramo de Gestão de Empresas. Orientada por Prof. Dra. Maria Rosário Moreira e Prof. Dr. Paulo Sousa

Plataforma web de informação automobilística

Esta dissertação enquadra-se no âmbito dos Sistemas de Informação, em concreto, no desenvolvimento de aplicações Web, como é o caso de um website. Com a utilização em larga escala dos meios tecnológicos tem-se verificado um crescimento exponencial dos mesmos, o que se traduz na facilidade com que podem ser encontradas na Internet diversos tipos de plataformas informáticas. Além disso, hoje em dia, uma grande parte das organizações possui o seu próprio sítio na Internet, onde procede à divulgação dos seus serviços e/ou produtos. Pretende-se com esta dissertação explorar estas novas tecnologias, nomeadamente, os diagramas UML - Unified Modeling Language e a concepção de bases de dados, e posteriormente desenvolver um website. Com o desenvolvimento deste website não se propõe a criação de uma nova tecnologia, mas o uso de diversas tecnologias em conjunto com recurso às ferramentas UML. Este encontra-se organizado em três fases principais: análise de requisitos, implementação e desenho das interfaces. Na análise de requisitos efectuou-se o levantamento dos objectivos propostos para o sistema e das necessidades/requisitos necessários à sua implementação, auxiliado essencialmente pelo Diagrama de Use Cases do sistema. Na fase de implementação foram elaborados os arquivos e directórios que formam a arquitectura lógica de acordo com os modelos descritos no Diagrama de Classes e no Diagrama de Entidade-Relação. Os requisitos identificados foram analisados e usados na composição das interfaces e sistema de navegação. Por fim, na fase de desenho das interfaces foram aperfeiçoadas as interfaces desenvolvidas, com base no conceito artístico e criativo do autor. Este aperfeiçoamento vai de encontro ao gosto pessoal e tem como objectivo elaborar uma interface que possa também agradar ao maior número possível de utilizadores. Este pode ser observado na maneira como se encontram distribuídas as ligações (links) entre páginas, nos títulos, nos cabeçalhos, nas cores e animações e no seu design em geral. Para o desenvolvimento do website foram utilizadas diferentes linguagens de programação, nomeadamente a HyperText Markup Language (HTML), a Page Hypertext Preprocessor (PHP) e Javascript. A HTML foi utilizada para a disposição de todo o conteúdo visível das páginas e para definição do layout das mesmas e a PHP para executar pequenos scripts que permitem interagir com as diferentes funcionalidades do site. A linguagem Javascript foi usada para definir o design das páginas e incluir alguns efeitos visuais nas mesmas. Para a construção das páginas que compõem o website foi utilizado o software Macromedia Dreamweaver, o que simplificou a sua implementação pela facilidade com que estas podem ser construídas. Para interacção com o sistema de gestão da base de dados, o MySQL, foi utilizada a aplicação phpMyAdmin, que simplifica o acesso à base de dados, permitindo definir, manipular e consultar os seus dados.

KM and politics at the highest level: an exploratory analysis

This paper analyzes Knowledge Management (KM) as a political activity, made by the great political leaders of the world. We try to inspect if at the macro political level KM is made, and how. The research is interesting because given that we live in a Knowledge society, in the Information Era, it is more or less obvious that the political leaders should also do KM. However we don’t know of any previous study on KM and world leaders and this paper wants to be a first step to fill that gap. As a methodology we use literature review: given this one is a first preliminary study we use data we found in the Internet and other databases like EBSCO. We divide the analysis in two main parts: theoretical ideas first, and an application second. The second part is it self divided in two segments: the past and the present times. We find that rather not surprisingly, KM always was and is pervasive in the activity of the world leaders, and has become more and more diverse has power itself became to be more and more disseminated in the world. The study has the limitation of relying on insights and texts and not on interviews. But we believe it is very interesting to make this kind of analysis and such studies may help improving the democracies in the world.

As tendências do ensino e da investigação académica na história da contabilidade em Portugal

Dissertação de Mestrado apresentada ao Instituto de Contabilidade e Administração do Porto para a obtenção do grau de Mestre em Contabilidade e Finanças, sob orientação da Professora Doutora Ana Maria Alves Bandeira

Terminology and knowledge engineering conference. New frontiers in the constructive symbiosis of terminology and knowledge engineering

To meet the increasing demands of the complex inter-organizational processes and the demand for continuous innovation and internationalization, it is evident that new forms of organisation are being adopted, fostering more intensive collaboration processes and sharing of resources, in what can be called collaborative networks (Camarinha-Matos, 2006:03). Information and knowledge are crucial resources in collaborative networks, being their management fundamental processes to optimize. Knowledge organisation and collaboration systems are thus important instruments for the success of collaborative networks of organisations having been researched in the last decade in the areas of computer science, information science, management sciences, terminology and linguistics. Nevertheless, research in this area didn’t give much attention to multilingual contexts of collaboration, which pose specific and challenging problems. It is then clear that access to and representation of knowledge will happen more and more on a multilingual setting which implies the overcoming of difficulties inherent to the presence of multiple languages, through the use of processes like localization of ontologies. Although localization, like other processes that involve multilingualism, is a rather well-developed practice and its methodologies and tools fruitfully employed by the language industry in the development and adaptation of multilingual content, it has not yet been sufficiently explored as an element of support to the development of knowledge representations - in particular ontologies - expressed in more than one language. Multilingual knowledge representation is then an open research area calling for cross-contributions from knowledge engineering, terminology, ontology engineering, cognitive sciences, computational linguistics, natural language processing, and management sciences. This workshop joined researchers interested in multilingual knowledge representation, in a multidisciplinary environment to debate the possibilities of cross-fertilization between knowledge engineering, terminology, ontology engineering, cognitive sciences, computational linguistics, natural language processing, and management sciences applied to contexts where multilingualism continuously creates new and demanding challenges to current knowledge representation methods and techniques. In this workshop six papers dealing with different approaches to multilingual knowledge representation are presented, most of them describing tools, approaches and results obtained in the development of ongoing projects. In the first case, Andrés Domínguez Burgos, Koen Kerremansa and Rita Temmerman present a software module that is part of a workbench for terminological and ontological mining, Termontospider, a wiki crawler that aims at optimally traverse Wikipedia in search of domainspecific texts for extracting terminological and ontological information. The crawler is part of a tool suite for automatically developing multilingual termontological databases, i.e. ontologicallyunderpinned multilingual terminological databases. In this paper the authors describe the basic principles behind the crawler and summarized the research setting in which the tool is currently tested. In the second paper, Fumiko Kano presents a work comparing four feature-based similarity measures derived from cognitive sciences. The purpose of the comparative analysis presented by the author is to verify the potentially most effective model that can be applied for mapping independent ontologies in a culturally influenced domain. For that, datasets based on standardized pre-defined feature dimensions and values, which are obtainable from the UNESCO Institute for Statistics (UIS) have been used for the comparative analysis of the similarity measures. The purpose of the comparison is to verify the similarity measures based on the objectively developed datasets. According to the author the results demonstrate that the Bayesian Model of Generalization provides for the most effective cognitive model for identifying the most similar corresponding concepts existing for a targeted socio-cultural community. In another presentation, Thierry Declerck, Hans-Ulrich Krieger and Dagmar Gromann present an ongoing work and propose an approach to automatic extraction of information from multilingual financial Web resources, to provide candidate terms for building ontology elements or instances of ontology concepts. The authors present a complementary approach to the direct localization/translation of ontology labels, by acquiring terminologies through the access and harvesting of multilingual Web presences of structured information providers in the field of finance, leading to both the detection of candidate terms in various multilingual sources in the financial domain that can be used not only as labels of ontology classes and properties but also for the possible generation of (multilingual) domain ontologies themselves. In the next paper, Manuel Silva, António Lucas Soares and Rute Costa claim that despite the availability of tools, resources and techniques aimed at the construction of ontological artifacts, developing a shared conceptualization of a given reality still raises questions about the principles and methods that support the initial phases of conceptualization. These questions become, according to the authors, more complex when the conceptualization occurs in a multilingual setting. To tackle these issues the authors present a collaborative platform – conceptME - where terminological and knowledge representation processes support domain experts throughout a conceptualization framework, allowing the inclusion of multilingual data as a way to promote knowledge sharing and enhance conceptualization and support a multilingual ontology specification. In another presentation Frieda Steurs and Hendrik J. Kockaert present us TermWise, a large project dealing with legal terminology and phraseology for the Belgian public services, i.e. the translation office of the ministry of justice, a project which aims at developing an advanced tool including expert knowledge in the algorithms that extract specialized language from textual data (legal documents) and whose outcome is a knowledge database including Dutch/French equivalents for legal concepts, enriched with the phraseology related to the terms under discussion. Finally, Deborah Grbac, Luca Losito, Andrea Sada and Paolo Sirito report on the preliminary results of a pilot project currently ongoing at UCSC Central Library, where they propose to adapt to subject librarians, employed in large and multilingual Academic Institutions, the model used by translators working within European Union Institutions. The authors are using User Experience (UX) Analysis in order to provide subject librarians with a visual support, by means of “ontology tables” depicting conceptual linking and connections of words with concepts presented according to their semantic and linguistic meaning. The organizers hope that the selection of papers presented here will be of interest to a broad audience, and will be a starting point for further discussion and cooperation.

A quest for the right word enhancing reflexivity and technology in terminology training

INTED2010, the 4th International Technology, Education and Development Conference was held in Valencia (Spain), on March 8, 9 and 10, 2010.

Towards a flexible and transparent database evolution

Applications refactorings that imply the schema evolution are common activities in programming practices. Although modern object-oriented databases provide transparent schema evolution mechanisms, those refactorings continue to be time consuming tasks for programmers. In this paper we address this problem with a novel approach based on aspect-oriented programming and orthogonal persistence paradigms, as well as our meta-model. An overview of our framework is presented. This framework, a prototype based on that approach, provides applications with aspects of persistence and database evolution. It also provides a new pointcut/advice language that enables the modularization of the instance adaptation crosscutting concern of classes, which were subject to a schema evolution. We also present an application that relies on our framework. This application was developed without any concern regarding persistence and database evolution. However, its data is recovered in each execution, as well as objects, in previous schema versions, remain available, transparently, by means of our framework.

Phenylketonuria: Protein content and amino acids profile of dishes for phenylketonuric patients. The relevance of phenylalanine

Phenylketonuria is an inborn error of metabolism, involving, in most cases, a deficient activity of phenylalanine hydroxylase. Neonatal diagnosis and a prompt special diet (low phenylalanine and natural-protein restricted diets) are essential to the treatment. The lack of data concerning phenylalanine contents of processed foodstuffs is an additional limitation for an already very restrictive diet. Our goals were to quantify protein (Kjeldahl method) and amino acid (18) content (HPLC/fluorescence) in 16 dishes specifically conceived for phenylketonuric patients, and compare the most relevant results with those of several international food composition databases. As might be expected, all the meals contained low protein levels (0.67–3.15 g/100 g) with the highest ones occurring in boiled rice and potatoes. These foods also contained the highest amounts of phenylalanine (158.51 and 62.65 mg/100 g, respectively). In contrast to the other amino acids, it was possible to predict phenylalanine content based on protein alone. Slight deviations were observed when comparing results with the different food composition databases.

Nanoparticles based Permeable Reactive Barriers as an Eco-efficient Technology for nitrate remediation in soil and groundwater

The need to increase agricultural yield led, among others, to an increase in the consumption of nitrogen based fertilizers. As a consequence, there are excessive concentrations of nitrates, the most abundant of the reactive nitrogen (Nr) species, in several areas of the world. The demographic changes and projected population growth for the next decades, and the economic shifts which are already shaping the near future are powerful drivers for a further intensification in the use of fertilizers, with a predicted increase of the nitrogen loads in soils. Nitrate easily diffuses in the subsurface environments, portraying high mobility in soils. Moreover, the presence of high nitrate loads in water has the potential to cause an array of health dysfunctions, such as methemoglobinemia and several cancers. Permeable Reactive Barriers (PRB) placed strategically relatively to the nitrate source constitute an effective technology to tackle nitrate pollution. Ergo, PRB avoid various adverse impacts resulting from the displacement of reactive nitrogen downstream along water bodies. A four stages literature review was carried out in 34 databases. Initially, a set of pertinent key words were identified to perform the initial databases searches. Then, the synonyms of those initial key words were used to carry out a second set of databases searches. The third stage comprised the identification of other additional relevant terms from the research papers identified in the previous two stages. Again, databases searches were performed with this third set of key words. The final step consisted of the identification of relevant papers from the bibliography of the relevant papers identified in the previous three stages of the literature review process. The set of papers identified as relevant for in-depth analysis were assessed considering a set of relevant characterization variables.

Localização de ontologias - elementos para a construção de uma abordagem

O desenvolvimento de recursos multilingues robustos para fazer face às exigências crescentes na complexidade dos processos intra e inter-organizacionais é um processo complexo que obriga a um aumento da qualidade nos modos de interacção e partilha dos recursos das organizações, através, por exemplo, de um maior envolvimento dos diferentes interlocutores em formas eficazes e inovadoras de colaboração. É um processo em que se identificam vários problemas e dificuldades, como sendo, no caso da criação de bases de dados lexicais multilingues, o desenvolvimento de uma arquitectura capaz de dar resposta a um conjunto vasto de questões linguísticas, como a polissemia, os padrões lexicais ou os equivalentes de tradução. Estas questões colocam-se na construção quer dos recursos terminológicos, quer de ontologias multilingues. No caso da construção de uma ontologia em diferentes línguas, processo no qual focalizaremos a nossa atenção, as questões e a complexidade aumentam, dado o tipo e propósitos do artefacto semântico, os elementos a localizar (conceitos e relações conceptuais) e o contexto em que o processo de localização ocorre. Pretendemos, assim, com este artigo, analisar o conceito e o processo de localização no contexto dos sistemas de gestão do conhecimento baseados em ontologias, tendo em atenção o papel central da terminologia no processo de localização, as diferentes abordagens e modelos propostos, bem como as ferramentas de base linguística que apoiam a implementação do processo. Procuraremos, finalmente, estabelecer alguns paralelismos entre o processo tradicional de localização e o processo de localização de ontologias, para melhor o situar e definir.

Predicting Xerostomia induced by IMRT treatments: A logistic regression approach

Radiotherapy is one of the main treatments used against cancer. Radiotherapy uses radiation to destroy cancerous cells trying, at the same time, to minimize the damages in healthy tissues. The planning of a radiotherapy treatment is patient dependent, resulting in a lengthy trial and error procedure until a treatment complying as most as possible with the medical prescription is found. Intensity Modulated Radiation Therapy (IMRT) is one technique of radiation treatment that allows the achievement of a high degree of conformity between the area to be treated and the dose absorbed by healthy tissues. Nevertheless, it is still not possible to eliminate completely the potential treatments’ side-effects. In this retrospective study we use the clinical data from patients with head-and-neck cancer treated at the Portuguese Institute of Oncology of Coimbra and explore the possibility of classifying new and untreated patients according to the probability of xerostomia 12 months after the beginning of IMRT treatments by using a logistic regression approach. The results obtained show that the classifier presents a high discriminative ability in predicting the binary response “at risk for xerostomia at 12 months”

An Approach To Publish a Data Warehouse Content as Linked Data

Mestrado em Engenharia Informática - Área de Especialização em Tecnologias do Conhecimento e Decisão

O efeito da aplicação da Estimulação Elétrica Funcional na reabilitação em adultos com lesão medular completa. Revisão Sistemática

Introdução: A Lesão Medular (LM) é um dos mais devastadores e traumáticos eventos que um Ser Humano pode vivenciar do ponto de vista clínico e emocional, demonstrando-se fundamental a disponibilização de recursos específicos para que o indivíduo possa enfrentar e gerir a sua nova realidade da melhor maneira possível. Alguns estudos têm vindo a demonstrar os benefícios de programas de reabilitação com estimulação elétrica funcional (EEF). Portanto, é de importante relevância perceber os reais efeitos da intervenção na recuperação de indivíduos com este diagnóstico. Objetivo: Analisar as evidências de abordagens de aplicação de correntes de estimulação elétrica funcional (EEF) para coadjuvar na reabilitação em adultos com lesão medular completa. Métodos: Foi conduzida uma pesquisa dos artigos preferencialmente estudos randomized controlled trials RCT´s e estudos quasi-experimentais com os mesmos participantes foram admitidos complementarmente aos experimentais compreendidos entre 2004 e 2013, bem como as citações e as referências bibliográficas de cada estudo nas principais bases de dados de ciências da saúde (Elsevier – Science Direct, Highwire Press, PEDro, PubMed, Scielo Portugal, Clinical Key, B-on, Biomed Central, LILACS- Literatura Latino-Americana e do Caribe em Ciências da Saúde) com as palavras-chave: “spinal cord injuries”, “rehabilitation, electric stimulation funtional”, “FES”, “therapy” em todas as combinações possíveis. Os estudos RCT’s foram analisados independentemente por dois revisores quanto aos critérios de inclusão e qualidade dos estudos. Resultados: Dos 857 estudos identificados apenas sete foram incluídos. Destes, dois apresentaram um score 3/10, um apresentou 4/10, um apresentou um score 5/10. O score total bem como o preenchimento ou não de cada critério encontram-se detalhados na tabela 1 e organizados por ordem alfabética de autores. Todos os estudos incluíram indivíduos com Lesão Medular Completa, idades entre 16 e 68 anos com diagnóstico de acordo com a American Spinal Injury Association (ASIA).Os programas de intervenção dividiram-se em programas de programas de força, densidade mineral óssea, cardiorrespiratório e de atividade física. Dos estudos incluídos, cinco apresentaram melhorias na reabilitação funcional para o grupo experimental, demonstrando assim uma influência positiva da estimulação elétrica funcional em lesões medulares completas. Apenas dois estudos não apresentaram diferenças estatisticamente significativas com relevância clínica. Conclusão: Há uma tendência notória do benefício dos programas com EEF em pacientes com lesões medulares completas parece melhorar a capacidade cardiorrespiratória, a densidade mineral óssea, a força e atividade física, dos indivíduos. Contudo, mais estudos com elevada qualidade metodológica serão essenciais para conceber o real efeito da sua aplicação. Palavras-chave: lesão medular completa; estimulação elétrica funcional, randomized controlled trials, revisão sistemática.

Armazéns de dados em bases de dados NoSQL

Na atualidade, existe uma quantidade de dados criados diariamente que ultrapassam em muito as mais otimistas espectativas estabelecidas na década anterior. Estes dados têm origens bastante diversas e apresentam-se sobre várias formas. Este novo conceito que dá pelo nome de Big Data está a colocar novos e rebuscados desafios ao seu armazenamento, tratamento e manipulação. Os tradicionais sistemas de armazenamento não se apresentam como a solução indicada para este problema. Estes desafios são alguns dos mais analisados e dissertados temas informáticos do momento. Várias tecnologias têm emergido com esta nova era, das quais se salienta um novo paradigma de armazenamento, o movimento NoSQL. Esta nova filosofia de armazenamento visa responder às necessidades de armazenamento e processamento destes volumosos e heterogéneos dados. Os armazéns de dados são um dos componentes mais importantes do âmbito Business Intelligence e são, maioritariamente, utilizados como uma ferramenta de apoio aos processos de tomada decisão, levados a cabo no dia-a-dia de uma organização. A sua componente histórica implica que grandes volumes de dados sejam armazenados, tratados e analisados tendo por base os seus repositórios. Algumas organizações começam a ter problemas para gerir e armazenar estes grandes volumes de informação. Esse facto deve-se, em grande parte, à estrutura de armazenamento que lhes serve de base. Os sistemas de gestão de bases de dados relacionais são, há algumas décadas, considerados como o método primordial de armazenamento de informação num armazém de dados. De facto, estes sistemas começam a não se mostrar capazes de armazenar e gerir os dados operacionais das organizações, sendo consequentemente cada vez menos recomendada a sua utilização em armazéns de dados. É intrinsecamente interessante o pensamento de que as bases de dados relacionais começam a perder a luta contra o volume de dados, numa altura em que um novo paradigma de armazenamento surge, exatamente com o intuito de dominar o grande volume inerente aos dados Big Data. Ainda é mais interessante o pensamento de que, possivelmente, estes novos sistemas NoSQL podem trazer vantagens para o mundo dos armazéns de dados. Assim, neste trabalho de mestrado, irá ser estudada a viabilidade e as implicações da adoção de bases de dados NoSQL, no contexto de armazéns de dados, em comparação com a abordagem tradicional, implementada sobre sistemas relacionais. Para alcançar esta tarefa, vários estudos foram operados tendo por base o sistema relacional SQL Server 2014 e os sistemas NoSQL, MongoDB e Cassandra. Várias etapas do processo de desenho e implementação de um armazém de dados foram comparadas entre os três sistemas, sendo que três armazéns de dados distintos foram criados tendo por base cada um dos sistemas. Toda a investigação realizada neste trabalho culmina no confronto da performance de consultas, realizadas nos três sistemas.