Tecnología Nanopore para la secuenciación de DNA

Nanopore-based sequencer will open the path to the fourth-generation DNA sequencing technology. The main differences between this technique and the previous ones are: DNA molecule that will be sequenced does not need a previous amplification step, is not necessary any type of specific label both molecular adaptors, and it has been abolished enzymatic process in the nucleotide sequence identification event. These differences have as result a more economic method since don’t spend the necessary reagents for the previous techniques, furthermore it lets to sequence samples with a low DNA concentration. This technique is based in the use of a membrane with a biologic nanopore inserted in it whereby the molecule to analyze (analyte) it made to pass, this membrane is placed between two reservoirs containing ions, when an external volatage is applied in both sides this lead to an ion current through the nanopore. When an analyte cross the nanopore the ion current is modified, that modification in the amplitude and duration of ion current determine the physical and chemical properties of that analyte. By means of subsequent statistical analyzes it can be determined to what sequence own this ion current blockade patterns. More used nanopores are the biologic ones, although they are working to develop synthetic nanopores. The main biologic nanopores are: α-Hemolysin from Staphylococcus aureus (α-HL), Mycobacterium smegmatis porin A (MspA) and bacteriophage phi29 pore (phi29). Α-HL and MspA have in their narrowest point a diameter similar to nucleotide size, they are functional at high temperature both wide range of pH (2-12) but MspA is able to read four nucleotide at the same time while α- HL just can read one by one. Finally, phi29 present a bigger diameter what let to get information about DNA spatial conformation and their interaction with proteins (Feng et al., 2015). Nowaday Oxford Nanopore Technologies (ONT) is the only company which has developed Nanopore technology; they have two devices available to sequencing (PromethION and MinION). The MinION is a single-use DNA sequencing device with the size of a USB memory with a total of 3000 nanopores that can sequence until 200kb. The PrometheION is big size sequencer that own 48 different cells, what let to sequence different samples at the same time, with a total of 144.000 nanopores and reading of several megabases (https://www.nanoporetech.com/). The high processivity and low cost become this technique in a great option to massive- sequencing.

Efecto de secuencia de cultivos y métodos de control de malezas sobre la dinámica de las malezas y el rendimiento del frijol común (Phaseolus vulgaris L.) postrera, 1997

El presente estudio se llevó a cabo en la Finca Experimental La Compañía, en el municipio de San Marcos– Carazo, Nicaragua, durante la postrera de 1997. Los objetivos fueron determinar el efecto de rotación de cultivos y métodos de control de malezas sobre la abundancia, biomasa y cobertura de las malezas en el cultivo del frijol común, así como el efecto sobre el rendimiento del cultivo y el beneficio económico que de él se deriva. Se estableció un experimento bifactorial en diseño de parcelas divididas, con cuatro repeticiones. El factor A secuencia de cultivo como parcela principal incluye los cultivos a 1), maíz, a2), sorgo, a3), frijol y a4) maleza y el factor B controles de maleza en las sub parcelas incluye: b1) control cultural, (cobertura muerta), b2) control mecánico, (uso de machete) y b3) control químico (herbicidas post-emergentes Flauzifop-butil y fomesafen). El análisis de las variables muestra efecto de los factores en estudio y muy pocas interacciones, por tanto a lo largo del documento se reportan y discuten los resultados de los factores por separado (efectos principales). En el estudio se lograron identificar 27 especies de maleza, de las cuales 16 pertenecen a la clase dicotiledónea y 11 a la clase monocotiledónea. Los mejores rendimientos se obtuvieron con la rotación maleza–frijol. Los mejores beneficios netos se presentaron en la rotación maleza–frijol. Respecto a los controles de maleza, el control químico ejerció mejor control sobre las malezas, contrario al control mecánico y el control cultural.

Comportamiento de las malezas y el rendimiento de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) bajo sistemas de labranza y secuencia de cultivos, resultados de tres años de estudio, (1994, 1995 y 1996)

La producción de frijol común (Phaseolus vulgaris L.), carece de información referente al efecto combinado de sistemas de labranza y secuencia de cultivos sobre el comportamiento de las malezas y el rendimiento. Este estudio se condujo con el propósito de determinar el comportamiento de tres sistemas de labranza (cero, mínima y convencional) en combinación con secuencia de cultivos (frijol-frijol y maíz-frijol), sobre la dinámica de las malezas y el rendimiento de frijol común. La investigación se llevó a cabo durante los años 1994, 1995 y 1996 en la finca experimental La Compañía, municipio de San Marcos, departamento de Carazo. Los suelos de la estación experimental son franco arenoso y han sido sembrados con frijol en secuencia durante los últimos seis años. El diseño experimental que se utilizó en el estudio fue de parcelas divididas, arregladas en bloques completos al azar (BCA) con cuatro repeticiones. El sistema de labranza mínima presentó mejor comportamiento en las variables del rendimiento: número de plantas por metro cuadrado (29.5), vainas por planta (7.83), peso de cien granos (18.79 g) y rendimiento de grano (1542.5 kg ha-1 , no así en labranza cero y convencional. El sistema de labranza Mínima permite mejorar la eficiencia del rendimiento de dicho cultivo y presenta mayores ventajas económicas Los resultados obtenidos en la secuencia de cultivos no muestran una clara tendencia afectando el rendimiento de grano de frijol.

Secuencia de cultivos y control de malezas en frijol común (Phaseolus vulgaris L.) efecto sobre la dinámica de malezas y el rendimiento del cultivo en el período de 1994-1996

En el presente trabajo se recopiló y analizó información proveniente de trabajos realizados durante los años 1994, 1995 y 1996, con el propósito de analizar el comportamiento de la secuencia de cultivos y controles de malezas sobre el crecimiento y rendimiento del cultivo del fríjol común, así como el comportamiento de las malezas en el tiempo. Los ensayos se establecieron en la estación experimental La Compañía ubicada en el municipio de San Marcos, Carazo. En el campo se utilizó un diseño de parcelas divididas en arreglos de bloques completos al azar con cuatro repeticiones, estableciéndose en la parcela grande las secuencias de cultivos (secuencia maíz-fríjol y fríjol-fríjol) y en la sub-parcela los controles de malezas (control cultural, mecánico y químico). Para conocer el efecto del tiempo sobre los factores en estudio, en el modelo estadístico utilizado para el análisis, se incluyó el factor tiempo. Los datos recopilados de las variables en estudio fueron sometidos a análisis de varianza. En casos donde se encontraron diferencias significativas, las medias se separaron a través de procedimientos de diferencia mínima significativa (DMS). Los resultados demuestran que las secuencias de cultivos tuvieron influencia sobre la abundancia y la acumulación de peso seco, especialmente la secuencia maíz-fríjol, la cual muestra disminución en las variables mencionadas La secuencia fríjol-fríjol bajo el control cultural presentó el mayor peso seco total de malezas (348.2 g /m2). La secuencia maíz-fríjol presentó mayor número de plantas por unidad de área (31.4) y mayor número de vainas por planta (9.4) en los tres años de estudio. Los rendimientos del grano fueron mayores en la secuencia maíz-fríjol en los tres controles de malezas, siendo el control químico el que mayor valor presentó con 1538.2 kg/ha. La secuencia fríjol-fríjol obtuvo rendimientos bajos principalmente por la competencia de malezas y la incidencia de enfermedades fungosas. El control cultural obtuvo el menor rendimiento con 619 kg/ha. El control mecánico presentó el mejor beneficio neto, seguido por el control químico y luego el cultural. Los buenos rendimientos obtenidos en el control químico permiten la compensación de los altos costos que significa la utilización de estos productos químicos. En 1995 se obtuvo el mayor beneficio neto seguido por 1996 y luego 1994. Este comportamiento se debió principalmente al precio de venta del fríjol al momento de la cosecha y a los rendimientos obtenidos en cada año. Estos resultados muestran diferencia entre los factores en estudio, siendo la precipitación la que más influencia tuvo en las diferencias entre los años.

Algoritmos multi-objetivos para la optimización de una secuencia de matrices generadoras en computación cuántica topológica

Quantum Computing is a relatively modern field which simulates quantum computation conditions. Moreover, it can be used to estimate which quasiparticles would endure better in a quantum environment. Topological Quantum Computing (TQC) is an approximation for reducing the quantum decoherence problem1, which is responsible for error appearance in the representation of information. This project tackles specific instances of TQC problems using MOEAs (Multi-objective Optimization Evolutionary Algorithms). A MOEA is a type of algorithm which will optimize two or more objectives of a problem simultaneously, using a population based approach. We have implemented MOEAs that use probabilistic procedures found in EDAs (Estimation of Distribution Algorithms), since in general, EDAs have found better solutions than ordinary EAs (Evolutionary Algorithms), even though they are more costly. Both, EDAs and MOEAs are population-based algorithms. The objective of this project was to use a multi-objective approach in order to find good solutions for several instances of a TQC problem. In particular, the objectives considered in the project were the error approximation and the length of a solution. The tool we used to solve the instances of the problem was the multi-objective framework PISA. Because PISA has not too much documentation available, we had to go through a process of reverse-engineering of the framework to understand its modules and the way they communicate with each other. Once its functioning was understood, we began working on a module dedicated to the braid problem. Finally, we submitted this module to an exhaustive experimentation phase and collected results.

La secuencia del Neolítico en La Rioja Alavesa desde su origen hasta las primeras edades del metal

Homenaje a Ignacio Barandiarán Maestu / coord. por Javier Fernández Eraso, Juan Santos Yanguas

Cambios en las reservas de materia orgánica del suelo y sus fracciones granulométricas : efecto de la secuencia de cultivo, del sistema de labranza y de la fertilización nitrogenada

Los cambios producidos en los sistemas de cultivo de la Pampa Ondulada en las últimas décadas fueron masivamente adoptados sin una evaluación previa de su posible impacto sobre las reservas de materia orgánica del suelo (MOS) en el largo plazo. Por este motivo se propuso como objetivos evaluar el efecto de ocho sistemas de cultivo luego de 25 años (25 años de maíz-trigo/soja (M-T/S) bajo siembra directa (SD) y bajo labranza con arado de cincel (LV), 4 años de soja laboreada convencionalmente (LC) + 21 años de trigo/soja (T/S) bajo SD y LV, 8 años de soja LC + 17 años de monocultivo de maíz (M) bajo SD y LV y 8 años de soja LC + 17 años de monocultivo de soja (S) bajo SD y bajo LV) y estimar el impacto de la fertilización nitrogenada bajo SD en las secuencias M-T/S, T/S y M sobre las reservas de carbono (C) y nitrógeno (N) orgánico del suelo y sus fracciones granulométricas, utilizando ensayos de larga duración ubicados en un Argiudol típico. Se adoptó la metodología de fraccionamiento granulométrico para evaluar el efecto de las prácticas de manejo sobre las fracciones de la MOS, luego de su comparación con la de fraccionamiento densimétrico, a pesar de que los resultados mostraron que ambas metodologías midieron aproximadamente la misma cantidad de fracciones lábiles de C y que podrían utilizarse indistintamente. Además, se estudió la evolución del C en cuatro secuencias de cultivo (M-T/S, T/S, M y S) bajo SD y LV desde el inicio de cada secuencia hasta 2004 en los mismos experimentos. Luego de 25 años, solamente las secuencias de cultivo más intensificadas bajo SD (25 años de M-T/S y 4 años de soja bajo LC + 21 años de T/S) presentaron reservas de MOS superiores a las logradas con LV. El efecto de largo plazo de la intensificación de la secuencia de cultivo sobre las reservas de C y N fue más importante que el efecto del sistema de labranza. La fertilización nitrogenada bajo SD no produjo cambios en las reservas de MOS. Las pérdidas de C dependieron de la cantidad de C inicialmente presente en cada secuencia de cultivo, de los aportes diferenciales de C de cada secuencia y de las entradas diferentes de N. Un aporte de 4 Mg C ha-1 año-1 puede mantener las reservas de COS en 41 Mg ha-1 para una masa de suelo de 2500 Mg ha-1.

Secuencia jurídica de un emprendimiento de Integración Asociativa de Productores Agropecuarios

p.35-43

Eficiencia de implantación de la secuencia anual trigo - soja, mediante los sistemas de siembra directa y con labranza previa

p.181-186

Diseño, implementación y análisis de una secuencia de enseñanza de la distribución normal en un curso universitario

Este trabajo se centra en la enseñanza y aprendizaje de la distribución normal en un curso introductorio de estadística en la Universidad, y se fundamenta en un marco teórico que plantea el significado institucional y personal de los objetos matemáticos. En particular, se describe el diseño de una experiencia de enseñanza de la distribución normal apoyada en el uso del ordenador y se analizan los avances, dificultades y errores que presentan los alumnos durante el desarrollo de dicha experiencia. En el estudio se presta especial atención a todo lo que implica en la enseñanza de estadística la introducción del computador. Pretendemos aportar información válida sobre la enseñanza/aprendizaje de la estadística en cursos universitarios, que pueda ser completada y ampliada en futuras investigaciones.

¿Cómo enseñar a dividir? Secuencia de actividades para Ciclo 2

Esta es una experiencia de aula llevada a cabo en el ciclo 2, la cual estuvo a cargo de dos profesoras practicantes quienes promovieron la estructura multiplicativa hasta identificar los múltiplos y divisores de un número, dicha experiencia se rigió desde lo metodológico por la estructura propuesta por el grupo DECA (); a nivel conceptual por varios autores como Verganud, Maza (1991),y otros; y finalmente el marco legal por los Estándares Básicos (2007) y los Lineamientos (1998. Se realizaron una serie de actividades que promovieron el reconocimiento y conceptualización de la división como reparticiones equitativas, y promovieron la reflexión tanto de los estudiantes como de las profesoras, en torno a la utilidad, facilidad y aceptación de las actividades para la comprensión de los estudiantes.

Secuencia didáctica para la enseñanza de la semejanza utilizando fractales

Una secuencia didáctica se entiende como un sistema de reflexión y actuación del profesor en donde se explicitan aquellos aspectos del quehacer didáctico fundamentales a toda acción de enseñanza y aprendizaje, y en el que participan estudiantes, docentes, saberes y el entorno. En la secuencia didáctica a la que se refiere esta ponencia, propuesta para la enseñanza de la semejanza, los fractales serán el recurso a través del cual se identificarán las características y propiedades de la semejanza. En la planeación se tuvieron en cuenta la relación intrafigural y las transformaciones geométricas propuestas por Lemonidis, como referente teórico para analizar el concepto de semejanza.

Una secuencia didáctica para la introducción del concepto de derivada. Resultados de su implementación

En el ámbito de la investigación en Matemática Educativa son conocidas las dificultades que plantean la enseñanza y el aprendizaje de contenidos del cálculo. En la búsqueda de alternativas que favorezcan un desarrollo adecuado de métodos de pensamiento propios de la matemática, diseñamos y pusimos a prueba una secuencia didáctica para la introducción del concepto de derivada. Consideramos como hipótesis básica que el desarrollo de ideas variacionales puede propiciar una mejor comprensión y apropiación de esta noción, adoptando la posición de que el manejo de sistemas de representación es fundamental para la actividad cognoscitiva del pensamiento. Presentamos algunas de las actividades trabajadas en clase y un breve análisis sobre su implementación y las respuestas de los alumnos.

Secuencia didáctica para la enseñanza de triángulos usando herramientas informáticas

La propuesta se sostiene en un Proyecto de Investigación que busca el desarrollo de estrategias innovadoras en la enseñanza de la matemática. Se apoya en una concepción de aprendizaje constructivo y significativo. Pretende brindar al profesor un material estructurado en forma clara, precisa y amena, elaborado con todos los elementos que consideramos necesarios para ser un instrumento eficaz para la enseñanza de Triángulo. Fue diseñado, no como algo prescriptivo sino, como una reflexión sobre la "buena receta", es decir, para que oriente el análisis y los criterios de acción, discuta y exprese los supuestos y permita al docente decidir entre alternativas y comprobar resultados. A través de esta secuencia el alumno investiga si es posible construir triángulos que cumplan determinadas condiciones, puede explorar de forma interactiva y conjeturar las propiedades de los ángulos interiores y exteriores, la propiedad correspondiente a los lados y las rectas y puntos notables de un triángulo.

Rediseño y aplicación de una secuencia de actividades para evitar que estudiantes de nivel medio superior miren a las operaciones de potenciancion y radicacion como inversa

Este trabajo complementa otras investigaciones que evidencian las “disfunciones escolares” que el operador raíz cuadrada presenta en el tránsito del contexto aritmético al algebraico y del algebraico al funcional. Juárez (2007) muestra cómo estudiantes de bachillerato en el estado de Guerrero, México, no logran detectar la problemática que se genera al considerar a las operaciones de potenciación y radicación como inversas sin considerar ninguna restricción. En este trabajo mostramos el rediseño de la secuencia de actividades de Juárez y los resultados de su aplicación a estudiantes de bachillerato en un centro de estudios científicos y tecnológicos (CECyT) del Instituto Politécnico Nacional (IPN) en el Distrito Federal, México. Mostraremos la nueva secuencia y las consideraciones que hicimos para modificarla, así como las respuestas de algunos estudiantes. Mostraremos que el considerar a las operaciones de potenciación y radicación como inversas permea en el conocimiento de los estudiantes.