Word sense disambiguation via high order of learning in complex networks

Complex networks have been employed to model many real systems and as a modeling tool in a myriad of applications. In this paper, we use the framework of complex networks to the problem of supervised classification in the word disambiguation task, which consists in deriving a function from the supervised (or labeled) training data of ambiguous words. Traditional supervised data classification takes into account only topological or physical features of the input data. On the other hand, the human (animal) brain performs both low- and high-level orders of learning and it has facility to identify patterns according to the semantic meaning of the input data. In this paper, we apply a hybrid technique which encompasses both types of learning in the field of word sense disambiguation and show that the high-level order of learning can really improve the accuracy rate of the model. This evidence serves to demonstrate that the internal structures formed by the words do present patterns that, generally, cannot be correctly unveiled by only traditional techniques. Finally, we exhibit the behavior of the model for different weights of the low- and high-level classifiers by plotting decision boundaries. This study helps one to better understand the effectiveness of the model. Copyright (C) EPLA, 2012

Beyond "Cirrhosis" A Proposal From the International Liver Pathology Study Group

Cirrhosis is a moiphologic term that has been used for almost 200 years to denote the end stage of a variety of chronic liver diseases. The term implies a condition with adverse prognosis due to the well-known complications of portal hypertension, hepatocellular carcinoma, and liver failure. However, recent advances in the diagnosis and treatment of chronic liver diseases have changed the natural history of cirrhosis significantly. This consensus document by the International Liver Pathology Study Group challenges the usefulness of the word cirrhosis in modern medicine and suggests that this is an appropriate time to consider discontinuing the use of this term. The role of pathologists should evolve to the diagnosis of advanced stage of chronic liver disease, with emphasis on etiology, grade of activity, features suggestive of progression or regression, presence of other diseases, and risk factors for malignancy, within the perspective of an integrated clinicopathologic assessment.

SmTRC1, a novel Schistosoma mansoni DNA transposon, discloses new families of animal and fungi transposons belonging to the CACTA superfamily

Abstract Background The CACTA (also called En/Spm) superfamily of DNA-only transposons contain the core sequence CACTA in their Terminal Inverted Repeats (TIRs) and so far have only been described in plants. Large transcriptome and genome sequence data have recently become publicly available for Schistosoma mansoni, a digenetic blood fluke that is a major causative agent of schistosomiasis in humans, and have provided a comprehensive repository for the discovery of novel genes and repetitive elements. Despite the extensive description of retroelements in S. mansoni, just a single DNA-only transposon belonging to the Merlin family has so far been reported in this organism. Results We describe a novel S. mansoni transposon named SmTRC1, for S. mansoni Transposon Related to CACTA 1, an element that shares several characteristics with plant CACTA transposons. Southern blotting indicates approximately 30–300 copies of SmTRC1 in the S. mansoni genome. Using genomic PCR followed by cloning and sequencing, we amplified and characterized a full-length and a truncated copy of this element. RT-PCR using S. mansoni mRNA followed by cloning and sequencing revealed several alternatively spliced transcripts of this transposon, resulting in distinct ORFs coding for different proteins. Interestingly, a survey of complete genomes from animals and fungi revealed several other novel TRC elements, indicating new families of DNA transposons belonging to the CACTA superfamily that have not previously been reported in these kingdoms. The first three bases in the S. mansoni TIR are CCC and they are identical to those in the TIRs of the insects Aedes aegypti and Tribolium castaneum, suggesting that animal TRCs may display a CCC core sequence. Conclusion The DNA-only transposable element SmTRC1 from S. mansoni exhibits various characteristics, such as generation of multiple alternatively-spliced transcripts, the presence of terminal inverted repeats at the extremities of the elements flanked by direct repeats and the presence of a Transposase_21 domain, that suggest a distant relationship to CACTA transposons from Magnoliophyta. Several sequences from other Metazoa and Fungi code for proteins similar to those encoded by SmTRC1, suggesting that such elements have a common ancestry, and indicating inheritance through vertical transmission before separation of the Eumetazoa, Fungi and Plants.

O último refúgio da língua geral no Brasil

Este artigo mostra a situação atual de uso da Língua Geral Amazônica, as causas de seu desaparecimento de grande parte do Norte do Brasil e as iniciativas atuais para sua revitalização.

As ONGs e a responsabilidade governamental com a escola básica no Brasil

Este texto apresenta alguns dos principais significados que as ONGs assumiram no Brasil, os quais as posicionam diante do desafio do direito à educação. Desafio que abarca, especialmente, a escolarização pública e a definição do campo público e do privado. Nos dois aspectos deste desafio, são descritas as perspectivas seguidas pelas ONGs: a paliativa, a inovadora, a de mudança ou a de pressão política. Em conclusão, afirma que a atuação das ONGs tem vagado com diferentes sentidos, desarticuladamente, no que se refere às condições para realizar a educação como direito: o fortalecimento tanto do Estado quanto da sociedade civil, a interlocução entre estes polos e a influência recíproca entre educação e sistema político.

A temática ambiental em representações e práticas de profissionais de saúde da família no município de Manaus - AM/Brasil

Evidências científicas mostram que mudanças ambientais antrópicas aumentam riscos de exposição a diversas doenças. Na Estratégia Saúde da Família - ESF, tarefas com claro enfoque ambiental são prescritas indicando às equipes de profissionais que considerem esses aspectos em suas intervenções. O objetivo desta pesquisa foi conhecer representações e práticas de profissionais de Saúde da Família de Manaus (AM) sobre a questão ambiental e sua interface com a saúde pública. Os dados foram coletados por meio de observação participante e entrevistas semiestruturadas, e a análise qualitativa destes deu-se pela Análise de Conteúdo e Triangulação de Métodos. Resultados da pesquisa revelaram que a maioria dos profissionais não compreende o ambiente de forma sistêmica, mesmo tendo declarado que os fatores ambientais têm grande influência sobre a saúde humana; enquanto intervenções, as práticas educativas seguem metodologias tradicionais e são centradas na culpabilização do indivíduo e na simples transmissão de conhecimentos pontuais; o relacionamento dos profissionais com a comunidade resume-se ao atendimento individual e/ou coletivo. Concluiu-se que, para a ESF contribuir para o reordenamento do sistema, é fundamental o redirecionamento desse novo modelo de política de saúde para efetivar-se como prática social e ambiental.

O mapa das cortes e as fronteiras do Brasil

Analisa-se a formação de nossas fronteiras apresentando inicialmente a questão da demarcação da linha de Tordesilhas e os problemas que levaram ao abandono desse traçado para adotar uma configuração que respeitasse tanto a posse efetiva do território (uti possidetis) como as divisas naturais: rios e divisores de água. A seguir examina-se o Mapa das Cortes que, tendo servido como base para o Tratado de Madri, determinou na prática a configuração atual de nosso país. É feita uma análise desse documento cartográfico, com o auxílio da Cartografia digital, que permitiu quantificar as distorções existentes, afirmar seu caráter propositado e descobrir a forma como foi construído.

Panorama atual dos repositórios institucionais das instituições de ensino superior no Brasil

O cenário atual de repositórios digitais mundialmente distribuídos estimula estudos diversificados com os quais esse trabalho visa contribuir, objetivando um levantamento dos repositórios de instituições de ensino superior no Brasil, verificando a eficácia de uma ferramenta experimental no tratamento e análise dos dados e usando como fontes os diretórios Registry of Open Access Repositories (ROAR), Directory of Open Access Repositories (OpenDOAR), Diretório Luso-Brasileiro de Periódicos e Repositórios de Acesso Livre e a lista L_repositories. A ferramenta experimental Google Fusion Tables foi aplicada nos dados dos repositórios institucionais pesquisados, categorizando suas principais características: Instituição mantenedora, Natureza da instituição, Local, Região geográfica, Software adotado e sua versão, adoção do padrão Dublin Core e quantidade de trabalhos disponibilizados na data do estudo. Foram identificados 49 repositórios que em agosto de 2013 disponibilizavam 396.881 itens, sendo as instituições federais as com maior povoamento e o repositório LUME o primeiro em volume de itens; a região Sudeste com o maior número de repositórios e volume de itens disponibilizados; o DSpace o software predominante, com maior utilização da versão 1.6.2 e o padrão de metadados Dublin Core em todas as aplicações desse software. Este estudo comprovou a eficácia e utilidade do FusionTables, permitindo caracterizar o panorama atual de repositórios de instituições de ensino superior no Brasil. Os resultados foram disponibilizados em um Catálogo de Repositórios de Instituições de Ensino Superior no Brasil e um Mapa interativo dos Repositórios de Instituições de Ensino Superior no Brasil.

Genome wide scan for quantitative trait loci affecting tick resistance in cattle (Bos taurus × Bos indicus)

Abstract Background In tropical countries, losses caused by bovine tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus infestation have a tremendous economic impact on cattle production systems. Genetic variation between Bos taurus and Bos indicus to tick resistance and molecular biology tools might allow for the identification of molecular markers linked to resistance traits that could be used as an auxiliary tool in selection programs. The objective of this work was to identify QTL associated with tick resistance/susceptibility in a bovine F2 population derived from the Gyr (Bos indicus) × Holstein (Bos taurus) cross. Results Through a whole genome scan with microsatellite markers, we were able to map six genomic regions associated with bovine tick resistance. For most QTL, we have found that depending on the tick evaluation season (dry and rainy) different sets of genes could be involved in the resistance mechanism. We identified dry season specific QTL on BTA 2 and 10, rainy season specific QTL on BTA 5, 11 and 27. We also found a highly significant genome wide QTL for both dry and rainy seasons in the central region of BTA 23. Conclusions The experimental F2 population derived from Gyr × Holstein cross successfully allowed the identification of six highly significant QTL associated with tick resistance in cattle. QTL located on BTA 23 might be related with the bovine histocompatibility complex. Further investigation of these QTL will help to isolate candidate genes involved with tick resistance in cattle.

Bioprocess and biotecnology: effect of xylanase from Aspergillus niger and Aspergillus flavus on pulp biobleaching and enzyme production using agroindustrial residues as substract

This study compares two xylanases produced by filamentous fungi such as A. niger and A. flavus using agroindustrial residues as substract and evaluated the effect of these enzymes on cellulose pulp biobleaching process. Wheat bran was the best carbon source for xylanase production by A. niger and A. flavus. The production of xylanase was 18 and 21% higher on wheat bran when we compare the xylanase production with xylan. At 50°C, the xylanase of A. niger retained over 85% activity with 2 h of incubation, and A. flavus had a half-life of more than 75 minutes. At 55°C, the xylanase produced by A. niger showed more stable than from A. flavus showing a half-life of more than 45 minutes. The xylanase activity of A. niger and A. flavus were somehow protected in the presence of glycerol 5% when compared to the control (without additives). On the biobleaching assay it was observed that the xylanase from A. flavus was more effective in comparison to A. niger. The kappa efficiency corresponded to 36.32 and 25.93, respectively. That is important to emphasize that the cellulase activity was either analyzed and significant levels were not detected, which explain why the viscosity was not significantly modified.

Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription

Abstract Background RNAs transcribed from intronic regions of genes are involved in a number of processes related to post-transcriptional control of gene expression. However, the complement of human genes in which introns are transcribed, and the number of intronic transcriptional units and their tissue expression patterns are not known. Results A survey of mRNA and EST public databases revealed more than 55,000 totally intronic noncoding (TIN) RNAs transcribed from the introns of 74% of all unique RefSeq genes. Guided by this information, we designed an oligoarray platform containing sense and antisense probes for each of 7,135 randomly selected TIN transcripts plus the corresponding protein-coding genes. We identified exonic and intronic tissue-specific expression signatures for human liver, prostate and kidney. The most highly expressed antisense TIN RNAs were transcribed from introns of protein-coding genes significantly enriched (p = 0.002 to 0.022) in the 'Regulation of transcription' Gene Ontology category. RNA polymerase II inhibition resulted in increased expression of a fraction of intronic RNAs in cell cultures, suggesting that other RNA polymerases may be involved in their biosynthesis. Members of a subset of intronic and protein-coding signatures transcribed from the same genomic loci have correlated expression patterns, suggesting that intronic RNAs regulate the abundance or the pattern of exon usage in protein-coding messages. Conclusion We have identified diverse intronic RNA expression patterns, pointing to distinct regulatory roles. This gene-oriented approach, using a combined intron-exon oligoarray, should permit further comparative analysis of intronic transcription under various physiological and pathological conditions, thus advancing current knowledge about the biological functions of these noncoding RNAs.

Ensino de Arquitetura e Urbanismo com auxilio de ferramentas digitais

Este texto pretende discutir a importância do desenho à mão livre no processo projetivo arquitetônico inserido no contexto da era digital, por meio do uso das mesas digitais, comumente chamadas de tablets. A relevância desta discussão consiste em identificar como os desenhos feitos com tablets mantêm a percepção e o traço individual de cada pessoa. Pretende-se, com isto, não apenas rever e atualizar as disciplinas de desenho nos cursos de arquitetura, suas práticas e seus procedimentos, mas também, discutir o papel da linguagem e representação – analógica ou digital – e sua integração com outras disciplinas. São apresentadas algumas considerações sobre o uso dessa ferramenta nas seguintes disciplinas: História da Arquitetura e Urbanismo, Paisagismo e Projeto, ministradas no Instituto de Arquitetura e Urbanismo da Universidade de São Paulo, Brasil. As tablets são apresentadas como um meio de conexão entre o projeto analógico e digital, capazes de capturar a pressão e a velocidade do traço, aproximando a potencialidade e racionalidade do processo feito no computador com o gesto criativo do desenho à mão livre, resultando em uma sinergia entre essas duas linguagens.

Metáteses árabes da metáfora: desvelar/velar

Um dos mais intrigantes fatos semânticos da língua árabe é a metátese, transposição de fonemas dentro de uma palavra, frequentemente com relação de sentido entre as formas metatéticas. Em m-th-l, a raiz triconsonantal para a palavra “metáfora”, as metáteses são imensamente sugestivas: Th-L-M and L- Th-M; a ambígua função da metáfora: mostrar e ocultar. A partir desse fato, o artigo discute esses aspectos da metáfora