Association of haplotypes in the IL8 gene with susceptibility to chronic periodontitis in a Brazilian population

Background: Interleukin 8 (IL-8) is a chemokine related to the initiation and amplification of acute and chronic inflammatory processes. Polymorphisms in the IL8 gene have been associated with inflammatory diseases. We investigated whether the - 845(T/C) and - 738(T/A) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IL8 gene, as well as the haplotypes they form together with the previously investigated -353(A/T), are associated with susceptibility to chronic periodontitis. Methods: DNA was extracted from buccal epithelial cells of 400 Brazilian individuals (control n =182, periodontitis n=218). SNPs were genotyped by the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. Disease associations were analyzed by the chi(2) test, Exact Fisher test and Clump program. Haplotypes were reconstructed using the expectation-maximization algorithm and differences in haplotype distribution between the groups were analyzed to estimate genetic susceptibility for chronic periodontitis development. Results: When analyzed individually, no SNPs showed different distributions between the control and chronic periodontitis groups. Although, nonsmokers carrying the TTA/CAT (OR = 2.35, 95% CI = 1.03-5.36) and TAT/CTA (OR= 6.05, 95% CI = 1.32-27.7) haplotypes were genetically susceptible to chronic periodontitis. The ITT/TAA haplotype was associated with protection against the development of periodontitis (for nonsmokers OR= 0.22, 95% CI = 0.10-0.46). Conclusion: Although none of the investigated SNPs in the IL8 gene was individually associated with periodontitis, some haplotypes showed significant association with susceptibility to, or protection against, chronic periodontitis in a Brazilian population. (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

Expectation Propagation with Factorizing Distributions: A Gaussian Approximation and Performance Results for Simple Models

We discuss the expectation propagation (EP) algorithm for approximate Bayesian inference using a factorizing posterior approximation. For neural network models, we use a central limit theorem argument to make EP tractable when the number of parameters is large. For two types of models, we show that EP can achieve optimal generalization performance when data are drawn from a simple distribution.

Evaluation of computational methods for the reconstruction of HLA haplotypes

Human leukocyte antigen (HLA) haplotypes are frequently evaluated for population history inferences and association studies. However, the available typing techniques for the main HLA loci usually do not allow the determination of the allele phase and the constitution of a haplotype, which may be obtained by a very time-consuming and expensive family-based segregation study. Without the family-based study, computational inference by probabilistic models is necessary to obtain haplotypes. Several authors have used the expectation-maximization (EM) algorithm to determine HLA haplotypes, but high levels of erroneous inferences are expected because of the genetic distance among the main HLA loci and the presence of several recombination hotspots. In order to evaluate the efficiency of computational inference methods, 763 unrelated individuals stratified into three different datasets had their haplotypes manually defined in a family-based study of HLA-A, -B, -DRB1 and -DQB1 segregation, and these haplotypes were compared with the data obtained by the following three methods: the Expectation-Maximization (EM) and Excoffier-Laval-Balding (ELB) algorithms using the arlequin 3.11 software, and the PHASE method. When comparing the methods, we observed that all algorithms showed a poor performance for haplotype reconstruction with distant loci, estimating incorrect haplotypes for 38%-57% of the samples considering all algorithms and datasets. We suggest that computational haplotype inferences involving low-resolution HLA-A, HLA-B, HLA-DRB1 and HLA-DQB1 haplotypes should be considered with caution.

Serial conditional discrimination and temporal bisection in rats selectively lesioned in the dentate gyrus

In positive serial conditional discrimination, animals respond during a target stimulus when it is preceded by a feature stimulus, but they do not respond when the same target stimulus is presented alone. Moreover, the feature and target stimuli are separated from each other by an empty interval. The present work aimed to investigate if two durations (4 or 16s) of the same feature stimulus (light) could modulate the operant responses of rats to different levers (A and B) during a 5-s target stimulus (tone). In the present study, lever A was associated with the 4-s light, and lever B was associated with the 16-s light. A 5-s empty interval was included between the light and the tone. In the same training procedure, the rats were also presented with the 5-s tone without the preceding light stimuli. In these trials, the responses were not reinforced. We evaluated the hippocampal involvement of these behavioral processes by selectively lesioning the dentate gyrus with colchicine. Once trained, the rats were submitted to a test using probe trials without reinforcement. They were presented with intermediate durations of the feature stimulus (light) to obtain a temporal bisection curve recorded during the exposure to the target stimuli. The rats from both groups learned to respond with high rates during tones preceded by light and with low rates during tones presented alone, which indicated acquisition of the serial conditional discrimination. The rats were able to discriminate between the 4- and 16-s lights by correctly choosing lever A or B. In the test, the temporal bisection curves from both experimental groups showed a bisection point at the arithmetic mean between 4 and 16s. Such processes were not impaired by the dentate gyrus lesion. Thus, our results showed that different durations of a feature stimulus could result in conditional properties. However, this processing did not appear to depend on the dentate gyrus alone. (C) 2011 Published by Elsevier B.V.

Rat forming incisor requires a rigorous ECM remodeling modulated by MMP/RECK balance

Reversion-inducing-cysteine-rich protein with Kazal motifs (RECK) is a single membrane-anchored MMP-regulator and regulates matrix metalloproteinases (MMP) 2, 9 and 14. In turn, MMPs are endopeptidases that play a pivotal role in remodeling ECM. In this work, we decided to evaluate expression pattern of RECK in growing rat incisor during, specifically focusing out amelogenesis process. Based on different kinds of ameloblasts, our results showed that RECK expression was conducted by secretory and post-secretory ameloblasts. At the secretory phase, RECK was localized in the infra-nuclear region of the ameloblast, outer epithelium, near blood vessels, and in the stellate reticulum. From the transition to the maturation phases, RECK was strongly expressed by non-epithelial immuno-competent cells (macrophages and/or dendritic-like cells) in the papillary layer. From the transition to the maturation stage, RECK expression was increased. RECK mRNA was amplified by RT-PCR from whole enamel organ. Here, we verified the presence of RECK mRNA during all stages of amelogenesis. These events were governed by ameloblasts and by non-epithelial cells residents in the enamel organ. Concluding, we found differential expression of MMPs-2, -9 and RECK in the different phases of amelogenesis, suggesting that the tissue remodeling is rigorously controlled during dental mineralization.

Conditional male dimorphism and alternative reproductive tactics in a Neotropical arachnid (Opiliones)

In arthropods, most cases of morphological dimorphism within males are the result of a conditional evolutionarily stable strategy (ESS) with status-dependent tactics. In conditionally male-dimorphic species, the status` distributions of male morphs often overlap, and the environmentally cued threshold model (ET) states that the degree of overlap depends on the genetic variation in the distribution of the switchpoints that determine which morph is expressed in each value of status. Here we describe male dimorphism and alternative mating behaviors in the harvestman Serracutisoma proximum. Majors express elongated second legs and use them in territorial fights; minors possess short second legs and do not fight, but rather sneak into majors` territories and copulate with egg-guarding females. The static allometry of second legs reveals that major phenotype expression depends on body size (status), and that the switchpoint underlying the dimorphism presents a large amount of genetic variation in the population, which probably results from weak selective pressure on this trait. With a mark-recapture study, we show that major phenotype expression does not result in survival costs, which is consistent with our hypothesis that there is weak selection on the switchpoint. Finally, we demonstrate that switchpoint is independent of status distribution. In conclusion, our data support the ET model prediction that the genetic correlation between status and switchpoint is low, allowing the status distribution to evolve or to fluctuate seasonally, without any effect on the position of the mean switchpoint.

Multivariate measurement error models based on scale mixtures of the skew-normal distribution

Scale mixtures of the skew-normal (SMSN) distribution is a class of asymmetric thick-tailed distributions that includes the skew-normal (SN) distribution as a special case. The main advantage of these classes of distributions is that they are easy to simulate and have a nice hierarchical representation facilitating easy implementation of the expectation-maximization algorithm for the maximum-likelihood estimation. In this paper, we assume an SMSN distribution for the unobserved value of the covariates and a symmetric scale mixtures of the normal distribution for the error term of the model. This provides a robust alternative to parameter estimation in multivariate measurement error models. Specific distributions examined include univariate and multivariate versions of the SN, skew-t, skew-slash and skew-contaminated normal distributions. The results and methods are applied to a real data set.

Development of secondary palate requires strict regulation of ECM remodeling: sequential distribution of RECK, MMP-2, MMP-3, and MMP-9

We have evaluated RECK (reversion-inducing-cysteine-rich protein with Kazal motifs), MMP-2 (matrix metalloproteinase-2), MMP-3, and MMP-9 involvement during palate development in mice by using various techniques. Immunohistochemical features revealed the distribution of RECK, MMP-2, and MMP-3 in the mesenchymal tissue and in the midline epithelial seam at embryonic day 13 (E13), MMPs-2, -3, and -9 being particularly expressed at E14 and E14.5. In contrast, RECK was weakly immunostained at these times. Involvement of MMPs was validated by measuring not only their protein expression, but also their activity (zymograms). In situ hybridization signal (ISH) for RECK transcript was distributed in mesenchymal and epithelial regions within palatal shelves at all periods evaluated. Importantly, the results from ISH analysis were in accord with those obtained by real-time polymerase chain reaction. The expression of RECK was found to be temporally regulated, which suggested possible roles in palatal ontogeny. Taken together, our results clearly show that remodeling of the extracellular matrix is finely modulated during secondary palate development and occurs in a sequential manner.

Temperamento e comportamento materno-filial de ovinos das raças Corriedale e Ideal e sua relação com a sobrevivência dos cordeiros

O experimento foi conduzido na Estação Experimental da Embrapa, Bagé, Rio Grande do Sul, entre março de 2005 e fevereiro de 2006. O objetivo foi avaliar o comportamento materno-filial e o temperamento de ovelhas e cordeiros e relacioná-los com a sobrevivência dos cordeiros. Foram utilizadas 47 ovelhas da raça Corriedale, com peso médio de 52,1kg, e 45 ovelhas da raça Ideal, com peso médio de 49,5kg, em um delineamento inteiramente casualizado. O temperamento foi avaliado por meio dos testes: escore de comportamento materno (ECM), tempo de fuga, tipo de marcha e distância de fuga. As ovelhas da raça Corriedale apresentaram maiores valores no teste tipo de marcha que as ovelhas da raça Ideal. Os cordeiros da raça Corriedale eram os mais pesados e tinham maior índice de sobrevivência, quando comparados com os da raça Ideal. A raça não afetou o escore de comportamento materno. Ovelhas reativas (ECM=1), que fogem e não retornam aos seus cordeiros, se isolaram menos do rebanho antes do parto, protegeram menos suas crias, desmamaram-nas mais cedo e tiveram menor peso em relação às não-reativas. A reatividade das ovelhas prejudicou o cuidado materno com os cordeiros e essa característica deve ser considerada pelo setor produtivo.

Correlação entre padrão facial e relação sagital entre os arcos dentários no estágio de dentadura decídua: considerações epidemiológicas

OBJETIVO: A inter-relação oclusão e morfologia facial é fundamental para o diagnóstico e planejamento em ortodontia, bem como para determinação do prognóstico de tratamento. De um modo geral, a relação sagital entre os arcos dentários (Classe) tende a refletir o comportamento sagital do esqueleto facial (Padrão). O presente trabalho avalia a correlação entre as características morfológicas sagitais da face (Padrão) e da oclusão (Classe) no estágio de dentadura decídua. METODOLOGIA: A amostra foi composta por 2009 crianças, entre 03 e 06 anos de idade, no período de dentadura decídua completa, de 20 pré-escolas do Município de Bauru - SP. Os resultados demonstraram uma correlação estreita entre o Padrão facial e a Classe. No Padrão I predominou a Classe I (62,99%), seguida pela Classe II (35,82%) e Classe III (1,18%). No Padrão II, a Classe II foi predominante (81,35%) acompanhada de uma incidência baixa de Classe I (18,64%). No Padrão III, a Classe III estava presente em 50% das crianças, seguida pela Classe I, em 48,64%, e Classe II, em 1,35%. RESULTADOS: A expectativa se comprovou. Há uma tendência da Classe acompanhar o Padrão, desde o estágio de dentadura decídua. Isso foi mais explícito no Padrão II. Os resultados também esclarecem que a oclusão guarda alguma independência em relação ao Padrão. CONCLUSÃO: A maior heterogeneidade na distribuição das Classes ficou para os Padrões I e III. No Padrão II, as Classes se comportaram de forma mais homogênea, com mais de 80% das crianças exibindo Classe II.

Análises do matching de identidade generalizado por contingências de três e quatro termos: implicações para equivalência de estímulos

A expansão da tríplice continência em unidades com quatro ou mais elementos abriu novas perspectivas para a compreensão de comportamentos complexos, como a emergência de respostas que derivam da formação de classes de estímulos equivalentes e que modelam comportamentos simbólicos e conceituais. Na investigação experimental, o procedimento de matching to sample tem sido frequentemente empregado para estabelecer discriminações condicionais. Em particular, a obtenção do matching de identidade generalizado é considerada demonstrativa da aquisição dos conceitos de igualdade e diferença. Segundo argumentamos, o fato de se buscar a compreensão desses conceitos a partir de processos discriminativos condicionais pode ter sido responsável pelos frequentes fracassos em demonstrá-los em sujeitos não humanos. A falta de correspondência entre os processos discriminativos responsáveis por estabelecer a relação de reflexividade entre estímulos que formam classes equivalentes e o matching de identidade generalizado, nesse sentido, é aqui revista ao longo de estudos empíricos e discutida com respeito às suas implicações.

Impacto da adequação da oferta energética sobre a mortalidade em pacientes de UTI recebendo nutrição enteral

OBJETIVO: Investigar a relação entre adequação da oferta energética e mortalidade na unidade de terapia intensiva em pacientes sob terapia nutricional enteral exclusiva. MÉTODOS: Estudo observacional prospectivo conduzido em uma unidade de terapia intensiva em 2008 e 2009. Foram incluídos pacientes >18 anos que receberam terapia nutricional enteral por >72h. A adequação da oferta de energia foi estimada pela razão administrado/prescrito. Para a investigação da relação entre variáveis preditoras (adequação da oferta energética, escore APACHE II, sexo, idade e tempo de permanência na unidade de terapia intensiva e o desfecho mortalidade na unidade de terapia intensiva, utilizou-se o modelo de regressão logística não condicional. RESULTADOS: Foram incluídos 63 pacientes (média 58 anos, mortalidade 27%), 47,6% dos quais receberam mais de 90% da energia prescrita (adequação média 88,2%). O balanço energético médio foi de -190 kcal/dia. Observou-se associação significativa entre ocorrência de óbito e as variáveis idade e tempo de permanência na unidade de terapia intensiva, após a retirada das variáveis adequação da oferta energética, APACHE II e sexo durante o processo de modelagem. CONCLUSÃO: A adequação da oferta energética não influenciou a taxa de mortalidade na unidade de terapia intensiva. Protocolos de infusão de nutrição enteral seguidos criteriosamente, com adequação administrado/prescrito acima de 70%, parecem ser suficientes para não interferirem na mortalidade. Dessa forma, pode-se questionar a obrigatoriedade de atingir índices próximos a 100%, considerando a elevada frequência com que ocorrem interrupções no fornecimento de dieta enteral devido a intolerância gastrointestinal e jejuns para exames e procedimentos. Pesquisas futuras poderão identificar a meta ideal de adequação da oferta energética que resulte em redução significativa de complicações, mortalidade e custos.

A equidade no sistema de saúde na visão de bioeticistas brasileiros

OBJETIVO: Conhecer a atribuição de significado dada por bioeticistas brasileiros quanto à equidade no sistema de saúde. MÉTODOS: Pesquisa qualitativa, exploratória. Entre julho de 2007 e julho de 2008, foram entrevistados 20 bioeticistas, dirigentes e ex-dirigentes da Sociedade Brasileira de Bioética e de suas regionais (2005-2008). O tratamento dos dados foi realizado por análise de discurso. RESULTADOS: Os discursos levaram ao estabelecimento das seguintes ideias centrais: tratar desigualmente os desiguais conforme suas necessidades; equidade e desigualdades compensadas; equidade e maximização dos benefícios; equidade e mérito social; equidade e direitos. CONCLUSÃO: Os resultados da pesquisa evidenciam a existência entre os bioeticistas pesquisados de uma diversidade de interpretações sobre equidade no sistema de saúde, reforçando a noção de que é difícil, no mundo contemporâneo, decidir sobre o que seria um sistema justo e equânime.

Produção in vitro de embriões de ovinos: uma visão crítica do método e de seu resultado a campo

A metodologia de produção in vitro de embriões de ovinos implica no desenvolvimento de meios de maturação, fertilização e cultivo que permitam aumentar a taxa de clivagem e desenvolvimento, tanto para o investimento biotecnológico em programas comerciais, quanto para sua utilização em clonagem e transgenia dessa espécie animal. Do ponto de vista da pesquisa, os ovócitos podem ser obtidos pelas técnicas de punção e slicing a partir de ovários oriundos de matadouros, ou através de aspiração folicular por laparoscopia. Como vantagem, este método permite o uso de uma mesma doadora estimulada hormonialmente em intervalos periódicos, mantida sob rigoroso controle sanitário, o que é de vital importância para a produção de biofármacos em programas que utilisem os ovinos como modelo biológico. Por outro lado, em nosso país a demanda pela multiplicação de animais de alto valor genético, seja pela produtividade ou pelo elevado valor comercial dos mesmos, impõe o desenvolvimento, adaptação e otimização das diferentes metodologias desenvolvidas ao longo dos ultimos anos em laboratórios de referência mundiais. Nesse contexto, cresce de importância o perfeito conhecimento da fisiologia dessa espécie e das raças criadas em nosso país, e da problemática da produção in vitro de seus embriões. Respeitando essas premissas, gerar o desenvolvimento de protocolos que permitam não apenas aumentar a população de ovócitos passíveis de maturação in vitro, mas de sua competência ao desenvolvimento ao estágio de blastocisto, ou, alternativamente, sua transferência a receptoras em estágios precoces do desenvolvimento, evitando assim as conhecidas perdas durante o desenvolvimento in vitro, e o baixo percentual de gestações que chegam a termo, com cordeiro saudáveis. Trata-se de um desafio, que já apresenta os primeiros resultados em nosso país, tanto na produção comercial de embriões produzidos in vitro, quanto em programas de clonagem e transgenia.

A Classificação Internacional de Funcionalidade, Incapacidade e Saúde e a AIDS: uma proposta de core set

O advento da terapia anti-retroviral de alta potência (HAART) alterou a história natural da aids, diminuindo sua mortalidade e a incidência de doenças oportunistas e aumentando a esperança de vida das pessoas vivendo com aids.Como uma doença crônica, outras questões passam a ser relevantes, entre elas a adesão ao tratamento, seus efeitos adversos e a qualidade de vida das pessoas nessa condição. A CIF constitui um instrumento adequado para identificar as características da funcionalidade, do ambiente e condições pessoais que interferem na qualidade de vida. Instrumentos para a sua aplicação, core sets, têm sido desenvolvidos para várias condições de saúde. Com o objetivo de propor um core set para aids, foram desenvolvidas duas etapas preliminares do modelo proposto para a construção desses instrumentos. A primeira etapa, de revisão sistemática buscou no MEDLINE artigos com descritores HAART e qualidade de vida, publicados em inglês, de 2000 a 2004. Foram selecionados 31 estudos que resultou em 87 conceitos dos quais 66 puderam ser identificados como categorias da CIF. Estas formaram as perguntas da entrevista aplicada em 42 voluntários, pacientes de um centro de referência para DST e Aids de São Paulo. Entre as condições mais freqüentemente associadas ao tratamento, estão às mudanças na imagem corporal, conseqüência da lipodistrofia, apontada em 84 por cento dos estudos e em 93 por cento das entrevistas. Alterações das funções digestivas, das relações íntimas, e das funções sexuais foram condições importantes identificadas no estudo. As duas etapas definiram 40 categorias da CIF como proposta preliminar de um core set para pacientes com aids