Microbe-mediated recovery of salt marshes contaminated with oil hydrocarbons

Salt marshes are highly productive intertidal habitats that serve as nursery grounds for many commercially and economically important species. Because of their location and physical and biological characteristics, salt marshes are considered to be particularly vulnerable to anthropogenic inputs of oil hydrocarbons. Sediment contamination with oil is especially dangerous for salt marsh vegetation, since low molecular weight aromatic hydrocarbons can affect plants at all stages of development. However, the use of vegetation for bioremediation (phytoremediation), by removal or sequestration of contaminants, has been intensively studied. Phytoremediation is an efficient, inexpensive and environmental friendly approach for the removal of aromatic hydrocarbons, through direct incorporation by the plant and by the intervention of degrading microbial populations in the rhizosphere (microbe-assisted phytoremediation). Rhizosphere microbial communities are enriched in important catabolic genotypes for degradation of oil hydrocarbons (OH) which may have a potential for detoxification of the sediment surrounding the roots. In addition, since rhizosphere bacterial populations may also internalize into plant tissues (endophytes), rhizocompetent AH degrading populations may be important for in planta AH degradation and detoxification. The present study involved field work and microcosms experiments aiming the characterization of relevant plant-microbe interactions in oilimpacted salt marshes and the understanding of the effect of rhizosphere and endosphere bacteria in the role of salt marsh plants as potential phytoremediation agents. In the field approach, molecular tools were used to assess how plant species- and OH pollution affect sediment bacterial composition [bulk sediment and sediment surrounding the roots (rhizosphere) of Halimione portulacoides and Sarcocornia perennis subsp. perennis] in a temperate estuary (Ria de Aveiro, Portugal) chronically exposed to OH pollution. In addition, the 16S rRNA gene sequences retrieved in this study were used to generate in silico metagenomes and to evaluate the distribution of potential bacterial traits in different microhabitats. Moreover, a combination of culture-dependent and -independent approaches was used to investigate the effect of oil hydrocarbons contamination on the structure and function of endophytic bacterial communities of salt marsh plants.Root systems of H. portulacoides and S. perennis subsp. perennis appear to be able to exert a strong influence on bacterial composition and in silico metagenome analysis showed enrichment of genes involved in the process of polycyclic aromatic hydrocarbon (PAH) degradation in the rhizosphere of halophyte plants. The culturable fraction of endophytic degraders was essentially closely related to known OH-degrading Pseudomonas species and endophytic communities revealed sitespecific effects related to the level of OH contamination in the sediment. In order to determine the effects of oil contamination on plant condition and on the responses in terms of structure and function of the bacterial community associated with plant roots (rhizosphere, endosphere), a microcosms approach was set up. The salt marsh plant Halimione portulacoides was inoculated with a previous isolated Pseudomonas sp. endophytic degrader and the 2-methylnaphthalene was used as model PAH contaminant. The results showed that H. portulacoides health and growth were not affected by the contamination with the tested concentration. Moreover, the decrease of 2-methylnaphthalene at the end of experiment, can suggest that H. portulacoides can be considered as a potential plant for future uses in phytoremedition approaches of contaminated salt marsh. The acceleration of hydrocarbon degradation by inoculation of the plants with the hydrocarbon-degrading Pseudomonas sp. could not, however, be demonstrated, although the effects of inoculation on the structure of the endophytic community observed at the end of the experiment indicate that the strain may be an efficient colonizer of H. portulacoides roots. The results obtained in this work suggest that H. portulacoides tolerates moderate concentrations of 2-methylnaphthalene and can be regarded as a promising agent for phytoremedition approaches in salt marshes contaminated with oil hydrocarbons. Plant/microbe interactions may have an important role in the degradation process, as plants support a diverse endophytic bacterial community, enriched in genetic factors (genes and plasmids) for hydrocarbon degradation.

Família multigeracional e relações intergeracionais : perspectiva sistémica

Os sistemas familiares multigeracionais (três ou mais gerações vivas) passaram de raros no passado a uma realidade social cada vez mais comum na actualidade, devido ao fenómeno demográfico de envelhecimento populacional. Este estudo pretende contribuir para o conhecimento deste sistema social, situado entre a família nuclear e a comunidade, procurando descrever a sua estrutura, funções e padrões relacionais dos seus membros com outros familiares e com os sistemas sociais envolventes. Para tal, foi organizada uma amostra de 25 famílias multigeracionais (contendo quatro gerações), à qual foi aplicada uma entrevista de genograma a um elemento das gerações intermédias e quatro entrevistas de análise da rede social pessoal (uma por geração), perfazendo um total de 25 entrevistas de genograma e 92 de avaliação da rede social (menos 8 do que o esperado devido a mortalidade experimental). A análise dos dados possibilitou: 1) a aplicação do princípio de totalidade sistémica à família multigeracional, a sua definição como um sistema social de complexidade idiossincrática, a identificação dos subsistemas que compõem o objecto de estudo (indivíduo, núcleo familiar, composição familiar, geração, linhagem), e a definição de uma tipologia familiar multigeracional (família unificada, dispersa e fragmentada); 2) a identificação e análise de papéis sociais desempenhados pelos indivíduos no contexto familiar multigeracional especificamente relevantes neste nível sistémico (guardião das memórias familiares, elo de ligação familiar, pronto-socorro familiar); 3) a descrição das redes sociais pessoais e a identificação das diferenças estruturais e funcionais entre indivíduos pertencentes a diferentes subsistemas geracionais, que permitem reflectir sobre a evolução da rede social ao longo das várias fases de desenvolvimento individual e familiar; 4) um conhecimento mais aprofundado das redes sociais dos indivíduos mais idosos que pertencem a famílias multigeracionais, da composição da matriz relacional percepcionada como significativa e apoios disponibilizados. Em suma, os dois primeiros capítulos reflectem o esforço de desenvolvimento de um modelo heurístico para o sistema familiar multigeracional, numa perspectiva estruturalista, enquanto os dois capítulos subsequentes, apoiandose conceptualmente nos anteriores, facultam um quadro das relações entre subsistemas geracionais na actualidade, através de uma metodologia de análise das redes sociais. ABSTRACT: Multigenerational family systems comprising four generations are increasingly common nowadays due to the demographic phenomenon of population aging. This study aims at a deeper understanding of this social system, placed between the nuclear family and the community, in particular by describing its structure, functions and relational patterns of its members with other members in the family and surrounding social systems. A sample of 25 multigenerational families (comprising four generations) was selected. A genogram interview was applied to a member of the middle generations, and four personal social network questionnaires were administered to one element of each generation. A total of 25 genograms and 92 social network inventories were collected (minus 8 than expected due to experimental mortality). Main findings were: 1) the application of systemic principles to the multigenerational family, which allowed us to define it as a social system of idiosyncratic complexity, involving specific subsystems (individual, family nucleus, family composition, generation, lineage), and also to define a multigenerational family typology (unified, dispersed and fragmented family); 2) the identification and analysis of social roles assumed by individuals in the multigenerational family context, that are specifically relevant in this systemic level (keeper of family memories, connecting link in the family, family first aider); 3) the description of the personal social networks and the identification of structural and functional differences among individuals belonging to different generational subsystems, which allowed for a reflection on the evolution of social networks through the various stages of individual and family development; 4) a deeper knowledge of the eldest family members social networks, i.e. the relational matrix of significant individuals and supports in oldold age. In summary, the first two chapters reflect the development of a heuristic model directed at the multigenerational family, whereas the two subsequent chapters provide a view of contemporaneous relationships between generational subsystems, through a social network analysis methodology.

Construção de conhecimento em ambientes virtuais : influência das relações interpessoais

A presente investigação foi conduzida no ambiente virtual imersivo 3D Second Life®, com o suporte de ferramentas Web 2.0 como complemento a aulas presenciais - numa lógica de sala de aula estendida. Teve como pressuposto que a socialização é um fator-chave para as aprendizagens colaborativas e para a construção de conhecimento. O estudo tem por objetivo identificar as variáveis que poderão influenciar a partilha de conhecimento em contextos de aprendizagem com recurso a ambientes virtuais; com a finalidade de contribuir para a melhoria das situações de aprendizagem com recurso a ferramentas online. Esta investigação é de carácter exploratório e enquadra-se no campo dos estudos fenomenológicos. O estudo foi implementado, em duas fases, com quatro turmas de ensino superior, duas turmas diurnas (regime geral) e duas turmas de ensino noturno (regime de maiores de 23). Todas seguindo o mesmo curso e a mesma unidade curricular. Concluímos que nos espaços virtuais os estudantes tendem a sentir-se mais confiantes, abertos, participativos, criativos, compreensivos e parecem participar nas sessões de formação online porque estão, de facto, interessados em aprender. Por outro lado, a possibilidade de providenciar sessões de tutória online permite chegar a um maior número de estudantes. Estas sessões online podem ser estabelecidas numa hora e local (virtual) livre de restrições e que pode ser adaptado, permitindo uma participação mais efetiva por parte dos estudantes. Assim, e com base nas observações retiradas do estudo implementado, pode ainda referir-se que os contrastes de comportamento verificados entre os alunos do regime diurno e do regime noturno, no que concerne ao empenhamento com as ferramentas online, parecem ser em função do nível de maturidade, do nível de independência enquanto alunos, da motivação intrínseca.

Antropologia cinética : relações interpenetrantes entre a vida e a imagem

A incapacidade do ser humano perceber quem realmente é e o que faz no mundo atira-o para todo o tipo de situações que de alguma forma lhe sirvam de consolo e de recompensa. Dessa vulnerabilidade emerge o cogito do sonhador que, fruto dum impulso homeostático e de uma atividade psíquica em busca de autoconhecimento, o impulsiona para uma produção desmedida de conteúdos ficcionais e, consequentemente, o mergulha em infindáveis inferências semióticas. A tese que aqui se apresenta dedica-se, num primeiro momento, ao estudo da dependência do ser humano relativamente às imagens, às histórias e à ficção e seguidamente ao poder da animação – recurso cada vez mais utilizado como meio de comunicação emocional. Partindo da questão: Como a ficção nos humaniza e qual a pertinência da animação nesse contexto, tem-se por objetivo chegar a um novo entendimento sobre qual tem vindo a ser o papel da animação, nomeadamente quando esta reflete uma espécie de metonímia do próprio processo de vida e se torna num notável objeto de autorreflexividade humana. Contrariamente a outros estudos que recorrentemente entendem e analisam a animação como uma técnica cinematográfica, o trabalho que aqui se apresenta procurará revelar através duma abordagem transdisciplinar com base no construtivismo radical (uma teoria do conhecimento que reconhece a pluralidade de cunho biográfico e cultural das percepções e das perspectivas da realidade), a abrangência ontológica da animação. Ao se pretender enriquecer e validar as diversas descobertas, ir-se-á ainda triangular essas constatações com um estudo de caso que de forma convergente saliente os aspetos dinâmicos, holísticos e individuais da experiência humana no contexto daqueles que estão atualmente a vivenciar o fenómeno descrito.

Relações petrogénicas entre o complexo gnáissico migmático e o granito de Banabuiú (Nordeste do Brasil)

A região de Banabuiú situa-se no Domínio Ceará Central, na porção setentrional da Província Borborema, um dos cinturões orogénicos formados durante o evento Brasiliano/Pan-Africano no final do Neoproterozóico. As duas unidades litológicas principais presentes na área são: o complexo gnáissicomigmatítico (metapelitos e metagrauvaques) e granitóides brasilianos. Para além das formações paraderivadas, no substrato da região também foi identificado um conjunto de rochas ortoderivadas, até então não individualizado na cartografia existente. Tanto a sequência paraderivada, como os materiais ortoderivados, foram intensamente afectados por metamorfismo regional da fácies granulítica durante a Orogenia Brasiliana, que atingiu as condições de fusão parcial, gerando migmatitos com um amplo espectro de morfologias. Estes migmatitos apresentam estruturas dominantemente estromáticas, embora localmente se tenham identificado também corpos irregulares de diatexitos de tipo“schlieren”, “schollen” e “maciço (s.s)”, indicando que o processo de migmatização culminou com a produção de maiores quantidades de fundido. Em termos tectónicos, o basamento da região regista os efeitos de três fases de deformação, embora as estruturas concordantes à D3 sejam dominantes e obliterem, em muitos casos, as anisotropias anteriores. A maior parte dos fundidos anatécticos parece ter sido produzida durante tectónica transcorrente D3. No entanto, as condições metamórficas para o início da fusão parcial parece ter sido atingidas antes, durante a D2, já que também existem leucossomas, embora em proporções reduzidas, associados com as estruturas desta fase. A grande quantidade de volumes de leucossomas / veios leucocráticos encontrados na região, está relacionada com a actuação da zona de cisalhamento de Orós e parece corresponder a fundidos anatécticos gerados em níveis mais profundos que foram injectados nas sequências orto- e para-derivadas, devido a notória escassez de leucossomas “in situ” nestas rochas. A presença de fluidos aquosos injectados no complexo migmatítico de Banabuiú terá proporcionado a re-hidratação e retrogradação das rochas hospedeiras, evidenciada, essencialmente, pela presença de moscovite tardia, amplamente distribuída nos metassedimentos e ortognaisses, sobretudo nas zonas próximas aos leucossomas e veios leucocráticos. Dados isotópicos apontam que as rochas da região de Banabuiú apresentam valores fortemente negativos de εNdt e positivos de εSrt sugerindo um significativo envolvimento de materiais supracrustais do grupo Acopiara na formação do complexo migmatítico e na petrogénese do maciço granítico de Banabuiú e o marcado fraccionamento isotópico Sm-Nd observado nalguns dos leucossomas analisados indica que os líquidos anatécticos que lhes deram origem resultaram de processos de fusão em desequilíbrio, em condições anidras, e foram rapidamente extraídos da área-fonte, comprovando o carácter alóctone dos veios leucocráticos intercalados nos ortognaisses e paragnaisses de Banabuiú.

Infection mechanism of Diplodia corticola

Diplodia corticola is regarded as the most virulent fungus involved in cork oak decline, being able to infect not only Quercus species (mainly Q. suber and Q. ilex), but also grapevines (Vitis vinifera) and eucalypts (Eucalyptus sp.). This endophytic fungus is also a pathogen whose virulence usually manifests with the onset of plant stress. Considering that the infection normally culminates in host death, there is a growing ecologic and socio-economic concern about D. corticola propagation. The molecular mechanisms of infection are hitherto largely unknown. Accordingly, the aim of this study was to unveil potential virulence effectors implicated in D. corticola infection. This knowledge is fundamental to outline the molecular framework that permits the fungal invasion and proliferation in plant hosts, causing disease. Since the effectors deployed are mostly proteins, we adopted a proteomic approach. We performed in planta pathogenicity tests to select two D. corticola strains with distinct virulence degrees for our studies. Like other filamentous fungi D. corticola secretes protein at low concentrations in vitro in the presence of high levels of polysaccharides, two characteristics that hamper the fungal secretome analysis. Therefore, we first compared several methods of extracellular protein extraction to assess their performance and compatibility with 1D and 2D electrophoretic separation. TCA-Acetone and TCA-phenol protein precipitation were the most efficient methods and the former was adopted for further studies. The proteins were extracted and separated by 2D-PAGE, proteins were digested with trypsin and the resulting peptides were further analysed by MS/MS. Their identification was performed by de novo sequencing and/or MASCOT search. We were able to identify 80 extracellular and 162 intracellular proteins, a milestone for the Botryosphaeriaceae family that contains only one member with the proteome characterized. We also performed an extensive comparative 2D gel analysis to highlight the differentially expressed proteins during the host mimicry. Moreover, we compared the protein profiles of the two strains with different degrees of virulence. In short, we characterized for the first time the secretome and proteome of D. corticola. The obtained results contribute to the elucidation of some aspects of the biology of the fungus. The avirulent strain contains an assortment of proteins that facilitate the adaptation to diverse substrates and the identified proteins suggest that the fungus degrades the host tissues through Fenton reactions. On the other hand, the virulent strain seems to have adapted its secretome to the host characteristics. Furthermore, the results indicate that this strain metabolizes aminobutyric acid, a molecule that might be the triggering factor of the transition from a latent to a pathogenic state. Lastly, the secretome includes potential pathogenicity effectors, such as deuterolysin (peptidase M35) and cerato-platanin, proteins that might play an active role in the phytopathogenic lifestyle of the fungus. Overall, our results suggest that D. corticola has a hemibiotrophic lifestyle, switching from a biotrophic to a necrotrophic interaction after plant physiologic disturbances.This understanding is essential for further development of effective plant protection measures.