Morphology of the gas bladder in thorny catfishes (Siluriformes: Doradidae)

The gross morphology of the gas bladder is described, illustrated, compared and categorized among 86 of 88 nominal valid and six undescribed species representing all 31 genera of Doradidae with comments on ontogenetic and taxonomic variation when observed. The putatively basal-most doradids exhibit an unmodified cordiform gas bladder. Derived taxa exhibit an impressive suite of modifications including the addition of a secondary bladder, pronounced reduction of the posterolateral chambers, internal trabeculae, associations with bony capsule-like expansions of the anterior (Weberian) vertebrae, and accessory diverticula varying widely in size, shape, abundance, and distribution. Intra-specific differences are minor, most often reflective of ontogenetic changes especially in large-size species, whereas inter-specific and inter-generic differences are significant, in many cases diagnostic, and suggestive of phylogenetic signal excepting instances of evident convergence such as gas bladder reduction in Rhynchodoras and all but one species of Leptodoras.

The exponential COM-Poisson distribution

The Conway-Maxwell Poisson (COMP) distribution as an extension of the Poisson distribution is a popular model for analyzing counting data. For the first time, we introduce a new three parameter distribution, so-called the exponential-Conway-Maxwell Poisson (ECOMP) distribution, that contains as sub-models the exponential-geometric and exponential-Poisson distributions proposed by Adamidis and Loukas (Stat Probab Lett 39:35-42, 1998) and KuAY (Comput Stat Data Anal 51:4497-4509, 2007), respectively. The new density function can be expressed as a mixture of exponential density functions. Expansions for moments, moment generating function and some statistical measures are provided. The density function of the order statistics can also be expressed as a mixture of exponential densities. We derive two formulae for the moments of order statistics. The elements of the observed information matrix are provided. Two applications illustrate the usefulness of the new distribution to analyze positive data.

Florística e fitossociologia em parcelas permanentes da Mata Atlântica do sudeste do Brasil ao longo de um gradiente altitudinal

Este trabalho resume os dados de florística e fitossociologia de 11, das 14 parcelas de 1 ha, alocadas ao longo do gradiente altitudinal da Serra do Mar, São Paulo, Brasil. As parcelas começam na cota 10 m (Floresta de Restinga da Praia da Fazenda, município de Ubatuba) e estão distribuídas até a cota 1100 m (Floresta Ombrófila Densa Montana da Trilha do rio Itamambuca, município de São Luis do Paraitinga) abrangendo os Núcleos Picinguaba e Santa Virgínia do Parque Estadual da Serra do Mar. Na Restinga o solo é Neossolo Quartzarênico francamente arenoso, enquanto que na encosta o solo é um Cambisolo Háplico Distrófico argilo-arenoso, sendo que todas as parcelas apresentaram solo ácido (pH 3 – 4) com alta diluição de nutrientes e alta saturação de alumínio. Na Restinga e no sopé da encosta o clima é Tropical/Subtropical Úmido (Af/Cfa), sem estação seca, com precipitação média anual superior a 2.200 mm e temperatura média anual de 22 °C. Subindo a encosta mantêm-se a média de precipitação, mas há um gradativo resfriamento, de forma que a 1.100 m o clima é Subtropical Úmido (Cfa/Cfb), sem estação seca, com temperatura média anual de 17 °C. Destaca-se ainda que, quase diariamente, a parte superior da encosta, geralmente acima de 400 m, é coberta por uma densa neblina. Nas 14 parcelas foram marcados, medidos e amostrados 21.733 indivíduos com DAP ≥ 4,8 cm, incluindo árvores, palmeiras e fetos arborescentes. O número médio de indivíduos amostrados nas 14 parcelas foi de 1.264 ind.ha–1 (± 218 EP de 95%). Dentro dos parâmetros considerados predominaram as árvores (71% FOD Montana a 90% na Restinga), seguidas de palmeiras (10% na Restinga a 25% na FOD Montana) e fetos arborescentes (0% na Restinga a 4% na FOD Montana). Neste aspecto destaca-se a FOD Terras Baixas Exploradas com apenas 1,8% de palmeiras e surpreendentes 10% de fetos arborescentes. O dossel é irregular, com altura variando de 7 a 9 m, raramente as árvores emergentes chegam a 18 m, e a irregularidade do dossel permite a entrada de luz suficiente para o desenvolvimento de centenas de espécies epífitas. Com exceção da FOD Montana, onde o número de mortos foi superior a 5% dos indivíduos amostrados, nas demais fitofisionomias este valor ficou abaixo de 2,5%. Nas 11 parcelas onde foi realizado o estudo florístico foram encontradas 562 espécies distribuídas em 195 gêneros e 68 famílias. Apenas sete espécies – Euterpe edulis Mart. (Arecaceae), Calyptranthes lucida Mart. ex DC. e Marlierea tomentosa Cambess (ambas Myrtaceae), Guapira opposita (Vell.) Reitz (Nyctaginaceae), Cupania oblongifolia Mart. (Sapindaceae) e as Urticaceae Cecropia glaziovii Snethl. e Coussapoa microcarpa (Schott) Rizzini – ocorreram da Floresta de Restinga à FOD Montana, enquanto outras 12 espécies só não ocorreram na Floresta de Restinga. As famílias com o maior número de espécies são Myrtaceae (133 spp), Fabaceae (47 spp), 125 Fitossociologia em parcelas permanentes de Mata Atlântica http://www.biotaneotropica.org.br/v12n1/pt/abstract?article+bn01812012012 http://www.biotaneotropica.org.br Biota Neotrop., vol. 12, no. 1 Introdução A Mata Atlântica sensu lato (Joly et al. 1999) é a segunda maior floresta tropical do continente americano (Tabarelli et al. 2005). A maior parte dos Sistemas de Classificação da vegetação brasileira reconhece que no Domínio Atlântico (sensu Ab’Saber 1977) esse bioma pode ser dividido em dois grandes grupos: a Floresta Ombrófila Densa, típica da região costeira e das escarpas serranas com alta pluviosidade (Mata Atlântica – MA – sensu stricto), e a Floresta Estacional Semidecidual, que ocorre no interior, onde a pluviosidade, além de menor, é sazonal. Na região costeira podem ocorrer também Manguezais (Schaeffer-Novelli 2000), ao longo da foz de rios de médio e grande porte, e as Restingas (Scarano 2009), crescendo sobre a planície costeira do quaternário. No topo das montanhas, geralmente acima de 1500 m, estão os Campos de Altitude (Ribeiro & Freitas 2010). Em 2002, a Fundação SOS Mata Atlântica em parceria com o INPE (Instituto..., 2002) realizaram um levantamento que indica que há apenas 7,6% da cobertura original da Mata Atlântica (s.l.). Mais recentemente Ribeiro et al. (2009) refinaram a estimativa incluindo fragmentos menores, que não haviam sido contabilizados, e concluíram que resta algo entre 11,4 e 16% da área original. Mesmo com esta fragmentação, o mosaico da Floresta Atlântica brasileira possui um dos maiores níveis de endemismos do mundo (Myers et al. 2000) e cerca da metade desses remanescentes de grande extensão estão protegidos na forma de Unidades de Conservação (Galindo & Câmara 2005). Entre os dois centros de endemismo reconhecidos para a MA (Fiaschi & Pirani 2009), o bloco das regiões sudeste/sul é o que conserva elementos da porção sul de Gondwana (Sanmartin & Ronquist 2004), tido como a formação florestal mais antiga do Brasil (Colombo & Joly 2010). Segundo Hirota (2003), parte dos remanescentes de MA está no estado de São Paulo, onde cerca de 80% de sua área era coberta por florestas (Victor 1977) genericamente enquadradas como Mata Atlântica “sensu lato” (Joly et al. 1999). Dados de Kronka et al. (2005) mostram que no estado restam apenas 12% de área de mata e menos do que 5% são efetivamente florestas nativas pouco antropizadas. Nos 500 anos de fragmentação e degradação das formações naturais, foram poupadas apenas as regiões serranas, principalmente a fachada da Serra do Mar, por serem impróprias para práticas agrícolas. Usando o sistema fisionômico-ecológico de classificação da vegetação brasileira adotado pelo IBGE (Veloso et al. 1991), a Floresta Ombrófila Densa, na área de domínio da Mata Atlântica, foi subdividida em quatro faciações ordenadas segundo a hierarquia topográfica, que refletem fisionomias de acordo com as variações das faixas altimétricas e latitudinais. No estado de São Paulo, na latitude entre 16 e 24 °S temos: 1) Floresta Ombrófila Densa das Terras Baixas - 5 a 50 m de altitude; 2) Floresta Ombrófila Densa Submontana – no sopé da Serra do Mar, com cotas de altitude variando entre 50 e 500 m; 3) Floresta Ombrófila Densa Montana – recobrindo a encosta da Serra do Mar propriamente dita, em altitudes que variam de 500 a 1.200 m; 4) Floresta Ombrófila Densa Altimontana – ocorrendo no topo da Serra do Mar, acima dos limites estabelecidos para a formação montana, onde a vegetação praticamente deixa de ser arbórea, pois predominam os campos de altitude. Nas últimas três décadas muita informação vem sendo acumulada sobre a composição florística e a estrutura do estrato arbóreo dos remanescentes florestais do estado, conforme mostram as revisões de Oliveira-Filho & Fontes (2000) e Scudeller et al. (2001). Em florestas tropicais este tipo de informação, assim como dados sobre a riqueza de espécies, reflete não só fatores evolutivos e biogeográficos, como também o histórico de perturbação, natural ou antrópica, das respectivas áreas (Gentry 1992, Hubbell & Foster 1986). A síntese dessas informações tem permitido a definição de unidades fitogeográficas com diferentes padrões de riqueza de espécies e apontam para uma diferenciação, entre as florestas paulistas, no sentido leste/oeste (Salis et al. 1995, Torres et al. 1997, Santos et al. 1998). Segundo Bakker et al. (1996) um método adequado para acompanhar e avaliar as mudanças na composição das espécies e dinâmica da floresta ao longo do tempo é por meio de parcelas permanentes (em inglês Permanent Sample Plots –PSPs). Essa metodologia tem sido amplamente utilizada em estudos de longa duração em florestas tropicais, pois permite avaliar a composição e a estrutura florestal e monitorar sua mudança no tempo (Dallmeier 1992, Condit 1995, Sheil 1995, Malhi et al. 2002, Lewis et al. 2004). Permite avaliar também as consequências para a floresta de problemas como o aquecimento global e a poluição atmosférica (Bakker et al. 1996). No Brasil os projetos/programas que utilizam a metodologia de Parcelas Permanentes tiveram origem, praticamente, com o Projeto Rubiaceae (49) e Lauraceae (49) ao longo de todo gradiente da FOD e Monimiaceae (21) especificamente nas parcelas da FOD Montana. Em termos de número de indivíduos as famílias mais importantes foram Arecaceae, Rubiaceae, Myrtaceae, Sapotaceae, Lauraceae e na FOD Montana, Monimiaceae. Somente na parcela F, onde ocorreu exploração de madeira entre 1960 e 1985, a abundância de palmeiras foi substituída pelas Cyatheaceae. O gradiente estudado apresenta um pico da diversidade e riqueza nas altitudes intermediárias (300 a 400 m) ao longo da encosta (índice de Shannon-Weiner - H’ - variando de 3,96 a 4,48 nats.indivíduo–1). Diversas explicações para este resultado são apresentadas neste trabalho, incluindo o fato dessas altitudes estarem nos limites das expansões e retrações das diferentes fitofisionomias da FOD Atlântica durante as flutuações climáticas do Pleistoceno. Os dados aqui apresentados demonstram a extraordinária riqueza de espécies arbóreas da Floresta Ombrófila Densa Atlântica dos Núcleos Picinguaba e Santa Virgínia do Parque Estadual da Serra do Mar, reforçando a importância de sua conservação ao longo de todo o gradiente altitudinal. A diversidade desta floresta justifica também o investimento de longo prazo, através de parcelas permanentes, para compreender sua dinâmica e funcionamento, bem como monitorar o impacto das mudanças climáticas nessa vegetação.

A note on the local power of the LR, Wald, score and gradient tests

This paper examines the local power of the likelihood ratio, Wald, score and gradient tests under the presence of a scalar parameter, phi say, that is orthogonal to the remaining parameters. We show that some of the coefficients that define the local powers remain unchanged regardless of whether phi is known or needs to be estimated, where as the others can be written as the sum of two terms, the first of which being the corresponding term obtained as if phi were known, and the second, an additional term yielded by the fact that phi is unknown. The contribution of each set of parameters on the local powers of the tests can then be examined. Various implications of our main result are stated and discussed. Several examples are presented for illustrative purposes

Local power properties of some asymptotic tests in symmetric linear regression models

In this paper we obtain asymptotic expansions, up to order n(-1/2) and under a sequence of Pitman alternatives, for the nonnull distribution functions of the likelihood ratio, Wald, score and gradient test statistics in the class of symmetric linear regression models. This is a wide class of models which encompasses the t model and several other symmetric distributions with longer-than normal tails. The asymptotic distributions of all four statistics are obtained for testing a subset of regression parameters. Furthermore, in order to compare the finite-sample performance of these tests in this class of models, Monte Carlo simulations are presented. An empirical application to a real data set is considered for illustrative purposes. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

Comparative Genome Analysis of Trichophyton rubrum and Related Dermatophytes Reveals Candidate Genes Involved in Infection

The major cause of athlete's foot is Trichophyton rubrum, a dermatophyte or fungal pathogen of human skin. To facilitate molecular analyses of the dermatophytes, we sequenced T. rubrum and four related species, Trichophyton tonsurans, Trichophyton equinum, Microsporum canis, and Microsporum gypseum. These species differ in host range, mating, and disease progression. The dermatophyte genomes are highly colinear yet contain gene family expansions not found in other human-associated fungi. Dermatophyte genomes are enriched for gene families containing the LysM domain, which binds chitin and potentially related carbohydrates. These LysM domains differ in sequence from those in other species in regions of the peptide that could affect substrate binding. The dermatophytes also encode novel sets of fungus-specific kinases with unknown specificity, including nonfunctional pseudokinases, which may inhibit phosphorylation by competing for kinase sites within substrates, acting as allosteric effectors, or acting as scaffolds for signaling. The dermatophytes are also enriched for a large number of enzymes that synthesize secondary metabolites, including dermatophyte-specific genes that could synthesize novel compounds. Finally, dermatophytes are enriched in several classes of proteases that are necessary for fungal growth and nutrient acquisition on keratinized tissues. Despite differences in mating ability, genes involved in mating and meiosis are conserved across species, suggesting the possibility of cryptic mating in species where it has not been previously detected. These genome analyses identify gene families that are important to our understanding of how dermatophytes cause chronic infections, how they interact with epithelial cells, and how they respond to the host immune response. IMPORTANCE Athlete's foot, jock itch, ringworm, and nail infections are common fungal infections, all caused by fungi known as dermatophytes (fungi that infect skin). This report presents the genome sequences of Trichophyton rubrum, the most frequent cause of athlete's foot, as well as four other common dermatophytes. Dermatophyte genomes are enriched for four gene classes that may contribute to the ability of these fungi to cause disease. These include (i) proteases secreted to degrade skin; (ii) kinases, including pseudokinases, that are involved in signaling necessary for adapting to skin; (iii) secondary metabolites, compounds that act as toxins or signals in the interactions between fungus and host; and (iv) a class of proteins (LysM) that appear to bind and mask cell wall components and carbohydrates, thus avoiding the host's immune response to the fungi. These genome sequences provide a strong foundation for future work in understanding how dermatophytes cause disease.

The McDonald inverted beta distribution

We introduce a five-parameter continuous model, called the McDonald inverted beta distribution, to extend the two-parameter inverted beta distribution and provide new four- and three-parameter sub-models. We give a mathematical treatment of the new distribution including expansions for the density function, moments, generating and quantile functions, mean deviations, entropy and reliability. The model parameters are estimated by maximum likelihood and the observed information matrix is derived. An application of the new model to real data shows that it can give consistently a better fit than other important lifetime models. (C) 2012 The Franklin Institute. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

Generalized beta-generated distributions

This article introduces generalized beta-generated (GBG) distributions. Sub-models include all classical beta-generated, Kumaraswamy-generated and exponentiated distributions. They are maximum entropy distributions under three intuitive conditions, which show that the classical beta generator skewness parameters only control tail entropy and an additional shape parameter is needed to add entropy to the centre of the parent distribution. This parameter controls skewness without necessarily differentiating tail weights. The GBG class also has tractable properties: we present various expansions for moments, generating function and quantiles. The model parameters are estimated by maximum likelihood and the usefulness of the new class is illustrated by means of some real data sets. (c) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

Asymptotic integral kernel for ensembles of random normal matrices with radial potentials

The method of steepest descent is used to study the integral kernel of a family of normal random matrix ensembles with eigenvalue distribution P-N (z(1), ... , z(N)) = Z(N)(-1)e(-N)Sigma(N)(i=1) V-alpha(z(i)) Pi(1 <= i<j <= N) vertical bar z(i) - z(j)vertical bar(2), where V-alpha(z) = vertical bar z vertical bar(alpha), z epsilon C and alpha epsilon inverted left perpendicular0, infinity inverted right perpendicular. Asymptotic formulas with error estimate on sectors are obtained. A corollary of these expansions is a scaling limit for the n-point function in terms of the integral kernel for the classical Segal-Bargmann space. (C) 2012 American Institute of Physics. [http://dx.doi.org/10.1063/1.3688293]

Phylodynamics and Dispersal of HRSV Entails Its Permanence in the General Population in between Yearly Outbreaks in Children

Background: Human respiratory syncytial virus (HRSV) is one of the major etiologic agents of respiratory tract infections among children worldwide. Methodology/Principal Findings: Here through a comprehensive analysis of the two major HRSV groups A and B (n = 1983) which comprise of several genotypes, we present a complex pattern of population dynamics of HRSV over a time period of 50 years (1956-2006). Circulation pattern of HRSV revealed a series of expansions and fluctuations of co-circulating lineages with a predominance of HRSVA. Positively selected amino acid substitutions of the G glycoprotein occurred upon population growth of GB3 with a 60-nucleotide insertion (GB3 Insert), while other genotypes acquired substitutions upon both population growth and decrease, thus possibly reflecting a role for immune selected epitopes in linkage to the traced substitution sites that may have important relevance for vaccine design. Analysis evidenced the co-circulation and predominance of distinct HRSV genotypes in Brazil and suggested a year-round presence of the virus. In Brazil, GA2 and GA5 were the main culprits of HRSV outbreaks until recently, when the GB3 Insert became highly prevalent. Using Bayesian methods, we determined the dispersal patterns of genotypes through several inferred migratory routes. Conclusions/Significance: Genotypes spread across continents and between neighboring areas. Crucially, genotypes also remained at any given region for extended periods, independent of seasonal outbreaks possibly maintained by re-infecting the general population.

The local power of the gradient test

The asymptotic expansion of the distribution of the gradient test statistic is derived for a composite hypothesis under a sequence of Pitman alternative hypotheses converging to the null hypothesis at rate n(-1/2), n being the sample size. Comparisons of the local powers of the gradient, likelihood ratio, Wald and score tests reveal no uniform superiority property. The power performance of all four criteria in one-parameter exponential family is examined.

Local power and size properties of the LR, Wald, score and gradient tests in dispersion models

We derive asymptotic expansions for the nonnull distribution functions of the likelihood ratio, Wald, score and gradient test statistics in the class of dispersion models, under a sequence of Pitman alternatives. The asymptotic distributions of these statistics are obtained for testing a subset of regression parameters and for testing the precision parameter. Based on these nonnull asymptotic expansions, the power of all four tests, which are equivalent to first order, are compared. Furthermore, in order to compare the finite-sample performance of these tests in this class of models, Monte Carlo simulations are presented. An empirical application to a real data set is considered for illustrative purposes. (C) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.