Combinatorial Synthesis and Biological Evaluation of Inhibitors of D-Ala-D-Ala-Ligase

Report for the scientific sojourn carried out at the Max Planck Institut of Molecular Phisiology, Germany, from 2006 to 2008.The work carried out during this postdoctoral stage was focused on two different projects. Firstly, identification of D-Ala D-Ala Inhibitors and the development of new synthethic approaches to obtain lipidated peptides and proteins and the use of these lipidated proteins in biological and biophysical studies. In the first project, new D-Ala D-Ala inhibitors were identified by using structural alignments of the ATP binding sites of the bacterial ligase DDl and protein and lipid kinases in complex with ATP analogs. We tested a series of commercially available kinase inhibitors and found LFM-A13 and Tyrphostine derivatives to inhibit DDl enzyme activity. Based on the initial screening results we synthesized a series of malononitrilamide and salicylamide derivatives and were able to confirm the validity of these scaffolds as inhibitors of DDl. From this investigation we gained a better understanding of the structural requirements and limitations necessary for the preparation of ATP competitive DDl inhibitors. The compounds in this study may serve as starting points for the development of bi-substrate inhibitors that incorporate both, an ATP competitive and a substrate competitive moiety. Bisubstrate inhibitors that block the ATP and D-Ala binding sites should exhibit enhanced selectivity and potency profiles by preferentially inhibiting DDl over kinases. In the second project, an optimized synthesis for tha alkylation of cysteins using the thiol ene reaction was establisehd. This new protocol allowed us to obtain large amounts of hexadecylated cysteine that was required for the synthesis of differently lipidated peptides. Afterwards the synthesis of various N-ras peptides bearing different lipid anchors was performed and the peptides were ligated to a truncated N-ras protein. The influence of this differently lipidated N-ras proteins on the partioning and association of N-Ras in model membrane subdomains was studied using Atomic Force Microscopy.

Análise do sistema prognóstico de mortalidade apache II em pacientes cirúrgicos de unidade de terapia intensiva

O presente trabalho foi realizado na Unidade de Terapia Intensiva (UTI) do Hospital Regional de São José Dr. Homero de Miranda Gomes (HRSJHMG) com o objetivo de observar a aplicabilidade e a exatidão do sistema preditivo Acute Phisiology and Chronic Health Evaluation II (APACHE II) nos pacientes cirúrgicos desta unidade, comparar os resultados obtidos com aqueles observados em outros centros, e, talvez, como principal objetivo, servir como um parâmetro basal para a performance desta UTI, no que refere à abordagem/tratamento do paciente cirúrgico. Trata-se de um estudo clínico pros- pectivo, não controlado, realizado na UTI do HRSJHMG. Foram estudados consecutivamente todos os pacientes cirúrgicos que necessitaram de cuidados intensivos por um período superior a 24 horas no período de janeiro a julho de 1996. Os principais resultados obtidos demonstraram haver uma boa correlação entre a mortalidade real (38,09%) e a prevista pelo sistema APACHE II (24,57%), apresentando uma relação entre a mortalidade real e a prevista (SRM) de 1,55.

Valor prognóstico das cinéticas da procalcitonina e da proteína C reativa na pneumonia associada à ventilação mecânica

Introdução A pneumonia hospitalar é a principal causa de morte dentre as infecções hospitalares. A prevalência de pneumonia hospitalar em Unidades de Tratamento Intensivo (UTI) varia de 10 a 65%, com taxas de mortalidade que podem variar de 24 a 76%. A pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV) é um determinante de mortalidade independente em pacientes submetidos à ventilação mecânica. A adequação do tratamento empírico precoce parece ser fundamental no prognóstico. Os critérios atualmente estabelecidos para avaliar adequação do tratamento empírico utilizam parâmetros clínicos, escores de gravidade e, principalmente, a sensibilidade do germe causador da infecção aos antibióticos administrados. Estes resultados balizam a necessidade de possíveis modificações no esquema antimicrobiano. A possibilidade de utilizar a Procalcitonina (PCT), a Proteína-C Reativa (CRP) e o escore SOFA (Avaliação de Falência de Órgãos Relacionada a Sepse), como indicadores de resposta do paciente, comparando seu status no dia do início do tratamento antimicrobiano (D0) com a evolução destes indicadores no quarto dia de tratamento (D4) abre a possibilidade de comparar o paciente com ele próprio, independente da exuberância da expressão da resposta inflamatória que ele possa desenvolver. Os resultados desta cinética entre D0 e D4 podem ser preditivos de gravidade de infecção, de eficiência antimicrobiana, e possivelmente de sobrevivência ou mortalidade hospitalar nos pacientes com suspeita de PAV. Objetivos Determinar e comparar o valor prognóstico de sobrevivência da cinética da PCT, da CRP, dos escores clínicos CPIS (Escore Clínico de Infecção Pulmonar) e SOFA, e do APACHE II (Avaliação da Fisiologia Aguda e da Saúde Crônica) na PAV entre o diagnóstico e o quarto dia de tratamento, quando a adequação do tratamento é avaliada. Pacientes e Métodos Realizamos um estudo de coorte prospectivo observacional que avaliou 75 pacientes internados no Centro de Tratamento Intensivo clínico-cirúrgico de adultos do Hospital de Clínicas de Porto Alegre que desenvolveram PAV no período de outubro de 2003 a agosto de 2005. Os pacientes com suspeita clínica de PAV que se adequaram aos critérios de inclusão e exclusão do estudo foram os candidatos a participar. Os familiares ou representantes dos pacientes receberam esclarecimentos por escrito acerca dos exames a serem realizados, bem como dos objetivos gerais da pesquisa. Os que aceitaram participar do estudo assinaram o termo de Consentimento Informado. O projeto foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa do Hospital de Clínicas de Porto Alegre. No dia do diagnóstico de PAV foram coletados aspirado traqueal quantitativo, hemoculturas e sangue para a realização de dosagens de PCT, CRP, hemograma, plaquetas, creatinina, bilirrubinas, gasometria arterial e radiografia de tórax, com o objetivo de calcular o CPIS e o escore SOFA. No terceiro dia de tratamento foram novamente coletados aspirados traqueais quantitativos e os demais exames para o cálculo do CPIS. No quarto dia foi coletado sangue para dosagens de PCT, CRP e para os demais exames necessários para o cálculo do SOFA. Os pacientes foram acompanhados por 28 dias após o diagnóstico de PAV, quando foram considerados sobreviventes. Todos os pacientes que morreram antes do vigésimo oitavo dia foram considerados não-sobreviventes. Resultados Os níveis de PCT foram mais baixos nos sobreviventes em D0 (p=0.003) e em D4 (p=0.001). Os níveis de CRP não foram diferentes em sobreviventes e nãosobreviventes em D0 (p=0.77) e em D4 (p=0.14). O CPIS não pode diferenciar sobreviventes de não-sobrevientes em D0 (p=0.32) e em D3 (p=0.45). ΔCPIS decrescente não foi correlacionado a sobrevivência (p=0.59), o mesmo ocorrendo com CPIS <6 em D3 (p=0.79). Pacientes que morreram antes de D4 não puderam ter sua cinética calculada e foram considerados casos perdidos. Variáveis incluídas no modelo de regressão logística univariável para sobrevivência foram idade, APACHE II, ΔSOFA decrescente, ΔPCT decrescente e ΔCRP decrescente. Sobrevivência foi diretamente correlacionada a ΔPCT decrescente com RC = 5.67 (1.78;18.03) p = 0.003, ΔCRP com RC = 3.78 (1.24;11.50) p = 0.02, ΔSOFA decrescente com RC = 3.08 (1.02;9.26) p = 0.05 e escore APACHE II com RC = 0.92 (0.86;0.99) p = 0.02. O modelo de regressão logística multivariável para sobrevivência incluiu todas as variáveis participantes da análise univariável. Somente ΔPCT decrescente com RC = 4.43 (1.08;18.18) p = 0.04 e ΔCRP com RC = 7.40 (1.58;34.73) p = 0.01 permaneceram significativos. A avaliação da cinética dos marcadores inflamatórios e a associação com sobrevida no estudo mostraram que: - Em 95,1% dos sobreviventes houve queda dos níveis de PCT ou de CRP. - Em 61% dos sobreviventes ambos os níveis de PCT e de CRP caíram. Apenas 4,9% dos sobreviventes tiveram níveis de PCT e CRP crescentes. Com relação aos não-sobreviventes, 78.9% tiveram pelo menos um dos dois marcadores ou ambos com níveis crescentes. Conclusão As cinéticas da PCT e da CRP, obtidas pelas dosagens de seus níveis no dia do diagnóstico e no 4º dia de tratamento, podem predizer sobrevivência em pacientes com PAV. A queda dos níveis de pelo menos um destes marcadores ou de ambos indica maior chance de sobrevivência.

Carbon-13 turnover in 'roxo de valinhos' fig trees

The aim of this study was to assess carbon-13 turnover in different organs of the fig tree, 'Roxo de Valinhos' cultivar. The experiment was carried out in an orchard at School of Agronomical Sciences, FCA/UNESP, Botucatu Campus, State of São Paulo, Brazil. The main photosynthetically active leaf was previously determined based on gas exchanges by means of an open portable photosynthesis system, IRGA. That leaf was placed in a chamber where the enriched gas injection occurred. The leaf enrichment time was 30 minutes. Treatments were constituted of seven fig trees removed from the soil after: 6; 24; 48; 72; 120; 168 and 360 hours of enrichment using (13)C, and their parts were sectioned into: apical bud, young leaves, adult leaves (photosynthetically active), lateral sprouts, fruits, and branch. The results allowed the establishment of the carbon-13 metabolism sequence in the studied parts: Young leaves > Fruits > Sprouts > Adult leaves > Apical bud > branch > Labeled leaf. 'Roxo de Valinhos' fig trees, had (13)C turnover of 24 hours and carbon-13 half-time shorter than 11 hours.

Renovação do carbono-13 em figueiras 'Roxo de Valinhos'

O objetivo do trabalho foi determinar a taxa de renovação do carbono-13 (turnover), dos diferentes órgãos da figueira 'Roxo de Valinhos'. O experimento foi conduzido no pomar da Faculdade de Ciências Agronômicas, FCA/UNESP, Câmpus de Botucatu-SP. Determinou-se previamente, através das trocas gasosas com um medidor aberto portátil de fotossíntese, IRGA, a principal folha fotossinteticamente ativa. Essa folha foi colocada em uma câmara onde ocorreu a injeção do gás enriquecido. O tempo de enriquecimento da folha foi de 30 minutos. Os tratamentos foram constituídos por sete plantas de figueira, que foram retiradas do solo após: 6; 24; 48; 72; 120; 168 e 360 horas do enriquecimento com 13C, e suas partes seccionadas em: gema apical, folha jovem, folhas adultas (fotossinteticamente ativas), brotações laterais, frutos e ramo. Os resultados obtidos permitiram o estabelecimento da sequência de metabolização do carbono-13 nas partições estudadas: Folhas novas > Frutos > Brotações > Folhas Adultas > Gema Apical > Ramo > Folha marcada. Plantas de figueira 'Roxo de Valinhos' apresentam reciclagem do 13C de 24 horas e um tempo de meia-vida de duração do carbono-13 inferior a 11 horas.

Compartimentação do meio físico, evolução morfológica e aspectos morfotectônicos em São Thomé das Letras (MG)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Caracterização de Puccinia psidii, identificação de mirtáceas diferenciadoras de raças fisiológicas e estudos anatômicos do limbo foliar relacionados à resistência

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Avaliação das concentrações séricas de lactato, creatina quinase, aspartato aminotransferase, lactato desidrogenase, parâmetros clínicos e hematológicos de equinos Quarto de Milha submetidos à prova de laço em dupla

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudo sobre as respostas diferenciadas de 3 espécies de roedores à fragmentação da Mata Atlântica, utilizando uma abordagem integrativa do balanço hídrico

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)