Impregnación en CO2 supercrítico de diferentes sustratos poliméricos, como alternativa a los tratamientos textiles, comúnmente empleados en el Mediterráneo

En el siguiente trabajo se realiza la impregnación de diferentes sustratos poliméricos con agentes biocidas y con un colorante textil, comúnmente empleados en los procesos de acabados textiles. En este estudio se realiza la selección del colorante Disperse Red 167 (DR167), mediante la comparación de solubilidad en CO2 supercrítico (scCO2) entre varios colorantes dispersos. Los agentes biocidas seleccionados han sido; esencia de clavo (eugenol) y aceite esencial de orégano. Se ha realizado la impregnación de diferentes sustratos poliméricos; poliéster (PES), polipropileno (PP), y algodón (CO), en diferentes condiciones. En total se realizaron impregnaciones utilizando diez concentraciones relativas del DR167. El objetivo principal es determinar las condiciones óptimas de procesado para cada sustrato. Para determinar el rendimiento de la tintura en scCO2 se han representado los diagramas cromáticos de las muestras tintadas en diferentes condiciones. Las muestras de PES son las que presentan mayor rendimiento de color, sabiendo que esta es la única fibra que presenta afinidad con el DR167. Para determinar el efecto de inhibición de las bacterias se han realizado ensayos de actividad antimicrobiana y actividad fungicida. Puede indicarse que sí se observó cierta actividad inhibitoria frente algunos microorganismos, como Staphylococcus aureus, mientras que no se observó una actividad inhibitoria importante frente a otros como Pseudomonas aeruginosa.

Evaluación del trabajo colaborativo en Iniciación a la Investigación en Biología

Tras el trabajo previo de diseño de la asignatura Iniciación a la Investigación en Biología, el equipo multidisciplinar de profesores y profesoras de la Red Docente INVES ha desarrollado una metodología propia de trabajo en equipo, no sólo entre el diferente profesorado que la compone, sino también con el profesorado de la asignatura Estadística, con la que se comparten objetivos de aprendizaje comunes. Se ha optimizado el sistema de evaluación del trabajo colaborativo del alumnado, mediante el uso de rubricas y auto-evaluación. Dicho trabajo consiste en el diseño y desarrollo de un proyecto de investigación bibliométrico de temática biológica realizado por los estudiantes, propiciando la adquisición de competencias transversales mediante una dinámica de trabajo en grupo que culmina en la edición de unas Jornadas Científicas. Por otra parte, se han consensuado criterios comunes de evaluación continua, mejorando en la eficiencia de la evaluación, y determinado un incremento de la capacidad de aprendizaje del alumnado a lo largo de los cursos 2010-11 al 2013-14. La oferta formativa se completa mediante la formación de un grupo de Alto Rendimiento Académico con docencia en lengua inglesa. Esto permite al alumnado implementar el objetivo general de compresión de lengua extranjera inglés en lo relativo al ámbito científico.

PipX, the coactivator of NtcA, is a global regulator in cyanobacteria

To modulate the expression of genes involved in nitrogen assimilation, the cyanobacterial PII-interacting protein X (PipX) interacts with the global transcriptional regulator NtcA and the signal transduction protein PII, a protein found in all three domains of life as an integrator of signals of the nitrogen and carbon balance. PipX can form alternate complexes with NtcA and PII, and these interactions are stimulated and inhibited, respectively, by 2-oxoglutarate, providing a mechanistic link between PII signaling and NtcA-regulated gene expression. Here, we demonstrate that PipX is involved in a much wider interaction network. The effect of pipX alleles on transcript levels was studied by RNA sequencing of S. elongatus strains grown in the presence of either nitrate or ammonium, followed by multivariate analyses of relevant mutant/control comparisons. As a result of this process, 222 genes were classified into six coherent groups of differentially regulated genes, two of which, containing either NtcA-activated or NtcA-repressed genes, provided further insights into the function of NtcA–PipX complexes. The remaining four groups suggest the involvement of PipX in at least three NtcA-independent regulatory pathways. Our results pave the way to uncover new regulatory interactions and mechanisms in the control of gene expression in cyanobacteria.

Coordinación de actividades transversales del módulo básico de los Grados en Biología y Ciencias del Mar

La coordinación de las actividades de un curso pretende mejorar la calidad de la docencia. En este sentido la calidad tiene diferentes matices y aspectos como la cohesión de los cursos, la gestión de la planificación temporal, y la coordinación de las competencias transversales, así como la solución a las incidencias que aparecen a lo largo del curso. Una vez en marcha el curso, a partir de los planes elaborados inicialmente y con la aportación del alumnado en las respectivas reuniones de coordinación, tanto del presente curso como de los anteriores, se ha creado una dinámica de mejora de la planificación coordinada que afecta a todas las competencias del ciclo básico. Se han detectado puntos críticos en la gestión de los recursos que pueden ser limitados, como laboratorios, aulas de ordenadores, la distribución de los tipos de actividades en cada semana, o incluso el propio horario que no es ilimitado. Estos aspectos introducen las principales restricciones cuando se trata de evaluar los esfuerzos de carga de créditos ECTS semanales. La gestión de todos estos aspectos ayudará en el proceso continuo de mejora de la calidad de la docencia en el segundo semestre del ciclo básico de los Grados en Biología y en Ciencias del Mar.

Avances en el trabajo colaborativo en Iniciación a la Investigación en Biología

Un equipo multidisciplinar de profesores y profesoras que componen la Red Docente INVES e imparten docencia en la asignatura Iniciación a la Investigación en Biología, ha desarrollado una metodología propia de trabajo en equipo, en coordinación con el profesorado de la asignatura Estadística, con la que se comparten objetivos de aprendizaje comunes. El sistema de evaluación del trabajo colaborativo del alumnado se ha optimizado mediante el uso de rúbricas y auto-evaluación. Se ha propiciado la adquisición de competencias transversales mediante una dinámica de trabajo en grupo. El diseño y desarrollo de un proyecto de investigación bibliométrico, de temática biológica, es realizado por los y las estudiantes, y culmina con la edición de unas Jornadas Científicas. Con el fin de mejorar la eficiencia de la evaluación, se han consensuado criterios comunes de evaluación continua entre el profesorado. Ello ha determinado un incremento de la capacidad de aprendizaje del alumnado a lo largo de los cursos 2010-11 al 2013-14. La lectura y compresión de textos científicos en inglés junto a la formación de un grupo de Alto Rendimiento Académico con docencia en lengua inglesa completa la oferta formativa, permitiendo al alumnado implementar el objetivo general de compresión de lengua extranjera inglés en lo relativo al ámbito científico.

TRANSVERSA: coordinación de actividades transversales del módulo básico de los grados en Biología y Ciencias del Mar

Esta red de investigación en docencia universitaria ha centrado sus objetivos en la coordinación de las actividades transversales en el módulo básico de los Grados en Biología y en Ciencias del Mar. Además, entre los intereses principales de la red se ha fijado la evaluación y propuestas de mejora de la planificación de las actividades con carga no presencial. En las sucesivas reuniones se ha contado con la participación de los delegados y delegadas de los distintos grupos y sus contribuciones han permitido incorporar la opinión del alumnado. Así, se ha establecido un primer análisis de la problemática a abordar en los siguientes años para mejorar la coordinación transversal y vertical en ambos grados, así como también se ha buscado una solución a todos los inconvenientes que han surgido a lo largo del semestre. Se plantea a su vez la mejora en la distribución de la carga semanal para evitar que haya semanas con mucha carga de horas no presenciales. Finalmente, se ha coordinado las competencias transversales en las asignaturas que comparten estos objetivos.

INVES: Docencia en Iniciación a la Investigación en Biología

Un equipo multidisciplinar de profesores y profesoras que imparten docencia en la asignatura Iniciación a la Investigación en Biología, constituyen la Red Docente INVES con el fin de desarrollar una metodología propia de trabajo en equipo, en coordinación con el profesorado de la asignatura Estadística, con la que se comparten objetivos de aprendizaje comunes. Durante el desarrollo de la asignatura, el alumnado diseña y ejecuta un proyecto de investigación bibliométrico de temática biológica sobre un tema actual y de interés. Con ello se favorece la adquisición de competencias transversales del módulo básico del título de grado. La dinámica de trabajo en grupo culmina en la edición de unas Jornadas Científicas, donde los estudiantes exponen los trabajos realizados. Se han consensuado modificaciones en las metodologías y actividades de aprendizaje, mejorando en la eficiencia de la experiencia de enseñanza-aprendizaje.

Dual regulation of P-glycoprotein expression by Trichostatin A in cancer cell lines

Background. It has been reported that the histone deacetylase inhibitor (iHDAc) trichostatin A (TSA) induces an increase in MDR1 gene transcription (ABCB1). This result would compromise the use of iHDACs in combination with other cytotoxic agents that are substrates of P-glycoprotein (Pgp). It has also been reported the use of alternative promoters by the ABCB1 gene and the existence of a traslational control of Pgp protein. Finally, the ABCB1 gene is located in a genetic locus with the nested gene RUNDC3B in the complementary DNA strand, raising the possibility that RUNDC3B expression could interfere with ABCB1 alternative promoter regulation. Methods. A combination of RT-PCR, real time RT-PCR, Western blot and drug accumulation assays by flow cytometry have been used in this study. Results. The iHDACs-induced increase in MDR1 mRNA levels is not followed by a subsequent increase in Pgp protein levels or activity in several pancreatic and colon carcinoma cell lines, suggesting a traslational control of Pgp in these cell lines. In addition, the MDR1 mRNA produced in these cell lines is shorter in its 5' end that the Pgp mRNA produced in cell lines expressing Pgp protein. The different size of the Pgp mRNA is due to the use of alternative promoters. We also demonstrate that these promoters are differentially regulated by TSA. The translational blockade of Pgp mRNA in the pancreatic carcinoma cell lines could be related to alterations in the 5' end of the MDR1 mRNA in the Pgp protein expressing cell lines. In addition, we demonstrate that the ABCB1 nested gene RUNDC3B expression although upregulated by TSA is independent of the ABCB1 alternative promoter used. Conclusions. The results show that the increase in MDR1 mRNA expression after iHDACs treatment is clinically irrelevant since this mRNA does not render an active Pgp protein, at least in colon and pancreatic cancer cell lines. Furthermore, we have demonstrated that TSA in fact, differentially regulates both ABCB1 promoters, downregulating the upstream promoter that is responsible for active P-glycoprotein expression. These results suggest that iHDACs such as TSA may in fact potentiate the effects of antitumoral drugs that are substrates of Pgp. Finally, we have also demonstrate that TSA upregulates RUNDC3B mRNA independently of the ABCB1 promoter in use.

Cross-talk and regulatory interactions between the essential response regulator RpaB and cyanobacterial circadian clock output

The response regulator RpaB (regulator of phycobilisome associated B), part of an essential two-component system conserved in cyanobacteria that responds to multiple environmental signals, has recently been implicated in the control of cell dimensions and of circadian rhythms of gene expression in the model cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942. However, little is known of the molecular mechanisms that underlie RpaB functions. In this study we show that the regulation of phenotypes by RpaB is intimately connected with the activity of RpaA (regulator of phycobilisome associated A), the master regulator of circadian transcription patterns. RpaB affects RpaA activity both through control of gene expression, a function requiring an intact effector domain, and via altering RpaA phosphorylation, a function mediated through the N-terminal receiver domain of RpaB. Thus, both phosphorylation cross-talk and coregulation of target genes play a role in the genetic interactions between the RpaA and RpaB pathways. In addition, RpaB∼P levels appear critical for survival under light:dark cycles, conditions in which RpaB phosphorylation is environmentally driven independent of the circadian clock. We propose that the complex regulatory interactions between the essential and environmentally sensitive NblS-RpaB system and the SasA-RpaA clock output system integrate relevant extra- and intracellular signals to the circadian clock.

Detecting KaiC Phosphorylation Rhythms of the Cyanobacterial Circadian Oscillator In Vitro and In Vivo

The central oscillator of the cyanobacterial circadian clock is unique in the biochemical simplicity of its components and the robustness of the oscillation. The oscillator is composed of three cyanobacterial proteins: KaiA, KaiB, and KaiC. If very pure preparations of these three proteins are mixed in a test tube in the right proportions and with ATP and MgCl2, the phosphorylation states of KaiC will oscillate with a circadian period, and these states can be analyzed simply by SDS-PAGE. The purity of the proteins is critical for obtaining robust oscillation. Contaminating proteases will destroy oscillation by degradation of Kai proteins, and ATPases will attenuate robustness by consumption of ATP. Here, we provide a detailed protocol to obtain pure recombinant proteins from Escherichia coli to construct a robust cyanobacterial circadian oscillator in vitro. In addition, we present a protocol that facilitates analysis of phosphorylation states of KaiC and other phosphorylated proteins from in vivo samples.