Modern diagnosis of Epstein-Barr virus infections and post-transplant lymphoproliferative disease

Infection by Epstein-Barr virus (EBV) occurs in approximately 95% of the world s population. EBV was the first human virus implicated in oncogenesis. Characteristic for EBV primary infection are detectable IgM and IgG antibodies against viral capsid antigen (VCA). During convalescence the VCA IgM disappears while the VCA IgG persists for life. Reactivations of EBV occur both among immunocompromised and immunocompetent individuals. In serological diagnosis, measurement of avidity of VCA IgG separates primary from secondary infections. However, in serodiagnosis of mononucleosis it is quite common to encounter, paradoxically, VCA IgM together with high-avidity VCA IgG, indicating past immunity. We determined the etiology of this phenomenon and found that, among patients with cytomegalovirus (CMV) primary infection a large proportion (23%) showed antibody profiles of EBV reactivation. In contrast, EBV primary infection did not appear to induce immunoreactivation of CMV. EBV-associated post-transplant lymphoproliferative disease (PTLD) is a life threatening complication of allogeneic stem cell or solid organ transplantation. PTLD may present with a diverse spectrum of clinical symptoms and signs. Due to rapidity of PTLD progression especially after stem cell transplantation, the diagnosis must be obtained quickly. Pending timely detection, the evolution of the fatal disease may be halted by reduction of immunosuppression. A promising new PTLD treatment (also in Finland) is based on anti-CD-20 monoclonal antibodies. Diagnosis of PTLD has been demanding because of immunosuppression, blood transfusions and the latent nature of the virus. We set up in 1999 to our knowledge first in Finland for any microbial pathogen a real-time quantitative PCR (qPCR) for detection of EBV DNA in blood serum/plasma. In addition, we set up an in situ hybridisation assay for EBV RNA in tissue sections. In collaboration with a group of haematologists at Helsinki University Central Hospital we retrospectively determined the incidence of PTLD among 257 allogenic stem cell transplantations (SCT) performed during 1994-1999. Post-mortem analysis revealed 18 cases of PTLD. From a subset of PTLD cases (12/18) and a series of corresponding controls (36), consecutive samples of serum were studied by the new EBV-qPCR. All the PTLD patients were positive for EBV-DNA with progressively rising copy numbers. In most PTLD patients EBV DNA became detectable within 70 days of SCT. Of note, the appearance of EBV DNA preceded the PTLD symptoms (fever, lymphadenopathy, atypical lymphocytes). Among the SCT controls, EBV DNA occurred only sporadically, and the EBV-DNA levels remained relatively low. We concluded that EBV qPCR is a highly sensitive (100%) and specific (96%) new diagnostic approach. We also looked for and found risk factors for the development of PTLD. Together with a liver transplantation group at the Transplantation and Liver Surgery Clinic we wanted to clarify how often and how severely do EBV infections occur after liver transplantation. We studied by the EBV qPCR 1284 plasma samples obtained from 105 adult liver transplant recipients. EBV DNA was detected in 14 patients (13%) during the first 12 months. The peak viral loads of 13 asymptomatic patients were relatively low (<6600/ml), and EBV DNA subsided quickly from circulation. Fatal PTLD was diagnosed in one patient. Finally, we wanted to determine the number and clinical significance of EBV infections of various types occurring among a large, retrospective, nonselected cohort of allogenic SCT recipients. We analysed by EBV qPCR 5479 serum samples of 406 SCT recipients obtained during 1988-1999. EBV DNA was seen in 57 (14%) patients, of whom 22 (5%) showed progressively rising and ultimately high levels of EBV DNA (median 54 million /ml). Among the SCT survivors, EBV DNA was transiently detectable in 19 (5%) asymptomatic patients. Thereby, low-level EBV-DNA positivity in serum occurs relatively often after SCT and may subside without specific treatment. However, high molecular copy numbers (>50 000) are diagnostic for life-threatening EBV infection. We furthermore developed a mathematical algorithm for the prediction of development of life-threatening EBV infection.

CMV-, EBV-, and HHV-6-DNAemia after liver transplantation

Viral infections caused by herpesviruses are common complications after organ transplantation and they are associated with substantial morbidity and even mortality. Herpesviruses remain in a latent state in a host after primary infection and may reactivate later. CMV infection is the most important viral infection after liver transplantation. Less is known about the significance of human herpesvirus-6 (HHV-6). EBV is believed to play a major role in the development of post-transplant lymphoproliferative disorders (PTLD). The aim of this study was to investigate the CMV-, EBV- and HHV-6 DNAemia after liver transplantation by frequent monitoring of adult liver transplant patients. The presence of CMV, EBV and HHV-6 DNA were demonstrated by in situ hybridization assays and by real-time PCR methods from peripheral blood specimens. CMV and HHV-6 antigens were demonstrated by antigenemia assays and compared to the viral DNAemia. The response to antiviral therapy was also investigated. CMV-DNAemia appeared earlier than CMV pp65-antigenemia after liver transplantation. CMV infections were treated with ganciclovir. However, most of the treated patients demonstrated persistence of CMV-DNA for up to several months. Continuous CMV-DNA expression of peripheral blood leukocytes showed that the virus is not eliminated by ganciclovir and recurrences can be expected during several months after liver transplantation. HHV-6 DNAemia / antigenemia was common and occurred usually within the first three months after liver transplantation together with CMV. The HHV-6 DNA expression in peripheral blood mononuclear cells correlated well with HHV-6 antigenemia. Antiviral treatment significantly decreased the number of HHV-6 DNA positive cells, demonstrating the response to ganciclovir treatment. Clinically silent EBV reactivations with low viral loads were relatively common after liver transplantation. These EBV-DNAemias usually appeared within the first three months after liver transplantation together with betaherpesviruses (CMV, HHV-6, HHV-7). One patient developed high EBV viral loads and developed PTLD. These results indicate that frequent monitoring of EBV-DNA levels can be useful to detect liver transplant patients at risk of developing PTLD.

Petrogênese e geocronologia das intrusões alcalinas de Morro Redondo, Mendanha e Morro de São João: caracterização do magmatismo alcalino no Estado do Rio de Janeiro e implicações geodinâmicas

Os modelos para a formação de plútons alcalinos da Província Alcalina do Sudeste Brasileiro ou Alinhamento Poços de Caldas-Cabo Frio associam a gênese destas rochas a grandes reativações ou a passagem de uma pluma mantélica, registrada pelo traço de um hot spot. O objetivo desta tese é, apresentar novos dados e interpretações para contribuir com a melhor elucidação e discussão destes modelos. Os estudos incluem mapeamento, petrografia, litogeoquímica, geoquímica isotópica de Sr, Nd e Pb e datação 40Ar/39Ar. As intrusões selecionadas correspondem ao Morro Redondo, Mendanha e Morro de São João, no Rio de Janeiro, localizados em posições distintas no alinhamento Poços de Caldas-Cabo Frio. A intrusão alcalina do Morro Redondo é composta majoritariamente de nefelina sienitos e sienitos com nefelina, com rara ocorrência de rochas máficas e é caracterizada por uma suíte alcalina sódica insaturada em sílica, de caráter metaluminosa a peralcalina. Esta intrusão foi datada em aproximadamente 74 Ma (idade-platô 40Ar/39Ar). A intrusão alcalina do Mendanha é composta por diversos tipos de rochas sieníticas, além de brechas e estruturas subvulcânicas, como rochas piroclásticas e diques e caracteriza-se por ser uma suíte alcalina sódica saturada em sílica, de caráter metaluminosa, diferente do que ocorre no Marapicu, este subsaturado em sílica. Esta intrusão apresentou duas idades-platô 40Ar/39Ar distintas de magmatismo: 64 Ma para as rochas do Mendanha e 54 Ma em dique de lamprófiro, registrando magmatismo policíclico. O Morro do Marapicu foi datado em aproximadamente 80 Ma. Já a intrusão alcalina do Morro de São João possui uma ampla variedade de litotipos saturados a subsaturados em sílica, tais como sienitos, álcali-sienitos e monzossienitos (alguns portadores de pseudoleucita), com variedades melanocráticas, tais como malignitos e fergustios. Estas rochas definem suas distintas suítes alcalinas subsaturadas em sílica: Uma de composição sódica e outra potássica. Há também uma suíte alcalina saturada em sílica, definida por gabros alcalinos e shonkinitos. A petrogênese destas intrusões corresponde ao modelo de cristalização fracionada, com assimilação de rochas encaixantes (AFC) como indicado pela alta variabilidade de razões isotópicas de estrôncio. No Morro de São João é sugerido o modelo de mistura magmática. Estas intrusões foram geradas a partir de magmas mantélicos enriquecidos, possivelmente associados à antiga zona de subducção relacionada ao orógeno Ribeira. Em razão das novas idades obtidas, o modelo de hot spot proposto fica prejudicado, visto que o Marapicu é de idade mais antiga das intrusões analisadas, o que era esperado para o Morro Redondo. Alguns modelos projetam plumas mantélicas com aproximadamente 1000 km de diâmetro, o que poderia explicar o Mendanha ser contemporâneo ao Morro de São João. As assinaturas isotópicas obtidas para as intrusões não se associam à assinatura isotópica de Trindade e, caso o modelo de plumas mantélicas seja o correto, a pluma que teria maior semelhança de assinatura isotópica é a pluma de Tristão da Cunha.

Geometria e Evolução Tectônica da Porção Norte do Gráben de Merluza, Bacia de Santos

O Gráben de Merluza é uma estrutura alongada com uma calha profunda, presente na Bacia de Santos, com direção aproximada NNE, que se estende por cerca de 170 km ao largo do litoral do estado de São Paulo. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a geometria da sua porção norte, e relacionar os eventos de abertura, preenchimento sedimentar e períodos de reativação das falhas que o delimitam. Além disso, buscou-se uma correlação com outros eventos ocorridos na bacia e na porção continental adjacente. Para isso, foram reprocessadas e interpretadas onze seções sísmicas bidimensionais (2D) migradas em tempo, fornecidas pela Agência Nacional do Petróleo (ANP), das quais três foram detalhadas e utilizadas para a definição dos principais aspectos geométricos e tectônicos do gráben. Nas seções sísmicas 248-0041, 248-0045 e 248-0048 foram identificadas tectonossequências, sendo uma do pré-sal, uma do pacote evaporítico e outras nove do pós-sal. A Porção Norte do Gráben de Merluza caracteriza-se por uma falha de borda principal com mergulho para W e uma falha subordinada mergulhando para E. O limite entre a Porção Norte e a Porção Central se faz pela Zona de Transferência de Merluza, também conhecido como Lineamento Capricórnio. Tal feição possui um caráter regional na bacia e é responsável por uma mudança na direção da falha principal do Gráben de Merluza, que passa a mergulhar para E, enquanto que a falha secundária mergulha para W. Devido à baixa qualidade do dado sísmico nas partes mais profundas, não é possível precisar com segurança uma idade de abertura inicial para o gráben. No entanto, verificou-se que a falha principal pode atingir profundidades superiores às observadas nas linhas sísmicas, ou seja, mais de 1500 milissegundos. Com base na presença de seção sedimentar do pré-sal na calha do gráben afetada pela tectônica do embasamento, estima-se uma idade mínima aptiana. Sobre o horst que acompanha a falha principal na porção norte do gráben desenvolvem-se espessos domos de sal originados pelo escape da sequência evaporítica da calha do gráben e das imediações a leste. Entre o Cenomaniano e o Santoniano ocorre a maior movimentação da falha principal, com um forte rejeito e um expressivo volume de sedimentos oriundos do continente (podendo atingir mais de 4000 metros), devido à erosão da Serra do Mar Cretácea. Durante o Cenozóico foram observadas reativações das falhas de borda do gráben por conta de compactação das camadas superiores e por tectônica salífera. Além disso, progradações em direção ao fundo da bacia parecem indicar que a estrutura do Gráben de Merluza condicionou a Quebra da Plataforma nessa região durante o Neógeno. Tais eventos podem estar relacionados à tectônica ocorrida durante a formação do Sistema de Riftes Continentais do Sudeste Brasileiro.

Thermochronology of the South American platform in the state of São Paulo, Brazil, through apatite fission tracks

The fission-track method (FTM) in apatite was applied to 45 samples collected in the Serra da Mantiqueira (Mantiqueira mountain range), the Serra do Mar (Mar mountain range), regions next to these mountain ranges and the coastal region between Ubatuba and Santos in the State of São Paulo, Brazil, to study the thermochronology of the South American Platform in southeast Brazil and its influence on Santos and Campos basins. The data presented in this work complement the previously presented data on the same region (Tello Saenz et al., 2003. J. S. Am. Earth Sci. 15, 765-774) with 31 new samples analyzed. The weighted mean of the corrected ages from high Mantiqueira (around 1000 m), (121 +/- 6) Ma, coincides with the South Atlantic opening. The fact that its thermal history starts at a relatively low temperature (similar to 80 degrees C) suggests that the age of similar to 120 Ma would be the formation age of Serra da Mantiqueira due to a rapid pulse, in which tracks had no time to be retained at the closure temperature, that is similar to 120 degrees C. The Serra do Mar presents a more complicated thermal history, with several reactivations indicated by the changes in the slope of its cooling curve. The thermal histories obtained in the regions next to these mountain ranges are compatible with the results mentioned above. The Santos Basin has unconformities that agree with changes in the slope thermal histories of the studied region. (c) 2005 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Caracterização de reservatórios siliciclásticos neoaptianos: um estudo do membro carmópolis no campo de Camorim, sub-bacia de Sergipe, Brasil

The Camorim Oilfield, discovered in 1970 in the shallow water domain of the Sergipe Sub-basin, produces hydrocarbons from the Carmópolis Member of the Muribeca Formation, the main reservoir interval, interpreted as siliciclastics deposited in an alluvial-fluvial-deltaic context during a late rifting phase of Neoaptian age, in the Sergipe-Alagoas Basin. The structural setting of the field defines different production blocks, being associated to the evolution of the Atalaia High during the rift stage and subsequent reactivations, encompassing NE-SW trending major normal faults and NWEW trending secondary faults. The complexity of this field is related to the strong facies variation due to the interaction between continental and coastal depositional environments, coupled with strata juxtaposition along fault blocks. This study aims to geologically characterize its reservoirs, to provide new insights to well drilling locations in order to increase the recovery factor of the field. Facies analysis based on drill cores and geophysical logs and the 3D interpretation of a seismic volume, provide a high resolution stratigraphic analysis approach to be applied in this geodynamic transitional context between the rift and drift evolutionary stages of the basin. The objective was to define spatial and time relations between production zones and the preferential directions of fluid flow, using isochore maps that represent the external geometry of the deposits and facies distribution maps to characterize the internal heterogeneities of these intervals, identified in a 4th order stratigraphic zoning. This work methodology, integrated in a 3D geological modelling process, will help to optimize well drilling and hydrocarbons production. This methodology may be applied in other reservoirs in tectonic and depositional contexts similar to the one observed at Camorim, for example, the oil fields in the Aracaju High, Sergipe Sub-basin, which together represent the largest volume of oil in place in onshore Brazilian basins

Tectonic history and the biogeography of the freshwater fishes from the coastal drainages of eastern Brazil: an example of faunal evolution associated with a divergent continental margin

As drenagens costeiras do leste do Brasil correspondem a áreas de grande significado biogeográfico, apresentando um alto grau de endemismo em sua fauna de peixes. Padrões filogenéticos sugerem uma relação próxima entre os rios que correm para o Atlântico a os adjacentes das terras altas do escudo cristalino. Entretanto, pouco tem sido dito sobre a dinâmica dos processos geológicos relacionados aos eventos cladogenéticos entre estas áreas. Padrões de distribuição e filogenéticos sugerem uma íntima associação com a história geológica da margem continental passiva da América do Sul, desde o Cretáceo aos dias atuais. Soerguimentos macrodômicos, rifteamento, movimentos verticais entre blocos falhados e o recuo erosivo da margem leste sul-americana são considerados como as principais forças geológicas atuando sobre a distribuição da ictiofauna de água doce nestas áreas. A atividade tectônica associada à ruptura do Gondwana e separação da América do Sul e África criou seis megadomos que são responsáveis por configurar a maior parte do atual curso das principais bacias hidrográficas do escudo cristalino. Com exceção das bacias localizadas às margens de tais megadomos, estes rios desenvolveram longos e sinuosos circuitos sobre o antigo escudo cristalino brasileiro antes de desaguarem no então recentemente aberto Oceano Atlântico. Eventos cladogenéticos iniciais entre drenagens de terras altas do escudo cristalino e tributários do Atlântico podem estar associados com processos vicariantes desta fase inicial, e alguns táxons antigos, basais, grupos-irmão de táxons muito inclusivos e de ampla distribuição são encontrados nestas bacias hidrográficas. Mais tarde, a denudação erosiva generalizada resultou em um ajuste isostático da margem leste da plataforma. Tal ajuste, concomitantemente a reativações de antigas zonas de falha, resultou em movimentos verticais entre blocos falhados, dando origem, no sudeste do Brasil, a bacias tafrogênicas. Tais bacias, como a de Taubaté, São Paulo, Curitiba e Volta Redonda, entre outras, capturaram drenagens e fauna de terras altas adjacentes. Os peixes fósseis da Formação Tremembé (Eoceno-Oligoceno da Bacia de Taubaté) exemplificam este processo. Outros sistemas tafrogênicos de idade Terciária foram também identificados em outros segmentos da margem continental Atlântica, como na Província Borborema, no NE do Brasil, com marcada influência sobre o padrão de drenagem. Ao mesmo tempo, o recuo erosivo da margem leste da plataforma capturou sucessivamente rios de planalto, os quais se tornaram tributários atlânticos, evoluindo associados aos principais sistemas de falha. A natureza continuada destes processos explica os padrões filogenéticos e de distribuição miscigenados entre os tributários atlânticos e as terras altas do escudo cristalino adjacente, especialmente na margem sudeste do continente, representados por sucessivos, cada vez menos inclusivos, grupos irmãos, associados a eventos cladogenéticos desde o final do Cretáceo ao presente.

Thermotectonic and fault dynamic analysis of Precambrian basement and tectonic constraints with the Parana basin

The Precambrian crystalline basement of southeast Brazil is affected by many Phanerozoic reactivations of shear zones that developed during the end of the Neoproterozoic in the Brasiliano orogeny. These reactivations with specific tectonic events, a multidisciplinary study was done, involving geology, paleostress, and structural analysis of faults, associated with apatite fission track methods along the northeastern border of the Parana basin in southeast Brazil.The results show that the study area consists of three main tectonic domains, which record different episodes of uplift and reactivation of faults. These faults were brittle in character and resulted in multiple generations of fault products as pseudotachylytes and ultracataclasites, foliated cataclasites and fault gouges.Based on geological evidence and fission track data, an uplift of basement rocks and related tectonic subsidence with consequent deposition in the Parana basin were modeled.The reactivations of the basement record successive uplift events during the Phanerozoic dated via corrected fission track ages, at 387 +/- 50 Ma (Ordovician); 193 +/- 19 Ma (Triassic); 142 +/- 18 Ma (Jurassic), 126 +/- 11 Ma (Early Cretaceous); 89 +/- 10 Ma (Late Cretaceous) and 69 +/- 10 Ma (Late Cretaceous). These results indicate differential uplift of tectonic domains of basement units, probably related to Parana basin subsidence. Six major sedimentary units (supersequences) that have been deposited with their bounding unconformities, seem to have a close relationship with the orogenic events during the evolution of southwestern Gondwana. (c) 2005 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Evolução geológica dos batólitos granitóides neoproterozóicos do sudeste do estado de são paulo

The Neoproterozoic granitogenesis related to the Central Mantiqueira Province comprise the calc alkaline to alkaline granitoid complexes of Sorocaba, San Francisco, São Roque, Ibiúna and Piedade. These complexes occur in a ruptil tectonic to tardi (Sn+3) event. The emplacement of the different facies in transtractives structures of the pull-apart type are characterized in the area by the main transcurrent shear zones of Taxaquara-Pirapora, Itu-Jundiuvira, Moreiras, Cangüera and Caucáia of ENE-WSW general direction. The massifs present complex internal architecture characterized by intrusions in restrict initial phase of intermediate equigranular nature. Also present a main phase of porfiroid monzo and sienogranite that fragments the previous phase, followed by lateral accretion of equi to inequigranular material, and in some cases by the accretion of late phases of circular bodies of porfiroid rapakivi granites, and a late to final phase of aplitic to pegmatitic composition. This magmatism grew with the intrusions of successive magmatic pulses, partially controlled by many reactivations of the shear zones. The REE also suggest that the magmatic phases are similar, synchronous and repetitive in four of the complexes in both domains, present in the São Francisco Complex. The crystallization starts from accretion processes, but compositionally quite different from the others. The variation in compositions and ages (TDM) for these granites reflect the derivation from different sources developed under different magmatic conditions, followed by processes of contamination that frequently occur in the crust.

Proposta evolutiva da paisagem no extremo Sudoeste do Estado de São Paulo

Pós-graduação em Geociências e Meio Ambiente - IGCE

Avaliação dos efeitos da cumarina e da 4-hidroxi-cumarima e de diferentes associações com a sulfassalazina no modelo de colite induzida por ácido trinitrobenzenosulfônico (TNBS) em ratos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Geologia, geomorfologia e morfotectônica da região de Marabá - PA

Pós-graduação em Geologia Regional - IGCE

Morfotectônica da região centro-leste do Estado de São Paulo e áreas adjacentes de Minas Gerais: termocronologia e paleotensões

Pós-graduação em Geologia Regional - IGCE

Deformação das rochas siliciclásticas paleoproterozoicas do Grupo Araí como exemplo das reativações de falhas do embasamento, Serra do Tepequém, Roraima, norte do Brasil

As rochas siliciclásticas da Serra do Tepequém são correlacionadas aos Grupos Araí e Suapi, pertencentes ao Supergrupo Roraima de idade paleoproterozoica. A análise estrutural destas rochas revelou que o acamamento exibe arranjos com mergulhos preferencialmente para SE e NW, individualizados em domínios limitados por zonas de falhas oblíquas sinistrais com rejeitos normais e inversos, com direção NE-SW. Essa estruturação é formada por dobras forçadas quilométricas do tipo kink bands e chevrons. O novo arcabouço geométrico observado é característico de um ambiente de deformação de nível crustal raso a médio. A história tectônica é controlada por reativações dos planos de fraqueza preexistentes nas tramas antigas, dúcteis, do embasamento. Esse modelo diverge dos regionais prévios para a região, os quais consideram as dobras existentes como produtos de ambiente dúctil sob tectônica colisional. Os resultados evidenciam a importância da presença de estruturas antigas do embasamento, relacionado ao Escudo das Guianas, como controladoras da geometria das rochas da Serra do Tepequém, em ambiente rúptil.

Long-term landscape evolution and post-rift reactivation in the southeastern Brazilian passive continental margin: Taubat, basin

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)