Arrow Plot: a new graphical tool for selecting up and down regulated genes and genes differentially expressed on samples subgroups

Background: A common task in analyzing microarray data is to determine which genes are differentially expressed across two (or more) kind of tissue samples or samples submitted under experimental conditions. Several statistical methods have been proposed to accomplish this goal, generally based on measures of distance between classes. It is well known that biological samples are heterogeneous because of factors such as molecular subtypes or genetic background that are often unknown to the experimenter. For instance, in experiments which involve molecular classification of tumors it is important to identify significant subtypes of cancer. Bimodal or multimodal distributions often reflect the presence of subsamples mixtures. Consequently, there can be genes differentially expressed on sample subgroups which are missed if usual statistical approaches are used. In this paper we propose a new graphical tool which not only identifies genes with up and down regulations, but also genes with differential expression in different subclasses, that are usually missed if current statistical methods are used. This tool is based on two measures of distance between samples, namely the overlapping coefficient (OVL) between two densities and the area under the receiver operating characteristic (ROC) curve. The methodology proposed here was implemented in the open-source R software. Results: This method was applied to a publicly available dataset, as well as to a simulated dataset. We compared our results with the ones obtained using some of the standard methods for detecting differentially expressed genes, namely Welch t-statistic, fold change (FC), rank products (RP), average difference (AD), weighted average difference (WAD), moderated t-statistic (modT), intensity-based moderated t-statistic (ibmT), significance analysis of microarrays (samT) and area under the ROC curve (AUC). On both datasets all differentially expressed genes with bimodal or multimodal distributions were not selected by all standard selection procedures. We also compared our results with (i) area between ROC curve and rising area (ABCR) and (ii) the test for not proper ROC curves (TNRC). We found our methodology more comprehensive, because it detects both bimodal and multimodal distributions and different variances can be considered on both samples. Another advantage of our method is that we can analyze graphically the behavior of different kinds of differentially expressed genes. Conclusion: Our results indicate that the arrow plot represents a new flexible and useful tool for the analysis of gene expression profiles from microarrays.

Validation of a measurement scale for the relationship between the orientation to corporate social responsibility and other business strategic variables

The importance of Social Responsibility (SR) is higher if this business variable is related with other ones of strategic nature in business activity (competitive success that the company achieved, performance that the firms develop and innovations that they carries out). The hypothesis is that organizations that focus on SR are those who get higher outputs and innovate more, achieving greater competitive success. A scale for measuring the orientation to SR has defined in order to determine the degree of relationship between above elements. This instrument is original because previous scales do not exist in the literature which could measure, on the one hand, the three classics sub-constructs theoretically accepted that SR is made up and, on the other hand, the relationship between SR and the other variables. As a result of causal relationships analysis we conclude with a scale of 21 indicators, validated scale with a sample of firms belonging to the Autonomous Community of Extremadura and it is the first empirical validation of these dimensions we know so far, in this context.

Early literacy development in Catalan: characteristics and instructional influence

Resumo: Este artigo analisa a relação entre o nível de consciência fonológica, conhecimento das letra e as estratégias utilizadas para ler e escrever, em crianças de cinco anos, ensinadas em catalão. Participaram 69 crianças de três classes diferentes. Cada um dos seus professores utilizava um método diferente de ensino: analítico, sintético ou analítico-sintético. As crianças foram avaliadas no início e no final do ano letivo em: Reconhecimento de letras, segmentação palavra oral, leitura de palavras, leitura de um texto curto e um ditado. Foram realizadas análises de granulação fina em nas respostas das crianças, para identificar estratégias e padrões específicos. A análise qualitativa indica que a capacidade de segmentar uma palavra em sílabas por via oral parece ser suficiente para as crianças começarem a ler de uma forma convencional. Além disso, a consciência fonológica e o conhecimento das letras são usados em formas relativamente diferentes, dependendo do tipo de texto a ser lido. As abordagens de ensino dos professores parecem ter uma influência nos resultados das crianças.

A importância do follow-up na auditoria interna em Portugal

Mestrado em Auditoria

Impact of a 1755-like tsunami in Huelva, Spain

Coastal areas are highly exposed to natural hazards associated with the sea. In all cases where there is historical evidence for devastating tsunamis, as is the case of the southern coasts of the Iberian Peninsula, there is a need for quantitative hazard tsunami assessment to support spatial planning. Also, local authorities must be able to act towards the population protection in a preemptive way, to inform 'what to do' and 'where to go' and in an alarm, to make people aware of the incoming danger. With this in mind, we investigated the inundation extent, run-up and water depths, of a 1755-like event on the region of Huelva, located on the Spanish southwestern coast, one of the regions that was affected in the past by several high energy events, as proved by historical documents and sedimentological data. Modelling was made with a slightly modified version of the COMCOT (Cornell Multi-grid Coupled Tsunami Model) code. Sensitivity tests were performed for a single source in order to understand the relevance and influence of the source parameters in the inundation extent and the fundamental impact parameters. We show that a 1755-like event will have a dramatic impact in a large area close to Huelva inundating an area between 82 and 92 km(2) and reaching maximum run-up around 5 m. In this sense our results show that small variations on the characteristics of the tsunami source are not too significant for the impact assessment. We show that the maximum flow depth and the maximum run-up increase with the average slip on the source, while the strike of the fault is not a critical factor as Huelva is significantly far away from the potential sources identified up to now. We also show that the maximum flow depth within the inundated area is very dependent on the tidal level, while maximum run-up is less affected, as a consequence of the complex morphology of the area.

Nintendo Wii: uso terapêutico no controlo postural em indivíduos que sofreram um acidente vascular cerebral

Mestrado em Fisioterapia.

Efeitos de um programa baseado em tarefas orientadas na competência de marcha em indivíduos com acidente vascular cerebral

Mestrado em Fisioterapia.

Processus interactionnel d’appropriation de la syntaxe et de variantes énonciatives diversifiées, indispensable pour l’accès à l’écrit

A investigação tem posto em evidência a correlação entre desenvolvimento linguístico e aprendizagem da leitura e da escrita. Procuramos, em primeiro lugar, explicar, do ponto de vista da linguística, as relações entre oral e escrita focalizando a linguagem da criança desde as primeiras produções à produção autónoma de variantes sintacticamente diversificadas. De seguida, abordamos a questão da passagem do oral à escrita dando especial atenção ao impacto sobre o funcionamento cognitivo do trabalho de ditado ao adulto. Finalmente, propomos pistas de reflexão sobre modalidades de interacção necessárias à entrada no modo escrito e ao seu percurso de aprendizagem dando conta de resultados de investigação acção e formação com a abordagem «Coup de pouce Langage».

A Educação Positiva aplicada à Técnica de Dança Clássica do 3ºAno B da Escola de Dança do Conservatório Nacional

Relatório Final de Estágio apresentado à Escola Superior de Dança, com vista à obtenção do grau de Mestre em Ensino de Dança.

Acompanhamento da reabilitação estrutural da ETA de Morgavel

Relatório de Estágio para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil na Área de Especialização de Edificações

Diz-me as letras e eu escrevo: a descoberta da escrita no Jardim de Infância

Relatório da Prática Profissional Supervisionada Mestrado em Educação Pré-Escolar

Estratégias de comercialização de energia elétrica em mercados liberalizados

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica Ramo de Energia

A leitura, a escrita e os textos de literatura

Apresenta-se um trabalho de investigação realizado numa turma de 3.º e 4.º ano de 1.ºciclo de ensino básico. Focalizou-se o ensino explícito, sistemático e partilhado da escrita a partir da leitura e compreensão de textos de literatura infantil, sob mediação do docente. O trabalho surge após tomada de consciência de fragilidades que os alunos revelam na área do Português, nomeadamente nos domínios da compreensão leitora e da escrita. A leitura e análise de textos integrais de literatura infantil foram centrais no estudo, dando atenção à linguagem, em geral, e ao léxico e aos processos retóricos utilizados pelos autores, em particular. Os textos de autor foram explorados como fonte tanto de ideias, para escrever, como de modos de escrever. A leitura e discussão do que se lê e a discussão do que se escreve envolvem os alunos com o trabalho de escrita, comprometendo-os com a reflexão sobre o que leem e sobre o que escrevem.

A promoção da flexibilidade com alunos do 1º ano da Escola de Dança do Orfeão de Leiria

Relatório Final de Estágio apresentado à Escola Superior de Dança com vista à obtenção do Grau de Mestre em Ensino de Dança.

Elaboração e aplicação de um Programa de Treino aos alunos do 2º ano de Dança, da Academia de Dança do Vale do Sousa, com vista à realização do exame de Grau 5 da Royal Academy of Dance

Relatório Final de Estágio apresentado à Escola Superior de Dança, com vista à obtenção do grau de Mestre em Ensino de Dança.